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Optimization and Preliminary Application of SSR Analysis System in Hyphantria cunea

美国白蛾SSR反应体系的优化与初步应用


An optimization SSR reaction system was established to investigate the genetic diversity of Hyphantria cunea (Drury). A population of Hyphantria cunea in Cangzhou was used to optimize PCR conditions in the SSR system. The results showed that the best condition was 0.40 mmol·L-1 dNTP, 2.5 mmol·L-1 Mg2+, 0.32 μmol·L-1 primers, 1U Taq polymerase, 30~60 ng template DNA in 25 μL SSR reaction system and the optimal annealing temperature of primers was 52 ℃. Genetic diversity of five Hyphantria cunea populations was studied with this SSR reaction system, and the result showed the microsatellite primers were high polymorphic and this system was suitable and stable.


全 文 :第 !" 卷 第 # 期
$ % & % 年 # 月
林 业 科 学
’()*+,)- ’)./-* ’)+)(-*
/012 !",+02 #
3456,$ % & %
美国白蛾 ’’7反应体系的优化与初步应用!
杜 8 娟& 8 南宫自艳$ 8 周国娜& 8 高宝嘉&
(&6河北农业大学林学院 8 保定 %9&%%%;$6河北农业大学植物保护学院 8 保定 %9&%%%)
关键词:8 美国白蛾;’’7;反应体系
中图分类号:’9&:2 98 8 8 文献标识码:-8 8 8 文章编号:&%%& ; 9!::($%&%)%# ; %&9# ; %<
收稿日期:$%%: ; %= ; %=。
基金项目:国家自然科学基金(#%99&9#=)。
!高宝嘉为通讯作者。
!"#$%$&’#$() ’)* +,-.$%$)’,/ 0"".$1’#$() (2 334 0)’./5$5 3/5#-% $)
!"#$%&’()% *+&,%
>? @?4A& 8 +4AB0AB CDE4A$ 8 CF0? G?0A4& 8 G40 H40ID4&
(&2 !"##$%$ "& ’"($)*(+,,%(-./#*/(0# 12-3$()-*+ "& 4$5$-8 60"7-2% %9&%%%;
$2 !"##$%$ "& 8#02* 8("*$.*-"2,,%(-./#*/(0# 12-3$()-*+ "& 4$5$-8 60"7-2% %9&%%%)
065#,’1#:8 -A 0JKDLDM4KD0A ’’7 5N4OKD0A PEPKNL Q4P NPK4R1DPFNS K0 DATNPKDB4KN KFN BNANKDO SDTN5PDKE 0U 4+9:02*(-0 ./2$0
(>5?5E)6 - J0J?14KD0A 0U 4+9:02*(-0 ./2$0 DA (4ABMF0? Q4P ?PNS K0 0JKDLDMN V(7 O0ASDKD0AP DA KFN ’’7 PEPKNL6 ,FN
5NP?1KP PF0QNS KF4K KFN RNPK O0ASDKD0A Q4P %2 !% LL01·. ; & S+,V,$2 < LL01·. ; & 3B$ W,%2 #$ !L01·. ; & J5DLN5P,&X ,4Y
J01ELN54PN,#% Z "% AB KNLJ14KN >+- DA $< !. ’’7 5N4OKD0A PEPKNL 4AS KFN 0JKDL41 4AAN41DAB KNLJN54K?5N 0U J5DLN5P Q4P
<$ [ 6 GNANKDO SDTN5PDKE 0U UDTN 4+9:02*(-0 ./2$0 J0J?14KD0AP Q4P PK?SDNS QDKF KFDP ’’7 5N4OKD0A PEPKNL,4AS KFN 5NP?1K
PF0QNS KFN LDO50P4KN11DKN J5DLN5P QN5N FDBF J01EL05JFDO 4AS KFDP PEPKNL Q4P P?DK4R1N 4AS PK4R1N6
7-/ 8(,*5:8 4+9:02*(-0 ./2$0;’’7;4A41EPDP PEPKNL
8 8 我国于 &=9= 年首次在辽宁省丹东市发现美国
白蛾(4+9:02*(-0 ./2$0)后,害虫扩散蔓延到山东、
陕西、河北、天津和上海。美国白蛾繁殖量大,寄主
植物种类繁多,扩散速度快,暴发时常食尽叶片。近
年来美国白蛾传入了北京,对首都园林绿化及生态
环境安全造成了严重影响(杨忠岐等,$%%9)。\M4]D
等($%%&)通过比较日本不同地区与原产地佛罗里
达州美国白蛾种群的 >+- 序列后发现,美国白蛾在
日本化性的变异是由于适应日本不同地区气候的进
化反应,而非来自美国不同气候地区的种群。美国
白蛾入侵中国近 #% 年来,我国学者对它的适应性、
性信息素、对寄主的选择、天敌、预测预报和防治方
法等进行了广泛研究(季荣等,$%%#;魏建荣,
$%%#),但对它的入侵机制及不同入侵地区的种群
遗传变异等相关的研究还未见报道。随着分子生物
学技术的兴起及日臻成熟,各种分子遗传标记技术
不但能揭示相似姊妹种之间的差异,还有助于揭示
物种 的 起 源 和 进 化 规 律( V4K5DOD4 $* 0#;,&==:;
70SN5DO],&==";CF4AB,$%%!)。
作为遗传标记方法之一的 ’’7 技术,其原理是
每个物种的重复单位的碱基组成及拷贝数存在很大
差异,具有检测敏感、共显性、多态性好等优点
(^5?B1E4] $* 0#;,&==:;/41SNP $* 0#;,&==#)。近年
来,’’7 技术在鳞翅目昆虫中的应用研究已有不少
报道(吉亚杰等,$%%!;张云武等,$%%&),而美国白
蛾的相关研究报道较少。由于 ’’7 技术也是基于
V(7 的一种标记,其反应条件易受各种因素的干
扰,如模板 >+-、,4Y>+- 聚合酶、S+,V 以及 3B$ W
的浓度等因子的条件不适合,则导致图谱弥散状背
景的产生、扩增产物的消失等,这些现象都影响 ’’7
的扩增结果,从而影响整个试验结果。为此本文以
美国白蛾沧州种群为试材,对各因子的最佳反应条
件进行研究,以期建立一套适合美国白蛾的 ’’7 反
应体系。
9: 材料与方法
&2 &8 材料 8 $%%: 年 < 月自沧州地区随机采集美国
白蛾虫蛹,室内羽化后在 ; $% [下保存。
&2 $8 方法 8 &)>+- 的提取 8 根据经典的 ’>’_>+-
提取法,对部分操作过程进行了优化(姜静,$%%#)。
主要改进之处:剪去枪头的尖端,蛋白酶 ^ 终质量
林 业 科 学 !" 卷 #
浓度 !$$ !%·&’ ( ),*+,-. 终质量浓度 )$$ !%·
&’ ( ),$/ 01的琼脂糖凝胶检测。
2)33*456* 反应体系 # 在 27 !’ 33*456* 反应
体系中,加入 $/ !$ &&89·’ ( ) :+;5,2/ 7 &&89·’ ( )
<%6=2,2/ $ > ;,? 聚合酶,$/ 72 !&89·’
( )引物,@$ A
"$ B% 模板 C+D,用重蒸水调整体系终体积为 27 !’。
用 :+;5、<%2 E、;,?C+D 聚合酶、引物、模板 C+D 当
中任 ) 种成分进行浓度梯度试验时,其他成分浓度不
变。引物序列参照文献( FG !" #$%,2$$7),由上海生物
技术工程有限公司合成。:+;5 和 ;,?C+D 聚合酶均
购自海泰克生物技术有限公司(表 ))。
@)33*4 56* 扩增程序 # 0 对 33* 引物(表 ))
的退火温度梯度设置分别为 7$,7$/ 7,7),7)/ 7,72
H;反应程序为 I! H预变性 ! &GB,I! H变性 2$ -,
退火 @$ -,J2 H延伸 )7 - @7 个循环,最后在 J2 H延
伸 2 &GB。56* 仪为 DK=42J2$ 型。
!)56* 产物的检测 # 配制 01非变性聚丙烯酰
胺凝胶,取扩增产物 ! !’ 加 ) !’ " 倍上样缓冲液
混匀、上样,恒压 2@$ L,2 M。标准分子量标记为
)$$ NO C+D ’,::.P。
电泳结束后将胶剥下,双蒸水冲洗 2 次、每次
)$ -;加 $/ 21硝酸银染色液,摇床轻摇 2$ &GB;双
蒸水冲洗 2 次、每次 )$ -;加 )7$ &’ 显色液,轻摇
7 A J &GB,即可见清楚条带显现,照相保存。电泳分
析使用君意 CQ64@$ 型电泳仪及君意 CQQ4"型垂
直板电泳槽。
表 !" 美国白蛾研究使用的微卫星引物
#$%& !" #’( )*( +, -./0+*$1(22.1( 30.-(0* .4 !"#$%&’()% *+&,%
引物编号与名称
5PG&.P 8P:.P ,B: B,&.
引物序列
3.?R.BS. 8T OPG&.P(7’( @’)
重复序列
*.O.,U UVO.
)/ KW$IW
KW$IK
;6D;666XDX;666D6;6D
D;;X6;6;;66;D;6;XX6;D
(6D))@
2 / X;;6;6XX;6X;XX;;;;DX
DD66X6;;66X66XD;;D6
(X;+))I X6;(X;D)2
@ / K6$@W
K6$@K
6;XX6D666;6;D;;;D;6;
DD6DDDD6DD;;D;DDD6;6;;D6
(6D)I
! / XY$IW
XY$IK
D66DD6;;6XD6D66;;6;
6D6;X6666XDD66;D;D6
(XD;)0
7 / DZ$7W
DZ$7K
D6;;6;D6;X6X;X;XDD6;
X;666;;;X;66XD;DD;D;X
(D6))7
" / DW$!W
DW$!K
XXDX6D66DD;XDDXDD;X;
X;;;6;D66;6D;XXXD;6;;;
(6D;)7 6X;(6D;)2 6D6
J/ CK$2W
CK$2K
;DX6;6D6X;DDDD6;DD;6DD
6;X;66DDDX6DDD6;D;6
(6D))$
0 / CY)2W
CK)2K
6;X6;DXDX6;;;6;X;X;;
DDXDD;;;6DD;;;DDXD6;XD6
(D;)2 XX(XQ)7 D;X
;(X6)7 6;(X;))2
5" 结果与分析
2[ )# :+;5 浓度对 33* 反应的影响 # 图 ) 泳道 ) A
! 显示了 ! 个浓度($/ ),$/ 2,$/ !,$/ " &&89·’ ( ))的
56* 扩增产物情况。虽均有扩增产物,但浓度为
$[ )$ &&89·’ ( )时 56* 产物的产量极低,几乎无扩
增谱带;浓度为 $/ 2$,$/ !$ 和 $/ "$ &&89·’ ( )时均
有扩增谱带,但过量的 :+;5- 会与聚合酶竞争结合
<%2 E,抑制 56* 反应。通过比较,$/ !$ &&89·’ ( )时
扩增带最清晰稳定,而且条带整齐,故 :+;5 的浓度
以 $/ !$ &&89·’ ( )为宜。
2[ 2# <%2 E 浓度对 33* 反应的影响 # <%2 E 浓度在
33* 反应中也非常重要,它是 56* 中 C+D 聚合酶
的活性所必需的辅助因子,因此其浓度在每一引物
与模板配对中均应达最适量。图 2 中泳道 ) A ! 显
示了 <%2 E的 ! 个浓度 )[ 7,2[ 7,@[ 7,![ $ &&89·’ ( )
的扩增结果,由于当 <%2 E浓度为 )[ 7 &&89·’ ( )时扩
增产物条带模糊,浓度为 @[ 7 和 ![ $ &&89·’ ( )时背
景加深,只有 2[ 7 &&89·’ ( ) 时扩增谱带清晰且
稳定。
2[ @# ;,?C+D 聚合酶浓度、引物浓度、模板 C+D 对
33* 反应的影响 # ;,?C+D 聚合酶浓度过低则合成
产物量减少,浓度过高可引起非特异性产物的扩增。
图 @ 显示了不同 ;,?C+D 聚合酶的浓度的 56* 扩
增产物情况。因 ;,?C+D 聚合酶浓度为 $/ 7 > 时条
带模糊不清,为 2[ $,@[ $ > 时易出现非特异性条带,
只有为 )/ $ > 时谱带清晰、且无非特异性产物的扩
增,扩增效果最好。
同理,当引物浓度为 $/ 72 和 $/ J2 !&89·’ ( )时,
背景加深、条带不清,因此只有 $/ @2 !&89·’ ( )为引
!J)
! 第 " 期 杜 ! 娟等:美国白蛾 ##$ 反应体系的优化与初步应用
图 %! &’() 浓度对 ##$ 反应的影响
*+,- %! .//0123 4/ &’() 1451052672+453 45 ##$ 60712+45
% 8 9:&’() 浓度分别为 :- %,:- ;,:- 9,:- < ==4>·? @ %
&’() 1451052672+45 :A %,:- ;,:- 9,:- < ==4>·? @ %;
B:%:: CD 标准分子质量 %:: CD E’F >7&&06-
下同 (G0 37=0 C0>4H-
图 ;! B,; I的浓度对 ##$ 反应的影响
*+,- ;! .//0123 4/ B,; I 1451052672+453 45 ##$ 60712+45
% 8 9:B,; I浓度分别为 %- J,;- J,"- J,9- : ==4>·? @ %
B,; I 1451052672+45 %- J,;- J,"- J,9- : ==4>·? @ % -
图 "! (7K 聚合酶浓度对 ##$ 反应的影响
*+,- "! .//0123 4/ (7K D4>L=06730 1451052672+453
45 ##$ 60712+45
% 8 9:(7K 酶分别为 :- J,%- :,;- :,"- : M
(7K D4>L=06730 :- J,%- :,;- :,"- : M
物优化浓度(图 9);模板 E’F 在 ":,<: 5, 时谱带
基本稳定且带型清晰,浓度低时条带模糊不清,过高
则背景加深、较难分辨(图 J)。
;A 9! )N$ 反应过程中退火温度对扩增结果的影响
! 退火温度是决定引物与模板结合的另一重要因
素,研究表明(图 <)退火温度较低时无扩增条带或
多为非特异性条带,只有 J;- : O为 F*:9 的最佳退
火温度。其他引物的最佳退火温度见表 ;。
;A J! ##$P)N$ 优化体系的应用 ! 选引物 EQ%;,按
图 9! 引物浓度对 ##$ 反应的影响
*+,- 9! .//0123 4/ D6+=06 1451052672+453 45 ##$ 60712+45
% 8 9:引物浓度分别为 :- %;,:- ";,:- J;,:- R; !=4>·? @ %
)6+=06 1451052672+45 :- %;,:- ";,:- J;,:- R; !=4>·? @ % -
图 J! 模板 E’F 对 ##$ 反应的影响
*+,- J! .//0123 4/ 20=D>720 E’F 7=4S52 45 ##$ 60712+45
% 8 9:模板 E’F 分别为 %J,":,<:,T: 5,
(0=D>720 E’F %J,":,<:,T: 5,-
*+,- +5,
20=D0672S60 45 ##$ 60712+45
% 8 J:第 < 对引物 J:,J:- J,J%,J%- J,J; O
)6+=06 < J:,J:- J,J%,J%- J,J; O;
所用引物为 F*:9 (G0 D6+=06 S30& +5 2G0 ##$P)N$ +3 F*:9-
照 &’() 的 B,; I、(7KE’F 聚合酶、引物、模板 E’F
浓度分别为 :A 9: ==4>·? @ %,;- J ==4>·? @ %,%- : M,
:- "; !=4>·? @ %,": 8 <: 5,,退火温度为 J:- : O进行
J 个不同入侵地的美国白蛾种群的 ##$ 扩增,图 R
表明该 ##$P)N$ 反应体系的优化条件能扩增出清
晰、多态性高的谱带,能够阐明美国白蛾不同侵入地
间种群的遗传变异和多态性。
同样用引物 EQ%; 对沧州美国白蛾种群中的
%R 个个体进行 )N$ 扩增,由图 U 可知该引物也能扩
增出清晰、多态性高的谱带。表明上述 ##$P)N$ 反
应体系稳定可靠。
JR%
林 业 科 学 !" 卷 #
表 !" ##$ 引物最佳退火温度
%&’( !" %)* +,-./&0 &11*&0.12 -*/,*3&-43* +5 ,3./*36
引物名称
$%&’(% )*’(
最佳退火温度
+,-&’*. *))(*.&)/ -(’,(%*-0%( 1 2
引物名称
$%&’(% )*’(
最佳退火温度
+,-&’*. *))(*.&)/ -(’,(%*-0%( 1 2
3456 78 9:57 7;
<=5! 75 945! 78
3>5? 75 =358 78
@A56 75 =A;8 75
图 B# 引物 945! 的扩增结果
4&/C B# D(E0.- FG HHD *’,.&G&I*-&F) FG ,%&’(% =A;8
; J 7:丹东 =*)KF)/;" J ;5:烟台 L*)-*&;;; J ;7:秦皇岛 M&)N0*)/K*F;;" J 85:正定 ON()/K&)/;8; J 87:沧州 C
图 P# 引物 =A;8 对 ;B 个沧州美国白蛾基因组 =Q9 的扩增结果
4&/C P# $%FG&.( FG *’,.&I*-&F) ,%FK0I-E G%F’ /()(-&( =Q9 FG ;B !" #$%&’ FG >*)/RNF0 *II(EE&F)E 0E&)/ ,%&’(% =A;8
7" 讨论
HHD 具有稳定性、共显性和多态性等优点,是一
种较为理想的分子标记技术。但在实际应用中,必
须对每个微卫星位点的两翼序列有针对性地设计引
物。一个全新引物的设计,对试验技能要求高,成功
率较低( ON*)/,855!;姜静,855?);获得引物较为
便捷的方法是检索 @()3*)S、:序列数据库,参考相关资料进行改进设计。
微卫星标记在鳞翅目昆虫种群遗传学研究中有
不少报道,ON*)/ = W(855!)研究发现鳞翅目粉蝶和
蛾类昆虫基因组的微卫星侧翼序列高度保守,认为
这可能是鳞翅目昆虫微卫星丰富度较低的原因。
<(/.(IR 等(855B)通过对 ?8 种昆虫的微卫星序列的
研究也证实不同物种之间微卫星位点的侧翼序列差
异很大。本研究采用与美国白蛾同一鳞翅目的家蚕
(()*+,- *)./)、棉铃虫(!&0/#)1&.2’ ’.*/3&.’)、马尾
松 松 毛 虫( 4&%5.)0/*$6 2$%#7’7$6 )、舞 毒 蛾
(8,*’%7./’ 5/62’.)等昆虫( V& &7 ’0C,8557;U& &7 ’0C,
8557;@%*E(.* &7 ’0C,8557;李竞等,8557;沈利,
855!;王少丽等,855?;D(KKX &7 ’0C,;666)已有报道
的多态性表现好的引物,建立了适合研究美国白蛾
的 HHD 反应体系,但并不是在鳞翅目昆虫上多态性
表现好的引物对研究美国白蛾都适用,例如家蚕的
B 对微卫星引物就不能成功应用美国白蛾的遗传研
究,用马尾松毛虫筛选出的 P 对引物在美国白蛾遗
传研究中可以得到较好的扩增其主要原因可能是微
卫星高度保守的侧翼序列所致(李竞等,8557;沈
利,855!;王少丽等,855?)。
虽然 HHD 技术在其他昆虫上己经有了很多应
用,但是不同的昆虫具有不同的最适宜体系,因而筛
选 HHD 引物及建立稳定的反应体系是 HHD 多态性
标记成功应用的基础。在 HHD 优化的体系中,过量
的 KQT$E 会与聚合酶竞争结合 D 反
应。其他成分的浓度过高则会引起引物与模板的错
配,产生非特异性扩增;过低会影响 $>D 产物的产
量,条带明显不清楚。$>D 中 =Q9 聚合酶的活性所必需的辅助因子,因此
其浓度在每一引物与模板配对中均应做到最适。
T*Z=Q9 聚合酶浓度过高,可引起非特异性产物的
扩增;浓度过低则合成产物量减少。引物浓度偏高
会引起错配和非特异性产物扩增,且可增加引物之
"B;
! 第 " 期 杜 ! 娟等:美国白蛾 ##$ 反应体系的优化与初步应用
间形成二聚体的机率,非特异性扩增能竞争所使用
的酶、%&’( 和引物,导致 )&* 合成产率下降。模板
的质量并不需要很纯,但一定得量化,其浓度太小会
影响 (+$ 的产量,浓度太大则会产生非特异性产物
或造成扩增泳道背景加深(,-./01. !" #$%,2334)。退
火温度是决定引物与模板结合的另一重要因素,实
验过程中发现不同引物的最佳退火温度不同,但在
本试验中引物的退火温度范围比较小,因而不需太
大的变动,选用其他的引物时可以根据 &5 值稍作
调整,将 &5 控制在 4 6 7 8。
参 考 文 献
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及对其分离的影响 9 动物学报,43(:):=37 < =;:9
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< ;3>>9
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/C1NSF-5,5*.678 .*,(: *[PD%.DB0, JF1V5F-JGC/5 .D% /E-.CD
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(责任编辑 ! 朱乾坤)
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