全 文 ：第 !" 卷 第 ! 期
# $ % $ 年 ! 月
林 业 科 学
&’()*+(, &(-.,) &(*(’,)
./01 !"，*/1 !
,234，# $ % $
毛竹 !"#$%$%&50678 9(+):转座子的分离与分析"
钟; 浩% ; 周明兵% ; 白有煌# ; 汤定钦%
（%1 浙江林学院 ; 浙江省现代森林培育技术重点实验室 ; 临安 <%%<$$；#1 浙江大学生命科学学院生物信息系 ; 杭州 <%$$=>）
摘 ; 要：; 微型颠倒重复序列（?6@6ABC38 6@D83B8E 3828AB B3A@:2/:AF08 808?8@B:，9(+):）是一类对基因组进化和基因表
达有重要调节作用的转座子。为分析 9(+): 在毛竹基因组中的分布特性，借鉴 GA:B (:/0AB6/@ FH ,G-I /J &8KC8@L8:
’/@BA6@6@M 3828AB:（ G(,&’N）方法，首次构建 !"#$%$%&50678 9(+): 富集文库。随机挑取 #% 个克隆，测序发现 # 个含
有 !"#$%$%&50678 9(+): 序列（ !"#$’()* 和 !"#$’()+），阳性率为 O1 =#P。!"#$’()* 和 !"#$’()+ 的长度分别为 #"$
和 #=> F2，具有 !"#$%$%&50678 9(+): 典型的末端颠倒重复序列（ B83?6@A0 6@D83B8E 3828AB:，+(Q:）和靶位点重复序列
（ BA3M8B :6B8 EC206LAB6/@，+&R）。!"#$’()* 和 !"#$’()+ 与水稻的 !"#$’,-.（ GS#""$#!）的同源性分别为 !"1 !P 和
=#1 "P。!"#$’()* 和 !"#$’()+ 与水稻 %" 类 !"#$%$%&50678 9(+): 的 +(Q: 前 #$ F2 的相似性均高于 =$P，表明毛竹
的 !"#$%$%&’0678 9(+): 在 +(Q: 上是高度保守的。
关键词：; 毛竹；磁珠富集；转座子；+(Q:；!"#$%$%&50678 9(+):
中图分类号：&T%>1 !"; ; ; 文献标识码：,; ; ; 文章编号：%$$% U T!>>（#$%$）$! U $$收稿日期：#$$O U $> U <%。
基金项目：国家自然科学基金项目（<$%；<$TT%T=<）资助。
" 汤定钦为通讯作者。
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2(3’9:/) ’( ’(&))#*"%+(&* ,-.)/*
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#1 C0D%8"E03" #9 F2#239#8E%"2>-，G#<<040 #9 6290 !>203>0-，/)012%34 B32=08-2"&; H%34I)#? <%$$=>）
*8"&3%9&：; +3A@:2/:AF08 808?8@B: [838 A 76@E /J R*, J3AM?8@B: ?/DAF08 6@ M8@/?8:4 96@6ABC38 6@D83B8E 3828AB
B3A@:2/:AF08 808?8@B:（9(+):）[838 A L0A:: /J :W/3B，[6E8:238AE B3A@:2/:AF08 808?8@B: [6BW W6MW L/2H @C?F83 [W6LW
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()+ [838 #"$ F2 A@E #=> F2，38:28LB6D80H4 +W8H WAE BH26LA0 +(Q:（ B83?6@A0 6@D83B8E 3828AB:）A@E +&R（ BA3M8B :6B8
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[838 AF/D8 =$P FA:8E /@ BW8 J63:B #$ F2 /J BW863 +(Q:，[W6LW 38J08LB8E BWAB BW8 +(Q: /J !"#$’()* A@E !"#$’()+ [838
W6MW0H L/@:83D8E4
;/+ <#3)"：; ()&<<#-"%>)&- 0;?<2-；8@36LW?8@B FH ?AM@8B6L F8AE:；B3A@:2/:/@；+(Q:；!"#$%$%&50678 9(+):
; ; 转座子（ B3A@:2/:AF08 808?8@B:）是广泛分布于真
核生物中的一类可移动的 R*, 片段。根据转座机
制，可将转座子分为!，"# 类：类型!转座子，又
称作反转录转座子（ 38B3/B3A@:2/:/@），其转座过程以
Q*, 为中间媒介；类型"转座子，又称作 R*, 转座
子（R*, B3A@:2/:/@），通过 R*, 中间体进行转座
（G8:LW/BB8 0" %分，R*, 转座子又分为自主型转座子（ ACB/@/?/C:
808?8@B）、非 自 主 型 转 座 子（ @/@5ACB/@/?/C:
808?8@B）和微型颠倒重复序列（ ?6@6ABC38 6@D83B8E
林 业 科 学 !" 卷 #
$%&%’( ($’)*&+*’,-% %-%.%)(*，/012*）3 类。自主型转
座子编码具有功能的转座酶等产物，自身能够转座；
而非自主型转座子是由自主型转座子部分序列缺失
后形成的，本身不具备转座活性，只有在自主型转座
子存在时才能转座（4%*56+((% !" #$%，7887）。
/012* 是 9:$%’: 等（;<<7；;<转座子，其结构与非自主型转座子相似，但在长度上
更短（;88 = >88 ,&），拷贝数更高（几百到几万），具
有几十碱基左右的末端颠倒重复序列（ (%$.?)’-
?)@%$(%A $%&%’(*，10B*）和几个碱基的靶位点重复序
列（ (’$C%( *?(% A:&-?5’(?+)，1DE），在自主型转座子提
供转座酶的情况下能够转座（9:$%’: !" #$%，;<F%**-%$ !" #$%，;<<>；1:，;<的特性可以把 /012* 归类成不同的家族，在植物中
分布最为广泛的 /012* 为 &’()*+" 和 ,"’-#-#. 两大
家族（9:$%’: !" #$%，;<；H?’)C
!" #$%，788;）。水稻（/).0# +#"*1#）的全基因组数据
检索结果表明，水稻基因组中的 /012* 数量多达 G3
!><，归属于多个 /012* 家族，是最丰富的转座子类
型，其中，,"’-#-#.I-?J% /012* 有 3; 337 个，占水稻
基因组的 ;K "L（ MJ? !" #$%，788N）。 ,"’-#-#.I-?J%
/012* 的 10B* 比较保守，这为利用其 10B* 保守序
列作为探针分离 ,"’-#-#.I-?J% /012* 提供了可能。
,"’-#-#.I-?J% /012* 在 &23 4 5#)*6!) 自主型转座子
提供转座酶的情况下还能够再次转座，对基因组进
化和基因表达有重要调节作用（ 1:$5+((% !" #$%，
788;；O6’)C !" #$%，788;；4%*56+((% !" #$%，7883）。
毛竹（ 78.$$’+"#28.+ !9($*+）是最重要的经济竹
种，大约占竹林总面积的 7 P 3。毛竹变异（或称栽培
类型）非常丰富，在秆形、秆及叶颜色上发生变异的
就有龟甲竹（78% !9($*+ QR 8!"!)’2.2$#，中国）、圣音
毛竹（78% !9($*+ QR "(:#!;’)5*+，湖南益阳）、方秆毛
竹（78% !9($*+ Q% <(#9)#6=($#)"(+，湖南、安徽）、梅花
竹（78% !9($*+ Q% ’:"(+#6=($#)，湖南岳阳）、油毛竹
（78% !9($*+ Q% !>)(*6’+#，安徽）、曲秆毛竹（ 78%
!9($*+ Q% ;$!?(’+#，湖南益阳）、金丝毛竹（78% !9($*+
Q% =)#2*$*+，江苏南京）、黄皮毛竹（ 78% !9($*+ Q%
#(!)’@1#)*!=#"#，安徽、江苏）、厚壁毛竹（ 78% !9($*+
Q% >#28.$’!6，江西万载、宜丰）、花毛竹（ 78% !9($*+
Q% 8(#5#’08(，浙江、江苏）、绿皮花毛竹（78% !9($*+
Q% 6#:!+8*5#6#，中国、日本）、黄槽毛竹（78% !9($*+
Q% =*55!*，中国、日本）、绿槽毛竹（ 78% !9($*+ Q%
1*)*9*+($2#"#，四 川）、瘤 枝 毛 竹（ 78% !9($*+ Q%
"(5!+2!6，四川长宁、万岭）等。研究表明：多种毛
竹栽培类型间的 S4TU 多态性很低（ T?) !" #$R，
788<），甚至没有 DDB 多态性（ 1’)C !" #$%，788<）。
多种竹子在其生长过程中表现性状不稳定，有的还
会随着栽培条件的改变而发生逆转。如龟甲竹栽植
后长出的新竹有的竹秆变成正常竹秆，乌角绿竹
（A#5:(+# ’$98#5**）在组培过程中叶及秆的颜色也会
发生变化，小佛肚竹（A% 1!6")*2’+#）的秆型易受光等
因子影响（陈双林等，788;）。这些特性与转座子的
遗传性类似，或许与转座子的作用存在着某种关联
（与台湾植物研究院黄丽春教授个人交流）。分离和
研究毛竹基因组中的 ,"’-#-#.I-?J% /012* 等转座子
对揭示这些表观遗传学现象具有重要的意义。
毛竹基因组测序刚刚起步，目前还无法通过数
据检索方式大量获得 ,"’-#-#.I-?J% /012*。本研究
根据 ,"’-#-#.I-?J% /012* 的 10B* 保守域设计探针，
借鉴 4’*( 0*+-’(?+) ,V S4TU +Q D%W:%)5%* X+)(’?)?)C
$%&%’(*（40SDXM）（O’)% !" #$%，7887）方法首次构建
了毛竹 ,"’-#-#.I-?J% /012* 富集文库，成功分离并
鉴定 7 个 ,"’-#-#.I-?J% /012*，为研究 ,"’-#-#.I
-?J% /012* 在毛竹基因组中的分布和进化特性奠定
基础，也为在基因组背景比较薄弱的物种中分离
/012* 提供一种新的策略和方法。
;# 试验材料
毛竹叶片采集地位于浙江省临安市（38Y;!Z[，
;; 年以
上。于 788< 年 ! 月取毛竹新叶为材料。采集时用
变色硅胶快速干燥，带回实验室后置于 \ G8 ]超低
温冰箱中保存。
7# 试验方法
!" #$ 基因组 %&’ 的片段化
7K ;K ;# 基因组 E[S 的提取、酶切和接头连接 # 采
用改良的 X1S9 法（E+V-% !" #$%，;因组 E[S 后，取 78 !T E[S（;> !C）经 B2’B"（宝
生物工程有限公司）3G ]酶切过夜后，在 ;L 琼脂
糖凝胶上电泳，切胶回收 388 = G88 ,& 的片段。取
788 )C 回收的 E[S 和 ! !T B2’B"接头（> !.+-·
T \ ;）（分别由含 ;G 个碱基的寡核苷酸序列 >ZI
X1X^1S^SX1^X^1SXXI3Z和含 ;N 个碱基的寡核苷
酸序列 >ZISS11^^1SX^XS^1X1SXI3Z组成）通过
1! E[S 连接酶（[29 公司）于 ;" ]连接过夜，! ]
保存。
7K ;K 7# 第 ; 次 UXB# 根据 B2’B"接头序列设计引
物，上下游引物均为 >ZI^SX1^X^1SXXSS11XI3Z，
对连接混合液进行 UXB。>8 !T 的 UXB 体系中含
N3
! 第 " 期 钟 ! 浩等：毛竹 !"#$%$%&#$%&’ ()*+, 转座子的分离与分析
-.. /0 模板 123，- !4 引物（-. !56$·4 7 -），8 !4
-. 9 :;< =>??’@，A !4 (0;$B（ B8 556$·4
7 -），
-C B8 !4 D2*:（各 BC 8 556$·4 7 -），.C 8 !4 ’%( 酶
（8 E·!4 7 -，宝生物工程有限公司），加双蒸灭菌水
至总体积 8. !4。反应条件：F" G 预变性 8 5%/，
F" G变性 A. ,，8H G退火 - 5%/，IB G延伸 - 5%/，
共 -8 个循环；IB G 延伸 -. 5%/。反应产物置于
" G保存。 ! !
!" !# 靶向 $%& 片段的富集与克隆
BC BC - ! 生物素 探 针 杂 交 ! 根 据 !"#$%$%&#$%&’
()*+, 的 *)<, 保守序列，合成 8J端生物素标记简并
性探针（8J K%6L%/#;*;;;*M;N**M**OOO *3;O*#
AJ）。取 ". !4 上述 :;< 扩增产物和 BC 8 !4 生物素
标记探针（-. !56$·4 7 -），加 B. 9 PP;（.C A 56$·4 7 -
2QA R%L@QL’，A 56$·4
7 - 2Q;$，STIC .）至总体积 H8
!4。:;< 仪中 FU G变性 8 5%/，8" G反应 A. 5%/，
取出后，缓慢冷却至室温，" G保存备用。
BC BC B! 链霉亲和素磁珠富集 ! 取 U. !4 链霉亲和
素磁珠（ 1V/Q$ =%6L’RW 公司，HC I 9 -.8 1V/QK’QD,·
!4 7 -）置于 B 54 离心管，加入 - 54 *+（-. 556$·
4 7 - *@%,#T;$，- 556$·4 7 - +1*3，STUC .）洗涤 B 次，
- 54 H 9 PP;（.C .F 56$·4 7 - 2QA R%L@QL’，.C F 56$·4
7 -
2Q;$，STIC .）洗涤 B 次。洗涤完毕后，用 A8 !4 H 9
PP; 重悬磁珠，将上述生物素探针反应液加入到重
悬磁珠，室温轻轻混匀 A. 5%/，使磁珠充分吸附
123，用磁架收集磁珠，弃去杂交混合液。沉淀用
- 54 B 9 PP;［.C .A 56$·4 7 - 2QA R%L@QL’，.C A 56$·4
7 -
2Q;$，STIC .，含 .C -X P1P（十二烷基硫酸钠）］室
温下洗涤 B 次（每次 8 5%/）。然后用 - 54 - 9 PP;
（.C .-8 56$·4 7 - 2QA R%L@QL’，.C -8 56$·4
7 - 2Q;$，
STIC .）室温下洗涤 B 次（每次 8 5%/），再于 "8 G下
分别洗涤 B 5%/ 和 8 5%/。将上清吸取干净，加入 8.
!4 *+ 充分混匀磁珠，然后于 FF G下水浴 8 5%/，用
磁架收集磁珠后，迅速吸取上清液。
BC BC A! 第 B 次 :;第 - 次 :;< 的引物进行 :;< 扩增放大。反应条件
与第 - 次 :;< 相同。
BC BC "! * 载体连接和转化 ! 将上述 :;< 扩增产物
用 :;< 纯化试剂盒（上海生工生物工程技术有限公
司）进行回收，连接到 S(1-U#* 载体（宝生物工程有
限公司）后，转化至 1T8" 感受态细胞，涂平板 AI G
过夜倒置培养。
!" ’# 文库的鉴定和分析
经蓝白斑筛选后，根据白斑所占的比例计算重
组率。取 B- 个白色菌落扩大培养，以菌液为模板，
:;< 法扩增鉴定重组子插入片段的大小（ P&%//’@ )"
%*+，-FFA）。将重组子在 3=)A-.. 3YQ/L 123 测序
仪上测序。测序得到的序列用基于隐马可夫模型
（ T%DD’/ (Q@&6Y (6D’$，T((）的 T((+< 软 件
（+DDV，-FFU）进行分析，利用 Z>@’L%R 等（B.."）建立
的 !"#$%$%& S@6?%$’#T((,，鉴 定 !"#$%$%&#$%&’
()*+, 序列。同时通过 =43P* 在 2;=)（ 2QL%6/Q$
;’/L’@ ?6@ =%6L’RW/6$60V )/?6@5QL%6/，WLLS： [ [ \\\]
/RK%] /$5] /%W] 06Y [）数 据 库 上 检 索 水 稻 AH 类
!"#$%$%&#$%&’ ()*+,，利 用 ^’RL6@ 2*) -.C .
（ )/Y%L@60’/ 公司）软件选取 ;$>,LQ$ O 方法将获得的
毛竹 !"#$%$%&#$%&’ ()*+, 序列与水稻中的 !"#$,-./
进行同源性分析，另外将水稻 AH 类 !"#$%$%&#$%&’
()*+, 的 *)<, 和毛竹 !"#$%$%&#$%&’ ()*+, 的 *)<,
采用同样的方法进行同源性分析，利用 (+N3"C .
软件（ *Q5>@Q )" %*+，B..I）的邻接法（ /’%0WK6@#
_6%/%/0，2Z）构建了进化树。
A! 结果与分析
’" (# $%& 片段的酶切、连接和扩增
()*+, 一般集中在 -.. ‘ 8.. KS，基因组 123
经 01#<#酶切，回收 A.. ‘ I.. KS 的片段。接头连
接后经第 - 次 :;<，取 -. !4 进行电泳检测（图
-3），结果显示 :;< 产物明显，片段主要分布在
A.. ‘ I.. KS，能够进行下一步试验。
’" !# )*+,- 富集文库分析
将富集的 ()*+, 片段与 S(1-U#* 载体连接，转
化至大肠杆菌 1T8" 感受态细胞，蓝白斑筛选（图
-=），4= 培养基中均匀分布白色菌落为 FF" 个，占
总数的 FFC HX。
在文库中随机挑取 B- 个白色菌落于 AI G培养
过夜，菌液 :;< 检测重组子插入片段的大小（图
-;）。结果发现片段集中在 8.. ‘ I.. KS。将这 B-
个重组子测序，得到的序列用 T((+< 软件分析，发
现其中有 B 个含有 !"#$%$%&#$%&’ ()*+, 序列，阳性
克隆率为 FC 8BX。分别命名为 !"#$,234 和 !"#$,
235，分别对应图 -; 中的 8 和 -B 泳道。
目前富集文库大量测序正在进行，通过对 -B.
个克隆测序结果分析，共鉴定出 -- 个阳性克隆，不
完全 数 据 统 计 结 果 与 文 库 鉴 定 的 阳 性 率 是
接近的。 ! !
’" ’# 毛竹 !"#$%$%&./012 )*+,- 特性分析
!"#$,234 和 !"#$,235 的长度分别为 BH. KS 和
B8U KS。 !"#$,234 的 *)<, 为 8J#;*;;;*
*;N*****333*3;3*N3;N***N#AJ， !"#$,235 的
FA
林 业 科 学 !" 卷 #
$%&’ 为 ()*+$+++$++,$$+$$$$$$-+$$*.)， 与
!"#$%$%&*/012 3%$4’ 的 $%&’ 同 源。 !"#$’()* 和
!"#$’()+ 的 $56 均为 $-，为 !"#$%$%&*/012 3%$4’
典型的靶位点重复序列。将 !"#$’()* 和 !"#$’()+
与 7+8% 上登录的 !"#$’,-.（ 9:;""<;!）进行同源性
分析（图 ;）。!"#$’()* 和 !"#$’()+ 与 !"#$’,-. 的
相似性分别为 !"= !> 和 (;= ">，而 !"#$’()* 和
!"#$’()+ 之间的相似性为 (?= .>。
水稻基因组共有 !"#$%$%&*/012 3%$4’ .@ ..;
个，根据 $%&’ 保守性可分为 ." 类（ 92’ABCDD2 /" %01，
;<<.），为了分析毛竹 !"#$’()* 和 !"#$’()+ 与已鉴
定的 ." 类 !"#$%$%&*/012 3%$4’ 的进化关系，取 ."
类 !"#$%$%&*/012 3%$4’ 的 $%&’ 和毛竹 !"#$%$%&*
/012 3%$4’ 的 $%&’，通过 +EF5$-E G 多重序列比对
后采用邻接法构建进化树（图 .）。进化树表明
!"#$%$%&*/012 3%$4’ 分为 ( 个进化枝（!，"，#，$
和%），!"#$’()* 和 !"#$’()+ 分别位于"和%; 个
进化枝中。
图 @# 富集文库的构建与 !"#$%$%&*/012 3%$4’ 的分离
90HI @# +CJ’DKLAD0CJ CM 2JK0AB2N /0OKPKQ PJN 0’C/PD0CJ
CM !"#$%$%&*/012 3%$4’ MCK ()1 /2304-
-I 第 @次 R+&产物电泳结果# R+& SKCNLAD CM DB2 M0K’D PTS/0M0APD0CJ；
8I !"#$%$%&*/012 3%$4’富集文库及蓝白斑法筛选 4JK0AB2N /0OKPKQ
MCK !"#$%$%&*/012 3%$4’ PJN DB2 O/L2 UB0D2 ’AK22J0JH；+I R+&法筛选
毛竹 3%$4’ 重组子 # $B2 ’AK22J0JH CM 3%$4’ K2ACTO0JPJD A/CJ2’ 0J
2JK0AB2N /0OKPKQ OQ R+&I 3：. 1O 67- /PNN2KI
图 ;# !"#$’()*，!"#$’()+ 与 !"#$’,-. 的同源性分析
90HI ;# VCTC/CHCL’ PJP/Q’0’ CM !"#$’()*，!"#$’()+ PJN !"#$’,-.
被黑色覆盖的碱基为三者的共同部分 8/PA1 OP’2’ PK2 DB2 ACTTCJ SPKD CM DB2 3%$4’I
!# 讨论
!" #$ 构建富集文库是分离 %&’() 的一条有效途径
毛竹 ;+ 67- 含量为 != ;; SH 或基因组大小为
; <.! 3O，大小与玉米（5/% 6%&-）相当，是普通二倍
体栽培稻基因组的 (= ! 倍（桂毅杰等，;<物种基因组大小与转座子含量成正比的原理
（82JJ2DW2J，;<<;；92’ABCDD2 /" %01，;<<; ），有理由
推测毛竹基因组中也可能含有大量的转座子。但桂
毅杰等（;<均长度 X;"= ; OS，累计长度 <= X; 3O；重复序列分析
表明，没有鉴定到 !"#$%$%&*/012 3%$4’。本研究采
用的磁珠富集法构建 !"#$%$%&*/012 3%$4’ 富集文
库成功分离和鉴定到毛竹基因组的 3%$4’。
目的 67- 序列的获得主要有 ; 种途径（孙效文
等，;<<(）：一种是经典的分子生物学方法构建含有
目的 67- 序列的基因组文库，通过杂交筛选出含有
目的 67- 序列的克隆，方法易掌握，但必须对每个
克隆进行筛选鉴定，工作量大，需花费大量人力、财
力，且效率较低，植物中已报道的阳性率约为 @> Y
.>（ZPJ2 /" %01，;<<;）；另一种是从已知的核酸序
列中进行数据检索，对于基因组信息相当丰富的物
种而言，如水稻是有效的方法。但对于类似毛竹基
因组 信 息 相 对 缺 乏 的 物 种 而 言 存 在 局 限 性。
9%-5+[ 方法首先由 $CTP’C RPDPKJ2//C 创立，广泛应
用于分离基因组上含有 55& 序列的片段（ ZPJ2 /"
! 第 " 期 钟 ! 浩等：毛竹 !"#$%$%&#$%&’ ()*+, 转座子的分离与分析
-$.，/00/）。作者也利用此法富集分离到了毛竹的
112 片段（数据未显示）。本研究首次借鉴 3)4156
方法，根据 !"#$%$%&#$%&’ ()*+, 的 *)2, 保守性构建
了 ()*+, 的富集文库。在富集文库测序7 788 9:的
序列中鉴定发现属于 !"#$%$%&#$%&’ ()*+, 的为 ;<=
9:，效率为 >>? "<8@（表 <）。从表 < 看出，在毛竹
!"#$%$%&#$%&’ ()*+, 富 集 文 库 中 !"#$%$%&#$%&’
()*+, 的含量远大于 ()*+, 在其他植物基因组中的
含量，这说明文库的富集效果还是比较明显的。本
研究创建的构建 ()*+, 富集文库的方法将是大量
分离植物 ()*+, 的一条有效途径。
!" #$ 毛竹 !"#$%$%&%&’() *+,-. 的 ,+/. 在进化上
相对保守
*)2, 是转座子在转座过程中转座酶识别并结
合的部位（ABC’-B ’" %()，<88/；<88"），!"#$%$%&#$%&’
()*+, 的 *)2, 序列与自主型转座子 *+, - .%/01’/ 的
*)2, 序列非常类似，暗示 *+, - .%/01’/ 能够识别
!"#$%$%&#$%&’ ()*+, 的 *)2,，催 化 !"#$%$%&#$%&’
()*+, 转座。本研究鉴定的 !"#$234, 和 !"#$2345
的 *)2, 序列与本实验室后期分离的 .%/01’/#$%&’
! ! !
图 D! / 个毛竹 !"#$%$%&#$%&’ ()*+, 和水稻
D> 类 !"#$%$%&#$%&’ ()*+, 的进化关系
3%E. D! FGH$IE’J’K%L C’$-K%IJ,G%:, IM / 34) ’67(08 !"#$%$%&#$%&’
()*+, -JN D> C%L’ !"#$%$%&#$%&’ ()*+, 9-,’N IJ *)2,
表 0$ 1 种植物中的 *+,-.!
,234 0$ *+,-. ’5 1 6&257.
植物
F$-JK
总碱基数
*IK-$ 9-,’,
JBO9’C P &9
()*+, 拷贝数
()*+,
JBO9’C
()*+, 全长
*IK-$
$’JEKG P 9:
()*+, 平均长
(’-J
$’JEKG P 9:
3C-LK%IJ 值
3C-LK%IJ P @
参考
2’M’C’JL’
毛竹 ()*+, 文库 ()*+,
$%9C-CH MIC 34. ’67(08
7? 788 / ;<= /;8? 0 >>? "<8 —
玉米 9’% .%&8 / ;=0 000 =D /> >00 D/0? 8 0? 0<0 GKK:：%:$-JKC’:’-K,. :$-JK9%I$IEH. O,B. ’NB P Q’-. GKO$
水稻 :/&;% 8%"0<% D>D 000 7D ";8 <" ;80 =77 <8=? > D8? 000 6&% ’" %()，/00=
高粱 !#/=47. >0+#(#/ >87 000 = D /00 "0>? / 0? 00; GKK:：%:$-JKC’:’-K,. :$-JK9%I$IEH. O,B. ’NB P ,ICEGBO. GKO$
苜蓿 ?’60+%=# 8%"0<% /<; 000 ;8 0? 0>" GKK:：%:$-JKC’:’-K,. :$-JK9%I$IEH. O,B. ’NB P O’N%L-EI. GKO$
! ! ! ()*+, 平均长为 ()*+, 全长与 ()*+, 拷贝数的比值。3C-LK%IJ 值为 ()*+, 全长与总碱基数的比值。(’-J $’JEKG IM ()*+, %, KG’ C-K%I IM
KIK-$ $’JEKG KI ()*+, JBO9’C. 3C-LK%IJ %, KG’ C-K%I IM KIK-$ $’JEKG KI KIK-$ 9-,’, JBO9’C.
’$’O’JK 转座子的 *)2, 相似性为 7未发表），!"#$234, 和 !"#$2345 与水稻的 D> 类
!"#$%$%&#$%&’ ()*+, 的 *)2, 前 /0 9: 的相似性都较
高。表 / 为在进化树 ; 个进化枝中各取 " 个
!"#$%$%&#$%&’ ()*+,（进化枝"只有 / 个），将它们
的 *)2, 前 /0 9: 进行同源性分析，发现相似性均高
于 ;0R。这说明 !"#$%$%&#$%&’ ()*+, 的 *)2, 在毛
竹进化过程中是相对保守的，这与其他物种的分析
结果是一致的（3’,LGIKK’ ’" %()，/00D）。
()*+, 在植物基因组中广泛大量存在，对研究
植物，特别是多配体大基因组植物的基因组进化具
有重要意义（T’,,$’C ’" %()，<88;）；同时 ()*+, 具
有高拷贝数、高多态性的特点，可开发为高效多态遗
传标记（(IJN’J ’" %()，/008）；()*+, 还时常与基
因相伴，一些基因的调节区域来源于 ()*+,，()*+,
在生物或非生物胁迫下能够活跃转座（U%&BLG% ’"
%()，/00D），为基因的分离和分子标签的开发提供了
便利。因而 ()*+, 在开发新型的遗传学研究工具
上呈现诱人前景。目前 ()*+, 研究的进展迅速，但
是鉴定的 ()*+, 仍然十分有限。本研究为大量分
离和鉴定基因组尚未测序的物种的 ()*+, 进行了
首次成功尝试，为从表观遗传角度研究毛竹在栽培
过程变化现象的分子机制奠定一定的基础。
<"
林 业 科 学 !" 卷 #
表 !" !"#$%$%&#$%&’ ()*+, 的 *)-, 同源性分析!
*./0 !" 1232$2425, .6.$7,%, 28 9:’ *)-, 28 !"#$%$%&$%&’( )*+,- .
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!"#$’()-+ /0 "0 32 12 30 /0 12 /2 32 /0 /2 12 "2 /0 "0
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!"#$’./* "2 "0 "0 "0 "0 "0 "0 00 "2 "2 /0 00 02
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!"#$’()1 10 "2 "2 "2 12 /0 /2 32 "2 /0 "0
!"#$’()2* /2 /0 "0 10 12 /0 10 "2 12 /2
!"#$’()23 30 32 12 "0 /2 /2 /2 /0 "0
#
!"#$’()2 32 12 "0 /2 /2 /2 /0 "0
!"#$’()4 12 /2 /0 /2 /2 /0 /2
!"#$’()+0 10 12 12 /2 10 /0
$
!"#$’()+4 32 /0 "2 12 /0
!"#$’()*- /2 "0 /0 /0
!"#$’()-3 "0 10 /2
%
!"#$’./- 12 "0
!"#$’()2- 10
!"#$’()+5
# # &表中数值为 +*4- 通过 5678+96 : 多重序列比对后计算所得相似性。!，"，#，$，%对应于图 ; 中的 0 个进化枝。+*4- <=( <%&>?(@ A-&?> 5678+96 :
-BCDE<=( (?(D&I D=(( -FBE? &? L&>H ;M
参 考 文 献
陈双林，杨 # 希 H N22OM 观赏竹种小佛肚竹栽培及形态控制 H 福建
林业科技，N1（O）：/3 P 12M
桂毅杰，王 # 晟，金丽艳，等 H N22/M 毛竹基因组大小和序列构成的
比较分析 H 中国科学，;/（!）：!11 P !3NM
孙效文，鲁翠云，梁利群 H N220M 磁珠富集法分离草鱼微卫星分子
标记 H 水产学报，N3（!）：!1N P !1"M
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（责任编辑 # 徐 # 红）
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