全 文 :2016
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Vol41,No.8 April,2016
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(2012BAI29B02,2012BAI28B002)
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Transcriptomebasedgeneminingandbioinformaticsanalysisof
phydroxybenzoategeranyltransferasegenesinArnebiaeuchroma
LIUTan1,LVChaogeng1,WANGSheng1,YANGWanzhen1,2,GUOLanping1
(StateKeyLaboratoryBreedingBaseofDaodiHerbs,NationalResourceCenterforChineseMateriaMedica,
ChinaAcademyofChineseMedicalSciences,Beijing100700,China;
2SchoolofTraditionalChineseMedicine,CapitalMedicalUniversity,Beijing100069,China)
[Abstract] Thephydroxybenzoategeranyltransferases(PGT)playanimportantroleinthebiosynthesispathwaysofshikoninderiva
tivesSixPGTswereobtainedfromtranscriptomedatebaseofArnebiaeuchromabyusingbioinformaticsmethodsandtheproteins'physio
chemicalpropertiestheyencodedwerepredictedTheresultofproteindomainpredictionshowedalofthesixproteinsequencescon
tainedtheconserveddomainofUbiaprenyltransferasefamilyandpossessedthemotifNDxxDxxxDforprenyldiphosphatebindinganda
GX(K/Y)STALsequenceforputativearomaticringbindingThephylogenetictreeshowedthatPGTandphydroxybenzoatepolypre
nyltransferase(PPT)belongedtotwodiferentcladesTheresultsofgeneexpressionanalysesshowedthattheexpressionlevelsinthe
redshikoninproficientlineandtheovergroundpartofAeuchromathatcouldproduceshikoninderivativeswasmuchhigherthanthe
whiteshikonindeficientlineandtheundergroundpart,whichsuggestedapositivecorelationbetweentheexpressionlevelsofPGT
genesandshikoninproductionThisstudyaimstolayafoudationforfurtherunderstandingofthefunctionandenzymaticpropertiesof
PGTandprovideabasisforthebiosynthesispathwaysandmetabolicregulationofshikoninderivatives
[Keywords] Arnebiaeuchroma;phydroxybenzoategeranyltransferasegene;bioinformaticsanalysis;RealtimePCR
doi:10.4268/cjcmm20160809
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org/)
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sopmapl)
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wwwcbsdtudk/services/SignalP/)
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Server(htp://wwwcbsdtudk/services/TargetP/)
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PCR
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10min,95℃
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PCR
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(5′3′)
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R:AACGAACGAGTTGGAAAGCA
AePGT1 F:AAGAGAAACAGGGTGGTTGAG
R:CCCAATGCACACTTTCAATCTC
AePGT2 F:GCTAACACTAGCTGGCCTTATT
R:ATCTGCCGGAGATGATAGGT
AePGT3 F:TTAGTTGGCCTTATTACATTTCCTT
R:CACCGACAAAGATGATGGCTC
AePGT4 F:CGCATTGGCTGCTGATATTG
R:CGAAATCGCGGTCGAAGTA
AePGT5 F:GGCTATAGTCCATGTGCCATTA
R:AGCAGAGGAACCCAAGAAAG
AePGT6 F:GCTTCTTGGTGGGTTTGTTATC
R:CGGTGAAGATAGGTCAACTGTAA
AePGT F:GCAAGCACAGCAGAAGAAAG
R:CAATGCAACGGACCAGAAAG
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741bp;AePGT3
w(é
771bp;
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924bp;AePGT5
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735bp;
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KT991523,KT991524。
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AePGT11875 389 903 C2036H3092N516O537S24 4781 9329 0216 60 49 47
AePGT2 995 246 946 C1302H1944N314O324S8 2494 10118 0491 72 72 73
AePGT31522 256 896 C1326H2009N323O341S9 2987 10672 0523 71 71 69
AePGT41877 307 942 C1621H2447N391O407S9 3783 10583 0447 94 91 86
AePGT5 872 244 932 C1289H1937N307O316S9 2952 11074 0674 89 87 87
AePGT61149 307 910 C1611H2463N389O409S12 3384 10997 0431 77 77 77
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2 AePGTs
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Fig2 LabelofUbiAprenyltransferasefamilyinAePGTs
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Table3 ThesecondarystructureinformationsofAePGTs %
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AePGT1 4087 1979 617 3316
AePGT2 3902 2805 935 2358
AePGT3 4102 2383 1133 2383
AePGT4 3616 2280 1107 2997
AePGT5 3689 2418 1393 2500
AePGT6 3876 1889 945 3290
AePGT 3725 2255 1144 2876
LePGT1 3681 2117 1238 2964
LePGT2 3595 2353 1013 3039
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