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Cloning and sequence analysis of a vacuolar H+-PPase gene fragment from Zygophyllum xanthoxylum

多浆旱生植物霸王液泡膜H+-PPase基因片段的克隆及序列分析



全 文 :书多浆旱生植物霸王液泡膜犎+犘犘犪狊犲
基因片段的克隆及序列分析
席杰军,伍国强,包爱科,王锁民
(兰州大学草地农业科技学院,甘肃 兰州730020)
摘要:根据其他植物 H+PPase基因的保守序列设计一对简并性引物,以霸王叶片总RNA为模板,采用RT-PCR
的方法扩增出 H+PPase基因片段并克隆到PUCmT载体。阳性克隆经PCR鉴定后进行测序,序列分析结果表
明,克隆到3个同源的序列片段(898bp),编码299个氨基酸;所得序列与GenBank中注册的高等植物 H+PPase
基因核苷酸序列的同源性均在69%以上、氨基酸序列的同源性达78%以上。
关键词:霸王;H+PPase基因;克隆;序列分析
中图分类号:Q943.2  文献标识码:A  文章编号:10045759(2011)01011906
  盐分和干旱是导致农作物减产的主要非生物因素,土壤中过高浓度的Na+会造成植物的生理干旱,扰乱细
胞的离子平衡,导致膜功能失调和代谢活动的减弱,从而抑制生长并最终导致细胞死亡[1]。植物细胞抵御Na+
毒害的主要策略有Na+的外排和Na+的区域化[2]。这2个过程分别由分布在质膜和液泡膜上的Na+/H+逆向
转运蛋白实现。已有研究表明,液泡膜Na+/H+逆向转运蛋白在液泡膜 H+ATPase(EC3.6.1.35)和液泡膜
H+PPase(EC3.6.1.1)建立的跨液泡膜质子梯度的驱动下,将细胞质中过多的Na+区域化到液泡内,从而减轻
了Na+对细胞质内的各类代谢酶的危害,同时降低了细胞渗透势,进而提高植物的耐盐性和抗旱性[3,4]。
Sarafian等[5]从拟南芥(犃狉犪犫犻犱狅狆狊犻狊狋犺犪犾犻犪狀犪)中克隆出高等植物的第1个液泡膜 H+PPase基因犃犞犘1
(M81892)。Gaxiola等[6]首次将带有35S启动子的犃犞犘1基因转入拟南芥中,与野生型相比,发现AVP1蛋白
含量显著增加的转基因植株幼苗在250mmol/LNaCl中处理10d仍能正常生长发育,而野生植株型则出现黄化
枯萎。Guo等[7]将盐地碱蓬(犛狌犪犲犱犪狊犪犾狊犪)的液泡膜H+PPase基因犛狊犞犘转入拟南芥,也发现超表达犛狊犞犘的
转基因拟南芥细胞中积累包括 Na+在内的更多阳离子,其抗旱性和耐盐性也显著提高。Bao等[8]将拟南芥
犃犞犘1转入紫花苜蓿(犕犲犱犻犮犪犵狅狊犪狋犻狏犪),与野生型相比,发现转基因紫花苜蓿的叶和根中积累了更多的 Na+、
K+和Ca2+,叶片具有更低的渗透势,其耐盐性和抗旱性也显著增强。这些研究结果表明,超表达液泡膜 H+
PPase基因,可将更多的 H+从细胞质中泵入液泡中,建立更强的跨液泡膜电化学梯度,为无机离子及其他溶质
进出液泡提供更多的驱动力。这一过程既能降低细胞渗透势并维持细胞离子平衡,又能减轻一些无机离子(比如
Na+和Cl-)对细胞质的毒害,从而使植物在水分亏缺或盐分胁迫下,表现出更强的抗旱性和耐盐性。
迄今为止,已从许多高等植物中克隆到了液泡膜H+PPase基因[9],然而这些基因几乎都来自抗旱性不强的
模式植物或农作物上。霸王(犣狔犵狅狆犺狔犾犾狌犿狓犪狀狋犺狅狓狔犾狌犿)作为一种典型的荒漠多浆旱生植物[10],对中亚的极端
环境如高强度光照、极度干旱、强烈温差和贫瘠的荒漠土壤具有很强的适应性[11],因而可能蕴藏着丰富的抗逆基
因资源。然而,有关霸王液泡膜H+PPase的研究尚未见报道。鉴于此,本研究以霸王为实验材料,用RT-PCR
(反转录RCR,reversetranscriptionPCR)方法克隆液泡膜 H+PPase基因片段,以期为霸王液泡膜 H+PPase
全长基因的克隆和及其表达调控的研究奠定基础。
1 材料与方法
1.1 实验材料
植物材料为4周龄的霸王幼苗,种子来自内蒙古阿拉善左旗巴彦浩特。大肠杆菌菌株犈.犮狅犾犻DH5α由兰州
第20卷 第1期
Vol.20,No.1
草 业 学 报
ACTAPRATACULTURAESINICA   
119-124
2011年2月
 收稿日期:20091030;改回日期:20091125
基金项目:国家973项目(2007CB108900),863计划项目(2006AA10Z126)和国家自然科学基金(30671488)资助。
作者简介:席杰军(1982),男,河南信阳人,在读博士。Email:xi_j06@lzu.cn
通讯作者。Email:smwang@lzu.edu.cn
大学草地农业科技学院农业部草地农业生态系统学重点开放实验室保存。
1.2 主要试剂
MMLV第一链cDNA合成试剂盒、PCR扩增试剂盒,UNIQ10柱式DNA胶回收试剂盒、PCR产物克隆试
剂盒等均购自上海生工,DNAmarker购自北京天根,其他生化试剂均为进口或国产分析纯。
1.3 实验方法
1.3.1 材料培养 将籽粒饱满的霸王种子用75%的乙醇浸泡10min后,蒸馏水冲洗2~3次,浸泡24h,然后在
28℃下催芽。待发芽后将其转入4℃的冰箱中使发芽整齐,然后移入蛭石中,浇灌1/2Hoagland营养液[2
mmol/LKNO3,0.5mmol/LNH4H2PO4,0.25mmol/LMgSO4·7H2O,0.1mmol/LCa(NO3)2·4H2O,0.5
mmol/LFecitrate,92μmol/LH3BO3,18μmol/L MnCl2·4H2O,1.6μmol/LZnSO4·7H2O,0.6μmol/L
CuSO4·5H2O,0.7μmol/L(NH4)6Mo7O24·4H2O]。培养室昼夜温度为(28±2)/(23±2)℃,光照16h/d,光
强约为600μmol/(m
2·s),空气相对湿度为60%~80%。将4周龄霸王先在50mmol/L的NaCl中处理1d,75
mmol/L的NaCl中处理1d,100mmol/L的NaCl中处理2d,再在100mmol/L的NaCl中加PEG(聚乙二醇,
polyethyleneglycol)使渗透势为-1.0MPa,处理1d以诱导霸王液泡膜H+PPase酶基因的表达。
1.3.2 总RNA的提取 将采集的幼叶经无菌水冲洗后,置于消毒滤纸上吸干水分,于液氮中快速冷冻并保存
于-70℃低温冰箱或直接用于RNA的提取,提取方法参考Chomczynski和Sacchi[12]的方法。
1.3.3 引物的设计与合成 通过对桃(犘狉狌狀狌狊狆犲狉狊犻犮犪,AF367446)、梨(犘狔狉狌狊犮狅犿犿狌狀犻狊,AB097115)、葡萄
(犞犻狋犻狊狏犻狀犻犳犲狉犪,AF257777)、橡胶树(犎犲狏犲犪犫狉犪狊犻犾犻犲狀狊犻狊,AY514019)、盐爪爪(犓犪犾犻犱犻狌犿犳狅犾犻犪狋狌犿,EF114315)、
盐穗木(犎犪犾狅狊狋犪犮犺狔狊犮犪狊狆犻犮犪,EF471358)、红叶藜(犆.狉狌犫狉狌犿,AF533337)和灰绿藜(犆犺犲狀狅狆狅犱犻狌犿犵犾犪狌犮狌犿,
DQ443731)等几种植物的H+PPase基因核苷酸序列同源性的比较,找出高度保守的区段;根据同源性高和简并
性低的原则,利用DNAMAN和Primer5.0引物设计软件设计一对简并性引物 VPF和 VPR,用于扩增霸王
H+PPase基因的片段,推测目的片段的长度为898bp。引物由上海生工合成。
VPF:5′TACTATGGTGATGA(T/C)TGGGAAGG3′
VPR:5′CAGCAAT(A/G)CC(A/T)CCAGCATT(A/G)TCAC3′
1.3.4 RT-PCR扩增 cDNA第一链的合成按照试剂盒操作说明进行。
PCR扩增反应体系:10×PCRBuffer5μL,25mmol/LMgCl22.5μL,2mmol/LdNTP5μL,10μmol/L
VPF1μL,10μmol/LVPR1μL,TaqDNA聚合酶(5U/μL)0.5μL,cDNA1μL,加水至50μL。反应条件:
94℃预变性2min;94℃变性30s、56℃退火45s、72℃延伸1min,30个循环;最后72℃延伸10min。
PCR扩增产物用1.2%琼脂糖凝胶检测,目的片段的回收和纯化按照试剂盒操作说明进行。
1.3.5 阳性克隆的筛选与鉴定 回收的PCR产物连接到PUCmT载体,转化感受态大肠杆菌,用含有50
μg/mL氨苄青霉素的LB(LuriaBertani)固体培养基进行蓝白斑筛选,转化白斑菌株经质粒PCR鉴定确认阳性
克隆后,送至上海生工测序。
1.3.6 序列的生物信息学分析 序列的比较、翻译等
图1 霸王总犚犖犃的甲醛变性凝胶电泳
犉犻犵.1 犉狅狉犿犪犾犱犲犺狔犱犲犪犵犪狉狅狊犲犵犲犾犲犾犲犮狋狉狅狆犺狅狉犲狊犻狊狅犳
狋狅狋犪犾犚犖犃犳狉狅犿犣.狓犪狀狋犺狅狓狔犾狌犿
在DNAMAN 生物软件上进行,Blast搜索在 NCBI
(www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST)网站上进行。
2 结果与分析
2.1 总RNA的提取
以霸王叶片为材料提取的总RNA经甲醛变性凝
胶电泳检测,结果显示28SrRNA、18SrRNA条带清
晰(图1),紫外测定 OD280/OD260平均值为1.92,表明
所提取的 RNA 完整性好、纯度高,可以用于 RT-
PCR扩增。
021 ACTAPRATACULTURAESINICA(2011) Vol.20,No.1
2.2 RT-PCR扩增
以总RNA反转录所得到的第1链cDNA为模板,用 H+PPase基因的简并性引物VPF和VPR进行PCR
扩增。扩增产物经凝胶电泳检测发现约在900bp处有一条亮带,且上下无杂带,与目的片段的大小一致(图2),
推测可能是H+PPase基因片段,有待测序进一步鉴定。
2.3 阳性克隆的鉴定
将回收纯化的目的片段连接到PUCmT克隆载体上,转化犈.犮狅犾犻DH5α。从转化的平板上随机挑取多个阳
性克隆。随后从这些克隆中任选8个提取质粒,进行PCR扩增,得到的扩增片段大小约为900bp(图3),与RT
-PCR结果一致,表明这些克隆为阳性克隆,可以进行测序。
图2 犚犜-犘犆犚产物凝胶电泳图
犉犻犵.2 犃犵犪狉狅狊犲犵犲犾犲犾犲犮狋狉狅狆犺狅狉犲狊犻狊狅犳犚犜-犘犆犚狆狉狅犱狌犮狋狊
M:DNA标记;1、2:H+PPase基因片段RT-PCR产物
M:DNAmarker;1、2:RT-PCRproductsofH+PPasegenefragment
图3 阳性克隆的犘犆犚鉴定
犉犻犵.3 犘犆犚犻犱犲狀狋犻犳犻犮犪狋犻狅狀狅犳狆狅狊犻狋犻狏犲犮犾狅狀犲狊
M:DNA标记;1、2、3:阳性克隆 M:DNAmarker;
1、2、3:Positiveclones
图4 霸王犎+犘犘犪狊犲基因片段犣狓犞犘12核苷酸序列及推测的氨基酸序列
犉犻犵.4 犖狌犮犾犲狅狋犻犱犲犪狀犱犱犲犱狌犮犲犱犪犿犻狀狅犪犮犻犱狊犲狇狌犲狀犮犲狅犳犎+犘犘犪狊犲犳狉犪犵犿犲狀狋犣狓犞犘12犳狉狅犿犣.狓犪狀狋犺狅狓狔犾狌犿
加框表示引物VPF、VPR序列。阴影为 H+PPase的PPi的结合位点和活性部位 NucleotidesinframeindicateprimersVPFandVPR,
respectively.AminoacidsinshadeshowthePPibindingsitesandactivitydomainsofH+PPase
121第20卷第1期 草业学报2011年
2.4 测序结果及序列分析
测序结果经分析发现,本研究得到3个长898bp的阳性克隆序列,编码299个氨基酸。将这3个片段进行
Blast比较,结果显示它们与其他植物的H+PPase基因核苷酸序列具有很高的同源性,其同源性均在69%以上;
其中,有一片段与玉米(犣犲犪犿犪狔狊)H+PPase基因(AJ715529)核苷酸序列的同源性高达86%。此外,3个片段都
含有液泡膜H+PPase所特有的PPi结合位点和活性部位序列(图4)。这些结果表明克隆到的3个片段均为
H+PPase基因片段。本研究将其分别命名为犣狓犞犘11,犣狓犞犘12和犣狓犞犘13,并在GenBank注册,登录号分
别为EU103625,EU103626和EU103627。
将推测的霸王H+PPase基因片段的氨基酸序列和其他植物 H+PPase基因的氨基酸序列进行多重比较
(图5),结果发现它的保守氨基酸多达234个,而非保守氨基酸仅有65个,且这3个片段间的同源性高达
92.64%;ZxVP11与VvVP的同源性高达88%,ZxVP12与AVP1的同源性高达94.6%,ZxVP13与TsVP的
同源性高达94.3%。进化系统分析发现(图6),在霸王的生命进化史中,ZxVP11、ZxVP12和ZxVP13是由共
同的祖先进化而来,而且ZxVP11较ZxVP12和ZxVP13出现的早。这些结果进一步表明本实验克隆的片段
为H+PPase基因。
图5 犣狓犞犘氨基酸序列与其他植物犎+犘犘犪狊犲氨基酸序列的多重比较
犉犻犵.5 犃犿犻狀狅犪犮犻犱狊犲狇狌犲狀犮犲犪犾犻犵狀犿犲狀狋狅犳犣狓犞犘狑犻狋犺狋犺狅狊犲犳狉狅犿狅狋犺犲狉狆犾犪狀狋狊
 多重比较采用DNAMAN程序进行。液泡膜 H+PPase酶氨基酸序列的来源和基因库登录号分别为:霸王ZxVP11(EU103625),霸王ZxVP12
(EU103626),霸王ZxVP13(EU103627),拟南芥 AVP1(NM_101437),小盐芥TsVP(AY436553),水稻OsVP(D45383),葡萄 VvVP(AF257777)。
不同背景颜色表示氨基酸残基的不同保守性。黑色表示完全保守。红色、蓝色和白色分别表示75%以上、50%以上和不足25%的保守性。The
multiplealignmentwasgeneratedusingDNAMANprogram.ThesourcesandGeneBankaccessionnumbersofvacuolarH+PPaseareasfolows:Zx
VP11(犣.狓犪狀狋犺狅狓狔犾狌犿,EU103625),ZxVP12(犣.狓犪狀狋犺狅狓狔犾狌犿,U103626),ZxVP13(犣.狓犪狀狋犺狅狓狔犾狌犿,EU103627),AVP1(犃.狋犺犪犾犻犪狀犪,NM_
101437),TsVP(犜犺犲犾犾狌狀犵犻犲犾犾犪狊犪犾狊狌犵犻狀犲犪,AY436553),OsVP(犗狉狔狕犪狊犪狋犻狏犪,D45383),VvVP(犞.狏犻狀犻犳犲狉犪,AF257777).Thedifferentcolorback
groundindicatesthedifferentlevelsoftheconservationofaminoacidresidues.Theblackmeanscompleteconservation.Andthered,blueandwhite
meansthattheconservationisnolessthan75%,nolessthan50%andnomorethan25%,respectively
221 ACTAPRATACULTURAESINICA(2011) Vol.20,No.1
3 讨论
图6 犣狓犞犘与其他植物犎+犘犘犪狊犲的系统进化树
犉犻犵.6 犘犺狔犾狅犵犲狀犲狋犻犮狋狉犲犲狅犳犣狓犞犘犪狀犱
犎+犘犘犪狊犲犳狉狅犿狅狋犺犲狉狆犾犪狀狋狊
在整个生物界中,目前发现了4种质子泵,分别是
PtypeATPase、FtypeATPase、VtypeATPase和
VPPase。液泡膜H+PPase属于第4类,是由单基因
编码的约80kD的高疏水性单亚基质子泵,它在液泡
膜上以二聚体的形式水解,在蛋白质、RNA和纤维素
合成过程中由其他ATPase酶所产生的含有一个高能
磷酸键的次级代谢物焦磷酸,同时将细胞质内的 H+
转运到液泡内形成跨液泡膜的质子梯度[1315]。因此,
液泡膜H+PPase在植物细胞的生命活动中具有重要
的生理功能,如调节胞质和液泡的pH,参与Na+、K+
等溶质向液泡内运输,参与蛋白质、糖类、核酸等代谢
过程中的副产物PPi的清除以维持细胞的正常代谢等。除上述功能外,Li等[16]发现,液泡膜 H+PPase还可控
制生长素的运输进而影响生长素依赖的植物发育,如超表达犃犞犘1在植物器官形成时导致细胞分裂和增生的加
快以及生长素运输的增加;相反,犪狏狆11缺失突变体的根和地上部发育受到严重抑制、生长素运输效率降低。液
泡膜H+PPase由于是单基因编码且可为Na+液泡区域化以及其他溶质向液泡内的运输提供动力,进而减轻盐
害和降低细胞渗透势,增加植物的耐盐抗旱性,因而成为农作物和优良牧草的耐盐抗旱育种工程中的研究热点。
H+PPase是一独特而古老的质子泵,在古细菌[17]、真细菌[18]、藻类[19]和高等植物以及原生动物[20]中都有
发现,但目前尚未在高等动物和真菌中发现其存在。而图4所示的保守氨基酸序列再次证实了从古细菌到真细
菌到真核生物的数十亿年的漫长生物进化中,其活性位点序列GGG、DVGADLVGK和DNVGDNVGD的确一
直保持不变[21]。此外,H+PPase在长期进化中保留并拥有多个同源体,这可能暗示着其在植物生命活动过程中
除了已知的功能外还有其他重要的作用。
高等植物中存在2种类型的H+PPase:Ⅰ型依赖K+激活而适度被Ca2+激活,主要分布在液泡膜上,Ⅱ型对
K+不敏感而对Ca2+极其敏感,主要分布在高尔基体和溶酶体上[22,23]。这2种类型的 H+PPase酶在氨基酸序
列上亲缘关系较远,它们间的同源性仅有37%~39%[21]。本研究克隆到的ZxVP11、ZxVP12和ZxVP13与模
式植物拟南芥Ⅰ型H+PPaseAVP1的同源性分别为83.9%,94.6%和94.0%,而与Ⅱ型H+PPaseAVP2的同
源性仅为38.8%,39.1%和39.8%,由此表明,霸王的3个 H+PPase同源序列片段均属于Ⅰ型。
生活在荒漠环境中的多浆旱生植物霸王具有极强的抗旱性,Wang等[24]发现霸王从含盐量极低的生境中吸
收并积累大量的Na+来增强抗旱性。超表达H+PPase可显著增强液泡对Na+的区域化能力,从而增强植物的
耐盐性和抗旱性。本研究通过一对简并性引物从霸王中同时获得的3个 H+PPase同源序列,则为进一步揭示
该基因在多浆旱生植物中的功能及其与霸王抗旱性的关系奠定了基础。
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犆犾狅狀犻狀犵犪狀犱狊犲狇狌犲狀犮犲犪狀犪犾狔狊犻狊狅犳犪狏犪犮狌狅犾犪狉犎+犘犘犪狊犲犵犲狀犲犳狉犪犵犿犲狀狋犳狉狅犿犣狔犵狅狆犺狔犾犾狌犿狓犪狀狋犺狅狓狔犾狌犿
XIJiejun,WUGuoqiang,BAOAike,WANGSuomin
(ColegeofPastoralAgricultureScienceandTechnology,LanzhouUniversity,Lanzhou730020,China)
犃犫狊狋狉犪犮狋:DegenerateprimersweredesignedbasedonconservedsequencesofH+Pasegenesfromotherplants.
TotalRNAwasextractedfromtheleavesof犣狔犵狅狆犺狔犾犾狌犿狓犪狀狋犺狅狓狔犾狌犿andtheH+PPasegenefragmentwas
obtainedbyreversetranscriptionpolymerasechainreaction(RT-PCR).ItwasclonedintoPUCmTvector
andthepositiveclonesidentifiedbyPCRweresequenced.ThreeH+PPasegenefragmentsweregainedfrom
犣.狓犪狀狋犺狅狓狔犾狌犿,eachofwhichcontains898bpandencodesapeptideof299aminoacids.Similaritycompari
sonsshowthattheyshareover69%similarityinnucleotidesequenceandover78%similarityinaminoacidse
quencewiththoseofotherplantH+PPasegenesinGenBank.
犓犲狔狑狅狉犱狊:犣狔犵狅狆犺狔犾犾狌犿狓犪狀狋犺狅狓狔犾狌犿;H+PPasegene;cloning;sequenceanalysis
421 ACTAPRATACULTURAESINICA(2011) Vol.20,No.1