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Recent Advances and Future Prospects of Multi-access Keys

多道检索表的研究进展



全 文 :植物科学学报  2014ꎬ 32(6): 655~660
Plant Science Journal
    DOI:10􀆰 11913 / PSJ􀆰 2095-0837􀆰 2014􀆰 60655
多道检索表的研究进展
薛文鹏ꎬ 李子云ꎬ 侯学良∗
(厦门大学生命科学学院ꎬ 厦门 361100)
摘  要: 在没有利用计算机技术之前ꎬ 多道检索表停留在“穿孔卡”检索表形式ꎬ 目前ꎬ 在计算机辅助下的多道
检索表已很快发展出多种检索系统ꎬ 如 DELTA、 Lucid 和 NaviKey 等ꎮ 本文主要比较了在国内外影响较大的 6
种多道检索系统在体系结构、 用户界面、 数据库和检索策略等方面的异同ꎬ 并从性状选取自由、 容错度、 模糊
表达、 数值型性状、 最佳检索性状、 保留性状未知的分类群以及检索特征等 7 个方面对检索策略进行了深入分
析ꎮ 鉴于多道检索表存在多种异名ꎬ 不便于研究交流ꎬ 我们建议使用“Multi ̄access keys”作为正式名称ꎮ 最后
本文就多道检索表的发展趋势提出了展望ꎮ
关键词: 检索表ꎻ 多道检索表ꎻ 检索策略ꎻ 分类学
中图分类号: Q949          文献标识码: A          文章编号: 2095 ̄0837(2014)06 ̄0655 ̄06
      收稿日期: 2014 ̄03 ̄04ꎬ 退修日期: 2014 ̄04 ̄14ꎮ
  基金项目: 国家自然科学基金“广义假鹰爪属(番荔枝科)分类修订”项目(31270234)ꎮ
  作者简介: 薛文鹏(1990-)ꎬ 男ꎬ 硕士研究生ꎬ 研究方向为植物分类与资源(E ̄mail: 425086141@qq􀆰 com)ꎮ
  ∗通讯作者(Author for correspondence􀆰 E ̄mail: houxueliang@xmu􀆰 edu􀆰 cn)ꎮ
Recent Advances and Future Prospects of Multi ̄access Keys
XUE Wen ̄Pengꎬ LI Zi ̄Yunꎬ HOU Xue ̄Liang∗
(School of Life Sciencesꎬ Xiamen Universityꎬ Xiamen 361100ꎬ China)
Abstract: Before utilizing computer technologyꎬ Multi ̄access keys remained as “card keys”
for a long time. With the assistance of computer technologyꎬ howeverꎬ many Multi ̄access keys
retrieval systems have emerged. There are several typical Multi ̄access keysꎬ such as DELTAꎬ
Lucid and NaviKey. This article compares the similarities and differences of the six mainstream
Multi ̄access keys in architectureꎬ user interfaceꎬ database and retrieval strategies. For
retrieval strategiesꎬ this article focuses on analyzing seven aspects: unrestricted character
useꎬ error toleranceꎬ expressing uncertaintyꎬ numeric charactersꎬ best charactersꎬ retaining
unknowns and diagnostic descriptions. In additionꎬ computer ̄assisted Multi ̄access keys have
diverse names at presentꎬ so we propose to use : “Multi ̄access keys” as its formal name.
Key words: Keyꎻ Multi ̄access keysꎻ Retrieval strategiesꎻ Taxonomy
    检索表是为了便于分类鉴定而编制的引导式特
征区别表[1]ꎬ 是生物分类鉴定的重要工具ꎬ 也是
分类学研究成果表达和转化利用的重要形式ꎮ 按其
编制和使用方法不同可分为单道检索表和多道检索
表ꎮ 单道检索表即传统的二歧式检索表ꎬ 于 1672
年 Morison 在 «伞形花类植物的新分布»首次应
用[2]ꎬ 随后被广泛应用于分类学研究中ꎮ
最早的多道检索表是 1938年 Clarke编制的穿
孔卡检索表[3]ꎮ 这种穿孔卡检索表先后被多个国
家使用ꎬ 主要运用于木材鉴定[4]ꎮ 制作这种检索
表ꎬ 要先把若干用于鉴定的性状印刷在一些卡片
上ꎬ 然后在卡片边缘对应每一性状打 1孔ꎬ 如果某
一分类群具有该性状ꎬ 对应的孔被修剪成一个开放
的凹口ꎮ 在鉴定中ꎬ 所有的卡片被上下叠放在一
起ꎬ 与未知植物第一个性状相对应的孔处插上一根
毛衣针ꎬ 当毛衣针提起来时ꎬ 具有这个性状的分类
群将掉下ꎮ 掉下的卡片重新叠放在一起ꎬ 将毛衣针
插在未知植物第二个特征相对应的孔处ꎬ 一直重复
这个过程ꎬ 直到最后只剩 1张卡片掉下ꎬ 这张卡片
所代表的分类群就是待鉴定的植物[5ꎬ6]ꎮ 由于穿孔
卡多道检索表存在签定性状有限、 修改卡片困难、
检索过程比较繁琐等问题ꎬ 一直没有被推广开ꎬ 计
算机的出现使上述问题迎刃而解ꎮ 编程技术、 多媒
体技术和网络技术的迅速发展ꎬ 使生物分类鉴定方
法也得到了很快的应用与发展[7]ꎬ 出现了多种多
样的多道检索表ꎮ
计算机辅助下的多道检索表已不再是传统意义
上的检索表形式ꎬ 而是将数据库、 网络、 客户端软
件等组合在一起的一个检索系统ꎮ 国内这方面的研
究较少ꎬ 仅见文香英编制了中国被子植物科的交互
式检索表[8]和中国裸子植物科的交互式检索表[9]ꎬ
但其检索使用的性状较少ꎬ 实用性也较小ꎮ 国外对
多道检索表的研究较早ꎬ 技术方法也比较成熟ꎬ 其
中比较有影响的有 DELTA(Description Language
for Taxonomy )、 Lucid ( Lucidcentral )、 MEKA
(Multiple ̄Entry Key Algorithm)、 NaviKey、 XID、
ActKey等ꎮ
DELTA 检索系统 ( http: / / delta ̄intkey. com / )
是由澳大利亚联邦科学工业研究院(CSIRO)昆虫
研究所(Division of Entomology)Dallwitz 等人历经
30年(1970年至 2000 年)设计、 建立并逐步完善
的信息处理系统[10ꎬ11]ꎬ 检索程序 IntKey 是其一个
子程序ꎬ 最新版本为 5􀆰 11[12]ꎻ Lucid 检索系统
(http: / / www.lucidcentral.com / )是基于多媒体技
术可多途径检索的分类及诊断系统ꎬ 由澳大利亚昆
士兰大学有害生物信息技术与推广中心(CPITT)经
多年的研究、 不断更新换代而开发成功的[13]ꎬ 最
新版本为 3􀆰 5􀆰 6[14]ꎻ MEKA 检索系统 ( http: / /
ucjeps.berkeley.edu / meacham / meka / )是一款全
部使用鼠标操作的检索系统ꎬ 它只需点击选择性状
而不用输入文本ꎬ 这种检索方式具有操作简单、 检
索速度快等特点ꎬ 其最新版本为 3􀆰 10[15]ꎻ Na ̄
viKey检索系统(http: / / www.navikey.net / )是使用
DELTA检索系统数据格式的 Java applet 的应用ꎬ
它能够直接嵌在网页中使用ꎬ 但是对于数据的编辑
仍然需要 DELTA 的支持ꎬ 其最新版本为 5􀆰 04[16]ꎻ
XID 检索系统 ( http: / / xidservices. com / ) 是 XID
Services 结合专家系统研究出的多道检索系
统[17ꎬ18]ꎮ 此外ꎬ ActKey检索系统是 Brach 等研发
的基于网络的多道检索程序ꎬ 其后台服务器采用
Java语言编写ꎬ 是典型的动态网页应用检索系
统[19]ꎮ
遗憾的是这些检索系统均没有推出中文版ꎬ 不
过有些可以实现部分中文功能ꎮ 如 DELTA 系统经
过改进ꎬ 1993年后能实现对中文性状和标点的识
别、 带格式的中文描述 rtf、 html 文件及检索表的
自动生成、 用中文性状进行交互式辅助鉴定和信息
检索、 对图像的中文注释等[20]ꎮ Lucid 系统中的
Player部分本身虽是用英语开发的ꎬ 但检索者需将
其中的语言文件转换成对应的其它国家母语语言文
件就可在 Player 中以其它语言检索使用ꎬ 满足不
同国家不同语言的用户使用[13]ꎬ 目前已在昆虫检
索系统中应用ꎮ
鉴于多道检索表的快速发展和国内这方面研究
薄弱的实际情况ꎬ 本文拟对在国内外影响较大的 6
种多道检索系统进行分析比较ꎬ 以期为多道检索表
的研究提供参考ꎮ
1  检索系统的体系结构
早期的检索系统都是以单用户体系结构为主ꎬ
也就是所谓的单机版ꎬ DELTA 检索系统是其中最
早最著名的代表ꎮ 单用户体系结构的特点是整个信
息系统运行在一台计算机上ꎬ 由一个用户占用全部
资源ꎻ 其主要缺点是没有共享和交换数据的功能ꎬ
这主要是由当时的计算机和互联网技术所决定的ꎮ
随着计算机技术的不断发展与应用ꎬ 以单用户体系
结构为主的检索系统逐渐向网络体系结构发展ꎬ 而
单机版一般只是作为运行方式的一种ꎬ 以便于离线
的情况下也可以使用ꎮ 最新版本的 DELTA5􀆰 11 只
具备一定的互联网功能ꎬ 如 html 文件的转换和生
成ꎬ INTKEY程序的下载功能等[20]ꎮ
目前的检索系统中ꎬ IntKey和 Lucid等检索系
统是以桌面软件的形式使用ꎬ 这类软件需要安装ꎬ
对于不同的操作系统常常需要相应的版本才能运
行ꎬ 即不具备跨平台的兼容操作功能ꎻ 同时又具有
一定的网络功能ꎬ 若联网检索则需要在检索之前向
服务器发送请求下载相关数据和图片等ꎬ 当所有请
求内容下载完成后即可使用ꎻ 由于 IntKey和 Lucid
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等检索系统的执行软件都是本地运行的ꎬ 故其检索
速度较快ꎬ 一般也可以离线使用ꎮ
NaviKey检索系统可以嵌入到浏览器里以小程
序形式(Java applet等) [16]使用ꎬ 不需要安装且独
立于操作系统ꎬ 但需要安装 Java 虚拟机等平台软
件ꎮ
ActKey 则是基于动态网页形式的检索系
统[19]ꎬ 它的用户界面通过浏览器来实现ꎬ 其极少
部分事务逻辑在前端(浏览器)实现ꎬ 主要事务逻
辑在服务器端实现ꎮ 这样就大大简化了客户端电脑
负荷ꎬ 减轻了系统维护和升级的成本及工作量ꎬ 降
低了用户的整体成本[21]ꎮ 但由于需要实时和服务
器端进行通讯ꎬ 所以对网络条件有一定要求ꎬ 反应
速度也比本地运行的版本要慢一点ꎻ 随着用户的增
多ꎬ 服务器的负荷也会越来越大ꎮ 此检索系统的缺
点是不能离线使用ꎮ
2  检索系统的用户界面
IntKey、 Lucid、 NaviKey等检索系统都是以
四格形式的界面用于显示可供选择的检索性状、
已选择的检索性状、 符合条件的分类群和被排除
的分类群等内容ꎮ ActKey检索系统则是以树状形
式显示检索性状ꎬ 并以打勾的形式选取性状ꎮ 四
格形式的界面简单明了ꎬ 大多数的检索系统都是
采用这种形式ꎬ 它适用于检索性状数量不多的情
况ꎬ 但不支持多级性状ꎬ 故一旦性状数量达到几
百或上千条的时候检索起来就较为麻烦ꎮ 树状形
式的界面很好地显示出了多级性状ꎬ 在选择性状
的时候可根据需要逐步展开子性状ꎬ 但同时导致
了性状列表变长ꎬ 也会降低用户的性状选取
效率ꎮ
3  检索系统的数据库
DELTA和 Lucid 检索系统都有自己的数据类
型ꎬ 是通过自身专有的程序来编辑和管理该数据
的ꎬ 其中 DELTA 检索系统使用 Delta Editor 程序ꎬ
Lucid检索系统使用的是 Lucid Builder程序ꎮ 这些
程序都为用户提供了许多便于检索、 操作使用的功
能ꎬ 但和目前流行的数据库如 MySQL、 Oracle 等
相比ꎬ 其存取效率和安全性均比较低ꎮ NaviKey 检
索系统同时支持 DELTA 数据类型和 PostgreSQL
数据库[16]ꎮ ActKey 检索系统则采用是 MySQL 数
据库[19]ꎮ
4  检索系统的检索策略
随着计算机技术的发展与检索策略的不断完
善ꎬ 多道检索表已经具备多种对检索性状进行处理
的方式方法ꎮ 它们对于检索的正确性和效率的影响
有的比较小ꎬ 如性状描述的格式处理ꎬ 而有的则至
关重要ꎬ 如容错度(error tolerance)、 自由选取性
状、 模糊表达、 数值型性状、 最佳检索性状、 保留
性状未知的分类群、 检索特征等[22]ꎮ
(1)自由选取性状(unrestricted character use)
这是多道检索表最基本的特性之一ꎬ 也是多道
检索表优势的重要体现ꎬ 所有的检索表都具备这一
特性ꎮ 所有的性状都能以任意的顺序选取(除关联
性状之外)ꎬ 且对于某些从标本上难以获取或描述
不清楚的性状ꎬ 使用者可以略过ꎬ 从而避免导致的
无法检索ꎮ 对于已经选取的性状ꎬ 可以随时进行修
改或删除操作ꎻ 在 Lucid检索系统中ꎬ 若使用图片
描述性状(Character graphics)时ꎬ 则不能直接对
其进行修改或删除ꎮ
(2)容错度(error tolerance)与错误提示
容错度可以保证在用户选择性状出现一定错误
的情况下也能将目标的检索结果保存下来ꎮ 如果没
有一定范围内容错度设定的话ꎬ 很容易导致用户在
疏漏的情况下将目标结果排除掉了ꎬ 导致检索失
败ꎮ 容错度设定对于检索结果的正确性有很重要的
作用ꎬ 然而实现这一功能的系统比较少ꎬ 只有 In ̄
tKey和 Lucidꎮ IntKey检索系统中ꎬ 容错度这一功
能是通过“Tolerance”参数来控制的ꎬ 既可以手动
设置也可以自动设置ꎬ 但若没有和标本匹配的分类
群时系统就会自动设置ꎻ Lucid 检索系统中只能通
过手动设置来控制容错度ꎮ
在允许一定范围内容错度的情况下ꎬ 也会将多
余的结果保留下来ꎬ 这既可能是用户的检索错误造
成的ꎬ 也可能是数据本身的错误所导致ꎬ 需要系统
将出错信息以某种方式传达给用户ꎮ IntKey检索系
统通过“Differences”命令可以将分类群之间的差
异清晰地展示出来从而定位错误ꎻ Lucid 检索系统
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中虽没有直接定位错误的方法ꎬ 但可以通过将容错
度设置为 0ꎬ 根据查看排除分类群的性状差异来推
测出错原因ꎮ
(3)模糊表达(expressing uncertainty)
用户在检索时若对要表达的描述或数值不清
晰ꎬ 可以输入多个可能的性状或一个数值范围ꎬ 则
系统会自动排除掉完全不包含这些性状或数值的分
类群以缩小检索范围ꎮ IntKey、 Lucid、 MEKA、
XID检索系统都支持这一特性ꎬ 其中使用 MEKA
检索系统的用户可以通过标记性状的选取状态来组
合成复合性状描述ꎬ 然后再对分类群进行筛选ꎬ
XID的这一特性实现方式与 MEKA 相似ꎻ 但 Lucid
在使用图片表达性状时难以实现这一功能ꎮ
(4)支持数值型性状(numeric characters)
可以直接使用数值ꎬ 而不是将其划分为一段一
段的形式ꎬ 这方便于检索条件的输入和性状记录ꎬ
并且可以避免信息的丢失ꎮ IntKey、 Lucid、 Na ̄
viKey检索系统均支持数值型性状ꎬ XID 检索系统
不支持这一特性ꎬ MEKA检索系统也由于全部使用
鼠标点击的操作方式而舍弃了数值型性状ꎮ
(5)最佳检索性状(best characters)
在用户对性状的逐步选取过程中ꎬ 系统会综合
各性状的使用频率、 获取难度和鉴别能力等数据ꎬ
经过一定的运算或转换后将性状进行排序ꎬ 以指导
用户的下一步性状选取ꎬ 从而提高检索效率ꎮ 在
IntKey检索系统中ꎬ 这种排序计算方法和检索表生
成软件 Key[23]的性状排序方法一致ꎬ 即在忽略性
状可靠性下ꎬ 最佳检索性状将剩下的分类群区分为
尽可能相等的两组ꎮ IntKey检索系统中性状的鉴别
能力和性状可靠性可以由系统设计者和用户共同控
制ꎻ Lucid也具备这一特性ꎬ 但不支持数值型性
状ꎬ 不能指示出不具备鉴别能力的性状ꎮ
(6) 保留性状未知的分类群 ( retaining un ̄
knowns)
某些分类群的个别性状虽没有做相关的描述或
记录ꎬ 在用户检索过程中选择此性状时也不能将其
排除掉ꎬ 以避免目标检索结果的丢失ꎮ 这里的性状
未知更多的是体现出描述不具体(not specified)而
不是真正的未知(unknown)ꎬ 它对于获取正确的
检索结果有时很重要ꎬ 某些系统没有实现此功能或
效果较差ꎬ 如 XID检索系统ꎮ
(7)关联性状(character dependencies)
某些性状之间是具有关联性的ꎬ 即一个性状的
状态会影响另外一个或多个性状的状态ꎮ 当用户选
择其中一个性状状态时ꎬ 另外一些性状则不可能或
不会再出现在性状列表里ꎮ 目前的多道检索系统
中ꎬ 只有 IntKey较好地实现了这一功能ꎬ Lucid 检
索系统虽然会将不适用的性状移除ꎬ 但由于对于用
户输入的关联性状没有进行检查有可能会导致错误
的结果ꎮ
(8)性状可记录为未知状态 ( unknown state
values)
在记录数据的时候ꎬ 有些种类的某些性状未知
(如暂时还没有相关的研究)ꎬ 不能直接记录为有
或者没有ꎬ 系统会提供一种暂时未知的状态ꎮ 目前
Lucid和 MEKA检索系统均支持这一功能ꎬ 而 In ̄
tKey不具备此功能ꎬ 不过在以后的更新或升级版
本中会添加这一特性[24ꎬ25]ꎻ
(9)图片、 声音和视频功能
可以让用户添加像素不同的图片ꎬ 也可以链接
一些声音或视频资料以丰富检索系统ꎬ 这些是计算
机辅助的优势ꎬ 使性状描述的更加具体、 形象ꎬ 还
能让用户获取到更多的信息ꎮ 几乎所有的检索系统
都支持图片功能ꎬ 不过 XID 检索系统中每个分类
群只能上传一张照片ꎻ 声音和视频功能仅 IntKey
和 Lucid检索系统具有ꎮ
(10)分类群差异比较功能 (differences be ̄
tween taxa)
多道检索系统可以对两个或多个分类群进行比
较ꎬ 并列出它们之间的差异信息供用户查看ꎮ 此功
能在剩余分类群不多但难以区分的情况下可以用来
逐一比较性状差异从而找到目标结果ꎮ IntKey 和
Lucid检索系统实现了这一功能ꎬ 但 Lucid 检索系
统中用来进行比较的分类群数量不能超过 20 个ꎬ
并且对于比较的性状描述也有所限制ꎮ
(11)支持检索特征(diagnostic descriptions)
检索特征一般是指某些分类群具有的区别于其
它分类群的独有性状ꎬ 对于这些分类群来说ꎬ 检索
特征将会是一种非常快速而有效的签定手段ꎮ 目前
只有 IntKey检索系统具备此功能ꎮ
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5  多道检索表的名称
目前多道检索表还没有一个统一的名称ꎮ Lu ̄
cidcentral􀆰 org[26]使用的是“Multi ̄access keys”ꎬ
Dallwitz和 Penev使用的是“ interactive keys” [23]ꎬ
World wide wattle 使用的是“ Interactive multi ̄ac ̄
cess keys” [27]ꎮ
Dallwitz 对使用的“ interactive keys”定义为:
使用者将标本属性(性状状态值)输入到其中的交
互式计算机程序ꎬ 同时强调它是一种 “Multi ̄ac ̄
cess keys”ꎬ 二歧式检索表经计算机化不属于“ in ̄
teractive keys”ꎮ 笔者认为“ interactive”仅表达“交
互”的含义ꎬ 二歧检索表经过计算机化也可以形成
交互式ꎬ 因此交互式是计算机的技术性状而不是多
道检索表的性状ꎬ Dallwiz 用“ interactive keys”来
表示多道检索表是不合适的ꎮ “ Interactive multi ̄
access keys”能很好地表达现代多道检索表的含
义ꎬ 但名字较长ꎬ 不简洁ꎮ 考虑到早期的穿孔卡多
道检索表ꎬ 虽然也是“Multi ̄access keys”ꎬ 但由
于其没有计算机技术参与且没有进入实用阶段ꎬ 不
能算是现代真正意义的多道检索表ꎬ 因此ꎬ 可以把
“Multi ̄access keys”专指现代有计算机辅助下的
多道检索表ꎮ
6  展望
多道检索表作为一种生物分类鉴定工具ꎬ 无论
作为哪一种形式ꎬ 其宗旨都是为了检索更方便、 更
高效ꎮ 因此多道检索表今后将会向更人性化、 智能
化的方向发展:
(1)普适性
增加软件的互动性ꎬ 提高使用的趣味性ꎬ 例如
采用提问式的检索方式ꎬ 通过一系列简单明了的提
问来检索出目标分类群ꎬ 让非专业人士也可以使
用ꎮ
(2)移动客户端
国外研究人员已经在移动客服端方面做过一些
尝试[28]ꎬ 即把 PC 机上的检索系统移植到手机或
平板电脑上ꎬ 这将会给人们带来更大的便利性ꎬ 也
会让普通大众轻松地享受到经典分类学的研究
成果ꎮ
(3)完善数据库
建立完善的形态性状特征数据库是一项工作量
非常巨大的任务ꎬ 它既需要植物研究人员的参与ꎬ
也需要数据库及软件人员的参与ꎬ 特别是信息采集
工作ꎬ 不是仅靠参考资料就能解决的ꎮ 从植物材料
的野外考查、 植物分类及准确签定到各器官的形态
特征记录、 相关资料的收集、 输入、 校对、 修改
等ꎬ 每一种植物的完整信息建库都需要花费很多的
时间和精力ꎬ 这就需要多部门、 多学科的通力合
作ꎮ 我国植物资源丰富ꎬ 植物形态特征信息化工作
任重而道远ꎮ
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(责任编辑: 刘艳玲)
066 植 物 科 学 学 报 第 32卷