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Cloning and analysis of the partial cDNA sequence of Taiwan snakehead(Channa maculata) uncoupling protein 2 Gene

斑鳢肝脏解偶联蛋白2cDNA核心片断的克隆及分析


解偶联蛋白2(uncouplingprotein 2,UCP2)可使氧化磷酸化解偶联。本研究首次成功从斑鳢(Channa maculata)肝脏通过简并引物克隆获得UCP2基因cDNA核心序列,该片段长502bp,编码167个氨基酸残基。使用vector NTI suite 6.0软件进行氨基酸同源性序列比较分析表明,斑鳢UCP2与真鲷、鲤鱼、草鱼、斑马鱼UCP2同源性高达91%、73%、72%、71%,与人、大鼠、小鼠UCP2同源性较高为70%、71%、70%。UCP2编码区在鱼类、哺乳类中均具有较高保守性,提示着脊椎动物UCP2可能在线粒体有氧呼吸代谢过程中承担某种最基本的生命功能。

Uncoupling protein 2 could cause oxidation phosphate uncoupling. The cDNA fragment encoding 167 amino acids of 502 bp from the liver of Taiwan snakehead(Channa maculata) were obtained by using PCR two degenerated primers. Comparison of the amino acids of Taiwan snakehead UCP2 with red sea bream(Pagrus major), Carp(Cyprinus carpio), Grass carp(Ctenopharyngodon idella), Zebrafish(Danio rerio), rat(Rattus norvegicus), mouse(Mus musculus) and human(Homo sapiens) UCP2 showed that, identity respectively is 91%、73%、72%、71%、71%、70%、70%. The high homology between the UCP2 gene of freshwater fish and mammals may explain the special function of this gene UCP2 may be a mechanism for decreasing the concentrations of reactive oxygen species(ROS) inside mitochondria.


全 文 :生态科学2006年4月第25卷第2期 ECOLOGICSC ENCEApr.,2006,25(2):11~154
斑鳢肝脏解偶联蛋囱知拼蛆核心筒断韵克隆及分析
崔郁敏,李贵生’,廖婉琴,梁旭方(暨南大学生命科学技术学院生物工程学系,广州510632)
【摘要】解偶联蛋白2(帅couplingpmtein2,UCP2)可使氧化磷酸化解偶联。本研究首次成功从斑鳢(国册一口打破c础砌)
肝脏通过简并引物克隆获得UcP2基因cDNA核心序列,该片段长502bp,编码167个氨基酸残基。使用vectorNTIsuite
6.O软件进行氨基酸同源性序列比较分析表明,斑鳢ucP2与真鲷、鲤鱼、草鱼、斑马鱼UCP2同源性高达-91%、73%、
72%、7l%,与人、大鼠、小鼠UCP2同源性较高为70%、71%、70%。ucP2编码区在鱼类、哺乳类中均具有较高保
守性,提示着脊椎动物UcP2可能在线粒体有氧呼吸代谢过程中承担某种最基本的生命功能。
关键词:解偶联蛋白2;基因克隆;斑鳢
中图分类号:Q785 文献标识码:A 文章编号:l008.8873(2006)02.151.04
Cbninga danalys虹ofthepartiaIcDNAsequence酊Taiwansn kehead(CA口棚坼肌口cH,口鲫uncoupUngprotein2Gene
CUI1rU.min,LIGui.sheng·,LIAoW|an.qin,LIANGXu.钿g(ColIegeofLi诧Sciencea dTbchnolo擘甄JinanUn verSity’
Shipai.Gu弛gzhou510632,Cbina)
Abstra“UncoupIingprotcin2couIdcauseoxidationph sphateuncoupling.ThecDNAf}agmentencodin叠167姗inoacidsof
502bpf}om廿leliverofTaiw觚snal【ehead((孺田l,阳m口c“肠f口)wereobtainedbyusingpCRtwode霉rene期tedprimerS.
Comparisonofthe锄inoacidsofTaiwansnak曲eadUCP2witIl他ds既bre啪(豳2,材譬m咖n,Carp“砌一聘淞“咖),G豫ss
carp(c,明叩蛔秒哆g砒nf‘蛔妇),Zebfafish(£k拧胁册帕),豫t僻口,,I龉HD,嘲咖淞),mouse(肘酗m啦删,淞)aIldhum孤“%朋D
s印把船)UCP2sho、Vedthat。identityrespectivelyis91%、73%、72%、7l%、7l%、70%、70%.ThehigllhomoIogybetween
nleUCP2geneof矗eshwat盯fish觚d嘲mmalsmayexpl in幽especialfunctionoftllisg∞eUCP2maybeamech加ismfor
decr髓singttIeconcen仃ationsofreactiveoxygenspecies(R0}s)insidemitochon ria.
Keyword歌UnCouplingprotei2,Molecularlone,Taiwan吼lal∞h隐d
解偶联蛋白2(1mcouplingprotein2,UCP2)是线粒
体内膜上的阳离子载体蛋白,可引起质子的渗漏,使
氧化磷酸化解偶联,ATP合成减少,能量以热的形式
散失【1引,参与脂肪代谢和能量平衡的调节【3】。目前研
究认为,UCP2IIl】烈A广泛分布于动物各组织器官(如
褐色或白色脂肪组织、骨骼肌、心脏、肾脏、肺、脾、
’巨噬细胞、胸腺、骨髓、脑、胃肠道、胰科¨】,与该
家族其他成员的特异性分布不同。UCP2解偶联作用的
基本原理与UCPl相似,但其在组织中的丰度明显低于
UCPl,而UCPl的产热作用依赖于其丰度和自由脂肪
酸的激活【7】。因此,与UCP2相关的解偶联可能并不主
要用于产热。Echtay等【昏10l最新体外研究发现,过氧化
物促进UCP2基因表达可有效抑制线粒体内介导氧化
损伤的ROS(reactiveoxygenspecics)过量产生。研究
还发现UCP2与胰岛素调节和II型糖尿病有关【Il】,与心
颈血管疾病病理有关llz’”J。
UCP2氨基酸序列与UCPl和UCP3的同源性分别
为59%和73%,其三级结构由相似的3个结构域组成。
每个结构域约含100个氨基酸,分别形成两个跨膜螺
旋,由一个N末端和C末端具有胞液定向的基质环相
连。UCP2基因包含8个外显子和7个内含子,长分别约
为8kb和6.3l(b碱基。UCP2的转录单位由2个非编码外
显子和相邻的6个编码外显子组成,UCP2基因分别定
位于人类染色体llql3和小鼠染色体7上。为进一步探
讨UCP2的功能及其进化意义等,本研究首次从斑鳢
(劬硎,l口聊删肠细)肝脏成功克隆得了UCP2基因
cDNA核心序列,这将为脊椎动物UCP2基因结构与功
能研究提供新信息。
1材料与方法
1江材料
1.1.1实验鱼斑鳢(Ch鲫玎口m口c“z口幻),于石牌市场
购得。
1.1.2试剂SVtotal融叮AIsolation尉t为美国Pmmega
公司产品,HigllQuali够&Quanti锣GelDNAEx仃action
飚tII为U-g锄e公司产品,Ta墨(aRaI斟ALAPCRTM
Kit(AMV)、,rer.1.1、pMD—T18V.ector、1。细DNA聚合
酶等为宝生物工程(大连)与有限公司产品,其它常
规试剂均为进口分装或者国产分析纯试剂。大肠杆菌
删109由本室保存。
1.2方法
1.2.1总RNA提取和cDNA第一链的合成总RNA
的提取与纯化按Promega公司的SVT0talRNA
收稿日期:2005一“·28,2006-03.20接受
作者简介:崔郁敏(1979一),女,硕士研究生。主要从事动物免疫学的
研究
·通讯作者
万方数据
152 生态科学 25卷
IsolationSystem试剂盒推荐方法进行。cDNA.第一
链的合成使用TaKaRaNALAPCRlMKit(AMv)
Ver.1.1试剂盒,以斑鳢肝脏总RNA为模板,oligo(dT)18
为反转录引物,操作按试剂盒推荐方法进行。
1.2.2UCP2基因cDNA核心片段克隆根据脊椎
动物UCP2基因序列的保守区设计2条引物UCP20lF
和UCP20 R,其序列分别为:
UCP201F:5’.1’rrCCACTGGACACCGCAAGGT-3’,
UCP20 R:5’.GTGACAAACATAACCACGTI℃CA.3’,
以色譬的cDNA第一链为模板,参照№Ra公司M:础r;l:R孓PcR产物重组质粒鉴定
嘲m飚t说明书配制反应体系,PCR扩增条件均 M:marker;l:RT-PcRproducts
为:94℃预变性3min,94℃60s,40℃60s,72℃ 图2斑鳢ucP2RT_PcR电泳图
60s,共30个循环,最后72℃延伸5min。PcR产
Fig.2Ta蛔蛐3nakeheadR暑PcRpmduc‘吼
物经2%琼脂糖电泳切胶用试剂盒回收后,克隆至
pMD18.T载体(TaKaRa),转化感受态E∞矗."订109。
1.2.3克隆片段的测序及分析利用M13正反向引
物,通过PcR反应检测得到阳性克隆,阳性克隆由博
亚公司进行测序。用DNA分析软件vectorNTIsuite
6.O进行序列分析。
2结果
2.1斑鳢肝脏总I斟A提取
.堡据Pr0竺ega筌,的sV?taIRNA,1::三竺竺摹廿粤 M:m砌(er;l,2,3:PcR产物重组质粒鉴定
明书提取斑鳢肝脏总RNA,并以l%琼脂糖凝胶电泳M:mark蠢i,2,3:PcRidentification0frecombinantplasmidof
检测,结果见图l。 器鼍鳢ucP2克隆菌落PcR电泳图
图l斑鳢肝脏总RNA电泳图
FIg.1TaiwansnakeheaduvertotalRNA
2.2斑鳢UCP2基因cDNA核心序列的克隆
根据已报道的人、鼠、犬、爪蟾、斑马鱼、真鲷
等数种脊椎动物UCP2序列的保守区域,设计2条引
物,以斑鳢肝脏总RNA为模板,以RT-PCR方法合成
其cDNA第一链,并进行琼脂糖电泳检测,初步表明
获得大小约为800bp的片段,结果见图2。
2.3PCR产物的克隆和筛选
将纯化的RT-PCR产物直接连接到pMDl8.T
载体中,转化EcD矗JM109感受态细胞,培养后挑选
白斑菌落。利用M13正反向引物进行菌落PCR,其
产物的电泳检测仍是约800bp条带,结果见图3。
2.4克隆片段的测序及分析
送克隆所得片段,进行正反两个方向的序列测定,
测序报告中核苷酸序列为503bp,其推测氨基酸序列
为167个氨基酸,结果见图4。经结构功能分析发现,
此段氨基酸序列包含线粒体内膜载体蛋白3个特征结
构之一:特征结构PTD、lr、,I72到8l位氨基酸。
2.5序列对比及分析
将得到的UCP2序列进行BLAsT分析表明所克
隆基因属新登录的基因。使用vectorNTIsuite6.0软
件进行氨基酸同源性序列比较发现,斑鳢UCP2与真
鲷、鲤鱼、草鱼、斑马鱼、大鼠、小鼠、人UCP2氨
基酸同源性较高,分别为9l%、73%、72%、7l%、
71%、70%、70%。uCP2编码区在鱼类、哺乳类中均
具有较高保守性,提示着脊椎动物UCP2可能在线粒
体有氧呼吸代谢过程中承担某种最基本的生命功能。
万方数据
2期 崔郁敏,等:斑鳢肝脏解偶联蛋白2cDNA核心片断的克隆及分析 153
l GGGACGATCAGTACCATGGTCCGCACAGAGGGCCCCAAGTCTCTGTACAACGG电CTGGTA
1 G T I S T M V R T E G P K S L Y N G L V
6l GCAGGTCTGTTGAGACAAGTGTGCTTCGCCTCCATCAGAATTGGCCTCTACGACAATGTC
20 A G L L R Q y C F A S I R I G L Y D N V
12l AAAAATTTCTATACAGGAGGAAAAGAAAATCCCGGTGTACTTGTACGTATTCTGGCTGGC
40 K N F Y T G G K E N P G V L V R I L A G
18l TGCACAACAGGTGCTATGGCGGTGTCCTTTGCACAACCCACTGATGTGGTCAAGGTTCGA
60 C T T G A M A V S F A Q 狂) T D V V K V RI
241 TTCCAAGCCCAGATGAACCTGGACGGTGTCGCTCGTCGGTACAACGGCACCATGCAGGCT
80 旷I Q A Q M N L D G V A R R Y N G T M Q A
301 TACAAACTCATCTTCCAGAACGAGGGCTTACGTGGACTCTGGAAAGGCACACTACCCAAC
100Y K L I F Q N E G L R G L W K G T L P N
36l ATTACAACAAATGCACTAGTCAACTGCACAGAGCTGGTTACATATGACCTAATCAAGGAG
l20 I T T N A L V N C T E L V T Y D L I K E
42l GCTATCCTTAAACATAACCTGATGCAGATAATCTACCAATGCCACTTTGTGTCTGCATTT
l40 A I L K H N L M Q I I Y Q C H F V S A F
481 GGTGGCTGGCTTTGTTACAACCG
160 G G W L C Y N
图4斑鳢解偶联蛋白2基因cDNA部分序列及其推导的氨基酸序列
Fig.4Thepanialnucleotidesequenceof1aiwansnakehead(C垤鲫一口肌口c世,㈣un∞upUngpIDtein2cDNAandputa6Veamino
acmsequence
线粒体内膜载体蛋白1个特征结构用方框表示。Amitochondrialca玎ierpmteinsignan∽motifsisbox酣.
斑鳢 l
真鲷 6
鲤鱼 65
草鱼 65
斑马鱼65
大鼠 64
小鼠 64
人 64
斑鳢 6l
真鲷 66
鲤鱼 125
草鱼 l25
斑马鱼 l25
大鼠 124
小鼠 l24
人 1 24
斑鳢 l21
真鲷 1 26
鲤鱼 184
草鱼 184
斑马鱼l84
大鼠 183
小鼠 l83
人 l83
GTISTMVRTEGPKSLYNGLVAGLLRQVCFASIRIGLYDNVKNFYTGGKENPGVLVRILAG60
GTISTMIKTEGPRSLYNGLVAGLQRQMCFASIRIGLYDNVKNFYTGGKDNPNVLIRILAG 65
GTISTMVRVEGPRSLYSGLVAGLQRQMSFASVRIGLYDSVKQFYTKGSEHVGIGSRLMAGl24
GTISTMVRVEGPRSLYSGLVAGLQRQMSFASVRIYDSVKQFYTKG DHVGIGSRLMAGl24
GTISTMVRVEGPRSLYSGLVAGLQRQMSFASVRIGLYDSVKQFYTKGSDHAGIGSRLMAG124
GTILTMVRTEGPRSLYNGLVAGLQRQMSFASVRIGLYDSVKQFYTKGSEHAGIGSRLLAG123
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GTILTMVRTEGPRSLYNGLVAGLQRQMSFASVRIGLYDSVKQFYTKGSEHASIGSRLLAGl23
串事 奉木 宰 宰丰章 木幸木 木枣木木卓牛 宰木 毒卓宰 母宰奉宰掌掌 宰宰 宰宰宰 枣 奉宰
CTTGAMAVSFAQPTDVVKVRFQAQMNLDGVARRYNGTMQAYKLIF NEGLRGLWKGTLPNl20
CTTGAMAVSFAQPTDVVKVRFQAQSNLDGVARRYTGTMQAyKHIFQNEGMRGLWKGTLPN125
CTTGAMAVALAQPTDVVKVRFQAQ—NSAGANKRYHGTMDAYRTIAKEEGFRGLWKGTGPNl83
CTTGAMAVAVAQPTDVVKVRFQAQIGA—GANK YNGTMAAYRTIKEEGFRGLWKGTGPN183
CTTGAMAVAVAQPTDVVKVRFQAQVSA—GSSKRYHST研DAYRTIAKEEGFRGLWKG_rGPNl83
STTGALAVAVAQPTDVVKVRFQAQARAGG—GRRYQSTVEAYKTIAREEGIR LWKGTSPNl82
STTGALAVAVAQPTDVVKVRFQAQARAGG—GRRYQSTVEAYKTIAREEGIR LWKGTSPNl82
STTGALAVAVAQPTDVVKVRFQAQARAGG—GRRYQSTVNAYKTIAREEGFRGLWKGTSPN182
木掌幸木 半木 奉枣术幸木木奉幸木木枣木木唪 丰宰 十’I}木,I宰奉宰
ITTNALVNCTELVTYDLIKEAILKHN MSDNLPCHFVSAFGAGFVTTl67
ITRNALVNCTELVTYDLIKEAILKHN LSDNLPCHFVSAFGAGFVTTl72
ITRNAIVNCTELVTYDLIKDAL KSSLMTDDLPCHFTSAFGAGFCTT230
ITRNAIVNCTELVTYDLIKDALLKSSLMTDDLPCHFTSAFGAGFCTT230
ITRNAIVNCTELVTYDLIKDALLKSSLMTDDLPCHFTSAFGAGFCTT230
VARNAIVNCTELVTYDLIKDTLLKANLMTDDLPCHFTSAFGAGFCTT229
VARNAIVNCAELVTYDLIKDTLLKANLMTDDLPCHFTSAFGAGFCTT229
VARNAIVNCAELVTYDLIKDALLKANLMTDDLPCHFISAFGAGFCTT229
掌半 率术奉 术书掌书事掌搴车 掌搴 掌车 搴,#丰掌謇书事 搴事
图5斑鳢uCP2与其他脊椎动物uCP2基因氨基酸序列同源性比较
Fig.5Alignmentofthededucedamlnoacmsequenc麟oftheUCP2fhmTaiwansnakehead(C知口一糟口肼们础啦)wl恤蚀esquenc∞
Ofo抽ervenebr8tes
序列为:真鲷(凡咿w脚q,or’GeIlBaIll(:AAL92117)’鲤鱼(0’pr加淞c口甲f0,G咖aIll(:cAB46248),草鱼(o翻印_Il口例增砒一触批,G柚狮k:AA)(49553),斑马鱼
(D册如册.jD,GcnB锄k=AAH56737)大鼠(尺口妇s加忡曙ic时GeIlBaIll(:B从28832),小鼠(胁s聊岱删,l博,G吼B柚k:AFll1999)’人(胁肿D印泐拈 G蜘Bmk:
从B48411)。“.,’表示保守的氨基酸残基。
Thescquenccsa化reds蛆b陀啪(P‘曙r淞研巧Dr,G舶B觚k:从L92117),c咖monc州铆r加船c口,pjo,G曲B柚k:cAB46248),grasscarp(强一pP^叼硼g协I^如妇,
G蜘B皿k:AAX49553),zcb随fish(D册如,w如,G髓B吼k:AAH56737)m“詹口砌s加n馏记驸,GcIlBarIl(:B从28832)’mo璐e(胁5埘淞cl|船rG锄B锄kAFlll蜊,
hum柚(舶mDs口p如邶, GeIlB肌k:从B48411).111econserv dcsiducsinallsequ朋cesarejndicatedbyasterisk(+).
万方数据
万方数据
斑鳢肝脏解偶联蛋白2cDNA核心片断的克隆及分析
作者: 崔郁敏, 李贵生, 廖婉琴, 梁旭方, CUI Yu-min, LI Gui-sheng, LIAO Wan-qin,
LIANG Xu-fang
作者单位: 暨南大学生命科学技术学院生物工程学系,广州,510632
刊名: 生态科学
英文刊名: ECOLOGIC SCIENCE
年,卷(期): 2006,25(2)

参考文献(22条)
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