全 文 :·研究论文·
丹参?牛儿基?牛儿基焦磷酸合酶基因的
克隆与分析
张蕾1,戴住波3,崔光红3,程义勇1,漆小泉2,高志贤1
(1.军事医学科学院 卫生学环境医学研究所,天津 300050;
2.中国科学院 植物研究所,北京 100093;3.中国中医科学院 中药研究所,北京 100700)
[摘要] 目的:获得丹参?牛儿基?牛儿基焦磷酸合酶基因(GGPS),并进行生物信息学分析和初步的表达特性研究。
方法:根据GGPS蛋白序列保守区域设计简并引物,利用同源扩增和cDNA末端快速扩增技术从丹参根中获得目的基因;利用
BLAST进行序列比对,ORFFinder寻找开放阅读框,Prosite分析蛋白质的基本结构域,TargetP11分析信号肽序列,MEGA
40比对已有GGPS蛋白序列,并构建进化树;用半定量RTPCR检测其在丹参子叶期根、叶和花期根、茎、叶、花蕾、花中的表
达情况;设计特异引物,从丹参基因组 DNA中扩增,获得编码完整的 GGPS基因,初步分析该基因结构。结果:得到1条长1
298bp的GGPScDNA序列,其ORF框长1095bp,编码1段含有52个氨基酸质体定位信号肽的364个氨基酸序列,具有多聚
异戊二烯基合成酶的特异序列,与已报道的GGPS基因有60%以上的同源性;RTPCR半定量分析表明该基因在所分析的各
组织中均有表达,尤以花期叶片中的表达最强;基因结构分析表明该基因有1个397bp的内含子。结论:首次得到丹参?牛
儿基?牛儿基焦磷酸合酶基因,为其功能研究提供了基础。
[关键词] 丹参;?牛儿基?牛儿基焦磷酸合酶
[收稿日期] 20090311
[基金项目] 国家高技术研究发展计划(863)项目(2007AA02Z104)
[通信作者] 漆小泉,Tel:(010)62836671,Email:xqi@ibcas.ac.
cn;高志贤,Tel:(022)84655191,Email:gaozhx@163.com
[作者简介] 张蕾,博士研究生,主要从事药用植物功能基因研究,
Email:zlbluebird@163.com
丹参SalviamiltiorhizaBunge为唇形科鼠尾草属
多年生草本植物,因其根色红且形状似参而得名[1];
具有祛瘀止痛、活血通经、清心除烦的功效,近来研究
发现其在治疗心血管疾病方面疗效显著;入药部分为
其干燥根及根茎,其化学成分主要包括脂溶性丹参酮
类化合物和水溶性多聚酚酸类化合物。
有研究表明,丹参酮类化合物为二萜醌结构,由
类异戊二烯代谢途径产生,其前体物质为?牛儿基
?牛儿基焦磷酸(geranylgeranyldiphosphate,GG
PP),其进一步的具体过程目前仍不清楚[23]。GG
PP由 GGPP合酶(geranylgeranyldiphosphatesyn
thase,GGPS,EC 25129)以 IPP(isopentenyl
diphosphate)和 FPP(farnesyldiphosphate)为底物催
化合成,而后参与赤霉素、类胡萝卜素、二萜类化合
物等诸多化合物的合成,是初生代谢和次生代谢不
同途径的分枝点,因此,GGPS可以调节碳流[4]。鉴
于此,本研究将这一位于代谢分枝点的前体合酶作
为研究目标,根据GGPS的保守区域设计简并引物,
通过同源扩增的方法钓取了丹参1个 GGPS基因,
并对其进行了一系列的研究。
1 材料
1.1 植物 陕西商洛天士力药材基地2006年丹参
种子,中国科学院植物研究所种植。
1.2 菌株 大肠杆菌 DH5α为中科院植物所信号
中心漆小泉研究员组保存。
1.3 试剂 ExTaq(TaKaRa),rTaq(TaKaRa),Su
perscriptIReverseTranscript(Invitrogen),Power
scriptReverseTranscript(Clontech),胶回收试剂盒
(中科瑞泰生物科技有限公司),pGEMTEasyvector
试剂盒(Promega),2×TaqplusPCRMasterMix(天
根生化科技有限公司),质粒提取试剂盒(北京三博
远志生物有限公司),其他试剂为国产分析纯。
2 方法
2.1 RNA的提取 参见参考文献[5]方法。
2.2 DNA的提取 CTAB法提取总DNA。
2.3 引物设计与合成 序列见表1,均由上海生工
·4072·
第34卷第21期
2009年11月
Vol.34,Issue 21
November,2009
生物工程技术服务公司合成。
表1 所用引物序列
引物用途 引物名称 引物序列
GGPS简并引物 F1 GAYGAYCTNCCNTGYATGGA
R1 ATRTCRTCMACHACYTGRAA
F2 CAYACBATGTCIYTMRTICA
R2 TIACRTCRAGAATRTCRTCHA
3′RACE GGPSGSPF1AATCACAAGGTCTTCGGCG
GGPSGSPF2GATGCTCTGTTGGCTTTC
5′RACE GGPSGSPR GCTTCCACCTCCCAAAATAGCCCCC
表达谱分析 ACTINF CCTCATGCCATCCTCCGTCTTG
ACTINR GCAAGAATGGAACCACCGATC
GGPSExpF CTATGAATCTGGTGGATGCGTG
GGPSExpR GTCTAACCCTACGTTTGCATCG
基因结构分析 GGPSUTRFCGAACTCTTAGCTCAAAAACCAAC
GGPSUTRRCACCAAACTTTTCATTAGCAGC
2.4 GGPS序列的获得 RT参照Invitrogen反转录
酶说明书。简并引物和特异引物见表 1。第 1轮
PCR反应体系为 10μLcDNA产物,2μL10×
ExTaqBufer,16μLdNTP,简并引物F2和R2终浓
度05μmol·L-1,03μLExTaq,终体积为20μL;
反应条件95℃ 预变性5min,然后进行20个循环:
94℃ 1min,30℃ 3min,72℃ 1min,循环结束后
72℃延伸10min。第2轮PCR反应体系为:第1轮
PCR产物10μL,20μL10×ExTaqBufer,16μL
dNTP,简并引物 F1和 R1终浓度 05μmol·L-1,
03μLExTaq,终体积为20μL;反应条件95℃预变
性5min,然后进行35个循环:94℃ 1min,30℃ 3
min,72℃ 50s,最后72℃延伸10min。回收2次
PCR产物,连接、转化,蓝白斑筛选,测序。根据测
序结果设计特异引物,RACEPCR参照 Clontech
SmartRACE试剂盒方法。PCR产物回收参照中科
瑞泰“胶回收试剂盒”;DNA连接参照 pGEMTEasy
vector试剂盒;热激转化 DH5α感受态细胞;三博远
志公司测序。
2.5 GGPS生物信息学分析 将测序结果在 Gen
Bank中进行同源搜索;采用 NCBI的 ORFFinder
(htp:/www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html)确定
该基因的开放读码框;Prosite软件(htp:/us.ex
pasy.org/prosite/)在线 分 析 该 蛋 白 质 的 基 本
结构域。
用MEGA40将推导的氨基酸序列与其他不同
物种来源的 GGPS进行多序列同源比对,构建进化
树,作出进化上相互关系的预测。用 TargetP11
(htp:/www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/)在线分
析GGPS蛋白质的信号肽序列。
2.6 丹参GGPS表达谱分析 以丹参 actin作内参
(参见 NCBIaccessionnumberDQ243702序列),采
用半定量RTPCR检测 GGPS基因在丹参不同时期
和组织中的表达情况。分别提取第1对真叶期植株
的根(youngroot)、叶(youngleaf),花期植株根(ma
tureroot)、茎(maturestem)、叶(matureleaf)、成花
(flower)、花蕾(bud)的 RNA;RT同上;PCR反应体
系20μL:10×Taqbufer20μL,25mmol·L-1
dNTP16μL,2μmol·L-1引物12μL,rTaq(5U·
μL-1)01μL,cDNA模板量根据 actin归一化结果
取,ddH2O补齐 20μL;PCR反应条件为94℃预变
性3min,然后进行30个循环:94℃ 30s,55℃ 30
s,72℃ 35s,最后72℃延伸5min。
2.7 丹参 GGPS基因结构分析 用 GGPSUTRF
和GGPSUTRR作引物,以丹参 DNA为模板,PCR
反应体系:100ngDNA,引物终浓度02μmol·L-1,
10μL2×TaqPlusMasterMix,终体积20μL;反应条
件:94℃预变性3min,然后进行30个循环:94℃
30s,53℃ 30s,72℃ 1min20s,最后72℃延伸5
min。切胶回收,连接克隆,测序,结果与cDNA序列
比较。
3 结果
3.1 丹参GGPS序列的获得及序列分析 利用简
并引物,通过 RTNESTPCR,获得1条与设计引物
时所选片段大小相符的422bp核心序列;设计特异
引物,用RACEPCR技术最终获得1298bp的全长
序列。通过ORFFinder寻找该基因的开放读码框,
结果显示在136~1230bp有1个1095bp的ORF
框,推断其编码364个氨基酸。由DNAMAN软件推
算该编码蛋白的相对分子质量为389866,等电点
为629(图1)。
通过Prosite数据库分析这一推导蛋白质的结
构位点,发现149~165aa和282~294aa位分别是
2个多聚异戊二烯基合成酶的特异序列 LIhDDlpc
mDnddlRRG和IGlFQVvDDIlD(图2)。
用TargetP11在线分析此推导蛋白质的信号
肽序列,显示该序列 N端52个氨基酸为信号肽序
列,可能定位于叶绿体或其他质体中。
·5072·
第34卷第21期
2009年11月
Vol.34,Issue 21
November,2009
图1 丹参GGPScDNA及其推导的氨基酸序列
图2 丹参GGPS推断氨基酸序列的特征性
保守区域及信号肽区域
3.2 丹参GGPS同源性分析 将此基因 ORF序列
通过BlastN在线比较,结果显示该序列其与已报道
的ArabidopsisthalianaGGPS1(NM_119845),GGPS2
(NM_127943),GGPS3(NM_112315),Nicotianaat
tenuataGGPS(EF382626),HelianthusannuusGGPS
(AF020041),GentianaluteaGGPS(AB028667),So
lanumlycopersicumGGPS2(DQ267903)的一致性分
别达到72%,67%,69%,80%,74%,65%,80%;结
合前面分析得到的其所具有的2个多聚异戊二烯基
合成酶的特异序列,可以断定本实验所获得 cDNA
序列编码的应是 GGPP合酶蛋白,因此将该基因命
名为SmGGPS1。
用MEGA40将推导的氨基酸序列与其他不同
物种来源的 GGPS氨基酸序列比对,构建的进化树
表明(图3):SmGGPS1属于植物GGPP合酶分支;在
进化关系上,它与已报道的辣椒 Capsicumannuum
GGPS、西红柿 SolanumlycopersicumGGPS2、向日葵
HelianthusannusGGPS和黄龙胆 Gentianalutea
GGPS比较近。
3.3 丹参GGPS1表达谱分析 RTPCR半定量分
析结果表明:该基因在幼嫩的根(youngroot)、叶
·6072·
第34卷第21期
2009年11月
Vol.34,Issue 21
November,2009
拟南芥 Arabidopsisthaliana.ARATH GGPS1(P34802),
ARATHGGPS2(O04046),ARATH GGPS3(Q9LUD9),ARATH
GGPS4(Q9SLG2),ARATHGGPS6(O22043);辣椒Capsicumannu
um.CAPAN(P80042);烟 草 Nicotiana atenuata. NICAT
(ABQ53935);西 红 柿 Solanum lycopersicum.SOLLC GGPS1
(Q1A7TO),SOLLCGGPS2(Q1A7S9);向日葵 Helianthusannus.
HELAN(O81099);黄龙胆Gentianalutea.GENLU(AB028667);曼
地亚红豆杉Taxusmedia.TAXXM(Q6Q291);魏氏原壁菌Protothe
cawickerhami.PROWI(AAV65383);莱茵衣藻Chlamydomonasre
inhardti.CHLRE(XP_001703169);海滨蓝藻菌Acaryochlorismari
naMB2C11017.ACAMA(YP_001519143);聚球藻 Synechococcus
sp.cc9311.SYNSC(ABI45773);嗜酸热硫化叶菌Sulfolobusacido
caldarius.SULAC(P39464);硫磺矿硫化叶菌Sulfolobussolfataricus.
SULSO(P95999);结核分支杆菌 MycobacteriumtuberculosisH37RV.
MYCTU(NP_216689);谷氨酸棒杆菌 Corynebacteriumglutamicum
ATCC13032.CORGL(NP_601376);藤仓赤霉菌 Gibberelafujikuroi.
GIBFU(CAA75568);酿酒酵母 Saccharomycescerevisiae.SACCE
(AAA83262);树干毕赤酵母Pichiastipitis.PICST(XP_001384814);
构巢裸胞壳Emericelanidulans.EMENI(Q874I1);黑腹果蝇Drosoph
ilamelanogaster.DROME(AAC05273);埃及斑蚊Aedesaegypti.AE
DAE(EAT42543);热带爪蟾Xenopustropicalis.XENTR(Q28GZ4);斑
马鱼 Daniorerio.DANRE(Q7ZTY0);人 Homosapiens.HUMAN
(O95749);小鼠Musmusculus.MOUSE(Q9WTN0);大鼠Ratusnorve
gicus.RAT(Q6F596)。
图3 GGPS进化树
(youngleaf),成熟期(花期)根(matureroot)、茎(ma
turestem)、叶(matureleaf)、花蕾(bud)及成花(flow
er)中均有表达,尤以花期叶片中的表达最强(图4)。
3.4 丹参 GGPS1基因结构分析 从丹参 DNA中
扩增得到的 GGPS1序列比其 cDNA多1个397bp
的内含子(图5)。
1.幼嫩叶;2.幼嫩根;3.花期根;4.花期茎;
5.花期叶;6.成花;7.花蕾。
图4 SmGGPS1表达谱分析
图5 SmGGPS1基因结构示意图
4 讨论
GGPS是一种普遍存在与植物、动物和细菌中
的异戊二烯焦磷酸合酶,在序列结构上具有5个高
度保守区域,这也是本研究可以用同源扩增的方法
获得目的序列的依据。本研究首次获得了1个丹参
GGPP合酶基因,并对它进行了一系列的分析,将分
析结果与已有的文献报道相联系,可以发现①生物
信息学分析的信号肽结果与表达谱分析结果均提示
该基因可能定位于质体(叶片的叶绿体和根的白色
质体),这与已经报道的拟南芥 GGPS1,GGPS3基因
相似。②序列分析表明,在拟南芥中已发现的
GGPS1,GGPS4,GGPS6基因没有插入序列,而
GGPS3基因在 631~739位有 1个 108bp的内含
子,而红豆杉Taxusmedia、辣椒Capsicumannuum等
植物所报道的 GGPS基因均无内含子插入,在这一
点上,丹参 GGPS1基因与拟南芥 GGPS3基因很相
似,而与其他已报道的植物GGPS基因则不同。
一般认为二萜类化合物以质体来源GGPP为前
体,在拟南芥中已证明,质体定位的 GGPS1,GGPS3
蛋白为赤霉素、类胡萝卜素、脱落酸和叶绿素等物质
的合成提供 GGPP前体[6];在构建的进化树中,与
SmGGPS1进化关系较近的辣椒和黄龙胆 GGPS被
证明分别在果实成熟期和花发育过程中提供类胡萝
卜素的合成前体[78];番茄 GGPS2在果实和花中表
达丰富[9],很可能也是参与类胡萝卜素的合成;在
光混合营养型 HS3向日葵细胞中,GGPS可能为生
育酚的合成提供前体[9];烟草中得到的 GGPS则为
烟草抗虫(烟草天蛾)物质 HGLDTGs(17hydroxy
geranylinaloolditerpenoidglycosides)的合成提供前
体[10]。综上所述,结合 SmGGPS1在叶片中的强表
达结果,可以推测该基因可能至少参与到叶片中叶
·7072·
第34卷第21期
2009年11月
Vol.34,Issue 21
November,2009
绿素的合成,在其他没有叶绿体的器官,如花的色素
体和根的白色质体中,它则可能为类胡萝卜素和/或
赤霉素的合成;又因为具有药用价值的丹参酮类化
合物具有二萜生源,因此,不排除该基因亦参与或调
节此类物质合成的可能性;这些推测都需要进一步
实验确证。
[参考文献]
[1] 冯玲玲,周吉源.丹参的研究现状与应用前景[J].中国野生
植物资源,2004,23(2):4.
[2] 王倩,王?之.生物技术在丹参脂溶性化合物生物合成上的
研究进展[J].中药研究与信息,2005,7(4):17.
[3] GeXiuchun,WuJianyong.Tanshinoneproductionandisoprenoid
pathwaysinSalviamiltiorhizahairyrootsinducedbyAg+ and
yeastelicitor[J].PlantSci,2005,168:487.
[4] LaskarisG,BounkhayM,TheodoridisG,etal.Inductionofger
anylgeranyldiphosphatesynthaseactivityandtaxaneaccumulation
inTaxusbaccatacelculturesafterelicitationbymethyljasmonate
[J].PlantSci,1999,147:1.
[5] MeiselL,FonsecaB,GonzalezS,etal.Arapidandeficientmeth
odforpurifyinghighqualitytotalrnafrompeaches(Prunuspersica)
forfunctionalgenomicsanalyses[J].BiolRes,2005,38:83.
[6] OkadaK,SaitoT,NakagawaT,etal.Fivegeranylgeranyl
diphosphatesynthasesexpressedindiferentorgansarelocalized
intothreesubcelularcompartmentsinArabidopsis[J].Plant
Physiol,2000,122:1045.
[7] KuntzM,RomerS,SuireC,etal.IdentificationofacDNAfor
theplastidlocatedgeranylgeranylpyrophosphatesynthasefrom
Capsicumannuum:corelativeincreaseinenzymeactivityand
transcriptlevelduringfruitripening[J].PlantJ,1992,2:25.
[8] ZhuC,YamamuraS,KoiwaH,etal.cDNAcloningandexpres
sionofcarotenogenicgenesduringflowerdevelopmentinGenti
analutea[J].PlantMolBiol,2002,48:277.
[9] FachechiC,NisiR,GalaR,etal.Tocopherolbiosyntesisisen
hancedinphotomixotrophicsunflowercelcultures[J].Plant
CelRep,2007,26:525.
[10] JassbiAR,GaseK,HetenhausenC,etal.Silencinggera
nylgeranyldiphosphatesynthaseinNicotianaatenuatedramatic
alyimpairsresistancetotobaccohornworm[J].PlantPhysiol,
2008,146:974.
Cloningandcharacterizationofgeranylgeranyldiphosphatesynthase
geneofSalviamiltiorrhia
ZHANGLei1,DAIZhubo3,CUIGuanghong3,CHENGYiyong1,QIXiaoquan2,GAOZhixian1
(1.InstituteofHygieneEnvironmentalMedicine,AcademyofMilitaryMedicalSciences,Tianjin300050,China;
2.InstituteofBotany,ChineseAcademyofSciences,Beijing100093,China;
3.InstituteofChineseMateriaMedica,AcademyofChineseMedicalSciences,Beijing100700,China)
[Abstract] Objective:ToobtaingeranylgeranyldiphosphatesynthasegeneofSalviamiltiorhiza,andconductbioinformatic
andtranscriptexpressionanalysisoftheclonedSmGGPS1gene.Method:Thedegenerateprimersweredesignedbasedontheconser
vativeregionsofGGPSproteinsequencesfrompublicdatabases.ThetargetgenewasobtainedfromrootofS.miltiorhizabyuseofho
mologouscDNAamplificationandRACEtechnologies.ThesequencealignmentwasperformedusingBLAST.Theopenreadingframe
wasidentifiedbyuseoftheORFFinder.TheproteindomainsweredefinedbyuseofPrositesoftwareandthesignalpeptidesequence
waspredictedbyTargetP1.1.MEGA4.0wasusedtoconductmultipleaminoacidsequencealignmentandconstructthephylogenetic
tree.Rootsandleavesattheseedlingsstageandroots,stems,leaves,budsandflowersinthefloweringstageweresampledfortran
scriptanalysis.SemiquantitativeRTPCRwasusedtodetectthegeneexpressionlevel.ThecompletegeneofGGPSwasobtainedfrom
S.miltiorhizagenomicDNAbyPCRusingthecDNAderivedspecificprimer.ThegenestructureofGGPSwasanalyzedbycomparison
ofthegenomicDNAanditscDNA.Result:Theobtained1298bpSmGGPS1cDNAsequencecontainsan1095bpORF,encoding
364aminoacids.Itispredictedthatithasaplastidtargetingsignalpeptideofapproximately52aminoacidattheNterminalend.It
istobelievethatthisisthepolyprenylsynthetasesignature,andnucleicacidsequencecomparisonrevealedthatSmGGPS1ORFhas
morethan60% identitytothereportedGGPS.RTPCRsemiquantitativeanalysisshowedthatthegeneexpressesinthealtestedtis
sues,andwithmuchhigherlevelofexpressionintheleavesinthefloweringstage.SmGGPS1hasa397bpintron.Conclusion:For
thefirsttimethecloningofgeranylgeranyldiphosphatesynthasegenefromS.miltiorhizawasreported,anditprovidesagoodbasisfor
furtherfunctionalstudyofSmGGPS1.
[Keywords] Salviamiltiorhiza;geranylgeranyldiphosphatesynthase
[责任编辑 吕冬梅]
·8072·
第34卷第21期
2009年11月
Vol.34,Issue 21
November,2009