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干旱-溃疡病菌胁迫下北京杨水通道蛋白基因表达特征分析



全 文 :第38卷第2期
2015年3月
河 北 农 业 大 学 学 报
JOURNAL OF AGRICULTURAL UNIVERSITY OF HEBEI
Vol.38No.2
Mar.2 0 1 5
文章编号:1000-1573(2015)02-0019-06  DOI:10.13320/j.cnki.jauh.2015.0028
干旱-溃疡病菌胁迫下北京杨水通道蛋白基因
表达特征分析
刘文鑫1,2, 马长明1, 赵嘉平2, 万贤崇2
(1.河北农业大学 林学院,河北 保定 071001;2.中国林业科学研究院 林业新技术研究所/林木遗传育种国家
重点开放试验室,北京 100091)
摘要:为揭示杨树溃疡病发生进程中的水分生理学机制,本研究以1年生北京杨为材料,对干旱-溃疡病菌胁迫
下的杨树管家基因表达稳定性、与植物水分运输密切相关的杨树水通道蛋白基因家族的表达特征进行了实时
定量PCR(RT-qPCR)分析。结果表明:12个管家基因的表达稳定性不同,TUB、UBQ、EIF4β-L、CYP、EF1α2
表达稳定性最高,ACT2和ACT11稳定性最差;配对分析显示TUB、EIF4β-L和UBQ 为干旱胁迫-溃疡病菌胁
迫下基因表达检测的最优内参基因组合;干旱及溃疡病菌胁迫下,水通道蛋白基因的表达模式并不相同,说明
这两种胁迫对杨树水分代谢具有不同的影响;干旱-溃疡病菌双重作用下,PIP1;1、PIP1;3、PIP1;5、PIP2;4、
PIP2;7等5个基因的表达显著高于干旱、溃疡病菌两种胁迫的单独作用,揭示这两种环境胁迫对水通道蛋白
基因表达具有一定的协同作用。
关 键 词:北京杨;干旱胁迫;溃疡病菌;内参基因;RT-qPCR;水通道蛋白基因
中图分类号:S792.11   文献标志码:A
  收稿日期:2014-10-20
  基金项目:中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金(CAFINT2013C15)资助.
  作者简介:刘文鑫(1990-),女,吉林省通化人,在读硕士生,研究方向为森林培育.E-mail:1031546658@qq.com
  通讯作者:马长明(1980-),男,河北省邯郸人,博士,副教授,主要研究方向为森林培育.E-mail:machangming@126.com
赵嘉平(1970-),男,陕西省富平人,博士,副研究员,从事植物病理生理学研究.E-mail:zhaojiaping@caf.ac.cn
Expression pattern of aquaporin genes under drought-Botryosphaeria
dothideainteraction in Populus beijingensis
LIU Wen-xin1,2,MA Chang-ming1,ZHAO Jia-ping2,WAN Xian-chong2
(1.Agricultural University of Hebei,Baoding 071001,China;2.State Key Laboratory of Tree Genetics and Breeding;
Institute of New Forestry Technology,Chinese Academy of Forestry,Beijing 100091,China)
Abstract:In order to reveal the water transportation mechanism of poplar trees infected by
Botryosphaeria dothidea,the expression pattern analysis of 12poplar housekeeping genes and
9poplar plasma membrane intrinsic protein(PIP)genes were detected by real-time quantita-
tive reverse transcription polymerase chain reaction(RT-qPCR)in one-year-old Populus bei-
jingensis cuttings.The results showed that TUB,UBQ,EIF4β-L,CYPand EF1α2were the
top 5stable reference genes under drought and (or)pathogen stresses,while ACT2and
ACT11were the least stable genes.Pairwise variation of expression stability analysis revealed
that TUB,EIF4β-Land UBQ would be the optimal internal control for the quantification of
gene expression data.Because the expression patterns of poplar PIPgenes response to fungal
河 北 农 业 大 学 学 报 第38卷 
pathogen was not similar to which response to drought stress,the results implied that the wa-
ter transportation mechanism of poplar tree under these two stresses were different.The ex-
pression of 5 PIPgenes(PIP1;1,PIP1;3,PIP1;5,PIP2;4,PIP2;7)in drought-patho-
gen interaction were higher than which in drought or infected by pathogen,and this result
suggested there were some synergistic effects among these two environmental stresses.
Keywords:poplar;drought;canker disease;reference gene;RT-qPCR;aquaporin
  水通道蛋白(Aquaporin)广泛分布于动物、植物
和微生物不同组织亚细胞器结构,属 MIP(Major
intrinsic protein)蛋白家族,其主要生物学功能是参
与水分及其他小分子物质的跨膜运输[1],以及植物
木质部导管栓塞修复[2-3]。因此,水通道蛋白基因在
跨膜运输及长距离运输两个方面参与植物水分代
谢,对植物水分生理学研究具有极其重要的意义。
杨树溃疡病是普遍发生于我国各杨树适生区的
主要病害。早期研究表明,杨树溃疡病的自然发病
强度与降雨量、相对湿度、树皮相对膨胀度(Relative
turgidity,RT%)、树皮含水量呈负相关[4-6],干旱胁
迫加重了杨树溃疡病病情发展[6]。另外,在杨树溃
疡病发生进程中,枝干部水泡型症状、植株枯萎或顶
梢枯死等水分代谢紊乱性状相继出现,因此,研究者
推测杨树溃疡病的发生与杨树体内的水分运输障碍
存在必然联系。因此,本研究以1年生北京杨植株
为材料,构建干旱及溃疡病菌胁迫下杨树基因表达
检测体系,并对9个杨树水通道蛋白基因的表达特
征,进行分析,以期初步揭示溃疡病菌胁迫下杨树的
水分运输特征。
1 材料与方法
1.1 材料
本研究以1年生北京杨(Populus beijingensis
W.Y.Hsu)为材料,植株高度0.9~1.0m,基部直
径5~7mm。溃疡病菌为葡萄座腔菌(Botryospha-
eria dothidea Sacc.)CZ060菌株(保存于中国林业
科学研究院林业新技术研究所),以2%PD(20%马
铃薯,2%葡萄糖)培养基,在25℃下避光震荡培养
(120r/min)21d,培养液过滤后作为粗毒素处理北
京杨植株。
1.2 方法
本研究采用称重法控制土壤体积含水量,同时
结合叶片气孔导度测定控制植物水分。试验期间,
水分正常植株气孔导度为200~300mol/(m2·s),
土壤体积含水量为35%~40% ;干旱处理植株气孔
导度小于100mol/(m2·s),土壤体积含水量5%~
10%。用Leaf Porometer SC-1气孔导度仪测定植株
顶部的第4或5片叶片的气孔导度,每日测定1次;
用Spectrum MP-160土壤水分测定仪测定土壤体积
含水量,每日测定1次,测定时间为上午10:00—
11:00。
在北京杨枝干距基部10,15cm 处,以直径
4mm打孔器在树皮上打孔,去除树皮,每个枝条打
孔2个,深度至露出木质部。用灭菌脱脂棉包裹打
孔处,Parafilm膜密封底部形成接种室,每12h接
种500μL粗毒素(或无菌水)共4次。
同时,分别对北京杨进行干旱(DN)、溃疡病菌
(NI)及干旱-溃疡病菌(DI)处理,每种处理北京杨5
株,以非干旱-未接种植株(NN)作为对照。接种处理
后48,96h,取北京杨枝干接种孔上部30cm长度树
皮,液氮处理后,置于-80℃冰箱保存备用。
1.3 RNA的提取及cDNA合成、RT-qPCR反应
采用Qiagen RNAeasy Mini Kit提取北京杨韧
皮 部 薄 壁 组 织 总 RNA。 以 Promega Super-
ScriptTM Ⅲ第一链合成试剂盒反转录合成cDNA
第一链。cDNA溶液稀释20倍用于 RT-qPCR分
析。RT-qPCR反应采用TaKaRa SYBR Premix Ex
TaqTM试剂盒,cDNA模板1.0μL,每个样品重复4
次。ABI 7500荧光定量PCR仪上进行两步法PCR
扩增程序:95℃预变性30s,然后95℃变性5s,60℃
延伸34s,循环40次。
1.4 干旱-溃疡病菌胁迫下,北京杨管家基因表达
稳定性分析及基因表达内参基因的选择
根据不同处理下实时定量反应的定量循环值
(Quantification cycle values,Cq),采用 BestKeep-
er、Delta CT、geNorm、NormFinder以及在线分析
工具 RefFinder(http://www.leonxie.com/refer-
encegene.php)对12个管家基因(UBO-L、EF1β、
CYP、TUB、αTUB、ACT2、UBQ、EIF4β-L、EF1α2、
EF1α3、ACT1、ACT11、UBQ-L)表达稳定性特征进
行评价,并确定该实验体系下的最适内参基因(或内
参基因组合)。
1.5 水通道蛋白基因的RT-qPCR分析
RT-qPCR反应体系及反应条件见1.3,基因相
02
 第1期 刘文鑫等:干旱-溃疡病菌胁迫下北京杨水通道蛋白基因表达特征分析
对表达强度计算采用2-△△CT方法,根据1.4分析结
果确定内参基因。
2 结果与分析
2.1 干旱-溃疡病菌双重胁迫下北京杨管家基因的
表达稳定性分析
2.1.1 Cq value的可变性分析结果 RT-qPCR反
应的结果表明(图1),12个管家基因的Cq值介于
22.65至32.22之间,其中ACT1的Cq值最高(平
均值30.67,中值30.84),而UBQ 的Cq值最低(平
均值24.15,中值24.25)。说明在本研究中,UBQ
表达水平最高,而ACT1则反之。
  注:用Excel计算Cq值的四分位数。上竖线和下竖线代表Cq
值的最大值和最小值,箱的上边缘和下边缘代表第一四分位数和第
三四分位数,箱内线代表中位数。
图1 不同处理下的北京杨树皮中12个候选内参基因
Cq值的可变性分析
Fig.1 Variation analysis of expression of 12reference genes
in the bark of poplar under different treatments
  ACT2的Cq值在不同样品之间的变异最大,而
EFI4β-L的Cq值波动最小,因此EIF4β-L 是表达
最稳定的基因,而ACT2则是表达稳定性最差的管
家基因(图1)。
2.1.2 北京杨管家基因的表达稳定性分析 应用
geNorm软件对12个北京杨管家基因的表达稳定
性进行排序:TUB=UBQ > EIF4β-L >CYP >
EF1α2>UBQ-L >αTUB >EF1α3>EF1β>
ACT1>ACT11>ACT2。其中UBQ 和TUB 稳
定性值(Average expression stability,M)为0.552,
是最为稳定表达的管家基因,而ACT-2基因表达稳
定性最差,其 M 值为1.224(表1)。NormFinder、
BestKeeper、以及Delta CT的分析结果与geNorm
并不完全相同。Delta CT、Normfinder和 Genorm
分析显示TUB表达稳定性最高,而BestKeeper分
析显示ACT1是稳定性最高的基因。然而,以上4
个软件分析均显示ACT11、ACT2具有最低的表达
稳定性。应用RefFinder对管家基因表达稳定性综
合分析,TUB、UBQ、EIF4β-L、CYP、EF1α2是表达
稳定性最高的5个管家基因,均可以应用于干旱-溃
疡病菌胁迫下杨树基因表达的定量分析(表1)。
表1 干旱-溃疡病菌胁迫下北京杨管家基因的表达稳定性分析
Table 1 Expression stability ranking of housekeeping genes in poplar under drought-B.dothideainteraction
基因名称
Gene name
geNorm
排名
Rank
稳定值
Stability
value
Normfinder
排名
Rank
稳定值
Stability
value
BestKeeper
排名
Rank
稳定值
Stability
value
Delta CT
排名
Rank
稳定值
Stability
value
RefFinder
排名
Rank
综合排名
Final rank
TUB  1  0.552  1  0.325  5  3.26±0.86  1  0.94  1.50  1
UBQ  1  0.552  6  0.642  9  4.08±1.00  5  1.05  3.81  3
EIF4β-L  3  0.579  5  0.640  3  3.12±0.86  3  1.04  3.66  2
CYP  4  0.591  8  0.875  4  3.13±0.77  7  1.17  3.87  4
EF1α2  5  0.620  4  0.604  6  3.72±1.06  2  1.03  4.36  5
UBQ-L  6  0.704  3  0.583  7  3.80±0.94  6  1.07  5.05  7
αTUB  7  0.768  2  0.492  8  3.89±1.05  4  1.04  4.60  6
EF1α3  8  0.829  7  0.855  10  4.95±1.27  8  1.22  8.18  10
EF1β 9  0.946  11  1.215  2  2.74±0.83  11  1.48  6.83  8
ACT1  10  1.028  9  1.124  1  2.69±0.83  9  1.43  7.02  9
ACT11  11  1.113  10  1.185  11  5.47±1.54  10  1.45  10.49  11
ACT2  12  1.224  12  1.621  12  6.26±1.72  12  1.78  12.00  12
2.1.3 荧光实时定量PCR实验中最适内参基因数
目分析 本研究通过geNorm软件对管家基因的配
对差异性(Pairwise variation)进行分析以确定基因
表达定量检测所需的最佳内参基因数目。研究结果
显示:除V2/3=0.175外,其他的配对差异值均小于
0.15。在geNorm中,Vn/n+1=0.15被用来作为确
定内参基因最适数目的阈值,因此,本研究最适内参
基因数目为3。基于12个管家基因表达稳定分析
12
河 北 农 业 大 学 学 报 第38卷 
的结果,确定TUB、UBQ 和EIF4β-L 为干旱-溃疡
病菌双重胁迫下北京杨基因表达检测的最适内参基
因组合。
图3 北京杨12个候选内参基因的配对差异性分析
Fig.3 Pairwise variation analyses of the 12candidate
reference genes in P.beijingensis
2.1.4 韧皮部薄壁细胞质膜内在蛋白基因表达量
分析 本研究对干旱-溃疡病菌胁迫下,9个杨树
水 通 道 蛋 白 基 因 (PIP1:1、PIP1;3、PIP1;
5、PIP2;1、PIP2;2、PIP2;3、PIP2;2、PIP4;
7、PIP2;8)的表达特征进行了RT-qPCR分析,以
TUB、EIF4β-L和UBQ 基因作为内参基因。
  研究结果显示,干旱-溃疡病菌互作下水通道蛋
白基因呈现出复杂的表达特征见图4。1)水通道蛋
白基因对溃疡病菌、干旱胁迫及干旱-溃疡病菌双重
胁迫的响应机制并不相同:在处理后48h,溃疡病菌
诱导PIP1;1、PIP2;1、PIP1;3、PIP2;3 基因的
表达,抑制PIP2;2、PIP2;4、PIP2;7、PIP2;8基
因的表达,PIP1;5基因表达与对照无显著差异,并
且其中PIP2;3 基因表达强度是对照的7.80倍。
然而,干旱、干旱-溃疡病菌诱导除PIP2;8之外的
8个水通道蛋白基因的上调表达。2)干旱-溃疡病
菌双重作用下,PIP1;1、PIP1;3、PIP1;5、PIP2;
4、PIP2;7等5个基因的表达显著高于干旱、溃疡
病菌两种胁迫的单独作用,显示这两种胁迫对水通
道蛋白基因表达具有一定的协同作用。例如,溃疡
病菌胁迫、干旱胁迫下,PIP1;1基因的表达分别是
对照的2.74倍、3.33倍,而干旱-溃疡病菌胁迫下的
基因表达是对照的5.09倍。3)处理后96h水通道
蛋白基因的表达特征与处理后48h显著不同。从
图4可以看出,3种胁迫处理下,水通道蛋白各基因
的表达相比较于处理后48h变化幅度显著减少。
除PIP1;1、PIP1;3、PIP2;3外,溃疡病菌胁迫并
不能诱导水通道蛋白基因的差异表达,对于这3个
基因,虽然相比对照处理上调,但是其表达强度仅仅
为对照的2.00倍。在以上9个水通道蛋白基因中,
干旱和(或)溃疡病菌胁迫诱导PIP1;1、PIP1;3、
PIP1;5、PIP2;1、PIP2;3,而PIP2;2 基因在各
种不同胁迫处理中均相对稳定表达。
  注:水分正常-无溃疡病菌处理NN,干旱-无溃疡病菌处理DN、水分正常-溃疡病菌处理NI、及干旱-溃疡病菌处理DI。
图4 干旱和溃疡病菌处理下韧皮部细胞内在水通道蛋白基因表达特征
Fig.4 Nine PIPs expression pattern in poplar bark under drought-B.dothideainteraction
3 结论与讨论
采用合适的内参基因对基因表达数据进行标准
化处理是基因实时定量分析的首要工作。研究者对
不同实验体系下的杨树管家基因表达稳定性进行了
系统的分析:UBQ 和TUA 是杂交杨花序和营养芽
22
 第1期 刘文鑫等:干旱-溃疡病菌胁迫下北京杨水通道蛋白基因表达特征分析
中最为稳定表达的管家基因,而CYP 和EIF4β-L
稳定性最差[7];EF1α和18S RNA 是杨树扦插植
株根系中表达最为稳定的基因[8],另外,EF1α也是
铬胁迫下杨树叶片的最适内参基因[9]。本研究对干
旱-溃疡病菌双重胁迫下,北京杨管家基因的表达稳
定性进行了检测,确定TUB、EIF4β-L和UBQ 可以
作为干旱-溃疡病菌双重胁迫下北京杨基因表达数
据标准化的最适内参基因组合。再一次揭示植物生
理状态或环境胁迫影响管家基因表达的稳定性[7-9],
因此,对于杨树或者其他植物的基因表达分析来说,
通过管家基因表达稳定性分析筛选最适内参基因(或
内参基因组合)是获得准确实验结果的最佳策略。
20世纪90年代初,通过对植物质膜水通道的
研究,揭示了水通道蛋白在植物水分跨膜运输中具
有决定性作用,近年来的研究进一步证实水通道蛋
白参与导管栓塞修复过程[2],也有研究显示水通道
蛋白与植物逆境胁迫调控有关,特定水通道蛋白基
因的上调表达或者超表达有助于植物抗逆境(耐盐、
耐寒)能力的提高[10-12]。水通道蛋白基因PIP1;1
和PIP1;3的上调表达有助于杨树木质部栓塞修复
的完成[3],干旱胁迫诱导银腺杨84K(Poplus alba
×Poplus glandulosa)苗木上部、中部和基部7个
(PIP1;1、PIP1;2、PIP1;3、PIP1;5、PIP2;1、
PIP2;3、PIP2;4)水通道蛋白基因上调表达[13];另
一方面,高盐、干旱、磷素缺乏等环境胁迫抑制多数
水通道蛋白基因转录水平、蛋白质水平上的表达,造
成水通道蛋白通道活性下降甚至消失[14-16]。本项研
究揭示干旱、干旱-溃疡病菌双重胁迫处理不同阶段
PIP基因表达具有不同特征,处理早期(48h)PIP
基因上调表达,而在处理后期(96h)PIP基因表达
下降,甚至受到抑制。
病理学研究发现,线虫以及菟丝子可以诱导植
物水通道蛋白基因的特异表达[17-18]。然而,植物真
菌性病害发生与水通道蛋白基因表达特征变化尚未
见报道。本研究首次揭示了干旱-溃疡病菌胁迫下,
北京杨水通道蛋白基因的响应表达特征。首先,与
干旱诱导多数PIP基因表达不同,溃疡病菌胁迫在
诱导部分基因表达的同时显著抑制其他基因的表
达。其次,干旱-溃疡病菌比干旱及溃疡病菌对水通
道蛋白基因表达具有更为强烈诱导作用,即干旱与
溃疡病菌胁迫的具有一定的协同效应,这有可能是
干旱胁迫加重杨树溃疡病发生发展的分子基础。总
之,本研究首次揭示了杨树溃疡病发生与水通道蛋
白基因特异性表达之间的相关性,然而,杨树溃疡病
发生的水分生理机制的解析则有待于对杨树水力学
特征、栓塞形成及修复机制、水通道蛋白基因表达特
征等水分运输相关的生理学问题的详尽分析。
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(编辑:梁 虹
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(编辑:梁 虹)
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