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十个歪头菜居群遗传多样性分析



全 文 :DOI:10.11686/cyxb2015547 http://cyxb.lzu.edu.cn
陈辉,杨晖,强维亚.十个歪头菜居群遗传多样性分析.草业学报,2016,25(9):96-103.
CHEN Hui,YANG Hui,QIANG Wei-Ya.Genetic diversity of ten Vicia unijugapopulations by ISSR markers.Acta Prataculturae Sinica,2016,
25(9):96-103.
十个歪头菜居群遗传多样性分析
陈辉1,杨晖2,强维亚1*
(1.兰州大学生命科学学院,草地农业生态系统国家重点实验室,甘肃 兰州730000;
2.甘肃省科学院生物研究所,微生物开发应用重点实验室,甘肃 兰州730000)
摘要:采用ISSR分子标记对10个歪头菜自然居群的104个样本进行遗传多样性分析,筛选的10条ISSR引物共
扩增出115个位点,其中多态性位点110个。在物种水平上多态性比率(PPB)为95.65%,在居群内多态位点比率
为24.35%~49.70%。POPGENE分析结果显示,物种水平上Nei’s基因多样性(H)为0.2632,Shannon’s遗传多
样性信息指数(I)为0.4046,基因流(Nm)为0.4553,基因分化度(Gst)为0.5283,AMOVA分析居群间遗传分化程
度为50.51%。研究表明,10个采样点的歪头菜在物种水平上具有较高的遗传多样性,但在居群之间已经出现了
一定程度的遗传分化,且居群间的遗传分化程度高于居群内的分化程度。同时,证明了环境压力大小对于遗传多
样性的高低具有选择作用,环境压力小的烟台和环境压力大的合作地区具有较高的遗传多样性,但环境压力介于
二者之间的地区遗传多样性水平相对较低。本研究结果不仅对于了解歪头菜遗传进化和其生长地的环境的关系
具有重要的参考价值,对合理利用歪头菜遗传资源及育种还具有非常重要的作用。
关键词:歪头菜;ISSR;遗传多样性;遗传分化  
*Genetic diversity of ten Vicia unijugapopulations by ISSR markers
CHEN Hui 1,YANG Hui 2,QIANG Wei-Ya1*
1.State Key Laboratory of Grassland Agro-ecosystems,School of Life Sciences,Lanzhou University,Lanzhou730000,China;2.
Institute of Biology,Gansu Academy of Science,Lanzhou730000,China
Abstract:Inter-simple sequence repeat(ISSR)markers were used to investigate the genetic diversity within and
among ten natural populations of Vicia unijuga.Ten ISSR primers generated 115discernible DNA bands,of
which 110(95.65%)were polymorphic.On average each primer produced 11.5bands,including 11polymor-
phic bands.At the species level,high genetic diversity was detected-PPB(percentage of polymorphic loci):
95.65%;Nm(gene flow):0.4553;Gst(genetic differentiation coefficient):0.5283;Hs(gene diversity in
subdivided populations):0.2632.However,relatively low genetic diversity existed within populations;the
percentage of polymorphic loci rate ranged from 24.35%to 48.70%.A relatively high level of genetic differen-
tiation among populations was revealed by Shannon’s information measure(0.4046)and analysis of molecular
variance(AMOVA,0.5051).The results showed that the ten populations of V.unijugahad high genetic di-
versity,but among the populations a certain degree of genetic differentiation had occurred:the genetic differen-
tiation among populations was higher than within populations.The results suggest that environmental pressure
has a selective relationship with genetic diversity.Low environmental pressure in Yantai and high environmen-
96-103
2016年9月
   草 业 学 报   
   ACTA PRATACULTURAE SINICA   
第25卷 第9期
Vol.25,No.9
* 收稿日期:2015-12-02;改回日期:2016-01-26
基金项目:国家自然科学基金项目(31070353)资助。
作者简介:陈辉(1990-),男,山东临沂人,在读硕士。E-mail:chenh2013@lzu.edu.cn
*通信作者Corresponding author.E-mail:qwy@lzu.edu.cn
tal pressure in Hezuo regions were associated with high levels of genetic diversity,but in the medium pressure
regions there was low genetic diversity.This study suggests an important relationship between V.unijugage-
netic evolution and the environment and can also be used as a reference for working with genetic resources and
breeding.
Key words:Vicia unijuga;ISSR;genetic diversity;genetic differentiation
植物遗传多样性是植物的自然属性之一,是植物在长期进化、发展过程中形成并存在于植物种群之间,或个
体之间的遗传差异。植物遗传多样性对于其在复杂环境条件下生存和发展具有至关重要的作用,是植物物种稳
定性和进化潜力的基础。遗传多样性与植物所处的环境有着密不可分的联系,植物的遗传多样性越丰富,对外界
环境变化的适应能力就越强[1]。因此,作为植物适应多重环境变化的遗传基础,植物遗传多样性研究得到越来越
广泛的重视。Reed等[2]证明基因杂合度的丧失会降低植物种群的适合度,现阶段遗传多样性则更多地应用于物
种的保护研究[3]。
歪头菜(Vicia unijuga)作为一种天然的优良牧草,广泛分布于东亚地区,在我国的东北、华北、西北以及长
江以南大部分省(区)都有分布。歪头菜适应性强,生长于半湿润气候和微酸性土壤,喜阴湿。在红壤、棕壤、灰化
土甚至瘠薄的沙土均能生长,在南方温暖湿润地区也常有分布[4]。因其适应性强,分布广泛,又是饲草中植物蛋
白的重要来源,因此在土地荒漠化以及草场退化日益严重的背景下,作为优质天然牧草歪头菜受到越来越多研究
的重视[5-7]。关于植物遗传多样性,目前有相当多的研究[8-10],但对于歪头菜的遗传多样性和各居群间的遗传关
系以及遗传结构方面的研究鲜见报道。因此,对于歪头菜的遗传多样性的研究对合理利用歪头菜遗传资源及育
种具有非常重要的作用。
简单重复序列间扩增(inter-simple sequence repeat,ISSR)分子标记技术是由加拿大蒙特利尔大学Zietk-
iewicz等[11]提出的一种利用聚合酶链式反应 (polymerase chain reaction,PCR)扩增进行检测的DNA分子标记
技术,具有操作简单、重复性好,对DNA模板要求低和多态性高等优点[12],可以方便快速检测样本间的遗传差异
和遗传多样性[13-14]。报道显示该方法已在多种植物的遗传图谱建立、品种鉴定、遗传多样性检测、基因定位和亲
缘关系鉴定中广泛应用[15-19]。因此,本研究采用该方法对10个不同居群的歪头菜进行遗传分析,在分子水平上
探讨其遗传多样性和遗传变异程度,旨在研究歪头菜的遗传分化与其生长地环境的关系。
1 材料与方法
1.1 实验材料与实验过程
实验所用歪头菜种子于2014年8-10月采自不同地区的10个样点(表1),两个单株之间的距离间隔为2
m。2014年11月选择饱满成熟一致的种子,用浓硫酸浸泡25min打破休眠后用清水彻底冲洗除去种子表面残
留硫酸,将去休眠种子植入营养土中萌发生长,每日光照16h(6:00-21:00),昼/夜温度为25℃/15℃。
1.2 DNA的提取
于2014年12月将10个采样点共104个单株歪头菜的幼叶,参照Volkov等[20]CTAB(十六烷基三甲基溴
化铵,hexadecyl trimethyl ammonium bromide)法提取基因组DNA。
1.3 ISSR-PCR分析
本研究从British Columbia大学公布的100条ISSR引物序列中,于2014年12月-2015年1月从40条引
物里筛选出10条多态性好、条带清晰的引物序列(表2),由上海生工生物有限公司合成;Tag DNA 聚合酶、
dNTPs、MgCl2、100bp DNA marker和10×Buffer均购买自甘肃鹏程生物科技发展有限公司。PCR反应总体
积为25.0μL,反应体系为:10×PCR Buffer(含 Mg
2+)5.0μL,2.5U/μL r Tag DNA 聚合酶0.5μL,2.5
mmol/L dNTPs 4.0μL,10μmol/L引物2.0μL,30ng/μL模板DNA 2.0μL,用ddH2O补充到25.0μL。PCR
反应程序为:94℃ 预变性2min,94℃30s,40~54℃30s,72℃2min,35个循环,72℃10min。对104个样
品扩增,每个引物扩增两次,反应在基因扩增仪(BIO-RAD S1000TM Thermal Cycler美国)上进行。扩增产物用
79第25卷第9期 草业学报2016年
2%琼脂糖凝胶(含0.5μg/mL EB)电泳分离,电泳结果在全自动凝胶成像系统(培清JS-680B,中国上海)下观察
并拍照,采用Gelpro analyzer对结果进行定量分析。
1.4 数据处理
将得到的电泳图用Gelpro 32处理后按相同位置上条带的有无进行1,0计数,计数结果以1/0矩阵的形式
输入计算机。利用POPGENE Version 1.31对得到的矩阵图进行分析处理,利用NTsys 2.0构建UPGMA聚类
图,利用分子方差变异分析(AMOVA)进行遗传分化系数分析。
在POPGENE Version 1.31输出报告中查找得到歪头菜各居群的遗传多样性(Hs)、居群遗传距离(D)、遗
传一致度(In)、多态位点百分率(PBB)、Shannon’s遗传多样性信息指数(I)、观测等位基因数(Na)、有效等位基
因数(Ne)、居群间基因间分化度(Gst)、基因流(Nm)等。
表1 歪头菜采集点的环境因子
Table 1 The environment factors of V.unijugageographical origins
采样点
Geographical origins
经纬度
Latitude and longitude
海拔
Altitude(m)
降雨量
Precipitation(mm)
年均温度
Annual temperature(℃)
土壤pH
Soil pH value
烟台Yantai  36°46′05.45″N,120°51′59.05″E  100  800  11.2  5.9
文县 Wenxian  32°56′38.00″N,104°41′12.00″E  2000  600  10.0  7.8
榆中Yuzhong  35°55′19.24″N,103°55′27.27″E  2096  560  4.0  7.5
土门关Tumenguan  35°25′14.22″N,102°56′26.44″E  2157  537  5.9  7.4
永登Yongdeng  36°39′24.27″N,102°42′49.01″E  2305  419  7.4  7.9
大通Datong  36°56′03.17″N,101°41′35.19″E  2432  508  4.9  7.5
和政 Hezheng  35°16′50.18″N,103°14′56.16″E  2534  660  5.1  7.8
夏河Xiahe  35°13′17.06″N,102°42′09.22″E  2674  516  2.6  7.5
卓尼Zhuoni  34°46′25.25″N,103°09′33.08″E  2880  580  4.6  7.5
西山坡Xishanpo  34°58′50.19″N,102°53′34.53″E  2978  545  2.0  7.5
表2 10个歪头菜居群遗传多样性分析的ISSR引物及其扩增结果
Table 2 ISSR primers used in analysis of genetic diversity of ten V.unijugapopulations and amplification results
引物
Primers
序列
Sequences
(5′-3′)
退火温度
Annealing temperature
(℃)
扩增出片段数量
Total number of bands
amplified
多态性片段数
Number of polymorphic
bands
多态性
Polymorphic
(%)
UBC811 (GA)8C  52  12  12  100.00
UBC815 (CT)8G  52  10  10  100.00
UBC818 (CA)8G  52  13  12  92.31
UBC822 (TC)8A  50  12  12  100.00
UBC845 (CT)8AG  54  12  11  92.31
UBC852 (TC)8AA  52  12  12  100.00
UBC853 (TC)8AT  52  12  11  92.31
UBC858 (TG)8AG  54  11  10  90.91
UBC864 (ATG)6 48  10  9  90.00
UBC868 (GAA)5 40  11  11  100.00
总计Total  115  110
平均Average  11.5  11  95.65
89 ACTA PRATACULTURAE SINICA(2016) Vol.25,No.9
2 结果与分析
2.1 DNA提取
提取的DNA在0.8%琼脂糖凝胶中表现出明亮清晰的条带,无拖尾现象,且无RNA条带的出现,A260/A280
在1.8~2.0之间,证明提取的DNA纯净、完整,可以用于后续实验。
2.2 ISSR扩增
10条引物对来自10个居群的104个单株进行ISSR扩增(图1),最终共扩增出115个ISSR片段,其中110
个多态性片段,多态性百分率高达95.65%,每条引物扩增出的片段数量在10~13之间(表2),平均每条引物扩
增出11条多态性片段,扩增出的片段大小在100~1500bp之间。
2.3 歪头菜遗传多样性的ISSR扩增结果分析
ISSR扩增结果分析(表3)表明,居群水平平均多态位点百分率(PBB)为37.75%,其中最高的为烟台
49.70%,最低的为官滩沟24.35%。居群内遗传多样性(Hs)在0.0926~0.1587之间,平均值为0.1254。Shan-
non’s遗传多样性信息指数(I)在0.1368~0.2418之间,平均为0.1911。物种水平上多态位点百分率(PBB)为
95.65%,总的遗传多样性(Ht)为0.2632,Shannon’s(I)遗传多样性信息指数为0.4046。
图1 引物UBC858对10个居群104个歪头菜样本扩增图谱
Fig.1 Result of PCR amplification using primer UBC858of 104 V.unijugasamples from 10populations
 
表3 10个歪头菜居群内的遗传多样性分析
Table 3 Genetic diversities for ten populations of V.unijuga
居群
Population
多态位点百分率
Percentage of polymorphic
band(PPB,%)
观测等位基因数
Observed number
of aleles(Na)
居群内遗传多样性
Gene diversity in subdivided
populations(Hs)
有效等位基因数
Effective number
of aleles(Ne)
Shannon’s遗传多样性
信息指数Shannon’s
information index(I)
烟台Yantai  49.70  1.4870(0.5020) 0.1587(0.0349) 1.2609(0.3324) 0.2418(0.2720)
文县 Wenxian  40.00  1.4000(0.4920) 0.1364(0.0368) 1.2358(0.3569) 0.2045(0.2752)
榆中Yuzhong  24.35  1.2435(0.4311) 0.0926(0.0306) 1.1638(0.3233) 0.1368(0.2518)
土门关Tumenguan  40.00  1.4000(0.4920) 0.1189(0.0299) 1.1946(0.3101) 0.1939(0.2525)
永登Yongdeng  34.87  1.3478(0.4784) 0.1288(0.0373) 1.2255(0.3565) 0.1904(0.2773)
大通Datong  36.52  1.3652(0.4836) 0.1255(0.0354) 1.2176(0.3507) 0.1880(0.2702)
和政 Hezheng  31.30  1.3130(0.4658) 0.1027(0.0302) 1.1753(0.3198) 0.1552(0.2515)
夏河Xiahe  33.04  1.3304(0.4724) 0.0960(0.0250) 1.1541(0.2800) 0.1498(0.2343)
卓尼Zhuoni  42.61  1.4261(0.4967) 0.1395(0.0323) 1.2267(0.3158) 0.2133(0.2648)
西山坡Xishanpo  46.09  1.4609(0.5006) 0.1550(0.0367) 1.2617(0.3526) 0.2344(0.2765)
平均Average  37.75  1.3774(0.4820) 0.1254(0.0332) 1.2126(0.3301) 0.1911(0.2631)
物种水平Species level  95.65  1.9565(0.2048) 0.2632(0.1754) 1.4382(0.3489) 0.4046(0.2335)
 注:括号内的为标准偏差。
 Note:As the standard deviation in parentheses.
99第25卷第9期 草业学报2016年
利用POPGENE Version 1.31计算各居群间的遗传距离和遗传一致度(表4),利用NTsys 2.0构建居群间
UPGMA聚类图(图2),进一步分析居群间的遗传分化程度。10个居群间的遗传距离变化范围从0.0714~
0.2845,和政和榆中的遗传距离最小,为0.0714,土门关和永登的遗传距离最大,为0.2845。10个居群间遗传一
致度的变化范围为0.7524~0.9311,其中土门关和永登的遗传一致度最小,为0.7524,和政和榆中的遗传一致度
最大,为0.9311。在遗传距离为0.19处分为5类,夏河、大通、西山坡、和政、土门关、永登聚为一类,卓尼/榆中/
烟台/文县各自归为一类,从遗传距离和聚类分析图谱可以看出居群间已经发生了较高程度的遗传分化。
分子方差变异AMOVA分析结果(表5)表明,50.51%变异发生在居群间,与居群间分化度Gst为0.5283,
表明有52.83%的变异发生在居群间,两种方法分析结果相一致,同时,基因流Nm为0.4553,Nm<1也进一步
表明了居群间的遗传分化。因此,多个数据均显示这10个歪头菜自然居群间存在较高程度的遗传分化。
将不同环境因素进行主成分分析发现第一主成分占所有主成分的98%,而海拔因素对第一主成分的贡献远
高于其他因素,因此,歪头菜遗传多样性与环境因素的关系可以降维为歪头菜遗传多样性与海拔因素的关系,因
表4 歪头菜10个居群间的Nei’s遗传一致度和遗传距离
Table 4 Nei’s genetic identity and genetic distance between ten populations of V.unijuga
居群
Population
夏河
Xiahe
和政
Hezheng
榆中
Yuzhong
卓尼
Zhuoni
西山坡
Xishanpo
土门关
Tumenguan
文县
Wenxian
永登
Yongdeng
大通
Datong
烟台
Yantai
夏河Xiahe **** 0.8772  0.8796  0.7977  0.7765  0.8189  0.7910  0.7766  0.7624  0.7850
和政 Hezheng  0.1310 **** 0.9311  0.8536  0.8294  0.8098  0.8733  0.8027  0.8123  0.8553
榆中Yuzhong  0.1282  0.0714 **** 0.8491  0.8337  0.8211  0.8396  0.8232  0.8242  0.8376
卓尼Zhuoni  0.2261  0.1583  0.1636 **** 0.8766  0.8871  0.8743  0.8028  0.8085  0.8424
西山坡Xishanpo  0.2530  0.1871  0.1818  0.1317 **** 0.8555  0.8617  0.7915  0.8179  0.8513
土门关Tumenguan  0.1998  0.2110  0.1971  0.1198  0.1561 **** 0.8365  0.7524  0.7762  0.8109
文县 Wenxian  0.2345  0.1354  0.1749  0.1344  0.1488  0.1786 **** 0.8345  0.8699  0.8980
永登Yongdeng  0.2529  0.2197  0.1945  0.2197  0.2338  0.2845  0.1810 **** 0.8486  0.8866
大通Datong  0.2713  0.2079  0.1934  0.2126  0.2010  0.2533  0.1394  0.1642 **** 0.8499
烟台Yantai  0.2421  0.1564  0.1772  0.1714  0.1610  0.2096  0.1076  0.1203  0.1627 ****
 注:对角线上方是遗传一致度,对角线下方是遗传距离。
 Note:Nei’s genetic identity(above diagonal)and genetic distance(below diagonal).
图2 歪头菜10个居群间基于Nei’s遗传距离的UPGMA聚类图
Fig.2 UPGMA dendrogram for ten populations of V.unijugabased on Nei’s genetic distance
001 ACTA PRATACULTURAE SINICA(2016) Vol.25,No.9
此按海拔因素将10个采样点分为3个类型:低环境压力地区(烟台、文县),中等环境压力地区(榆中、土门关、永
登、大通、和政、夏河)和高环境压力地区(西山坡、卓尼)。基于不同环境压力下遗传多样性的方差分析(表6)结
果显示0.01<P<0.05,并且F>F-crit说明不同地区间的遗传多样性随环境压力的不同具有显著的差异性。
表5 歪头菜居群内和居群之间分子方差变异的AMOVA分析
Table 5 Analysis of molecular variance(AMOVA)within/among V.unijugapopulations
变异来源
Source of variation
自由度
df
总方差
Sum of squares
平均方差
Mean squares
变异组分
Variance component
总变异百分率
Total variance(%)
P-值
P-value
居群内变异Variance within populations  70  641.000  9.157  9.157  49.49 <0.0010
居群间变异Variance among populations  9  755.275  83.919  9.345  50.51 <0.0010
表6 不同环境压力下遗传多样性的方差分析
Table 6 Genetic diversity analysis of variance under different environment pressure
差异源
Source of variation
总方差
Sum of squares
自由度
df
平均方差
Mean squares
F-值
F-value
P-值
P-value
F-临界值
Critical values of F(F-crit)
组间Among groups  304.18  2  152.09  5.460187  0.03725  4.737414
组内Intra-group  194.9805  7  27.85436
总计Total  499.1606  9
3 讨论
本研究表明,虽然歪头菜在物种水平上具有较高的遗传多样性,但在居群内其遗传多样性较低。歪头菜居群
分布呈片段化,居群规模比较小,居群内的随机遗传漂变可对等位基因频率产生重大影响,进而对等位基因的随
机固定或丢失产生影响[21-22]。由于歪头菜是近交占优势的物种,靠近交维持的种群由于近交衰退也导致繁殖适
合度下降[23],抵抗外来入侵和环境变化的能力大大降低,又会引起居群遗传多样性的丧失[24]。各居群间的基因
分化程度(Gst)和分子方差变异AMOVA分析均表明歪头菜各居群间的遗传分化大于居群内的遗传分化,Nei’s
遗传距离UPGMA聚类图中也表明10个居群间已经发生了较高度的遗传分化。这是因为歪头菜是近交为主的
物种,其遗传多样性主要存在于居群之间[25],同时,克隆繁殖作为歪头菜的主要繁殖方式之一,也是导致居群间
发生遗传分化的重要原因[26],Elstr等[27]指出,克隆植物居群,特别是当居群间基因流存在较大障碍时,其居群
间遗传变异占总遗传变异的比例会大为增加。
不同环境压力下遗传多样性结果显示,歪头菜在较大环境压力下(如合作)或温和环境条件下(如烟台)都具
有较高的遗传多样性,而处于二者之间的环境条件下,其遗传多样性则处于较低水平,表明环境压力差异对歪头
菜的遗传多样性具有较大的影响。因此,推测在不同的环境压力下歪头菜可能发生了进化分异,但驱动其进化的
模式或有不同。自然界中的多数分子突变是中性或近中性的[28],而烟台和文县的气候温和,降水较多,对歪头菜
的生长十分有利,居群数量较多,因环境的选择压力小,歪头菜居群在世代交替过程中产生的遗传变异大多被保
留了下来,从而使这一地区遗传多样性保存丰富。正如Takahata[29]的研究同样指出,有效个体数量越多、自然选
择压力越小的居群其遗传多样性越高。而西山坡和卓尼地区海拔高、气候寒冷,紫外线辐射强,环境压力非常大,
居群数量较小。然而,强的选择压力可能会导致歪头菜产生适应性的变异,使歪头菜的居群维持较高的遗传多样
性。这符合Levins[30]建立的生态位宽度变异假设模型(环境幅度模型)的解释,即分子遗传变异与环境变异相
关,高水平的遗传变异是植物响应显著异质环境的适应策略。Nevo[31]通过论证植物种群分子水平的变异与环境
的关系,支持了生态位宽度变异假说。强维亚等[7]提出的高寒植物经过长期自然选择和适应形成的对当地极端
环境的应激响应机制,同样得到该理论支持。本研究中,生活在环境压力大和小的地区的歪头菜虽然都表现出了
相对较高的遗传多样性,但它们可能是出自于不同的选择机制。低环境压力下保留了更多的中性变异,而高环境
101第25卷第9期 草业学报2016年
压力则产生更多的适应性变异,中等环境压力一方面对中性变异具有一定选择性,同时由于不属于显著异质环
境,环境压力不足以使歪头菜产生适应性的突变。
4 结论
研究显示,歪头菜在物种水平上具有较高的遗传多样性,但多发生在居群间,而在居群内其遗传多样性相对
较低。分析表明居群间已经发生了较高程度的遗传分化。将10个歪头菜自然居群按生境的环境压力分为低、
中、高3个层次,不同生境下歪头菜的遗传多样性结果显示,随着环境压力的增加,歪头菜遗传多样性呈高-低-
高的趋势,推测这种变化是缘于不同环境压力的选择机制,使得歪头菜不同居群间可能发生了进化分异。
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