全 文 ：广 西 植 物 Guihaia　Nov．２０１４,３４(６):７３４－７４１　　　　　　　　　　 http://journal．gxzw．gxib．cn　
DOI:１０．３９６９/j．issn．１０００Ｇ３１４２．２０１４．０６．００２
凌瑶,杨树萍,张新全,等．西南地区野生狗牙根种质资源的SSR与AFLP联合分析[J]．广西植物,２０１４,３４(６):７３４－７４１
LingY,YangSQ,ZhangXQ,etal．JointanalysisofSSRandAFLPonwildCynodondactylongermplasmofsouthwestChina[J]．Guihaia,２０１４,３４(６):
７３４－７４１
西南地区野生狗牙根种质资源的
SSR与AFLP联合分析
凌　瑶１,杨树萍３,张新全２∗,陈仕勇２
(１．四川农业大学 新农村发展研究院,四川 雅安６５２０１４;２．四川农业大学 草业科学系,
四川 雅安６２５０１４;３．甘孜州农产品质量安全中心,四川 康定６２６０００)
摘　要:为了制定科学的资源保护策略、促进其开发利用以及新品种的选育,对西南地区５５份野生狗牙根材
料,联合采用SSR和AFLP方法分析其遗传多样性.通过进行引物筛选,筛选出有效引物组合１８对和１１对;
SSR和AFLP扩增总条带３５３和６２６条,多态性条带２６７和５９２条,平均每对引物扩增出多态性条带１９．６１和
５３．８３条,多态性位点百分率为７５．１０％和９４．５７％.聚类分析表明GS＝０．８０６时,可将所有供试材料分成６个
组群,当GS＝０．８２时,可将第VI个组群分成４个小组,当GS＝０．８３６时,第VI组群中第３小组的１４个材料
分为３个组群基于Shannon多样性指数,类群内的遗传变异占总变异的６７．４１％,类群间的遗传变异占总变异
的３２．５９％.基于Nei氏无偏估计的遗传一致度的聚类分析表明,各生态地理类群间的遗传分化与其所处的
生态地理环境具有一定的相关性.通过两种标记的相关性分析,表明SSR和AFLP标记之间具有显著的相
关性,而且相关性较高,证明供试材料的聚类和其生态地理环境间有一定的相关性;采用SSR和AFLP两种
联合分析,结果会更加合理和有效.
关键词:狗牙根;种质资源;SSR标记;AFLP标记;遗传多样性
中图分类号:Q９４９　　文献标识码:A　　文章编号:１０００Ｇ３１４２(２０１４)０６Ｇ０７３４Ｇ０８
JointanalysisofSSRandAFLPonwild
CynodondactylongermplasmofsouthwestChina
LINGYao１,YANGShuＧPing３,ZHANGXinＧQuan２∗,CHENShiＧYong２
(１．InstituteforNewSocialistCountrysideDevelopment,SichuanAgriculturalUniversity,Ya’an６２５０１４,China;
２．DepartmentofGrassland,SichuanAgriculturalUniversity,Ya’an６２５０１４,China;３．CenterforAgricultural
FoodQualityandSafetyofTibetanAutonomousPrefectureofGanzi,Kangding６２６０００,China)
Abstract:Inordertoguidetheintroductionandutilizationofgermplasmresources,toprovideascientificbasisfor
molecularmarkerＧassistedbreedingandtoselectparentsforbreedingprogramsaccurately,inthestudySSRand
AFLPmarkerswereemployedtoinvestigatethegeneticdiversityandrelationshipsof５５wildaccessionsofCynodon
dactylonofSouthwestChina．Bythescreeningofprimer,１８pairsofSSRand１１pairsofAFLPprimerswereselectＧ
edandusedforthepresentstudy．EighteenprimerpairsofSSRandelevenprimerpairsofAFLPproducedatotalof
３５３and６２６bands,including２６７and５９２polymorphicbands,averaged１９．６１and５３．８３polymorphicbandsperprimＧ
erpair．Thepercentagesofpolymorphicbandsinaveragewere７５．１０％and９４．５７％．Bytheanalysisofthecluster,
whentheGSwas０．８０６,the５５accessionswereclassifiedintosixmajorgroups,GSwas０．８２,theVIofthegroupwas
收稿日期:２０１３Ｇ１２Ｇ０５　　修回日期:２０１４Ｇ０３Ｇ２８
基金项目:国家科技支撑计划项目(２０１１BAD１７B０３,２０１３BAD２０B０７);国家现代牧草产业技术体系(CARSＧ３５).
作者简介:凌瑶(１９７８Ｇ),女,四川雅安人,博士,副研究员,研究方向为草种质资源创新及育种,(EＧmail)lingyao２３＠１６３．com.
∗通讯作者:张新全,教授,博士生导师,研究方向为牧草及草坪草育种与种质资源,(EＧmail)zhangxq＠sicau．edu．cn.
dividedintofourgroups,GSwas０．８３６,group１４materialinPartVIofthegroupwasdividedintothreegroups．GeＧ
neticdiferentiationbetweenorwithinsixecoＧgeographicalgroupsofC．dactylonwasestimatedbyShannon’sdiverＧ
sityindex,andtheresultsshowedthat６７．４１％geneticvarianceexistedwithingroup,and３２．５９％geneticvariance
wasamonggroups;BasedonNei’sunbiasedmeasuresofgeneticidentity,UPGMAclusteranalysisofsixecoＧgeoＧ
graphicalgroupsofC．dactylonindicatedthattherewasacorrelationbetweengeneticdiferentiationandecoＧgeoＧ
graphicalhabitsamongthegroups．Furtherindicatedthatusingthebothmarkerstoanalysisofthegeneticdiversity
ofC．dactylonwasmorereasonableandefective．
Keywords:Cynodondactylon;germlasmresource;SSRmarker;AFLPmarker;geneticdiversity
　　狗牙根(Cynodondactylon)又名行仪芝、绊根
草、铁线草、百慕大草,植株低矮,繁殖力强,抗旱,耐
践踏,质 地较细,色泽好,是全球暖季型草坪草中坪
用价值最高、应用最广泛的草种之一(Gatschetet
al．,１９９４;Taijaferro,１９９５).主要生长于温暖湿润
的热带及亚热带地区.在我国主要分布于黄河以南
各省,以及新疆、西藏等西北高原地区(陈静波等,
２０１２),甚至海拔４０００m 的喜马拉雅山也有分布.
由于分布范围广,生境类型丰富,野生狗牙根具有丰
富的遗传多样性.如何利用野生狗牙根丰富的遗传
多样性来进行物种保护和改良,选育出较为优良的
品种,必须在收集野生狗牙根种质资源的同时,采用
分子方法获取有用信息,为遗传图谱构建、基因定
位、遗传多样性分析、种质鉴定、DNA指纹图谱构建
以及标记辅助选择等提供科学数据.
SSR(simplesequencerepeat简单重复序列),
又称微卫星(mierosatelite),是一种基于DNA长
度多态性的分子标记技术,广泛分布于真核生物基
因组的编码区和非编码区.目前已被广泛应用于遗
传图谱构建、基因定位、遗传多样性分析、种质鉴定、
DNA指纹图谱构建以及标记辅助选择等方面(李丹
婷等,２０１２).新疆、甘肃等地通过野生狗牙根遗传
多样性的研究,繁育出了适合于当地地理气候条件
的狗牙根新品系.西南各省区复杂的气候生境条件
蕴藏着丰富的狗牙根资源,但对西南各省区大量有
代表性的野生狗牙根种质做遗传多样性研究较少,
严重影响了适合西南区狗牙根新品系的繁育.本研
究利用AFLP和SRAP分子标记技术,探讨供试材
料间的遗传差异,为了更有效地利用西南区野生狗
牙根优良基因,开展新品系的选育具有重要意义.
１　材料与方法
１．１供试材料
供试材料为四川农业大学草业科学系收集的
５５份野生狗牙根资源.采集的材料栽种于四川农
业大学农场资源圃,采集地见图１和表１.
１．２基因组DNA提取
采用改进的CTAB法提取试验材料的基因组
DNA,用０．８％的琼脂糖凝胶电泳检测DNA质量.
通过测定紫外光吸收值来测定DNA浓度和纯度,
利用０．８％琼脂糖电泳检查DNA完整性.Ｇ２０℃储
存,供SSR和AFLP扩增使用.
１．３SSR与AFLP分析
１．３．１AFLP和SRAP引物筛选　分别从２００对和
３００对引物组合中筛选出符合标记条件的１８对(表
２)和１１对(表３)SSR和AFLP引物.
１．３．２AFLP和SRAP分析　SSR分析的扩增方法
参照凌瑶等(２０１２),改良后应用.AFLP分析:采用
双酶切技术对总DNA进行酶切.EcoRI和 MseI
酶切样品DNA后,与特定接头连接,通过EcoRI和
MseI预扩引物进行预扩增后选扩.具体见齐晓芳
等(２０１０)改良后的方法.
１．３．３PAGE检测　６％聚丙烯酰胺变性凝胶电泳分
离选择性扩增产物,银染显色,参照许绍斌等(２００２)
的方法.
１．４数据统计
只选清晰可辨的电泳条带,以l和０分别记录
条带的有无.在相同片段位置上有带记为l,无带
记为０.联合两矩阵,采用 NTSYSpc２．１０软件分
析,得到种质联合鉴别聚类图和主坐标图,进行一致
性分析.据Neietal．(１９７９)和Nei(１９７２)相似系数
法分别计算各个种间的遗传相似性系数(genetic
similarity,GS)和遗传距离(geneticdistance,GD,
GD＝１ＧGS),聚类用不加权组平均法(unＧweighted
pairＧgroup methodusinganarithmeticaverage,
UPGMA)(Wachiraetal．,１９９５)进行.用 NTSYSＧ
pc(Perssonetal．,２００１)软件按照NeiＧLi进行并作
图对两种标记所得到的遗传相似性系数矩阵进行
Mantel检测.各种质及其生态地理类群间的遗传
５３７６期　　　　　　　凌瑶等:西南地区野生狗牙根种质资源的SSR与AFLP联合分析
表１　供试材料
Table１　WildCynodondactylonaccessionsusedinthisstudy
编号
Accession
number
　采集地 Origin
生境
Habitat
海拔
Altitude
(m)
编号
Accession
number
　采集地 Origin
生境
Habitat
海拔
Altitude
(m)
１ 四川,汶川 Wenchuan,Sichuan 路边 Roadside １２１０ ２９ 四川,宜宾 Yibin,Sichuan 荒地 Wasteland ２６０
２ 四川,茂县 Maoxian,Sichuan 荒地 Wasteland １４８０ ３０ 四川,宜宾 Yibin,Sichuan 江边 Riverside ２５０
３ 四川,茂县 Maoxian,Sichuan 荒地 Wasteland １４６０ ３１ 四川,宜宾 Yibin,Sichuan 江边 Riverside ２５０
４ 四川,汶川 Wenchuan,Sichuan 路边 Roadside １３１０ ３２ 重庆,梁平Liangping,Chongqing 河边 Riverside ４００
５ 四川,金川Jinchuan,Sichuan 路边 Roadside ２１５０ ３３ 重庆,梁平Liangping,Chongqing 路边 Roadside ３８０
６ 四川,金川Jinchuan,Sichuan 路边 Roadside １３１０ ３４ 重庆,长寿Changshou,Chongqing 林地 Woodland ３０５
７ 四川,雷波Leibo,Sichuan 河滩Floodland １２００ ３５ 重庆,长寿Changshou,Chongqing 河滩Floodland １４０
８ 四川,会东 Huidong,Sichuan 路边 Roadside － ３６ 重庆,合川 Hechuan,Sichuan 河滩Floodland １３０
９ 四川,宁南 Ningnan,Sichuan 路边 Roadside － ３７ 重庆,嘉陵Jialing,Chongqing 林地 Woodland ２３０
１０ 四川,西昌 Xichang,Sichuan 河滩Floodland １３８０ ３８ 重庆,万州 Wanzhou,Chongqing 码头Shipside １５０
１１ 四川,西昌 Xichang,Sichuan 河滩Floodland １３８０ ３９ 重庆,万州 Wanzhou,Chongqing 路边 Roadside ４９０
１２ 四川,冕宁 Mianning,Sichuan 田埂Fieldridge １７７４ ４０ 重庆,云阳 Yunyang,Chongqing 河滩Floodland １６０
１３ 四川,越西 Yuexi,Sichuan 路边 Roadside － ４１ 贵州,荔波Libo,Guizhou 河滩Floodland ３７０
１４ 四川,攀枝花Panzhihua,Sichuan 路边 Roadside １１００ ４２ 贵州,荔波Libo,Guizhou 河滩Floodland ３６０
１５ 四川,攀枝花Panzhihua,Sichuan 林地 Woodland １１２０ ４３ 贵州,独山 Dushan,Guizhou 路边 Roadside ９５０
１６ 四川,攀枝花Panzhihua,Sichuan 草地 Grassland １２００ ４４ 贵州,独山 Dushan,Guizhou 田埂Fieldridge ９７０
１７ 四川,米易 Miyi,Sichuan 山坡 Hilside １６２０ ４５ 贵州,独山 Dushan,Guizhou 路边 Roadside ８１０
１８ 四川,盐边 Yanbian,Sichuan 田埂Fieldridge １１５０ ４６ 贵州,独山 Dushan,Guizhou 路边 Roadside ８９０
１９ 四川,雅安 Ya＇an,Sichuan 草地 Grassland ６００ ４７ 西藏,八一Bayi,Tibet 花园 Garden ３０８０
２０ 四川,宝兴Baoxing,Sichuan 山坡 Hilside １０１０ ４８ 西藏,察隅Chayu,Tibet 路边 Roadside ２５５０
２１ 四川,萦经 Yingjing,Sichuan 路边 Roadside ７２０ ４９ 西藏,察隅Chayu,Tibet 路边 Roadside ２４６０
２２ 四川,天全 Tianquan,Sichuan 河边 Riverside ７４０ ５０ 西藏,察隅Chayu,Tibet 路边 Roadside ２０３０
２３ 四川,芦山Lushan,Sichuan 山坡 Hilside ６３０ ５１ 西藏,察隅Chayu,Tibet 路边 Roadside １７５０
２４ 四川,芦山Lushan,Sichuan 河边 Riverside ６８５ ５２ 云南小哨溪 Xiaoshao,Yunnan 沟边 Groove １９００
２５ 四川,宜宾 Yibin,Sichuan 河滩Floodland ２４０ ５３ 云南小哨 Xiaoshao,Yunnan 路边 Roadside １９１０
２６ 四川,宜宾 Yibin,Sichuan 江边 Riverside ２５５ ５４ 云南,昆明 Kunming,Yunnan 路边 Roadside １７２０
２７ 四川,宜宾 Yibin,Sichuan 河滩Floodland ２４５ ５５ 云南巧家 Qiaojia,Yunnan 路边 Roadside ８４１
２８ 四川,宜宾 Yibin,Sichuan 路边 Roadside ３４０
表２　SSR引物序列
Table２　SequencesofSSRprimers
引物组合
Primercombination
上游碱基序列/下游碱基序列 (５′Ｇ３′)
Forward/reverseofsequencse(５′Ｇ３′)
引物组合
Primercombination
上游碱基序列/下游碱基序列 (５′Ｇ３′)
Forward/reverseofsequencse(５′Ｇ３′)
SG２６
TGGCGGACATCCTATT
GGAGAGCCCGTCACTT
SG２５
CCTCCTTTTCCTCCTCCTCCC
TCAGAATCCTAGCCACCGTTG
W６
GTCCAGCTCTCGGATCTTGG
TGCATCCAAACAAGCCATGC
R４５
ATCGTTGCCTCGTAACAACC
ACCTGCAACTGCCAGAAGAG
M３１
GAAGTCGCTGATGAGAACGTAACC
GCTAGCTAGTGTGAGTTCTTCCGC
R３８
GTCATCTACCACACCCAGCC
CTTGGTCCAACCCGAACTTA
S１
TCACCAGACCACCAGCTTC
GAGAACGGGCCAAGGTACT
S１１
GAGGGCGTACAGGAAGAACA
CCGAGAAGGACTTGGTGAAG
M２６
CTGTCGTAAGAGCGCCAACAG
GTCTGAACGATGAACAGTACACGC
SG２９
AATGAGGAAAATATGAAACAAGTACCAA
AATAACAAGCGCAACTATATGAACAATAAA
SG３
CCAACCGAGTCGCTGATG
GTGGACTCTGTCGGGGCACTG
W１７
GTGGCAGGCAGGCAAGCAAG
TGACGAGCTCATCGTCGTAG
SG２２
TGGGCAGGGTATCTAACTGA
GCCTTTTTCTGAGCCTTGA
S５
GTGGACGATGGATGGATCA
ATCACCACTGCCTCTCACAA
M２２
GAGAGGTCGTCGTCGCTACTG
GAGACCAGATTCTTGGAACGGTAA
R２
AAGTCCGTCGACAGGATGAG
GCTGCTCTTCCTTGTGGCTA
SG２０
TGTATGGCCTAGCTTATCT
CAACAAGCCAACCTAAA
M４８
TGGACGATCTGCTTCTTCAGG
GAAGGCTTCTTCCTCGAGTAGGTC
６３７ 广　西　植　物　　　 　　　　　　　　　　　　　　３４卷
图１　供试５５个野生狗牙根材料采样地分布图
Fig．１　Geographicalmapshowingthelocationof５５samplesofwildCynodondactylon
表３　AFLP引物序列
Table３　SequencesofAFLPprimers
EcoRI
碱基序列 (５′Ｇ３′)
Sequencse(５′Ｇ３′) MseI
碱基序列 (５′Ｇ３′)
Sequencse(５′Ｇ３′)
EＧAAC GACTGCGTACCAATTCAAC MＧCTC GATGAGTCCTGAGTAACTC
EＧACA GACTGCGTACCAATTCACA MＧCTG GATGAGTCCTGAGTAACTG
EＧACT GACTGCGTACCAATTCACT MＧCAC GATGAGTCCTGAGTAACAC
EＧACT GACTGCGTACCAATTCACT MＧCTA GATGAGTCCTGAGTAACTA
EＧACC GACTGCGTACCAATTCACC MＧCAT GATGAGTCCTGAGTAACAT
EＧACG GACTGCGTACCAATTCACG MＧCTA GATGAGTCCTGAGTAACTA
EＧACG GACTGCGTACCAATTCACG MＧCTG GATGAGTCCTGAGTAACTG
EＧACG GACTGCGTACCAATTCACG MＧCTT GATGAGTCCTGAGTAACTT
EＧAGC GACTGCGTACCAATTCAGC MＧCTG GATGAGTCCTGAGTAACTG
EＧACG GACTGCGTACCAATTCACG MＧCAC GATGAGTCCTGAGTAACAC
EＧACA GACTGCGTACCAATTCACA MＧCTT GATGAGTCCTGAGTAACTT
多样性,根据Nei氏基因多样性指数来估计(车永和
等,２００４).
２　结果与分析
２．１SSR和AFLP分析
SSR和 AFLP扩增总条带分别为３５３和６２６
条,多态性条带分别为２６７和５９２条,平均每对引物
扩增出的多态性条带分别为１９．６１和５３．８３条,PPB
为７５．１０％和９４．５７％.引物等位位点多态性信息含
量PIC变幅为０．１６６８~０．４５６５,平均值为０．３３０７.
SG２６的多态性信息含量最高为０．４５６５,W１７的
PIC最低为０．１６６８.AFLP扩增的DNA片段集中
在１００~５００bp,引物等位位点多态性信息含量PIC
变幅为０．３０５３~０．６７２５,平均值为０．４４８３.EＧ
AGCＧMＧCTG的多态性信息含量最高为０．６７２５,EＧ
ACGＧMＧCTG的PIC最低为０．３０５３(表４).
２．２５５份野生狗牙根资源的UPGMA聚类结果
合并两个标记,采用非加权类平均法(UPGＧ
MA)聚类分析.聚类分析图显示(图６),相似系数
GS＝０．８０６时,可将所有供试材料分为６个组群.
第I组群为云南组群(４个材料);２９号为四川
宜宾的材料,其形态学优势明显,构成Ⅱ类;第III
组群为西藏组群(５个材料);第IV组群为攀西地区
７３７６期　　　　　　　凌瑶等:西南地区野生狗牙根种质资源的SSR与AFLP联合分析
图２　部分SSR引物的筛选
Fig．２　AmplificationresultsofdiferentSSRprimers
图３　EＧACT－MＧCTA引物的AFLP筛选
Fig．３　AmplificationresultofEＧACT－
MＧCTAprimersofAFLP
组群(１２个材料)和１个阿坝的材料;第V组群为贵
州组群(６个材料);第VI组群较混杂,包括来自四
川阿坝、雅安、宜宾和重庆组群(２６个材料).
相似系数GS＝０．８２时,第 VI组群的２６个材
料可分为４个小组.雅安的２１号和２２号组成第１
小组;宜宾的２６、２７、２８、３０号组成第２小组;第３小
组包括９个重庆、３个雅安和２个宜宾的材料;５个
阿坝的材料和１个宝兴的材料组成第４小组.相似
系数GS＝０．８３６时,第VI组群中第３小组的１４个
材料分为３个分支,来自雅安芦山的２３号和２４号
聚在一起;９个重庆的材料聚为一类;而来自宜宾的
２个材料和１个雅安的材料聚在一起.
２．３遗传差异性分析
用NTSYSＧpc软件分别计算SSR和 AFLP的
遗传相似性矩阵,并采用GS计算方法,获得供试材
料相似性矩阵.其GS值为０．６０５~０．８５２,平均遗
传距离GS等于０．７４５,其变幅为０．２４７.四川雷波
(７号)和四川会东(８号)之间的遗传相似系数最小,
为０．２００４.来自西藏的５１号和云南５３号相互之
间的遗传相似系数最大,为０．７５２１.
２．４生态地理类群的遗传多样性指数
遗传分化的分析参数,包括遗传距离(GD)、各
类群表型多样性(D)、类群的平均表型多样性
(Hgroup)、物种水平上的表型多样性(Hsp)、类群内
的表型多样性(Hwithin)和类群间的表型多样性
(Hbetween).根据赵汝植(１９９７)和具体的材料采集生
境,将供试材料分为四川阿坝、四川雅安、四川攀西
地区、四川宜宾、重庆、云南贵州、西藏(表５).各类
群的GD在０．１８１２~０．２２１６之间,云南贵州的最
大,说明云南贵州群体有着丰富的遗传变异.对各
生态地理类群而言,Hsp＝０．３９８４,Hgroup＝０．２６８６,
Hwithin＝０．６７４１,Hbetween＝０．３２５９.
２．５两种标记之间的相关性分析
利用NTSYSＧpc软件分别计算出SSR标记和
AFLP的遗传相似性矩阵并进行相关性检测,结果
呈极显著相关,相关系数r＝０．５４６２,P＝０．０１;
AFLP标记和综合数据呈极显著相关,相关性系数
r＝０．８８９２,P＝０．０１;SSR标记和综合数据呈极显
著相关,相关性系数r＝０．９３９６,P＝０．０１.说明使
用这两种分子标记对狗牙根种质材料的遗传多样性
分析具有较高的一致性和可信度,而AFLP标记更
接近于两标记的综合遗传多样性分析,可以推测
AFLP在狗牙根种质材料的遗传多样性和亲缘关系
的分析中可能具有更高的可信度.
３　讨论
本研究利用SSR 标记和 AFLP标记获得了
７５．１０％和９４．５７％的多态性,说明SSR和AFLP标
记在能有效检测出供试材料的多态性.AFLP标记
的PPB高于SSR标记的PPB１９．４７个百分点,表现
出了较大优势,充分说明,AFLP标记比其它分子标
记更具有丰富的多态性.这可能与 AFLP检测基
因组的区域涵盖整个基因组,其多态性类型主要是
碱基突变、插入、缺失、易位和倒位有关.AFLP标
记没有种属特异性,故能产生较高的多态性(孙小红
等,２００６).张燕燕等(２０１０)利用SSR、AFLP和TRAP
８３７ 广　西　植　物　　　 　　　　　　　　　　　　　　３４卷
表４　狗牙根SRAP和SSR标记的多态性
Table４　 Amplificationresultsfrom１８primercombinationbasedonSRAPandSSRmarkers
SSR
引物对
Primerpair
SSR扩增
总条带数
TotalNo．of
polymorphic
bands
SSR多态性
条带数
No．of
polymorphic
bands
SSR多态
性比率
Percentageof
polymorphic
bands(％)
SSR
多态性
信息含量
PIC
AFLP
引物对
Primerpair
AFLP扩增
总条带数
TotalNo．of
polymorphic
bands
AFLP多态性
条带数
No．of
polymorphic
bands
AFLP多态
性比率
Percentageof
polymorphic
bands(％)
AFLP
多态性
信息含量
PIC
SG２６ １８ １６ ８８．８９ ０．４５６５ EＧAAC－MＧCTC ４１ ３８ ９２．６８ ０．３４２４
W６ ２１ １４ ６６．６７ ０．３５１２ EＧACA－MＧCTG ６４ ５８ ９０．６３ ０．３３９１
M３１ ２５ １７ ６８．００ ０．３４６４ EＧACT－MＧCAC ３６ ３２ ８８．８９ ０．３１６５
S１ ２０ １２ ６０．００ ０．３２８４ EＧACT－MＧCTA ４７ ４５ ９５．７４ ０．６２１２
M２６ ２５ １９ ７６．００ ０．３８３２ EＧACC－MＧCAT ５９ ５９ １００．００ ０．５８７３
SG３ １７ １４ ８２．３５ ０．３７４９ EＧACG－MＧCTA ６５ ６０ ９２．３１ ０．４１３８
SG２２ ２６ ２５ ９６．１５ ０．４３３９ EＧACG－MＧCTG ６２ ５８ ９３．５５ ０．３０５３
M２２ １６ １２ ７５．００ ０．３７９７ EＧACG－MＧCTT ６２ ６２ １００．００ ０．５２４６
SG２０ １６ １３ ８１．２５ ０．２５８５ EＧAGC－MＧCTG ６９ ６９ １００．００ ０．６７２５
SG２５ １９ １８ ９４．７４ ０．４１２０ EＧACG－MＧCAC ６１ ５５ ９０．１６ ０．４８１２
R４５ １４ １１ ７８．５７ ０．３０１６ EＧACA－MＧCTT ６０ ５６ ９３．３３ ０．３２７５
R３８ １５ １２ ８０．００ ０．３０１２
S１１ ２２ １５ ６８．１８ ０．２３４７
SG２９ ２２ ２１ ９５．４５ ０．３５６０
W１７ １４ ７ ５０．００ ０．１６６８
S５ １９ ８ ４２．１１ ０．３０２６
R２ １９ １０ ５２．６３ ０．２７８３
M４８ ２４ ２３ ９５．８３ ０．２８５９
总和 Total ３５３ ２６７ 总和 Total ６２６ ５９２
平均 Average １９．６１ １４．８３ ７５．１ ０．３３０７ 平均 Average ５６．９１ ５３．８２ ９４．５７ ０．４４８３
表５　狗牙根各生态地理类群的遗传多样性指数
Table５　GeneticpolymorphismindexesofsixecoＧgeographicalgroupsofCynodondactylon
类群 Group 遗传距离 GD D H０ Hsp Hgroup Hwithin Hbetween
四川阿坝 A’ba,Sichuan ０．１８１２ ０．１８５６ ０．２７６４
四川雅安 Ya’an,sichua ０．１９２９ ０．１９２４０ ０．２８９４
攀西地区Panxiregion ０．１８５７ ０．１６０９ ０．２４１６
四川宜宾 Yibin,sichua ０．１８２５ ０．１８２１ ０．２６９８
０．３９８４ ０．２６８６ ０．６７４１ ０．３２５９
重庆Chongqing ０．１８２９ ０．１６２６ ０．２４８９
云南、贵州 Yunnan,Guizhou ０．２２１６ ０．２３１２ ０．３４３２
西藏 Tibet ０．２１７７ ０．１４１５ ０．２１１０
３种分子标记对云南勐腊农场发现的２株超高产橡
胶树 云 PR１０７、云 RRIM５０１ 与 正 常 产 量 单 株
(PR１０７、RRIM５０１)进行遗传分析证实了这点.
本研究采用两种标记合并后在聚类分析,GS＝
０．８０６时,５５份供试材料聚成６个组群,来自同一或
相似生境的材料聚在一起.西藏类群采自青藏高
原,高原气候和土壤条件有其特殊性,聚在一起;此
外,云南贵州类群、攀西类群由于独特的生态环境,
各自聚类;来自四川宜宾的材料(２９号),因其形态
学优势较为明显自成一类,此结果与凌瑶等(２０１２)
在野生狗牙根种质资源SRAP与SSR的遗传多样
性的研究结果相同.当相似系数 GS＝０．８２时,第
VI组群的２６个材料可分为４个小组,分类结果基
本符合地理位置划分.雅安的两个材料２１号和２２
号组成第１小组;宜宾的２６、２７、２８、３０号组成第２
小组;在第３小组中包括９个重庆、３个雅安和２个
宜宾的材料.相似系数GS＝０．８３６时,第 VI组群
中第３小组的１４个材料分为３个类群.来自雅安
芦山的２３号和２４号材料聚在一起;９个重庆的材
料聚为一类;来自宜宾(２个)和雅安(１个)材料聚在
混杂在一起,这不符合前人(凌瑶等,２０１２)聚类结
果,却更加符合地理类群的划分.说明两种分子标
９３７６期　　　　　　　凌瑶等:西南地区野生狗牙根种质资源的SSR与AFLP联合分析
图４　SSR引物 W６对５５份供试材料扩增图谱　１Ｇ５５材料编号同表１;M:标准分子量.下同.
Fig．４　Electrophoreticpatternsof５５CynodondactylonwithSSRprimerW６
１Ｇ５５arethesameasTable１;M:DNAmarker．Thesamebelow．
图５　AFLP引物EＧACG－MＧCTG对５５份供试材料扩增图谱
Fig．５　Electrophoreticpatternsof５５C．dactylonwithAFLPprimerEＧACG－MＧCTG
记结合来研究植物遗传多样性比采用单个分子标记
来研究植物遗传多样性,结果更加合理、准确.究其
原因,可能是由于西南区地区地形复杂多样,采样地
从高山、高原、河边、田埂、路边、河滩等地形地貌,使
得西南区地区野生狗牙根资源遗传多样性较明显.
采用SSR和AFLP标记对生态地理类群的遗
传结构分析,来自四川雷波(７号)和四川会东(８号)
之间的遗传相似系数最小,为０．２００４.来自西藏的
５１号云南５３号它们相互之间的遗传相似系数最
大,为０．７５２１.这与材料的采样点有关,来自相同
地域的材料遗传差异较小,来自生态地理差异性大
的材料遗传差异较大,符合凌瑶等(２０１２)的研究结
果,相隔较远地域,生镜差异较大的材料,遗传多样
性丰富,供试材料形态学特征差异明显.居群遗传
结构决定物种或群体的进化潜力.基于SSR 和
AFLP标记使用 Nei氏遗传多样性、Shannon多样
性指数分析狗牙根居群的遗传结构,Hsp(０．３９８４)
大于 Hgroup(０．２６８６),Hwithin(０．６７４１)大于
Hbetween(０．３２５９),结果表明,在供试材料中的遗
传变异在居群间要大于居群内.物种在进化过程中
变异程度与物种生存的环境气候条件密切关联.狗
牙根在世界范围内广泛分布,各地差异较大的生境
０４７ 广　西　植　物　　　 　　　　　　　　　　　　　　３４卷
图６　５５份野生狗牙根亲缘关系及遗传多样性聚类图
Fig．６　Dendrogramofclusteranalysisfor５５C．dactylon
basedonSSRandAFLPmarkers
图７　供试材料SSR标记与AFLP标记间基于遗传
相似系数矩阵的相关性分析
Fig．７　Scatterplotsshowingpairwisecomparisonsbetween
theNeiandLi’scoeficientsascalculatedfromSSR
andAFLPanalysesacrossthegermplasm
造就野生狗牙根有较高的变异水平,而且狗牙根的
无性繁殖方式及异花授粉也决定其拥有较高的遗传
多样性.这些都促使我们要加快野生种的收集和保
护,尽可能的保护其生态和地理环境的多样性.随
着生物技术水平和研究手段的深入发展,应用新的
生物学技术来保护和改良野生优质的狗牙根种质,
为其优良种质基因的挖掘、新品种的选育和保护以
及种质创新等方面有重要的意义.
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１４７６期　　　　　　　凌瑶等:西南地区野生狗牙根种质资源的SSR与AFLP联合分析