免费文献传递   相关文献

条斑紫菜Mu型谷胱甘肽S-转移酶基因克隆与分析



全 文 :DOI:10.16378/j.cnki.1003-1111.2016.01.012
第35卷第1期
2016年1月
水 产 科 学
FISHERIES SCIENCE
Vol.35No.1
Jan.2016
条斑紫菜 Mu型谷胱甘肽S-转移酶基因克隆与分析
易乐飞,郝 伟,李信书,阎斌伦
(淮海工学院 海洋学院,江苏 连云港 222005)
摘 要:谷胱甘肽S-转移酶是动植物重要的解毒酶,分布广泛,类型众多。本研究利用生物信息学方
法和RT-PCR技术获得了条斑紫菜一条新谷胱甘肽S-转移酶(PyGST2)基因的cDNA序列,该基因含
有完整的开放阅读框,并且受到铅胁迫的诱导表达。PyGST2蛋白具有谷胱甘肽S-转移酶家族的保守
结构域和保守氨基酸残基,与 Mu型谷胱甘肽S-转移酶的序列一致性最高,与Alpha、Sigma和Pi型谷
胱甘肽S-转移酶的次之,在进化树上远离高等植物的各型谷胱甘肽S-转移酶,而与动物的 Mu型谷胱
甘肽S-转移酶聚为一支。该 Mu型谷胱甘肽S-转移酶的克隆为后续研究条斑紫菜抗逆机制奠定了
基础。
关键词:条斑紫菜;谷胱甘肽S-转移酶;克隆;表达
中图分类号:Q785 文献标识码:A 文章编号:1003-1111(2016)01-0067-05
收稿日期:2015-04-22; 修回日期:2015-08-31.
基金项目:江苏省海洋生物技术重点实验室开放课题项目(2012HS013).
作者简介:易乐飞(1975-),男,硕士,副教授;研究方向:水生生物分子遗传.E-mail:yilf@hhit.edu.cn.通讯作者:阎斌伦(1962
-),男,教授;研究方向:海洋生物应用技术.E-mail:yanbinlun1962@163.com.
  谷胱甘肽S-转移酶(glutathione S-transferase,
GST,E.C2.5.1.18)是一类分布广泛且功能多样的
蛋白超家族[1]。谷胱甘肽S-转移酶主要负责催化
还原型谷胱甘肽与非极性化合物结合,因此谷胱甘
肽S-转移酶的主要功能是通过硫醚氨酸途径参与
外源性有毒物质的解毒过程[2]。谷胱甘肽S-转移
酶还参与了内源性过氧化物的清除、芳香族氨基酸
的降解、类固醇激素的合成、花生四烯酸的合成与
失活、信号转导等过程[2-3]。
谷胱甘肽S-转移酶蛋白家族成员间序列相似
性低,型别众多。根据氨基酸序列一致性、基因结
构和免疫活性等将谷胱甘肽S-转移酶家族成员进
行了分类,哺乳动物可溶性谷胱甘肽S-转移酶分为
Sigma、Theta、Zeta、Omega、Alpha、Mu和Pi型,植
物可溶性谷胱甘肽 S-转移酶分为 Theta、Zeta、
Lambda、Phi、Tau和DHAR(dehydroascorbate re-
ductases)型,昆虫可溶性谷胱甘肽S-转移酶分为
Sigma、Theta、Zeta、Omega和Delta型,细菌可溶性
谷胱甘肽S-转移酶分为Theta和Beta型[4]。有些
谷胱甘肽S-转移酶型别是各类生物共有的,有些是
特异的,比如Alpha、Mu和Pi型谷胱甘肽S-转移酶
为动物特有。与高等动植物相比,藻类(特别是海
藻)谷胱甘肽 S-转移酶研究相对薄弱。2008年
Hervé等[5]首次对藻类谷胱甘肽S-转移酶进行了
系统研究,结果显示红藻和褐藻的谷胱甘肽S-转移
酶与高等植物所有谷胱甘肽S-转移酶的亲缘关系
都较远,而与动物的Sigma型亲缘关系较近,并指
出这些藻类谷胱甘肽S-转移酶构成了谷胱甘肽S-
转移酶家族的一个新类型。
红藻在进化上分化早,较为原始[6],这暗示着
红藻可能还具有不同于高等植物的新的谷胱甘肽
S-转移酶类型。为了验证这一推测,笔者以红藻中
较原始的条斑紫菜(Pyropia yezoensis)为材料,综
合运用生物信息学和RT-PCR技术手段,克隆和分
析了条斑紫菜谷胱甘肽S-转移酶家族的一个新成
员,并命名为PyGST2。与预期相符,PyGST2与高
等植物所有谷胱甘肽S-转移酶的亲缘关系均较远,
而与动物的 Mu型谷胱甘肽S-转移酶亲缘关系较
近。暗示着条斑紫菜可能具有不同于高等植物的
解毒机制,该 Mu型谷胱甘肽S-转移酶的克隆为后
续研究条斑紫菜抗逆机制奠定了基础。
1 材料与方法
1.1 试验材料
从连云港高公岛紫菜养殖筏上采集条斑紫菜
叶状体。在室内充气培养,控制培养温度为10℃、
光照为100μmol/m
2·s、光周期为12L∶12D。暂
养5d后进行铅胁迫处理,Pb2+质量浓度为10mg/
L,处理2、6h和12h后取样,以不胁迫的为对照。
1.2 总RNA抽提与反转录
用TRIzol试剂(Invitrogen)抽提条斑紫菜叶状
体总RNA,接着用DNaseⅠ(MBI Fermentas)处理
总RNA,以降解残留在总RNA中的gDNA。纯化
后的总RNA用普通琼脂糖凝胶电泳和核酸蛋白测
定仪(Bio-Rad)检测完整性和纯度。以 Random
Primer为反转录引物,用 RevertAidTM H Minus
First Strand cDNA Synthesis Kit(MBI Fermentas)
对总RNA进行反转录,得到第一链cDNA。
1.3 基因克隆与序列分析
参考文献[7]的方法对PyGST2进行电子克
隆,从GenBank的EST数据库中筛选出了27条条
斑紫菜EST序列,这些EST拼接后得到了1条长
1045bp的contig序列。根据电子克隆结果设计引
物,上游引物:5′TGGTTCGACACGCTTTCC 3′,
下游引物:5′CCCTCGCCTGCTCACAT 3′,预计扩
增产物长838bp,包含 PyGST2的完整编码区。
PCR反应总体系为20μL,包含2μL 10×PCR
buffer、2mmol/L MgCl2、200μmol/L dNTP、500
nmol/L上下游引物、1U Dream Taq(MBI Fer-
mentas)和1μL第一链cDNA。PCR反应条件为:
先95℃预变性5min,然后循环扩增,每个循环包
括95℃变性30s、53℃退火30s、72℃延伸50s,
共30个循环。反应结束后电泳检测并送上海生工
测序,测得的序列已提交至 GenBank,索引号
为 HM182105。
采用DNAStar软件分析PyGST2的基本理化
特性,使用Blast[8]和CDD[9]对PyGST2保守结构
域进行了分析。参考 Hervé等[5]的方法,选取了人
(Homo sapiens)、小鼠(Mus musculus)、斑马鱼
(Danio rerio)、果蝇(Drosophila melanogaster)、拟
南芥(Arabidopsis thaliana)、水稻(Oryza sativa)、
大肠杆菌(Escherichia coli)以及多种藻类的各型谷
胱甘肽S-转移酶共计93条谷胱甘肽S-转移酶与
PyGST2一起进行了多对序列比对,多序列比对采
用用 MAFFT[10]进行。鉴于谷胱甘肽S-转移酶家
族庞大、成员间相似性低,所以采用PhyML[11]构建
进化树。
1.4 表达分析
采用荧光定量PCR技术检测PyGST2基因在
重金属胁迫下的表达。定量PCR反应总体系为20
μL,包含10μL 2×SYBR? Premix Ex Taq
TMⅡ
(Tli RNaseH Plus)(TaKaRa)、300nmol/L正向引
物(5′GGGTCATCCTCCGCTTCATCG 3′)、300
nmol/L 反 向 引 物 (5′ CGCCGCCTCCATATC-
CTCTG 3′)和1μL第一链cDNA。在IQ5PCR仪
(Bio-Rad)上进行扩增,先95℃预变性30s,然后循
环扩增,每个循环包括95℃变性10s,63℃延伸30
s,循环结束后,制作熔解曲线。内参基因及其定量
检测方法参考文献[12]的方法进行设置。反应设
阴性对照和无模板对照,每个反应设3个复孔。应
用LinRegPCR[13]计算扩增效率,用Pfaffl[14]建立的
数学模型对定量PCR数据进行处理。
2 结 果
2.1 PyGST2克隆及基本理化性质
PyGST2的cDNA序列扩增产物电泳后呈现
一条长约800bp的特异性条带,与预期大小接近。
在此cDNA序列上起始密码子(AUG)旁侧序列符
合典型的kozak规则,cDNA 序列上包含一个长
654bp 的完整编码区,编码蛋 白 长 217 AA。
PyGST2蛋白分子量为24.6ku,其碱性、酸性、疏
水性和极性氨基酸含量分别为25、37、80和36个,
等电点为4.86。PyGST2第1~78位氨基酸序列
构成谷胱甘肽S-转移酶的N端结构域,其属于类硫
氧还蛋白超家族,含有谷胱甘肽特异结合位点;第
89~198位氨基酸序列构成C端结构域,含有结合
疏水底物的位点(图1)。
2.2 PyGST2型别
首先用Blast程序初步分析了 PyGST2的型
别,即用PyGST2的氨基酸序列对GenBank中的蛋
白质数据库进行Blastp搜索,结果显示数据库中与
PyGST2比对上的序列全部都是谷胱甘肽S-转移
酶,而且在谷胱甘肽S-转移酶的各种型别中,Mu型
谷胱甘肽S-转移酶与PyGST2比对得到的E值相
对较小,序列一致性相对较大。
图1 PyGST2的保守结构域
86 水 产 科 学 第35卷
  在参与比对的各型谷胱甘肽 S-转移酶中,
PyGST2与条斑紫菜另一条谷胱甘肽S-转移酶序
列(GQ415054)的序列一致性并不高,仅为21.3%,
与植物的各型谷胱甘肽S-转移酶的序列一致性也
不高。相反,与动物 Mu型谷胱甘肽S-转移酶的序
列一致性最高,为23.2%~29.4%;与动物Alpha、
Sigma和Pi型谷胱甘肽S-转移酶的序列一致性次
之,为18.8%~26.2%;与藻类的类Sigma型谷胱
甘肽S-转移酶的序列一致性为21.3%~27.1%;与
其他型别的谷胱甘肽 S-转移酶序列一致性为
11.5%~20%。
在多序列比对的基础上构建了系统进化树(图
2),在进化树上所有谷胱甘肽S-转移酶首先按型别
图2 不同型别谷胱甘肽S-转移酶的进化树
用PhyML构建了谷胱甘肽S-转移酶家族成员的进化树,节点前的数值表示分支的统计支持率,GenBank索引号和物种名一并显示在图上.
96第1期 易乐飞等:条斑紫菜 Mu型谷胱甘肽S-转移酶基因克隆与分析
聚类,然后才是按物种类别聚类,即不同物种来源
的同型别谷胱甘肽S-转移酶都单独聚类在一起。
第一个被克隆的谷胱甘肽S-转移酶(GQ415054)与
其他藻类谷胱甘肽S-转移酶以及Sigma型谷胱甘
肽S-转移酶聚为一支,共同构成了Sigma型谷胱甘
肽S-转移酶。本克隆的PyGST2与红藻(Cyanid-
ioschyzon merolae)的谷胱甘肽 S-转移酶 (XP_
005539154)以及 Mu型谷胱甘肽S-转移酶聚为一
支。这些数据清楚地表明PyGST2属于 Mu型谷
胱甘肽S-转移酶家族成员之一。
2.3 PyGST2的定量表达
定量PCR仪记录到的扩增曲线呈规则的“S”
形,溶解曲线呈现单一特异峰,PyGST2基因和内参
基因的扩增效率分别是1.894和1.895,无模板对
照的扩增曲线呈水平直线,这些表明定量检测体系
性能良好。条斑紫菜叶状体在Pb2+胁迫2、6h和
12h后,PyGST2基因的表达量上升,分别是对照
的1.75、1.25和1.51倍(图3),表明PyGST2基因
表达受到重金属胁迫的诱导。
图3 条斑紫菜PyGST2基因在重金属胁迫下的相对表达量
3 讨 论
谷胱甘肽S-转移酶是一个庞大的蛋白超家族,
其成员间的序列组成变异较大,例如水稻的Phi型
谷胱甘肽S-转移酶成员间的序列一致性23%~
82%,通常同一型别谷胱甘肽S-转移酶成员间的平
均序列一致性略高于40%,不同型别谷胱甘肽S-转
移酶成员间的序列一致性在动物中通常小于25%,
在植物中小于20%[4]。虽然不同谷胱甘肽S-转移
酶的序列差异很大,但其彼此间仍具有一些共同的
特征。首先,谷胱甘肽S-转移酶具有非常相似的二
级和高级结构,谷胱甘肽S-转移酶一般以二聚体形
式出现,每个亚基都包含2个结构域。结构域Ⅰ位
于N端,比较保守,由β折叠和α螺旋构成类硫氧
还蛋白折叠(βαβαββα),含有谷胱甘肽特异结合位点
以及保守的丝氨酸或酪氨酸残基;结构域Ⅱ位于C
端,变异较大,由4~7个α螺旋构成,含有结合疏水
底物的位点[1,3-4]。其次,相似的二级和高级结构暗
示着这些序列差异较大的谷胱甘肽S-转移酶都执
行着相似的功能,即在功能上谷胱甘肽S-转移酶主
要参与解毒过程。谷胱甘肽S-转移酶能催化有害
物质的亲电子基团与还原型谷胱甘肽的巯基结合,
形成更易溶解且无毒性的衍生物,便于其排出体外
或分解[1,4]。多序列比对结果清晰地显示PyGST2
与其他谷胱甘肽S-转移酶具有较低的序列一致性,
因此为了充分确认PyGST2就是谷胱甘肽S-转移
酶家族的成员之一,本文也从二级结构和生理功能
这两个层面上开展了研究。在二级结构方面,
PyGST2具有谷胱甘肽S-转移酶的2个结构域和保
守的氨基酸残基,在生理功能方面,PyGST2基因受
到重金属胁迫的诱导表达,这些数据清楚地表明
PyGST2是谷胱甘肽S-转移酶家族的成员之一。
1961年Booth等[15]首次在动物中发现了谷胱
甘肽S-转移酶,随后1970年Frear等[16]在植物中
也发现了谷胱甘肽S-转移酶。之后的40年里从动
植物和微生物中分离鉴定了大量的谷胱甘肽S-转
移酶,于是谷胱甘肽S-转移酶的分类也就随之展
开。随着新的谷胱甘肽S-转移酶的不断发现,对谷
胱甘肽S-转移酶的分类也在不断发展和变化着。
以植物谷胱甘肽S-转移酶为例,最初植物谷胱甘肽
S-转移酶均归类于异质性较高的Theta型,随着测
序计划的开展更多植物谷胱甘肽S-转移酶被克隆,
于是1997年植物谷胱甘肽S-转移酶被分成了3类
(即Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ型,即后来的Phi、Zeta和Tau型),次
年新增了第4类(即Ⅳ型,Theta型),2002年又新
增了Lambda型和DHAR[17]。虽然早期的研究认
为只有动物才具有Sigma型谷胱甘肽S-转移酶,只
有哺乳动物具有Alpha、Mu和Pi型谷胱甘肽S-转
移酶[4],但是上述谷胱甘肽S-转移酶分类研究主要
集中在动植物,缺乏对低等藻类的研究。2008年
Hervé等[5]开展了红藻和褐藻谷胱甘肽S-转移酶
的分类研究,并指出这些藻类谷胱甘肽S-转移酶构
成了谷胱甘肽S-转移酶家族的一个新类型。随后
周向红等[12]的研究也支持了这一观点,认为这些藻
类谷胱甘肽S-转移酶属于Sigma型谷胱甘肽S-转
移酶。本研究得到的进化树与 Hervé等[5,15]的结
果基本一致,不仅支持了藻类也含有Sigma型谷胱
甘肽S-转移酶的观点,而且进一步发现了条斑紫菜
等红藻还含有 Mu型谷胱甘肽S-转移酶。条斑紫
菜 Mu型谷胱甘肽S-转移酶的克隆不仅完善了谷
胱甘肽S-转移酶的分类研究,还暗示着条斑紫菜可
能具有与高等动物类似的解毒机制,为后续的条斑
紫菜抗逆研究奠定了基础。
07 水 产 科 学 第35卷
参考文献:
[1] 雷安平,陈欢,黎双飞,等.谷胱甘肽S-转移酶的功能、
应用及克隆表达[J].环境科学与技术,2009,32(12):
85-91.
[2] Hayes J D,Flanagan J U,Jowsey I R.Glutathione
transferases[J].Annual Review of Pharmacology and
Toxicology,2005,45(1):51-88.
[3] 胡廷章,周大祥,罗凯.植物谷胱甘肽转移酶的结构与
功能及其基因表达[J].植物生理学通讯,2007,43(1):
195-200.
[4] Frova C.Glutathione transferases in the genomics era:
new insights and perspectives[J].Biomolecular Engi-
neering,2006,23(4):149-169.
[5] HervéC,de Franco P-O,Groisilier A,et al.New
members of the glutathione transferase family discov-
ered in red and brown algae[J].Biochemical Journal,
2008,412(3):535-544.
[6] Stiler J W,Hal B D.Sequences of the largest subunit
of RNA polymeraseⅡfrom two red algae and their
implications for rhodophyte evolution[J].Journal of
Phycology,1998,34(5):857-864.
[7] 易乐飞,王萍,周向红,等.条斑紫菜半胱氨酸合成酶
基因的电子克隆与分析[J].中国水产科学,2009,16
(4):518-524.
[8] Altschul S F,Madden T L,Schaffer A A,et al.Gapped
BLAST and PSI-BLAST:a new generation of protein
database search programs [J].Nucleic Acids Re-
search,1997,25(17):3389-3402.
[9] Marchler-Bauer A,Lu S,Anderson J B,et al.CDD:a
Conserved Domain Database for the functional annota-
tion of proteins[J].Nucleic Acids Research,2011,39
(D):225-229.
[10]Katoh K,Standley D M.MAFFT Multiple Sequence
Alignment Software Version 7:improvements in per-
formance and usability[J].Molecular Biology and E-
volution,2013,30(4):772-780.
[11]Guindon S,Gascuel O.A simple,fast,and accurate al-
gorithm to estimate large phylogenies by maximum
likelihood [J].Systematic Biology,2003,52(5):
696-704.
[12]周向红,李信书,王萍,等.高温胁迫下条斑紫菜叶状
体 HSP70基因的表达谱分析[J].水产科学,2011,30
(4):233-237.
[13]Ruijter J M,Ramakers C,Hoogaars W M H,et al.
Amplification efficiency:linking baseline and bias in
the analysis of quantitative PCR data [J].Nucleic
Acids Research,2009,37(6):45.
[14]Pfaffl M W.A new mathematical model for relative
quantification in real-time RT-PCR[J].Nucleic Acids
Research,2001,29(9):2002-2007.
[15]Booth J,Boyland E,Sims P.An enzyme from rat liver
catalysing conjugations with glutathione[J].Biochemi-
cal Journal,1961,79(3):516-524.
[16]Frear D S,Swanson H R.Biosynthesis of S-(4-ethyl-
amino-6-isopropylamino-2-s-triazino)glutathione:par-
tial purification and properties of a glutathione S-trans-
ferase from corn [J].Phytochemistry,1970,9(10):
2123-2132.
[17]Frova C.The plant glutathione transferase gene fami-
ly:genomic structure,functions,expression and evolu-
tion [J].Physiologia Plantarum,2003,119(4):
469-479.
[18]de Franco P-O,Rousvoal S,Tonon T,et al.Whole ge-
nome survey of the glutathione transferase family in
the brown algal model Ectocarpus siliculosus[J].Ma-
rine Genomics,2009,1(3/4):135-148.
Cloning and Analysis of a Mu Class GST in Laver Porphyra yezoensis
YI Lefei,HAO Wei,LI Xinshu,YAN Binlun
(School of Marine Science &Technology,HuaiHai Institute of Technology,Lianyungang 222005,China)
Abstract:Glutathione S-transferases(GSTs)are celular multifunctional detoxification enzymes,and ubiq-
uitously found in al types of organisms with a highly diverse family of proteins.In the present study,a no-
vel member(PyGST2)of GST family in laver Porphyra yezoensis Ueda was cloned and analyzed using
RT-PCR and bioinformatical tool.It was found that PyGST2gene contained a continuous complete open
reading frame encoding apolypeptide of 217amino acids.The Pb2+ stress induced the expression of
PyGST2gene which contained conserved domains and amino acid residues of GST family.PyGST2shared
the highest identities with Mu class GSTs,and higher identities with Alpha,Sigma and Pi class GSTs a-
mong al kinds of GSTs.Phylogenetic analysis showed that PyGST2was distinct from GST class of plant,
but was most closely related to the Mu class GSTs.The findings of PyGST2laid the foundation for further
understanding of the molecular mechanisms of stress tolerance in the laver.
Key words:Porphyra yezoensis;GST;cloning;expression
17第1期 易乐飞等:条斑紫菜 Mu型谷胱甘肽S-转移酶基因克隆与分析