全 文 :书山 东 农 业 科 学 2013,45(10):1 ~ 6,11 Shandong Agricultural Sciences
收稿日期:2013 -06 -07
基金项目:国家自然科学基金(30671177)、山东省优秀中青年科学家科研奖励基金(2006BS06001)、山东省农业科学院博士基金
(2006 - 2009)资助。
作者简介:丁 谦(1987 -) ,男,博士研究生,主要研究蔬菜育种。E - mail:dingqian87@ 126. com;叶 帅(1981 -) ,男,硕士研究生,
研究方向为植物分子遗传学。* 丁 谦、叶 帅同为第一作者。
**通讯作者:高建伟(1967 -) ,男,研究员。E - mail:jianweigao3@ yahoo. com
小立碗藓细胞色素 P450 基因 PpCYP51G1
的分离及转化载体构建
丁 谦1,2* ,叶 帅1,3* ,李景娟1,朱正歌3,高建伟1**
(1. 山东省农业科学院蔬菜研究所 /山东省设施蔬菜生物学重点实验室 /
国家蔬菜改良中心山东分中心,山东 济南 250100;
2. 甘肃农业大学,甘肃 兰州 730070;3. 河北师范大学生命科学学院,河北 石家庄 050016)
摘 要:从小立碗藓(Physcomitrella patens)中克隆了细胞色素 P450 CYP51 基因 PpCYP51G1 的全长编码
序列,编码区长 1 509 bp,预测编码 488 个氨基酸,蛋白二级结构含有自由卷曲、伸展片段和 α -螺旋,N 端含
有一个跨膜区域。构建了 PpCYP51G1 的功能缺失载体,并利用 PEG介导的原生质体转化技术获得该基因的
功能缺失转化体;同时,构建了 PpCYP51G1 - GFP融合蛋白载体,亚细胞定位结果表明,PpCYP51G1 定位在内
质网中。
关键词:小立碗藓;细胞色素 P450;CYP51;克隆;转化载体构建
中图分类号:Q781 文献标识号:A 文章编号:1001 -4942(2013)10 -0001 -07
Isolation of Cytochrome P450 Gene PpCYP51G1 from
Physcomitrella patens and Construction of Its Transformation Vectors
Ding Qian1,2* ,Ye Shuai1,3* ,Li Jingjuan1,Zhu Zhengge3,Gao Jianwei1**
(1. Institute of Vegetables,Shandong Academy of Agricultural Sciences /Shandong Key Laboratory of
Greenhouse Vegetable Biology /Shandong Branch of National Vegetable Center,Jinan 250100,China;
2. Gansu Agricultural University,Lanzhou 730070,China;
3. College of Life Science,Hebei Normal University,Shijiazhuang 050016 ,China)
Abstract The full length cDNA sequence of cytochrome P450CYP51 gene named as PpCYP51G1 was
cloned from Physcomitrella patens. Its code region was 1 509 bp,and it encoded 488 amino acids. The PpC-
YP51G1 protein contained one transmembrane region at the N end,and its secondary structure contained ran-
dom coils,extended strands and alpha helixes. The knockout vector for PpCYP51G1 was constructed and the
loss - of - function transformants were obtained. The expression vector for PpCYP51G1 - GFP fusion was also
constructed to investigate the subcellular localization of PpCYP51G1,and the result showed that PpCYP51G1
expressed in endoplasmic reticulum.
Key words Physcomitrella patens;Cytochrome P450;CYP51;Clone;Construction of transformation
vector
CYP51 为甾醇 14α - 去甲基化酶(又称 P45014DM) ,被视为最古老的细胞色素 P450 家族
DOI:10.14083/j.issn.1001-4942.2013.10.001
成员[1],是细胞色素 P450 家族中唯一一个在真
菌、植物和动物界都具有保守功能的成员[2]。真
菌 CYP51 是真菌麦角甾醇合成过程的关键酶,抑
制其活性将会阻碍麦角甾醇的合成,破坏细胞膜
的结构和功能,最终导致真菌死亡。目前农业上
CYP51 抑制剂(14α - demethylation inhibitors,
DMIs)类杀菌剂即是通过抑制真菌 CYP51 的活性
发挥杀菌抑菌作用[3]。植物 CYP51 不仅参与植
物体的基础代谢,还参与植物体的次生代谢,主要
表现在次生代谢物质的合成及降解化学药物毒性
两方面,其催化的代谢途径可产生一些重要次生
代谢物,提高植物抵抗病虫害及逆境胁迫的能
力[4]。因此,研究 CYP51 对于研究细胞色素
P450 的结构、功能和进化具有重要意义。
小立碗藓(Physcomitrella patens)是目前发现
的唯一具有高频率同源重组的植物[5]。同源重
组是基因打靶的技术核心。Kammerer[6] 和
Cove[7]等首先在小立碗藓中实现了基因同源重
组。随后 Schaefer 等[8,9]进一步证实小立碗藓基
因打靶效率高达 90%,与酵母基因打靶频率
(95%)相当,这是高等植物中通过同源重组进行
精确基因打靶的先例。目前,基因打靶技术已成
为研究小立碗藓基因功能的有效工具[10 ~ 13]。由
于生活周期短、易于培养、转基因植株易于分析以
及核基因组易于和外源 DNA 发生同源重组等特
点,小立碗藓已成为重要的植物分子生物学研究
材料。本试验克隆了小立碗藓细胞色素 P450
CYP51 基因 PpCYP51G1,并试图利用其高频率同
源重组特性获得该基因的功能缺失突变体并通过
亚细胞定位研究其功能。
1 材料与方法
1. 1 材料与试剂
小立碗藓 Gransden 品系 Physcomitrella patens
(Hedw. )B. S. G由 Ralf Reski 教授惠赠。
试验所用试剂:pCAMBIA - 1301 载体、连有
GFP的 PJIT163 质粒由本实验室保存;大肠杆菌
菌种(DH5α)、BioFlux 胶回收试剂盒(3S Spin
DNA Agarose Gel Purification Kit)购自山东济南朋
远公司;Taq 酶、Ex Taq 酶、T4 DNA 连接酶、限制
性内切酶、dNTP 购自 TaKaRa 公司;pGEM - T
easy vector System购自美国 Promega公司;引物由
北京博尚生物技术有限公司合成;Trizol 购自 In-
vitrogen公司;反转录试剂盒(First - Strand cDNA
Synthesis Kit)购自上海申能博彩生物科技有限公
司;测序由山东省农业科学院高新技术研究中心
测序室完成。
1. 2 试验方法
1. 2. 1 PpCYP51G1 全长 cDNA 编码序列的克隆
采用 Trizol法提取小立碗藓原丝体总 RNA,利用
反转录试剂盒(First - Strand cDNA Synthesis Kit)
反转录合成 cDNA第一条链。以小立碗藓反转录
产物为模板,利用特异性引物 PCYP51G1F:5 -
GATACAATGGGGGATGCGGA - 3和 PCYP51G1R:
5 - ATCACATGTCAGTTGACGAC - 3进行 PCR,获
得 PpCYP51G1的全长编码序列。
1. 2. 2 PpCYP51G1 氨基酸序列特征分析和二级
结构预测 在 http:/ /blast. ncbi. nlm. nih. gov /
Blast. cgi网站利用 Blast 工具进行序列相似性分
析;利用 DNAMAN软件预测其编码蛋白并进行蛋
白序列比对、系统进化树构建;利用 GOR 软件
(http:/ /www. expasy. ch / tools /)对其蛋白二级结
构进 行 预 测;使 用 TMHMM 软 件 (http:/ /
www. cbs. dtu. dk /services /TMHMM/)对其蛋白跨
膜结构进行预测。
1. 2. 3 PpCYP51G1 功能缺失载体的构建、转化
及转化体的筛选和鉴定 以基因组 DNA为模板,
利用引物 PCYP51G1F 和 PCYP51G1R 进行 PCR
扩增,得到长度大于 1 kb 的 DNA 片段,克隆测
序,分析测序结果找出外显子区域及内含子区域,
并将基因打靶位点设计在外显子区域,取打靶位
点前后各约 500 bp 的片段,分别命名为Ⅰ片段、
Ⅱ片段。扩增 PpCYP51G1 的Ⅰ片段和Ⅱ片段所
用引物分别为:
CYP51G1F1:5 - GACGTCGATTCTCCCGACT-
GGGTGAG -3(划线处为 AatⅡ酶切位点)
CYP51G1R1:5 - GAATTCAGAACGAAGTGAC-
CCACAAT -3(划线处为 EcoRⅠ酶切位点)
CYP51G1F2:5 - ACTAGTCGCGTGGAATCG-
GAAGCGAC -3 (划线处为 SpeⅠ酶切位点)
CYP51G1R2:5 -GAGCTCGCTGCAAAGCAAAAC-
CCCGA -3 (划线处为 SacⅠ酶切位点)
2 山 东 农 业 科 学 第 45 卷
pCAMBIA - 1301 载体(GenBank 登陆号为
AF234297. 1)中带有双 CaMV 35S启动子、潮霉素
磷酸转移酶基因(hpt Ⅱ)及 CaMV 3UTR 区的片
段命名为Ⅲ片段(即 pCAMBIA - 1301 载体上
8 720 ~ 10 795 bp之间的片段) ,片段大小为2 076
bp,扩增引物如下:
hpt - F:5 - AGCTTGCCAACATGGTGGAGCAC -
3
hpt - R:5 - AATTCGGGGGATCTGGATTTTAG-
TAC -3
分别将Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ片段克隆到 pGEM - T easy
载体上,转化大肠杆菌感受态细胞,经测序鉴定
后,提取质粒。首先用 Spe Ⅰ和 Sac Ⅰ分别双酶
切连有Ⅱ和Ⅲ片段的质粒(Ⅲ片段两端的酶切位
点为 pGEM - T easy 载体自带酶切位点) ,回收Ⅱ
片段和连有Ⅲ片段的线性化质粒,将二者连接后
转化大肠杆菌感受态细胞,挑取阳性克隆,经测序
鉴定后提取质粒。再用 Aat Ⅱ和 EcoR Ⅰ双酶切
质粒(pGEM - T easy 载体自带酶切位点) ,同时
用 Aat Ⅱ和 EcoRⅠ双酶切连有Ⅰ片段的质粒,将
回收的Ⅰ片段与同时连有Ⅱ和Ⅲ片段的线性化质
粒连接,转化大肠杆菌感受态细胞,挑取阳性克隆
进行 PCR、酶切及测序鉴定,鉴定正确的即为我
们需要的 PpCYP51G1 功能缺失载体。
以 该 载 体 为 模 板,以 CYP51G1F1 和
CYP51G1R2 为引物进行 PCR 扩增,回收目的片
段,用 PEG介导的原生质体转化方法转化小立碗
藓原生质体。小立碗藓原生质体的制备、PEG 介
导的原生质体转化、再生和转基因植株的筛选参
考王凤德等[14]的方法。
取选择性培养基上生长的抗性植株及野生型
植株,分别提取其 DNA,以抗性植株 DNA、野生型
植株 DNA以及构建的质粒载体为模板,用引物
hpt - F和 hpt - R进行 PCR扩增,鉴定阳性植株。
1. 2. 4 PpCYP51G1 - GFP融合蛋白载体的构建、
转化及亚细胞定位 设计带有 BamH Ⅰ酶切位
点的引物扩增 PpCYP51G1 基因,所用引物为:
CYP51G1 - F:5 - GTGGATCCGATACAATGGGG-
GATGCGGA - 3 和 CYP51G1 - R:5 - GTG-
GATCCATCACATGTCAGTTGACGAC - 3(划线处
为 BamH Ⅰ酶切位点) ,将扩增得到的目的片段
通过 BamH Ⅰ酶切位点连接到 PJIT163 质粒载体
上,转化大肠杆菌感受态细胞,挑取阳性克隆,进
行酶切及测序鉴定,插入方向正确的质粒用 PEG
介导的转化方法转化小立碗藓原生质体[14]。
将转化后的原生质体 25℃黑暗过夜培养,荧
光显微镜下观察 GFP荧光的分布。
2 结果与分析
2. 1 PpCYP51G1 基因的克隆
以小立碗藓反转录产物为模板,利用特异性
引物 PCYP51G1F和 PCYP51G1R进行 PCR扩增,
得到一条约为 1. 5 kb 的带(图 1)。测序结果显
示,该基因的编码区长 1 509 bp,预测编码 488 个
氨基酸(图 2) ;序列比对发现,其氨基酸序列与拟
南芥 CYP51G1 基因 AtCYP51G1(GenBank 登录号
为 NM _101040)的编码蛋白序列的一致性为
65%,命名为 PpCYP51G1。Blast 检索发现基因组
测序已经完成的细菌、真菌和动物中都有 PpC-
YP51G1 基因的同源基因。
M:DNA Marker Ⅲ;1:PpCYP51G1 的 PCR扩增结果;2,3:
阴性对照
图 1 PCR扩增 PpCYP51G1 基因
2. 2 PpCYP51G1 氨基酸序列特征分析和二级结
构预测
2. 2. 1 PpCYP51G1 氨基酸序列同源性分析 对
小立碗藓、拟南芥、水稻、衣藻、酵母 CYP51G1 基
因编码的氨基酸序列进行比对(图 3)并构建系统
进化树(图 4) ,结果表明,PpCYP51G1 与拟南芥、
水稻、衣藻、酵母 CYP51G1 的氨基酸序列一致性
分别为 65%、64%、50%、28%。
3第 10 期 丁 谦等:小立碗藓细胞色素 P450 基因 PpCYP51G1 的分离及转化载体构建
图 2 PpCYP51G1 全长编码序列及预测的氨基酸序列
AtCYP51G1:拟 南 芥, NM _ 101040; OsCYP51G1:水 稻 (Japonica Group) ,NM _ 001074523; ChCYP51G1:衣 藻,(http:/ /
drnelson. uthsc. edu /chlamydomonas. htm) ;ScCYP51G1:酵母,NP_011871。下图同。
图 3 PpCYP51G1 与拟南芥、水稻、衣藻、酵母 CYP51G1 氨基酸序列比对
4 山 东 农 业 科 学 第 45 卷
图 4 PpCYP51G1 与拟南芥、水稻、衣藻、酵母
CYP51G1 蛋白进化树
2. 2. 2 PpCYP51G1 二级结构预测 利用 GOR
软件(http:/ /www. expasy. ch / tools /)预测了 PpC-
YP51G1 的二级结构,如图 5 所示,自由卷曲(ran-
dom coil)占 41. 04%,伸展片段(extended strand)
占 16. 46%,α -螺旋(alpha helix)占 42. 50%。对
PpCYP51G1 蛋白序列进行了跨膜结构预测,结
果发现其 N端具有一个跨膜区(图 6A)。为确定
跨膜区的长度,逐个截短 N 端序列,当截短了 22
个氨基酸时,N 端没有跨膜区(图 6B) ,说明跨膜
区至少包括 N端的 22 个氨基酸序列。
图 5 PpCYP51G1 的二级结构预测
图 6 PpCYP51G1 的跨膜结构预测
2. 3 PpCYP51G1 功能缺失载体鉴定
分别用Ⅰ片段两个引物、Ⅱ片段两个引物以
及Ⅰ片段 5端引物 /Ⅱ片段 3端引物进行扩增,
对重组质粒进行 PCR 验证,均获得了目的片段
5第 10 期 丁 谦等:小立碗藓细胞色素 P450 基因 PpCYP51G1 的分离及转化载体构建
(图 7)。分别用 Aat Ⅱ、EcoR Ⅰ双酶切Ⅰ片段,
用 Spe Ⅰ、Sac Ⅰ双酶切Ⅱ片段,对重组质粒进行
酶切验证,均得到了目的片段。将 PCR、酶切鉴
定正确的重组质粒进行测序,测序结果与目标序
列相符,表明 PpCYP51G1 功能缺失载体构建成
功,可用于下一步的转化。
M:DNA MarkerⅢ;1:CYP51G1Ⅰ片段;2. CYP51G1Ⅱ片段;
3. CYP51G1Ⅰ -Ⅲ -Ⅱ片段
图 7 功能缺失载体 PCR鉴定结果
2. 4 PpCYP51G1 功能缺失转化体的筛选和鉴定
随机选取 7 株选择性培养基上生长的抗性植
株,分别提取其 DNA 及野生型植株 DNA,以筛选
出的抗性植株 DNA、构建的功能缺失载体质粒、
野生型植株 DNA 为模板,用 hpt Ⅱ基因引物
(hpt - F和 hpt - R)进行 PCR 扩增。结果表明,
获得了 PpCYP51G1 功能缺失转化体。
2. 5 PpCYP51G1 - GFP 融合蛋白载体鉴定及亚
细胞定位
用 BamH Ⅰ对重组质粒进行酶切验证(图
8) ,得到了目的片段。将酶切正确的重组质粒进
行测序,测序结果与目标序列相符,表明 PpC-
YP51G1 - GFP 融合蛋白载体构建成功。亚细胞
定位结果表明,PpCYP51G1 定位在内质网上。
M:DNA MarkerⅢ;1:PpCYP51G1 - GFP融合载体
图 8 融合蛋白载体酶切鉴定结果
3 讨论
本试验从小立碗藓中克隆了 CYP51 基因 Pp-
CYP51G1 的全长 cDNA 编码序列,并对其氨基酸
序列进行了分析,结果表明,CYP51G1 在植物中
具有较高的保守性,PpCYP51G1 与拟南芥、水稻、
衣藻、酵母 CYP51G1 的氨基酸序列一致性分别为
65%、64%、50%、28%,与细胞色素 P450 家族其
它成员的研究结果类似[14],因此,研究小立碗藓
细胞色素 P450 家族基因的功能对于揭示它们在
其它植物中的功能具有借鉴意义。
PpCYP51G1 跨膜区的预测结果表明,其 N 端
存在一个跨膜结构域,而 GenBank 中对小立碗藓
CYP51G1 基 因 (GenBank 登 录 号 为 XM _
001769361)的预测结果则显示其编码蛋白 N 端
无跨膜区,原因是 GenBank 中预测的氨基酸序列
不包括本试验得到的 PpCYP51G1 蛋白 N 端的前
22 个氨基酸(MGDAEMQGAPVGESAVFDRSKV) ,
而这段序列刚好是预测的 N 端跨膜区。我们认
为 PpCYP51G1 的全长序列应该包括这个跨膜区,
GenBank中小立碗藓 EST数据库中的数据也证明
这段序列是确实存在的。
此外,我们构建了 PpCYP51G1 基因的功能缺
失载体及 GFP融合蛋白载体,获得了 PpCYP51G1
的功能缺失转化体,并对该基因进行了亚细胞定
位,为进一步研究其功能奠定了基础。
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