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Molecular identification and classification of a marine algae ST3

一株海洋藻类的分子鉴定及分类


海洋藻类种类繁多,由于形态的易变性和生活史的复杂性,传统的形态分类往往十分困难.分子标记技术的发展,使DNA分子成为区分物种的有效手段,成功地解决了许多疑难藻种的分类鉴定问题.本研究测定和比较了一株海洋藻类ST3的18srDNA基因部分核苷酸序列,序列长度为1733bp,通过与GenBank中序列数据进行比较分析,对其进行了分子鉴定和分类.研究结果表明藻株ST3属于硅藻门海链藻目,与骨条藻属的亲缘关系较海链藻属为近,但与骨条藻属遗传距离远大于骨条藻属种间差异,说明ST3可能是硅藻门海链藻目新的藻属.18srDNA可用于海洋藻类分子分类与鉴定.

Marine algae are numerous,and often difficult to be identified and classified based on traditional taxonomy due to variable morphological characters and complicated life histories.The development and application of molecular markers make DNA to be a useful tool to differentiate different species and have successfully determined the species identities of many problematic taxa.1733bp nucleotides of 18s rDNA from a marine algae ST3 were determined in this study.The sequences were then used as molecular criteria to investigate the algae identities and their classification.The result showed that ST3 belonged to Thalassiosirales,Bacillariophyta,although ST3 was more closely related to Skeletonema than did Thalassioria,considerable genetic distance between ST3 and Skeletonema existed,so ST3 might be a new genus in Thalassiora.18s rDNA was useful to identify and classify marine algae.


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一株海洋藻类的分子鉴定及分类
陈丽芬,章 群+,谢秋玲,骆育敏,许忠能,刘宁宁,聂湘平(暨南大学生命科学与技术学院
广州510632
【摘要】 海洋藻类种类繁多,由于形态的易变性和生活史的复杂性.传统的形态分类往往十分困难n分了标记技术的发
展,使DNA分子成为区分物种的有效手段,成功地解央了许多疑难藻种的分类鉴定问题。本研究测定和比较了一株海洋
藻类sT3的18srDNA基因部分核苷酸序列,序列长度为1733bp.通过与GenB帅k中序列数据进行比较分析,x_f其进{r
了分子鉴定和分类。研究结果表明藻株s”属于硅藻门海链藻目,与骨条藻属的亲缘关系较海链藻属为近,但与骨条凛
属遗传距离远大于骨条藻属种间差异,说明sT3可能是硅藻门海链藻目新的藻属。18srDNA可用于海洋藻类分f分类‘j
鉴定
关键训:分子鉴定;海洋藻类;18srDNA
中图分类号:x94927 文献标识码:A 文章编号:1008—8873(2003)u2一163一‘)2
Mol蚓d盯Id雌tin鞠tIon8ndcla鼯主任c鲥佣ofamari耻al单eST3,CHENLi-fcn,ZHANGQun4,XIEQiu一1in,LUoYu—miil
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海洋藻类种类繁多,目前分类鉴定基本上还处
于形态学分类阶段。由于大多数海洋藻类个体微小、
可识别的特征少且变异相当大,地理差异显著.不
少种生活史复杂,许多种类分类的记录资料不全,
分类鉴定t|分困难⋯。分子标记技术的发展,使DNA
分子成为区分物种、变种、地理株的有效手段,目
前18srDNA已被,“泛用于分子系统学研究,解决了
许多疑难海洋藻类的分类鉴定问题,对海洋资源和
环境的研究也具有重要意义。本文报道了采用18s
rDNA序列分析对一种海洋藻类的分于鉴定和分类
的结果。
1材料与方法
1.1 藻种来源 藻种由暨南大学水生生物研究所藻
种室提供.编号为sT3。
1,2 DNA的提取及PcR扩增总DNA的提取采用
CTAB法, pCR扩增引物为 18sF:
5’CCTGGTTGA=rCCTGCCAG3’ 和 18SR:
5’1rrGATcclfrCTocAG0r兀℃A3’。PCR反应条件为
95·变性4min;然后95℃45sec50℃45sec70
℃2min4个循环;95℃30sec56℃30sec702
rnjn25个循环后,于72℃延伸lOmin,
l 3序列测定以P(!R产物直接测序,序列测序引物
为 18sF,18SR, 以 及 18st
5’CCAAGGAAGGCAGCAGGC3’ 和 l8sr:
5’CCAGAAcAT口限AGGGc加1CAc3’。序列测定在
上海博亚公司PEABIPRlsM377DNA自动测序仪上
进行。
】.4数据分析将sT2】8sfDNA序列与GenBⅫk
数据库I}f序列进行比较分析。用clustaⅨ”】软什对
DNA序列进行排列,用ⅫBGA2.1”1软件包中撮,』、进
化法作系统分析。Knuc值用来表示不同藻类之州的
遗传差异。
基金项日 国家自然科学摹金40106014,广尔J肯内然科#毕金
(100760
作青简介:陈丽扑(1978一),女.诬1研究斗主磐痢}究力∽为
Jk域牛惫‘o环境科学。
·通汛联系人
2003.05.02收稿.20034J5.20接受
万方数据
生态科学 二2卷
2结果与讨论
2,1 sT3藻株的18srDNA序列测定采用PCR产物
直接测序法测定的sT218srDNA部分序列长度为
1733bp,序列巾除2个核苷酸位点外,所有核苷酸峰值
均清晰呵辨。其c”A、c、G、T4种碱基含量分别为
266%、19.3%、25.8%和28.2%,G,C含量为44.4%,转
换/颠换比例为1.15。本文所测核苷酸序列见图l。
2.2 sT3的罄定和分类将此序列与G}enBank中数据
进行比较,在数据库中没有发现与sT3完全相同的序
列,但是可以发现其与硅藻门海链藻日藻类有铰大相
似性的DNA序列。利用GenBa11k中的数挂}},我们将
sT3与11种已知的硅藻进行了系统分析,结果见图2,
图2清楚地表明sT3的分于鉴定结果及其分类学
位置:sT3为硅藻』、J海链藻目藻类,与骨条藻属和海
链藻属近缘,相对而言,与骨条藻属系统位置较海链藻
属系统位置为近,自展数据支持率为100%,但它‘0骨
条藻属的遗传距离远大于骨条藻属内2个种之蚓的距
离,说明sT3有可能是一种相对独立的海链藻匿新属。
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sr318srDNA部分序列
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参考文献
⋯陈R目芬,章群,诈忠能,等2003抹囊藻属的分类现【3J
状【儿生态科学,22(1):93-94
【21 Th‘’唧s‘lnJD,GibsonTJPlewniak,F,eta1.1997.1k
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万方数据
一株海洋藻类的分子鉴定及分类
作者: 陈丽芬, 章群, 谢秋玲, 骆育敏, 许忠能, 刘宁宁, 聂湘平
作者单位: 暨南大学生命科学与技术学院,广州,510632
刊名: 生态科学
英文刊名: ECOLOGIC SCIENCE
年,卷(期): 2003,22(2)
被引用次数: 2次

参考文献(3条)
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