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毛梾ISSR-PCR反应体系的建立



全 文 :·生物技术· 北方园艺2013(22):114~119
第一作者简介:李娜(1988-),女,硕士研究生,现主要从事林木遗
传育种学研究工作。E-mail:657874432@qq.com.
责任作者:张存旭(1961-),男,博士,副教授,硕士生导师,现主要从
事林木遗传育种学研究工作。E-mail:cxzhang@nwsuaf.edu.cn.
基金项目:国家林业公益性行业专项资助项目(200804010);陕西
省教育厅科研计划资助项目(06JK153)。
收稿日期:2013-06-19
毛梾ISSR-PCR反应体系的建立
李   娜,张 存 旭,刘   伟,宋 利 伟,王   豪,杨   玲
(西北农林科技大学 林学院,陕西 杨凌712100)
  摘 要:以毛梾叶片为试材,通过单因素2次循环试验对毛梾ISSR反应体系进行优化,建立
了毛梾ISSR-PCR的最佳反应体系和扩增程序。结果表明:PCR反应体系总体积为25μL,其
中10×Bufer 2.5μL,模板DNA用量50ng,Taq DNA聚合酶用量1.5U,Mg
2+浓度2.0mmol/L,引
物浓度0.6μmol/L,dNTPs浓度0.15mmol/L;扩增程序:94℃预变性5min;94℃变性50s,
48.8~59.1℃退火60s,72℃延伸1.5min,38个循环;最后72℃延伸10min。在此基础上,从100条
ISSR通用引物中筛选出17条多态性好、稳定性高的引物,并优化了它们的退火温度。这一优化体
系的建立,为开展毛梾种质资源鉴定、遗传多样性及分子育种方面的研究提供了技术依据和参考。
关键词:毛梾;ISSR;单因素2次循环试验;体系优化;引物筛选
中图分类号:S 792.99 文献标识码:A 文章编号:1001-0009(2013)22-0104-06
  毛梾(Cornus wateri)属山茱萸科梾木属落叶乔木或
灌木,又名车梁木、油树,既是我国重要的优良用材树
种,也是产区很有开发潜力的油料树种,其果实含油量
高达34%,其油既可食用,又可作为生物柴油理想的原
料,可见毛梾是极具发展前景的食用和工业用油料树
种,具有较高的经济及科研价值[1]。现国内外对毛梾的
研究相对较少,其多种价值尚未开发利用,到目前为止,
关于毛梾的研究主要集中在生物学特性[2]、种子繁殖及
栽培技术[3]等宏观方面,利用ISSR标记技术对毛梾的
相关研究国内外尚鲜见报道。
ISSR(Inter Simple Sequence Repeat)又称简单序列
重复区间扩增,是由Zietkiewicz等[4]改造创建的一种新
型分子标记技术。该标记技术与其它分子标记技术相
比,具有试验过程更为简单、快速,多态性和重复性高,
所需DNA量少,无需知道基因组序列且成本较低等优
点,现多用于林木遗传多样性分析、种质资源鉴定、遗传
图谱构建、基因定位[5-7]等的研究。由于ISSR标记与
RAPD标记一样,是一种基于聚合酶链式反应的分子标
记,其扩增反应易受到各组分浓度及PCR扩增程序的影
响且具有物种特异性,因此有必要对毛梾ISSR-PCR反
应体系及扩增程序中的主要影响因子进行系统优化,以
确保试验分析的准确性。目前,对ISSR-PCR反应体系
进行优化多采用单因素单循环设计或正交实验设计[8],
采用单因素2次或2次以上循环设计进行ISSR反应条
件优化鲜见报道。该研究采用单因素2次循环试验,优
化出毛梾ISSR的最佳反应体系和扩增程序,在此基础
上,筛选出适合毛梾ISSR分析的有效引物并优化其退
火温度,以期为进一步利用ISSR标记技术进行毛梾种
质资源遗传多样性、分子鉴定、分子标记辅助育种和基
因定位等研究提供技术依据和参考。
1 材料与方法
1.1 试验材料
供试毛梾采自西北农林科技大学林学院苗圃试验
地,于2012年4月末从毛梾健康植株上采摘幼叶,将其
分别放入装有硅胶的密封袋中,做好标记,带回贮于超
低温冰箱中备用。
试剂与仪器:试验所用引物购自上海生物工程公
司,Taq DNA聚合酶(5U/μL)、dNTPs(2.5mmol/L)、
DL 2 000Marker均购自TaKaRa公司;所用仪器有Bio-
RAD My cyclerTMthermal cycler PCR扩增仪(美国),Bio-
RAD Powerpac Basic-041BR电泳仪(美国)和DYY-12型
电泳槽(北京六一仪器厂),Eppendorf Biophotometer核
酸蛋白测定仪(德国),Bio-RAD Universal HoodⅡ凝胶成
像系统(美国)。
1.2 试验方法
1.2.1 基因组DNA的提取 基因组DNA的提取参照
李昌珠等[9]的方法,用核酸蛋白测定仪测定DNA的浓
度和纯度,用超纯水将 DNA统一稀释至20ng/μL,
-20℃保存备用。
1.2.2 ISSR扩增反应条件优化 在ISSR经典扩增方
案的基础上,将李昌珠等[9]的扩增程序和反应体系构成
411
北方园艺2013(22):114~119 ·生物技术·
设定为该试验的原初反应程序和原初反应体系,经过初
步的引物筛选,选用引物UBC855作为此反应体系优化
试验的固定引物,根据ISSR体系优化的相关文献及预
备试验的结果,反应体系中各因素处理水平见表1。
PCR产物在2%的琼脂糖凝胶上以100V电压进行电泳
分离,EB染色显带,凝胶成像系统下观察,拍照。
表1 ISSR-PCR反应体系的处理因素与水平
  Table 1 The design factor and level of ISSR-PCR reaction system
因素Factor 水平Level
模板DNA用量/ng  10、20、30、40、50、60、70
dNTPs浓度/mmol·L-1  0.10、0.15、0.20、0.25、0.30、0.35、0.40
Mg2+浓度/mmol·L-1  1.0、1.5、2.0、2.5、3.0
Taq DNA聚合酶用量/U  0.50、1.00、1.50、1.75、2.00
引物浓度/μmol·L-1  0.2、0.4、0.6、0.8、1.0
退火温度/℃ 48.0、48.8、50.3、52.4、55.3、57.6、59.1、60.0
循环次数/次 30、32、35、38、40、43、45
退火时间/s  30、45、60
2 结果与分析
2.1 模板DNA用量优化
由图1可知,当模板DNA用量为10、20ng时扩增
出的条带较少,当其用量为30~70ng时,能扩增出数量
大致相同的条带,说明毛梾ISSR反应对模板DNA用量
不敏感,模板用量许可范围较大,但当模板用量为40ng
时条带最清晰。
图1 模板DNA用量对ISSR扩增的影响
注:M:DL 2 000Marker;1~7分别表示10、20、30、40、50、60、70ng
(25μL)的DNA用量。
Fig.1 Efect of template DNA quantity on ISSR product
Note:M:DL 2 000Marker;1~7indicating template DNA 10,20,
30,40,50,60,70ng(25μL)respectively.
2.2 Taq DNA聚合酶用量优化
由图2可见,Taq DNA聚合酶用量过低时,无条带
产生,随着用量的增加,条带增加、变亮,当酶用量为
1.00U和1.50U时,扩增谱带清晰、稳定且扩增效果无
明显差别,为节约成本,在确保试验结果稳定的前提下,
选用较低的用量1.00U。
2.3 Mg2+浓度优化
由图3可见,当 Mg2+浓度为1.0mmol/L时,未扩
增出条带;随着 Mg2+浓度的增加,有扩增产物出现,但
相应的条带少且弱;当 Mg2+浓度为2.5mmol/L时,条
图2 Taq DNA聚合酶浓度对ISSR扩增的影响
注:M:DL 2 000Marker;1~5分别表示0.50、1.00、1.50、1.75、
2.00U(25μL)的Taq DNA聚合酶用量。
Fig.2 Efect of Taq DNA polymerase quantity on ISSR product
Note:M:DL 2 000Marker;1~5indicating Taq DNA polymerase
0.50,1.00,1.50,1.75,2.00U(25μL)respectively.
带数量较多,清晰稳定,效果最好;而当 Mg2+浓度继续
增加至3.0mmol/L时,非特异性条带增加,条带变弱,
不清晰。因此,确定2.5mmol/L为Mg2+的最适浓度。
图3 Mg2+浓度对ISSR扩增的影响
注:M:DL 2 000 Marker;1~5分别表示1.0、1.5、2.0、2.5、
3.0mmol/L的Mg2+浓度。
Fig.3 Efect of Mg2+concentration on ISSR product
Note:M:DL 2 000Marker;1~5indicating Mg2+ concentrations
1.0,1.5,2.0,2.5,3.0mmol/L respectively.
2.4 引物浓度优化
由图4可见,当引物浓度在0.2~0.6μmol/L时,
扩增不完全,电泳条带较少且不清晰;当引物浓度为
1.0μmol/L时,非特异性条带增加,扩增条带减弱变暗,
模糊不清;以扩增条带的多少、强弱以及带型的清晰度、
稳定性为标准,故确定0.8μmol/L为最适引物浓度。
2.5 dNTPs浓度优化
由图5可见,当dNTP浓度过低,在0.1~0.2mmol/L
之间时,扩增条带数量少且趋于弱化;当dNTP浓度过
高,在0.3~0.4mmol/L时,扩增出的条带数并未增加,
反而明显减少,有缺失现象,不易辨认;而当dNTP浓度
0.25mmol/L时,扩增效率最高,条带最亮。
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图4 引物浓度对ISSR扩增的影响
注:M:DL 2 000 Marker;1~5分别表示0.2、0.4、0.6、0.8、
1.0μmol/L的引物浓度。
Fig.4 Efect of primer concentration on ISSR product
Note:M:DL 2 000Marker;1~5indicating primer concentrations
0.2,0.4,0.6,0.8,1.0μmol/L respectively.
图5 dNTPs浓度对ISSR扩增的影响
注:M:DL 2 000Marker;1~7分别表示0.10、0.15、0.20、0.25、0.30、
0.35、0.40mmol/L的dNTPs浓度。
Fig.5 Efect of dNTPs concentration on ISSR product
Note:M:DL 2 000 Marker;1~7indicating dNTPs concentrations
0.10,0.15,0.20,0.25,0.30,0.35,0.40mmol/L respectively.
2.6 退火时间优化
由图6可见,退火时间为30、45s时扩增条带黯淡,
而退火时间为60s时条带较亮,扩增效果最好。故最佳
退火时间为60s。
2.7 循环次数优化
PCR循环次数决定着扩增程度,次数太少,PCR产
物量极低;次数过多,超过最适值后,会增加非特异性扩
增产物的数量和复杂性。该试验设置了7个不同循环
次数,从图7可以看出,在38次循环条件下,扩增的条带
清晰可辨,强弱合适,多态性最好。
2.8 退火温度优化
在确定反应体系的基础上,该试验采用梯度PCR
模式,确定UBC-855的最佳退火温度,根据引物给定的
Tm 值设定温度范围48~60℃,PCR仪自动产生8个温
度梯度:48.0、48.8、50.3、52.4、55.3、57.6、59.1、60.0℃。
图8结果显示,退火温度对毛梾ISSR扩增效果有显著
图6 退火时间对ISSR扩增的影响
注:M:DL 2 000Marker;1~3分别表示退火时间为30、45、60s。
Fig.6 Efect of annealing time on ISSR product
Note:M:DL 2 000Marker;1~3indicating annealing time 30,45,60s
respectively.
图7 循环次数对ISSR扩增的影响
注:M:DL 2 000Marker;1~7分别表示循环次数为30、32、35、38、
40、43、45次。
Fig.7 Efect of cycle number on ISSR product
Note:M:DL 2 000Marker;1~7indicating cycle numbers 30,32,35,
38,40,43,45respectively.
图8 退火温度对ISSR扩增的影响
注:M:DL 2 000Marker;1~8分别表示退火温度为48.0、48.8、
50.3、52.4、55.3、57.6、59.1、60.0℃。
Fig.8 Efect of annealing temperature on ISSR product
Note:M:DL 2 000 Marker;1~8indicating annealing temperature
48.0,48.8,50.3,52.4,55.3,57.6,59.1,60.0℃respectively.
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北方园艺2013(22):114~119 ·生物技术·
影响,当退火温度低于52.4℃时,扩增出的条带模糊,主
带不够清晰;随着温度的升高,扩增特异性增强,但当提
高退火温度至57.6℃以上,扩增条带数明显减少,而当
退火温度为55.3℃时,谱带最清晰,效果最好。
2.9 交互作用对ISSR扩增结果的影响
该研究通过单因素2次循环试验来检验相关反应
因素间的交互作用是否对ISSR扩增结果产生影响,
图1~8为第1次循环,图9为第2次循环。由图1~9前
后2次循环可以看出,各反应因素间交互作用明显。因
此,为排除交互作用对试验的影响,该试验的最终结果
应与第2次循环所得出的结论一致。
图9 ISSR反应条件第2次循环优化
注:A:模板DNA用量;B:Taq DNA聚合酶用量;C:Mg2+浓度;D:引物浓度;E:dNTPs浓度;F:退火时间;G:循环次数;H:退火温度。
Fig.9 The second optimization of factors on ISSR
Note:A:Template DNA quantity;B:Taq DNA polymerase quantity;C:Mg2+contentration;D:Primer contentration;E:dNTPs contentration;F:Annea-
ling time;G:Cycle number;H:Annealing temperature.
2.10 反应体系和扩增程序的建立
该试验采用单因素2次循环试验设计,表明毛梾
ISSR最佳反应体系是:PCR反应体系总体积为25μL,
其中10×Bufer 2.5μL,模板DNA用量50ng,Taq DNA
聚合酶用量1.5U,Mg2+浓度2.0mmol/L,引物浓度
0.6μmol/L,dNTPs浓度0.15mmol/L;毛梾ISSR最佳
扩增程序:94℃预变性5min;94℃变性50s,48.8~
59.1℃(退火温度随引物不同而设定)退火60s,72℃延
伸1.5min,38个循环;最后72℃延伸10min。
2.11 ISSR引物的筛选
利用已确定的反应体系和扩增程序,用3个不同的
毛梾DNA模板经初筛、复筛从100条ISSR引物中筛选
出17条扩增带型清晰、多态性高、特异性强的引物,同时
采用梯度PCR模式,对这些引物的退火温度进行优化,
优化方法同2.8,引物筛选与其退火温度的优化结合进
行,结果发现不同引物具有不同的最佳退火温度,最终
筛选出的引物及其各自最适退火温度见表2。
表2 筛选出的有效引物及其最佳退火温度
  Table 2 Screening of ISSR primers and
their optimum annealing temperatures
引物
Primers
序列
Sequence(5′~3′)
退火温度
Annealing temperature/℃
UBC-807 AGA GAG AGA GAG AGA GT  52.4
UBC-812 GAG AGA GAG AGA GAG AA  50.3
UBC-813 CTC TCT CTC TCT CTC TT  57.6
UBC-825 ACA CAC ACA CAC ACA CT  57.6
UBC-826 ACA CAC ACA CAC ACA CC  55.3
UBC-834 AGA GAG AGA GAG AGA GYT  55.3
UBC-835 AGA GAG AGA GAG AGA GYC  52.4
UBC-836 AGA GAG AGA GAG AGA GYA  57.6
UBC-840 GAG AGA GAG AGA GAG AYT  52.4
UBC-842 GAG AGA GAG AGA GAG AYG  57.6
UBC-844 CTC TCT CTC TCT CTC TRC  55.3
UBC-848 CAC ACA CAC ACA CAC ARG  48.8
UBC-855 ACA CAC ACA CAC ACA CYT  55.3
UBC-868 GAA GAA GAA GAA GAA GAA  50.3
UBC-880 GGA GAG GAG AGG AGA  50.3
UBC-895 AGA GTT GGT AGC TCT TGA TC  55.3
UBC-899 CAT GGT GTT GGT CAT TGT TCCA  59.1
711
·生物技术· 北方园艺2013(22):114~119
3 结论与讨论
任耀忠等[8]已成功利用单因素2次循环试验设计
对栓皮栎RAPD反应条件进行优化,结果表明单因素
2次循环试验设计也同样适用于毛梾ISSR反应体系
的优化,最终优化的毛梾ISSR反应体系是:25μL反
应体系中含有10×Bufer 2.5μL,模板 DNA用量
50ng,Taq DNA 聚 合 酶 用 量 1.5 U,Mg2+ 浓 度
2.0mmol/L,引物 浓 度 0.6μmmol/L,dNTPs浓度
0.15mmol/L;最佳扩增程序:94℃预变性5min;94℃变
性50s,48.8~59.1℃(退火温度随引物不同而设定)
退火60s,72℃延伸1.5min,38个循环;最后72℃延伸
10min。利用优化的反应体系和扩增程序,从100条
ISSR通用引物中筛选出17条多态性好、稳定性高的有
效引物,并优化了它们的退火温度,这为进一步利用
ISSR分子标记技术开展对毛梾的相关研究奠定了基础。
ISSR反应体系中,关键是调节Mg2+浓度、引物浓度、
dNTPs浓度。Mg2+是Taq DNA酶的激活剂,它通过影响
Taq DNA酶的活性从而显著地影响PCR扩增;Mg2+浓度
过低,Taq DNA酶活力显著降低,甚至不能扩增出条带;
Mg2+浓度过高则会使引物的错配频率增加,导致非特异
性扩增,使其背景模糊、条带弥散[10]。引物浓度的变化实
质上是改变了引物和模板配对的几率,进而影响扩增结
果;浓度过低,导致引物和模板的结合率降低,不能进行有
效扩增,扩增不出条带或条带较弱;浓度过高,会引起碱基
错配和非特异性扩增,引物二聚体形成的几率也会增大,
导致条带出现弥散[11]。dNTPs作为PCR反应的原料,参
与新链DNA的合成,其用量取决于扩增片段的长度;此
外,dNTPs浓度的大小直接关系到扩增产物量的多少,适
宜的dNTP浓度对获得理想的扩增结果尤为重要,浓度过
低会影响合成效率,则产率降低,甚至使产物单链化,扩增
条带少、弱,不易辨认;而高浓度的dNTPs易产生错误掺
入,导致某些片段可能扩增不出产物,条带变少且模糊不
清[12]。另外,该研究结果表明,毛梾的ISSR反应体系对
模板DNA用量的变化不敏感,这与郭凌飞等[13]报道的研
究结果一致。ISSR扩增程序中,退火温度对反应的影响
较大,退火温度随引物和试验材料的不同而不同,因而确
定合适的退火温度至关重要。温度过低时,产物特异性
差;温度过高时,扩增条带明显减少甚至无条带[12]。适宜
的退火温度能够提高PCR反应的特异性,因此,退火温度
的梯度试验是非常有必要的。
目前,ISSR反应体系的建立大多采用单因素单循
环试验方法,这样会忽视各因素之间的交互效应,由该
研究的第2次循环试验可知,各因素间的交互作用明
显,为兼顾到各因素间的交互作用,采用单因素2次循
环试验设计是进行ISSR反应条件优化较为科学合理的
方法。此外,也可采用正交设计、均匀设计等方法,其可
行性已有报道。该试验首次运用单因素2次循环试验
设计进行ISSR反应体系的优化,其可行性已得到验证,
这为今后其它物种ISSR体系优化的相关研究提供新方
法、新思路。试验过程中,引物的筛选及对各环节的效
果检测都表明最终优化的体系适合毛梾的ISSR分析。
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Establishment of ISSR-PCR Reaction System of Cornus walteri
LI Na,ZHANG Cun-xu,LIU Wei,SONG Li-wei,WANG Hao,YANG Ling
(Colege of Forestry,Northwest Agricultural and Forestry University,Yangling,Shaanxi 712100)
811
北方园艺2013(22):119~121 ·植物保护·
第一作者简介:周雷(1989-),男,湖北宜昌人,硕士研究生,研究方
向为昆虫生态。
责任作者:王香萍(1975-),女,湖北钟祥人,博士,教授,现主要从
事植物保护教学与科研工作。E-mail:wang.xiang.ping@
126.com.
基金项目:湖北省教育厅资助项目(D20101305)。
收稿日期:2013-06-17
江汉平原蔬菜地频振灯下昆虫群落多样性研究
周   雷1,王   玲2,雷 小 涛1,陈 光 然1,王 香 萍1
(1.长江大学 农学院,湖北 荆州434025;2.湖北省荆州市植保站,湖北 荆州434020)
  摘 要:在江汉平原荆州郊区露地蔬菜田,应用佳多牌频振式杀虫灯对蔬菜昆虫进行了2a
诱杀试验,以明确蔬菜田诱杀的昆虫群落的结构及多样性情况。结果表明:频振灯诱杀的类群较
多,在不同年份之间波动差异不大,在同一年份不同月份之间波动变化较大。丰富度在高峰时约
为50余种,但是其中鞘翅目和鳞翅目在其中所占比例较大,多样性在2.0~4.0之间波动,优势集
中性指数在0.05~0.50之间波动,均匀性指数在0.3~0.8之间波动。根据诱捕结果判断害虫发
生高峰时间,可以为害虫的监测与防治提供帮助。
关键词:频振式杀虫灯;蔬菜;昆虫;诱杀;多样性
中图分类号:S 436.3 文献标识码:A 文章编号:1001-0009(2013)22-0119-03
  频振式杀虫灯是利用频振波诱集各种趋光、趋波性
强的害虫,以电网触杀的一种灭虫器械。据报道,使用
频振灯对蔬菜害虫进行监测、预测预报以及对某些主要
害虫进行防治,其使用效果较单一波段的灯好[1-6]。
荆州地处江汉平原腹地,夏秋季节温度高,害虫猖
獗,蔬菜生产用药频繁,害虫极易产生抗药性,致使施药
次数不断增加,对蔬菜的安全使用威胁很大。因此,在
蔬菜生产中更应该遵循绿色生产的概念,为安全使用蔬
菜提供保证。该试验于2009~2010年在江汉平原蔬菜
地使用频振式杀虫灯对诱杀的昆虫类群进行研究,以期
    
了解其在江汉平原蔬菜地诱杀的主要类群,进一步为蔬
菜地害虫的绿色防治提供帮助和依据。
1 材料与方法
1.1 试验材料
频振式杀虫灯(佳多牌PS-15Ⅱ型频振式杀虫灯,河
南省汤阴县佳多科工贸有限公司生产)。试管、镊子、昆
虫体视镜、解剖针、试验记录专用笔和纸。试验田为蔬
菜田,主要为番茄、黄瓜、豆角及十字花科蔬菜。
1.2 试验方法
试验在湖北省荆州市荆州区郊区荆西村蔬菜基地
进行。2009年从6月挂灯开始至11月每3d取1次虫,
2010年从5月开始挂灯至10月每2d取1次虫,每天晚
上19:00开灯,次日6:00关灯,小雨天气可正常开灯,遇
大风雷雨天气不开灯。将诱杀的昆虫带回实验室进行
鉴定分类,并记录好昆虫的种类、数量。至诱虫量较少
后结束试验。
频振灯安装时确定好架灯位置后栽2根木桩或三
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Abstract:Using leaves of Cornus walteri as material,ISSR reaction conditions of Cornus walteri were optimized
systematicaly via single factor with two circular tests,and the optimal ISSR reaction system and thermal cycling
conditions of Cornus walteri were established.The results showed that the optimal ISSR reaction system included a total
volume 25μL containing 2.5μL 10×Bufer,50ng template DNA,1.5UTaq DNA polymerase,2.0mmol/L MgCl2,
0.6μmol/L primer,0.15mmol/L dNTPs.Thermal cycling conditions were as folows:denaturation 5min at 94℃;
38cycles of 50sat 94℃,60sat 48.8~59.1℃,1.5min at 72℃;and a final extension of 10min at 72℃at the end of the
amplification.Based on the optimized reaction system,17primers with superior stability and polymorphism were screened
out from 100ISSR primer candidates.Subsequently,annealing temperatures of selected primers were subjected to further
optimization.As a consequence,the optimized system in this study may provide technological base and reference for
identification of germplasm resources,genetic diversity and molecular breeding of Cornus walter.
Key words:Cornus walteri;ISSR;single factor with two circular tests;system optimization;primer screening
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