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云南灯盏花遗传变异的RAPD分析



全 文 :云南灯盏花遗传变异的 !#$分析!
周利杰!,李南高,虞 泓!,#!!,张时刚#
(! 云南大学生命科学学院生态学实验室,云南 昆明 $%&&’!;# 云南英茂生物技术实验室,
云南 昆明 $%&!&$; 昆明制药集团有限公司,云南 昆明 $%&!&&)
摘要:运用 ()*+(,-./01 -1234546/ 203710,2849 +:))技术对云南灯盏花(!#$%&’ (%)#*+,-.*)
$个居群进行分析,研究其遗传变异及遗传结构,用外类群紫菀对比分析其亲缘关系。随机
挑选 !$个引物在 $个居群中共产生 #条 +:)片段,其中 !’#条带具有遗传多态性,约占
;#<=&>。多态位点百分比 **?、等位基因数 )、有效等位基因数 )6、:64’@基因多样性指数
A和 B8-..0.多样性指数 C在物种水平分别为 ;#<=&>、!<;#=&、!<&&%、&群的平均值分别为 %=<#>、!<%=&!、!<#$’!、&基因分化系数 E@F值为 &<=$&,有 $%<=&>的变异来自居群内,$个居群的遗传一致度较高,
在 &<’&D G &<’D#之间,平均为 &<’=!&。利用 H*EI)对 $居群聚类分析,结果表明:丘北
居群(J?)和文山居群(JK)亲缘关系最近,小哨居群(J)和新平居群(J))次之,丘
北居群(J?)和腾冲居群(L))亲缘关系最远。遗传关系与各居群地理分布区间的距离大
致成正相关。
关键词:灯盏花;()*+;遗传多态性
中图分类号:M ’= 文献标识码:) 文章编号:&#% N #D&&(#&&%)&! N &&%’ N &D
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云 南 植 物 研 究 #&&%,89(!):%’ G $%
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!
!! 通讯作者:虞泓,教授,博士生导师。\63:(&;D!)D’#!;=,]-[:(&;D!)D’#%D$,^ N 1-43:54@86,_ 7.4.103< 901
收稿日期:#&& N !! N !=,#&&= N &D N #D接受发表
作者简介:周利杰(!’D; N)女,吉林人,在读硕士研究生,研究方向植物遗传与进化。
基金项目:昆明制药集团资助项目;云南大学省级生物技术人才培养基地资助项目
!#$%&,’() !*!+# ,-./-0123-45,’() ’1 /6/74’126( 4-3-4 8-,- 6( ’3-,’9- :;+*<,#:;!#,#+&%#,
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16 !%=+* ’() ’3-,’92(9 !%;#!> D( ’(’45.2. 6B & /6/74’126(. 7.2(9 EF?GD .A68-) 1A’1,1A-,- 8’. 1A-
046.-.1 ,-4’126(.A2/ H-18--( I27H-2(JK)/6/74’126( ’() L-(.A’((JM)/6/74’126(,1A-( H-18--( M2N
’6.A’6(J)’() M2/2(9(JD)/6/74’126(.,’() 1A- 4’.1 H-18--( L-(.A’((JM)/6/74’126( ’() C-(9N
0A6(9(OD)/6/74’126(> CA- 9-(-120 )2.1’(0- 2. ’4@6.1 /6.2123-45 ,-4’1-) 16 1A- ./’12’4 6, 9-69,’/A20’4 )2.N
1’(0- H-18--( 1A- /6/74’126(.>
!# $%&’(:!#$%&’ (%)#*+,-.*;PDFQ;?-(-120 3’,2’126(
灯盏花学名短葶飞蓬 !#$%&’ (%)#*+,-.*(R’(1 >)S’()> NG’TT,为菊科紫菀族 C,2H > D.N
1-,-’- U’.. > 飞蓬属 !#$%&’ 植物,俗名为灯盏花、灯盏细辛、灯盏草、灯顶草、地朝阳、
东菊、双葵花等(李三无等,#%%%),产于湖南,广西,贵州,云南,西藏等省区,常见
于海拔 # +!! V * :!! @的中山和亚高山开旷山坡,草地林缘(林!和陈艺林,#%$:),为民
间常用的中草药,全草入药,具散寒解表、祛风除湿、活络止痛的作用(赵新杰和夏华
玲,+!!+)。主治小儿疳积、小儿麻痹症后遗症和脑炎后遗瘫痪等症(林!和陈艺林,
#%$:)。临床用于治疗脑血栓形成,脑血栓等脑血管以外所致完全性及不完全性瘫痪。对
冠心病心绞痛(孔繁钰,+!!!)、高粘滞血症等都有一定疗效(赵锦国和张爱英,+!!!)。
作为一种药用植物,目前对它的研究,主要是有效化学成分的提取,分离,鉴定,药
理研究及临床应用,对其化学组成已经有了比较全面的研究,但其药理作用的研究还不够
完善(刘宏等,+!!+)。此外在生理生态学(苏文华等,+!!#’,H)、人工栽培(俞宏渊等,
+!!+)、核型分析(冯定霞等,+!!+)等方面均有相关报道。但一直以来,关于灯盏花遗
传多样性及其遗传结构研究报道较少,仅见冯定霞等(+!!+)利用同工酶技术的研究报
道。分子水平的研究工作至今还没有开展,由于同工酶检测的是基因后的产物,会受到生
物发育阶段及环境条件等诸多因素的影响,而且所反映的遗传信息量较少,容易造成实验
数据的偏低(李太武等,+!!*),为得到高信息量的遗传信息数据,开展 QWD分子水平的
研究工作极为必要。PDFQ技术自 L2442’@.等(#%%!)创立以来,由于其灵敏、方便、多
态性高等优点,被广泛用于多种动植物的系统进化、种质鉴定、群体遗传变异分析、目标
性状基因的分子标记以及遗传图谱的快速构建等领域、尤其用于近缘种及种下水平的群体
遗传研究(张娟等,+!!*)。本文试图利用 PDFQ分子标记技术,开展灯盏花居群遗传多
样性和遗传结构分析,为灯盏花药用植物保护、引种驯化、遗传育种、繁育栽培和 ?DF
种植提供理论依据和方法措施。同时,对灯盏花药材、?DF种植优良品种进行 QWD分子
标记,为建立灯盏花 QWD指纹图谱奠定基础。
) 材料和方法
)*) 材料来源
研究材料来源见表 #,实验材料于 +!!#年引种至昆明官渡区小哨乡白汉场英茂实验室基地(海拔 + #!!
@),按照采样地点暂定为 &个居群。
)*+ 研究方法
!& 云 南 植 物 研 究 +=卷
表 ! 灯盏花居群及其外类群的材料来源
!#$% & ’()*)+, -. /-/0$1)-+, -. !#$%&’ (%)#*+,-.* +2 -01*(-0/
3/%4)%, 5-/0$1)-+ 6-7 ’()*)+ 8$1)102%9: ;#)11
!#$%&’ (%)#*+,-.* < 昆明市小哨 = &>> 林中空地
!#$%&’ (%)#*+,-.* <8 新平县水塘 & ?@> 灌丛缓坡
!#$%&’ (%)#*+,-.* > 灌丛缓坡
!#$%&’ (%)#*+,-.* > 灌丛缓坡
!#$%&’ (%)#*+,-.* 松林边缘向阳缓坡
!#$%&’ (%)#*+,-.* E8 腾冲县马站 & BD> 火山口附近
/*0% 1#2,3,#+.* EF 禄劝县轿子雪山 = G>> 草地
&H=H& 总 I68提取
每株取约 >H@ * 新鲜叶片,用修改后的 J!8A法(邹喻苹等,=>>&)提取总 I68。将总 I68 用含
>H@K的溴化乙锭(%1L)2)0: #(-:)2% MA)的 &K的琼脂糖凝胶(*(-,% *%$)电泳检测,用 =@ +*,@> +*,?@
+*,&>> +*的!I68作为半定量标准。模板 I68的工作浓度为 &> +*9$。
&H=H= N85I扩增反应及检测
从 O居群中随机选取两个个体的 I68样品进行预备实验,选出有条带的引物,再从每个居群中各选
择两个个体进行进一步的筛选,共筛选出 &O 个能够获得清晰条带、重复性好、反应稳定的随机引物
(上海 3+*-+合成 ’5MN’6公司序列,引物名称序列见表 =)。
表 #$%&引物序号与序列
!#$% = P),1 -. /():%(, +2 1L% ,%Q0%+4%, -. 26!
!!!
5, )+ N85I
5():%( 3%Q0%+4%(@,RST) 5():%( 3%Q0%+4%(@,RST!! )
!!3@ !UJUJJJ!JJ 3BS J!J!JJUJJ8
!!3&D JJ8J8UJ8U! 3&=& 8JUU8!JJ!U
!!3=B UUU!88JUJJ 3&SG !UJ!UJ8UU!
!!3G? !!UUJ8JUUU 3&@B 8JUUJU!8!U
!!3GD U!U!UJJJJ8 3=S@ J8U!UJJUU!
!!3@@ J8!JJU!UJ! 3S?= !UUJJJ!J8J
!!3O? U!JJJU8JU8 3GGO JJ8JUUU88U
3D= UUJ8J!U8UU 3GOG U!U!J!J8UU
反应体系总体积为 =@$:!Q酶(>H@ V9$)
(5(-:*(公司)=$,&> W A0..%( =H@$,=@ ::-$9P
X*J$= =$,=H@ ::-$9P 26!5,(5(-:*( 公司)=
$,引物(SS +*9$)=$,模板 I68(&> +*9$)=
$,22 ;=’ &=H@$,最后加一滴石蜡油防止蒸发。
对照加入除去模板 I68以外的上述各成分,用双
蒸水代替总 I68。
5JN扩增程序:使用 5M公司 5MB?>>5JN仪。
预变性 BGY @ :)+;BGY S> ,,?=Y & :)+,循环 &G
次;BGY S> ,,G>Y & :)+,循环 =O次;?=Y继续
延伸 ? :)+。GY无限循环。扩增产物用 >H@*9:$ MA的 =K琼脂糖凝胶(*(-,% *%$)电泳,电泳缓冲液为
& W !AM,电压 D@ Z,B> [ &=> :)+后,使用 \-2] ):*% ,11)-+ GG>J^凝胶成像系统对 N85I谱带进行凝胶
成像。图 =为 N85I的指纹图谱。
&H=HS 数据分析
N85I是显性标记,电泳图谱的每一条带记为一个位点,只记录清晰可辨认的条带,同一引物扩增
产物中电泳迁移率一条带被认为具有同源性,属于同一位点的产物并按扩增阳性“&”扩增阴性“>”带
谱缺失记“ 7”形成 >9&矩阵图输入计算机,作为外类群的 EF居群与其它研究居群在相同条件下进行实
验,并同时进行数据统计。应用 5’5UM6MS=计算出各居群的多态条带比率(55A),3L++-+多样性指数
(_),等位基因数(8)平均有效等位基因数(8%),遗传多样性指数(;)以及基因分化系数(U,1)等。
形成 N85I表型数据矩阵,用非加权配对算术平均法 V5XU8(0/ ‘%)*L1%2 /)( *(-0/ :%1L-2 0,)+* ()1L:%1)4
a%(*% :%1L-2)进行聚类分析,建立居群间的亲缘关系树图(图 &)。
结果与分析
’! 遗传多样性
&O&期 周利杰等:云南灯盏花遗传变异的 N85I分析
图 ! 个居群的 #$%多态性聚类分析树图型(&’()%)
*+,- ! #./012,134 25 627842169+: #$%; 25 626<3;=+2/;
!>个引物在灯盏花的 > 个居群中共
扩增出 ?@@ 条带,其中 !A? 条具有多态
性。总 的 多 态 条 带 比 率( ’’B)为
C?DEFG,平均每个引物扩增出 !EDH 条
带。进一步比较居群间的 ’’B 值,各居
群的 ’’B 分别为:小哨(I)H>D?CG,
新 平 ( I%) E?DHFG, 丘 北 ( IB)
HHDEAG,丽 江( IJ) >!DA>G,腾 冲
(J%)HEDFG。结果显示在灯盏花种下
水平的 >个居群中 IJ的多态位最高,I%
的最低。居群的平均多态位为 HED?@G,
居群间的多态位 C?DEFG,灯盏花的遗传
多样性较丰富(表 @)。
表 ! 灯盏花 居群的遗传多样性
K3L7. @ )./.=+: 0+M.1;+=8 25 > 626<73=+2/; 25 !#$%&’ (%)#*+,-.*
’26<73=+2/ N31+.=8 B3/0; ’B ’’BOG % %. P Q
I ?F !C@ !F@ H>D?C !DH>?C !D?>E! FD!>!E FD?EAC
I% !? !>F >C E?DHF !DE?HF !D?@@@ FD!@> FD?F>>
IB ?F !C? !F! HHDEA !DHHEA !D?>H! FD!>FH FD?E>
IR ?F !@ A? H@D!C !DH@!C !D?A> FD!! FD?HH
IJ ?F !CE !!E >!DA> !D>!A> !D?AFA FD!>H FD??A
J% ?F ! A> HED?@ !DHEF! !D?>A! FD!>F FD?E>F
(.3/ !C ! A> HED?@ !DHEF! !D?>A! FD!>F FD?E>F
S6+.:. !!? ?@@ !A? C?DEF !DC?EF !D@FFH FD!CA> FD@F?!
’B:多态条带;’’B:多态位点比率;%:等位基因数;%.:有效等位基因数;P:$.+’;基因多样性;Q:;93//2/’;信息指数
’B:627842169+: L3/0;;’’B:6.1:./=3,. 25 627842169+: L3/0;;%:$<4L.1 25 377.7.;;%.:T55.:=+M. /<4L.1 25 377.7.;;P:$.+’
; ,./. 0+M.1;+=8;Q:S93//2/’; Q/52143=+2/ +/0.U
表 # 云南灯盏花居群遗传分化分析
K3L7. E );= 3/378;+; 25 626<73=+2/ ,./.=+: 0+55.1./=+3=+2/
25 !#$%&’ (%)#*+,-.* 5124 IS6.:+.; P= P; #;= );=
!#$%&’ (%)#*+,-.* FD!C? FD!??E FDF>EC FD@E>F
);=:基因遗传分化系数;P=:总基因遗传多样性;P;:种
群基因遗传多样性;#;=:居群间基因多样性
);=::2.55+:+./= 25 ,./. 0+55.1./=+3=+2/;P=: =2=37 ,./. 0+M.1;+=8;
P;:,./. 0+M.1;+=8 V+=9+/ 626<73=+2/;#;=:,./. 0+M.1;+=8 342/,
626<73=+2/;
$%$ 遗传分化
$.+(!A@)把总基因多样性(P=)分
解为居群内基因多样性(P;)和居群间基
因多样性(#;=),即:P= W P; X #;=,而 );= W
#;= OP=,所以,居群的基因分化系数 );= W
(P=YP;)OP=。由表 E可知,灯盏花 >个居群
总的基因多样性指数 P= 是 FD!C?,居群内多
样性指数 P; 是 FD!??E,居群间基因分化系数
);=是 FD@E>F。灯盏花有 >HDEFG的遗传变异
来自居群内,@ED>FG来自居群间,遗传变异主要分布在居群内,但居群间已有较高分化。
$%! 遗传关系
表 H列出了灯盏花 > 居群的遗传一致度($.+’; ,./.=+: +0./=+=8)和遗传距离(,./.=+:
0+;=3/:.),灯盏花的遗传一致度高分布在 FDAF@ Z FDA!之间,平均为 FDAE!F。遗传距离
?> 云 南 植 物 研 究 ?卷
小在 !!#$% & !%!%#之间,平均遗传距离为 !!’%%,其中 ()与 (*之间的遗传一致度最
高为 !+,#-,遗传距离最小为 !!#$%,表明二者之间亲缘关系最近。其次是 (与 (.之间
的一致度为 !+,%,,遗传距离为 !!#$,。而 ()与 /.之间的遗传一致度最低 !+!-,遗传
距离最大,此二者之间亲缘关系最远。其它的相似性居中亲缘关系也位于中间。
图 # 0#+引物对 ,个居群扩增的 12.指纹图谱
3456 # 12. 74859:;:48<= >7 , ;>;?@A<4>8= BC ?=485 D.E1 ;:4F9: 0#+
-’%期 周利杰等:云南灯盏花遗传变异的 D.E1分析
表 ! 灯盏花居群的遗传关系
!#$% & ’%(%)*+ ,%$)*-(./*0 -1 !#$%&’ (%)#*+,-.* 0-02$)*-(.
3-02$)*-( 4 45 46 47 48 85 89
4 :::::::: ;<=>?> ;<=@@A ;<=@>B ;<=CCD ;<=?>C ;<&;=?
45 ;<;DB> :::::::: ;<=&CB ;<=@;> ;<=D=@ ;<=?A& ;46 ;<;ACA ;<;C@A :::::::: ;<=>DA ;<=A@; ;<=;A> ;<&;=B
47 ;<;AD> ;<;C?; ;<;DB? :::::::: ;<=&A@ ;<=D;A ;<&?D@
48 ;<;&>C ;<;>A; ;<;@@? ;<;C>& :::::::: ;<=;CC ;<&A==
85 ;<;B@A ;<;=;& ;89 ;<@>&? ;<>??? ;<@>AB ;<@@BD ;<@?@C ;<>;D= ::::::::
E%*’. F%(%)*+ *G%()*)H(#-I% G*F-($)(G F%(%)*+ G*.)(+%(#%$-J G*F-($)
讨论
通过对灯盏花 @居群的 K53L研究发现,灯盏花遗传多样性丰富,多态位点的百分比
336,观察等位基因数 5,有效等位基因数 5%,E%*’.基因多样性指数 M,N/((-(多样性
指数 O,在物种水平和居群水平均表现出较高的多样性,即物种水平分别为 BD?
;灯盏花基因分化系数 ’.)高达 ;花居群之间遗传分化较大。由于灯盏花是广布种,本研究所选用的居群地理距离较大,而
且不同分布区生态地理的差异、地理隔离以及具体生境的差别,长期的自然选择,致使不
同分布区或生境的居群在形态、生理、遗传、生态习性等方面出现较大的分化,甚至形成
了生态型。
苏文华等(D;;?#)通过对灯盏花总黄酮含量在居群和个体中的分布调查,发现灯盏
花总黄酮不仅在不同居群间有大的差异,而且在同一居群内个体间也存在较大的差异。冯
定霞等(D;;A)在对灯盏花总黄酮含量变化的研究中发现,与所有的表型一样,灯盏花总
黄酮含量的变化也受到环境因素和遗传因素共同作用的结果,大棚内外灯盏花黄酮含量的
差异主要受其遗传因素决定的,通过遗传育种提高总黄酮含量前景广阔。丰富的遗传多样
性表明,选育灯盏花 ’53优良品种遗传育种材料有大的潜力。本文所揭示的灯盏花居群
的遗传多样性及其结构,为灯盏花的育种提供了理论依据和育种素材。灯盏花居群和个体
间的遗传距离为杂交育种及其亲本的选配提供了依据。
致谢 感谢师姐何显静,云南英茂生物技术实验室的朱荣勋、李永谊、和锐等工作人员在实验及论文写
作过程中给予的帮助;感谢云南大学标本馆王焕冲等老师在标本鉴定过程中给予的帮助!
〔参 考 文 献〕
林!,陈艺林,?=B& Q 中国植物志第 >C卷,菊科(一)[R]Q 北京:科学出版社,A;B—A;=
邹喻苹,葛颂,王晓东,D;;? Q 系统与进化植物学中的分子标记[R]Q 北京:科学出版社,?@—C;
S%(F L7(冯定霞),T/%( 6(陈勃),L(F TU(党承林), %/ ,0,D;;DQ V,H-)H0% (G $$-WHX% ($H.%. -1 )/,%% 0-02$)*-(. -1
!#$%&’ (%)#*+,-.* -1 42((([Y]Q 1+/, 2&/ 3.’’,’(云南植物研究),#$(@):>&C—>&B
S%(F L7(冯定霞),T/%( 6(陈勃),L(F TU(党承林), %/ ,0,D;;A Q N)2GH -( I,*)*-( -1 )-)$ 1$I-(-*G. *( !#$%&’ (%)#*:
C@ 云 南 植 物 研 究 D>卷
!#$%[!] &’()*%* +,-(.(/)0 )- 1*,20 3,4%(中草药),!(#):$%&—$%’
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