全 文 ：作物学报 ACTA AGRONOMICA SINICA 2016, 42(6): 932941 http://zwxb.chinacrops.org/
ISSN 0496-3490; CODEN TSHPA9 E-mail: xbzw@chinajournal.net.cn
本研究由亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室开放课题 (SKL-CUSAb-2013-04)和广东省自然科学基金 -博士启动项目
(2015A030310485)资助。
This study was supported by the Open Fund Project of State Key Laboratory for Conservation and Utilization of Subtropical Agro-bioresources
(SKL-CUSAb-2013-04) and the Natural Science Fund of Guangdong Province-the Launch Program for Doctor (2015A030310485).
* 通讯作者(Corresponding author): 刘耀光, E-mail: ygliu@scau.edu.cn
第一作者联系方式: E-mail: chuben@scau.edu.cn
Received(收稿日期): 2015-11-09; Accepted(接受日期): 2016-01-11; Published online(网络出版日期): 2016-03-14.
URL: http://www.cnki.net/kcms/detail/11.1809.S.20160314.1444.004.html
DOI: 10.3724/SP.J.1006.2016.00932
籼粳稻基因组 295 个 InDel 标记的开发
初志战 1 郭海滨 2 曾栋昌 1 刘耀光 1,*
1华南农业大学生命科学学院 / 亚热带农业生物资源保护与利用重点实验室, 广东广州 510642; 2华南农业大学公共基础课实验教学
中心, 广东广州 510642
摘 要: 插入/缺失(InDel)分子标记具有使用简单, 结果清晰可靠的优点。本研究通过比对粳稻品种日本晴和籼稻品种
93-11的基因组序列, 在全基因组范围内设计了 634对 InDel 候选标记, 通过 PCR检测比较 2种粳稻(日本晴和台中 65)
和 2种籼稻(93-11和黄华占)的多态性, 发现 295对标记在 2种籼稻间及 2种粳稻间均带型一致, 而在籼、粳亚种间有多
态性, 因此这套 295对标记可以在涉及籼粳亚种的基因定位和分子育种中应用。
关键词: InDel标记; 水稻; 基因定位
Development of 295 InDel Markers for Indica and Japanica Rice
CHU Zhi-Zhan1, GUO Hai-Bin2, ZENG Dong-Chang1, and LIU Yao-Guang1,*
1 College of Life Sciences, South China Agricultural University / State Key Laboratory for Conservation and Utilization of Subtropical
Agro-bioresources, Guangzhou 510642, China; 2 Center of Experimental Teaching for Common Basic Course, South China Agricultural University,
Guangzhou 510642, China
Abstract: Insertion/Deletion (InDel) markers have advantages of simplicity and reliability for genotyping. We selected 634 can-
didate InDel markers distributing throughout the 12 chromosomes of rice by comparing genome sequences between the japonica
cultivar Nipponbare and the indica cultivar 93-11. PCR results of these candidate markers between two japonica (Nipponbare and
Taizhong 65) and two indica (93-11 and Huanghuazhan) cultivars revealed that 295 InDel markers displayed common polymor-
phisms between the japonica and indica cultivars which are useful for gene mapping and molecular breeding involving in indica
and japonica subspecies.
Keywords: InDel marker; Rice; Gene mapping
自2002年完成水稻基因组测序后 , 水稻基因组的研
究重心开始转向功能基因[1]的鉴定。目前大多水稻基因功
能的研究还是以正向遗传学为主: 先通过物理或化学方
法诱导基因突变, 再经过构建定位群体, 利用分子标记定
位和筛选突变基因。分子标记是继形态标记、细胞标记和
生化标记后发展起来的一种更理想的遗传标记。随着分子
标记技术的不断发展, 到目前为止己经建立20多种, 例如
RFLP (restriction fragment length polymorphisms)标记、
RAPD (random amplified polymorphic DNAs)标记、AFLP
(amplified fragment length polymorphisms)标记等, 其中被
广泛用于基因定位的有 SSR (simple sequence repeat)标
记、InDel (Insertion/Deletion)标记和 SNP (single nucleotide
polymorphisms)标记。栽培稻在长期的栽培驯化过程中,
形成籼稻和粳稻2个主要的亚种, 由于这2个亚种的农艺
性状、生理生化特性及基因组序列存在明显差异, 常被用
来作为构建定位群体的双亲。双亲间 DNA序列的多态性
是发展分子标记的基础。Shen 等[2]比对粳稻(japonica)品
种日本晴和籼稻(indica)品种93-11的全基因组序列, 发现
平均每268 bp有1个 SNP, 每953 bp有1个 InDel, 这2种标
记均有很高的密度, 尤其 SNP 分子标记在理论上具有极
大的潜力, 但是目前由于检测方法的限制, 并未广泛采用
SNP分子标记于基因定位尤其是初步定位。SSR标记技术
由 Moore等于1991年创立[3], GRAMENE网站提供了2240
个水稻 SSR 标记(http://archive.gramene.org/markers/)。在
第 6期 初志战等: 籼粳稻基因组 295个 InDel标记的开发 933
水稻基因组中平均每 157 kb有 1个 SSR标记[4-5], 而平均
每 10.36 kb有 1个基因[6], 因此 SSR分子标记密度还远未
达到图位克隆的要求。冯芳君等[7]通过测验 20对 InDel标
记和 53对 SSR标记在 46份粳稻和 47份籼稻的遗传多样
性实验中发现, InDel标记的 PCR扩增稳定性比 SSR标记
好, 扩增产物非特异条带少, 特异性更好, 因此分离效果
明显好过 SSR 标记。我们的大量应用实践也表明, InDel
分子标记具有使用简单和电泳结果比 SSR 标记清晰可靠
的优点。
本研究通过比对日本晴和 93-11 的全基因组序列, 以缺
失 5~20 bp为标准设计 634对 InDel候选标记, 以期找出覆
盖全基因组的具有籼粳共同差异的高通用性的 InDel标记。
1 材料与方法
1.1 水稻材料
包括 2份籼稻(93-11和黄华占)和 2份粳稻(日本晴和
台中 65)。
1.2 InDel标记的设计
以每隔 1~2 Mb 的距离从 RGP 网站(http://rgp.dna.
affrc.go.jp/)或者 GRAMENE 网站(http://www.gramene.org/)
下载对应的 BAC 克隆序列 , 然后在 NCBI 网站
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/)的 BLAST 网页, 将此
BAC序列与 93-11 基因组序列进行 BLAST 比较, 以中间
缺失 5~20 个碱基, 两边高度保守的区域为理想的 InDel
设计区。为了后续检测方便, InDel设计长度一般为 100~
160 bp, 尽量不超过 200 bp, 引物的 Tm值为 55~60℃。
1.3 DNA提取方法
在三至四叶期, 从 4种材料中各选 1个单株采集新鲜
叶片, 以略加修改的 SDS法[8]提取叶片基因组总 DNA。
1.4 PCR扩增及电泳检测
20 μL的 PCR体系中包含模板 DNA 0.5 μL、10 mmol
L–1 dNTPs 0.3 μL、10 μmol L–1正反引物各 0.5 μL、10 ×
PCR buffer 2 μL 和 Taq DNA 聚合酶 0.5~0.6 U, ddH2O
17 μL。
PCR程序为 94℃预变性 3 min; 94℃ 30 s, 55℃ 30 s,
72℃ 25 s, 32个循环; 72℃延伸 3 min。
1.5 电泳检测及记录方法
20 μL PCR产物加 4 μL 6×loading buffer于 52孔电泳
槽, 每孔上样 4 μL, 8.8%聚丙烯酰胺凝胶 180V稳压电泳
70 min, 用银染法[9]染色。
2 结果与分析
2.1 InDel标记的筛选结果
对供试的 634对候选 InDel标记进行 PCR检测, 选出
在 2种籼稻和 2种粳稻之间显示共同多态的标记(图 1), 共
获得 295 对籼-粳差异 InDel 标记。这些标记在每条染色
体上的数目为 14~35个, 平均间隔为 0.76~1.60 Mb (表 1)。
这套标记的引物信息列在表 2。
图 1 InDel 候选标记在 4 个品种的 PCR 检测
Fig. 1 Detection of candidate InDel markers among four rice cultivars by PCR amplification
1: 93-11; 2: 黄华占; 3: 台中 65; 4: 日本晴。
1: 93-11; 2: Huanghuazhan; 3: Taizhong 65; 4: Nipponbare.
表 1 各染色体的 InDel 标记分布
Table 1 Distribution of InDel markers on the chromosomes
染色体
Chromosome
染色体长度
Chromosome length (kb)
标记数量
No. of marker
平均标记间隔
Mean interval (kb)
1 43021 27 1593
2 34578 24 1440
3 36560 35 1044
4 34943 28 1247
5 27846 20 1392
6 28214 37 762
7 29589 22 1345
8 27907 22 1268
9 21906 19 1153
10 23191 14 1656
11 29108 26 1120
12 26891 21 1280
934 作 物 学 报 第 42卷
表 2 籼粳间有共同多态性的 295 对 InDel 标记引物
Table 2 Primer sets of 295 InDel markers polymorphic between indica and japonica rice
引物名称
Name of primer
序列
Primer sequence (5′−3′)
引物名称
Name of primer
序列
Primer sequence (5′−3′)
F CCCATACTCACTGGAATAGC F GCCCAAGATGAGTTGTTGAT 1-00926
R AACTTGCGATTTTAGCCAATC
6-14252
R CAATCAAGTGATCAGCTGCT
F TCAGGGCAATCTGTCAAAGCT F GACCATACGCTTCTAATCAGAG 1-01550
R GTAGGAGAGAATCTAAAGATC
6-16371
R TACGTACATGCATTCCAGCGT
F CACGACGTCAGGCATTCA F CACAAGCCGTAGCAGAGC 1-01841
R GAGCCCTACTAGTATTACATAAGTGA
6-17972
R TCACGAAAAAGACCCCAAG
F GCAACTTGAGGTTAGCTCAGC F TGAACAGCTCAATTAGCAGCG 1-04530
R GATCCTTGATTATCATGCCAA
6-18432
R GGGAGAGGCGGAGGGTGTA
F TCTCCTGGCTCTTGTTGAAG F GGACCTTAATTAGGATGGATAC 1-07564
R TCCTTACCTTCGATAGGGAG
6-19092
R AGGCCTTATCATCTGTTGCTAT
F TTCATCGATCGAGTCGTGTC F GAAAACACTCCGTGCTAC 1-10415
R CATGCTGCAACAGAGAGTAC
6-19907
R TTTCCTCACTGATCCCAC
F CACACGTACTCCTAGCAAGAG F CGGTTTAAGAGCGATTCTAG 1-11994
R TTGGGATCTGCAAAGGGCAAG
6-20326
R GTTTGGGCTGAATTACAGAG
F CCTAACAGCGTGATTTGGAT F GATGTGGACATCTCCTCGTG 1-14211
R GCAATGAATTATGAGTGCCTT
6-21129
R GGATGGCCAACATGCATACTC
F CTTTTCTTGGCGAAAGGGGA F GGTCGTTACAAGAATCTAGC 1-14623
R AAGTGGTTCGAGGTGACTTC
6-21447
R GTGGATGCACCTATCATAAC
F ATGGGCAGCCAATGAGCATAG F TCCGGTCTAAAACACAATTC 1-15381
R GATCCCACGTATTATAGACAC
6-21814
R CTTGTACCAGCACATATTTG
F CCATCGTCCTGAGGAGTATG F TATGGTTTTTGGCCAACCG 1-16493
R AAGAATAAAATCATCGGCTGTC
6-22217
R CCATGCCCTTTTCCAAATC
F TTCATGCGTTCAGCTAACAG F CTTGTTGTCGCACTTGCTTG 1-19816
R GCTGCCTTATTTCTCGTGTT
6-22256
R AAGTCAATCCCTACACCTGG
F GAACCTGGCACCAAAAGATCAC F GGTGCGTATGTTTGTTCCAGT 1-23358
R TAAGCATTGTCGCCATACCAC
6-23652
R GGATAATATCAGGAGACCCCT
F GACATATGGGCCCAATAG F GTACGGTCAGTCAAAGTCTTC 1-25091
R TGGTAATGGTTGAGGCTG
6-23964
R TCAATGCTAATGCCACTCG
F TCAGGAACTTAGGTTGCGCTC F CACTACATGATCGATACTCC 1-28092
R GACCGCCTATGCACTTTACTC
6-24374
R TTAACAACAGGCAAGCTACC
F CTCGACTTGTTGTTGTCTAGC F CTTTGCCGGAATGCCATTGA 1-30350
R AAGGCAACAACTCCATCAAGC
6-24376
R AACGTCCATGATCATGCACC
F CGCACAGTGATCCATAAGAG F GCTTTGGGACATTTCTTGCTG 1-32569
R ATATGTGCATGACAGGTGGG
6-24416
R GTTTAAGCCTCATGCAGCATG
F CGGCGGATCTGAGGATAAAG F TTAGGAATAAAGGCTGGATA 1-32592
R CGCTTCCACTGGATGTTTCTG
6-25455
R TTACCGTTAATAGGTGGAA
F GTCATGCAATGAGTATTGCAC F GGTCCCAAGTTAGATCAAGT 1-33892
R GGGCAACAAATCGATCTATCT
6-27325
R CAATCACCCGTGTTTGTACT
F AGGAGCTAGCCCGGATGTA F AGGGATTCGATCGATCCATCT 1-36158
R GAGACGGCTTCCTGTAGAG
6-28994
R GCATTGCAAGGACGAGTACAT
F CGGAAGAACAAGGAGCAGTCG F GTACTGCATCGCCATTACTC 1-37869
R CGCTTCGTGTAGTGGAGT
6-29394
R ACACAATCGCGGCAAAAACC
F AGGCCTAGAAGGAACACGAT F GTATCAGTGGCACCTAGTAC 1-38028
R CCATGCCATGCCAATGAAGT
6-29457
R TCAAGATTGGCCAAGCTGTC
第 6期 初志战等: 籼粳稻基因组 295个 InDel标记的开发 935
(续表 2)
引物名称
Name of primer
序列
Primer sequence (5′−3′)
引物名称
Name of primer
序列
Primer sequence (5′−3′)
F TGCCAGGCCTAGGATACTGTA F GTACGTGCAGTACACTAGCT 1-38558
R GGACCCCGTGTATCTGGTTTT
6-31027
R GCTAGCTAGCAGCTTGCTAT
F GCGTGACATGATAGATAG F GTTTGATCAAACTGGGAACTTA 1-39172
R CAGCCTGGATTTCTCTT
7-00126
R GTTCCTTCCATGTTGAAAACCA
F TGTCGGTTCGGTCTCTCTCTC F GGCACAACTTCAATGCGAGAA 1-41908
R CATCCACCTGCGAATCCAAAA
7-01195
R GGTATTAGCAAATATCTCATCC
F CTAGTGTAGTACTCTATTCG F GAGTATATGGATACGATCGT 1-42865
R AAATACATGATGATGCAGTTGA
7-01309
R GGCCTACTAGCAATGCTAAT
F GGGTTATCAAACCTTCGTCCT F AACGGTATATACTTGTAGTCT 1-43947
R GCCATTGCTCTCAACCTTGTC
7-02380
R TTCGCATGGATGCATGTCCA
F CATGGCAGCATAGCTCAGTAC F ACAAGCCTACAACGAGCTTG 2-00967
R ACGCGGATGCAACTGGAACTT
7-03626
R TTCATCCATCCCCTTCCTTG
F CACCTCCTCCAATGTTGTTG F CTACGATAATACTATGCTTAGG 2-03064
R TGCGGACGATCACTTGAAGA
7-04615
R TATAGAACGAATACGTACCAAT
F GGGCTGAAATCATTCTCACAC F CCCTAATGACAAAACCAAAAGA 2-05076
R GTGTTAGACCTCTTATGAAACT
7-05762
R CTGTGTGTGCTGGTGCTACC
F CCCAGTCTGCTGCCATCT F GACGTGACCGTTGATCACAT 2-06435
R GAATGTATTTCAGTTCCAGTAAG
7-07452
R GGCTTCTTCCATATGAGGCT
F TGCTCCCAAACCTACTTCC F CGAACAGGCCTACTACATG 2-07259
R ACCGTCTACCTTGGATTGC
7-07942
R TCTTGTGATGGTCTGTGGTG
F GAGATAATCCATTGATCGATGG F GGTTGCAAACCAGGACTATAGA 2-07802
R GTCCTACTCTCCGTCGTCAGA
7-10774
R CCAGCTGCTCAGCTACTTTG
F GGAGTTAGTAGGAGATAACT F CACAGCATGGATAACAACCTA 2-09594
R CTGCTCAAAGGTGAGTCATT
7-13638
R GTAATGTGTCAACTCCAAGGT
F GGGCAACAACGGCTCTG F CACATGCACGTACATGGATC 2-11337
R AGGGAATAAGGCGATACGG
7-14281
R TGCATGCATCAATCGAGCAC
F GTAAGGGTCCTGTTGGATCT F GGATACTAGCATCACTTCCAG 2-14650
R GAGCATCTCCAACATAGCCT
7-15433
R ATCATCGCCATGGGAACACT
F GTGACAGCGATAGTATGG F GCATCCTTCATGACGAATGTC 2-17499
R GGACCTTCAAAACATGGG
7-17274
R GGTATACGCCATATGCTCAC
F GCCCTATCATTGCATTTGTAGC F CACTCTCTTACTCCAACGATAC 2-19612
R GTGTCGATGCATAGCTGGTAAC
7-20198
R AGGTGACAGGGTATGACAGT
F CACAACTGACTAAGCTTGAG F GTACCAGACGGATGTCAAGT 2-20841
R TAGGACTACGATTGGCTCAT
7-21619
R CTGCTGAGTAGTAATCAGGC
F GGACGCCTCTTTTCCGTTCAA F TTCGATCGAGCCGTCGATCTC 2-21214
R CAGAGGGAGTAAAAGTAGGAGA
7-22788
R CTCCGTATAGAGCGAGGTAGG
F GCCACTGTTTATATGCATGGCT F CTGCGCATATCAGTGTATGC 2-23309
R GGCAGCTTTAGGAATTTCTCG
7-24679
R GCGTTAGTAGTTGGGGATAG
F ACTGTTACCCAAACGCTA F AGCCCAGAGGTTACTGATTC 2-23667
R ACGTGCACCTACTACAGAAA
7-26020
R CGGTAGAGGTACTACTGACA
F CCATCGTGCTCCCAAATCCT F ATGCTTGGTGTCTAGGTGAT 2-25248
R GCTGAGCCTCTAGCATCAATA
7-27700
R TGCATGTGAATTCACTCAGG
F ACATGTCACTTGCCAGGATG F CAGAATCCCAGAATCATATG 2-26549
R GGTGCATAGATTTCTGGAGC
7-29134
R CAGCAATTAGCAGTAGCAAT
936 作 物 学 报 第 42卷
(续表 2)
引物名称
Name of primer
序列
Primer sequence (5′−3′)
引物名称
Name of primer
序列
Primer sequence (5′−3′)
F CGAATGCAGCCTAAGGATGAT F ATGCATATGCATGTGCCACC 2-27404
R CTCACCCAACCACGTATCATT
7-29715
R GCCGTCGTAACATGTCCTAT
F ACGGCTCCAGCTGGAAAGTT F GGTTGCTATGAACTATCCTTG 2-28099
R CTCGTTCGCGTGAAGCAATTG
8-00447
R CTATGGATAAGGCATGCTACT
F GCTGCGAGACATTTGTTACG F CGGTGGTTGCCGTTTATACC 2-31365
R ACGTGCTGATGGAGTATACG
8-01193
R GACCCACCTGTCATTGGCAC
F TGCTGTTGTAGGATTATCAC F CTTCCCAGCACTTTTACTACA 2-32601
R TTCTGTCATGTCACTGGATT
8-02175
R CCCTTGGAGGACTCATTTCT
F CCAGGTAGCTTGACATAATG F AGAGCTGCAGCGTTGTCTTGAT 2-33805
R TGCGGAACCATAGTAGATCT
8-04506
R CAAGTTCGAGAGCCAGGTAAT
F CTACGTGATTGCGGAATACT F GGAGTAAGAAGAACATATACG 2-34616
R TGGTGGTAATTTTCGCTGAC
8-06844
R TAGAGTCTGTCAGGCTCCAG
F GAAGCAGCTACATCGCAATT F TTTTAGAGGATCTGGCACCCG 2-35545
R CCGATACCAAACATTTCGTG
8-07754
R GCCGAAGTACGAAGGTAGAC
F GCGCGAAGCGATCATATCAT F AAGGCGTCGATATTAAGCGTG 3-00548
R CCTGCAGCATCATTGCAGTT
8-08311
R ACCACTTTCGAGTACACCTCC
F GCAATCAATTGCACCGTATC F CTGTTTAGCATTGCGAATCTC 3-01799
R GGCTACAATGCTGAGTGTAT
8-08786
R GGTCGTGGCATGATTTAGCT
F GTAGAGTATTTGAAAGAGCA F ATTTCTAGTTCAGCCGTGAGAC 3-02204
R CAGATGTCCGATGCACGGAA
8-09128
R CCTTGCATAAGTCACTGTTCTC
F TGTATCCCATGACAGCAAGC F ACACCTCTGGATGGCTTGAA 3-03193
R ACCATTTGGTTCAAGTTCCA
8-10577
R AAGTGGAGACCCCTCTCCGA
F GCCCTTAGATTTGGTGGATC F CCTATTCACTCTACCGACAT 3-05068
R TTCCGTATCTGACCTGAACC
8-13490
R GTTTAGTTCCCATTGCTTT
F AAGCGTTTTGTGGGAGCATG F CAGGGAGTTGGAAACCTTTCC 3-07898
R GCCCTACTAGATGGGAATAG
8-14102
R CCCAACTTCTACTCTCATTTC
F ATAGCTCGTGTTCGTTCGAC F AGCTGCTGCATCGTCAAAC 3-08590
R TGTTACTGGGATCGGCAAAG
8-15746
R ATAAGCGAGGTGGAGAGAG
F ATGGCGTGAACAAGGAGGAAC F CCCCTCTGTATTTTTCCCAC 3-09033
R AGCTGCCAAGTTGCACGTAAC
8-16579
R TTGTAGGGGCTTGCTAGAAC
F AGGCCTGTCACGAAAGATTG F TGGATCCCATCTGTGTGATC 3-10104
R TATGTACTCCGTACTCCTCC
8-19176
R CCATGACGGGTACTTGATTC
F ACCTCAACCACGTACGTAC F ATCTGATGGCTCATGACTGG 3-11041
R CCGCCAACACAGAAAGATC
8-19983
R ATTTAGGTGTGCGACTTCCC
F CAGAGCACGTGTCAATGAC F CTTCGAGCTAGTAGGTGC 3-11552
R AAGTAGAGGCTACCGAACG
8-22862
R AATCAGAACACATGGAAGCA
F CTCCATCCATCTTTGGGTTGGA F TTTGACCTCAAACTTGTTCAA 3-12645
R GCGTTTTTCTGATTGTCACAAGA
8-23645
R CACATAGATTTACGACTCCA
F ACGTAATGTCTCACAGAACC F GTGGATAAAATTGGAGGTGA 3-14215
R ATGGTATTGACGCTTCCGAT
8-26123
R CGAGGAGTTCCATATCTCA
F GGATTTGACATAGGATAGGG F AGTGACCTTTTTTGTGGGCG 3-14408
R TCCTCATAGCCTCTATCATG
8-26479
R GCTACATAGGTTGAGCAAGG
F GATGAGTGCGTCAAAACGTG F TGAAAAGGATGCCGACGAC 3-15546
R GCCCATCTTCACTCATGTTC
8-28308
R GAGCTACTCCTACTCAGTG
第 6期 初志战等: 籼粳稻基因组 295个 InDel标记的开发 937
(续表 2)
引物名称
Name of primer
序列
Primer sequence (5′−3′)
引物名称
Name of primer
序列
Primer sequence (5′−3′)
F TAGTGTCGAAGCTTTGGCTGC F TGCTGCTTCCGTCAATTTCC 3-15646
R CCACATCACCACCATGCATG
8-28354
R TCATCGTCTCACAGGGTTAG
F CGAACAGGTCACCCAGTTTC F GCTGCTAGACACATATCCTT 3-17207
R ATCTCGTCAGAGAGCAGAGC
9-01227
R AGCGCATCATGTATACTGCT
F TCAGCATACCATCATGACCCTA F ATTCCCTACAACCTCCCCTA 3-17900
R CAGAGATGAGGAAGAAAGGTGA
9-02263
R CAGGTCCCTGTCTTCTTCCTCA
F TGGTGTGGGTACTTCTCCGTA F AGACCAAATCTTGCCGTAC 3-19564
R GAGTCATTTCTGTACTTCTAG
9-04472
R CCCAGCAATGGATTTGTACC
F TGTAGGGGATGAGGCAAGAA F CTAAACAGAAAGGTCTCCCATC 3-22549
R GTGGATGACAAGGGGTGAAGC
9-04948
R GATATTCAGTTGGCCTATGCTC
F GTAAGTCTCTAGCTAACTCTT F CCTTGTTCCACTATGTTGGC 3-23535
R TGTTCCGTGTTCAATCCTCAA
9-06167
R GAAGATGAACTATGGCCAC
F GAGAGCTCGGTCAGTGTCATC F GGAGGTTCAATAACAGCTCT 3-24455
R CAGGTTTACCTTACATACTAAT
9-07002
R GACATGTAATGCTGCATTGCT
F GACTGTCCAGAACAGTTCCT F TGCAGGAGATCGCTATCA 3-26139
R ACTGCCTGTCAGATATGCTC
9-07668
R CCATCTTCATAAAGTTAAAG
F TAGCTGTACTACAGTGGAGC F CCTTGACCTTCATGTTCGAT 3-26918
R AAAGAGTGCGCGTGGAAAAC
9-08534
R CGAATTTGACGTGTTGTCATT
F TAGTGGCCTGCCTCAAACTT F ACTGCTTTGATGGCTTGTG 3-27295
R CTGGATAGCGAGGAATGAAC
9-09402
R CTCCCCAAACTGAATCC
F ACCTCCACCGGATTCATCTC F GTCTTCCTTGTAGCGAAG 3-28877
R GAGCACACCATTCGGACTAG
9-12080
R CCTTAGAGCGACTAAATG
F CCTATAGTTCCAGCCTACTC F TACTCTGGCTTGCAAGCAAC 3-28949
R GGAGGATGTCAAGAAGGAAG
9-13768
R GGCAATTAGGTACGCGGATT
F CGAGATGCGTCATCATACTT F GACCACCAATCGATCGAGAT 3-29986
R TACAGGTGACAAGTGTCAGT
9-15450
R CGCCAGCGTTCATATTCGAT
F ATTCCTGTGAAAGAGAGCTT F TACTGGTGGGTCACTCTTACT 3-31290
R CCATAATTCAGGAAGTGCAT
9-16383
R CACTAGTGTACCAGATACCT
F CGGATATCTGGTTAACCTG F GCCATATATATGGCTGCAAGGA 3-31976
R CCTGGATGTGCCGAAATTG
9-18269
R GTATGTAGATGTGGACACGGTG
F ACACTGGCTACGGCAAAG F GGATTGAGTACTTCTCGCCAT 3-32357
R TTTGTTCGGGAATAATGATGC
9-19112
R GCAATAAGATTAAGATCGATC
F AAAACCCAAGGGCTAATCGG F GGTCCTGTGTTAAATCCATACG 3-32998
R CTTGTAGAGGAAGAAGACGG
9-19814
R GAACATCTACAGCAGAGACCTG
F TTGCAGCTGACGATTCAACAG F CAGTAGCCTGACGGTGAAAG 3-33993
R CCTTGAGTCTTGACAAGATGG
9-22246
R GGCAGTGATTGTGTCTTTAAG
F TGACGTAACAGTGTATCCAG F GTATTTACAGAATGGGCCTG 3-34307
R ATCAAGATCATCCGGTTGAG
9-22444
R GAGTGCATTGTCTGAGTATG
F AGCAAGTCAGCAACTGCAGT F TGTCGTGCATCTTCCGTAAC 3-37108
R CTCACCTCCGATCGATCAAT
9-23133
R CTGACATCCTAGCTACCTAG
F CTCACATGTTGTTTTCAGAGAA F GCAAGTAACTAGTCGCTCA 4-00902
R CCTATTGACATTTCCTTGTAGG
10-00346
R CCTACAGTACTGCATGTGTCA
F AACACTGGTCGAAGGATCAG F GGTCAAAGATGACCTATTACC 4-01149
R CCAACACAGACCATGTTACG
10-01217
R ACTGTCTCAGTGTCTCTGTT
938 作 物 学 报 第 42卷
(续表 2)
引物名称
Name of primer
序列
Primer sequence (5′−3′)
引物名称
Name of primer
序列
Primer sequence (5′−3′)
F GCTACTTACTCCATCCATCC F CATCTGCACCTGATATGTGC 4-03566
R ACTACCTAGTAGACCAGCAC
10-02371
R GAGCTTGCTGAGAGCAGTAT
F ATGGCAGCCTGGATTTCCTTCA F TTCAGTATCCAAGCGCCTGT 4-04141
R ATGGAATTAGATGTGTTGGTCG
10-04306
R GTTACCAAAAATATGGCTACAT
F GGAAAAAGTCCCAAGGATCC F CTTTTGTTTGTCTAGCATCTCG 4-05328
R AGGAGTGTTGGGTACACAAG
10-08413
R CTATTGAACGTAAAAGGGGAGA
F CCCTGGTCGCTGGTTCTTGA F AGCGTGACCACCGAGAAGGTGA 4-05623
R TGGTTTGACTTCGACCAAAGTT
10-11031
R GGACTAGGCTCGGAGGCAAGGA
F AGACCCTCGAGAACCTCAAG F GAGAAAAGTCACTGTACAGG 4-05904
R AGGATGCTATCAAGTCACTGT
10-11609
R CCTTACCTAGGTGTGCTGTA
F CCTCTTCTTCACATTTGTTT F GTGCACAAACCCTGTTAGTAT 4-06615
R GCACATCAACACATCAGCCA
10-13598
R CAATGTTGTTTCCTGTGGAGT
F CGCTTGTTTCGGTTACTCTCT F TAATAACAAGCACATATTGA 4-08920
R CCAAGCTCATGGAATGGAAGT
10-14227
R GCCCAGGCTTTCTGAACTT
F GTCAGTCTAGAAATTTCAAGA F GCGCAAACCAGGATGTGATAA 4-11370
R AAAGCCAGATCCACTCTTAG
10-17211
R CCCAAGGTGAAAAGAGCAAAC
F TACATTCTCCATGTACCAAA F GTCCCTAGGCCATCTCTTG 4-12777
R CAGTTCTTCTCATACATTGTC
10-18950
R GCGAATAGGGGTGGACAG
F CGACAGCGAAACATTTGTGGT F GCTATCCAGGACAGGTTGCT 4-13847
R GCTCACAACAGACACATACTC
10-20848
R GCTAGAGTACGTTCGAGCCT
F CCTCTTCACGCAGCGCTAAG F AATATGCCAGGCAGCTAACAG 4-14926
R CCTCATTCCGAGTAATTGTAG
10-23460
R GTTCCATTACCCTTCGTTCAG
F GTTATGTGAGATGTGGTGC F ATCACTGCTTCAAACACGCC 4-16622
R CTCCAAACAAGGGTCTTGA
10-23537
R ATCGCATCGTATCGTATCGC
F GTAGTACTACCATTCTCCTA F GGATCTCATTTAGAATCCAACG 4-16722
R CCACAATAACTGCAGTGACG
11-01283
R CCAAGCGCTTGCAAGGAAACAA
F GTGTGGGGAATCTAGGTTTG F GGAATGGCATACATGAATGG 4-18415
R GTCTGTGACAAATGAGTCCAG
11-02638
R ATCATGGATGATCTCGTGGT
F GAGCATGCACTCACGCGACC F CGCTCGGCATATCTGGTAAT 4-19360
R ATAGAGGGTGCGTATGTATT
11-03535
R GATACATGATGCAACGGACCT
F CCACATGTCAATCCTCACTC F TACAGCATACTCTACTGCAG 4-22259
R TAGAGCTCAAGGAGGATCAC
11-04612
R GTGATTCAATAACACTGCAC
F CTAGAACGTCAGCCACAATG F GAGCACACTAGTTCAGTTTC 4-22775
R AAATCTGGACCGAGCAATGG
11-06096
R ATCAGTGCTGCACTCGTATT
F CTTGAACCTGAGTGAGTGG F CTTGTGAGGAGCGCACTCGTC 4-24592
R CGATGAAAATGATGTCTA
11-07702
R CGATCTACTAGTAGCAGATTAG
F GAGGAGAAGATGCACACAAC F CCATTGGACAGAGCACATC 4-26588
R AGGGAAAAGCACTTAGGTGC
11-08533
R GTGTGAAGAGCTCATCGAG
F TGTTGAGCAGCACAAGGGTG F AATCCGACTGACCGCATCAAC 4-28739
R CACTCATGCTGACTAGACGC
11-08771
R AATGGCGGTCTTGGAAGGATC
F CATCAGCAATGTCGGTTTGAC F AACCAACGAGCACCCATGACC 4-28790
R GCGAACTCGTTTTTTAGGGTG
11-09139
R CCCAACATCTCTCTGTCTAAC
F TTTTGTGAAACTTGACCCTC F GGAGATGTAACACCAATAAC 4-29044
R GCGTCCATGTCTTTATTGTG
11-10679
R CCTTTCCTTTACAGTAGCAT
第 6期 初志战等: 籼粳稻基因组 295个 InDel标记的开发 939
(续表 2)
引物名称
Name of primer
序列
Primer sequence (5′−3′)
引物名称
Name of primer
序列
Primer sequence (5′−3′)
F GGGATGGACGAGGAAGTAGTA F CTGGGTCCATCCATAAGCATGC 4-30419
R ACAGGGCCAGAGAACGCGAA
11-11801
R GGTAGTCACCTCGTAGCATTAT
F GAACGGTGAAACGTTGAAC F GGCTCGGGATGGGAAACTCGA 4-32625
R CTAGCTAGTCAATCATGGG
11-14818
R TCTTCTCCACCAAGGGTATGC
F CCAAAGCAGCAGCTGGTGAC F CGTGTGCATCTTCCATAAGC 4-33526
R GGTGTAGCTACTTCCTCCGT
11-15493
R CTAATCACTAGCGTCCGATC
F GTTTGCAGACGACGCACAAG F CTCCATTTGCAGGAATTTCTA 4-35845
R GCTAGACCACTTCCTCCTAC
11-16166
R CCATACATGATTTGATTAATCG
F CGCTGCACTCATCAGAATCCA F CGATCAGCTTGTGAATTTG 5-01649
R CGAGTATCCGTGTTAAATCTATA
11-18431
R GACATCCGGGAGTGTTC
F GTGATGCTATCCAGATCCAT F AAGGTTGACAAGGACAGAAG 5-05356
R CATGGATGGTTGAATAGAGG
11-19435
R TCGCAGGAATGGATAAAA
F GAGAAAGAGTGGAAGGAG F AGTCCTGTCACTAGTCTCACT 5-05910
R AGTATCGTCAGGAGGGTC
11-20616
R CATGCTCTAGTACAGATCTCG
F TTGCGAAGAGTGTTGAAGAC F CTCCAGAAGATTAGACCGACA 5-06757
R CTATGGAGTCACATGTCAGT
11-21356
R AGTGCTGTCATCCCTTAACTG
F GAGACATGATCTGGAGCTTTC F GTGTTCTTCTTGGACTAT 5-07842
R TTTCAAGGAGCTCGATCGAGT
11-21705
R CACCGCTTTATCGCTAC
F ACAACGAGAACAGGATCGAGC F GGACCGATAAATCATAGACCTC 5-08767
R CCCATAGAATCTCAGGATGCT
11-23577
R GGACAAAACCACTTCCGAAACC
F CTCGCTGTTTACTGACTGG F AAGAAAAATATCTATTGAGGAGTG 5-13786
R TTTGATGTACTGCCTGCTCT
11-23987
R GGAGGACCATAAATGACGG
F TTGGACTGGGTATACATCC F CATATGCATCCATGAGAGTC 5-13811
R TTTCCGAGATGGAAGAAGG
11-26937
R TATTTTCTTCCTGGTGCCTC
F GTGGCTCCTTACGACATTAC F AAATTCGGTAGGAGCAGCAT 5-15628
R CGGTGCTCTCATTTCTAAGG
11-28104
R GGGGAACACCACTATCTATTG
F AAGATTGACTTTGGCCGAAG F TTAGGCCAGCACATACAGGT 5-17107
R CCGCTCTTGTCACAATTATC
11-29328
R CCAGATGACACGTGGTATAC
F CAGTGGTGCTACGCAATATAT F TAAGCCCATTAATCACCTCACC 5-18695
R GTGATCTCATAGTTCAGCACT
11-29419
R GAGCAAGCTAGCTATGTCAGTCG
F CCTCTCCTCTTCCATCCTCC F GGAGGCAATGGTAGAACTTCAGG 5-20098
R AGCATCTCCATTTCTCACAC
11-30391
R GGACGGTAGGAGATCCATGTCG
F CGACACCTATGCCATGATCT F CGATGTCAGTTAACTCGCAGT 5-20596
R CGTCATGTCACGATGGTATC
12-00529
R GGAGGTGGTGCTCAAACATT
F CAAGCGATTCATAGCACTGTGC F GGAGCGGCAACTGATCACTT 5-21787
R GAGATAGTACAGCCGTTCGAT
12-01513
R CTGCAAGAGATCGTCCAGCT
F AACGAAACACAGGCATTCACT F GGCTTCTGCAAACCTCTTGTA 5-22539
R GCTATAGCTCCAACTGATAGT
12-02610
R CAGTTTGCACTTCGCAATCACC
F CGAAATGCGAGCCCTAGAAAG F TCTGGCCACATACAGGGGAG 5-23885
R GCAATTATTAGTTCTGCAAACTC
12-03853
R TTGACGTGGCGTTACGTGGTA
F ACAGTCGACACGCATGCATT F TGTTTAGCCACAAGAGTAACG 5-24096
R CGATCGATCATCGGATCATG
12-04414
R AATTCATTGCACACAGGGTTT
F AGCGTGACTTGAGTTCCA F GTACCAATAGATGCTCTTGATG 5-26306
R ATGACTTTCCCACCGTAT
12-05030
R CGCCTGAATCACAAGATGGAA
940 作 物 学 报 第 42卷
(续表 2)
引物名称
Name of primer
序列
Primer sequence (5′−3′)
引物名称
Name of primer
序列
Primer sequence (5′−3′)
F GGTCAATGCATAAGAAATCCT F AATTTCGGTGCAACTAACACTT 5-26830
R TCTCGTCGTTTACATGCCCCAT
12-07621
R CCAACTGAAATTGAAAACCCTG
F GGAAGAAGAGACGAGACGG F TCCCCAAAACAGCACAAGG 5-29446
R TGGAGCCGGACTGACTTAC
12-08155
R AGGATTTGGGCTCTCCTAG
F TGGACAGGAACTCTTTGC F TTGCGGCTTATTCACGGTTC 6-02813
R CAGCAAGTCCCTAGTATC
12-10424
R GAATCCCGTTCCGTTACTAG
F CGTGTATGTCTTCTCAGA F CTGTGTGTGCACAGATAGATG 6-03099
R ATTGGGACTATGTGAGCA
12-10690
R ATTGCGAAGACAAGGGAGTTG
F AAGGGTGAGCTATTTAAGAG F TCTGAAAGGCCAACCGATCA 6-03425
R CTTCCTATGGAGGGAGAT
12-11416
R GCAACCCCAACAATGAGAAC
F ACAATGGGTATGACAGTGG F GAGTGTCACTCTTAGCCAA 6-05278
R TTGTTTTGCCCCTAGCATG
12-14614
R CTCTTGAAGCGGTGCCTCAGT
F CATCACAAGAACCATAGCC F AGCTTGGAAACATGGAGAGG 6-06397
R CCATGAGTGTTGAAATGCC
12-17551
R TCTGATGACATGCACACAGG
F GAGTGAGCACTTACATTCGGT F ATGGACCTCAGGAAACACC 6-07212
R ATCCTCCCTACACAAGGAGT
12-17684
R AGCTCACCGTCTTCGATAC
F TCAGCCACACATTTGGAACC F CTAGAGAATTGATGATGAAGGT 6-07812
R CTGCAAAGGATCTTGATCCG
12-20033
R GCGCATAAGCATGATTAATCTAG
F GTAGCATAGGTATCGGATCTG F TTGACAGCTCCAATGTCCTG 6-08273
R AATGGACGAACTGACGTCATG
12-21416
R TTGATCCTATCGCCAAGGTG
F GAACAGTCATAGCTGCATA F AGCGCAGAATCAGAAC 6-09665
R CATCAAGCCGGACATCTT
12-25864
R CACCCTCTACGATCAT
F TCAGGGGAAATTTCGGTGAT F GTGTCTATTTTCTGTCCTACCT 6-10751
R ATTTCATAACATTTTGGTCTG
12-25922
R TGTCCCTGGTTAATGCTGCT
F GAAAATAGCATGTGGGATTGC F GAGTACTACTATTGGCGCTTC 6-10868
R ACGATGGCATAATCTACATTC
12-26750
R TCACATATTCCCAAACAGGTA
F GCATCTGGAGAGTTGATTG F CCCTCTTGTTTTCTATACACA 6-11111
R AGGTGTGCTAGCCACAA
12-26826
R AACTTGGGAACCCTCCTCTT
F GTCCCTGGTTGAACCGTTAGAA F GTGCTTCTGGTGAACAACTT 6-12502
R GCCATTTCACGAGGTACCAT
12-27420
R CATCGAGCACGTAATCATCTG
F CGCCCTCACACAGGTGTTTG 6-13972
R GGGGCATGGTGTAGTGCGAC
引物名字中“-”前的数字代表染色体序号, 后 5位数字代表该引物在染色体序列上的位置(单位: kb, 依据 NCBI GenBank)
The number in front of - in the primer name represents the chromosome, and the five figures after - represents the location on chro-
mosome. (Unit: kb, based on NCBI GenBank).
3 讨论
水稻不仅是世界上最主要的粮食作物之一 , 也是遗
传学和基因组研究的模式植物。随着分子标记种类的不断
开发, 标记数量的不断增加, 分子标记的应用领域也在不
断拓展。目前分子标记技术除了被广泛应用于基因定位外,
还大量应用于水稻籼、粳分类[10-12], 作物育种[13], 物种进化
关系研究[14], 作物种子纯度鉴定及材料的品种鉴定[15-16]等
诸多领域。在水稻基因定位方面, 由于 InDel 分子标记比
SSR 标记密度更大, 因此应用前景更好。本研究获得 295
对 InDel 标记可以作为以籼、粳(尤其是这 4 种材料)为亲
本的图位克隆分子标记。每条染色体上的标记间隔在
0.7~1.6 Mb之间, 相当于遗传距离约 4~10 cM, 基本上可
以满足初定位的需要。
致谢: 本文中有些标记由本实验室多位研究生提供, 在
此一并致谢。
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撤稿声明
发表于《作物学报》2016年 42卷第 2期第 212–221页肖松华、赵君、刘剑光、吴巧娟、王义琴、储成
才、俞敬忠、喻德跃的“转天麻抗真菌蛋白基因提高棉花对黄萎病抗性”一文应全体作者和作者单位的要求
撤稿。同时，该文在中国知网、万方数据、维普资讯、中国科技论文在线等网络出版平台发布的全文也同
时撤稿, 特此声明。
《作物学报》编辑部