全 文 ：园 　艺 　学 　报 　2008, 35 (10) : 1447 - 1454
Acta Horticulturae Sinica
收稿日期 : 2008 - 06 - 18; 修回日期 : 2008 - 09 - 10
基金项目 : 北京市自然科学基金项目 ( 5062007) ; 国家自然科学基金项目 ( 30671422) ; 国家 ‘863’项目 ( 2006AA10Z1C9) ;
北京市科技新星计划项目 (2006B65)3 通讯作者 Author for correspondence ( E2mail: zhangfenglan@ nercv1org)
大白菜 SSR锚定标记分子遗传图谱的构建
于仁波 1, 2 , 于拴仓 2 , 戚佳妮 2, 3 , 张凤兰 23 , 余阳俊 2 , 赵岫云 2 , 张德双 2
(1 首都师范大学生命科学院 , 北京 100037; 2 北京市农林科学院蔬菜研究中心 , 北京 100097; 3 沈阳农业大学园艺学
院 , 沈阳 100161)
摘 　要 : 为了将已有的大白菜分子遗传图谱和国际上 A基因组参考图谱对应起来 , 利用国际上发表的
大白菜和甘蓝型油菜 A基因组特异 SSR标记作为锚定标记 , 以 100个 DH株系组成的群体为作图群体进行
了分子遗传图谱的构建研究。利用双亲和 F1对 230个 SSR标记和 8个 STS标记进行了筛选 , 共获得 67个多
态性分子标记。在此基础上整合了已有的 263个 AFLP标记、150个 RAPD标记、17个 SSR标记、3个
SCAR标记、14个同工酶标记和 1个形态标记 , 最终构建了一张由 10个连锁群组成 , 包含了 497个标记的
大白菜高密度分子遗传图谱。该图谱覆盖基因组长度 1 08617 cM , 标记间平均图距 2119 cM。此图谱上包
含了已在 A基因组参考图谱上定位的 34个 SSR标记和 2个 STS标记 , 分布于 10个连锁群上 , 由此可将该
图谱按 A基因组参考图谱的连锁群进行命名 , 即 A1～A10, 并与 10条染色体对应起来 , A1～A10分别对
应 3、6、2、8、5、4、7、9、1、10号染色体。
关键词 : 大白菜 ; 遗传图谱 ; SSR; 锚定标记
中图分类号 : S 63411　　文献标识码 : A　　文章编号 : 05132353X (2008) 1021447208
S im ple Sequence Repea t ( SSR) a s Anchor M arkers in Con structing a M o2
lecular Genetic M ap of Ch inese Cabbage ( B rassica rapa L. ssp. pekinensis)
YU Ren2bo1, 2 , YU Shuan2cang2 , Q I J ia2ni2, 3 , ZHANG Feng2lan23 , YU Yang2jun2 , ZHAO Xiu2yun2 , and
ZHANG De2shuang2
(1 College of L ife Science Capita l N orm al U niversity, B eijng 100037, Ch ina; 2V egetable R esearch Center, B eijing A cadem y A gricul2
tura l and Forestry Sciences, B eijing 100097, China; 3D epartm en t of Horticulture, Shenyang A gricu ltural U niversity, Shenyang
100161, Ch ina)
Abstract: In this paper, a DH population including 100 lines was used to construct a detailed genetic
map to establish the identity of linkage group s corresponding to reference map of B rassica A genome. A set of
SSR and STS markers p rovided anchors to p reviously published linkage map s for B. rapa and B. napus, and
was used to designate linkage group s. Out of 230 SSR markers and 8 STS markers, 67 markers showed poly2
morphism between 2 parents and were analyzed in DH population. In addition, 448 p reviously mapped molec2
ular markers, including 263 AFLP markers, 150 RAPD markers, 17 SSR markers, 3 SCAR markers, 14
isozyme markers and a morphological marker were integrated to a genetic map. This map contains 497 loci,
and covered 1 08617 cM with an average distance 2119 cM. In this map , 36 markers p reviously published in
reference map, including 34 SSR markers and 2 STS markers, were distributed in 10 linkage group s. Accord2
ingly, these linkage group s were named following the A1 to A10 of reference map, and were assigned to corre2
sponding chromosomes.
Key words: Chinese cabbage; genetic map; SSR; anchor markers
© 1994-2009 China Academic Journal Electronic Publishing House. All rights reserved. http://www.cnki.net
园 　　艺 　　学 　　报 35卷
构建大白菜 (B rassica rapa L. ssp. pekinensis) 高密度的遗传连锁图对于遗传学研究和分子育种具
有重大意义。自 1990年 Slocum等利用亚种间杂交的 F2群体构建了第一张 B. oleracea的 RFLP连锁图
以来 , 芸薹属的三个基本种和两个次生种均已构建了分子连锁图谱 , 总数已达 40余张。A jisaka等
(1995) 首先用白菜品种间的组合 , 开展了白菜 RAPD分子图谱的研究 , 该图谱包括 115个 RAPD标
记和 2个同工酶标记。随后 Matsumoto等 ( 1998) 也构建了一张大白菜的遗传图谱 , 但只包括了 63
个 RFLP标记。近年来 , 以英国为核心组建了多国芸薹属基因组计划 (MBGP) , 并启动了 “测序计
划 ” ( Yang et al. , 2005)。2006年韩国发表了一张主要由序列标签标记组成的高密度白菜分子遗传
图谱 ( Kim et al. , 2006)。第 2年 Choi等 (2007) 又发表了一张由 556个 PCR标记组成的白菜参考
分子遗传图谱 , 为实现序列信息和遗传信息的整合及各实验室数据共享奠定了基础。我国研究者先后
利用不同的群体构建不少于 6张较为完整的白菜分子遗传图谱 , 其中北京市农林科学院蔬菜研究中心
先后构建了国内外第一张利用 R IL群体构建的大白菜品种间永久分子遗传图谱 (于拴仓 等 , 2003a)
和 DH群体构建的高密度永久分子遗传图谱 (王美 等 , 2004; 张立阳 等 , 2005) , 并用这些图谱定位
了一批重要的基因 , 包括耐热性 (于拴仓 等 , 2003b)、橘红心 (王国臣 等 , 2007)、晚抽薹 ( Yang
et al. , 2007) 等重要的农艺性状。但是 , 所用标记大多为作图效率较高的显性标记 , 如 RAPD 和
AFLP, 在标记辅助选择中操作性差 , 图谱间无法实现信息交流 , 无法和国际接轨。
鉴于此 , 本研究的目标是 : 基于北京市农林科学院蔬菜研究中心白菜课题组已有的 DH群体 , 利
用国际上发表的大白菜和甘蓝型油菜 A基因组分子遗传图谱 ( Suwabe et al. , 2002, 2006; Lowe et
al. , 2002, 2004; Kim et al. , 2006; Choi et al. , 2007) 上的 SSR标记作为锚定标记 , 将本课题组构
建的大白菜分子遗传图谱和国际上 A基因组参考图谱对应起来 , 并最终使连锁群与染色体对应起来 ,
为进一步进行分子标记辅助育种和大白菜基因组的研究奠定基础。
1　材料与方法
所用大白菜双亲 (912112和 T12219)、F1和 DH群体与张立阳等 (2005) 所用材料相同。所有试材
播种于温室 , 待幼苗长出 2～3片真叶时取叶片 , 采用 CTAB法提取 DNA, 用分光光度计测定 DNA浓度。
SSR和 STS标记引物来源 : 79个 SSR 标记来自 Lowe等 ( 2002, 2004) ; 43个 SSR 标记来自
Suwabe等 (2002, 2006) ; 5个 STS标记来自 Kim等 (2006) ; 3个 STS标记来自北京农林科学院蔬菜
研究中心 ; 29个 SSR标记来自 L ing等 (2007) ; 8个 SSR标记来自葛佳等 ( 2005) ; 19个 SSR标记
来自 Piquemal 等 ( 2005 ) ; 4 个 SSR 标记来自 http: / /osbornlab1agronomy1wisc1edu / research /map s/
ssrs1htm l; 北京农林科学院蔬菜研究中心根据大白菜 EST序列设计 SSR引物 48个 ; 共 238个。引物
均由北京赛百盛基因技术有限公司合成。
SSR及 STS标记的 PCR反应体系为 1215μL, 其中包含 : 1 ×PCR 缓冲液 , 0125 mmol·L - 1 ,
dNTPs, 110μmol·L - 1上下游引物 , 30 ng模板 DNA, 1 U Taq (北京天根生化生物科技有限公司 )。
PCR扩增采用 Touchdown程序。热循环程序为 : 94 ℃变性 3 m in; 94 ℃变性 1 m in, 62 ℃复性 1 m in
(每个循环降低 018 ℃) , 72 ℃延伸 1 m in, 12个循环 ; 94 ℃变性 1 m in, 50 ℃复性 1 m in, 72 ℃延伸
1 m in, 23个循环 ; 72 ℃延伸 8 m in。扩增产物用 6%的变性聚丙烯酰胺凝胶电泳 , 银染显色。
将各个株系的带型按亲本类型分类 , 与 T12219带型相同者赋值为 a, 与 912112带型相同者赋值
为 b, 由各种原因造成的数据不清或缺失者赋值为 “ - ”。根据 100 bp DNA ladder标准谱带的相对位
置 , 估计多态性条带的分子量大小。利用 JoinMap 310软件构建大白菜遗传图谱。先用 “New p roject”
命令创建一个新的文件 , 用 “Load data”命令导入数据 ; 然后在 “ Individual geno1 t1 freq1”下排除缺
失数据过多的单株 ; 最后将 LOD值的范围设定为 “3”到 “10”, 用 “Group”命令进行分组 , 用
“Map”命令构建连锁图谱。用 Mapchart 211进行图谱绘制。
8441
© 1994-2009 China Academic Journal Electronic Publishing House. All rights reserved. http://www.cnki.net
　10期 于仁波等 : 大白菜 SSR锚定标记分子遗传图谱的构建 　
2　结果与分析
211　SSR标记的多态性分析
本试验选用了 230对 SSR引物和 8对 STS引物 , 用 DH群体的父母本和 F1代进行多态性分子标记
筛选。238对引物经过 PCR扩增、电泳分析 , 其中 29对没有扩增出清晰条带 , 占 1211% ; 142个扩
增出预期条带 , 但没有多态性 , 占 5917% ; 67个引物 (见表 1) 获得了预期 PCR产物 , 在作图群体
的双亲间表现多态 , 且条带清晰 , 重复性好 , 多态率为 2812%。
表 1　多态性 SSR或 STS标记的来源及其在连锁群上的位置
Table 1　O rig in of polym orph ism SSR or STS markers and the loca tion in the reference map
引物
Primer
标记
Type of
molecular
markers
引物来源
Reference
标记定位
文献
Reference of
markers
distributed
连锁群
L inkage
group s
引物
Primer
标记
Type of
molecular
markers
引物来源
Reference
标记定位
文献
Reference of
markers
distributed
连锁群
L inkage
group s
Na142D07 SSR L P A1 Na122A01 SSR L P A3
Ra22G08 SSR L P A7 Na102C03 SSR L P A1
0L102B11 SSR L P A10 Na142E02 SSR L P A3
Na142H12 SSR L P A5 Na102G08 SSR L P A10
Na122D04 SSR L L A6 Ra22A01 SSR L L A7
Ra32H10 SSR L L A5 Ra22E12 SSR L P A8
N i42D09 SSR L L A9 O l122G04 SSR L L A8
MR0213 SSR P P A9 MR172 SSR P P A9
B ras2002 - P P A9? O l102C01 - P P A9?
BC107 SSR G / 未知 Unknown BC7 SSR G / 未知 Unknown
F ITO2035 SSR http / 未知 Unknown B rFLC1 STS K K A10
B rFLC2 STS K K A2 PBCGSSRB r10 SSR L i / 未知 Unknown
PBCGSSRB r15 SSR L i / 未知 Unknown PBCGSSRB r17 SSR L i / 未知 Unknown
PBCGSSRB r24 SSR L i / 未知 Unknown PBCGSSRB r37 SSR L i / 未知 Unknown
PBCGSSRB r38 SSR L i / 未知 Unknown BRMS2026 SSR S6 S6 A2
BRMS2005 SSR S2 S6 A7 BRMS2006 SSR S2 S6 A8
BRMS2015 SSR S2 / 未知 Unknown BRMS2025 SSR S2 / 未知 Unknown
BRMS2007 SSR S2 S6 A5 BRMS2019 SSR S2 S6 A10
BRMS2031 SSR S2 / 未知 Unknown BRMS2034 SSR S2 S6 A5
BRMS2036 SSR S2 S6 A7 BRMS204222 SSR S2 S6 A3
BRMS2040 SSR S2 S6 A7 BRMS2050 SSR S6 S6 A3
BRMS2051 SSR S2 S6 A9 BRMS2054 SSR S2 S6 A4
BRMS2058 SSR S2 S6 A3 BRMS2088 SSR S6 S6 A8
BRMS2195 SSR S2 S6 A4 BRMS205722 SSR S6 S6 A5
BRMS2296 SSR S6 S6 A7 BRMS2129 SSR S6 S6 A7
BRMS226922 SSR S6 S6 A3 CX272978 SSR BVRC 未知 Unknown
PDS STS BVRC 未知 Unknown CX272976 SSR BVRC 未知 Unknown
CX273040 SSR BVRC 未知 Unknown EX102107 SSR BVRC 未知 Unknown
CX272890 SSR BVRC 未知 Unknown CX272831 SSR BVRC 未知 Unknown
CX272860 SSR BVRC 未知 Unknown CX272802 SSR BVRC 未知 Unknown
CX272770 SSR BVRC 未知 Unknown CX272620 SSR BVRC 未知 Unknown
CX272589 SSR BVRC 未知 Unknown CX272537 SSR BVRC 未知 Unknown
CX272970 SSR BVRC 未知 Unknown CX273146 SSR BVRC 未知 Unknown
CX273141 SSR BVRC 未知 Unknown
　　注 : BVRC: 北京市农林科学院蔬菜研究中心 ; L: Lowe et al. , 2004; P: Piquemal et al. , 2005; S2: Suwabe et al. , 2002; S6:
Suwabe et al. , 2006; G: 葛佳 等 , 2005; http: http: / /osbornlab. agronomwisc1edu / research /map s/ ssr1htm l; K: Kim et al. , 2006;
L i: L ing et al. , 2007; - : 来源于文献的 SSR标记 , 在本研究中未扩增出预期条带 ; ?: 该标记原定位于 A9连锁群 , 在本研究中定位
于其它连锁群。
Note: BVRC: Beijing Vegetable Research Center; L: Lowe et al. , 2004; P: Piquemal et al. , 2005; S2: Suwabe et al. , 2002; S6:
Suwabe et al. , 2006; G: Ge et al. , 2005; http: http: / /osbornlab. agronomwisc. edu / research /map s/ ssr. htm l; K: Kim et al. , 2006;
L i: L ing et al. , 2007. - : No expected polymorphism getting form this SSR marker as literature described; ?: A9 anchored SSR marker was
mapped on another linkage group in this paper.
9441
© 1994-2009 China Academic Journal Electronic Publishing House. All rights reserved. http://www.cnki.net
园 　　艺 　　学 　　报 35卷
　　图 1是引物 CX272860在 100个 DH系中检测的电泳图谱 , P1和 P2是亲本 , SSR为共显性标记 ,
所以亲本的特征条带在 F1中都有体现。
图 1　引物 CX272860在双亲、F1及 100个 D H系中检测的电泳图谱
P1 : 912112; P2 : T12219; F1 : 912112 ×T12219; 1～100: DH群体的不同株系。
F ig. 1　SSR prof iling of pr im er com b ina tion CX272860 in two paren ts, F1 and 100 D H lines
P1 : 912112; P2 : T12219; F1 : 912112 ×T12219; 1 - 100: 100 DH lines.
本试验获得的 67个多态性标记中有 3个是 STS标记 , 64个是 SSR标记。多态性标记中 , 36个已
在国际上发表的 A基因组参考图谱上定位 , 包括 34个 SSR标记和 2个 STS标记 , 这些标记分布于大
白菜参考图谱的 10个连锁群上 , 可以作为锚定标记进行图谱的构建 (表 1)。
另外 , 在本试验中 , 利用来源于 Piquemal等 (2005) 的 2个 SSR标记 B ras2002和 OL102C01进行
PCR扩增时 , 均未获得预期共显性条带 , 只在一个亲本中扩增出特异 PCR产物。因此 , 在本研究中
将这两个标记作为显性标记进行数据统计和遗传作图。
212　分子遗传图谱的构建
利用本研究筛选得到的在双亲间表现多态的 67个 SSR及 STS标记 (表 1) 和已发表的 263个
AFLP标记、150个 RAPD标记、17个 SSR标记、3个 SCAR标记、14个同工酶标记和 1个形态标记
(张立阳 等 , 2005) 进行整合 , 最终构建了一张由 10个连锁群组成 , 包含了 497个标记的大白菜高
密度分子遗传图谱 (表 2、图 2)。
表 2　大白菜分子遗传图谱及锚定 SSR或 STS标记在 10个连锁群上的分布
Table 2　The genetic map of Ch inese cabbage and the d istr ibution of the SSR or STS anchor markers in 10 linkage groups
连锁群
L inkage
group s
染色体
Chromosome
总标记数
Number of
markers
长度
/ cM
Length
平均距离 / cM
Average
distance
锚定标记数
Number of
anchor markers
锚定标记
Anchor markers
A1 3 28 11213 4101 2 Na142D07, Na102C03
A2 6 44 10410 2136 2 B rFLC2, BRMS2026
A3 2 66 11319 1173 6 Na122A01, BRMS204222, BRMS2050, BRMS2058,
BRMS226922, Na14E02
A4 8 28 　 7110 2154 2 BRMS2195, BRMS2054
A5 5 45 　 8612 1191 4 Ra32H10, BRMS2007, BRMS2034, Na142H12
A6 4 70 15419 2121 1 Na122D04
A7 7 48 12718 2166 7 BRMS2036, Ra22A01, BRMS2005, BRMS2296,
BRMS2040, BRMS2129, Ra22G08
A8 9 76 10217 1135 4 BRMS2088, BRMS2006, OL122G04, Ra22E12
A9 1 65 13013 2100 4 MRO213, MR2172, BRMS2051, N i42D09
A10 10 27 　 8316 3110 4 BRMS2019, B rFLC1, OL102B11, Na102G08
总计 Total 497 1 08617 36
平均 Average 2119
0541
© 1994-2009 China Academic Journal Electronic Publishing House. All rights reserved. http://www.cnki.net
　10期 于仁波等 : 大白菜 SSR锚定标记分子遗传图谱的构建 　
图谱总长度为 1 08617 cM , 平均图距 2119 cM , 10个连锁群的标记数 27～76个 , 长度 7110～
15419 cM , 平均图距 1135～4101 cM。
64个标记被成功定位到连锁图谱上 , 其中包含了已在 A基因组参考图谱上定位的 34个 SSR标记
和 2个 STS标记 , 分布于 10个连锁群上 , 连锁群数与大白菜染色体对数相等 , 依据锚定标记将各连
锁群与 A基因组参考图谱对应起来 , 并根据国际芸薹属基因组计划 ( The Multinational B rassica Ge2
nome Project, MBGP) 委员会推荐的命名方式进行各连锁群命名 ( http: / /www1B rassica1 info / re2
source /map s/ lg2assignments1php) , 分别为 A1 ～A10。36个锚定标记中 , A1 定位 2个 ; A2, 2 个 ;
A3, 6个 ; A4, 2个 ; A5, 4个 ; A6, 1个 ; A7, 7个 ; A8, 4个 ; A9, 4个 ; A10, 4个。
64个多态标记中 , 在 A6上定位的标记最少 , 只有 1个 ; 在 A7上定位的最多 , 达 12个 ; 其它连
锁群上均有 2～8个 ; 3个 SSR标记未进入连锁群 , 分别为 BRMS205722、PBCGSSRB r17和 CX272970。
另外 , 根据 L im等 (2005) 的研究 , 可以将各个连锁群与染色体对应起来 : 即 A1对应 3号染色
体 , A2对应 6号染色体 , A3对应 2号染色体 , A4对应 8号染色体 , A5对应 5号染色体 , A6对应 4
号染色体 , A7对应 7号染色体 , A8对应 9号染色体 , A9对应 1号染色体 , A10对应 10号染色体
(表 2)。
1541
© 1994-2009 China Academic Journal Electronic Publishing House. All rights reserved. http://www.cnki.net
园 　　艺 　　学 　　报 35卷
图 2　用锚定 SSR标记和 D H群体构建的大白菜分子遗传图谱
左为遗传图距 ( cM) ; 右为标记名称 ; 黑体字为本研究定位到图谱上的 SSR或 STS标记。
F ig. 2　The linkage map con structed w ith anchor SSR markers and D H popula tion in Ch inese cabbage
Absolute distance in cM are indicated on the left side of linkage group s and loci names on the right;
The boldface is the SSR or STS marker which investigated in this study.
2541
© 1994-2009 China Academic Journal Electronic Publishing House. All rights reserved. http://www.cnki.net
　10期 于仁波等 : 大白菜 SSR锚定标记分子遗传图谱的构建 　
3　讨论
微卫星标记 ( SSR) 位点单一 , 且稳定性高 , 是一种很好的锚定标记 , 有助于图谱的连锁群和染
色体归并。张立阳等 (2005) 构建的大白菜分子遗传图谱 , 10个连锁群分别为 LG1～LG10, 图谱主
要是利用 RAPD和 AFLP标记构建的 , 只有少量的 SSR标记。本研究中利用国际上发表的大白菜和甘
蓝型油菜 A基因组特异 SSR标记作为锚定标记 , 在此基础上整合了张立阳等 (2005) 的图谱 , 最终
构建了一张由 10个连锁群组成 , 包含了 497个标记的大白菜高密度分子遗传图谱。此图谱上包含了
已在 A基因组参考图谱上定位的 34个 SSR标记和 2个 STS标记 , 分布于 10个连锁群上 , 由此可将该
图谱按 A基因组参考图谱的连锁群进行命名 , 即 A1～A10, 并与 A基因组的 10条染色体对应起来。
在该图谱的构建过程中 , 对张立阳等 (2005) 的构图数据进行了调整 , 剔除了 8个严重偏分离或缺
失数据过多的标记 , 同时也剔除了 2个缺失数据过多的 DH系 , 在此基础上按照锚定标记确定了适当的
LOD值 , 进行了重新分群。该图谱与张立阳等 (2005) 的图谱有所不同 , 其中 LG1连锁群在提高 LOD
值的情况下被拆分为两个连锁群 , 根据锚定标记分别定名为 A8和 A3; 在调整数据和增加不同区域的
SSR标记后 , 在 LOD值为 3的条件下 , 位于原连锁群 LG2和 LG8上的标记被归为同一连锁群 , 根据锚
定标记定名为 A10; 另外 , 该图谱中 A1对应于 LG10, A2对应于 LG7, A4对应于 LG3, A5对应于 LG6,
A6对应于 LG4, A7对应于 LG9, A9对应于 LG5。通过与参考图谱比较发现 , 该图谱上锚定标记的相对
位置与参考图谱基本一致。因此 , 该图谱的连锁群划分是合理的 , 图谱结构较为理想。根据连锁群与染
色体对应的结果 , 很容易将已定位的一些重要基因或重要性状的 QTL定位于参考图谱 , 便于实验室间的
交流 , 更为重要的是有可能利用国际上大量增长的大白菜遗传图谱上的遗传信息和基因组信息 , 使得大
白菜的遗传图谱更加致密和实用化。如本研究中定位的 or基因在 A9末端 (图 2) , 根据芸薹属基因组信
息可以判断该基因位于 A基因组 1号染色体末端 , 为进一步克隆该基因奠定了良好基础。
尽管 A基因组参考图谱上定位的 SSR标记已约 300个 ( Suwabe et al. , 2002, 2006; Lowe et al. ,
2002, 2004; Kim et al. , 2006; Choi et al. , 2007) , 但由于作图材料差异等方面的因素 , SSR标记的多
态性还不是很高 , 在本研究中仅 2812%在作图群体的双亲间表现了多态 , 可见目前 A基因组锚定标记的
数量还远远不够 , 还不能满足遗传图谱整合等需要。因而 , 基于 EST和 BAC序列开发新的 SSR标记是
大白菜基因组研究的重要内容之一。在本研究中 , 搜索 GenBank中的 800多条 EST, 共获得 SSR特征序
列 150多个 , 设计引物、进行 PCR扩增后 , 有 70%扩增出目的条带 , 利用 DH群体双亲和 F1进行多态
性筛选 , 获得多态 SSR标记 15个 , 并将其定位于该连锁图谱。这些 SSR标记也可作为锚定标记利用。
在利用锚定标记构建遗传图谱过程中发现一些问题值得注意 , 利用来源于 Piquenal等 ( 2005)
的两个 SSR标记 B ras2002和 OL102C01进行 PCR扩增时 , 均未获得预期分子量的共显性条带 , 只在一
个亲本中扩增出特异 PCR产物 , 这样获得的分子标记与原来的 SSR标记不同 , 很可能定位于不同的
连锁群。在本研究中将这两个标记作为显性标记进行数据统计和遗传作图。在参考图谱中 , 这两个
SSR标记均定位于 A9连锁群 , 而在本研究中分别被定位于 A7和 A4上。此外 , 该图谱还存在较大的
空隙 , 如 A5和 A10中均存在大于 15 cM的标记空隙区间 , A1、A4和 A10连锁群上的标记数仍然偏
少。可见 , 该图谱还有待进一步完善和饱和。
References
A jisaka H, Kuginuki Y, H ida K, Enomoto S, H iraiM. 1995. A linkage map of DNA markers in Cam pestris. B reed Sci, 45 ( supp l) : 195.
Choi S R, Teakle G R, Plaha P, Kim J H, A llender C J, Beynon E, Piao Z Y, Soengas P, Han T H, King G J, Barker G C, Hand P, Lydiate
D J, Batley J, Edwards D, Koo D H, Bang J W , Park B S, L imY P. 2007. The reference genetic linkage map for the multinational B rassica
rapa genome sequencing p roject. Theor App l Genet, 115: 777 - 792.
3541
© 1994-2009 China Academic Journal Electronic Publishing House. All rights reserved. http://www.cnki.net
园 　　艺 　　学 　　报 35卷
Ge J ia, Xie Hua, Cui Chong2shi, Hong J ian2m ing, Ma Rong2cai. 2005. Analysis of exp ressed sequence tags ( ESTs) derived SSR markers in Chi2
nese cabbage (B rassica cam pestris L. ssp. pekinensis) . Journal of Agricultural B iotechnology, 13 (4) : 423 - 428. ( in Chinese)
葛　佳 , 谢　华 , 崔崇士 , 洪建鸣 , 马荣才. 2005. 大白菜表达序列标签 SSR标记分析. 农业生物技术学报 , 13 (4) : 423 - 428.
Kim J S, Chung T Y, King G J, J in M, Yang T J, J in YM, Kim H I, Park B S. 2006. A sequence2tagged linkage map of B rassica rapa. Genet2
ics, 174 (1) : 29 - 39.
L im K B, Jong H D, Yang T J, Park J Y, Kwon S J. 2005. Characterization of rDNA s and tandem repeats in the heterochromatin of B rassica rapa.
Mol Cells, 19: 436 - 444.
L ing A E, Kaur J, Burgess B, Hand M, Hopkins C J, L i X, Love C J, VardyM, W alkiewiczM, Srangenberg G, Edwards D, Batley J. 2007.
Characterization of simp le sequence repeat markers derived in silico from B rassica rapa bacterial artificial chromosome sequences and their ap2
p lication in B rassica napus. Molecular Ecology Notes, 7: 273 - 277.
Lowe A J, Moule C, Trick M, Edwards K J. 2004. Efficient large2scale development of m icrosatellites for marker and mapp ing app lications in
B rassica crop species. Genet, 108 (6) : 1103 - 1112.
Lowe A J, JonesA E, Raybould A F, Trick M, Moule C J, Edwards K J. 2002. Transferabiliyt and genome specificity of a new set of m icrosattel2
lite p rimers among B rassica species of the utriangle. Mol Ecol Notes, 2: 7 - 11.
Matsumoto E, Yasui C, OhiM, TsukadaM. 1998. L inkage anylysis of RFLP markers for clubroot resistance and p igmentation in Chinese cabbage
(B rassica rapa ssp. pekinensis) . Euphytica, 104: 2, 79 - 86.
Piquemal J, Cinquin E, Couton F, Rondeau C, Seignoret E, Doucet I, Perret D, V illegerM J, V incourt P, B lanchard P. 2005. Construction of
an oilseed rape (B rassica napus L. ) genetic map with SSR markers. Theor App l Genet, 111: 1514 - 1523.
Slocum , M K, Figdore S S, Kennard W C, Suzuri J Y, O sborn T C, 1990. L inkage arrangements of restriction fragment length polymorphism loci
in B rassica oleracea. Theor App l Genet, 80: 57 - 64.
Su Ryun Choi, Graham R Teakle, Prikshit Plaha, Jeong Hee Kim, Charlotte J. A llender, Elena B lena Beynon. 2007. The reference genetic link2
age map for the multinational B rassica rapa genome sequencing p roject. Theor App l Genet, 115: 777 - 792.
Suwabe K, Iketani H, Nunome T, Kage T, H iraiM. 2002. Isolation and characterization of m icrosatellites in B rassica rapa L. Theor App l Genet,
104: 1092 - 1098.
Suwabe K, Tsukazaki H, Iketani H, Hatakeyama K, Kondo M, Fujimura M, Nunome T, Fukuoka H, H iraiM, Matsumoto S. 2006. Simp le se2
quence repeat2based comparative genom ics between B rassica rapa and A rabidopsis tha liana: The genetic origin of clubroot resistance. Genetics,
173: 309 - 319.
W ang Guo2chen, Zhang Feng2lan, Yu Yang2jun, Zhang De2shuang, Zhao Xiu2yun. 2007. Identification of SCAR markers linked to orange head
leaf gene in Chinese cabbage (B rassica rapa L. ssp. pekinensis) . Acta Horticulturae Sinica, 34 (1) : 217 - 220. ( in Chinese)
王国臣 , 张凤兰 , 余阳俊 , 张德双 , 赵岫云. 2007. 与大白菜橘红心基因紧密连锁的 SCAR标记. 园艺学报 , 34 (1) : 217 - 220.
W ang Mei, Zhang Feng2lan, Meng Xiang2dong, L iu Xiu2cun, Zhao Xiu2yun, Fan Zhi2cheng. 2004. A linkage map construction for Chinese
cabbage based on AFLP markers using DH population. Acta Agriculture Boreali2Sinica, 19 (1) : 28 - 33. ( in Chinese)
王　美 , 张凤兰 , 孟祥栋 , 刘秀村 , 赵岫云 , 樊治成. 2004. 中国白菜 AFLP分子遗传图谱的构建. 华北农学报 , 19 (1) : 28 - 33.
Yang Xu, Yu Yang2jun, Zhang Feng2lan, Zou Zhi2yong, Zhao Xiu2yun, Zhang De2shuang, Xu J ia2bing. 2007. L inkage map construction and
quantitative trait loci analysis for bolting based on a double hap loid population of B rassica rapa. Journal of Intergrative Plant B iology, 49 (5) :
664 - 671.
Yang T J, Kim J S, L im K B, Kwon S J, Kim J I, J in M, Park J Y, L im M H, Kim H I, Kim S H, L im Y P, Park B S. 2005. The Korea B rassi2
ca genome p roject: A glimp se of the B rassica genome based on comparative genome analysis with A rabidopsis. Comparative and Functional
Genom ics, 6: 138 - 146.
Yu Shuan2cang, W ang Yong2jian, Zheng Xiao2ying. 2003a. Construction and analysis of a molecular genetic map of Chinese cabbage. Scientia
Agricultura Sinica, 36 (2) : 190 - 195. ( in Chinese)
于拴仓 , 王永健 , 郑晓鹰. 2003a. 大白菜分子遗传图谱的构建与分析. 中国农业科学 , 36 (2) : 190 - 195.
Yu Shuan2cang, W ang Yong2jian, Zheng Xiao2ying. 2003b. Mapp ing and analysis QTL controlling heat tolerance in B rassica cam pestris L. ssp.
pekinensis. Acta Horticulturae Sinica, 30 (4) : 417 - 420. ( in Chinese)
于拴仓 , 王永健 , 郑晓鹰. 2003b. 大白菜耐热性 QTL定位与分析. 园艺学报 , 30 (4) : 417 - 420.
Zhang L i2yang, Zhang Feng2lan, W ang Mei, L iu Xiu2cun, Zhao Xiu2yun, Xue L in2bao. 2005. A linkage map construction for Chinese cabbage
based on AFLP, SSR, RAPD and isozyme markers using DH population. Acta Horticulturae Sinica, 32 (2) : 249 - 255. ( in Chinese)
张立阳 , 张凤兰 , 王　美 , 刘秀村 , 赵岫云 , 薛林宝. 2005. 大白菜永久高密度分子遗传图谱的构建. 园艺学报 , 32 (2) : 249 - 255.
4541
© 1994-2009 China Academic Journal Electronic Publishing House. All rights reserved. http://www.cnki.net