全 文 :书野生鹅观草种质的醇溶蛋白遗传多样性分析
肖苏,张新全,马啸,张建波,易杨杰,黄林凯
(四川农业大学草业科学系,四川 雅安625014)
摘要:采用酸性聚丙烯酰胺凝胶电泳技术(APAGE)对采自中国四川、重庆、甘肃、日本5个地区的42份野生鹅观
草材料进行遗传多样性分析,获得下述结果,1)供试材料共分离出29条带纹,多态率达89.66%。材料间的遗传相
似系数范围在0.448~0.966,平均GS值为0.695,说明供试野生鹅观草具有较为丰富的遗传多样性。2)对所有材
料进行聚类分析,可聚为3类,基本能按照生态地理环境来源聚为一类,表明供试材料的聚类和其生态地理环境间
有一定的相关性。3)基于Shannon多样性指数估算了5个鹅观草生态地理类群内和类群间的遗传分化,发现类群
内遗传变异占总变异的83.69%,类群间遗传变异占总变异的16.31%。4)对各生态地理类群基于Nei氏无偏估计
的遗传一致度聚类分析表明,各生态地理类群间的遗传分化与其所处的生态地理环境具有一定的相关性。
关键词:鹅观草;醇溶蛋白;遗传多样性;聚类分析
中图分类号:S543.03;Q943 文献标识码:A 文章编号:10045759(2008)05013807
鹅观草(犚狅犲犵狀犲狉犻犪犽犪犿狅犼犻)是小麦族(Triticeae)鹅观草属的一种六倍体多年生禾草,广泛分布于中国、日本
和朝鲜。原产于我国,除青海、西藏外,分布基本遍及全国[1]。多生长在海拔100~2300m的山坡和湿润草地,
它既可以在沙质土上生长,也可以在粘质土上定居,具有多花多粒、耐湿、高抗赤霉病等特性,是有较高经济价值
的多年生优质牧草,在麦类作物抗赤霉病育种中也具有重要的应用价值[2~6]。
醇溶蛋白在小麦品种间及麦类近缘植物种间、种内不同居群间存在明显的差异,其电泳图谱的带纹多少及组
合方式完全受基因型控制,几乎不受环境的影响,可以构成品种的指纹。该指纹图谱可广泛应用于品种鉴定、种
子纯度检验、代换系、易位系和体细胞无性变异的鉴定[7~10]。目前对鹅观草醇溶蛋白研究报道的较少,仅见杨烈
等[11]和肖海峻[12]用醇溶蛋白电泳分析来研究鹅观草居群间醇溶蛋白水平上的遗传多样性。本研究利用 A
PAGE技术对收集于四川、重庆、甘肃、日本4个地区的42份野生鹅观草种质进行分析,以期了解各份种质及其
各地理类群间在醇溶蛋白水平上的遗传多样性,为野生鹅观草的育种开发提供有效的数据信息。
1 材料与方法
1.1 供试材料
供试材料(表1)为四川农业大学草业科学系和美国国家植物种质资源库提供。供试材料在鹅观草种子成熟
时期收集,每一采集点按单株采集,每株所有单穗的种子为1份材料,2006年秋季每份单株材料随机取5个单穗
的种子(5~10颗)在植物光照培养箱中发芽,每个单穗幼苗随机取1株待其长至2叶期后移植于盆钵中,单株盆
栽。除开花期套袋外,田间管理按常规进行。
1.2 研究方法
每份材料取20粒种子称重粉碎后放入1.5mL离心管中,按照1mg种子加5μL的比例加入样品提取液(2
氯乙醇25%+甲基绿0.05%),在4℃的冰箱里浸提过夜。按照国际种子检验协会(ISTA)于1986年颁布的酸性
聚丙烯酰胺凝胶电泳(pH值=3.2)标准程序[13]对供试材料进行醇溶蛋白分析。选取加拿大春小麦品种“Mar
quis”(犜狉犻狋犻犮狌犿犪犲狊狋犻狏狌犿cv.Marquis)为对照。
138-144
10/2008
草 业 学 报
ACTAPRATACULTURAESINICA
第17卷 第5期
Vol.17,No.5
收稿日期:20071119;改回日期:20080102
基金项目:南方优良饲草选育与分子聚合育种体系的基础研究,科技部973项目(2007CB108907),四川省科技厅“十一五”牧草育种攻关项目
(02SG023001)和农业部草地农业生态系统学重点开放实验室资助。
作者简介:肖苏(1982),女,四川乐山人,在读硕士。Email:xiaosu_1218@126.com.cn
通讯作者。Email:zhangxq@sicau.edu.cn
表1 供试材料
犜犪犫犾犲1 犠犻犾犱犚.犽犪犿狅犼犻犪犮犮犲狊狊犻狅狀狊狋犲狊狋犲犱犻狀狋犺犻狊狊狋狌犱狔
序号
No.
材料编号
Accession
采集地
Originsite
生境
Habit
海拔
Altitude
(m)
序号
No.
材料编号
Accession
采集地
Originsite
生境
Habit
海拔
Altitude
(m)
1 PI499623 日本东京TokyoJapan 路边Roadside 80 22 RSC168 四川广元GuangyuanSichuan 河滩Floodland 510
2 RSC065 四川乐山LeshanSichuan 路边Roadside 390 23 RSC115 四川威远 WeiyuanSichuan 边坡 Hilside 450
3 PI499628 甘肃兰州LanzhouGansu / 1500 24 RSC200 重庆长寿Changshou
Chongqing
林下Underforest 230
4 RSC136 四川广安GuanganSichuan 林下Underforest 235 25 RSC356 四川雅安Ya’anSichuan 边坡 Hilside 690
5 RSC275 四川西昌XichangSichuan 田边Fieldside 1520 26 RSC428 重庆长寿Changshou
Chongqing
林下Underforest 300
6 RSC199 重庆长寿Changshou
Chongqing
边坡 Hilside 275 27 RSC241 重庆酆都Fengdu
Chongqing
坡荒地 Wasteland
inslope
290
7 PI499624 四川成都ChengduSichuan 沟边Ditchside 730 28 RSC410 重庆北碚BeibeiChongqing 边坡 Hilside 760
8 PI531698 日本大阪OsakaJapan / / 29 RSC377 四川雅安Ya’anSichuan 山坡Slope 710
9 RSC201 重庆长寿Changshou
Chongqing
林下Underforest 230 30 RSC256 重庆云阳Yunyang
Chongqing
林地Forestland 210
10 RSC273 四川西昌XichangSichuan 田边Fieldside 1520 31 PI499483 甘肃兰州LanzhouGansu 沟边Ditchside 1500
11 RSC213 重庆长寿Changshou
Chongqing
堤岸bank 200 32 RSC068 四川乐山LeshanSichuan 路边Roadside 390
12 RSC254 重庆云阳Yunyang
Chongqing
坡荒地 Waste
landinslope
205 33 RSC164 四川广元Guangyuan
Sichuan
荒地 Wasteland 520
13 RSC479 四川西昌XichangSichuan 路边Roadside 1520 34 RSC274 四川西昌XichangSichuan 路边Roadside 1530
14 PI531697 日本东京TokyoJapan / / 35 RSC187 四川南充NanchongSichuan 路边Roadside 320
15 RSC405 重庆北碚Beibei
Chongqing
路边Roadside 760 36 RSC325 四川蒙山 Mengshan
Sichuan
山坡Slope 680
16 RSC402 重庆北碚Beibei
Chongqing
荒地 Wasteland 810 37 PI499622 日本东京TokyoJapan / 80
17 RSC436 重庆云阳Yunyang
Chongqing
边坡 Hilside 140 38 RSC413 重庆北碚Beibei
Chongqing
沟边Ditchside 710
18 RSC359 四川雅安Ya’anSichuan 边坡 Hilside 630 39 RSC461 重庆云阳Yunyang
Chongqing
/ 140
19 PI531702 日本三岛 MisimaJapan / / 40 RSC079 四川峨眉E’meiSichuan 林下Underforest 820
20 PI499625 四川雅安Ya’anSichuan / 840 41 RSC242 重庆酆都Fengdu
Chongqing
坡荒地 Waste
landinslope
270
21 RSC069 四川乐山LeshanSichuan 路边Roadside 390 42 RSC261 重庆云阳Yunyang
Chongqing
边坡 Hilside 160
注:“/”表示材料的该项资料缺。
Note:“/”indicatelackforthisitem.
1.3 数据处理
按条带的有无对每个材料进行统计,有带赋值为1,无带赋值为0,将所有材料的醇溶蛋白带转换成0,1矩阵
后,计算遗传相似系数(GS),利用NTSYSpc软件按基于Nei氏遗传相似系数的不加权成对算术平均法(UPA
931第17卷第5期 草业学报2008年
MA)进行聚类[14]。
采用Shannon-weaver指数犎 和Simpson指数犇(即Nei氏基因多样性指数)来估计各种质及其生态地理
类群间的遗传多样性[15]。犎0=-∑π犻lnπ犻,这里的π犻指某群体内表型“犻”(第“犻”条谱带)的频率;犎group=∑犎0/狀
是指狀个不同群体的平均多样性;犎sp=-∑πlnπ是指把所有供试群体作为一个整体时,以表型频率“π”计算而
得的多样性[16]。各地理类群内的多样性用犎within=犎group/犎sp表示,群体间的多样性用犎between=(犎sp-犎group)/
犎sp表示[17]。Simpson指数的计算公式为犇=1-∑π犻2[17]。利用POPGENE和Excel2003软件进行统计分析。
2 结果与分析
2.1 醇溶蛋白的遗传多态性
试验结果表明,42份鹅观草材料共分离出29条带纹(图1,表2),所有材料均单独拥有一种特异图谱。每份
材料可分离出15~23条带纹,变幅为8。在29条带纹中,共有条纹3条,其多态率为89.66%,平均Shannon指
数为0.34,平均Simpson指数为0.23。表明供试材料在醇溶蛋白上存在较丰富的遗传变异。
2.2 供试材料的遗传相似性分析
42份鹅观草材料的GS值为0.448~0.966,平均GS值为0.695,变幅为0.518。由相似系数矩阵可以看出,
来自四川西昌(RSC273,10号)和日本东京(PI499623,1号),甘肃兰州(PI499628,3号)和日本东京(PI531697,
14号)材料之间的遗传相似系数最小,其遗传距离最大,表明它们相互地区间材料的亲缘关系最远。而来自四川
雅安(PI499625,20号)和四川广元(RSC164,33号)之间的遗传相似系数最大,其遗传距离最小,表明这2个地
区间材料亲缘关系最近。GS的频率分布近似于正态分布(图2),以上结果表明,供试材料之间差异显著,具有较
为丰富的遗传多样性。
图1 42份鹅观草种质材料的醇溶蛋白电泳图谱
犉犻犵.1 犌犾犻犪犱犻狀狆犪狋狋犲狉狀狊狅犳42犪犮犮犲狊狊犻狅狀狊狅犳犚.犽犪犿狅犼犻犪犳狋犲狉犃犘犃犌犈
041 ACTAPRATACULTURAESINICA(Vol.17,No.5) 10/2008
表2 鹅观草各生态地理类群的遗传多样性指数
犜犪犫犾犲2 犌犲狀犲狋犻犮狆狅犾狔犿狅狉狆犺犻狊犿犻狀犱犲狓犲狊狅犳犳犻狏犲犲犮狅犵犲狅犵狉犪狆犺犻犮犪犾犵狉狅狌狆狊狅犳犚.犽犪犿狅犼犻
类群
Groups
多态性条带
Ploymorphicbands
多态率
Ploymorpismpercentage(%)
遗传距离
GD
犇 犎0 犎group 犎sp 犎within 犎between
日本Japan 17 58.62 0.310 0.2496 0.3590
甘肃Gansu 14 48.28 0.483 0.2000 0.2919
西昌Xichang 13 44.83 0.241 0.1783 0.2603 0.0663 0.4064 0.8369 0.1631
四川Sichuan 21 72.41 0.260 0.2568 0.3830
重庆Chongqing 21 72.41 0.280 0.2748 0.4064
2.3 供试材料基于Nei氏遗传相似系数的聚类分析
图2 42份鹅观草材料遗传相似系数的分布
犉犻犵.2 犇犻狊狋狉犻犫狌狋犻狅狀狅犳犵犲狀犲狋犻犮狊犻犿犻犾犪狉犻狋犻犲狊犪犿狅狀犵42犪犮犮犲狊狊犻狅狀狊
狅犳犚.犽犪犿狅犼犻犲狊狋犻犿犪狋犲犱犳狉狅犿狋狅狋犪犾犵犾犻犪犱犻狀犿犪犽犲狉狊
基于遗传相似系数,利用 UPGMA法对42份
供试材料进行聚类分析(图3)。结合地理来源分
析,结果表明,全部供试材料在GS=0.600水平上
可以全部聚为一类。当GS=0.624水平时,所有供
试材料可分成3大类:来自日本的总共5份材料与
1份四川乐山材料(RSC065),1份重庆酆都材料
(RSC242)聚为第Ⅰ类;第Ⅱ类包括了分别来自四
川的18份材料、甘肃兰州的1份材料和重庆的15
份材料。四川地区和重庆地区的生态地理环境比较
相似,多为山地和丘陵,为这种聚类提供了合理性;
甘肃兰州材料PI499628单独聚为第Ⅲ类;第Ⅱ类在
GS=0.672水平下又可分为2个亚类,来自四川西昌的总共4份材料聚为1个亚类,其他材料聚为另外1个亚
类。可见,根据供试材料的遗传相似系数得出的聚类分析结果与其地理来源有一定相关性,具有相同地理来源的
材料趋向于聚在一起。
图3 42份鹅观草基于犖犲犻氏相似系数的犝犘犌犕犃聚类
犉犻犵.3 犝犘犌犕犃犱犲狀犱狉狅犵狉犪犿犳狅狉犚.犽犪犿狅犼犻犫犪狊犲犱狅狀犖犲犻’狊犵犲狀犲狋犻犮狊犻犿犻犾犪狉犻狋狔犮狅犲犳犳犻犮犻犲狀狋狊
141第17卷第5期 草业学报2008年
2.4 供试材料各生态地理类群的遗传多样性指数
根据采集地的不同生态地理环境的差异,可以把42份鹅观草材料分成5个生态地理类群,即日本、甘肃、西
昌、四川和重庆类群(表2)。西昌地区与四川其他地区在生态和地理环境上都存在巨大差异,故单独列为1个类
群。
表型多样性犎group=0.0663。类群内和类群间的表型多样性分别是犎within=0.8369和犎between=0.1631。
这个结果说明了类群内的遗传变异占总变异的83.69%,而类群间的遗传变异占总变异的16.31%。
2.5 供试材料各生态地理类群的聚类分析
为了解各个生态地理类群间的关系,利用POP
GENE软件计算出各类群间的Nei氏遗传一致度和遗
传距离的无偏估计值(表3),然后用 NTSYSpc软件
进行UPGMA聚类(图4)。5个类群间的遗传一致度
较高,均大于0.72。5个生态地理类群可以分为3大
类:日本类群单独聚为第Ⅰ类;第Ⅱ类包括甘肃类群、
四川类群、重庆类群。第Ⅲ类为西昌类群。第Ⅱ类又
可明显区分为2个亚类,第1亚类包括甘肃类群和四
川类群,二者之间遗传距离最小,重庆类群为第2亚
类。聚类的结果与其所处的生态地理环境基本相符:
日本四面环海,季风气候带有海洋性,有别于其他4类
采集地;四川类群和甘肃类群同属于地形地貌比较相
似的盆地地形,重庆类群采集地属于盆东平行岭谷区
表3 各类群间的犖犲犻氏遗传一致度和遗传距离的无偏估计值
犜犪犫犾犲3 犖犲犻’狊狌狀犫犻犪狊犲犱犿犲犪狊狌狉犲狊狅犳犵犲狀犲狋犻犮犻犱犲狀狋犻狋狔犪狀犱犵犲狀犲狋犻犮
犱犻狊狋犪狀犮犲犫犲狋狑犲犲狀犳犻狏犲犲犮狅犵犲狅犵狉犪狆犺犻犮犪犾犵狉狅狌狆狊
类群
Groups
日本
Japan
甘肃
Gansu
西昌
Xichang
四川
Sichuan
重庆
Chongqing
日本Japan 0.7601 0.7192 0.7844 0.7985
甘肃Gansu 0.2743 0.7301 0.9592 0.8949
西昌Xichang 0.3296 0.3146 0.8353 0.8359
四川Sichuan 0.2429 0.0416 0.1800 0.9496
重庆Chongqing0.2251 0.1111 0.1792 0.0517
注:Nei氏遗传一致度在对角线上方;遗传距离在对角线下方。
Note:Nei’sgeneticidentityinabovediagonal;geneticdistanceinbe
lowdiagonal.
域,和四川采集地一样多低山丘陵;西昌类群采集地属于川西南高山峡谷区,明显区别于其他生态地理类群。
3 讨论
采用醇溶蛋白方法对小麦族植物进行品种鉴定、系统进化、种质遗传变异等研究已有广泛报道[18~22]。杨烈
等[11]利用APAGE技术对采自青衣江流域和岷江流域的97份鹅观草材料的种子醇溶蛋白进行了分析,发现鹅
观草材料醇溶蛋白带谱存在显著差异,遗传多样性非常丰富。肖海峻[12]利用同样的方法对90份鹅观草材料的
研究结果表明多态性谱带数目占分离出总条带的77.22%。本研究用APAGE技术对42份鹅观草材料进行分
析,结果表明,供试材料共分离出29条带纹,所有材料均单独拥有一种特异图谱,多态率为89.66%,遗传多样性
丰富。利用醇溶蛋白带型的差异可以区分出所有供试材料,再次说明可将醇溶蛋白技术作为野生鹅观草遗传多
样性评价的一种可行手段。
图4 5个鹅观草生态地理类群基于犖犲犻氏遗传一致度的聚类
犉犻犵.4 犇犲狀犱狉狅犵狉犪犿狅犳犳犻狏犲犲犮狅犵犲狅犵狉犪狆犺犻犮犪犾犵狉狅狌狆狊犫犪狊犲犱狅狀犖犲犻’狊狌狀犫犻犪狊犲犱犿犲犪狊狌狉犲狊狅犳犵犲狀犲狋犻犮犻犱犲狀狋犻狋狔
241 ACTAPRATACULTURAESINICA(Vol.17,No.5) 10/2008
试验结果表明,鹅观草群体的遗传变异主要存在于类群内(83.69%),说明了居群内的变异是引起鹅观草种
质资源变异的主要来源,这和杨烈等[11]、肖海峻[12]的研究结论一致,但数值高于二者。此结果的主要原因是本研
究以单株取样,个体间的差异表现更加明显;另一方面,有研究表明,当发生生境片断化后会影响植物种群的繁育
系统,甚至会增加种群遗传多样性[23~27]。本试验类群内所采集的材料取样点多为路边、机场,种植地也在路边,
人类活动造成的生境片断化导致类群较高的遗传多样性和较低的遗传分化。试验聚类结果表明,鹅观草材料醇
溶蛋白的遗传多样性与其地理来源有一定的相关性。来自相同或相近地区的材料较容易聚在一起。如来自日本
的所有材料都聚在了第Ⅰ大类,西昌的所有材料都聚成了第2亚类。但也有例外,四川、重庆、甘肃的材料没有各
自聚类,而是有所交叉,这可能与各自自然环境相似有关。
丰富的遗传变异对于培育高产、优质、高抗的栽培牧草品种非常重要。本研究表明,野生鹅观草材料遗传多
样性丰富,可以进一步结合农艺性状、抗性、产量等进行研究,从中筛选出一些优异的种质资源加以利用。
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犌犲狀犲狋犻犮犱犻狏犲狉狊犻狋狔狅犳犵犾犻犪犱犻狀犻狀狑犻犾犱犵犲狉犿狆犾犪狊犿狅犳犚狅犲犵狀犲狉犻犪犽犪犿狅犼犻
XIAOSu,ZHANGXinquan,MAXiao,ZHANGJianbo,YIYangjie,HUANGLinkai
(DepartmentofGrassland,SichuanAgriculturalUniversity,Ya’an625014,China)
犃犫狊狋狉犪犮狋:Acidpolyacrylamidegelelectrophoresis(APAGE)molecularmarkerswereusedtodetectthegenetic
diversityamong42wildaccessionsof犚狅犲犵狀犲狉犻犪犽犪犿狅犼犻colectedfromfourregions(Sichuan,Chongqing,Gan
suandJapan).1)Atotalof29bandsofwhich89.66percentwerepolymorphicweredetectedinalaccessions.
TheNeigeneticsimilaritycoefficientsofthetestedaccessionsrangedfrom0.448to0.966,withanaverageNei
of0.695.Theseresultssuggestedthattherewasrichgeneticdiversityamongthetestedwildresourcesof犚.
犽犪犿狅犼犻.2)42wildaccessionscouldbeclusteredintothreegroups.Moreover,thegroupsfromthesameorigin
frequentlyclusteredintoonegroupsuggestingacorrelationamongthetestedwildresources,geographicaland
ecologicalenvironment.3)Geneticdifferentiationbetweenandwithinfiveecogeographicalgroupsof犚.犽犪犿狅
犼犻wasestimatedbyShannon’sdiversityindex,whichshowedthat83.69percentgeneticvarianceexistedwithin
groups,and16.31percentgeneticvariancewasbetweengroups.4)UPGMAclusteranalysisbasedonNei’s
unbiasedmeasuresofgeneticidentitywasassayedforsixecogeographicalgroupsof犚.犽犪犿狅犼犻,indicatingthat
therewasacorrelationbetweengeneticdifferentiationandecogeographicalhabitsbetweenthefivegroups.
犓犲狔狑狅狉犱狊:犚狅犲犵狀犲狉犻犪犽犪犿狅犼犻;gliadin;geneticdiversity;clusteranalysis
441 ACTAPRATACULTURAESINICA(Vol.17,No.5) 10/2008