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Molecular Cloning and Expression of ScTIP1;1 in Stipa capillacea under Abiotic Stress

丝颖针茅ScTIP1;1基因的克隆及对非生物胁迫的应答



全 文 :植物科学学报  2016ꎬ 34(1): 99~108
Plant Science Journal http: / / www.plantscience.cn
DOI:10􀆰 11913 / PSJ􀆰 2095 ̄0837􀆰 2016􀆰 10099
董超ꎬ 杨云强ꎬ 孙旭东ꎬ 李雄ꎬ 杨时海ꎬ 黄蓉ꎬ 杨永平. 丝颖针茅 ScTIP1ꎻ1基因的克隆及对非生物胁迫的应答[J] . 植物科学学报ꎬ 2016ꎬ 34
(1): 99-108
Dong Cꎬ Yang YQꎬ Sun XDꎬ Li Xꎬ Yang SHꎬ Huang Rꎬ Yang YP. Molecular cloning and expression of ScTIP1ꎻ1 in Stipa capillacea under
abiotic stress[J] . Plant Science Journalꎬ 2016ꎬ 34(1): 99-108
丝颖针茅 ScTIP1ꎻ1基因的克隆及对非生物胁迫的应答
董 超1ꎬ2ꎬ3ꎬ 杨云强1ꎬ2ꎬ 孙旭东1ꎬ2ꎬ 李 雄1ꎬ2ꎬ 杨时海1ꎬ4ꎬ 黄 蓉1ꎬ2ꎬ 杨永平1ꎬ2∗
(1. 中国科学院昆明植物研究所东亚植物多样性与生物地理学重点实验室ꎬ 昆明 650201ꎻ 2. 中国科学院昆明植物研究所西南
野生生物种质资源库ꎬ 昆明 650201ꎻ 3. 中国科学院大学ꎬ 北京 100049ꎻ 4. 中国科学院青藏高原研究所ꎬ 北京 100101)
摘  要: 利用丝颖针茅(Stipa capillacea Keng)一条 EST序列并结合 cDNA末端快速扩增(RACE)技术ꎬ 克隆了
丝颖针茅的一个液泡膜内在蛋白( tonoplast intrinsic proteinsꎬ TIPs)基因 ScTIP1ꎻ1 的全长编码区序列ꎮ 该基因
开放阅读框长度为 753 bpꎬ 编码 250个氨基酸ꎬ 其蛋白质分子量为 25􀆰8 kDꎬ 理论等电点为 6􀆰16ꎻ 序列比对及
系统进化分析表明ꎬ ScTIP1ꎻ1和拟南芥(Arabidopsis thaliana)AtTIP1ꎻ1 蛋白的亲缘关系较近ꎻ 亚细胞定位结果
显示ꎬ 该蛋白位于液泡膜上ꎻ 实时荧光 qRT ̄PCR检测表明ꎬ 盐、 干旱及低温胁迫可诱导 ScTIP1ꎻ1 基因的表达ꎬ
且低温处理后基因的表达量变化最为明显ꎮ 本研究结果为理解丝颖针茅的生态适应性提供了理论依据ꎮ
关键词: 丝颖针茅ꎻ 液泡膜内在蛋白ꎻ 分子克隆ꎻ 基因表达ꎻ 非生物胁迫
中图分类号: Q78          文献标识码: A          文章编号: 2095 ̄0837(2016)01 ̄0099 ̄10
      收稿日期: 2015 ̄09 ̄02ꎬ 退修日期: 2015 ̄10 ̄02ꎮ
  基金项目: 国家自然科学基金项目(41271058)ꎻ 国家重点基础研究发展计划(2010CB951704)ꎻ 中国科学院寒旱区陆面过程与气候
变化重点实验室开放课题(Y5203511Y1)ꎮ
This work was supported by grants from the National Natural Science Foundation of China (41271058)ꎬ National Basic Research
Program of China (2010CB951704)ꎬ and Open Project of Key Laboratory of Land Surface Process and Climate in Cold and Arid
Regionsꎬ Chinese Academy of Sciences (Y5203511Y1) .
  作者简介: 董超(1990-)ꎬ 男ꎬ 硕士研究生ꎬ 主要从事植物分子生物学研究(E ̄mail: dongchao@mail􀆰 kib􀆰 ac􀆰 cn)ꎮ
  ∗通讯作者(Author for correspondence􀆰 E ̄mail: yangyp@mail􀆰 kib􀆰 ac􀆰 cn)ꎮ
Molecular Cloning and Expression of ScTIP1ꎻ1 in
Stipa capillacea under Abiotic Stress
DONG Chao1ꎬ2ꎬ3ꎬ YANG Yun ̄Qiang1ꎬ2ꎬ SUN Xu ̄Dong1ꎬ2ꎬ LI Xiong1ꎬ2ꎬ
YANG Shi ̄Hai1ꎬ4ꎬ HUANG Rong1ꎬ2ꎬ YANG Yong ̄Ping1ꎬ2∗
(1. Key Laboratory for Plant Diversity and Biogeography of East Asiaꎬ Kunming Institute of Botanyꎬ Chinese Academy of Sciencesꎬ
Kunmingꎬ 650204ꎬ Chinaꎻ 2. Plant Germplasm and Genomics Centerꎬ Kunming Institute of Botanyꎬ Chinese Academy
of Sciencesꎬ Kunming 650201 Chinaꎻ 3. University of Chinese Academy of Sciencesꎬ Beijingꎬ 100049 Chinaꎻ
4. Institute of Tibetan Plateau Researchꎬ Chinese Academy of Sciencesꎬ Beijingꎬ 10010 China)
Abstract: Based on EST sequence and RACE experimentsꎬ the full ̄length coding sequence of
a tonoplast intrinsic protein (TIP) gene termed ScTIP1ꎻ1 was cloned from Stipa capillacea.
Sequence analysis showed that the opening reading frame (ORF) of ScTIP1ꎻ1 was 753 bpꎬ
encoding a 250 amino acid peptide with a protein molecular weight of 25􀆰8 kD and isoelectric
point of 6􀆰16. Phylogenetic analysis and sequence alignment results indicated that ScTIP1ꎻ1
had a close relationship with AtTIP1ꎻ1 of Arabidopsis thaliana. Subcellular localization analysis
indicated that ScTIP1ꎻ1 was localized in the tonoplast membrane. The expression level of
ScTIP1ꎻ1 was induced by saltꎬ drought and especially low temperature in the leaves of S.
capillacea. These results provide new insight into understanding the ecological adaptations of
S􀆰 capillacea.
Key words: Stipa capillacea Kengꎻ Tonoplast intrinsic proteinsꎻ Molecular cloningꎻ Gene ex ̄
pressionꎻ Abiotic stress
    水通道蛋白(aquaporinꎬ AQP)存在于从细菌
到高等植物和哺乳动物等所有生物体的细胞中ꎬ 与
其他生物相比ꎬ 植物含有更多的水通道蛋白基
因[1]ꎮ 早期ꎬ 根据植物 AQP 的亚细胞定位和蛋白
质序列相似性将其分为 4 类ꎬ 即质膜内在蛋白
(plasma membrane intrinsic proteinsꎬ PIPs)、 液
泡膜内在蛋白 ( TIPs)、 类 Nod26 膜内在蛋白
(NOD26 ̄like MIPsꎬ NIPs)、 小分子碱性膜内在蛋
白( small and basic intrinsic proteinꎬ SIPs)ꎬ 其
中 PIPs主要分布于质膜上ꎬ TIPs 主要分布于液泡
膜上ꎮ 后来ꎬ 对苔藓和其他植物的研究表明ꎬ 植物
水通道蛋白还包括另外 3 类ꎬ 即类 GlpF 膜内在蛋
白(GlpF ̄like intrinsic proteinsꎬ GIPs)、 混合内在
蛋白(hybrid intrinsic proteinsꎬ HIPs)和 X 内在蛋
白(X intrinsic proteinsꎬ XIPs)ꎮ 因此ꎬ 目前植物
AQP蛋白质家族主要分为 7 类ꎬ 其中以质膜内在
蛋白 PIPs 和液泡膜内在蛋白 TIPs 的研究最为
广泛[2]ꎮ
水通道蛋白属于主要内在蛋白(major intrinsic
proteinsꎬ MIPs)超家族ꎬ 分子量为 26 ~ 34 kD [3]
ꎮ AQP蛋白的一级结构高度保守ꎬ 同时典型的植
物 AQPs共有 6个跨膜 α ̄螺旋(H1 ~ H6)ꎬ 并在跨
膜螺旋之间形成 5 个短环( loop A ~ loop E)ꎮ 其
中ꎬ loopA、 loopC、 loopE 位于细胞膜外侧ꎬ 而
loopB、 loopD以及 AQP 肽链的 N 端和 C 端均在
细胞膜内侧ꎻ 在 B 环和 E 环上各有一个非常保守
的天 门 冬 酰 胺 ̄脯 氨 酸 ̄丙 氨 酸 ( Asn ̄Pro ̄Alaꎬ
NPA)结构域ꎬ 并且几乎所有的已测序的 MIPs 基
因中都具有 NPA 结构域[4]ꎮ 若该区域产生突变ꎬ
AQP的水通道功能则会丧失[5]ꎬ 因此 NPA 结构域
与水通道的形成直接相关ꎬ 并且已经成为鉴定植物
AQPs的标志性序列ꎮ
AQP在植物对非生物胁迫响应方面起着重要
作用[6]ꎮ AQP基因能够参与响应多种非生物胁迫
(干旱、 盐碱和低温等)ꎬ 如盐芥 ( Thellungiella
salsuginea)TsTIP1ꎻ2 和野生大豆(Glycine soja)
GsTIP2ꎻ1 基因均可被干旱、 盐、 低温、 H2O2、
ABA诱导表达[7ꎬ8]ꎮ AQP 基因对非生物胁迫的响
应是多样的[9]ꎬ 即不同的 AQP 基因在相同胁迫条
件下会出现上调或下调表达趋势ꎮ 过表达 AQP 基
因可以增加转基因植物抵抗非生物胁迫的能力ꎬ 例
如: 小麦 TaNIP 和 TaAQP8 基因的过表达提高了
转基因植株对盐胁迫的耐受能力[10ꎬ11]ꎻ 人参
PgTIP1在拟南芥中的过表达提高了其植株对盐胁
迫的抗性ꎬ 同时降低冷驯化能力[12]ꎻ 过表达 Sl ̄
TIP2ꎻ2基因的转基因番茄植株表现出对盐和水分
胁迫抗性的提高[13]ꎮ 相反ꎬ 过表达一些 AQP 基因
也会降低转基因植株耐盐、 耐旱或耐低温的能
力[9]ꎬ 如拟南芥 PIP1ꎻ4 和 PIP2ꎻ5 基因的过表达
会导致干旱胁迫下水分流失更快ꎬ 进而导致种子萌
发和幼苗生长减慢[14]ꎮ 因此ꎬ 研究不同逆境下
AQP基因的表达模式ꎬ 对理解该基因在植物响应
逆境胁迫中的作用以及筛选关键的候选基因并应用
于分子育种具有重要意义ꎮ
液泡占据了成熟植物细胞的 90%空间ꎬ 而 TIP
主要在液泡膜中表达ꎬ 并且是细胞内水分运输的关
键蛋白ꎮ TIP不仅是水分运输的通道[15]ꎬ 一些 TIP
还是其他小分子物质的运输通道ꎬ 如拟南芥
AtTIP1ꎻ1、 AtTIP1ꎻ2、 AtTIP2ꎻ3 蛋白可以运输
H2O2ꎬ 而烟草 NtTIPa 可以运输尿素和甘油[16ꎬ17]ꎮ
盐芥 TsTIP1ꎻ2基因在拟南芥中的过表达会明显提
高其植株在盐胁迫条件下细胞内 Na+含量[8]ꎻ 番茄
SlTIP2ꎻ2基因在拟南芥中的过表达明显降低了其
根尖分生区表皮细胞中 Na+和 K+的流出速率[18]ꎬ
说明一些 TIP还参与 Na+、 K+离子的平衡调节ꎮ 除
液泡膜外ꎬ 一些 TIP也定位在特定细胞器中ꎬ 如拟
南芥 AtTIP3ꎻ1在种子子叶中的蛋白质储存泡中高
表达ꎮ 此外ꎬ 一些 TIP基因还具有组织特异性表达
的特点ꎬ 如 AtTIP2ꎻ1 在茎的维管组织中高表达ꎬ
而在根中几乎不表达[19]ꎻ 有的 TIP 基因参与果实
成熟调节ꎬ 如梨 TIP1ꎻ1 和葡萄 TIPs 基因[20ꎬ21]ꎮ
这说明不同的 TIP具有不同的功能ꎮ
丝颖针茅是禾本科(Gramineae)针茅属(Sti ̄
pa)的多年生丛生草本植物ꎬ 也是青藏高原特有植
物ꎬ 主要分布在灌丛草甸与灌丛草原地区ꎮ 在西藏
境内ꎬ 从阿里南部向东ꎬ 沿雅鲁藏布江-藏南湖盆
地区一直分布到隆子附近ꎻ 在羌塘高原南部和藏东
北索县、 丁青以及昌都地区也有分布ꎮ 丝颖针茅是
001 植 物 科 学 学 报 第 34卷 
青藏高原地区的优良牧草之一ꎬ 具有很强的抗逆性
能ꎮ Zhang等[22]研究表明ꎬ 丝颖针茅在水分缺乏
以及高温条件下可以通过叶片卷曲、 气孔关闭等生
理活动来提高自身对环境的适应性ꎮ 目前ꎬ 对于丝
颖针茅抗逆的分子机制研究较少[23]ꎬ 本文拟利用
其转录组数据中的 EST 序列ꎬ 并结合 cDNA 末端
快速扩增 ( rapid ̄amplification of cDNA endsꎬ
RACE)技术克隆一个液泡膜内在蛋白基因 ScTIP1ꎻ1ꎬ
通过序列分析、 亚细胞定位以及检测该基因在盐、
低温、 干旱胁迫下的表达水平ꎬ 以期阐明 ScTIP1ꎻ1
基因在丝颖针茅适应非生物胁迫等逆境中的作用奠
定基础ꎮ
1  材料与方法
1􀆰 1  实验材料
从西藏当雄草原站(30°45′28″ Nꎬ 91°31′12″ E)
采集饱满、 成熟度好的丝颖针茅种子作为供试材
料ꎮ 将种子播种在盛有混合营养土的小塑料花盆
中ꎬ 每盆播种约 20 ~30粒ꎻ 然后置于 23℃生化培
养箱中黑暗培养 36 hꎻ 待种子发芽后ꎬ 移入人工
气候 室 (昼 夜 温 度: 25℃/ 20℃ꎻ 昼 夜 时 间:
16 h / 8 hꎻ 相对湿度: 75% ~ 80%)培养 4 ~ 5周ꎬ
备用ꎮ
1􀆰 2  实验试剂
RNAiso Plus 试剂盒购自 TaKaRa 公司ꎻ M ̄
MLV Reverse Transeriptase 反转录试剂盒购自
Promega公司ꎻ Sal I、 EcoR I 内切酶和 T4 DNA
连接酶购自 NEB 公司ꎻ LA Taq 酶、 pMD18 ̄T 载
体购自宝生物工程 (大连)公司ꎻ TranStart Top
green qPCR super mix 购自北京全式金生物技术
有限公司ꎮ 其他生化试剂均为进口或国产分析纯
级ꎮ 引物合成和 DNA 测序由上海捷瑞生物工程有
限公司完成ꎮ
1􀆰 3  实验方法
1􀆰 3􀆰 1  总 RNA提取和第一链 cDNA的合成
选取生长良好的丝颖针茅幼苗ꎬ 剪取其幼嫩叶
片ꎬ 用 RNAiso Plus 试剂盒提取总 RNAꎬ 并用
0􀆰8%琼脂糖凝胶电泳和 NanoDrop ND1000 分光
光度计检测 RNA的质量、 浓度及纯度ꎮ 取 RNA样
品 5 μgꎬ 参照 Promega 公司的 M ̄MLV 反转录试
剂盒说明书进行 cDNA第一链合成ꎮ
1􀆰 3􀆰 2  ScTIP1ꎻ1基因的克隆
根据从丝颖针茅转录组序列中筛选出的一条
EST片段序列信息ꎬ 应用软件 Primer premier 5设
计 3′、 5′端片段克隆引物 P1 和 P2、 D1 和 D2(表
1)ꎬ 并以 cDNA第一链为模板进行 ScTIP1ꎻ1 基因
开放阅读框序列的扩增ꎮ 3′RACE 分别用两轮巢式
引物进行扩增ꎬ 第二轮模板为稀释 20 倍的上一轮
PCR产物ꎬ 引物分别为试剂盒提供的 B26 和 P1、
B26和 P2ꎮ
5′RACE 利用 TAKARA 公司的 5′ Full RACE
Kit试剂盒并参照使用说明书进行扩增ꎮ 首先ꎬ 对
cDNA第一链进行末端加尾并作为模板ꎻ 然后ꎬ 分
别用两轮巢式引物进行扩增ꎮ 第二轮模板为稀释
20倍的上一轮 PCR产物ꎬ 引物分别为试剂盒提供
的 AAP和 D1、 AUAP和 D2ꎮ
将 EST 序列和 3′端、 5′端片段的测序序列进
行拼接ꎬ 并应用软件 Primer premier 5 设计 Sc ̄
TIP1ꎻ1基因全长的扩增引物 ScTIP1ꎻ1 ̄F和 ScTIP1ꎻ1 ̄
R(表 1)ꎻ RT ̄PCR 扩增后连接至 pMD18 ̄T 载体ꎬ
转化大肠杆菌 DH5α并测序ꎮ
1􀆰 3􀆰 3  ScTIP1ꎻ1基因的序列分析
利用 Swiss Institute of Bioinformatics 网站的
ExPASy 翻译工具 ( http: / / au. expasy. org / tools /
dna.html)将全长 cDNA 序列翻译成蛋白序列ꎻ 利
用 NCBI 数据库中 Protein BLAST 进行同源比对分
析ꎻ 用 ProtParam工具(http: / / expasy.org / tools / )
在线预测蛋白质的分子量大小、 氨基酸组成、 等电
点及疏水性ꎬ 在 InterPro 网站预测其结构域ꎻ 用
MEGA 5􀆰1 软件的 Clustal W 程序进行同源序列比
对ꎻ 用 Phyre2 server在线软件(http: / / www.sbg.
bio.ic. ac. uk / phyre2 / html / page. cgi? id = index)
预测蛋白质的三维结构ꎻ 用MEGA 5􀆰1软件并选择
邻接法(neighbor ̄joiningꎬ NJ)进行系统发育树的
构建ꎬ 自展值(bootstrap value)为 1000ꎮ
1􀆰 3􀆰 4  ScTIP1ꎻ1表达载体的构建及亚细胞定位
以测序正确的 ScTIP1ꎻ1 / pMD18 ̄T 重组质粒
为模板ꎬ 用 ScTIP1ꎻ1 ̄F ̄Sal I和 ScTIP1ꎻ1 ̄R ̄EcoR I
引物(表 1)进行 PCR扩增ꎬ 并将 PCR反应产物连
接至 pMD18 ̄T载体ꎮ 挑选经测序验证序列正确的
克隆提取质粒ꎬ 并将质粒和 pRI101 ̄GFP 载体分别
用 Sal I和 EcoR I内切酶双酶切ꎬ 再用 T4 DNA 连
接酶过夜连接ꎬ 构建 ScTIP ꎻ1 / pRI101 ̄GFP融合表
101  第 1期                    董 超等: 丝颖针茅 ScTIP1ꎻ1基因的克隆及对非生物胁迫的应答
表 1  PCR引物序列
Table 1  PCR primer sequences
引物名称
Primer
序列
Sequence
注释
Annotation
P1 TGTACACGGTGTACGCCA 3′RACE
P2 TCGCCATCGGCTTCATCGT 3′RACE
D1 TGCGCGATCCAGTACAGGA 5′RACE
D2 AACCGCAGCGGAGATCAGG 5′RACE
ScTIP1ꎻ1 ̄F ATGCCGGTCAGCAGGATCGC 基因全长
ScTIP1ꎻ1 ̄R TTAGTAGTCGGTGGTGGGGA 基因全长
ScTIP1ꎻ1 ̄F ̄Sal I GTCGACATGCCGGTCAGCAG ̄GATCGC 亚细胞定位
ScTIP1ꎻ1 ̄R ̄
EcoR I
GAATTCTTAGTAGTCGGTGGT ̄
GGGGA 亚细胞定位
ScTIP1ꎻ1 ̄qF GGGATACCAGTGGGTGTACT qRT ̄PCR
ScTIP1ꎻ1 ̄qR GGAGATGAAGAGCACCTCGTA qRT ̄PCR
Ubi ̄qF: AGCGTAAGAAGAAGAAC ̄TACTCCA qRT ̄PCR
Ubi ̄qR: ACCAGACTCGTCAACCTTGT qRT ̄PCR
达载体ꎬ 转化大肠杆菌 DH5α并测序验证ꎮ
将构建好的质粒用电击法转化根癌农杆菌
GV3101菌株感受态ꎻ 再将含重组质粒的农杆菌
GV3101注射到烟草叶片中ꎬ 3 d 后利用激光共聚
焦显微镜观察其下表皮的 GFP荧光ꎮ
1􀆰 3􀆰 5  丝颖针茅 ScTIP1ꎻ1基因的表达分析
选取生长良好的丝颖针茅幼苗ꎬ 分别用
150 mmol / L NaCl、 20% PEG8000 及 4℃环境模
拟盐、 干旱、 低温胁迫ꎻ 然后取胁迫处理后 0、 1、
3、 6 h 时的幼嫩叶片并分别提取总 RNAꎻ 反转录
成 cDNA (作为模板)后ꎬ 在 ABI7500 荧光定量
PCR 仪上进行实时荧光定量 RT ̄PCR (表 1:
ScTIP1ꎻ1 ̄qF、 ScTIP1ꎻ1 ̄qR、 Ubi ̄qF、 Ubi ̄qR 引
物)ꎮ 反应体系为 20 μLꎬ 主要包含: 2 × qPCR
mix 10 μLꎬ Passive Reference DyeII 0􀆰4 μLꎬ 上下
游引物(10 μmol / L)各 0􀆰4 μLꎬ cDNA 1 μLꎬ ddH2O
7􀆰8 μLꎮ PCR 扩增程序: 94℃预变性 30 sꎻ 94℃
变性 5 sꎬ 59℃退火 15 sꎬ 72℃延伸 34 sꎬ 40 个
循环ꎮ 每个处理设 4次重复ꎬ 每个反应设 3次技术
重复ꎮ 以丝颖针茅 Ubiquitin基因为内参ꎮ
采用 2-ΔΔCT法[24]计算基因相对表达量ꎻ 利用
SPSS软件对数据进行统计分析ꎬ 并采用单因素
ANOVA 检验ꎻ 利用 SigmaPlot 10􀆰0 软件绘制柱
状图ꎮ
2  结果与分析
2􀆰 1  丝颖针茅 ScTIP1ꎻ1基因的克隆
利用 3′RACE扩增技术获得长度为 392 bp 的
3′端序列(图 1: A)ꎬ 利用 5′RACE 扩增技术获得
长度为 374 bp 的 5′端序列(图 1: B)ꎬ 再经全长
扩增获得了丝颖针茅 ScTIP1ꎻ1 基因的编码区全长
ORF序列(图 1: C)ꎮ 其长度为 753 bpꎬ 编码 250
个氨基酸ꎬ 包括两个保守的 NPA 序列(图 2ꎬ 第
85 ~ 87、 198 ~ 200 个氨基酸)ꎮ ScTIP1ꎻ1 基因序
列的 GenBank登录号为 KT023572ꎮ
100
250
500
750
1000
2000
bp bp bp
100
250
500
750
1000
2000
100
250
500
750
1000
2000
M M MA B C
A: 3′RACE扩增ꎻ B: 5′RACE扩增ꎻ C: 开放阅读框(ORF)序列扩增ꎮ
A: Amplification product of 3′ RACEꎻ B: Amplification product of 5′ RACEꎻ C: Amplification pro ̄
duct of open reading frame sequence of ScTIP1ꎻ1. M: DL2000 marker.
图 1  RACE及 ScTIP1ꎻ1基因扩增
Fig􀆰 1  PCR amplification of RACE and open reading frame sequences of ScTIP1ꎻ1
201 植 物 科 学 学 报 第 34卷 
11
61
21
121
41
181
61
241
81
301
101
361
121
421
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481
161
541
181
601
201
661
221
721
241
图 2  丝颖针茅 ScTIP1ꎻ1基因的核酸序列及其蛋白的氨基酸序列
Fig􀆰 2  Nucleic acid sequences of ScTIP1ꎻ1 and amino acid sequences of its protein
2􀆰 2  ScTIP1ꎻ1基因的序列分析
将该蛋白质的氨基酸序列在 GenBank 中进行
Blast搜索ꎬ 发现该蛋白和短柄草(Brachypodium
distachyon) TIP1 ̄1 蛋 白 ( GenBank No􀆰 XP_
003558815)、 玉米 ( Zea mays L.) TIP1 ̄1 蛋白
(GenBank No. NP _001104896)、 水稻 (Oryza
sativa L.)TIP1ꎻ1 蛋白(GenBank No. P50156)分
别具有 93%、 91%、 93%的序列相似性ꎮ 将其分
别和拟南芥 AtTIP1ꎻ1、 AtTIP1ꎻ 2 氨基酸序列进行
比对ꎬ 发现序列相似性分别为 76􀆰49%和 75􀆰49%ꎬ
故将其命名为丝颖针茅 ScTIP1ꎻ1基因ꎮ
应用 ProtParam 工具对 ScTIP1ꎻ1 基因序列进
行在线分析ꎬ 结果表明ꎬ 推测的编码蛋白质的预测
分子量为 25􀆰8 KDꎬ 理论等电点为 6􀆰16ꎻ 该蛋白有
8个强碱性氨基酸残基(3􀆰2%)、 10 个强酸性氨基
酸残基(4􀆰0%)、 124 个疏水性残基(49􀆰6%)、 53
个极性残基(21􀆰2%)ꎬ 说明其具有较强的疏水性ꎻ
不稳定系数为 23􀆰69ꎬ 显示其为稳定蛋白ꎮ 将 Sc ̄
TIP1ꎻ1蛋白在 InterPro 网站上进行结构预测ꎬ 结
果表明 ScTIP1ꎻ1 蛋白有 6 个跨膜结构域(图 3ꎬ
TM1~ 6)和两个保守的 NPA 基序ꎬ 说明其具有液
泡膜内在蛋白家族典型的特征[25ꎬ26]ꎬ 属于液泡膜
内在蛋白家族的一员ꎮ
2􀆰 3  ScTIP1ꎻ1基因的进化分析
为了探讨 ScTIP1ꎻ1 基因的系统进化关系ꎬ 我
们 从 TAIR ( The Arabidopsis Information Re ̄
source)数据库中下载了拟南芥所有 AQP 蛋白的
氨基酸序列ꎬ 并利用 MEGA 5􀆰0软件的 NJ 法构建
系统发育树(图 4)ꎮ 结果显示ꎬ 所有的 TIP 蛋白形
成一个分支ꎬ 其中 ScTIP1ꎻ1 与拟南芥 AtTIP1ꎻ1、
AtTIP1ꎻ2两个蛋白形成的分支关系最近ꎮ 此外ꎬ 氨
基酸序列比对结果表明ꎬ ScTIP1ꎻ1 与 AtTIP1ꎻ1 的
相似性(76􀆰49%)大于 AtTIP1ꎻ2(75􀆰49%)ꎬ 说明
其属于 TIP1ꎻ1基因类型ꎬ 并可能具有和拟南芥 At ̄
TIP1ꎻ1基因相似的功能ꎮ
2􀆰 4  ScTIP1ꎻ1蛋白的三维结构预测
应用 Swiss ̄Model对 ScTIP1ꎻ1 蛋白的三维结
构进行预测ꎬ 结果显示该蛋白序列有 6个较大的 α
螺旋结构域ꎬ 并由 loop 环相连ꎮ 结合对结构域的
进一步预测分析ꎬ 我们推测这 6 个 α 螺旋结构为
跨膜结构(图 5)ꎬ 此结果与其他物种的 TIP1 蛋白
结构一致[27]ꎮ
2􀆰 5  水通道蛋白 ScTIP1ꎻ1的亚细胞定位
为了探究 ScTIP1ꎻ1 蛋白在细胞中发挥功能的
301  第 1期                    董 超等: 丝颖针茅 ScTIP1ꎻ1基因的克隆及对非生物胁迫的应答
ScTTP1 1
Bd
;
TTP1 1
HvTTP1 1
OsTTP1 1
TaTTP1 1
ZmTTP1 1
;
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ScTTP1 1
BdTTP1 1
HvTTP1 1
OsTTP1 1
TaTTP1 1
ZmTTP1 1
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ScTTP1 1
BdTTP1 1
HvTTP1 1
OsTTP1 1
TaTTP1 1
ZmTTP1 1
;
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ScTTP1 1
BdTTP1 1
HvTTP1 1
OsTTP1 1
TaTTP1 1
ZmTTP1 1
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;
78
78
78
78
78
78
156
156
156
156
156
156
234
234
234
234
234
234
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250
250
250
250
250
TM1 TM2
TM3 TM4
TM5 TM6
TM1 ~ 6代表 6个跨膜区域ꎬ 2个方框表示 MIP蛋白家族具有的保守 NPA基序ꎮ
TM1 ~ 6 represent six transmembrane domainsꎬ and two red boxes represent the two conserved NPA motifs.
图 3  不同植物 TIP1的氨基酸序列比对
Fig􀆰 3  Multi ̄alignment of amino acid sequences of TIP1 from different plants
位置ꎬ 我们构建了绿色荧光蛋白(GFP)和目的蛋
白的融合表达载体(图 6: A)ꎬ 并将其和空的 GFP
载体分别用农杆菌 GV3101菌株浸染烟草叶片ꎮ 浸
染后第 3 dꎬ 利用激光共聚焦显微镜观察融合载体
在烟草叶片下表皮中的瞬时表达情况ꎮ 结果显示
(图 6)ꎬ ScTIP1ꎻ1 ̄GFP 融合蛋白仅在细胞内液泡
膜中特异表达ꎬ 而空的 GFP 蛋白在整个细胞中都
有表达ꎬ 这说明 ScTIP1ꎻ1 蛋白定位在液泡膜中并
发挥其作用ꎬ 此结果与拟南芥等物种 TIP1 蛋白在
细胞中的位置一致[28ꎬ29]ꎮ
2􀆰 6  ScTIP1ꎻ1基因在盐、 干旱及低温胁迫下的表
达分析
分别用 150 mmol / L NaCl、 20%PEG8000 和
4℃环境模拟盐、 干旱及低温胁迫ꎬ 并检测
ScTIP1 ꎻ1 基因在不同胁迫条件下的表达水平变化
(图 7)ꎮ 结果显示: 盐胁迫处理 3 h 时ꎬ ScTIP1ꎻ1
基因的表达量为对照(0 h)的 8 倍ꎬ 6 h 时其表达
量下降至对照的 2􀆰9 倍ꎬ 表明 ScTIP1ꎻ1 基因受
150 mmol / L NaCl 诱导表达ꎻ 20%PEG8000 处理
1 h时ꎬ ScTIP1ꎻ1基因的表达量显著上调ꎬ 约为对
照的 10倍ꎬ 之后随干旱胁迫时间的延长逐渐下降
至初始水平ꎬ 说明 ScTIP1ꎻ1 基因受干旱胁迫的快
速诱导表达ꎻ 在 4℃低温胁迫下ꎬ ScTIP1ꎻ1基因的
表达量在 3 h 时达到最高峰ꎬ 约为对照的 36 倍ꎬ
之后迅速下降至对照的 7倍ꎮ 在盐、 干旱及低温胁
迫下ꎬ 丝颖针茅ScTIP1ꎻ1 基因能够被快速诱导表
达ꎬ 且低温处理后其表达量变化最明显ꎬ 说明
ScTIP1ꎻ1 基因参与了丝颖针茅对多种非生物胁迫
的响应ꎬ 这对丝颖针茅适应青藏高原复杂多变的环
境具有重要作用ꎮ
3  讨论
水孔蛋白属于多基因家族并作为通道蛋白大量
存在于生物膜细胞上ꎬ 且具有高度保守的结构特
征ꎮ 本实验基于青藏高原特有植物丝颖针茅转录组
数据库中的一条 EST 序列ꎬ 结合 RACE 快速扩增
技术ꎬ 首次克隆到 1 条 TIP 基因序列并命名为
ScTIP1 ꎻ1ꎬ 该基因 ORF长度为 753 bpꎬ 编码 250
个氨基酸ꎮ 对其进行序列分析(图 2ꎬ 图 5)ꎬ 发现
ScTIP1ꎻ1和其他物种的 TIP1具有高度相似性ꎬ 均
401 植 物 科 学 学 报 第 34卷 
At
PI
P2
2;
At
PI
P2
3;
99
At
PI
P2
1;
93 A
tP
IP
2
4;
58
At
PI
P2
5;
AtP
IP2
6;
75
37
AtP
IP2
7;
AtPI
P2
8;
99
66
AtPIP1 5;
AtPIP1 4;
AtPIP1 3;
AtPIP1 1;
AtPIP1 2;
97
91
81
98
100
AtTIP2 2;AtTIP2
3;
97
AtTIP2
1;
75
AtTIP5
1;
37
AtTIP4
1;
AtTIP3
1;
AtTIP3
2;
100
AtTIP1
3;
ScTIP1
1;
AtTIP1
1;
AtTIP1
2;
90 89 92 4
9 38
74
78
AtN
IP7
1;
AtN
IP5.
1
AtNIP
6 1;
100
AtNIP4 1;
AtNIP4 2;
100
AtNIP3 1;
AtNIP2 1;
AtNIP1 1;
AtNIP1 2;
74
67
66
85
77
96
AtSIP2
1;
AtSIP1
2;
AtSIP1
1;
100
99
0.5
图 4  ScTIP1ꎻ1和拟南芥水通道蛋白的系统发育关系分析
Fig􀆰 4  Phylogenetic analysis between ScTIP1ꎻ1 and aquaporin of Arabidopsis thaliana
Extracellular
Cytoplasmic
N-terminal
C-terminal
Membrane
197-208 Re-entrant helix
41
21
60
90
124
94
141
163
193
175 236
216
H1 H2 H3 H4 H5 H6
A B Loop
structure
α helix
NPA domain
Aꎬ ScTIP1ꎻ1跨膜螺旋结构示意图ꎻ Bꎬ ScTIP1ꎻ1空间结构图ꎮ
Aꎬ Sketch map of the transmembrane helix structure of ScTIP1ꎻ1 proteinꎻ Bꎬ Spatial structure diagram of ScTIP1ꎻ1 protein.
图 5  ScTIP1ꎻ1蛋白的三维结构模型构建与分析
Fig􀆰 5  Construction and analysis of a 3D structure model of the ScTIP1ꎻ1 protein
含有 6 个跨膜结构域和水通道蛋白家族保守的
NPA结构域[30]ꎬ 这些特征序列成为鉴别丝颖针茅
ScTIP1ꎻ1蛋白及其类别划分的重要标准之一ꎬ 同
时也是执行和调控丝颖针茅水孔蛋白功能的重要基
序ꎮ 氨基酸序列同源性比对和聚类分析进一步表
明ꎬ 丝颖针茅 ScTIP1ꎻ1与拟南芥 AtTIP1ꎻ1蛋白的
501  第 1期                    董 超等: 丝颖针茅 ScTIP1ꎻ1基因的克隆及对非生物胁迫的应答
CaMV 35S
promoter
AtADH 5’
UTR
GFP ScTIP1;1 NOS
terminator
A
B C D
Aꎬ ScTIP1ꎻ1 ̄GFP融合蛋白表达载体示意图ꎻ Bꎬ 明视野图ꎻ Cꎬ 荧光图ꎻ Dꎬ 叠加图ꎮ
Aꎬ Schematic diagram of the ScTIP1ꎻ1 ̄GFP fusion expression vectorꎻ Bꎬ Vision under nature lightꎻ Cꎬ Fluorescent vi ̄
sionꎻ Dꎬ Overlapped vision.
图 6  ScTIP1ꎻ1 ̄GFP融合蛋白在烟草叶片细胞中的亚细胞定位
Fig􀆰 6  Subcellular localization of ScTIP1ꎻ1 ̄GFP fusion protein in tobacco leaf cell
亲缘关系最近(图 3ꎬ 图 4)ꎮ ScTIP1ꎻ1 蛋白的 N
端和 C端与其他物种的水通道蛋白结构一致ꎬ 都
位于胞质外侧(图 5: A)ꎬ 跨膜域和 loopB、 loopE
共同构成水通道蛋白的中央狭窄空隙ꎬ 并形成“沙
漏”结构ꎮ 这种结构对水孔蛋白的渗透选择性和水
分的通透性具有重要意义[15]ꎬ 并且 TIP 蛋白的这
种调控作用主要发生在植物细胞的液泡膜上[6ꎬ16]ꎬ
本研究的亚细胞定位结果也表明ꎬ ScTIP1ꎻ1 蛋白
对丝颖针茅细胞的水分调控发生在液泡膜上ꎮ
水孔蛋白在植物细胞中的含量较高ꎬ 其中菠菜
TIP占总液泡膜蛋白的 10% ~ 15%[17]ꎬ 萝卜 TIP
占总液泡膜蛋白的 40%[19]ꎮ 水孔蛋白在植物细胞
中广泛分布且含量较高ꎬ 表明植物水通道蛋白不仅
是水分跨膜运输的通道ꎬ 同时也参与植物细胞的水
分平衡调节[15]以及植物对多种非生物胁迫的响应ꎬ
例如: 盐芥 TsTIP1ꎻ2 可以被干旱、 盐、 ABA、
H2O2 等诱导表达ꎬ 进而促进盐芥对非生物胁迫的
耐受性[8ꎬ27]ꎻ ScTIP1ꎻ1 基因可以被干旱、 盐和低
温胁迫诱导表达ꎬ 尤其是在低温胁迫下其表达量更
高ꎮ 低温胁迫可造成植物细胞的生理性缺水ꎬ 如
ScTIP1ꎻ1基因在低温条件下表达上调ꎬ 可能与丝
颖针茅遭受低温胁迫和植物本身在低温下水分关系
的失衡有关ꎮ ScTIP1ꎻ1 基因在低温、 干旱、 盐胁
迫下的表达量分别在处理 3 h 和 1 h 时达到最高ꎬ
之后出现下降趋势ꎬ 说明该基因对胁迫存在快速、
短期响应现象ꎬ 这与水稻 OsTIP1ꎻ1 基因功能相
似ꎮ 利用 150 mmol / L NaCl、 100 μmol / L ABA、
15% PEG处理水稻幼苗ꎬ 胁迫 6 h时 OsTIP1ꎻ1基
601 植 物 科 学 学 报 第 34卷 
150 mmol/L NaCl
0
2
4
6
8
10
0 1 3 6
!" Time h( )
a
b
c
ab
20% PEG
0
2
4
6
8
10
12
0 1 3 6
!" Time h( )
a
b
a
a
4℃
0
5
10
15
20
25
30
35
40
45
0 1 3 6
!" Time h( )
#
$
%
&

R
el
at
iv
e
ex
pr
es
si
on
le
ve
l
#
$
%
&

R
el
at
iv
e
ex
pr
es
si
on
le
ve
l
#
$
%
&

R
el
at
iv
e
ex
pr
es
si
on
le
ve
l
a
c
d
b
不同字母表示 ScTIP1ꎻ1 基因的相对表达量差异显著( P <
0􀆰05)ꎮ
Different normal letters mean significantly different at the P <
0􀆰05 level.
图 7  ScTIP1ꎻ1基因在盐、 干旱及
低温胁迫下的表达量变化
Fig􀆰 7  Changes in gene relative expression level of
ScTIP1ꎻ1 under stress treatments of saltꎬ
drought and low temperature
因在其根中的表达量达到最高ꎬ 然后开始呈下降趋
势[31]ꎮ 此外ꎬ ScTIP1ꎻ1基因表达水平的变化也可
能是丝颖针茅对青藏高原昼夜温差变化大的一种适
应策略ꎮ
植物水孔蛋白对逆境条件在转录水平上的响应
并不完全一致ꎬ 主要包括被逆境诱导表达和抑制表
达ꎬ 例如: 在拟南芥中ꎬ γ ̄TIP和 δ ̄TIP在应用甘露
醇模拟干旱胁迫下其表达量下降[32]ꎻ Arifa 等[33]在
研究低温对水稻根系的影响时发现ꎬ 随着处理时间
的延长低温抑制了水稻 OsTIP1ꎻ1、 OsTIP2ꎻ2 基因
表达ꎮ 由于一些 AQP基因的过表达也不能提高转基
因植株耐盐、 干旱或低温的能力[9]ꎬ 因此筛选能
够响应逆境胁迫的 TIP1 基因具有重要意义ꎮ 本研
究中 ScTIP1ꎻ1受不同胁迫诱导时表达上调可能是
植物本身适应青藏高原环境条件的一种优化结果ꎬ
然而这种优化的作用机制以及能否将该基因作为提
高植物抗逆性的候选基因仍需进一步的研究验证ꎮ
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(责任编辑: 刘艳玲)
801 植 物 科 学 学 报 第 34卷