全 文 ：植物科学学报　 ２０１３ꎬ ３１(５): ４８５~ ４９２
Ｐｌａｎｔ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｊｏｕｒｎａｌ
　 　 ＤＯＩ:１０.３７２４ / ＳＰ.Ｊ.１１４２.２０１３.５０４８５
基于转录组测序信息的水生植物莕菜 ＳＳＲ标记开发
袁阳阳１ꎬ２ꎬ 王青锋１∗ꎬ 陈进明１∗
(１. 中国科学院武汉植物园ꎬ 中国科学院水生植物与流域生态重点实验室ꎬ 武汉 ４３００７４ꎻ
２. 中国科学院大学ꎬ 北京 １０００４９)
摘　 要: 利用软件 ＭＩＳＡ对水生植物莕菜转录组测序所获得的 ７９５３６ 条 ＥＳＴ序列进行分析ꎬ 共检测出 １２３１９ 个
ＥＳＴ￣ＳＳＲ位点ꎮ 在莕菜的 ＥＳＴ￣ＳＳＲ中ꎬ 二核苷酸和三核苷酸重复单元是主导类型ꎬ 分别占总 ＳＳＲ的 ５７􀆰 ３１％和
３０􀆰 ８７％ꎬ 其中 ＡＧ / ＣＴ、 ＡＡＧ / ＣＴＴ分别是二、 三重复单元类型的优势重复基元ꎬ 分别占总 ＳＳＲ 的 ２９􀆰 ７６％和
８􀆰 ６６％ꎮ 随机挑选了 １３０对 ＥＳＴ￣ＳＳＲ引物对莕菜两个居群进行遗传多样性检测ꎬ 结果发现: ７８对引物能扩增出
清晰可分辨的条带ꎬ 其中 ３７对能成功检测出多态性ꎬ 引物多态率为 ４７􀆰 ４４％ꎮ 这些多态性引物共检测出 １１４ 个
等位基因ꎬ 每个位点 ２~６ 个ꎬ 平均 ３􀆰 ０８ 个ꎮ 观测杂合度(Ｈｏ )及预期杂合度(Ｈｅ )分别在 ０􀆰 ２２９ ~１􀆰 ０００ 和
０􀆰 ３５１~０􀆰 ７５６之间ꎬ 多态信息含量 ＰＩＣ 值在 ０􀆰 ２８６~０􀆰 ６９８ 之间ꎬ 平均达 ０􀆰 ４９５ꎮ 以上研究结果表明ꎬ 通过莕
菜转录组测序产生的 ＥＳＴ数据来开发 ＳＳＲ标记是一种简单而高效的途径ꎬ 这些新的 ＳＳＲ分子标记为研究莕菜的
居群遗传多样性及其遗传结构提供了工具ꎮ
关键词: 水生植物ꎻ 莕菜ꎻ 转录组测序ꎻ ＥＳＴꎻ ＳＳＲ
中图分类号: Ｑ３４７　 　 　 　 　 文献标识码: Ａ　 　 　 　 　 文章编号: ２０９５￣ ０８３７(２０１３)０５￣ ０４８５￣ ０８
　 　 　 收稿日期: ２０１３￣０４￣２３ꎬ 修回日期: ２０１３￣０５￣０８ꎮ
　 基金项目: 国家自然科学基金资助项目(３０９７０１９５ꎬ ３１２７０２７８)ꎮ
　 作者简介: 袁阳阳(１９８７－)ꎬ 女ꎬ 硕士研究生ꎬ 研究方向为植物系统学与进化生物学ꎮ
　 ∗通讯作者(Ａｕｔｈｏｒｓ ｆｏｒ ｃｏｒｒｅｓｐｏｎｄｅｎｃｅ􀆰 Ｅ￣ｍａｉｌ: ｊｍｃｈｅｎ＠ｗｂｇｃａｓ􀆰 ｃｎꎻ ｑｆｗａｎｇ＠ｗｂｇｃａｓ􀆰 ｃｎ)ꎮ
Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ ＳＳＲ Ｍａｒｋｅｒｓ ｉｎ Ａｑｕａｔｉｃ Ｐｌａｎｔ Ｎｙｍｐｈｏｉｄｅｓ
ｐｅｌｔａｔａ (Ｍｅｎｙａｎｔｈａｃｅａｅ) Ｂａｓｅｄ ｏｎ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｆｒｏｍ
Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ
ＹＵＡＮ Ｙａｎｇ￣Ｙａｎｇ１ꎬ ２ꎬ ＷＡＮＧ Ｑｉｎｇ￣Ｆｅｎｇ１∗ꎬ ＣＨＥＮ Ｊｉｎ￣Ｍｉｎｇ１∗
(１. Ｋｅｙ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｏｆ Ａｑｕａｔｉｃ Ｂｏｔａｎｙ ａｎｄ Ｗａｔｅｒｓｈｅｄ Ｅｃｏｌｏｇｙꎬ Ｗｕｈａｎ Ｂｏｔａｎｉｃａｌ Ｇａｒｄｅｎꎬ Ｃｈｉｎｅｓｅ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓꎬ
Ｗｕｈａｎ ４３００７４ꎬ Ｃｈｉｎａ ꎻ ２. Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｃｈｉｎｅｓｅ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓꎬ Ｂｅｉｊｉｎｇ １０００４９ꎬ Ｃｈｉｎａ)
Ａｂｓｔｒａｃｔ: Ｕｓｉｎｇ ｔｈｅ ｐｒｏｇｒａｍ ＭＩＳＡꎬ ａ ｔｏｔａｌ ｏｆ １２３１９ ＥＳＴ￣ＳＳＲｓ ｗｅｒｅ ｓｏｕｇｈｔ ｏｕｔ ｆｒｏｍ ７９５３６
ＥＳＴｓ ｏｆ ａｑｕａｔｉｃ ｐｌａｎｔ Ｎｙｍｐｈｏｉｄｅｓ ｐｅｌｔａｔａ. Ｄｉｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ａｎｄ ｔｒｉｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ＳＳＲｓ ｗｅｒｅ ｔｈｅ ｔｗｏ
ｍａｉｎ ｍｏｔｉｆ ｔｙｐｅｓꎬ ａｃｃｏｕｎｔｉｎｇ ｆｏｒ ５７􀆰 ３１％ ａｎｄ ３０􀆰 ８７％ꎬ ｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ. Ｔｈｅ ｍｏｓｔ ａｂｕｎｄａｎｔ ｄｉ￣
ａｎｄ ｔｒｉ￣ ｍｏｔｉｆｓ ｗｅｒｅ ＡＧ / ＣＴ (２９􀆰 ７６％) ａｎｄ ＡＡＧ / ＣＴＴ (８􀆰 ６６％)ꎬ ｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ. Ｗｅ ｒａｎｄｏｍｌｙ
ｓｅｌｅｃｔｅｄ １３０ ｐｒｉｍｅｒ ｐａｉｒｓ ｔｏ ｅｖａｌｕａｔｅ ｔｈｅｉｒ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ ａｎｄ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ａｃｒｏｓｓ ｔｗｏ
ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ ｏｆ Ｎ. ｐｅｌｔａｔａ. Ｓｅｖｅｎｔｙ￣ｅｉｇｈｔ ＳＳＲ ｍａｒｋｅｒｓ ｗｅｒｅ ａｍｐｌｉｆｉｅｄ ｓｕｃｃｅｓｓｆｕｌｌｙꎬ ｙｉｅｌｄｉｎｇ
ｃｌｅａｒ ａｎｄ ｄｉｓｃｅｒｎｉｂｌｅ ｂａｎｄｓꎬ ａｍｏｎｇ ｗｈｉｃｈ ３７ ｗｅｒｅ ｆｏｕｎｄ ｔｏ ｂｅ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ ａｎｄ ｔｈｅ
ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ ｒａｔｅ ｗａｓ ４７􀆰 ４４％. Ｕｓｉｎｇ ｔｈｅ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ ＳＳＲ ｍａｒｋｅｒｓꎬ ａ ｔｏｔａｌ ｏｆ １１４ ａｌｌｅｌｅｓ ｗｅｒｅ
ｄｅｔｅｃｔｅｄ. Ｔｈｅ ｎｕｍｂｅｒ ｏｆ ａｌｌｅｌｅｓ ｐｅｒ ｌｏｃｕｓ ｒａｎｇｅｄ ｆｒｏｍ ２ ｔｏ ６ (ｍｅａｎ ３􀆰 ０８) . Ｏｂｓｅｒｖｅｄ
ｈｅｔｅｒｏｚｙｇｏｓｉｔｙ (Ｈｏ) ａｎｄ ｅｘｐｅｃｔｅｄ ｖａｌｕｅ (Ｈｅ) ｐｅｒ ｌｏｃｕｓ ｖａｒｉｅｄ ｆｒｏｍ ０􀆰 ２２９ ｔｏ １􀆰 ０００ ａｎｄ ｆｒｏｍ
０􀆰 ３５１ ｔｏ ０􀆰 ７５６ꎬ ｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ. Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｃｏｎｔｅｎｔ (ＰＩＣ) ｒａｎｇｅｄ ｆｒｏｍ ０􀆰 ２８６ ｔｏ
０􀆰 ６９８ꎬ ｗｉｔｈ ａｎ ａｖｅｒａｇｅ ｏｆ ０􀆰 ４９５. Ｔｈｅ ｒｅｓｕｌｔｓ ｉｎｄｉｃａｔｅｄ ｔｈａｔ ｔｈｅ ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ ＳＳＲ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ
ｍａｒｋｅｒｓ ｆｒｏｍ ｔｈｅ ＥＳＴ ｄａｔａｓｅｔ ｇｅｎｅｒａｔｅｄ ｂｙ ｎｅｘｔ ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｉｎ ｔｈｅ ａｑｕａｔｉｃ ｐｌａｎｔ Ｎ.
ｐｅｌｔａｔａ ｉｓ ｖａｌｕａｂｌｅ ａｎｄ ｅｆｆｅｃｔｉｖｅ. Ｔｈｅｓｅ ｎｅｗｌｙ ｇｅｎｅｒａｔｅｄ ＳＳＲ ｍａｋｅｒｓ ｗｉｌｌ ｐｒｏｖｉｄｅ ｎｅｗ ｔｏｏｌｓ ｆｏｒ
ｓｔｕｄｙｉｎｇ ｇｅｎｅｔｉｃ ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ ａｎｄ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｇｅｎｅｔｉｃ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｏｆ Ｎ. ｐｅｌｔａｔａ.
Ｋｅｙ ｗｏｒｄｓ: Ａｑｕａｔｉｃ ｐｌａｎｔꎻ Ｎｙｍｐｈｏｉｄｅｓ ｐｅｌｔａｔａꎻ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇꎻ ＥＳＴꎻ ＳＳＲ
　 　 莕菜(Ｎｙｍｐｈｏｉｄｅｓ ｐｅｌｔａｔａ (Ｇｍｅｌ.) Ｏ. Ｋｕｎｔｚｅ)
为睡菜科(Ｍａｎｙａｎｔｈａｃｅａｅ)莕菜属(Ｎｙｍｐｈｏｉｄｅｓ)
多年生水生浮叶植物[１]ꎮ 该种曾广泛分布于欧亚
大陆温带和亚热带地区ꎮ 莕菜花黄色ꎬ 艳丽、 繁
盛ꎬ 具有重要的观赏价值ꎮ 同时ꎬ 它还具有一定的
食用价值和医药价值ꎬ 其根茎和嫩花茎在不少地区
被当作蔬菜食用ꎬ 我国传统医学中也有使用莕菜入
药的记载[２]ꎮ 此外ꎬ 有研究发现莕菜在水生环境
修复方面也具有重要的作用[３]ꎮ 然而近年来ꎬ 由
于水产养殖等对水体的开发利用ꎬ 许多莕菜赖以生
存的生长环境遭到破坏ꎬ 莕菜的居群数量大大减
少ꎮ 为了防止该种遗传资源的进一步丧失ꎬ 开展该
种的保护生物学研究已很有必要ꎮ
采用分子标记评价物种的遗传多样性及其居群
遗传结构能为物种保护策略的制定提供基础资
料[４]ꎮ 在诸多分子标记中ꎬ 微卫星 ( Ｓｉｍｐｌｅ Ｓｅ￣
ｑｕｅｎｃｅ Ｒｅｐｅａｔꎬ ＳＳＲ)分子标记由于其高丰度、 高
变异、 共显性等优点ꎬ 已广泛应用于多种植物的保
护遗传学研究中[５]ꎮ 采用分子标记评价莕菜居群
遗传多样性及居群遗传结构已有多篇报道[４ꎬ６－１０]ꎮ
相关的研究结果也被逐渐用来指导该种的保
护[６ꎬ７]ꎮ 虽然目前关于莕菜遗传多样性及其居群遗
传结构的研究多是基于 ＳＳＲ 分子标记ꎮ 然而ꎬ 迄
今为止ꎬ 莕菜中公开报道可利用的 ＳＳＲ 分子标记
只有 １０个ꎬ 数量十分有限[１１]ꎬ 远远不能满足开展
其保护遗传学研究的需要ꎮ
莕菜是典型的花柱二型性植物ꎬ 为了研究该种
花柱二型的分子机理ꎬ 陈进明等对具有不同花型的
莕菜花芽材料进行了高通量转录组测序ꎬ 获得了大
量的表达序列标签 ( Ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｔａｇꎬ
ＥＳＴ)ꎬ 同时在该研究组中建立了莕菜 ＥＳＴ 数据库
(结果另文发表)ꎮ 莕菜 ＥＳＴ 数据库为大量开发
ＳＳＲ分子标记进行该种的居群遗传学研究也提供
了契机ꎮ 利用 ＥＳＴ数据库进行 ＥＳＴ￣ＳＳＲ 的开发已
成为一种省时、 省力的有效方法ꎬ 大量的 ＥＳＴ￣
ＳＳＲ标记已在不同的物种中开发和利用[１２－１４]ꎮ
本研究基于前期对莕菜花芽转录组高通量测序
所得到的 ＥＳＴ 序列进行 ＥＳＴ￣ＳＳＲ 分子标记的开
发ꎮ 利用莕菜 ＥＳＴ 资源ꎬ 进行 ＳＳＲ 搜索和分析ꎬ
建立了 ＥＳＴ￣ＳＳＲ 标记ꎬ 并对其多态性进行了分析
与评价ꎮ 开发的 ＥＳＴ￣ＳＳＲ 分子标记将会成为今后
进行水生植物莕菜遗传多样性及遗传结构研究可利
用的有效工具ꎮ
１　 材料与方法
１􀆰 １　 植物材料
本实验中采用来自于湖北枝江(ＺＪꎻ ３０°２９′Ｎꎬ
１１１°４６′Ｅ)和云南洱海(ＥＨꎻ ２５°４７′Ｎꎬ １００°１１′Ｅ)
的两个莕菜 ( Ｎｙｍｐｈｏｉｄｅｓ ｐｅｌｔａｔａ (Ｇｍｅｌ.) Ｏ.
Ｋｕｎｔｚｅ)居群进行 ＥＳＴ￣ＳＳＲ的验证及多态性分析ꎮ
１􀆰 ２　 ＤＮＡ提取
利用植物基因组 ＤＮＡ 提取试剂盒提取参试材
料的叶片 ＤＮＡꎬ 试剂盒购置于天根生物公司(提取
方法参照试剂盒的说明)ꎮ
１􀆰 ３　 ＥＳＴ￣ＳＳＲ位点的开发及引物设计
基于先前陈进明等对莕菜花芽进行的转录组高
通量测序结果中的 ７９５３６条 ＥＳＴ序列ꎬ 利用ＭＩＳＡ
( ＭｉｃｒｏＳａｔｅｌｌｉｔｅꎬ ｈｔｔｐ: / / ｐｇｒｃ. ｉｐｋ￣ｇａｔｅｒｓｌｅｂｅｎ.
ｄｅ / ｍｉｓａ / )软件进行 ＳＳＲ 位点的搜素ꎬ 搜索参数
设置为: 单、 二、 三、 四、 五、 六核苷酸重复次数
至少分别为 １２、 ６、 ５、 ５、 ４、 ４ 次ꎬ 且 ＳＳＲ 位点
距离两端侧翼序列大于 ５０ ｂｐꎮ 利用 ｐｒｉｍｅｒ ３􀆰 ０对
筛选得到的 ＳＳＲ 位点设计引物ꎬ 引物设计原则:
①引物长度 １８~２２ ｂｐꎬ 最适长度 ２０ ｂｐꎻ ②退火
温度在 ５５~６５℃ꎬ 最适退火温度 ６０℃ꎻ ③ＰＣＲ 产
物长度 ８０~３００ ｂｐꎬ 最适长度 １８０ ｂｐꎻ ④ＧＣ 含
量在 ４０％~６０％ꎬ 最适 ＧＣ含量 ５０％ꎮ
在引物设计时如果没能设计出最理想的 ＳＳＲ
引物ꎬ 则根据情况适当调整相关参数ꎮ 基于以上引
物设计原则ꎬ 总共对 １８０８条包含 ＳＳＲ位点的高质
量 ＥＳＴ 序列 ( ＳＳＲ 位点前后侧翼序列长度大于
１５０ ｂｐ)设计出 ８０６４ 对引物ꎮ 每个位点至少有
５对候选引物ꎬ 用于后续在两个莕菜居群中进行
ＳＳＲ的多态性检测ꎮ
６８４ 植 物 科 学 学 报 第 ３１卷　
１􀆰 ４　 ＥＳＴ￣ＳＳＲ引物初步筛选
随机挑选 １３０ 对 ＳＳＲ 引物 (编号 ＸＣ１ ~
ＸＣ１３０)ꎬ 由上海 Ｓａｎｇｏｎ 生物技术公司进行引物
序列合成ꎮ 分别从居群 ＺＪ 和 ＲＨ 中选取 ４ 个个体
对引物 ＸＣ１~ＸＣ１３０ 进行初步筛选ꎮ 实验 ＰＣＲ 反
应体系(１５ μＬ)包括: １０ ~３０ ｎｇ 的基因组 ＤＮＡ
模板ꎻ ０􀆰１５ ｍｍｏｌ / Ｌ 的 ｄＮＴＰꎻ １􀆰５ μＬ１０×Ｔａｑ 缓
冲液[６ ｍｍｏｌ / Ｌ Ｔｒｉｓ￣ＨＣｌ (ｐＨ ８􀆰 ３)ꎬ ０􀆰 ９ ｍｍｏｌ / Ｌ
ＭｇＣｌ２ 和 ３０ ｍｍｏｌ / Ｌ ＫＣｌ ]ꎻ 正 反 向 引 物 各
０􀆰 ６ ｍｍｏｌ / Ｌꎻ １ Ｕ 的 Ｔａｑ 酶 ( ＴＩＡＮＧＥＮ 公司)ꎮ
ＰＣＲ反应在 ＰＴＣ￣１００ＴＭ ｔｈｅｒｍｏｃｙｃｌｅｒ 仪器上进行
(ＭＪ Ｒｅｓｅａｒｃｈꎬ Ｗａｌｔｈａｍꎬ ＭＡꎬ ＵＳＡ)ꎻ 循环条件
为: ９４℃预变性 ５ ｍｉｎꎬ ３５ 个循环 ( ９４℃变性
３０ ｓꎬ 合适温度退火 ３０ ｓꎬ ７２℃延伸 １ ｍｉｎ) ꎬ ７２℃
延伸 ７ ｍｉｎꎮ 各对引物的最适退火温度通过梯度
ＰＣＲ 实验确定ꎬ 参考李玉恒等的梯度 ＰＣＲ 方
法[１５]ꎮ ＰＣＲ产物利用 １２％聚丙烯酰胺凝胶在北京
六一仪器厂生产的 ＤＹＹ￣１１Ｂ 型垂直板电泳仪及
ＤＹＣＺ￣２４Ｂ型电泳槽中进行电泳检测ꎮ 上样量为每
个点样孔: ５ μＬ ＰＣＲ产物＋１ μＬ １ / １０００体积分数
的花青素＋１ μＬ ６× ｌｏａｄｉｎｇ ｂｕｆｆｅｒꎬ ２５ Ｖ 电压ꎬ 电
泳 １５０ ｍｉｎ后用 ＡｌｐｈａｌｍａｇｅｒＴＭ２２００凝胶成像系统
(美国Ａｌｐｈａ Ｉｎｎｏｔｅｃｈ公司)对条带进行扫描分析ꎮ
１􀆰 ５　 ＥＳＴ￣ＳＳＲ引物多态性检测
筛选出在居群 ＺＪ 和 ＥＨ 中都有清晰稳定扩增
条带的引物ꎬ 同样用这两个居群对筛选出的引物进
行多态性检测ꎮ 多态性检测在扩大数量的居群中进
行(每个居群 １８个个体)ꎮ ＰＣＲ反应条件和反应程
序同 １􀆰 ４ꎮ
１􀆰 ６　 数据分析
对在两个莕菜居群(ＺＪ 和 ＥＨ)内都能产生稳
定且具有多态性条带的引物ꎬ 其 ＰＣＲ 产物经聚丙
烯酰胺凝胶电泳后ꎬ 统计各对引物在两个居群 ３６
个个体间的条带迁移情况ꎮ 分别用两个字母表示条
带: 纯合子条带表示为 ＡＡ、 ＢＢ、 ＣＣ、 ＤＤ等ꎻ 杂
合子表示为 ＡＢ、 ＡＣ、 ＢＣ、 ＤＥ 等ꎬ 建立相应矩
阵ꎮ 利用 Ｐｏｐｇｅｎｅ １􀆰 ３１ 计算每一个多态性 ＳＳＲ
位点的总的等位基因数(ＮＡ)、 观测杂合度(Ｈｏ)、
预计杂合度 ( Ｈｅ )ꎬ Ｗｒｉｇｈｔ􀆳ｓ ( １９７８) 固定指数
(ＦＩＳ) [１６]ꎮ 利用软件 ＰＩＣ＿ ＣＡＬＣ和 ＧｅｎＡｌｅｘ６对各
个位点的等位基因频率进行评价从而得到多态性信
息含量(ＰＩＣ) [１７]ꎮ
２　 结果与分析
２􀆰 １　 莕菜转录组中 ＥＳＴ￣ＳＳＲ的分布及频率
利用 ＭＩＳＡ 软件在莕菜花芽 ７９５３６ 个 ＥＳＴ 序
列中搜索到 １２３１９ 个 ＳＳＲ 位点ꎬ 分布于 ９９９３ 个
ＥＳＴ中ꎬ 其中 １８３４个 ＥＳＴ序列含有两个或两个以
上 ＥＳＴ￣ＳＳＲ 位点ꎮ 总体上ꎬ ＳＳＲ 出现频率为
１５􀆰 ４８％ꎮ 莕菜 ＥＳＴ 序列中ꎬ 各种类型的 ＳＳＲ 出
现的频率不同(表 １)ꎬ 二和三核苷酸重复类型占优
势ꎬ 分别占总 ＳＳＲ的 ５７􀆰 ３１％和 ３０􀆰 ８７％ꎻ 其他 ４
种重复类型所占比例相对较少: 单核苷酸重复占
５􀆰 ４１％ꎬ 四核苷酸重复占 １􀆰 ７５％ꎬ 五核苷酸重复
占 １􀆰 ９０％ꎬ 六核苷酸重复占 ２􀆰 ７４％ꎮ 所有 ＳＳＲ
中ꎬ 以 ６次重复数目的 ＳＳＲ 最多ꎬ 占 ３１􀆰 ８６％ꎬ ５
次重复数目的 ＳＳＲ 占 ２１􀆰 １３％ꎬ ７ 次重复数目的
ＳＳＲ占 １８􀆰 ２６％(见表 １)ꎮ 本实验中共发现 ４种二
核苷酸重复基元和 １０ 种三核苷酸重复基元ꎬ 二核
苷酸重复基元中ꎬ ＡＧ / ＣＴ 含量最高ꎬ 占 ２９􀆰 ７６％ꎬ
三核苷酸重复基元中ꎬ ＡＡＧ / ＣＴＴ 含量最高ꎬ 占
８􀆰 ６６％ꎮ 其它重复基元类型及发生频率见表 ２ꎮ 在
所有的重复基元类型中 ＣＧ / ＣＧ 发生频率最低
(０􀆰 ０３％)ꎮ
２􀆰 ２　 ＥＳＴ￣ＳＳＲ的多态性
随机挑选的 １３０对 ＳＳＲ引物中共有 ７８对成功
扩增出清晰条带(６５ 对产生与预期大小相同的条
带ꎬ 另 １３对产生条带较长)ꎬ 其中 ３７ 对引物扩增
的 ＤＮＡ条带在两个居群内都具有多态性ꎮ 引物有
效扩增率为 ６０％ꎬ 其中多态性占 ４７􀆰 ４４％ꎮ ３７ 对
多态性引物的名称、 序列及在两个莕菜居群的
ＰＣＲ扩增产物分析结果见表 ３ꎬ 不同引物对的最适
退火温度见表 ３ꎮ
３　 讨论
３􀆰 １　 莕菜 ＥＳＴ￣ＳＳＲ的特点
新一代测序技术的出现为非模式物种中基因组
的研究提供了有利条件ꎮ 同时ꎬ 测序产生的 ＥＳＴ
库ꎬ 也为 ＥＳＴ￣ＳＳＲ的挖掘提供了宝贵资源ꎮ 本实
验中ꎬ 利用 ＭＩＳＡ软件在莕菜花芽转录组测序得到
７８４　 第 ５期　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 袁阳阳等: 基于转录组测序信息的水生植物莕菜 ＳＳＲ标记开发
表 １　 莕菜 ＥＳＴ￣ＳＳＲ的类型、 数量及分布频率
Ｔａｂｌｅ １　 Ｔｙｐｅꎬ ｎｕｍｂｅｒ ａｎｄ ｆｒｅｑｕｅｎｃｙ ｏｆ ＥＳＴ￣ＳＳＲｓ ｉｎ Ｎ. ｐｅｌｔａｔａ
重复基元长度
Ｒｅｐｅａｔ ｍｏｔｉｆ ｌｅｎｇｔｈ
重复次数　 　 Ｒｅｐｅａｔ ｎｕｍｂｅｒｓ
４ ５ ６ ７ ８ ９ １０ １１ ≥１２
总计
Ｔｏｔａｌ
百分比
％
单核苷酸重复 Ｍｏｎｏ￣ － － － － － － － － ６６７ ６６７ ５􀆰 ４１
二核苷酸重复 ｄｉ￣ － － ２９４６ １８５８ １１５８ ５４９ ３６３ １７２ １４ ７０６０ ５７􀆰 ３１
三核苷酸重复 ｔｒｉ￣ － ２４０４ ９４９ ３９０ ５４ ３ ２ １ ０ ３８０３ ３０􀆰 ８７
四核苷酸重复 ｑｕａｄ￣ － １８５ ３０ １ ０ ０ ０ ０ ０ ２１６ １􀆰 ７５
五核苷酸重复 ｐｅｎｔａ￣ ２２６ ９ ０ ０ ０ ０ ０ ０ ０ ２３５ １􀆰 ９０
六核苷酸重复 ｈｅｘａ￣ ３３２ ６ ０ ０ ０ ０ ０ ０ ０ ３３８ ２􀆰 ７４
总计 Ｔｏｔａｌ ５５８ ２６０４ ３９２５ ２２４９ １２１２ ５５２ ３６５ １８７ ６８１
百分比 ％ ４􀆰 ５３ ２１􀆰 １３ ３１􀆰 ８６ １８􀆰 ２６ ９􀆰 ８４ ４􀆰 ４８ ２􀆰 ９６ １􀆰 ５２ ５􀆰 ５３
　 　 注: 单、 二、 三、 四、 五、 六核苷酸重复类型的 ＳＳＲ最小重复次数标准分别为 １２、 ６、 ５、 ５、 ４、 ４次ꎮ
Ｎｏｔｅ: Ｍｏｎｏ￣ꎬ ｄｉ￣ꎬ ｔｒｉ￣ꎬ ｑｕａｄ￣ꎬ ｐｅｎｔａ￣ ａｎｄ ｈｅｘａ￣ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｒｅｐｅａｔｓ ｗｉｔｈ ａ ｍｉｎｉｍｕｍ ｏｆ ｔｗｅｌｖｅꎬ ｓｉｘꎬ ｆｉｖｅꎬ ｆｉｖｅꎬ ｆｏｕｒ ａｎｄ ｆｏｕｒ ｓｕｂｕｎｉｔｓꎬ
ｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ.
表 ２　 莕菜 ＥＳＴ￣ＳＳＲ中二和三碱基重复基元的类型及频率
Ｔａｂｌｅ ２　 Ｄｉ￣ ａｎｄ ｔｒｉ￣ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ＥＳＴ￣ＳＳＲ ｒｅｐｅａｔ ｍｏｔｉｆｓ ａｎｄ ｔｈｅｉｒ ｆｒｅｑｕｅｎｃｙ ｉｎ ＥＳＴｓ ｏｆ Ｎ. ｐｅｌｔａｔａ
重复基元类型
Ｒｅｐｅａｔ ｍｏｔｉｆ
重复次数　 　 Ｒｅｐｅａｔ ｎｕｍｂｅｒｓ
５ ６ ７ ８ ９ １０ １１ １２ >１２
总计
Ｔｏｔａｌ
频率
％
ＡＣ / ＧＴ － ６５３ ３６０ ２２１ ９４ ４８ ３０ ２ １ １４０９ １１􀆰 ４４
ＡＧ / ＣＴ － １５４１ ８７９ ５４４ ３０２ ２７４ １１９ ６ １ ３６６６ ２９􀆰 ７６
ＡＴ / ＡＴ － ７４９ ６１８ ３９３ １５３ ４１ ２３ ４ ０ １９８１ １６􀆰 ０８
ＣＧ / ＣＧ － ３ １ ０ ０ ０ ０ ０ ０ ４ ０􀆰 ０３
ＡＡＣ / ＧＴＴ １７７ ７７ ２２ ４ ０ １ ０ ０ １ ２８２ ２􀆰 ２９
ＡＡＧ / ＣＴＴ ６４２ ２９５ １２０ １０ ０ ０ ０ ０ ０ １０６７ ８􀆰 ６６
ＡＡＴ / ＡＴＴ ８１ ２３ ９ ２ １ ０ ０ ０ ０ １１６ ０􀆰 ９４
ＡＣＣ / ＧＧＴ ３９６ １４９ ７３ ６ ０ ０ ０ ０ ０ ６２４ ５􀆰 ０７
ＡＣＧ / ＣＧＴ ４１ ２３ ２０ ４ ０ ０ ０ ０ ０ ８８ ０􀆰 ７１
ＡＣＴ / ＡＧＴ ５４ ３１ ７ １ １ ０ ０ １ ０ ９５ ０􀆰 ７７
ＡＧＣ / ＣＴＧ ２２９ ７１ ３４ ９ ０ ０ ０ ０ ０ ３４３ ２􀆰 ７８
ＡＧＧ / ＣＣＴ ３４３ １２８ ２８ １１ ０ ０ ０ ０ ０ ５１０ ４􀆰 １４
ＡＴＣ / ＡＴＧ ３１１ １１１ ５９ ７ ０ １ ０ ０ ３ ４９２ ４􀆰 ００
ＣＣＧ / ＣＧＧ １３０ ４１ １４ １ ０ ０ ０ ０ ０ １８６ １􀆰 ５１
总计 Ｔｏｔａｌ ２４０４ ３８９５ ２２４４ １２１３ ５５１ ３６５ １７２ １３ ６
频率 ％ １９􀆰 ５１ ３１􀆰 ６２ １８􀆰 ２２ ９􀆰 ８５ ４􀆰 ４７ ２􀆰 ９６ １􀆰 ４０ ０􀆰 １１ ０􀆰 ０５
的 ＥＳＴ库中共检测到 １２３１９个 ＳＳＲ位点ꎮ 二碱基
和三碱基重复类型的 ＳＳＲ 所占的比例较大ꎬ 分别
为 ５７􀆰 ３１％和 ３０􀆰 ８７％ꎬ 这一结果与多数植物基因
组中二和三碱基重复序列分布频率相似[１８－２０] ꎮ 前
人的研究结果显示有些物种中前者占优势ꎬ 另一些
物种中后者占优势ꎬ 这种现象的出现ꎬ 在一定程度
上与 ＳＳＲ搜索时相关参数的设置有很大关系[１４]ꎮ
Ａｇｇａｒｗａｌ等[１８]发现ꎬ 原本是二核苷酸重复 ＳＳＲ
占优势的研究中ꎬ 如果人为改变 ＳＳＲ 搜索标准ꎬ
提高二核苷酸重复类型的重复次数ꎬ 或降低三核苷
酸重复类型的重复次数ꎬ 就会出现三核苷酸重复
ＳＳＲ占优势的情况ꎮ 这也暗示了ꎬ 亟需一个统一
的 ＳＳＲ检测参数设置标准ꎬ 以便于更有效地在不
同的研究中进行 ＳＳＲ分布类型与特点的比较ꎮ
二核苷酸重复类型中ꎬ ＡＧ / ＣＴ (占总 ＳＳＲ 的
２９. ７６％) 为重复基元的最多ꎬ ＣＧ / ＣＧ 最少
(０􀆰 ０３％)ꎬ 这与 Ｗｅｉ等[１４]在芝麻(Ｓｅｓａｍｕｍ ｉｎｄｉ￣
ｃｕｍ)和 Ａｇｇａｒｗａｌ 等[１８]在咖啡(Ｃｏｆｆｅａ ａｒａｂｉｃａ)
ＥＳＴ￣ＳＳＲ 筛选所得到的结果一致ꎮ 也与 Ｋａｎｔｅｔｙ
等[２１]对水稻(Ｏｒｙｚａ ｓａｔｉｖａ)、 高粱(Ｓｏｒｇｈｕｍ ｂｉ￣
ｃｏｌｏｒ)等多种植物 ＥＳＴ￣ＳＳＲ 进行综合分析后报道
的结果相符ꎮ 莕菜三核苷酸重复中ꎬ ＡＡＧ / ＣＴＴ
(占总 ＳＳＲ 的 ８􀆰 ６６％)最多ꎬ 一些植物ꎬ 如芝麻、
咖啡以及莲(Ｎｅｌｕｍｂｏ ｎｕｃｉｆｅｒａ Ｇａｅｒｔｎ)等中都有相
８８４ 植 物 科 学 学 报 第 ３１卷　
表 ３　 莕菜中 ３７对多态性 ＥＳＴ￣ＳＳＲ引物的特点
Ｔａｂｌｅ ３　 Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｉｒｔｙ￣ｓｅｖｅｎ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ ＥＳＴ￣ＳＳＲ ｍａｒｋｅｒｓ ｏｆ Ｎ. ｐｅｌｔａｔａ
引物编号
Ｐｒｉｍｅ ｃｏｄｅ
正反向引物序列(５′→３′)
Ｐｒｉｍｅｒ ｓｅｑｕｅｎｃｅ (５′→３′)
重复基元
Ｒｅｐｅａｔ ｔｙｐｅ ＮＡ
ａ Ｈｏ ｂ Ｈｅ ｃ ＰＩＣｄ ＦＩＳ ｅ
ＸＣ１ Ｆ: ＡＡＣＡＡＣＡＣＧＡＡＣＡＴＧＡＡＧＡＣＧＡＲ: ＣＡＣＡＡＡＴＣＣＴＴＧＡＣＡＴＴＴＴＣＡＴＴＧ
(ＴＡＧ) ７ ３ ０􀆰 ４１７ ０􀆰 ４４８ ０􀆰 ３９４ ０􀆰 ０７０
ＸＣ８ Ｆ: ＡＡＴＧＣＡＡＧＡＡＡＣＡＣＡＡＡＧＣＡＡＡＴＲ: ＴＧＡＡＴＧＣＡＴＡＴＡＴＡＣＡＧＧＧＡＧＧＣ
(ＴＣＡ) ７ ６ ０􀆰 ６６７ ０􀆰 ７２１ ０􀆰 ６８５ ０􀆰 ０７５
ＸＣ９ Ｆ: ＧＧＴＧＧＴＴＴＴＧＧＴＧＡＧＡＴＴＣＡＡＴＡＲ: ＴＡＴＡＧＣＣＡＡＡＧＣＡＡＧＡＴＴＡＣＣＣＡ
(ＣＧＧ) ７ ３ ０􀆰 ７１９ ０􀆰 ６５５ ０􀆰 ５８１ －０􀆰 ０９８
ＸＣ１７ Ｆ: ＡＣＡＴＴＡＴＧＡＧＡＧＣＡＧＡＡＧＴＧＧＧＡＲ: ＣＡＡＴＴＴＣＣＣＣＴＡＴＴＣＡＴＣＡＡＣＡＡ
(ＴＧＡＡＴＣ) ６ ２ ０􀆰 ５１４ ０􀆰 ３８２ ０􀆰 ３０９ －０􀆰 ３４６
ＸＣ２４ Ｆ: ＡＡＧＡＡＧＡＡＴＧＡＣＡＴＧＡＡＧＡＡＧＣＧＲ: ＣＧＡＡＴＴＧＡＡＴＣＡＣＴＣＡＧＴＣＡＡＡＡ
(ＴＴＡＧＡ) ４ ２ ０􀆰 ５００ ０􀆰 ５００ ０􀆰 ３７５ ０􀆰 ０００
ＸＣ２８ Ｆ: ＴＧＡＣＴＡＧＣＴＴＣＴＡＣＧＧＡＧＡＣＴＧＧＲ: ＣＡＧＣＴＴＴＣＣＴＴＣＴＴＣＣＡＡＧＡＴＴＴ
(ＧＴ) １０ ４ ０􀆰 ８３３ ０􀆰 ６２８ ０􀆰 ５６８ －０􀆰 ３２７
ＸＣ３７ Ｆ: ＧＡＴＧＧＣＡＡＧＧＡＡＴＧＡＡＴＴＴＧＴＴＡＲ: ＣＡＴＧＧＴＴＴＣＴＴＣＣＴＣＡＧＡＡＧＣＴＡ
(ＴＧ) １０ ３ ０􀆰 ６６７ ０􀆰 ６３６ ０􀆰 ５５９ －０􀆰 ０４８
ＸＣ４２ Ｆ: ＴＣＴＴＧＧＧＴＧＡＴＴＣＴＴＧＴＴＣＴＴＧＴＲ: ＴＣＡＡＴＴＴＴＧＡＧＴＴＴＴＣＡＡＣＡＧＣＡ
(ＴＴＣ) ６ ４ ０􀆰 ６９４ ０􀆰 ５２８ ０􀆰 ４９２ －０􀆰 ３１５
ＸＣ４４ Ｆ: ＧＡＴＡＡＴＡＴＴＧＣＣＡＴＴＧＧＧＧＡＡＡＣＲ: ＡＴＧＡＴＣＡＡＣＣＣＴＴＴＣＡＧＴＴＴＣＡＧ
(ＣＴＡ) ９ ３ ０􀆰 ６１１ ０􀆰 ５１７ ０􀆰 ４５４ －０􀆰 １８２
ＸＣ４５ Ｆ: ＴＣＡＴＣＡＴＣＴＴＣＴＴＣＴＴＣＡＧＣＴＣＣＲ: ＧＡＴＧＡＴＧＧＧＧＧＡＡＣＴＡＧＴＧＡＣＡＴ
(ＴＣＣ) ６ ３ ０􀆰 ６９４ ０􀆰 ５１３ ０􀆰 ４５９ －０􀆰 ３５４
ＸＣ４９ Ｆ: ＴＣＴＡＣＡＧＣＴＡＣＡＣＣＴＣＣＴＴＣＴＧＧＲ: ＴＣＡＣＣＡＧＡＡＡＧＣＴＧＴＴＣＣＡＴＴＡＴ
(ＴＡＡ) ６ ３ ０􀆰 ４７２ ０􀆰 ５２０ ０􀆰 ４６０ ０􀆰 ０９３
ＸＣ５１ Ｆ: ＧＡＴＧＣＡＴＴＴＧＧＡＧＴＧＡＴＡＴＴＧＧＴＲ: ＣＣＡＴＣＡＴＣＴＣＡＡＴＧＴＴＡＣＣＧＡＧＴ
(ＴＴＣ) ６ ４ １􀆰 ０００ ０􀆰 ６６７ ０􀆰 ６００ －０􀆰 ５００
ＸＣ５２ Ｆ: ＣＡＣＣＴＣＡＴＧＡＧＴＴＴＡＴＣＡＣＣＣＴＣＲ: ＡＡＴＡＡＧＴＧＡＡＡＣＣＧＧＡＧＡＡＧＧＡＣ
(ＴＡＣ) ６ ３ ０􀆰 ８８９ ０􀆰 ６５９ ０􀆰 ５８５ －０􀆰 ３４８
ＸＣ５３ Ｆ: ＡＣＴＴＧＧＡＡＧＴＣＣＴＣＡＴＣＣＴＴＣＴＣＲ: ＣＣＴＣＡＧＡＡＧＡＡＡＧＣＡＣＣＡＡＧＴＡＡ
(ＡＴＣ) ６ ３ ０􀆰 ８３３ ０􀆰 ６４７ ０􀆰 ５７３ －０􀆰 ２８９
ＸＣ５４ Ｆ: ＡＧＡＴＴＴＣＣＣＣＧＣＡＧＴＴＣＴＴＴＲ: ＴＡＴＴＧＧＡＣＡＡＧＴＴＴＴＣＣＴＴＣＡＣＧ
(ＧＣＧ) ６ ４ ０􀆰 ６３９ ０􀆰 ６１２ ０􀆰 ５３２ －０􀆰 ０４４
ＸＣ５６ Ｆ: ＧＴＣＴＧＡＧＴＣＧＣＡＴＡＣＡＡＡＡＴＣＡＡＲ: ＡＧＴＣＴＧＴＴＧＡＧＡＴＧＡＡＡＧＡＡＧＣＧ
(ＣＴＴ) ６ ２ ０􀆰 ５２９ ０􀆰 ４９３ ０􀆰 ３７２ －０􀆰 ０７４
ＸＣ５７ Ｆ: ＧＧＴＴＴＧＣＴＣＧＡＡＴＡＣＣＣＴＡＡＴＴＣＲ: ＣＡＣＣＡＡＴＴＣＧＡＴＴＡＧＣＡＣＴＴＴＴＣ
(ＧＡＡ) ６ ３ ０􀆰 ６６７ ０􀆰 ６４８ ０􀆰 ５６５ －０􀆰 ０４４
ＸＣ５９ Ｆ: ＧＣＴＧＴＧＡＴＣＴＴＴＴＡＣＣＧＡＡＡＴＴＧＲ: ＡＡＡＧＣＴＧＡＴＧＣＴＡＧＣＡＡＧＡＴＧＡＡ
(ＴＴＣ) ６ ２ ０􀆰 ５２９ ０􀆰 ３９５ ０􀆰 ３１４ －０􀆰 ３６０
ＸＣ６１ Ｆ: ＴＡＡＣＧＴＡＣＣＣＡＴＴＡＴＣＧＡＧＣＴＴＣＲ: ＴＡＡＴＣＧＣＣＧＣＧＴＡＡＴＡＡＣＴＡＡＧＡ
(ＴＣＴ) ６ ３ ０􀆰 ５００ ０􀆰 ５０６ ０􀆰 ４４６ －０􀆰 ００３
ＸＣ６２ Ｆ: ＧＧＡＡＡＴＡＴＴＧＡＧＡＣＧＧＡＡＡＴＣＣＴＲ: ＡＡＡＴＴＴＧＴＡＧＣＡＧＣＣＡＴＴＴＧＡＡＧ
(ＧＡＡ) ６ ３ ０􀆰 ５２８ ０􀆰 ６４３ ０􀆰 ５５８ ０􀆰 １６８
ＸＣ６３ Ｆ: ＧＡＣＣＣＴＣＴＣＣＴＡＧＡＣＴＴＣＧＡＣＴＣＲ: ＡＣＧＡＣＡＴＣＣＧＴＣＴＣＴＧＴＡＧＧＴＴ
(ＡＡＧ) ６ ２ ０􀆰 ５２８ ０􀆰 ４４１ ０􀆰 ３４０ －０􀆰 ２１４
ＸＣ６６ Ｆ: ＣＡＧＣＣＣＡＴＧＴＣＴＴＴＣＣＴＴＧＡＴＲ: ＣＡＧＧＡＧＣＡＣＡＴＣＡＣＣＧＴＡＴＴＴＡＴ
(ＣＴＡ) ６ ３ ０􀆰 ７２２ ０􀆰 ４９５ ０􀆰 ４０３ －０􀆰 ４８０
ＸＣ６７ Ｆ: ＣＡＣＡＣＣＴＣＣＴＣＡＡＴＣＡＣＣＡＡＣＲ: ＴＧＡＡＧＡＧＧＧＡＧＡＧＴＡＧＴＧＴＡＣＣＧ
(ＧＣＣ) ６ ３ ０􀆰 ４８５ ０􀆰 ５７３ ０􀆰 ４６９ ０􀆰 １４１
ＸＣ６９ Ｆ: ＣＣＡＴＣＡＧＡＡＡＡＣＣＣＴＣＴＴＣＴＴＴＴＲ: ＡＴＣＧＣＡＣＴＴＧＴＴＧＡＴＧＴＴＧＴＡＡＡ
(ＣＣＡ) ６ ４ ０􀆰 ７５０ ０􀆰 ６８７ ０􀆰 ６１１ －０􀆰 １０６
ＸＣ７７ Ｆ: ＣＡＴＧＧＴＴＴＣＴＴＣＣＴＣＡＧＡＡＧＣＴＡＲ: ＧＡＴＧＧＣＡＡＧＧＡＡＴＧＡＡＴＴＴＧＴＴＡ
(ＣＡ) １０ ４ ０􀆰 ８６１ ０􀆰 ７３４ ０􀆰 ６７５ －０􀆰 １９０
９８４　 第 ５期　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 袁阳阳等: 基于转录组测序信息的水生植物莕菜 ＳＳＲ标记开发
　 续表 ３
引物编号
Ｐｒｉｍｅ ｃｏｄｅ
正反向引物序列(５′→３′)
Ｐｒｉｍｅｒ ｓｅｑｕｅｎｃｅ (５′→３′)
重复基元
Ｒｅｐｅａｔ ｔｙｐｅ ＮＡ
ａ Ｈｏ ｂ Ｈｅ ｃ ＰＩＣｄ ＦＩＳ ｅ
ＸＣ８１ Ｆ: ＧＧＣＡＡＣＣＴＣＴＡＡＧＡＧＴＣＴＧＴＣＡＡＲ: ＧＧＡＴＣＡＧＴＧＣＡＣＡＴＡＡＣＧＣＴＡＡＴ
(ＴＣ) １０ ３ ０􀆰 ３６１ ０􀆰 ６６８ ０􀆰 ５８５ ０􀆰 ４５２
ＸＣ８２ Ｆ: ＡＣＧＧＣＴＣＴＡＣＡＴＣＡＴＴＴＧＧＡＧＡＴＲ: ＴＣＴＴＴＡＣＴＣＴＴＣＣＡＡＡＴＡＣＧＧＧＴＣ
(ＴＡＧＴ) ６ ２ ０􀆰 ２２９ ０􀆰 ４９７ ０􀆰 ３７０ ０􀆰 ５３３
ＸＣ８８ Ｆ: ＣＧＴＴＴＧＧＴＧＴＣＡＧＴＣＴＡＧＣＴＴＧＴＲ: ＣＴＴＣＡＣＡＧＧＧＡＴＴＴＴＴＡＣＴＧＣＣ
(ＴＡＧＡＣ) ４ ３ ０􀆰 ４８６ ０􀆰 ６５８ ０􀆰 ５７４ ０􀆰 ２５１
ＸＣ９０ Ｆ: ＧＴＴＴＧＧＡＧＧＧＡＴＣＣＡＴＣＴＣＴＡＧＴＲ: ＴＡＡＴＴＴＣＡＡＣＡＴＣＡＴＴＧＧＧＧＴＣＴ
(ＧＧＣＴＣＡ) ４ ２ ０􀆰 ３８９ ０􀆰 ５０１ ０􀆰 ３７２ ０􀆰 ２１３
ＸＣ９２ Ｆ: ＧＧＴＴＧＡＴＧＴＴＣＡＣＣＡＡＣＡＧＡＡＡＴＲ: ＴＡＡＣＧＴＣＴＣＧＧＡＡＡＡＧＡＴＴＣＴＣＡ
(ＧＧＣ) ５ ３ ０􀆰 ２５０ ０􀆰 ６２６ ０􀆰 ５３７ ０􀆰 ５９５
ＸＣ９４ Ｆ: ＣＣＴＴＴＴＧＴＡＧＴＣＣＡＣＡＣＴＴＧＧＡＡＲ: ＧＡＡＣＡＧＡＧＡＡＴＴＣＡＡＣＣＴＣＣＧＴＡ
(ＧＣＡ) ５ ２ ０􀆰 ３８９ ０􀆰 ３５１ ０􀆰 ２８６ －０􀆰 １２５
ＸＣ９６ Ｆ: ＡＣＡＡＣＣＡＣＣＧＡＴＣＧＡＡＡＡＴＡＣＴＲ: ＡＴＴＴＣＣＡＧＡＡＡＣＴＣＴＣＴＣＣＴＴＣＧ
(ＡＧ) ９ ３ ０􀆰 ７２２ ０􀆰 ５６２ ０􀆰 ４８０ －０􀆰 ３０４
ＸＣ９８ Ｆ: ＡＡＣＣＡＡＡＣＡＣＡＧＴＴＣＡＡＣＡＧＧＡＣＲ: ＴＴＡＧＣＴＣＡＴＧＡＴＣＧＡＴＧＴＴＴＧＡＡ
(ＡＴ) ８ ３ ０􀆰 ６１１ ０􀆰 ５４６ ０􀆰 ４８０ －０􀆰 １３６
ＸＣ１００ Ｆ: ＴＧＴＡＴＧＴＧＴＧＴＡＴＣＴＧＣＴＴＧＣＧＴＲ: ＣＴＡＡＣＧＧＡＧＧＡＧＣＴＴＴＣＴＴＣＴＴＣ
(ＡＧ) ８ ３ ０􀆰 ７２２ ０􀆰 ６５７ ０􀆰 ５７５ －０􀆰 １１５
ＸＣ１１２ Ｆ: ＴＡＧＣＣＴＣＡＴＴＡＴＣＣＴＣＴＴＣＡＴＣＧＲ: ＴＣＡＴＴＣＴＣＧＴＡＣＴＣＡＧＧＡＴＣＡＣＣ
(ＴＣＴ) ６ ４ ０􀆰 ９４４ ０􀆰 ７５６ ０􀆰 ６９８ －０􀆰 ２６７
ＸＣ１１４ Ｆ: ＡＴＡＧＧＣＡＴＣＧＡＴＣＴＡＧＧＡＧＧＡＧＴＲ: ＴＧＣＣＧＴＣＡＴＴＡＧＡＡＡＡＧＴＡＣＣＡＴ
(ＴＧ) ９ ４ ０􀆰 ３３３ ０􀆰 ５９４ ０􀆰 ４９９ ０􀆰 ４３１
ＸＣ１１７ Ｆ: ＡＡＡＡＴＡＴＴＧＡＣＣＣＧＡＴＣＴＣＧＴＴＴＲ: ＧＡＴＧＴＧＧＡＡＴＴＴＣＣＴＧＣＴＴＡＴＧＡ
(ＴＧＡ) ７ ３ ０􀆰 ６１１ ０􀆰 ５７１ ０􀆰 ４９５ －０􀆰 ０８５
平均
Ｍｅａｎ ３􀆰 ０８ ０􀆰 ６０３ ０􀆰 ５７４ ０􀆰 ４９５
－０􀆰 ０６３
　 　 注: ａ. 有效等位基因数ꎻ ｂ. 观测杂合度ꎻ ｃ. 预计杂合度ꎻ ｄ. 多态信息含量ꎻ ｅ. Ｗｒｉｇｈｔ􀆳ｓ固定指数ꎮ
Ｎｏｔｅｓ: ａ. Ｎｏ. ｏｆ ｅｆｆｅｃｔｉｖｅ ａｌｌｅｌｅｓꎻ ｂ. Ｏｂｓｅｒｖｅｄ ｈｅｔｅｒｏｚｙｇｏｓｉｔｙꎻ ｃ. Ｅｘｐｅｃｔｅｄ ｈｅｔｅｒｏｚｙｇｏｓｉｔｙꎻ ｄ. Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｃｏｎｔｅｎｔꎻ
ｅ. Ｗｒｉｇｈｔ’ｓ ｆｉｘａｔｉｏｎ ｉｎｄｅｘ .
同的研究结果[１４ꎬ１８ꎬ２２]ꎮ 而在水稻、 高粱、 玉米
(Ｚｅａ ｍａｙｓ Ｌ.)等作物中却观察到是 ＧＧＣ / ＣＣＧ
三核苷酸型最多 [２１]ꎮ 这可能与不同物种中相应的
编码蛋白的使用频率有关ꎮ
３􀆰 ２　 引物的验证及多态性评价
随机挑选的 １３０对 ＳＳＲ引物中ꎬ ７８ 对能成功
扩增出清晰条带ꎬ 引物有效扩增率为 ６０％ꎮ 莕菜
中 ＥＳＴ￣ＳＳＲ的扩增率要略低于其它一些物种ꎬ 这
些物种中的扩增率可高达 ７０％~９０％[１２ꎬ１４ꎬ２３]ꎮ 本
研究莕菜中略低的 ＥＳＴ￣ＳＳＲ 扩增率可能是源于某
些 ＥＳＴ序列错误组装、 引物正好跨剪接位点ꎬ 或
是对于某些特定的引物缺乏最适的 ＰＣＲ 扩增条件
等原因ꎮ ７８对引物中有 １３对产生的条带长于预期
大小ꎬ 可能是由于基因组中存在内含子ꎮ
共有 ３７对引物不仅能同时在两个莕菜居群 ３６
个个体中扩增出稳定条带ꎬ 且扩增条带在居群内和
居群间都具有多态性ꎬ 引物多态率为 ４７􀆰 ４４％ꎮ 这
与一些研究中报道的多态率相似[１３ꎬ２３ꎬ２４]ꎮ 引物的
多态率受到检测用 ＤＮＡ 样的多少和样品地理来源
不同的影响ꎮ Ｃｈａｖａｒｒｉａｇａ￣Ａｇｕｉｒｒｅ 等[２５]指出如果
把 ＤＮＡ样从 ３８ 个增加到 ５００ 个ꎬ 在木薯(Ｍａｎｉ￣
ｈｏｔ ｅｓｃｕｌｅｎｔａ)中就会出现一个较高的多态率ꎮ ３７
个多态性引物位点中ꎬ 每个位点扩增的等位基因数
２~６ 个ꎬ 共扩增出等位基因 １１４ 个ꎬ 平均 ３􀆰 ０８
个ꎮ 这与早期 Ｕｅｓｕｇｉ 等[１１]在莕菜 ＳＳＲ 的开发中
所报道的研究结果一致ꎮ
遗传杂合度及多态信息含量等是衡量群体遗传
变异的重要指标ꎬ 同时也是评价 ＳＳＲ 位点可用性
和使用效率的重要参数[２６]ꎮ 本研究中 ３７个多态位
点的观测杂合度 Ｈｏ和预计杂合度 Ｈｅ分别平均为
０􀆰 ６０３ 和 ０􀆰 ５７４ꎬ 平均多态信息含量 ( ＰＩＣ) 为
０􀆰 ４９５ꎬ 暗示出实验中的两个莕菜居群具有较高的
０９４ 植 物 科 学 学 报 第 ３１卷　
遗传多样性ꎬ 同时也表明这些新开发的 ＥＳＴ￣ＳＳＲ
位点能够很好地应用于以后相关研究中ꎮ 此外ꎬ 我
们还分析了这些多态性位点的固定指数 ＦＩＳꎮ ＦＩＳ可
用来检验在群体中基因型频率偏离 Ｈａｒｄｙ￣Ｗｅｉｎ￣
ｂｅｒｇ 平衡期望比例的程度[２７]ꎮ 当群体中纯合子过
量ꎬ 即群体内个体间自交繁殖时ꎬ ＦＩＳ >０ꎻ 反之ꎬ
当杂合子过量ꎬ 即群体内个体间为异交繁殖时ꎬ
ＦＩＳ<０ꎻ 当群体处于 Ｈａｒｄｙ￣Ｗｅｉｎｂｅｒｇ 平衡状态ꎬ
随机交配时ꎬ ＦＩＳ ＝０[２８]ꎮ 本实验中 ３７ 个多态位点
ＦＩＳ平均为－０􀆰 ０６３ꎬ 且大多(有 ２５ 个)为负值ꎬ 显
示出居群有过多的杂合体ꎬ 这可能与莕菜以异交为
主的繁殖方式有关ꎮ 这一结果与先前野外调查统计
及控制实验的研究结果一致[２９]ꎮ
综上所述ꎬ 通过莕菜转录组测序产生的 ＥＳＴ
数据来开发 ＳＳＲ 标记是一种简单而高效的途径ꎬ
本研究新开发的 ３７对 ＳＳＲ分子标记为研究莕菜的
居群遗传多样性及其遗传结构提供了工具ꎮ
致谢: 感谢本实验室的杜智渊老师、 王盾老师以及刘
华、 叶忠铭、 代文魁等同学在野外采样工作和实验过程中
给予的诸多帮助ꎮ
参考文献:
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Ｔｏｗａｒｄ ｔｈｅ ｒｅｓｔｏｒａｔｉｏｎ ｏｆ ａ ｓｕｓｔａｉｎａｂｌｅ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ
ｏｆ ａ ｔｈｒｅａｔｅｎｅｄ ａｑｕａｔｉｃ ｐｌａｎｔꎬ Ｎｙｍｐｈｏｉｄｅｓ ｐｅｌｔａ￣
ｔａ: Ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ ｇｅｎｅｔｉｃ / ｄｅｍｏｇｒａｐｈｉｃ ｓｔｕｄｉｅｓ ａｎｄ
ｐｒａｃｔｉｃｅｓ [ Ｊ] . Ｂｉｏｌ Ｃｏｎｓｅｒｖｎꎬ ２００９ꎬ １４２ ( ９ ):
１９０６－１９１２.
[ ８ ] 　 Ｕｅｓｕｇｉ Ｒꎬ Ｇｏｋａ Ｋꎬ Ｎｉｓｈｉｈｉｒｏ Ｊꎬ Ｗａｓｈｉｔａｎｉ Ｉ. Ａｌ￣
ｌｏｚｙｍｅ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ａｎｄ ｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ
Ｌａｋｅ Ｋａｓｕｍｉｇａｕｒａ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｏｆ Ｎｙｍｐｈｏｉｄｅｓ ｐｅｌ￣
ｔａｔａ[Ｊ] . Ａｑｕａｔ Ｂｏｔꎬ ２００４ꎬ ７９(３): ２０３－２１０.
[ ９ ] 　 Ｕｅｓｕｇｉ Ｒꎬ Ｎｉｓｈｉｈｉｒｏ Ｊꎬ Ｔｓｕｍｕｒａ Ｙꎬ Ｗａｓｈｉｔａｎｉ Ｉ.
Ｒｅｓｔｏｒａｔｉｏｎ ｏｆ ｇｅｎｅｔｉｃ ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ ｆｒｏｍ ｓｏｉｌ ｓｅｅｄ
ｂａｎｋｓ ｉｎ ａ ｔｈｒｅａｔｅｎｅｄ ａｑｕａｔｉｃ ｐｌａｎｔꎬ Ｎｙｍｐｈｏｉｄｅｓ
ｐｅｌｔａｔａ[Ｊ] . Ｃｏｎｓｅｒｖｎ Ｇｅｎｅｔꎬ ２００７ꎬ ８(１): １１１－
１２１.
[１０] 　 Ｕｅｓｕｇｉ Ｒꎬ Ｎｉｓｈｉｈｉｒｏ Ｊꎬ Ｗａｓｈｉｔａｎｉ Ｉ. Ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ
ｓｔａｔｕｓ ａｎｄ ｇｅｎｅｔｉｃ ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｎｙｍｐｈｏｉｄｅｓ ｐｅｌｔａｔａ
ｉｎ Ｊａｐａｎ[Ｊ] . Ｊａｐａｎｅｓｅ Ｊ Ｃｏｎｓｅｒｖ Ｅｃｏｌꎬ ２００９ꎬ １４
(１): １３－２４.
[１１] 　 Ｕｅｓｕｇｉ Ｒꎬ Ｔａｎｉ Ｎꎬ Ｇｏｋａ Ｋꎬ Ｎｉｓｈｉｈｉｒｏ Ｊꎬ Ｔｓｕｍｕ￣
ｒａ Ｙꎬ Ｗａｓｈｉｔａｎｉ Ｉ. Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ ａｎｄ ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ
ｈｉｇｈｌｙ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅｓ ｉｎ ｔｈｅ ａｑｕａｔｉｃ
ｐｌａｎｔꎬ Ｎｙｍｐｈｏｉｄｅｓ ｐｅｌｔａｔａ ( Ｍｅｎｙａｎｔｈａｃｅａｅ )
[Ｊ] . Ｍｏｌ Ｅｃｏｌ Ｎｏｔｅｓꎬ ２００５ꎬ ５(２): ３４３－３４５.
[１２] 　 Ｉｏｒｉｚｚｏ Ｍꎬ Ｓｅｎａｌｉｋ Ｄ Ａꎬ Ｇｒｚｅｂｅｌｕｓ Ｄꎬ Ｂｏｗｍａｎ
Ｍꎬ Ｃａｖａｇｎａｒｏ Ｐ Ｆꎬ Ｍａｔｖｉｅｎｋｏ Ｍꎬ Ａｓｈｒａｆｉ Ｈꎬ
Ｖａｎ Ｄｅｙｎｚｅ Ａꎬ Ｓｉｍｏｎ Ｐ Ｗ. Ｄｅ ｎｏｖｏ ａｓｓｅｍｂｌｙ
ａｎｄ ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｃａｒｒｏｔ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ
ｒｅｖｅａｌｓ ｎｏｖｅｌ ｇｅｎｅｓꎬ ｎｅｗ ｍａｒｋｅｒｓꎬ ａｎｄ ｇｅｎｅｔｉｃ
ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ[Ｊ] . ＢＭＣ Ｇｅｎｏｍｉｃｓꎬ ２０１１ꎬ １２: ３８９.
[１３] 　 Ｋａｕｒ Ｓꎬ Ｃｏｇａｎ Ｎ Ｏꎬ Ｐｅｍｂｌｅｔｏｎ Ｌ Ｗꎬ Ｓｈｉｎｏｚｕｋａ
Ｍꎬ Ｓａｖｉｎ Ｋ Ｗꎬ Ｍａｔｅｒｎｅ Ｍꎬ Ｆｏｒｓｔｅｒ Ｊ Ｗ. Ｔｒａｎ￣
ｓｃｒｉｐｔｏｍｅ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｏｆ ｌｅｎｔｉｌ ｂａｓｅｄ ｏｎ ｓｅｃｏｎｄ￣
ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ｐｅｒｍｉｔｓ ｌａｒｇｅ￣ｓｃａｌｅ ｕｎｉｇｅｎｅ
ａｓｓｅｍｂｌｙ ａｎｄ ＳＳＲ ｍａｒｋｅｒ ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ [ Ｊ] . ＢＭＣ
Ｇｅｎｏｍｉｃｓꎬ ２０１１ꎬ １２: ２６５.
[１４] 　 Ｗｅｉ Ｗꎬ Ｑｉ Ｘꎬ Ｗａｎｇ Ｌꎬ Ｚｈａｎｇ Ｙꎬ Ｈｕａ Ｗꎬ Ｌｉ Ｄꎬ
Ｌｖ Ｈꎬ Ｚｈａｎｇ Ｘ. Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｓｅｓａｍｅ
( Ｓｅｓａｍｕｍ ｉｎｄｉｃｕｍ Ｌ.) ｇｌｏｂａｌ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ ｕ￣
ｓｉｎｇ Ｉｌｌｕｍｉｎａ ｐａｉｒｅｄ￣ｅｎｄ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ａｎｄ ｄｅｖｅｌｏｐ￣
ｍｅｎｔ ｏｆ ＥＳＴ￣ＳＳＲ ｍａｒｋｅｒｓ [ Ｊ] . ＢＭＣ Ｇｅｎｏｍｉｃｓꎬ
２０１１ꎬ １２(１): ４５１.
[１５] 　 李玉恒ꎬ 赵明慧ꎬ 赵紫阳ꎬ 李峥ꎬ 袁雪ꎬ 李昌盛ꎬ
林增ꎬ 胡婧ꎬ 李俭ꎬ 李士泽. 利用梯度 ＰＣＲ 和降
落 ＰＣＲ 扩增 ＣＩＲＰ 基因的比较[Ｊ] . 黑龙江八一农
垦大学学报ꎬ ２０１１ꎬ ２３(５): ４６－４９.
１９４　 第 ５期　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 袁阳阳等: 基于转录组测序信息的水生植物莕菜 ＳＳＲ标记开发
[１６] 　 Ｙｅｈ Ｆ. Ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｇｅｎｅｔｉｃ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｃｏｄｏｍｉｎａｎｔ
ａｎｄ ｄｏｍｉｎａｎｔ ｍａｒｋｅｒｓ ａｎｄ ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ ｔｒａｉｔｓ[Ｊ] .
Ｂｅｌｇｉａｎ Ｊ Ｂｏｔꎬ １９９７ꎬ １２９: １５７.
[１７] 　 Ｐｅａｋａｌｌ Ｒꎬ Ｓｍｏｕｓｅ Ｐ Ｅ. ＧｅｎＡｌＥｘ ６. ５: ｇｅｎｅｔｉｃ ａ￣
ｎａｌｙｓｉｓ ｉｎ Ｅｘｃｅｌ. Ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｇｅｎｅｔｉｃ ｓｏｆｔｗａｒｅ ｆｏｒ
ｔｅａｃｈｉｎｇ ａｎｄ ｒｅｓｅａｒｃｈ￣ａｎ ｕｐｄａｔｅ[Ｊ] . Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａ￣
ｔｉｃｓꎬ ２０１２ꎬ ２８(１９): ２５３７－２５３９.
[１８] 　 Ａｇｇａｒｗａｌ Ｒ Ｋꎬ Ｈｅｎｄｒｅ Ｐ Ｓꎬ Ｖａｒｓｈｎｅｙ Ｒ Ｋꎬ Ｂｈａｔ
Ｐ Ｒꎬ Ｋｒｉｓｈｎａｋｕｍａｒ Ｖꎬ Ｓｉｎｇｈ Ｌ. Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎꎬ
ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ ａｎｄ ｕｔｉｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ＥＳＴ￣ｄｅｒｉｖｅｄ
ｇｅｎｉｃ ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ ｍａｒｋｅｒｓ ｆｏｒ ｇｅｎｏｍｅ ａｎａｌｙｓｅｓ
ｏｆ ｃｏｆｆｅｅ ａｎｄ ｒｅｌａｔｅｄ ｓｐｅｃｉｅｓ [ Ｊ] . Ｔｈｅｏｒ Ａｐｐｌ
Ｇｅｎｅｔꎬ ２００７ꎬ １１４(２): ３５９－３７２.
[１９] 　 Ｇｕｐｔａ Ｐ Ｋꎬ Ｒｕｓｔｇｉ Ｓꎬ Ｓｈａｒｍａ Ｓꎬ Ｓｉｎｇｈ Ｒꎬ Ｋｕ￣
ｍａｒ Ｎꎬ Ｂａｌｙａｎ Ｈ Ｓ. Ｔｒａｎｓｆｅｒａｂｌｅ ＥＳＴ￣ＳＳＲ ｍａｒ￣
ｋｅｒｓ ｆｏｒ ｔｈｅ ｓｔｕｄｙ ｏｆ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ａｎｄ ｇｅｎｅｔｉｃ ｄｉ￣
ｖｅｒｓｉｔｙ ｉｎ ｂｒｅａｄ ｗｈｅａｔ[Ｊ] . Ｍｏｌ Ｇｅｎｅｔ Ｇｅｎｏｍｉｃｓꎬ
２００３ꎬ ２７０(４): ３１５－３２３.
[２０] 　 杨春霞ꎬ 温强ꎬ 叶金山ꎬ 朱培林. 枳壳 ＥＳＴ￣ＳＳＲ 标
记的开发[Ｊ] . 分子植物育种ꎬ ２０１１ꎬ ９(１): １２３－
１２７.
[２１] 　 Ｋａｎｔｅｔｙ Ｒ Ｖꎬ Ｌａ Ｒｏｔａ Ｍꎬ Ｍａｔｔｈｅｗｓ Ｄ Ｅꎬ Ｓｏｒｒｅｌｌｓ
Ｍ Ｅ. Ｄａｔａ ｍｉｎｉｎｇ ｆｏｒ ｓｉｍｐｌｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｒｅｐｅａｔｓ ｉｎ
ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｔａｇｓ ｆｒｏｍ ｂａｒｌｅｙꎬ ｍａｉｚｅꎬ
ｒｉｃｅꎬ ｓｏｒｇｈｕｍ ａｎｄ ｗｈｅａｔ [ Ｊ ] . Ｐｌａｎｔ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌꎬ
２００２ꎬ ４８(５－６): ５０１－５１０.
[２２] 　 Ｐａｎ Ｌꎬ Ｘｉａ Ｑ Ｑｕａｎ Ｚꎬ Ｌｉｕ Ｈꎬ Ｋｅ Ｗꎬ Ｄｉｎｇ Ｙ.
Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ ｎｏｖｅｌ ＥＳＴ￣ＳＳＲｓ ｆｒｏｍ ｓａｃｒｅｄ ｌｏｔｕｓ
(Ｎｅｌｕｍｂｏ ｎｕｃｉｆｅｒａ Ｇａｅｒｔｎ) ａｎｄ ｔｈｅｉｒ ｕｔｉｌｉｚａｔｉｏｎ ｆｏｒ
ｔｈｅ ｇｅｎｅｔｉｃ ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｎ. ｎｕｃｉｆｅｒａ[Ｊ] . Ｊ
Ｈｅｒｅｄꎬ ２０１０ꎬ １０１(１): ７１－８２.
[２３] 　 Ｗａｎｇ Ｄꎬ Ｌｉａｏ Ｘꎬ Ｃｈｅｎｇ Ｌꎬ Ｙｕ Ｘꎬ Ｔｏｎｇ Ｊ.
Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ ｎｏｖｅｌ ＥＳＴ￣ＳＳＲ ｍａｒｋｅｒｓ ｉｎ ｃｏｍ￣
ｍｏｎ ｃａｒｐ ｂｙ ｄａｔａ ｍｉｎｉｎｇ ｆｒｏｍ ｐｕｂｌｉｃ ＥＳＴ ｓｅ￣
ｑｕｅｎｃｅｓ[ Ｊ] . Ａｑｕａｃｕｌｔｕｒｅꎬ ２００７ꎬ ２７１ ( １ － ４):
５５８－５７４.
[２４] 　 Ｄｕｒａｎｄ Ｊꎬ Ｂｏｄｅｎｅｓ Ｃꎬ Ｃｈａｎｃｅｒｅｌ Ｅꎬ Ｆｒｉｇｅｒｉｏ Ｊ
Ｍꎬ Ｖｅｎｄｒａｍｉｎ Ｇꎬ Ｓｅｂａｓｔｉａｎｉ Ｆꎬ Ｂｕｏｎａｍｉｃｉ Ａꎬ
Ｇａｉｌｉｎｇ Ｏꎬ Ｋｏｅｌｅｗｉｊｎ Ｈ Ｐꎬ Ｖｉｌｌａｎｉ Ｆꎬ Ｍａｔｔｉｏｎｉ Ｃꎬ
Ｃｈｅｒｕｂｉｎｉ Ｍꎬ Ｇｏｉｃｏｅｃｈｅａ Ｐ Ｇꎬ Ｈｅｒｒａｎ Ａꎬ Ｉｋａｒａｎ
Ｚꎬ Ｃａｂａｎｅ Ｃꎬ Ｕｅｎｏ Ｓꎬ Ａｌｂｅｒｔｏ Ｆꎬ Ｄｕｍｏｕｌｉｎ Ｐ
Ｙꎬ Ｇｕｉｃｈｏｕｘ Ｅꎬ Ｄａｒｕｖａｒ Ａꎬ Ｋｒｅｍｅｒ Ａꎬ Ｐｌｏｍｉｏｎ
Ｃ. Ａ ｆａｓｔ ａｎｄ ｃｏｓｔ￣ｅｆｆｅｃｔｉｖｅ ａｐｐｒｏａｃｈ ｔｏ ｄｅｖｅｌｏｐ
ａｎｄ ｍａｐ ＥＳＴ￣ＳＳＲ ｍａｒｋｅｒｓ: ｏａｋ ａｓ ａ ｃａｓｅ ｓｔｕｄｙ
[Ｊ] . ＢＭＣ Ｇｅｎｏｍｉｃｓꎬ ２０１０ꎬ １１: ５７０.
[２５] 　 Ｃｈａｖａｒｒｉａｇａ￣Ａｇｕｉｒｒｅ Ｐꎬ Ｍａｙａ Ｍ Ｍꎬ Ｂｏｎｉｅｒｂａｌｅ Ｍ
Ｗꎬ Ｋｒｅｓｏｖｉｃｈ Ｓꎬ Ｆｒｅｇｅｎｅ Ｍ Ａꎬ Ｔｏｈｍｅ Ｊꎬ Ｋｏｃｈｅｒｔ
Ｇ. Ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅｓ ｉｎ ｃａｓｓａｖａ (Ｍａｎｉｈｏｔ ｅｓｃｕｌｅｎｔａ
Ｃｒａｎｔｚ): ｄｉｓｃｏｖｅｒｙꎬ ｉｎｈｅｒｉｔａｎｃｅ ａｎｄ ｖａｒｉａｂｉｌｉｔｙ
[Ｊ] . Ｔｈｅｏｒｅｔ Ａｐｐｌ Ｇｅｎｅｔꎬ １９９８ꎬ ９７ (３): ４９３ －
５０１.
[２６] 　 王金雷ꎬ 朱庆ꎬ 刘益平ꎬ 杜华锐. 鸡 ＰＲＫＡＢ２ 基因
ＰＣＲ￣ＳＳＣＰ 分析及其与屠宰性状和肉质性状的相关
性[Ｊ] . 遗传ꎬ ２００８ꎬ ３０(８): １０３３－１０３８.
[２７] 　 向华ꎬ 毛盛贤. 固定指数理论及其在遗传育种中的
应用[Ｊ] . 遗传ꎬ １９９５ꎬ １７: ６３－７０.
[２８] 　 严林俊ꎬ 陈宏ꎬ 房兴堂ꎬ 张润锋ꎬ 鲍斌ꎬ 张海军. 中
国荷斯坦牛微卫星基因座遗传多态性研究[Ｊ] . 西
北农林科技大学学报: 自然科学版ꎬ ２００７ꎬ ３５(７):
２３－２７.
[２９] 　 王勇. 花柱二型性水生植物莕菜的繁殖生态学研究
[Ｄ] . 武汉: 武汉大学ꎬ ２００４.
(责任编辑: 王豫鄂)
２９４ 植 物 科 学 学 报 第 ３１卷