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Influence of Ageing on Genetic Integrity of Trigonella ruthenica L.

AFLP分析人工老化对扁蓿豆遗传完整性的影响



全 文 :第20卷 第1期
 Vol.20  No.1
草 地 学 报
ACTA AGRESTIA SINICA
   2012年  1月
  Jan.  2012
AFLP分析人工老化对扁蓿豆遗传完整性的影响
宿 宇1,王建光1*,卢新雄2,3
(1.内蒙古农业大学生态环境学院,内蒙古 呼和浩特 010018;2.中国农业科学院作物科学研究所,北京 100081;
3.农业部作物种质资源与生物技术重点开放实验室,北京 100081)
摘要:采用AFLP分子标记对经过人工老化处理的不同发芽率水平的扁蓿豆(Trigonella ruthenica L.)种质(00-
408)进行分析,以探索人工老化在分子水平上对扁蓿豆种质遗传完整性的影响。结果表明:老化处理群体的多态
位点百分比、有效等位基因数、遗传多样性指数和Shannon指数均低于对照群体(P>0.05)。因此,人工老化处理
使扁蓿豆种质的遗传多样性水平有所下降,但对其遗传完整性没有显著影响,由此表明扁蓿豆种质的耐贮性较强。
关键词:扁蓿豆;人工老化;AFLP;遗传完整性
中图分类号:Q943    文献标识码:A     文章编号:1007-0435(2012)01-0125-05
Influence of Ageing on Genetic Integrity of Trigonella ruthenica L.
SU Yu1,WANG Jian-guang1*,LU Xin-xiong2,3
(1.Colege of Ecology and Environment Science,Inner Mongolia Agricultural University,Hohhot,Inner Mongolia 010018,China;
2.Crop Science Institute,Chinese Academy of Agricultural Sciences,Beijing 100081,China;
3.Key Laboratory of Crop Germplasm and Biotechnology,Ministry of Agriculture,Beijing 100081,China)
Abstract:Artificialy aged Trigonella ruthenica L.germplasm 00-408with different germination rates was
analyzed by AFLP molecular markers to explore the influence of artificial aging on the genetic integrity of
Trigonella ruthenica L.germplasm at molecular levels.Results showed that the percentage of polymor-
phic loci(PPB),effective number of aleles(Ne),Nei’s gene diversity index(H),Shannon’s information
index(I)of aging treatments were lower than that of control,but there was no significant difference base
on analysis of variance.This indicated that artificial aging caused declining genetic diversity but did not
significantly affect the genetic integrity of Trigonella ruthenica L.germplasm.Therefore,Trigonella ru-
thenica L.germplasm has a high storability.
Key words:Trigonella ruthenica L.;Artificial aging;AFLP;Genetic integrity
  扁蓿豆(Trigonella ruthenica L.)是多年生豆
科牧草,广泛分布于我国北方地区,其营养价值高、
抗寒性强、抗干旱、耐盐碱、耐瘠薄,在黑钙土、栗钙
土和中度盐碱土上均能良好生长,尤其在紫花苜蓿
(Medicago sativa L.)不能越冬生长的寒冷地区和
相对干旱地区都可以生长良好,是非常适合于北方
地区开发的豆科牧草资源[1]。目前,有少量的针对
扁蓿豆种群遗传多样性的研究[2~3],而遗传完整性
的研究还较少。
AFLP(amplified fragment length polymor
phism,AFLP)是一种新型的分子标记技术,目前已
广泛应用于生物遗传多样性研究、种质资源鉴定及
动植物育种等领域的研究。本研究以扁蓿豆种质为
材料,首次使用 AFLP分子标记,探讨人工老化处
理所得到的不同发芽率水平群体,其种质遗传完整
性发生变化的情况,为科学制定扁蓿豆种质保存和
更新策略提供理论依据和实践指导。
1 材料与方法
1.1 试验材料
供试的扁蓿豆材料(00-408)来自中国农业科学
收稿日期:2011-05-30;修回日期:2011-11-14
基金项目:农业部农作物种质资源保护利用项目(2130135)资助
作者简介:宿宇(1985-),男,山西忻州人,硕士研究生,主要从事牧草种质资源和牧草生产领域的研究,E-mail:sy1201@126.com;*通信
作者 Author for correspondence,E-mail:wangjg8580@163.com
草 地 学 报 第20卷
院草原研究所。
1.2 人工老化处理
将扁蓿豆种子在高温(T=40℃)、高湿(相对湿
度=96%)条件下进行老化处理[4],经过5d,6d和
7d的老化,分别获得发芽率为70%,60%和34%的
处理材料,并以未经人工老化处理发芽率为95%的
种子作为对照。
1.3 室内发芽率测定
参照《牧草种子检验规程》[5]中规定的发芽条件
进行发芽试验,试验前用砂纸打磨种子,以破除硬
实。发芽床为两层滤纸,将其置于温度20℃,光照
8h/黑暗16h的光照培养箱中,逐日检查发芽数,
末次为14d记数,统计发芽率。
1.4 DNA的提取
从不同发芽率水平的处理中取出适量种子种植
于蛭石中并在光照培养箱内培养。温度为25℃,相
对湿度80%。待幼苗长至3叶时,分别从每个处理
中随机选取30株,单株提取DNA。提取方法为使
用天根快捷型植物基因组 DNA 提取试剂盒进行
DNA提取。并将DNA用1×TE稀释成相同的浓
度(50ng·μL
-1),4℃下备用。
1.5 AFLP分析
AFLP试验程序参照刘秀菊等[6]的方法进行。
EcoRⅠ、MseⅠ接头和引物由北京三博远志生物
有限公司合成(表1)。EcoRⅠ和 MseⅠ这2种限
制性内切酶、T4DNA连接酶购自纽英伦生物技术
有限公司。Taq DNA聚合酶购自北京天根生化科
技有限公司。
表1 DNA接头和AFLP引物的核苷酸系列
Table 1 Sequences of DNA adapters and AFLP primers
DNA接头和AFLP引物
DNA adapter and AFLP primer
核苷酸序列      
Nucleotide sequences      
用途
Application
EcoRⅠ接头 5′-CTCGTAGACTGCGTACC-3′
5′-AATTGGTACGCAGTCTAC-3′
Adapters ligation
MseⅠ接头 5′-GACGATGAGTCCTGAG-3′
5′-TACTCAGGACTCAT-3′
Adapters ligation
EcoRⅠ引物
E00  5′-GACTGCGTACCAATTCA-3′ Pre-amplification
E-AGG  5′-GACTGCGTACCAATTCAGG-3′ Amplification
E-ACG  5′-GACTGCGTACCAATTCACG-3′ Amplification
E-AAC  5′-GACTGCGTACCAATTCAAC-3′ Amplification
E-ACA  5′-GACTGCGTACCAATTCACA-3′ Amplification
E-AGC  5′-GACTGCGTACCAATTCAGC-3′ Amplification
E-ACT  5′-GACTGCGTACCAATTCACT-3′ Amplification
E-AAG  5′-GACTGCGTACCAATTCAAG-3′ Amplification
E-ACC  5′-GACTGCGTACCAATTCACC-3′ Amplification
MseⅠ引物
M00  5′-GATGAGTCCTGAGTAAC-3′ Pre-amplification
M-CAA  5′-GATGAGTCCTGAGTAACAA-3′ Amplification
M-CAC  5′-GATGAGTCCTGAGTAAACC-3′ Amplification
M-CAG  5′-GATGAGTCCTGAGTAACAG-3′ Amplification
M-CTA  5′-GATGAGTCCTGAGTAACTA-3′ Amplification
M-CAT  5′-GATGAGTCCTGAGTAACAT-3′ Amplification
M-CTC  5′-GATGAGTCCTGAGTAACTC-3′ Amplification
M-CTG  5′-GATGAGTCCTGAGTAACTG-3′ Amplification
M-CTT  5′-GATGAGTCCTGAGTAACTT-3′ Amplification
1.5.1 酶切连接 酶切连接总体系12.5μL,含
DNA(50ng·μL
-1)2μL,20U·μL
-1 EcoRⅠ内切
酶0.075μL,10U·μL
-1 MseⅠ内切酶0.15μL,
400U·μL
-1 T4-DNA连接酶0.125μL,EcoR Ⅰ
接头2.5pmol,MseⅠ接头25pmol,10×T4Lig-
ase buffer 0.25μL,100×BSA 0.125μL。37℃酶
切连接,过夜(12~14h),结束后,65℃温育20min,
-20℃保存或用于扩增。
621
第1期 宿宇等:AFLP分析人工老化对扁蓿豆遗传完整性的影响
1.5.2 预扩增 预扩增反应液总体系为20μL,含
酶切连接产物2μL,50ng·μL
-1E00引物0.6μL,
50ng·μL
-1 M00引物0.6μL,2.5mmol·L
-1
dNTP 1.6μL,10×PCR buffer 2μL,2.5U·μL
-1
Taq酶0.24μL。混匀后在PTC-100型PCR仪上进
行扩增。程序为94℃,2min;94℃,30s;56℃,30s;
72℃,1min;循环30次,最后72℃延伸5min。预扩
增完成后,用超纯水稀释20倍,-20℃保存。
1.5.3 选择性扩增 选择性扩增总体系为10μL,
含稀释过的预扩增产物2μL,50ng·μL
-1 EcoRⅠ
引物0.5μL,50ng·μL
-1 MseⅠ引物0.5μL,2.5
mmol·L-1 dNTP 0.9μL,10×PCR buffer 1μL,
2.5U·μL
-1 Taq酶0.2μL。混匀后仍在上述
PCR仪上进行扩增,程序为94℃,2min,然后按照
94℃,30s;65℃,30s(每个循环降低0.7℃);72℃,
1min,循环12次,再按照94℃,30s;56℃,30s;
72℃,1min,循环23次,最后72℃延伸5min。最
终产物-20℃保存备用。
1.5.4 PCR产物电泳检测 在选择性扩增产物中
加入4μL loading buffer,95℃变性5min,立即置
于冰上冷却,以6%变性聚丙烯酰胺凝胶在恒功率
75W 下电泳1h,然后银染,显影,读取条带。
1.6 数据处理
统计扩增条带,在同一迁移率上有带记为“1”,
无带记为 “0”,缺失记为 “.”。使用 POPGENE
VERSION 1.32对各个扁蓿豆群体进行遗传相似
性分析和遗传多样性分析,遗传多样性参数包括:多
态位点百分比(PPB)、等位基因数(Na)、有效等位
基因数(Ne)、遗传多样性指数(H)、Shannon指数
(I)等;利用SAS 9.0对各老化处理群体遗传多样
性参数进行单因素方差分析。
2 结果与分析
2.1 基因组DNA的检测
经0.8%的琼脂糖凝胶电泳检测,试剂盒提取
的基因组DNA的带型完整明亮,没有拖尾或弥散,
符合AFLP分析的要求,如图1所示。
图1 扁蓿豆基因组DNA琼脂糖凝胶电泳检测结果
Fig.1 Trigonella ruthenica L.genomic DNA on agarose gel
2.2 引物筛选
参考其他牧草的 AFLP 分析结果,将 8 个
EcoRⅠ引物和8个 MseⅠ引物两两随机组合[7],
共有64个引物对。用5个单株DNA分别对其进
行扩增,从中选出多态性好,电泳条带较为清晰的8
对引物组合,用于扁蓿豆材料的AFLP分析,8对引
物的电泳结果如图2所示。
  8对引物共扩增出92个位点,其中多态性位点
41个,占总位点数的44.57%,每个引物组合扩增的
位点数在9~14个之间,引物组合E-AAG/M-CTA
和E-ACA/M-CTG扩增出的多态位点和多态位点
百分比均为最高,分别为7个和58%;引物 E-
ACA/M-CTC扩增出的多态位点和多态位点百分
比最低,分别为3个和33%。
2.3 不同老化处理群体遗传多样性分析
由表2可知,对照群体以及经过人工老化处理
后发芽率分别为70%,60%和34%的群体扩增出
的多态性位点数分别为34,32,29和27,多态性百
分比为36.96%,34.78%,31.52%和29.35%。
各老化处理群体的每位点有效等位基因数、遗传
多样性指数和Shannon指数均低于对照群体,由此
表明人工老化后扁蓿豆种质的遗传多样性水平有
所下降。使用SAS 9.0对3个参数进行单因素方
差分析,结果显示各个群体间的遗传参数差异未
达到显著水平。
721
草 地 学 报 第20卷
图2 8对引物聚丙烯酰胺凝胶电泳图谱
Fig.2 The fingerprint of polyacrylamide gel electrophoresis by eight primers
(1~8:E-AAC/M-CAC,E-AAG/M-CTA,E-AAG/M-CTC,E-ACA/M-CTC,E-ACA/M-CTG,
E-ACC/M-CTA,E-ACT/M-CAC,E-AGC/M-CTA)
表2 扁蓿豆种质群体的遗传参数
Table 2 Heritability coefficient of Trigonella ruthenica L.population
群体(发芽率)
Population/%
多态位点数

多态位点百分比
PPB/%
有效等位基因数
Ne
遗传多样性指数

Shannon指数

94(CK) 34  36.96  1.1853±0.2952a 0.1149±0.1702a 0.1767±0.2519a
70  32  34.78  1.1719±0.3025a 0.1040±0.1688a 0.1599±0.2465a
60  29  31.52  1.1637±0.2999a 0.0982±0.1681a 0.1496±0.2454a
34  27  29.35  1.1660±0.3123a 0.0973±0.1718a 0.1464±0.2491a
  注:同列不同小写字母表示在0.05水平下差异显著
Note:Different smal letters indicate significant difference at the 0.05level
2.4 不同发芽率群体遗传相似性分析
使用POPGENE分析各个群体间的遗传相似性,
由表3可知,与对照群体遗传相似性最高的群体是发
芽率为60%的群体,遗传相似系数为0.9858;与对照
群体遗传相似性最低的群体是发芽率为34%的群
体,但其遗传相似系数仍然较高,达到0.9779。这个
结果表明各个老化处理群体与对照群体的遗传一致
性较高,这与遗传多样性分析的结果一致。
表3 扁蓿豆群体间的遗传相似性(对角线上)
和遗传距离(对角线下)矩阵
Table 3 Matrix of genetic identity(above diagonal)
and genetic distance(below diagonal)between the
Trigonella ruthenica L.population
群体(发芽率)/%
Population
94(CK) 70  60  34
94(CK) - 0.9839  0.9858  0.9779
70  0.0162 - 0.9893  0.9801
60  0.0143  0.0107 - 0.9834
34  0.0223  0.0201  0.0167 -
3 讨论
3.1 扁蓿豆种质的AFLP分析
AFLP是由Zabeau和Vos提出的一种分子标
记技术,呈共显性和显隐性遗传,它结合了 RAPD
和RFLP的优点,稳定性高,用少量的选择性引物
就能检测到大量位点,并且检测到的位点都或多或
少随机分布在多条染色体上[8],现已广泛应用于品
种指纹图谱的绘制、种质资源鉴定及遗传多样性的
研究。Paran等[9]使用 RAPD和 AFLP鉴定辣椒
(Capsicum annuum)种质资源,结果 显 示 虽 然
RAPD扩增出的多态位点百分比高于 AFLP,但平
均每对AFLP引物扩增出的产物是每个RAPD引
物的6倍还多,AFLP引物在检测多态性方面比
RAPD引物更有效。王栋[10]使用 AFLP分析大豆
(Glycine max)种质的遗传完整性,结果显示对照群
体与各老化处理群体在等位基因频率上差异均不显
著,但发芽率为81%和79%的老化处理群体与对照
群体在有效等位基因数、遗传多样性指数和Shan-
821
第1期 宿宇等:AFLP分析人工老化对扁蓿豆遗传完整性的影响
non指数上存在显著或极显著差异,其稀有等位基
因数目也显著减少。
使用8对引物对4个扁蓿豆不同老化处理群体
进行AFLP分析,结果显示老化处理群体的多态位
点百分比、遗传多样性指数和Shannon指数均低于
对照群体,且随着发芽率水平的降低而降低,但群体
间的差异均没有达到显著水平。由此表明:经过老
化处理的扁蓿豆群体的遗传多样性水平有一定程度
的下降,但其遗传完整性没有显著变化,证明扁蓿豆
种质的耐贮性较强。
3.2 扁蓿豆种子耐贮性与其生物学特性的关系
影响种子耐贮性的因素较多,外在因素有贮藏
环境的温度、湿度、化学、物理因素等;内在因素有种
子的遗传因子、休眠、成熟度、硬实和含水量等。硬
实是指特殊的种皮和种脐的结构:在种子成熟的过
程中,种皮最外侧形成了一层坚硬的角质层,妨碍水
分渗入种内;角质层内侧的栅栏细胞在种子发育过
程中排列的越来越紧密,形成一层严密的保护层,阻
止了水分进入,使种子不能吸胀萌发。
虽然硬实种子在自然状态下不易萌发,影响田
间出苗率。但在植物育种和种质资源保存上却有积
极意义。王金龙[11]对大豆种质的研究结果显示:硬
实种子和正常种子在室温条件下储存寿命有显著不
同,正常种子在室温下储存2年左右就丧失了生活
力,而硬实种质储存了4年发芽率仍在90%以上;
寿惠霞等[12]用加速老化法鉴定10个栽培大豆和野
生大豆品种的抗老化性。结果显示在人工老化后,
各野生大豆品种仍保持较高的种子活力,而栽培大
豆的种子活力下降较快。电镜观察发现,野生大豆
的种皮栅状细胞排列紧密,细胞层厚度大大高于栽
培大豆,种皮发芽孔小于栽培大豆,这正是野生大豆
种子抗老化性强的原因所在。因此,可以认为扁蓿
豆种子的硬实特性对其耐贮性有重要影响。
3.3 扁蓿豆种质更新的发芽率标准
正常情况下种子内的基因突变频率很低,只有
10-5~10-6,显然这样低的突变率不会对群体的遗
传结构造成很大影响。可是,随着种子的衰老、生活
力的下降,基因突变的频率会大大增加。因此,需要
对库存种子进行定期或不定期的更新繁殖。FAO/
IPGRI推荐更新发芽率标准为降至初始发芽率的
85%,前提是初始发芽率不低于85%[13]。但由于主
效基因突变很大程度上是隐性的,一般是有害的,不
能遗传至下一代,以及在更新繁殖过程中,由于繁种
次数、取样随机误差、样本量大小、种子收获方式等
诸多因素的影响,造成遗传漂变,这要求种质更新标
准可以低一些。印度的更新发芽率标准为75%;美
国的更新标准是发芽率降到初始发芽率的50%;我
国国家牧草中心库把60%作为牧草种质更新的发
芽率标准。不难看出国际上种质更新繁殖虽有标
准,但标准之间差异很大。王小丽[14,15]使用SSR和
ISSR这2种分子标记研究人工老化处理的扁蓿豆
种子,发现20%发芽率群体与对照相比遗传完整性
产生显著差异,结合本试验结果,可见扁蓿豆种质更
新发芽率临界值为20%~30%。
4 结论
AFLP分析结果表明,人工老化处理后,扁蓿豆
群体的多态位点百分比、有效等位基因数、遗传多样
性指数和Shannon指数均低于对照群体,但降幅没
有达到显著性水平。因此,人工老化处理使扁蓿豆
种质的遗传多样性水平有所下降,但对其遗传完整
性没有造成显著影响,扁蓿豆种质的耐贮性较强。
结合前人的研究结果认为,扁蓿豆种质更新发芽率
临界值为20%~30%。
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(责任编辑 李美娟)
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