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Characterization of Genes Involved in Gibberellin Metabolism and Signaling Pathway in the Biofuel Plant Jatropha curcas

能源植物小桐子赤霉素合成代谢及信号转导相关基因的鉴定及序列分析



全 文 :能源植物小桐子赤霉素合成代谢及信号转导相关
基因的鉴定及序列分析∗
高聪聪1ꎬ2ꎬ 倪  军1ꎬ3ꎬ 陈茂盛1ꎬ2ꎬ 徐增富1∗∗
(1 中国科学院西双版纳热带植物园热带植物资源可持续利用重点实验室ꎬ 云南 勐腊  666303ꎻ
2 中国科学院大学ꎬ 北京  100049ꎻ 3 中国科学技术大学生命科学学院ꎬ 合肥  230026)
摘要: 赤霉素 (gibberellinꎬ GA) 是一类非常重要的植物激素ꎬ 在植物种子萌发、 茎干伸长、 叶片生长、 腺
毛发育、 花粉成熟、 开花诱导和果实成熟等生长发育过程中都发挥着重要的作用ꎮ GA在一年生草本植物
中可以促进开花ꎬ 而在大多数多年生木本植物中则抑制成花诱导ꎮ 为了更好地研究赤霉素在木本油料能源
植物小桐子 (Jatropha curcas) 开花调控方面的作用机理ꎬ 我们对小桐子整个基因组中参与 GA合成代谢和
信号转导的全部基因进行了鉴定和序列分析ꎮ 这些基因包括 6 个多基因家族编码的蛋白ꎬ 即 GA2 氧化酶
(GA2 ̄oxidaseꎬ GA2ox)、 GA3 氧化酶 ( GA3 ̄oxidaseꎬ GA3ox)、 GA20 氧化酶 ( GA20 ̄oxidaseꎬ GA20ox)、
GID1 (GIBBERELLIN INSENSITIVE DWARF1)、 DELLAs和 F ̄box蛋白ꎬ 以及 2 个单基因编码的蛋白ꎬ EL1
(EARLY FLOWERING1) 和 SPY (SPINDLY)ꎮ 采用拟南芥和水稻中已经鉴定的上述基因编码的蛋白序列
在小桐子基因组序列数据库和本实验的小桐子转录组数据库中进行 BLASTP 分析ꎬ 找到 17 个同源蛋白的
全长序列ꎬ 并将其与 28个拟南芥的、 16个水稻的、 24 个葡萄的和 22 个蓖麻的同源蛋白构建系统发育树
进行比对分析ꎮ 结果表明ꎬ 小桐子中参与赤霉素合成代谢及信号转导的大多数基因与蓖麻和葡萄同源基因
的相似度更高ꎮ
关键词: 赤霉素ꎻ 合成代谢ꎻ 信号转导ꎻ 小桐子ꎻ 系统发育
中图分类号: Q 75              文献标志码: A              文章编号: 2095-0845(2015)02-157-11
Characterization of Genes Involved in Gibberellin Metabolism and
Signaling Pathway in the Biofuel Plant Jatropha curcas
GAO Cong ̄cong1ꎬ2ꎬ NI Jun1ꎬ3ꎬ CHEN Mao ̄sheng1ꎬ2ꎬ XU Zeng ̄fu1∗∗
(1 Laboratory of Tropical Plant Resource Scienceꎬ Xishuangbanna Tropical Botanical Gardenꎬ Chinese Academy of Sciencesꎬ
Menglaꎬ Yunnan 666303ꎬ Chinaꎻ 2 University of Chinese Academy of Sciencesꎬ Beijing 100049ꎬ Chinaꎻ
3 School of Life Sciencesꎬ University of Science and Technology of Chinaꎬ Hefei 230026ꎬ China)
Abstract: Gibberellins (GAs) are essential phytohormones that control many aspects of plant developmentꎬ inclu ̄
ding seed germinationꎬ stem elongationꎬ leaf growthꎬ flowering inductionꎬ development of glandular hairsꎬ and pol ̄
len maturation. Howeverꎬ there are different mechanisms underlying GA ̄regulated flowering in perennial woody
plants and annual herb plants. To facilitate study about the role of GAs in the biofuel plant Jatropha curcasꎬ we iden ̄
tified all genes involved in GA metabolism and signaling pathways. These genes include members of six gene fami ̄
liesꎬ i􀆰 e.ꎬ GA2 ̄oxidase (GA3ox)ꎬ GA3 ̄oxidase (GA3ox)ꎬ GA20 ̄oxidase (GA20ox)ꎬ GA receptor GIBBEREL ̄
LIN INSENSITIVE DWARF1 (GID1)ꎬ DELLA growth inhibitors (DELLAs)ꎬ and F ̄box proteinsꎬ and two single
植 物 分 类 与 资 源 学 报  2015ꎬ 37 (2): 157~167
Plant Diversity and Resources                                    DOI: 10.7677 / ynzwyj201514076

∗∗
基金项目: 云南省高端科技人才引进计划项目 (2009CI123)ꎻ 云南省应用基础研究计划重点项目 (2011FA034) 和中国科学院
“一三五” 专项 (XTBG ̄T02) 的资助
通讯作者: Author for correspondenceꎻ E ̄mail: zfxu@xtbg􀆰 ac􀆰 cn
收稿日期: 2014-05-13ꎬ 2014-07-10接受发表
作者简介: 高聪聪 (1989-) 男ꎬ 硕士研究生ꎬ 主要从事能源植物分子育种研究ꎮ E ̄mail: gao􀆰 cong2011@gmail􀆰 com
genes SPINDLY (SPY) and EARLY FLOWERING1 (EL1). Jatropha homologs of genes from Arabidopsis and rice
(Oryza sativa) were identified by blasting the genome and transcriptome database of Jatropha. Total 17 genes in ̄
volved in GA metabolism and signaling pathway were identified from Jatrophaꎬ and were phylogenetically analyzed
with homologs from Arabidopsisꎬ riceꎬ grape (Vitis vinifera)ꎬ and castor bean (Ricinus communis). Our results
showed that compared to Arabidopsis and riceꎬ protein sequences of genes involved in GA metabolism and signaling
pathways in Jatropha showed a higher similarity to those from castor bean and grape.
Key words: Gibberellinꎻ Metabolismꎻ Phytohormone signalingꎻ Jatropha curcasꎻ Phylogenetic analysis
  赤霉素 (gibberellinsꎬ GAs) 在调控植物生长
发育过程中起着非常重要的作用ꎮ 它影响植株种
子萌发、 茎干伸长、 叶片生长、 腺毛发育、 开花
诱导、 花粉成熟和果实的发育与成熟 (Hauver ̄
male 等ꎬ 2012ꎻ Peter和 Stephenꎬ 2012ꎻ Davière和
Achardꎬ 2013)ꎮ 截至 2013 年ꎬ 在植物和真菌中
已经鉴定出 136种不同结构的 GAsꎬ 其中只有少
数 GAs具有生物活性ꎬ 主要包括 GA1、 GA3、 GA4
和 GA7 (Giacomelli等ꎬ 2013)ꎻ 而许多无活性的
GAs是有活性 GA的前体或者是它们钝化后的形
式 (Peter和 Stephenꎬ 2012)ꎮ
在植物中ꎬ GA1和 GA4通过两种平行的路径
形成ꎬ 即早期 13羟基化和非羟基化途径 (图 1)ꎮ
这两种路径中参与催化形成 GA1和 GA4的关键酶
都是 GA20 氧化酶 (GA20 ̄oxidaseꎬ GA20ox) 和
GA3 氧化酶 (GA3 ̄oxidaseꎬ GA3ox)ꎮ 另外一种
双加氧酶 GA2 氧化酶 (GA2 ̄oxidaseꎬ GA2ox) 则
通过钝化有活性的 GA (见图 1 中虚线框) 调节
GAs在植物体内的含量 (Peter和 Stephenꎬ 2012)ꎮ
GA信号通路的组分主要包括 GA 受体 GIB ̄
BERELLIN INSENSITIVE DWARF1 (GID1)ꎬ DEL ̄
LA蛋白家族成员 (DELLAs) 以及与 DELLA蛋白
降解有关的带有 F ̄box基序的同源蛋白ꎬ 如拟南
芥中的 SLEEPY1 (SLY1)、 SNEEZY (SNE) 和水稻
中的 GIBBERELLIN INSENSITIVE DWARF2 (GID2)
等 (Achard和 Genschikꎬ 2009)ꎮ GA 的信号转导
是通过介导降解 DELLA 蛋白来实现的 (Harb ̄
erdꎬ 2003ꎻ Achard和 Genschikꎬ 2009)ꎮ 在如图 2
所示的拟南芥 (Arabidopsis thaliana) GA 信号转
导的反应模型中ꎬ 具有生物活性的 GA 与 GID1
结合ꎬ 此时 GID1构象发生改变ꎬ 再与 DELLA 结
合ꎬ 形成 GA ̄GID1 ̄DELLA 蛋白复合体ꎬ 并被有
F ̄box蛋白 GID2或者 SLY1 的 SCFSLY1 / GID2复合物
识别并结合ꎬ 这时ꎬ DELLA 将被 26S 蛋白酶体
识别并降解ꎬ DELLA 蛋白的降解使 GA 信号得
以传递ꎬ 促使下游响应 GA 信号的基因大量表
达ꎬ 从而调节植株生长发育 (Davière 和 Achardꎬ
2013)ꎮ SPINDLY (SPY) 是 GA信号转导的负调
图 1  GA1和 GA4在植物中的合成与代谢示意图 (Sakamoto等ꎬ 2004ꎻ Giacomelli等ꎬ 2013)
Fig􀆰 1  Schematic representation of biosynthesis and metabolism of GA1and GA4 in plants
851                                  植 物 分 类 与 资 源 学 报                            第 37卷
图 2  赤霉素信号转导通路 (Sunꎬ 2010ꎻ Davière和 Achardꎬ 2013)
Fig􀆰 2  GA signaling pathway in plants
节子ꎬ 它编码了一个 O ̄乙酰葡糖胺转移酶ꎮ 据
此推测该蛋白可以通过乙酰化修饰而激活 DEL ̄
LA蛋白从而抑制 GA 信号 (Olszewski 等ꎬ 2002ꎻ
Shimada等ꎬ 2006)ꎮ 另外ꎬ 最近在水稻 (Oryza
sativa L.) 中发现了一个 DELLA 蛋白的正调节因
子: EARLY FLOWERING1 (EL1)ꎬ 它可以直接
磷酸化 DELLA 蛋白来调节其活性从而影响 GA
信号 (Dai和 Xueꎬ 2010)ꎮ
研究表明ꎬ GAs的许多已知功能在一年生草
本植物和多年生木本植物中存在差异ꎮ 例如 GA
在拟南芥和毒麦 (Lolium temulentum) 中可以促
进开花 (Wilson 等ꎬ 1992ꎻ Yamaguchi 等ꎬ 2014)ꎬ
而在多数多年生木本植物中则抑制成花诱导
(Wilkie等ꎬ 2008)ꎮ 外施 GA可以促进葡萄 (Vitis
sp.) 卷须的发育ꎬ 抑制花序的形成 (Boss和 Thom ̄
asꎬ 2002)ꎮ 外施 GA能直接抑制芒果 (Mangifera
indica) 的花序形成 (Tongumpai 等ꎬ 1991)ꎬ 并
且外施 GA 可以提高玫瑰开花抑制基因 RoKSN
转录本的积累并抑制开花 (Randoux 等ꎬ 2012)ꎮ
在柑橘属植物中外施 GA也可以通过降低开花相
关基因的表达ꎬ 抑制其开花ꎻ 而喷施 GA合成抑
制剂多效唑 ( paclobutrazolꎬ PAC) 则促进开花
(Winstonꎬ 1992ꎻ Muñoz ̄Fambuena 等ꎬ 2012ꎻ Gold ̄
berg ̄Moeller 等ꎬ 2013)ꎮ 基于 GA 相关的突变体
研究ꎬ 拟南芥和水稻等模式植物 GA的合成与信
号转导方面的机理研究已经比较深入ꎬ 而对于多
年生木本植物ꎬ 则知之甚少ꎮ
小桐子 (Jatropha curcas L.) 属于大戟科 (Eu ̄
phorbiaceae) 麻疯树属 (Jatropha)ꎬ 是一种多年生
落叶灌木或小乔木ꎬ 原产于美洲热带地区 (Cano ̄
Asseleihꎬ 1986)ꎬ 现广泛分布于非洲、 亚洲的热
带和亚热带地区ꎮ 小桐子种子含油率高达 40%ꎬ
利用其种子油加工生产的生物燃油接近于化石燃
油ꎬ 被公认为是最有发展潜力的能源植物之一
(Fairlessꎬ 2007ꎻ Makkar和 Beckerꎬ 2009)ꎮ 小桐
子是二倍体植物ꎬ 有 22 条染色体ꎬ 基因组大小
约为 416 Mb (Carvalho 等ꎬ 2008)ꎮ 目前ꎬ 小桐
子基因组 (Sato 等ꎬ 2011) 和转录组 (Costa 等ꎬ
2010ꎻ Wang等ꎬ 2013) 的测序结果已经公布ꎮ
为了与小桐子进行比较ꎬ 我们选取了其它 4
种具有全基因组序列信息的模式植物ꎬ 即一年生
草本植物拟南芥和水稻ꎬ 多年生木质藤本植物葡
萄 (Vitis vinifera L.)ꎬ 以及与小桐子同为大戟科
植物的蓖麻 (Ricinus communis L.)ꎮ 拟南芥是高
等植物中基因组最小的的植物之一ꎬ 其二倍体
(n=5) 基因组大小约为 157Mb (Bennett等ꎬ 2003)ꎻ
9512期          高聪聪等: 能源植物小桐子赤霉素合成代谢及信号转导相关基因的鉴定及序列分析             
拟南芥的全基因组测序工作于 2000年完成 (Kaul
等ꎬ 2000)ꎬ 它是植物界第一个基因组被完整测
序的物种ꎮ 水稻是二倍体植物 (n = 14)ꎬ 基因组
大小约为 389 Mbꎬ 其精细图的测定于 2005 年完
成 (Matsumoto等ꎬ 2005)ꎮ 葡萄是一种二倍体植
物 (2n= 38)ꎬ 基因组大小约为 475 Mbꎬ 其基因
组在 2007 年被测序完成 (Jaillon 等ꎬ 2007)ꎮ 蓖
麻是一种二倍体植物 (n= 10)ꎬ 其基因组大小约
为 350 Mbꎬ 基因组草图的测序于 2010 年完成
(Chan等ꎬ 2010)ꎮ
现有研究结果表明ꎬ GAs对小桐子生殖生长
方面有重要作用ꎮ 对花芽喷施外源 GA3能够诱导
小桐子产生两性花 (皮雪静等ꎬ 2013)ꎬ 提高小
桐子的雌花数目 (Makwana 等ꎬ 2010)ꎮ 利用 GAs
合成抑制剂多效唑 (PAC) 处理小桐子ꎬ 能够提
高单个花序的总花数和果实数量 (Ghosh等ꎬ 2010ꎬ
2011ꎻ 宋娟等ꎬ 2013)ꎮ 然而ꎬ 目前还没有关于
小桐子 GA代谢和信号转导途径相关基因研究的
报道ꎮ
为了更好地研究小桐子中的 GA代谢和信号
转导路径ꎬ 我们利用已发表的小桐子基因组 (Sato
等ꎬ 2011ꎻ Hirakawa 等ꎬ 2012) 和转录组序列以
及我们自己获得的小桐子转录组测序数据ꎬ 初步
对多年生小桐子的 GA合成代谢与信号转导途径
相关的基因进行了鉴定和序列分析ꎬ 同时与拟南
芥、 水稻、 葡萄和蓖麻 4种植物的同源基因进行
了比较分析ꎮ 本研究中我们共鉴定分析了 17 个
小桐子基因、 24个葡萄基因、 28个拟南芥基因、
16个水稻基因以及 22 个蓖麻基因ꎮ 通过构建这
些基因的系统发育树ꎬ 我们比较了小桐子、 拟南
芥、 水稻、 葡萄和蓖麻的赤霉素代谢与信号转导
相关基因的进化关系ꎮ
1  材料和方法
1􀆰 1  同源基因的获得和序列比对
从 NCBI、 TAIR、 植物基因组数据库 (http: / / www􀆰
phytozome􀆰 net / )ꎬ 小桐子基因组数据库 (http: / / www􀆰
kazusa􀆰 or􀆰 jp / jatropha / ) 和本实验室的小桐子转录组数据
库中下载相应 GA合成代谢与信号转导相关基因的氨基
酸序列ꎬ 利用 ClustalX 程序进行比对分析ꎮ 葡萄中部分
基因序列来自最新的文献报道 (Giacomelli等ꎬ 2013)ꎮ
1􀆰 2  系统发育树构建
利用MEGA 5􀆰 0软件 (http: / / www􀆰megasoftware􀆰net / )ꎬ
用最大似然法 (maximum likelihood) 构建系统发育树
(Immanen等ꎬ 2013)ꎬ 并用 Bootstrap方法进行检验ꎮ
2  结果与分析
为了比较分析小桐子与拟南芥、 水稻、 葡萄
和蓖麻赤霉素合成代谢和信号路径的蛋白序列ꎬ
我们分析了参与赤霉素合成代谢和信号转导过程
中的 8类主要基因ꎬ 包括 6个基因家族的编码蛋
白: GA20ox、 GA3ox、 GA2ox、 GID1、 DELLAs
和 F ̄box相关蛋白ꎻ 2 个单基因编码的蛋白 EL1
和 SPY (Robertson 等ꎬ 1998ꎻ Shimada 等ꎬ 2006ꎻ
Zentella等ꎬ 2007ꎻ Dai 和 Xueꎬ 2010ꎻ Hauvermale
等ꎬ 2012ꎻ Davière和 Achardꎬ 2013) (表 1)ꎮ 利
用拟南芥和水稻中已经鉴定的上述基因蛋白序列
在小桐子数据库中进行比对ꎬ 找到其同源基因的
蛋白序列ꎬ 然后利用构建系统发育树对这 8类主
要基因的蛋白序列同源性进行对比分析ꎮ
2􀆰 1  GA合成酶 GA20ox
GA20ox催化合成具有生物活性的赤霉素的
倒数第二步 (图 1)ꎬ 它由一个小基因家族编码ꎬ
不同物种里有共有的保守基序 (motif)ꎬ 如与 2 ̄
酮戊二酸结合有关的保守序列 NYYPXCQKP、 H
和 D 残基、 与 GA 底物结合有关的 LPWKET 基
元等 (Xu 等ꎬ 1995)ꎮ 通过蛋白序列同源比对ꎬ
我们从小桐子基因组文库中找到 3 个 GA20ox 成
员ꎬ 分别将其命名为 JcGA20ox1、 JcGA20ox3A 和
JcGA20ox3Bꎬ 它们与拟南芥的同源基因蛋白序列
相似性分别达到 63%、 65%和 56%ꎮ 分析发现ꎬ
GA20ox 基因家族在葡萄和蓖麻基因组中各有 6
个成员ꎬ 在水稻和拟南芥基因组中分别有 4 个和
5个成员 (表 1)ꎮ 系统进化树显示ꎬ 这 4个物种
中各成员都比较保守 (图 3)ꎮ
2􀆰 2  GA合成酶 GA3ox
GA3ox 是催化合成 GA1和 GA4的最后一步
(图 1)ꎬ 由一个小基因家族所编码 ( Williams
等ꎬ 1998ꎻ Mitchum 等ꎬ 2006)ꎮ GA3ox 在不同物
种中保守性较低ꎬ 但都含有几个重要的基序ꎬ 如
Met ̄Trp ̄X ̄Glu ̄Gly ̄Phe ̄Thr 序列ꎬ 与离子结合的
组氨酸和天冬氨酸残基ꎬ 以及与 2 ̄酮戊二酸的
结合区ꎮ 通过蛋白同源比对ꎬ 我们从小桐子基因
组文库中找到了 2个成员ꎬ 根据与拟南芥的同源
基因相似度分别命名为 JcGA3ox1和 JcGA3ox2ꎬ
061                                  植 物 分 类 与 资 源 学 报                            第 37卷
书书书
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它们与拟南芥的同源基因相似度分别为 62%和
44%ꎮ 该基因家族在葡萄基因组中有 3 个成员ꎬ
在水稻中有 2个ꎬ 在拟南芥和蓖麻中都有 4个成
员 (表 1)ꎮ 如图 4 所示的系统发育树显示ꎬ 小
桐子与蓖麻和葡萄的基因更加近缘ꎮ
图 3  小桐子、 拟南芥、 水稻、 葡萄和蓖麻
GA20ox蛋白序列系统进化树
Fig􀆰 3  Phylogenetic analysis of the GA20ox family members in
Jatropha curcas (Jc)ꎬ Arabidopsis thaliana (At)ꎬ Oryza sativa
(Os)ꎬ Vitis vinifera (Vv)ꎬ and Ricinus communis (Rc)
2􀆰 3  GA降解酶 GA2ox
GA2ox是 GA降解代谢的关键酶ꎬ 也是由小
基因家族编码的ꎬ 通过对体内具有生物活性的
GAs及其前体和其他中间产物进行分解失活 (图
1)ꎬ 从而维持植物体内具有生物活性的 GAs和中
间体之间的平衡 (Thomas 等ꎬ 1999)ꎮ 通过蛋白
同源比对ꎬ 我们从小桐子基因组文库中找到了 5
个 GA2ox成员ꎬ 与拟南芥的同源基因相似度分
别达到 67%、 60%、 60%、 47%和 58%ꎬ 分别命
名为 JcGA2ox2、 JcGA2ox4、 JcGA2ox6、 JcGA2ox7
和 JcGA2ox8ꎮ GA2ox 基因家族在水稻基因组中
有 4个成员ꎬ 拟南芥基因组中有 7个成员ꎬ 葡萄
基因组有 8个成员ꎬ 蓖麻基因组中只有 3个成员
(表 1)ꎮ GA2ox蛋白系统发育树如图 5所示ꎮ
图 4  小桐子、 拟南芥、 水稻、 葡萄和蓖麻的
GA3ox蛋白序列系统进化树
Fig􀆰 4  Phylogenetic analysis of the GA3ox family members in
Jatropha curcas (Jc)ꎬ Arabidopsis thaliana (At)ꎬ Oryza sativa
(Os)ꎬ Vitis vinifera (Vv)ꎬ and Ricinus communis (Rc)
图 5  小桐子、 拟南芥、 水稻、 葡萄和蓖麻
GA2ox蛋白序列系统进化树
Fig􀆰 5  Phylogenetic analysis of the GA2ox family members in
Jatropha curcas (Jc)ꎬ Arabidopsis thaliana (At)ꎬ Oryza sativa
(Os)ꎬ Vitis vinifera (Vv)ꎬ and Ricinus communis (Rc)
3612期          高聪聪等: 能源植物小桐子赤霉素合成代谢及信号转导相关基因的鉴定及序列分析             
2􀆰 4  GA受体 GID1
GID1是一种可溶性的核定位的赤霉素受体
(Tyler 等ꎬ 2004ꎻ Ueguchi ̄Tanaka 等ꎬ 2005)ꎬ 具
有保守的 HSL 框 HCG 和 GXSXG ( Østerlundꎬ
2001)ꎮ 晶体结构显示ꎬ GID1包含一个赤霉素结
合口袋和一个自由伸缩的延长的 N ̄端 (N ̄Exꎬ
见图 2) (Shimada 等ꎬ 2008)ꎮ 当有生物活性的
GA结合到 GID1 上后ꎬ 使得 GID1 构象发生变
化ꎬ 延长的 N ̄端将口袋闭合ꎬ 然后与 DELLA 蛋
白的两个区域 DELLA / VHYNP 相互作用ꎬ 形成
GA ̄GID1 ̄DELLA复合体 (Willige 等ꎬ 2007)ꎮ 水
稻基因组中只有 1 个 GID1 基因ꎬ 拟南芥基因组
中则有 3 个功能重叠的同源物 (AtGID1ꎬ AtGID1B
和 AtGID1C) (Nakajima 等ꎬ 2006)ꎮ 葡萄和蓖麻
基因组中都有 2个同源基因 (VvGID1Aꎬ VvGID1Bꎬ
RcGID1A和 RcGID1B)ꎮ 利用拟南芥 GID1蛋白序
列ꎬ 通过蛋白同源比对ꎬ 我们从小桐子基因组文
库中找到了 2 个成员ꎬ 将其分别命名为 JcGID1A
和 JcGID1Bꎮ 它们与拟南芥的同源蛋白相似度分
别达到 84%和 80%ꎮ GID1 蛋白系统发育树如图
6所示ꎮ
图 6  小桐子、 拟南芥、 水稻、 葡萄和蓖麻 GID1
蛋白序列系统进化树
Fig􀆰 6  Phylogenetic analysis of the GID1 family members in
Jatropha curcas (Jc)ꎬ Arabidopsis thaliana (At)ꎬ Oryza sativa
(Os)ꎬ Vitis vinifera (Vv)ꎬ and Ricinus communis (Rc)
2􀆰 5  GA信号转导的负调控因子 DELLA蛋白
DELLA 蛋白是植物特异性的转录调节子 GRAS
家族的亚单位ꎬ 是植物细胞内 GA信号最重要的
抑制因子 (Zentella等ꎬ 2007ꎻ Achard和 Genschikꎬ
2009ꎻ Sunꎬ 2010)ꎮ DELLA蛋白的 C ̄端含有一个
参与转录调节的 GRAS结构域ꎬ 包括 2个重复亮
氨酸基序 (LHRI 和 LHRII) 和 3 个保守的 VHI ̄
ID、 PFYRE 和 SAW 基序 (Bolleꎬ 2004)ꎮ 与其
他 GRAS家族不同的是ꎬ DELLA 蛋白的 N ̄端含
有 2个保守的结构域: 由天冬氨酸、 谷氨酸、 亮
氨酸ꎬ 亮氨酸和丙氨酸构成的 “DELLA 区域”
和 TVHYNP 结构域 (Hauvermale 等ꎬ 2012)ꎬ 如
图 7 所示ꎮ DELLA 蛋白在不同的植物中高度保
守ꎮ 拟南芥基因组中有 5 个 DELLA 蛋白 (GA ̄
INSENSITIVEꎬ GAIꎻ REPRESSOR OF GA1 ̄3ꎬ RGAꎻ
RGA ̄LIKE 1ꎬ RGL1ꎻ RGA ̄LIKE 2ꎬ RGL2ꎻ RGA ̄
LIKE 3ꎬ RGL3) ( Tyler 等ꎬ 2004)ꎮ 水稻只有 1
个: SLR1ꎬ 葡萄中有 2 个: RGA 和 GAIꎬ 蓖麻
有 3 个: GAI、 GAI1 和 GAP ̄Bꎮ 通过蛋白同源
比较ꎬ 我们从小桐子基因组文库中找到了 2个成
员ꎬ 根据与拟南芥 DELLA 蛋白成员的相似度高
低ꎬ 我们将其分别命名为 JcGAI和 JcRGAꎮ 它们
与拟南芥的同源蛋白相似度分别达到 60%和
69%ꎮ 系统发育树如图 7所示ꎮ
图 7  小桐子、 拟南芥、 水稻、 葡萄和蓖麻 DELLAs
蛋白氨基酸序列系统进化树
Fig􀆰 7  Phylogenetic analysis of the DELLA family members in
Jatropha curcas (Jc)ꎬ Arabidopsis thaliana (At)ꎬ Oryza sativa
(Os)ꎬ Vitis vinifera (Vv)ꎬ and Ricinus communis (Rc)
2􀆰 6  GA信号转导的正调控因子 F ̄box蛋白
F ̄box蛋白是 E3 泛素连接酶 SCF 复合体的
一个亚基ꎬ 它决定了底物识别的特异性 (Zentella
等ꎬ 2007)ꎮ 当形成 GA ̄GID1 ̄DELLA 复合体时ꎬ
SCF就能结合到 GRAS 区域上ꎬ 一旦被 SCF 结
合ꎬ DELLA 将被 26S 复合体识别并降解 DELLA
蛋白使 GA早期反应基因得以表达ꎮ 水稻中编码
该类型 F ̄box 蛋白的基因被叫做 GID2ꎬ 拟南芥
461                                  植 物 分 类 与 资 源 学 报                            第 37卷
基因组中有 2 个同源物 (AtSLY1 和 AtSLY2)ꎬ 葡
萄中有 3个同源蛋白 (GID2 ̄like1、 GID2 ̄like2和
SNE ̄like)ꎬ 蓖麻基因组中有 2个同源基因 (GID2
和 SNE)ꎮ 通过蛋白比对ꎬ 我们从小桐子基因组
文库中找到了 1 个成员ꎬ 它与拟南芥 AtSLY1 的
相似度为 57%ꎬ 我们将其命名为 JcSLY1ꎮ F ̄box
蛋白系统发育树如图 8所示ꎮ
图 8  小桐子、 拟南芥、 水稻、 葡萄和蓖麻
F ̄box蛋白系统进化树
Fig􀆰 8  Phylogenetic analysis of the F ̄box protein family members in
Jatropha curcas (Jc)ꎬ Arabidopsis thaliana (At)ꎬ Oryza sativa
(Os)ꎬ Vitis vinifera (Vv)ꎬ and Ricinus communis (Rc)
2􀆰 7  GA信号转导的负调控因子 SPINDLY
拟南芥和水稻中的 SPLNDLY (SPY) 编码了
1个 O ̄乙酰葡萄糖胺转移酶ꎬ 可以对 DELLA 蛋
白进行 N ̄乙酰氨基葡萄糖胺修饰ꎬ 从而激活
DELLA蛋白ꎬ 是一种 GA 信号转导的负调控因
子 (Swain 等ꎬ 2001)ꎮ 我们利用拟南芥 AtSPY氨
基酸序列进行同源比对ꎬ 从小桐子基因组文库中
找到了其同源蛋白 (JcSPY)ꎬ 它们之间的相似度
达到 81%ꎮ 在水稻、 葡萄和蓖麻基因组中也分别
发现了其同源基因 (OsSPYꎬ VvSPY1 和 RcSPY)ꎮ
SPY蛋白系统发育树如图 9所示ꎮ
图 9  小桐子、 水稻、 葡萄、 拟南芥和蓖麻 SPY
蛋白序列系统进化树
Fig􀆰 9  Phylogenetic analysis of the SPY protein family members in
Jatropha curcas (Jc)ꎬ Arabidopsis thaliana (At)ꎬ Oryza sativa
(Os)ꎬ Vitis vinifera (Vv)ꎬ and Ricinus communis (Rc)
2􀆰 8  GA信号转导的负调控因子EARLY FLOW ̄
ERING 1
近年来研究发现ꎬ 水稻中 EARLY FLOWER ̄
ING11 (EL1) 基因编码的一种 DELLA 蛋白的正
调节因子丝氨酸 /苏氨酸蛋白酪蛋白激酶 1ꎬ 通
过对 DELLA SLR1 进行磷酸化可以调节其活性
(Dai和 Xueꎬ 2010)ꎮ 通过蛋白同源比对ꎬ 利用
拟南芥 AtEL1 蛋白序列我们从小桐子基因组文
库中找到了同源蛋白 (JcEL1)ꎬ 相似度为 59%ꎬ
在水稻、 葡萄和蓖麻基因组中也分别发现了其同
源基因 (OsEL1、 VvEL1 和 RcEL1)ꎮ EL1 蛋白系
统发育树如图 10所示ꎮ
图 10  小桐子、 拟南芥、 水稻、 葡萄和蓖麻 EL1
蛋白序列系统进化树
Fig􀆰 10  Phylogenetic analysis of the EL1 protein family members in
Jatropha curcas (Jc)ꎬ Arabidopsis thaliana (At)ꎬ Oryza sativa
(Os)ꎬ Vitis vinifera (Vv)ꎬ and Ricinus communis (Rc)
3  讨论
已有的研究结果显示ꎬ GAs在小桐子的生殖
生长方面起着重要作用 (Ghosh 等ꎬ 2010ꎻ Mak ̄
wana等ꎬ 2010ꎻ Ghosh 等ꎬ 2011ꎻ 皮雪静等ꎬ 2013ꎻ
宋娟等ꎬ 2013)ꎬ 但是在小桐子中ꎬ 有关赤霉素
合成代谢和信号转导的相关基因研究还未见报
道ꎮ 我们对小桐子中参与 GA合成代谢和信号转
导的 8类主要基因进行了系统的鉴定ꎬ 并与两种
模式植物拟南芥和水稻ꎬ 以及两种多年生植物葡
萄和蓖麻中的同源基因蛋白序列进行了比对分
析ꎮ 结果表明ꎬ 在小桐子中ꎬ 参与 GA代谢与信
号转导的基因成员数量比拟南芥、 葡萄和蓖麻
少ꎬ 但比水稻多ꎮ 系统发育分析表明ꎬ 小桐子的
大多数 GA合成代谢和信号转导基因与蓖麻和葡
萄的同源基因相似性更高ꎮ
赤霉素信号转导模式的建立主要是通过拟南
芥和水稻等模式植物中有关 GAI / RGA 蛋白的研
究及其与上下游作用因子蛋白的相互作用获得
的ꎮ 拟南芥 DELLA蛋白有 5个成员ꎬ GAI和 RGA
5612期          高聪聪等: 能源植物小桐子赤霉素合成代谢及信号转导相关基因的鉴定及序列分析             
抑制植物的营养生长与开花诱导 (Dill 和 Sunꎬ
2001)ꎬ RGL1和 RGL2则分别在控制花芽分化和
花发育过程中发挥着重要作用 (Cheng 等ꎬ 2004ꎻ
Tyler等ꎬ 2004)ꎬ 而 RGL3 参与拟南芥对胁迫的
反应 (Wild等ꎬ 2012)ꎮ 最近ꎬ Yamaguchi等 (2014)
研究发现 GA促进拟南芥从营养生长向生殖生长
的转变ꎬ 但抑制花的形成ꎮ 这些由模式植物所建
立起来的作用模型ꎬ 为研究包括小桐子在内的多
年生木本植物中 DELLA 蛋白各成员在生长发育
调控方面的作用提供了重要基础ꎮ 本研究中我们
在小桐子基因组数据库中鉴定到与水稻 EL1 同
源的基因 JcEL1ꎬ 水稻失去 EL1 功能的突变体表
现出 GA的高度敏感性并导致了提前开花 (Cano ̄
Asseleihꎬ 1986ꎻ Hauvermale 等ꎬ 2012)ꎮ EL1 类
蛋白作为 GA信号转导的负调控因子对多年生的
小桐子开花调控可能也具有重要的作用ꎮ 本研究
所鉴定的参与小桐子 GA合成代谢与信号转导途
径相关的 8 类 17 个基因为进一步研究 GA 调控
小桐子开花的作用机理奠定基础ꎮ
〔参  考  文  献〕
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