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Cloning and characterization of geranylgeranyl diphosphate synthase gene of Salvia miltiorrhia

丹参牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合酶基因的克隆与分析



全 文 :·研究论文·
丹参?牛儿基?牛儿基焦磷酸合酶基因的
克隆与分析
张蕾1,戴住波3,崔光红3,程义勇1,漆小泉2,高志贤1
(1.军事医学科学院 卫生学环境医学研究所,天津 300050;
2.中国科学院 植物研究所,北京 100093;3.中国中医科学院 中药研究所,北京 100700)
[摘要] 目的:获得丹参?牛儿基?牛儿基焦磷酸合酶基因(GGPS),并进行生物信息学分析和初步的表达特性研究。
方法:根据GGPS蛋白序列保守区域设计简并引物,利用同源扩增和cDNA末端快速扩增技术从丹参根中获得目的基因;利用
BLAST进行序列比对,ORFFinder寻找开放阅读框,Prosite分析蛋白质的基本结构域,TargetP11分析信号肽序列,MEGA
40比对已有GGPS蛋白序列,并构建进化树;用半定量RTPCR检测其在丹参子叶期根、叶和花期根、茎、叶、花蕾、花中的表
达情况;设计特异引物,从丹参基因组 DNA中扩增,获得编码完整的 GGPS基因,初步分析该基因结构。结果:得到1条长1
298bp的GGPScDNA序列,其ORF框长1095bp,编码1段含有52个氨基酸质体定位信号肽的364个氨基酸序列,具有多聚
异戊二烯基合成酶的特异序列,与已报道的GGPS基因有60%以上的同源性;RTPCR半定量分析表明该基因在所分析的各
组织中均有表达,尤以花期叶片中的表达最强;基因结构分析表明该基因有1个397bp的内含子。结论:首次得到丹参?牛
儿基?牛儿基焦磷酸合酶基因,为其功能研究提供了基础。
[关键词] 丹参;?牛儿基?牛儿基焦磷酸合酶
[收稿日期] 20090311
[基金项目] 国家高技术研究发展计划(863)项目(2007AA02Z104)
[通信作者] 漆小泉,Tel:(010)62836671,Email:xqi@ibcas.ac.
cn;高志贤,Tel:(022)84655191,Email:gaozhx@163.com
[作者简介] 张蕾,博士研究生,主要从事药用植物功能基因研究,
Email:zlbluebird@163.com
  丹参SalviamiltiorhizaBunge为唇形科鼠尾草属
多年生草本植物,因其根色红且形状似参而得名[1];
具有祛瘀止痛、活血通经、清心除烦的功效,近来研究
发现其在治疗心血管疾病方面疗效显著;入药部分为
其干燥根及根茎,其化学成分主要包括脂溶性丹参酮
类化合物和水溶性多聚酚酸类化合物。
有研究表明,丹参酮类化合物为二萜醌结构,由
类异戊二烯代谢途径产生,其前体物质为?牛儿基
?牛儿基焦磷酸(geranylgeranyldiphosphate,GG
PP),其进一步的具体过程目前仍不清楚[23]。GG
PP由 GGPP合酶(geranylgeranyldiphosphatesyn
thase,GGPS,EC 25129)以 IPP(isopentenyl
diphosphate)和 FPP(farnesyldiphosphate)为底物催
化合成,而后参与赤霉素、类胡萝卜素、二萜类化合
物等诸多化合物的合成,是初生代谢和次生代谢不
同途径的分枝点,因此,GGPS可以调节碳流[4]。鉴
于此,本研究将这一位于代谢分枝点的前体合酶作
为研究目标,根据GGPS的保守区域设计简并引物,
通过同源扩增的方法钓取了丹参1个 GGPS基因,
并对其进行了一系列的研究。
1 材料
1.1 植物 陕西商洛天士力药材基地2006年丹参
种子,中国科学院植物研究所种植。
1.2 菌株 大肠杆菌 DH5α为中科院植物所信号
中心漆小泉研究员组保存。
1.3 试剂 ExTaq(TaKaRa),rTaq(TaKaRa),Su
perscriptIReverseTranscript(Invitrogen),Power
scriptReverseTranscript(Clontech),胶回收试剂盒
(中科瑞泰生物科技有限公司),pGEMTEasyvector
试剂盒(Promega),2×TaqplusPCRMasterMix(天
根生化科技有限公司),质粒提取试剂盒(北京三博
远志生物有限公司),其他试剂为国产分析纯。
2 方法
2.1 RNA的提取 参见参考文献[5]方法。
2.2 DNA的提取 CTAB法提取总DNA。
2.3 引物设计与合成 序列见表1,均由上海生工
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生物工程技术服务公司合成。
表1 所用引物序列
引物用途 引物名称 引物序列
GGPS简并引物 F1 GAYGAYCTNCCNTGYATGGA
  R1 ATRTCRTCMACHACYTGRAA
  F2 CAYACBATGTCIYTMRTICA
  R2 TIACRTCRAGAATRTCRTCHA
3′RACE GGPSGSPF1AATCACAAGGTCTTCGGCG
  GGPSGSPF2GATGCTCTGTTGGCTTTC
5′RACE GGPSGSPR GCTTCCACCTCCCAAAATAGCCCCC
表达谱分析 ACTINF CCTCATGCCATCCTCCGTCTTG
  ACTINR GCAAGAATGGAACCACCGATC
  GGPSExpF CTATGAATCTGGTGGATGCGTG
  GGPSExpR GTCTAACCCTACGTTTGCATCG
基因结构分析 GGPSUTRFCGAACTCTTAGCTCAAAAACCAAC
  GGPSUTRRCACCAAACTTTTCATTAGCAGC
2.4 GGPS序列的获得 RT参照Invitrogen反转录
酶说明书。简并引物和特异引物见表 1。第 1轮
PCR反应体系为 10μLcDNA产物,2μL10×
ExTaqBufer,16μLdNTP,简并引物F2和R2终浓
度05μmol·L-1,03μLExTaq,终体积为20μL;
反应条件95℃ 预变性5min,然后进行20个循环:
94℃ 1min,30℃ 3min,72℃ 1min,循环结束后
72℃延伸10min。第2轮PCR反应体系为:第1轮
PCR产物10μL,20μL10×ExTaqBufer,16μL
dNTP,简并引物 F1和 R1终浓度 05μmol·L-1,
03μLExTaq,终体积为20μL;反应条件95℃预变
性5min,然后进行35个循环:94℃ 1min,30℃ 3
min,72℃ 50s,最后72℃延伸10min。回收2次
PCR产物,连接、转化,蓝白斑筛选,测序。根据测
序结果设计特异引物,RACEPCR参照 Clontech
SmartRACE试剂盒方法。PCR产物回收参照中科
瑞泰“胶回收试剂盒”;DNA连接参照 pGEMTEasy
vector试剂盒;热激转化 DH5α感受态细胞;三博远
志公司测序。
2.5 GGPS生物信息学分析 将测序结果在 Gen
Bank中进行同源搜索;采用 NCBI的 ORFFinder
(htp:/www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html)确定
该基因的开放读码框;Prosite软件(htp:/us.ex
pasy.org/prosite/)在线 分 析 该 蛋 白 质 的 基 本
结构域。
用MEGA40将推导的氨基酸序列与其他不同
物种来源的 GGPS进行多序列同源比对,构建进化
树,作出进化上相互关系的预测。用 TargetP11
(htp:/www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/)在线分
析GGPS蛋白质的信号肽序列。
2.6 丹参GGPS表达谱分析 以丹参 actin作内参
(参见 NCBIaccessionnumberDQ243702序列),采
用半定量RTPCR检测 GGPS基因在丹参不同时期
和组织中的表达情况。分别提取第1对真叶期植株
的根(youngroot)、叶(youngleaf),花期植株根(ma
tureroot)、茎(maturestem)、叶(matureleaf)、成花
(flower)、花蕾(bud)的 RNA;RT同上;PCR反应体
系20μL:10×Taqbufer20μL,25mmol·L-1
dNTP16μL,2μmol·L-1引物12μL,rTaq(5U·
μL-1)01μL,cDNA模板量根据 actin归一化结果
取,ddH2O补齐 20μL;PCR反应条件为94℃预变
性3min,然后进行30个循环:94℃ 30s,55℃ 30
s,72℃ 35s,最后72℃延伸5min。
2.7 丹参 GGPS基因结构分析 用 GGPSUTRF
和GGPSUTRR作引物,以丹参 DNA为模板,PCR
反应体系:100ngDNA,引物终浓度02μmol·L-1,
10μL2×TaqPlusMasterMix,终体积20μL;反应条
件:94℃预变性3min,然后进行30个循环:94℃
30s,53℃ 30s,72℃ 1min20s,最后72℃延伸5
min。切胶回收,连接克隆,测序,结果与cDNA序列
比较。
3 结果
3.1 丹参GGPS序列的获得及序列分析 利用简
并引物,通过 RTNESTPCR,获得1条与设计引物
时所选片段大小相符的422bp核心序列;设计特异
引物,用RACEPCR技术最终获得1298bp的全长
序列。通过ORFFinder寻找该基因的开放读码框,
结果显示在136~1230bp有1个1095bp的ORF
框,推断其编码364个氨基酸。由DNAMAN软件推
算该编码蛋白的相对分子质量为389866,等电点
为629(图1)。
通过Prosite数据库分析这一推导蛋白质的结
构位点,发现149~165aa和282~294aa位分别是
2个多聚异戊二烯基合成酶的特异序列 LIhDDlpc
mDnddlRRG和IGlFQVvDDIlD(图2)。
用TargetP11在线分析此推导蛋白质的信号
肽序列,显示该序列 N端52个氨基酸为信号肽序
列,可能定位于叶绿体或其他质体中。
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图1 丹参GGPScDNA及其推导的氨基酸序列
图2 丹参GGPS推断氨基酸序列的特征性
保守区域及信号肽区域
3.2 丹参GGPS同源性分析 将此基因 ORF序列
通过BlastN在线比较,结果显示该序列其与已报道
的ArabidopsisthalianaGGPS1(NM_119845),GGPS2
(NM_127943),GGPS3(NM_112315),Nicotianaat
tenuataGGPS(EF382626),HelianthusannuusGGPS
(AF020041),GentianaluteaGGPS(AB028667),So
lanumlycopersicumGGPS2(DQ267903)的一致性分
别达到72%,67%,69%,80%,74%,65%,80%;结
合前面分析得到的其所具有的2个多聚异戊二烯基
合成酶的特异序列,可以断定本实验所获得 cDNA
序列编码的应是 GGPP合酶蛋白,因此将该基因命
名为SmGGPS1。
用MEGA40将推导的氨基酸序列与其他不同
物种来源的 GGPS氨基酸序列比对,构建的进化树
表明(图3):SmGGPS1属于植物GGPP合酶分支;在
进化关系上,它与已报道的辣椒 Capsicumannuum
GGPS、西红柿 SolanumlycopersicumGGPS2、向日葵
HelianthusannusGGPS和黄龙胆 Gentianalutea
GGPS比较近。
3.3 丹参GGPS1表达谱分析 RTPCR半定量分
析结果表明:该基因在幼嫩的根(youngroot)、叶
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   拟南芥 Arabidopsisthaliana.ARATH GGPS1(P34802),
ARATHGGPS2(O04046),ARATH GGPS3(Q9LUD9),ARATH
GGPS4(Q9SLG2),ARATHGGPS6(O22043);辣椒Capsicumannu
um.CAPAN(P80042);烟 草 Nicotiana atenuata. NICAT
(ABQ53935);西 红 柿 Solanum lycopersicum.SOLLC GGPS1
(Q1A7TO),SOLLCGGPS2(Q1A7S9);向日葵 Helianthusannus.
HELAN(O81099);黄龙胆Gentianalutea.GENLU(AB028667);曼
地亚红豆杉Taxusmedia.TAXXM(Q6Q291);魏氏原壁菌Protothe
cawickerhami.PROWI(AAV65383);莱茵衣藻Chlamydomonasre
inhardti.CHLRE(XP_001703169);海滨蓝藻菌Acaryochlorismari
naMB2C11017.ACAMA(YP_001519143);聚球藻 Synechococcus
sp.cc9311.SYNSC(ABI45773);嗜酸热硫化叶菌Sulfolobusacido
caldarius.SULAC(P39464);硫磺矿硫化叶菌Sulfolobussolfataricus.
SULSO(P95999);结核分支杆菌 MycobacteriumtuberculosisH37RV.
MYCTU(NP_216689);谷氨酸棒杆菌 Corynebacteriumglutamicum
ATCC13032.CORGL(NP_601376);藤仓赤霉菌 Gibberelafujikuroi.
GIBFU(CAA75568);酿酒酵母 Saccharomycescerevisiae.SACCE
(AAA83262);树干毕赤酵母Pichiastipitis.PICST(XP_001384814);
构巢裸胞壳Emericelanidulans.EMENI(Q874I1);黑腹果蝇Drosoph
ilamelanogaster.DROME(AAC05273);埃及斑蚊Aedesaegypti.AE
DAE(EAT42543);热带爪蟾Xenopustropicalis.XENTR(Q28GZ4);斑
马鱼 Daniorerio.DANRE(Q7ZTY0);人 Homosapiens.HUMAN
(O95749);小鼠Musmusculus.MOUSE(Q9WTN0);大鼠Ratusnorve
gicus.RAT(Q6F596)。
图3 GGPS进化树
(youngleaf),成熟期(花期)根(matureroot)、茎(ma
turestem)、叶(matureleaf)、花蕾(bud)及成花(flow
er)中均有表达,尤以花期叶片中的表达最强(图4)。
3.4 丹参 GGPS1基因结构分析 从丹参 DNA中
扩增得到的 GGPS1序列比其 cDNA多1个397bp
的内含子(图5)。
1.幼嫩叶;2.幼嫩根;3.花期根;4.花期茎;
5.花期叶;6.成花;7.花蕾。
图4 SmGGPS1表达谱分析
图5 SmGGPS1基因结构示意图
4 讨论
GGPS是一种普遍存在与植物、动物和细菌中
的异戊二烯焦磷酸合酶,在序列结构上具有5个高
度保守区域,这也是本研究可以用同源扩增的方法
获得目的序列的依据。本研究首次获得了1个丹参
GGPP合酶基因,并对它进行了一系列的分析,将分
析结果与已有的文献报道相联系,可以发现①生物
信息学分析的信号肽结果与表达谱分析结果均提示
该基因可能定位于质体(叶片的叶绿体和根的白色
质体),这与已经报道的拟南芥 GGPS1,GGPS3基因
相似。②序列分析表明,在拟南芥中已发现的
GGPS1,GGPS4,GGPS6基因没有插入序列,而
GGPS3基因在 631~739位有 1个 108bp的内含
子,而红豆杉Taxusmedia、辣椒Capsicumannuum等
植物所报道的 GGPS基因均无内含子插入,在这一
点上,丹参 GGPS1基因与拟南芥 GGPS3基因很相
似,而与其他已报道的植物GGPS基因则不同。
一般认为二萜类化合物以质体来源GGPP为前
体,在拟南芥中已证明,质体定位的 GGPS1,GGPS3
蛋白为赤霉素、类胡萝卜素、脱落酸和叶绿素等物质
的合成提供 GGPP前体[6];在构建的进化树中,与
SmGGPS1进化关系较近的辣椒和黄龙胆 GGPS被
证明分别在果实成熟期和花发育过程中提供类胡萝
卜素的合成前体[78];番茄 GGPS2在果实和花中表
达丰富[9],很可能也是参与类胡萝卜素的合成;在
光混合营养型 HS3向日葵细胞中,GGPS可能为生
育酚的合成提供前体[9];烟草中得到的 GGPS则为
烟草抗虫(烟草天蛾)物质 HGLDTGs(17hydroxy
geranylinaloolditerpenoidglycosides)的合成提供前
体[10]。综上所述,结合 SmGGPS1在叶片中的强表
达结果,可以推测该基因可能至少参与到叶片中叶
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绿素的合成,在其他没有叶绿体的器官,如花的色素
体和根的白色质体中,它则可能为类胡萝卜素和/或
赤霉素的合成;又因为具有药用价值的丹参酮类化
合物具有二萜生源,因此,不排除该基因亦参与或调
节此类物质合成的可能性;这些推测都需要进一步
实验确证。
[参考文献]
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Cloningandcharacterizationofgeranylgeranyldiphosphatesynthase
geneofSalviamiltiorrhia
ZHANGLei1,DAIZhubo3,CUIGuanghong3,CHENGYiyong1,QIXiaoquan2,GAOZhixian1
(1.InstituteofHygieneEnvironmentalMedicine,AcademyofMilitaryMedicalSciences,Tianjin300050,China;
2.InstituteofBotany,ChineseAcademyofSciences,Beijing100093,China;
3.InstituteofChineseMateriaMedica,AcademyofChineseMedicalSciences,Beijing100700,China)
  [Abstract] Objective:ToobtaingeranylgeranyldiphosphatesynthasegeneofSalviamiltiorhiza,andconductbioinformatic
andtranscriptexpressionanalysisoftheclonedSmGGPS1gene.Method:Thedegenerateprimersweredesignedbasedontheconser
vativeregionsofGGPSproteinsequencesfrompublicdatabases.ThetargetgenewasobtainedfromrootofS.miltiorhizabyuseofho
mologouscDNAamplificationandRACEtechnologies.ThesequencealignmentwasperformedusingBLAST.Theopenreadingframe
wasidentifiedbyuseoftheORFFinder.TheproteindomainsweredefinedbyuseofPrositesoftwareandthesignalpeptidesequence
waspredictedbyTargetP1.1.MEGA4.0wasusedtoconductmultipleaminoacidsequencealignmentandconstructthephylogenetic
tree.Rootsandleavesattheseedlingsstageandroots,stems,leaves,budsandflowersinthefloweringstageweresampledfortran
scriptanalysis.SemiquantitativeRTPCRwasusedtodetectthegeneexpressionlevel.ThecompletegeneofGGPSwasobtainedfrom
S.miltiorhizagenomicDNAbyPCRusingthecDNAderivedspecificprimer.ThegenestructureofGGPSwasanalyzedbycomparison
ofthegenomicDNAanditscDNA.Result:Theobtained1298bpSmGGPS1cDNAsequencecontainsan1095bpORF,encoding
364aminoacids.Itispredictedthatithasaplastidtargetingsignalpeptideofapproximately52aminoacidattheNterminalend.It
istobelievethatthisisthepolyprenylsynthetasesignature,andnucleicacidsequencecomparisonrevealedthatSmGGPS1ORFhas
morethan60% identitytothereportedGGPS.RTPCRsemiquantitativeanalysisshowedthatthegeneexpressesinthealtestedtis
sues,andwithmuchhigherlevelofexpressionintheleavesinthefloweringstage.SmGGPS1hasa397bpintron.Conclusion:For
thefirsttimethecloningofgeranylgeranyldiphosphatesynthasegenefromS.miltiorhizawasreported,anditprovidesagoodbasisfor
furtherfunctionalstudyofSmGGPS1.
[Keywords] Salviamiltiorhiza;geranylgeranyldiphosphatesynthase
[责任编辑 吕冬梅]
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