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分子标记在松科植物种质资源研究中的应用



全 文 :2011 年 5 月
第 24 卷第 3 期
黑龙江生态工程职业学院学报
Journal of Heilongjiang Vocational Institute of Ecological Engineering
May 2011
Vol. 24 No. 3
分子标记在松科植物种质资源研究中的应用
李红艳 罗 旭 张海峰
(黑龙江省林业科学研究所,哈尔滨 150081)
摘 要:综述了近年来 DNA分子标记技术在松科植物物种鉴定及种间亲缘关系分析、分子遗传图谱构建、群体
遗传结构及多样性分析领域的研究进展,指出了分子标记在松科种质资源研究领域存在的问题,并提出今后的研究
方向。
关键词:分子标记;松科植物;种质资源
中图分类号:Q7 文献标志码:A 文章编号:1674 - 6341(2011)03 - 0011 - 05
收稿日期:2011 - 04 - 07
基金项目:黑龙江省自然科学基金项目:利用分子标记
进行杂种落叶松优良家系的鉴别(C200530) ,杂种落叶松体
细胞胚胎发生技术的研究(C200801)
作者简介:李红艳(1977 -) ,女,硕士生。研究方向:林
木遗传育种、分子生物学。
分子标记技术也称 DNA 分子诊断技术,是基于研究
DNA分子由于缺失、插入、易位、倒立、重排或由于存在长短
与排列不一的重复序列等机制而产生的多态性。它反映生
物个体或群体间在基因组上某种差异特征的 DNA 片段,与
表型标记相比,分子标记具有以下优越性: (1)直接以 DNA
的形式表现,在动植物体的各个组织,各发育时期均可检测
到,不受季节、环境限制,不存在表达与否的问题;(2)数量极
多,遍及整个基因组;(3)多态性高,自然存在着许多等位变
异,不需专门创造特殊的遗传材料;(4)表现为“中性”,即不
影响目标性状的表达,与不良性状无必须连锁;(5)许多分子
标记表现为共显性,能够鉴别纯合基因型与杂合基因型,提
供完整的遗传信息[1]。分子标记技术发展迅速,种类包括:
限制性片断长度多态(Restriction Fragment Length Polymor-
phism,简称 RFLP)、随机引物扩增多态性 DNA(Random Am-
plified Polymorphic DNA,简称 RAPD)、扩增片段长度多态
(Amplified Fragment Length Polymorphism,简称 AFLP)、SSR /
VNTR(简单序列重复或微卫星 /数量可变串联重复或小卫
星)、微卫星引动的 PCR(MP - PCR)、锚定的 SSR - PCR、
PCR扩增微卫星位点等。
林木种质资源是国家重要的基础战略资源,是林木良种
选育的基础。长期以来,林木种质资源的评价、保存与利用
工作十分薄弱,种质资源的流失非常严重。我国虽然树种资
源丰富,但森林资源贫乏,大量具有特殊价值和利用潜力的
树种的遗传资源及其有效群体逐渐减少,种质资源的流失,
不仅对林木良种选育工作造成很大损害,而且对整个森林生
态安全已经构成威胁。利用分子标记技术对种质资源进行
研究是一个新的学科方向,近年来分子标记技术越来越多地
应用于松科植物种质资源研究工作中。
1 物种鉴定及种间亲缘关系分析
林木种子的真实性鉴定,一直是种苗生产、贸易中的突
出问题。一些亲缘关系较近的种,特别是松科中松属及落叶
松属的某些种,其种子甚至幼苗的形态都非常相似,往往难
以根据形态对其进行区分。另外,落叶松的一些杂交种往往
集合了双亲的优点,在种子园中这些杂交种和它们的亲本种
子很难鉴别,甚至生长几年后也难以区分[2]。对于不同的物
种,其基因组 DNA所携带的遗传信息必然有所不同,只不过
亲缘关系近的物种差异程度小,亲缘关系远的差异程度大。
因此,DNA分子标记被越来越多地用于物种鉴定和种间亲缘
关系分析。早在 1992 年,Bobola等[3 ~ 5]利用 RFLP标记技术
对红云杉和黑云杉进行了鉴别,虽然获得的标记不具有
100%种的特异性,但通过细胞器和核基因组 RFLP标记的组
合,可以对红云杉和黑云杉进行可靠的区分。1995 年,Perron
等[6]对红云杉和黑云杉进行研究,获得了所有检测样本 4 个
种一级水平上 100%保守的 RAPD 标记。1996 年,Khasa[7]
等用 RAPD片段作为标记区别云杉属不同种白云杉、恩氏云
杉以及它们的杂交种。1997 年,Furman 等[8]获得了中美洲
和墨西哥几个松属树种一级水平上的特异的 RAPD 谱带。
1999 年,Germano 等[9]用 SNPs 做分类群鉴定,区别红云杉、
黑云杉、白云杉。2000 年 Scheepers 等[10]用 RAPD 的方法鉴
定落叶松和其杂种,得到了特异的 RAPD 条带。2003 年,
Nkongolo等[11]从多脂松(Pinus resinosa)中分离了少量的微
卫星 DNA引物,其中的一对引物产生了丰富的信息,可以用
来鉴别松树树种。2004 年,Achere 等[12]根据叶绿体基因组
父系遗传,而线粒体基因组母本遗传的特性,用 PCR - RFLP
的方法扩增了叶绿体基因组基因,通过酶切片断的差异区分
了日本落叶松和欧洲落叶松,结合线粒体基因特异片断,区
分落叶松的父本和母本;同年,我国国家质量监督检验检疫
总局也出版了用 RAPD 进行落叶松种子鉴定的实验方
法[13]。2005 年,赵阿风[14]用 8 对 SSR引物的指纹组合建立
了福建省五一林场马尾松无性系测定林的 DNA 指纹图谱,
可以简便有效地区分开全部供试的 120 个不同无性系。
2006 年,曲丽娜等[15]采用 RAPD和 ISSR分子标记对兴安落
叶松、华北落叶松和长白落叶松进行不同物种的种间鉴别,
得到鉴别三种落叶松苗木的 3 个 RAPD引物,鉴别三种落叶
松种子的 3 个 RAPD 引物和 2 个 ISSR 引物。2008 年,张磊
等[16]采用 ISSR分子标记技术对兴安、长白和日本落叶松种
间以及不同无性系进行了鉴别,从 49 条引物中筛选出 13 条
ISSR引物可以对落叶松种间和无性系间进行鉴别,特异条带
个体的百分率为 100%。2009 年,郭树杰[17]利用 RAPD技术
—11—
对陕西陇县八渡林场油松种子园 14 个无性系进行鉴别,其
中 6 个 RAPD引物可有效对 14 个无性系进行分子鉴别。
2 群体遗传结构及遗传多样性分析
遗传多样性泛指地球上所有生物的遗传信息的总和,包
括不同物种间以及物种内的遗传变异。狭义上遗传多样性
通常指物种内的不同种群内不同个体间的遗传变异[18]。它
反映着一个物种适应环境的能力及其被改造和利用的潜力。
遗传结构就是遗传变异或者基因和基因型在时间和空间上
的分布式样,它受突变、基因流、自然选择和遗传漂变的共同
作用,同时还和物种的进化历史和生物学特性有关[19]。遗
传多样性是生物界几十亿年进化所产生的宝贵资源,是人类
生存和社会生产发展的基础。遗传多样性的研究为揭示生
物分子进化、地理变异和物种形成提供了强有力的证据和方
法,是保护人类赖以生存的种质资源的基础,是推动生命科
学进步的重要工具。
在松科植物的遗传多样性研究中,以张恒庆等对凉水国
家自然保护区天然红松的研究报道较多。对天然红松遗传
多样性在时间尺度上变化的 RAPD 分析结果表明:红松在时
间尺度上的遗传分化比空间尺度的低,凉水保护区内的红松
遗传多样性在 1581—1900 年的时间段内没有太大的波动,
龄级间遗传多样性分化不明显,红松遗传多样性主要存在于
龄级内[20,21]。对凉水、丰林国家自然保护区红松居群遗传多
样性的研究,无论采用 RAPD 标记,还是 ISSR 标记,结果均
表明:红松的遗传多样性凉水居群大于丰林居群。对比分析
了这两个天然红松居群的遗传多样性变化,红松种内的遗传
变异主要存在于居群内,居群内存在一定的遗传分化[22 ~ 25]。
冯富娟等[26]利用 ISSR 技术分析了长白山不同海拔高度红
松的遗传分化,发现该地区的遗传多样性水平呈现随海拔升
高而降低的趋势。长白山不同海拔高度红松的变异主要来
自群体内,红松之间的遗传距离和垂直地理距离之间有明显
的正相关性。推测:红松的垂直分布由低海拔向高海拔处扩
散而形成的。杨传平等[27]应用 ISSR 技术,以俄罗斯的西伯
利亚红松不同地理分布区的 19 个种源为材料进行遗传多样
性研究,结果表明:种源的平均多态位点比率为26. 48%,具
有高的遗传多样性,种源间存在一定程度的基因流动和遗传
分化。此外,张冬东[28]利用 SRAP技术分析露水河林业局红
松种子园种源试验林中 24 个种源的遗传结构,王洪梅[29]利
用 ISSR分子标记技术分析了露水河种子园和天然红松的遗
传多样性和遗传结构,结果均表明:群体的遗传变异主要存
在于种源(群体)内。
马尾松遗传结构和遗传多样性研究方面,艾畅等[30]对
福建五一,朱必凤等[31]对广东韶关,张薇等[32]对福建白砂,
万爱华等[33]对湖北京山,杨玉洁等[34]对湖南桂阳马尾松种
子园的遗传结构和遗传多样性进行了分析,结果表明马尾松
种子园均具有较高的遗传多样性。李丹等[35]采用 RAPD 技
术分析测定了 3 个马尾松海拔梯度种群的分子遗传特征,发
现马尾松种群中遗传多样性较高,种群间的分化程度较低,
大部分变异存在于种群内。刘爱萍[36]用 RAPD和 ISSR标记
对我国 12 个省(区)马尾松优良种质资源代表品种进行了亲
缘关系和遗传多样性分析,多态性百分率分别为89. 5%和
88. 9%。李志辉[37]等用 ISSR标记对广西古蓬和浪水两个种
源区的马尾松天然林 5 个群体共 85 份样品进行遗传多样性
分析,古蓬种源多态位点百分率为94. 35%,浪水多态位点百
分率为94. 38%,表明马尾松天然林群体内遗传多样性水平
高,个体间基因多样性变异大。
油松是我国的特有树种,从目前研究的有关资料来看,
国外的研究报道甚少,国内最近几年对油松的遗传多样性和
遗传结构研究的较多。2008 年,李毳[38]利用 RAPD 和 ISSR
两种分子标记方法对山西 5 个天然油松群体进行了遗传多
样性分析;周飞梅[39]等,利用 RAPD 分析了陕西地区油松天
然群体的遗传结构;2009 年,王磊[40]利用随机微卫星扩增多
态性 DNA(RMAPD)分子标记技术,分析了油松 12 个天然居
群 245 个个体的遗传多样性和遗传结构;郝真真[41]采用 IS-
SR分子标记方法,研究了油松整个分布区的 13 个代表种种
群遗传多样性和空间遗传结构特征。结果均表明:种群间有
一定程度的变异,但大部分变异存在于种群内。
对于松科其他植物,1993 年,Strauss等[42]利用 RAPD 技
术分析了日本落叶松的遗传多样性,Hong 等[43]分析了辐射
松、刺果松和瘤果松线粒体 DNA的 RFLP遗传多样性。1995
年,Hamelin等[44]应用 RAPD 标记研究了美国白松 22 个群
体的核 DNA的遗传变异,Vicario 等[45]采用 12 个随机引物
对 7 个冷杉群体进行 RAPD 标记的遗传多样性研究。1996
年,Szmidt等[46]对欧洲赤松的两个群体进行了 RAPD 分析,
Bobola等[47]分析了红云杉和黑云杉基因组 rDNA 的 RFLP
遗传多样性。1998 年,Echt 等[48]利用 SSR 技术分析了脂松
的遗传多样性。1999 年,Lerceteau 和 Szmodt[49]利用 AFLP
技术研究了樟子松的遗传多样性;Rajora[50]基于 RAPD 标记
分析了来自天然林、天然次生林、人工林和树木改良选择林
共 420 株白云杉的遗传结构。2000 年,Collignon and
Favre[51]分析了挪威云杉的 RAPD 遗传多样性;Karhu 等[52]
分析了黑松的 RAPD 及 STR 遗传多样性;易能君等[53]分析
了湿地松抗病种子园的遗传多样性。2001 年,Mariette 等[54]
利用 AFLP和 SSR技术对 23 个种群的海岸松进行遗传多样
性研究;Vikram等[55]用 AFLP标记研究严酷的气候条件和微
生态环境对挪威云杉群体遗传结构的影响。2002 年,Kraj[56]
基于 RAPD 多态性分析原产于波兰的挪威云杉群体的遗传
变异。唐娟娟等[57]利用 RAPD分析了黄山松 10 个家系的遗
传多样性。2003 年,Diaz and Ferrer[58]用 RGAP 标记分析了
卵果松群体遗传变异,张志勇和李德铢[59]分析了五针白皮
松的 RAPD遗传多样性。2004 年,王秋玉等[60]对红皮云杉
地理种源遗传多样性进行了 RAPD 分析,张新叶等[61]利用
cpSSR分子标记对日本国内的 7 个日本落叶松群体遗传结
构进行了研究。2005 年,税珺等[62]对火炬松 19 个原生种源
和国内早期引进的 5 个群体进行 RAPD 遗传多样性研究。
2006 年,周志强等[63]研究了大兴安岭北段天然樟子松林遗
传多样性,那冬晨等[64]利用 ISSR标记对 17 个兴安落叶松种
源 170 个个体遗传多样性进行了分析。2007 年,刘占林和杨
雪[65]研究了巴山松(P. henryi Mast.)、黄山松、油松、马尾松
以及云南松(P. yunnanensis Franch.)5 种松树的遗传多样性。
3 分子遗传图谱构建
遗传图谱(genetic map)又称连锁图(linkage map) ,是以
具有多态性的遗传标记为路标,以两个位点的交换率为图距
的图谱,它包括将基因定位于某一特定染色体上,以及测定
基因在染色体上线性排列的顺序和距离。遗传图谱既是遗
传研究的重要内容,又是种质资源、育种及分子克隆等许多
应用研究的理论依据和基础。
分子标记从一产生就在松科植物遗传连锁图谱构建中
得到了广泛的应用和认可。据统计显示,迄今国内外利用
RAPD、RFLP、AFLP和微卫星标记对松科植物已经构建了 20
多张遗传连锁图谱。Tulsieram 等[66]最早利用 RAPD 标记构
—21—
建了白云杉的遗传图谱,用相同的技术,又相继建成了多种
松科植物的遗传图谱,如湿地松、长叶松、糖松、海岸松、欧洲
赤松、土耳其松、南欧海松、北美乔松、马尾松、挪威云杉
等[67 ~ 77]。
随着 RFLP和 AFLP标记技术的开发,RFLP 和 AFLP 标
记技术也被用于松科植物遗传连锁图谱构建中。1994 年,
Devey等[69]首先构建了火炬松的 RFLP 遗传图谱;之后,
Remington等[78]利用 AFLP标记技术又构建了一张较为完整
的火炬松的遗传连锁图谱,建立起来的完全连锁图谱可将现
存的火炬松图谱合并成高密度图谱;1998 年 Travis 等[79]构
建了赤松的 AFLP遗传图谱;2003 年 Yin等[80]构建了樟子松
的 AFLP 遗传图谱。此外,Devey 等[81]用 RAPD、RFLP 和
SSR标记构建辐射松的遗传连锁图谱,Costa 等人[82]利用
AFLP、RAPD和蛋白质标记构建了含有 239 个 AFLP 标记、
127 个 RAPD标记和 31 个分离蛋白的一张长叶松遗传连锁
图谱。
比较基因组研究就是利用共同的分子标记在相关物种
中进行物理或遗传作图,比较这些标记在不同物种基因组中
的分布情况,揭示染色体片段上同线性或共线性的存在,从
而对不同物种的基因组结构及基因组进化历程进行精细分
析。比较基因组作图需要用相同的标记构建不同种的遗传
连锁图,在松科植物中比较基因组作图也取得了一定的进
展,Devey等[83]用 RFLP和 SSR标记构建了火炬松和辐射松
的比较遗传图谱;Brown 等[84]构建了火炬松与湿地松的
RFLP及 EST 的比较遗传图谱;Komulainen 等[85]用 EST、
AFLP及 SSR标记构建了欧洲赤松与火炬松的比较遗传图
谱。Mitchell等[86]将两张不相关的三代群体火炬松连锁图
整合成一张较完整的连锁图,整合后的火炬松遗传连锁图含
有 357 个标记,分属于 12 个连锁群,覆盖火炬松基因组约
1 300cm,整合后的这张连锁图可作为火炬松的一张参考遗
传连锁图,为研究松科植物结构和进化关系奠定了基础。
4 问题与展望
综上所述,分子标记在松科植物种质资源中已有较多的
应用,取得了相应的研究成果。但从报道的情况看还存在以
下问题:(1)目前应用于松科植物的分子标记中,RAPD 技术
用得较多,其他分子标记技术没有被广泛地应用,尤其是一
些较新的分子标记技术在松科植物中没有应用;(2)已构建
的松科植物遗传图谱的标记大部分小于 300 个,密度较低,
不能对简单及复杂的经济性状进行精确定位;(3)我国在松
科植物上这方面的研究还做得很少,研究的广泛与系统性以
及研究的层次与深入的程度上,与国际水平差距较大。因
此,在今后的研究中,应该加强国际国内交流合作,积极主动
地开展这方面的基础性研究,针对松科植物本身的生物学特
性和生产中的突出问题,发展适合松科植物自身特点的理论
和分析方法,开展多种分子标记的研究,提高标记的多态性
和稳定性,构建高密度的遗传连锁图谱、定位重要生长性状
和经济性状,通过有效的选择手段,从古老品种或野生种中
鉴定出一些优良性状基因,并将这些优良遗传物质引入栽培
品种中,拓宽松科植物主要栽培树种的遗传基础,加速松科
植物遗传改良的进程,为种质资源的保护及开发利用提供极
为重要的科学理论依据和良好的技术条件。
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责任编辑:王洪军
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