全 文 ：第 40卷 第 6期 海 洋 与 湖 沼 Vol.40, No.6
2 0 0 9 年 1 1 月 OCEANOLOGIA ET LIMNOLOGIA SINICA Nov., 2009

* 中国博士后科学基金项目资助, 200904501238号; 中国科学院知识创新工程项目资助, KSCX2-yw-n-47-02号。胡自民, 博
士, E-mail：huzimin9712@163.com
① 通讯作者: 段德麟, 研究员, E-mail：dlduan@ms.qdio.ac.cn
收稿日期: 2008-10-13, 收修改稿日期: 2009-02-26
运用nrDNA ITS数据研究角叉菜属(Chondrus)在红
藻门中的系统进化地位*
胡自民1 Alan T. Critchley2 段德麟1①
(1. 中国科学院海洋研究所 青岛 266071; 2. Acadian Seaplants Limited, 30 Brown Ave Dartmouth B3B 1X8, Canada)
提要 测定了角叉菜属(Chondrus)5个代表种的核糖体 DNA内转录间隔区(ITS)及 5.8S rDNA基因
序列。结果表明, 角叉菜属 ITS 区(含 ITS1、5.8S rDNA 和 ITS2)序列长度范围为 704—714bp, G+C
含量为 44.6%—45.7%, 变异位点 69 个, 信息位点 16 个; 其中, ITS1 和 ITS2 的长度范围分别为
147—149bp和 398—404bp。5.8S rDNA长度为 158bp, 没有变异和信息位点。由 MEGA3构建的系
统进化树 (ME 和 MP)显示：在进化尺度上 , 真红藻纲的松节藻科 (Rhodomelaceae)与红毛菜纲
(Bangiophyceae)亲缘关系较近。在真红藻纲内, 杉藻目(Gigartinales)的进化地位相对较高, 其次是海
膜科(Halymeniaceae)、石花菜科(Gelidiaceae)、红叶藻科(Delesseriaceae)和粉枝藻科(Liagoraceae)等,
而松节藻科进化地位相对较低。在杉藻目内, 杉藻科(Gigartinaceae)和胶黏藻科(Dumontiaceae)进化关
系密切, 而形态学特征相似的角叉菜和马泽藻(Mazzaella)亲缘关系非常近。
关键词 角叉菜, 红藻, 系统进化, nrDNA ITS, 支系发育
中图分类号 Q949.29
角叉菜(Chondrus Stackhouse)在分类学上隶属于
红藻门(Rhodophyta)、真红藻纲(Florideophyceae)、杉
藻目(Gigartinales)、杉藻科(Gigartinaceae)。该属目前
在全球范围内报道有 9 种, 主要分布于寒温带海域,
其中北太平洋 7种, 北大西洋 1种, 南太平洋 1种(苏
乔等, 2002)。角叉菜是重要的经济海藻, 藻体中含有
大量的卡拉胶(达干重的 80%), 因此是制备卡拉胶的
主要原料, 同时也是食品和纺织工业的重要原料(曾
呈奎等, 1962)。目前, 国内对角叉菜的研究主要集中
在个体发育和分类方面(纪元坤等, 1992; 李熙宜等,
1994; 栾日孝等, 1998; 苏乔等, 2001, 2002)。但是,
角叉菜作为红藻中颇具代表性的一属 , 其在杉藻科
和杉藻目中的进化地位如何？杉藻目与红藻门其它
目间的支系发育关系怎样？这些红藻系统进化研究
中的基本问题, 目前仍没有得到解决。因此, 从 DNA
水平上探讨这些问题不失为一种有效的尝试。
核糖体DNA是编码核糖体 RNA的基因, 在植物
细胞核中以重复连续排列的方式存在 , 其在每个细
胞中的拷贝数目在 1000—10000 之间。由于核糖体
DNA 中包含了进化速率不等的编码区、非编码转录
区和非转录区 , 因而可以选取其中保守程度不同的
片段用于不同类属的系统发育和进化研究(Baldwin
et al, 1995)。ITS(Internal transcribed spacer)是核糖体
DNA中介于 18S和 5.8S之间(ITS1)以及 5.8S和 26S
之间(ITS2)的非编码转录间隔区。由于 ITS存在于高
重复的核糖体 DNA 中, 进化速度快且片段长度不大
(在被子植物中小于 700bp, 在红藻中介于 700—
2000bp 之间), 加上协同进化(concerted evolution)使
该片段在基因组不同重复单元间十分一致 , 因而被
广泛应用于海藻系统分类和进化发育研究中(Yoon et
al, 2001; Bellorin et al, 2002; Buchheim et al, 2005; Hu
et al, 2007; Lindstrom, 2008)。
754 海 洋 与 湖 沼 40卷
本研究采用 PCR 扩增及直接测序的方法, 对来
自全球范围内 6个采样点的 5种角叉菜进行了核糖体
DNA ITS 片段的一级序列分析, 探讨了角叉菜属的
系统进化地位。同时, 结合 GenBank中已注册的红藻
门其它代表种的 ITS序列, 分析了红藻门内不同目、
科、属的系统进化关系, 为深入研究整个红藻门的系
统进化图式提供分子数据。
1 材料与方法
1.1 材料
分别采集了来自全球 6 个采样点的 5 种角叉菜,
即 Chondrus ocellatus、C. armatus、C. yendoi、C.
pinnulatus 和 C. crispus, 详细来源见表 1。材料采用
硅胶快速干燥法或 −20℃冰冻法保存。此外 , 从
GenBank 中获得了红藻门另外 36 个代表种的 ITS 序
列(GenBank注册号分别为：AB158485、AY322146、
AY497577、 AY497576、 AY497563、 AY225290、
AF317120、 AF317114— AF317116、 AF317110、
AF317106、AF317104、AF317097、U30371、U30373、
U30367、AF412023、AF412019、U59798、U59799、
U59794、U59727、AF082345、AF082341、AF082320、
U21243、AF126422、AF149025、AY029392、Y11954、
Y11964、U30350、U30356、U30361、U30363), 用于
系统学分析。

表 1 实验材料及其来源
Tab.1 The origin of materials used in this study
种名 采样地点 采样日期(年.月.日) 采样人 注册号
C. ocellatus 中国青岛 2002.03.26 胡自民 AY699051
C. armatus 中国大连 2000.07.17 栾日孝 AY699054
C. yendoi 日本 Muroran, Charatsunai 2003.05.22 Taizo Motomura AY699052
C. pinnulatus 日本 Muroran, Charatsunai 2003.07.08 Taizo Motomura AY699053
C. crispus 英国 Wembury beach 2003.12.05 Murray Brown AY699061
C. crispus 加拿大 Prince Edward Island 2003.09 Alan T. Critchley AY699063

1.2 总 DNA的提取
DNA提取方法参见文献(Hu et al, 2004)。提取的
DNA 在室温下干燥后用 TE (pH = 8.0)溶解 , 用
Beckman DU2650 紫外分光光度计检测 DNA 的浓度
和纯度。
1.3 ITS区的扩增
实验中使用了 1 对引物 ITS4(5′→3′)GGGATCCG-
TTTCCGTAGGTGAACCTGC, ITS5(5′→3′)GGGATC-
CATATGCTTAAGTTCAGCGGGT (Goff et al, 1993)对
ITS区段进行扩增, 它们的相对位置如图 1所示。



图 1 角叉菜 18S—26S rDNA的基本结构
Fig.1 The structure of 18S—26S rDNA in Chondrus
箭头所示为 PCR扩增和测序引物的相对位置

扩增反应在 Eppendorf Masterthermocycler Per-
sonal (德国)上进行。反应条件如下：95℃变性 5min;
90℃变性 1min, 50℃退火 2min, 5个循环; 72℃延伸
1min; 90℃变性 1min, 60℃退火 1min, 72℃延伸 1min,
30 个循环; 72℃延伸 10min。20μl 反应体系含有：
50mmol/L KCl, 10mmol/L Tris-HCl (pH=8.3),
1.5mmol/L MgCl2, 模板约 50ng, 2.0mmol/L dNTPs,
1.0mmol/L引物, 1.0U Taq DNAase。扩增产物以 1.0%
琼脂糖凝胶电泳检测 , 在凝胶成像系统 Pharmacia
BiotechImageMaster VDS下观察并记录实验结果。
1.4 ITS产物的纯化和序列测定
ITS扩增产物用 Watson纯化试剂盒进行纯化。
测序反应依据双脱氧链终止法原理, 序列测定在 ABI
3700 DNA自动测序仪上完成。为保证所测序列的准
确性, 分别对角叉菜每一实验个体 ITS序列的正、反
链进行测序, 测序引物为 ITS4-1(5′→3′)CGTTTCCG
TAGGTGAACC 和 ITS5。序列数据已输入美国生物
信息中心(NCBI)的基因库中(GenBank)。
1.5 序列分析和系统进化树的构建
根据在近缘类群中已报道的序列资料(Goff et al,
1994), 确定 5种角叉菜核糖体 DNA两个非编码转录
间隔区(ITS1和 ITS2)和 3个编码区(18S、5.8S和 26S)
的界点。结合从 GenBank中获得的红藻门 36个代表
种的 ITS 序列, 用 CLUSTAL X 软件进行对位排列,
6期 胡自民等: 运用 nrDNA ITS数据研究角叉菜属(Chondrus)在红藻门中的系统进化地位 755
运用分子进化遗传分析软件 MEGA 3(Molecular
Evolutionary Genetics Analysis)(Kumar et al, 2004)中
Kimura 2-Parameter Distance参数转换成遗传距离值
后用 ME(Minimum Evolution)和 MP(Maximum Par-
simony)法建树。同时, 用自展法(Bootstrap)检验系统
树, 自展数据集为 1000次。
2 结果
2.1 角叉菜属 ITS序列分析
本研究共测定了角叉菜属 5 个种的 ITS 区序列
(含 ITS1、5.8S和 ITS2)且均已在 GenBank中注册(登
录号见表 1)。统计分析结果(表 2)显示角叉菜属 ITS
序列长度范围为 704—714bp, 长度差异为 1.4%, 其
中, ITS1 和 ITS2 的长度范围分别为 147—149bp 和
398—404bp。值得注意的是 ITS1 区和 ITS2 区 G+C
含量均小于 50%, 且 ITS1 区的 G+C 含量(33.9%—
35.5%)明显低于 ITS2区的 G+C含量(45.1%—46.9%),
所测角叉菜属 ITS 区(含 5.8S) G+C 含量在 44.6%—
45.7%之间。
根据 5 种角叉菜的全部 ITS 序列(ITS1 和 ITS2),
将 ITS1和 ITS2作为一个共同数据矩阵经 MEGA 3.0
分析得到各种间的绝对遗传距离和相对遗传距离(表
3), 结果表明, 来自两个不同采样点(England和Canada)
的皱波角叉菜(C. crispus)具有最小的碱基差异(6bp)。
角叉菜属内种间 ITS 区序列长度差异最小为 10bp(C.
pinnulatus同 C. armatus之间), 变异率 1.4%, 而采自
England的 C. crispus和采自青岛的 C. ocellatus碱基
差异最大(26bp), 变异率达到 3.66%。进一步分析显
示 ITS1区有 16个变异位点, 其中 4个为系统发育信
息位点, 分别占 ITS1 序列长度(比对长度 152bp)的
10.5%和 2.6%; ITS2区有 53个变异位点, 12个为系统
发育信息位点 , 分别占 ITS2 序列长度 (比对长度
412bp)的 12.9%和 2.9%, ITS2 区的信息位点数大于
ITS1区。5种角叉菜 ITS区序列的变异及对应位点见
图 2。
2.2 角叉菜属和红藻门的系统学分析
以 红 毛 菜 纲 (Bangiophyceae) 的 两 种 红 藻
Cyanidioschyzon merolae和紫菜(Porphyra umbilicalis)
作为外类群, 分析真红藻纲(Florideophyceae)内的系
统进化关系。采用 MEGA 3 分析软件包作最小进化
(ME)和最大简约(MP)分析, 空位(gap)作缺失(missing)
处理, 用 CNI(Close-neighbor-interchange)分别搜索到
两个严格一致树(图 3, 图 4)。分支上数值为 Bootstrap
重复 1000次的支持强度。
由 ITS 序列构建的红藻门系统树(图 3, 图 4)显
示：红毛菜纲首先与真红藻纲的各个目科分开, 表明

表 2 角叉菜属 5 个种的 ITS 序列长度及其 G+C 含量
Tab.2 ITS sizes (bp) and G+C content of five species in Chondrus Stackhouse
ITS1 ITS2 总 ITS(包括 5.8S) 种名
Size %G+C Size %G+C Size %G+C
C. ocellatus 148 35.5 404 46.9 710 45.7
C. yendoi 148 34.8 408 45.5 714 44.7
C. pinnulatus 148 35.5 398 45.6 704 44.9
C. armatus 147 34.4 399 46.2 704 45.1
C. crispus (England) 149 33.9 400 45.6 707 44.6
C. crispus (Canada) 149 35.3 400 45.1 707 44.6

表 3 角叉菜属内 5 个类群间的遗传距离
Tab.3 ITS sequence divergence between species of Chondrus in this study
种名 1 2 3 4 5 6
1. C. crispus (England) — 0.009 0.022 0.022 0.032 0.038
2. C. crispus (Canada) 6 — 0.019 0.019 0.029 0.034
3. C. pinnulatus 15 13 — 0.014 0.028 0.034
4. C. armatus 15 13 10 — 0.028 0.034
5. C. yendoi 22 20 19 19 — 0.032
6. C. ocellatus 26 23 23 23 22 —
注：对角线左下方为绝对遗传距离, 右上方为 K2双参数遗传距离, 比对中将空位剔除
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[ 1111 3333334444 4444445555 5555666666 6666666666 6666666777 7]
[ 344590003 3447891267 7888890001 1447000122 4456666777 7788899000 1]
[ 5134040688 7036044961 5234804560 1590189306 4871789234 6923478456 4]
#C.crispus_England TTA-TTAA-A TAGAAAGACT TT--GTTGTG ACATA-AA-C ---G--GGAA GAGACT-GGG -
#C.crispus_Canada ..C-...G-. .......... ..--...... G....-..-. ---.--.... ......-AAA -
#C.pinnulatus .C.ACAT.-. A......... ..--A..-.. G..CG-..-. ---T--...G .G....-AAA -
#C.armatus A..-....-. A......... ..--.CCT.. G..CG-..-. ---T--.AGG .G....-AAA -
#C.yendoi ...-....-C A.A..GA.TC ..--...TA. GTGCGCG.T. GTT.--...G .GACG.TAAA T
#C.ocellatus ..G-....AC AGACC.AG.. CCGA...T.A G.GCG-.G-G ---.TGC..G AG...A-AAA -

图 2 角叉菜属 5个种排序后的 ITS序列变异及对应位点
Fig.2 Aligned ITS variation sites and corresponding positions for five Chondrus species
注：横线代表空位, 圆点代表与 C. crispus_England相同的碱基

它在整个红藻门中可能最早出现 , 进化地位可能也
最低。在 2 个明显的一级分支中 , 松节藻科
(Rhodomelaceae)与红毛菜纲聚为一个分支 , 尽管支
持强度只有 44%(ME)和 66%(MP), 说明它们的系统
进化关系较近。在由红藻门其它目科形成的另一个一
级分支内, 粉枝藻科(Liagoraceae)独自形成一个 2 级
分支, 另一个 2级分支则由 4个 3级分支构成(包含红
藻门其它 14个科)：分支 1包含红翎菜科(Solieriaceae)、
胶黏藻科(Dumontiaceae)和杉藻科(Gigartinaceae); 分
支 2 包 含 海 膜 科 (Halymeniaceae) 和 石 花 菜 科
(Gelidiaceae); 分支 3包含叶囊藻科(Faucheaceae)、江
蓠科(Gracilariaceae)、海头红科(Plocamiaceae)和红叶
藻 科 (Delesseriaceae); 分 支 4 包 含 裸 管 藻 科
(Psilosiphonaceae)、红皮藻科(Rhodymeniaceae)、掌形
藻科(Palmariaceae)和串珠藻科(Batrachospermaceae)。
ME 和 MP 系统树表明在真红藻纲内, 杉藻目的 3 个
科(Solieriaceae、Dumontiaceae 和 Gigartinaceae)进化
地位相对较高, 松节藻科进化地位相对较低, 其次是
粉枝藻科。而在杉藻目内, 红翎菜科的进化地位明显
高于胶黏藻科和杉藻科; 相对于红翎菜科, 杉藻科与
胶黏藻科具有较近的系统进化关系。在杉藻科内, 角
叉菜属的 5 个种聚集在一起 , 支持强度分别为
95%(ME)和 54%(MP)。系统进化树还显示, 角叉菜属
和马泽藻(Mazzaella)亲缘关系非常近, Bootstrap支持
强度分别高达到 99%(ME)和 97%(MP)。红藻角叉菜
属和马泽藻属的外部形态学特征非常相似 , 这给它
们的分类鉴别带来很大困难。苏乔等(2001)曾经报道
在大连小平岛分布有楔形角叉菜(Chondrus yendoi),
之后基于叶绿体 rbcL 分子证据将其重命名为
Mazzaella japonica (苏乔等, 2002)。同样, 作者的研究
表明, 核糖体 ITS分子数据也能清晰的将这两个属鉴
别开来。
3 讨论
系统进化研究的主要目的是从核酸或蛋白质序
列中找到差异。对于科和科以上等高级分类单元的系
统学问题, DNA和 RNA序列都能提供丰富的遗传信
息。但对于较低的分类单元, DNA比 RNA序列更有
优势, 因为 DNA 序列含有编码区和非编码区的全部
核苷酸, 而 RNA序列是转录产物, 即 DNA的非转录
区域并没有出现在 RNA中。因此, DNA序列提供的
信息量远比 RNA 丰富。另外, 核苷酸可组装成不同
类型的单元, 如单拷贝、重复基因、非基因重复序列
和转录单元 , 每一个单元都有自己的进化速率和模
式。因此, 通过 DNA 序列比较可在不同的分类水平
上找到所需要的多态信息。不过, 在红藻分子系统学
研究中, 选用的标记序列应既具有保守性, 又存在适
度变异。因为, 有些标记的长度有限, 不能准确反应
物种系统进化的全部信息 , 而有些标记在进化过程
中因为某种原因造成其功能丧失或功能改变 , 以致
无法适用于系统进化研究。核糖体 ITS区段即是这样
一个理想的标记序列。虽然藻类学家将 ITS序列应用
到藻类分子系统学研究的时间较短 , 但目前已积累
了大量的成果。Goff等(1994)分析了龙须菜和江蓠中
ITS 区段的变异幅度, 证实该片段能有效解决属间进
化、近缘种关系、野生种和栽培种鉴别等问题。Stache
等(1997)通过褐藻纲水云目(Ectocarpales)的支系发育
研究, 证明 ITS序列可用来解决多个海藻类群科内不
同单元的系统进化图式。此外, ITS 序列也是探讨网
状进化和物种形成等进化机制的有力证据(Sang et al,
6期 胡自民等: 运用 nrDNA ITS数据研究角叉菜属(Chondrus)在红藻门中的系统进化地位 757


图 3 基于红藻门 42个种的 ITS序列构建的 ME树
Fig.3 The minimum-evolution tree based on ITS sequences of 42 species in Rhodophyta
分支上的数字为 1000次重复抽样检验的 bootstrap值

1995; Wendel et al, 1995)。
在本研究中, 角叉菜属 ITS区段的系统发育信息
位点主要分布在 ITS2 区, 这与高等植物菊科的 Krigia
属(Kim et al, 1994)、豆科杨属(史全良等, 2001)和青
篱竹属(诸葛强等, 2004)等物种的结果相差较大, 这
可能与红藻门在整个植物系统进化中的地位较低和
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图 4 基于红藻门 42个种的 ITS序列构建的 MP树
Fig.4 The maximum-parsimony tree based on ITS sequences of 42 species in Rhodophyta
分支上的数字为 1000次重复抽样检验的 bootstrap值

其自身进化速率较慢有关。另外, 低等的红藻角叉菜
ITS1区和 ITS2区G+C含量明显低于高等的被子植物
(50%—70%)(汪小全等, 1998; 诸葛强等, 2004), 说明
角叉菜碱基置换可能不具备倾向性 (Zhang et al,
1998)。序列比对显示 ITS1的长度短于 ITS2, 变异位
点和信息位点数也少于 ITS2, 这与已报道的大多数
6期 胡自民等: 运用 nrDNA ITS数据研究角叉菜属(Chondrus)在红藻门中的系统进化地位 759
被子植物类群的统计结果相同(王建波等, 1999); 而
5.8S rDNA长度恒为 158bp, 且非常保守(序列完全一
致), 这与已研究过的大多数禾本科植物具备非常保
守的 5.8S rDNA基因的结论一致(Hsiao et al, 1995),
表明从低等藻类到高等被子植物, 5.8S rDNA基因的
进化都非常缓慢。
在不同的植物类群和分类等级上, ITS 序列数据
的价值并不一样 , 因为不同类群的起源时间及进化
(分化)速率不一致, 其 ITS 序列所含有的信息量差异
最大可达到 10倍左右(Porter, 1993; Schultheis et al,
1994)。本研究表明, 角叉菜属 ITS序列的变异位点比
例为 12.2%, 信息位点的比例也只有 2.9%, 这不利于
提高角叉菜属内分子系统学研究的准确性。因为在研
究基因的变异时 , 所研究的分类等级中应有 5%—
15%的系统发育信息位点, 过高或过低的变异均会影
响系统学分析(Ainouche et al, 1997)。我们推测出现这
种情况可能是由于取样的幅度较小所致 , 本研究仅
完成了全球内 6个采样点的 5种角叉菜的 ITS序列分
析。按照 Hughey等(2001)所述, 角叉菜在全球的分布
最北端到达俄罗斯, 最南端到达美国的爱荷华州, 因
此 , 在后续的研究中可通过增加角叉菜的类群数目
来解决此问题。另外, 从红藻系统进化树(图 3 和图
4)上可以看出, 角叉菜属本身起源较晚, 因而种间遗
传分化较小, 这也是导致 ITS序列所含的信息量偏低
的一个原因。尽管如此 , ITS 序列在红翎菜科
(Solieriaceae)、胶黏藻科(Dumontiaceae)、红叶藻科
(Delesseriaceae)和粉枝藻科(Liagoraceae)中依然展示
出很强的系统发育信息(图 3 和图 4)。因此, nrDNA
ITS序列在揭示红藻门内近缘属、科或科上一级分类
单元的系统发育和进化关系方面具有广阔的应用前景。

致谢 本研究在实验材料的采集方面得到大连自
然博物馆的栾日孝先生、日本北海道大学的 Taizo
Motomura 教授和英国普利茅斯大学的 Murray Brown
教授的大力协助 , 同时得到中国科学院海洋研究所
夏邦美研究员的帮助, 谨致谢忱。
参 考 文 献
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苏 乔 , 栾日孝 , 杨 君等 , 2001. 中国杉藻科(Gigartinales)
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PHYLOGENETIC STATUS OF CHONDRUS STACKHOUSE IN RHODOPHYTA
BASED ON nrDNA ITS DATA
HU Zi-Min1, Alan T. Critchley2, DUAN De-Lin1
(1. Institute of Oceanology, Chinese Academy of Sciences, Qingdao, 266071; 2. Acadian Seaplants Limited,
30 Brown Ave Dartmouth B3B 1X8, Canada)
Abstract Chondrus Stackhouse is a perennial red seaweed with alternate phases of gametophyte and tetrasporophyte;
over-harvesting and environmental pollution have hugely reduced the population resource and resulted in shortage of a
constant and reliable supply. For this genus the classification and systematics are puzzled for variable forms, habitats and
phenotypic plasticity. Meanwhile, as a representative family in Rhodophyta, Gigartinaceae are one of the important taxa for
understanding the origin and evolution of red algae because of its lower position in cladograms of Rhodophyta phylogeny
based on molecular data. However, both the phylogenetic affinity within Gigartinales and the evolution status of Gigarti-
naceae in Rhodophyta remain uncertain. In this study, the internal transcribed spacer (ITS) region of nuclear ribosomal
DNA and 5.8S rDNA gene were sequenced for five representative species of Chondrus, C. ocellatus, C. armatus, C. yendoi,
C. pinnulatus and C. crispus, for assessing the phylogenetic relationships in Rhodophyta on molecular level, in addition to
reevaluation of the evolutionary status of Chondrus. The results indicate that the ITS region ranges from 704 to 714bp and
G+C content varies from 44.6% to 45.7%, including 69 variable sites and 16 informative sites; and the length variation is
1.4%. ITS1 (147—149bp) with 16 variable sites and four informative sites is shorter than ITS2 (398—404bp) with 53
variable sites and 12 informative sites; and 5.8S rDNA gene has conservative 158bp, with no variable and informative sites.
Phylogenetic analyses using minimum-evolution and maximum-parsimony methods with MEGA3 show that Rhodome-
laceae in Florideophyceae is closely related to Bangiophyceae at evolutional level. In Florideophyceae, Gigartinales has the
relatively highest evolutional level, then Halymeniaceae, Gelidiaceae, Delesseriaceae and Liagoraceae, and Rhodome-
laceae the lowest. In Gigartinales, Gigartinaceae and Dumontiaceae have a close relationship, while Chondrus and Maz-
zaella, which are difficult to discriminate in morphology, formed a fairly compact clade. The low divergence among
Chondrus species is justified considering its more recent origin, and also suggests that ITS sequence would provide a
promising method for molecular phylogenetic analysis, and to reconstruct the phylogeny within Rhodophyta on order and
family levels.
Key words Chondrus, Rhodophyta, Systematic evolution, nrDNA ITS, Phylogeny