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广西特有植物小花异裂菊ISSR-PCR反应体系的建立



全 文 :收稿日期: 2012 - 05 - 17
基金项目:广西植物研究所基本业务费支持项目 ( 合同编号: 桂植业
11010) ; 中国科学院知识创新工程重要方向项目 ( 编号:
KSCX 2-YW-Z-1030)
作者简介:史艳财( 1984 - ) ,男,硕士,助理研究员,研究方向: 分子生物
与药用植物; E-mail: shiyancainan@ 163. com。
通讯作者: 韦 霄,男,博士,研究员,研究方向: 保育生物学; E-mail:
weixiao@ gxib. cn。
广西特有植物小花异裂菊 ISSR-PCR反应体系的建立
史艳财1,2, 邹 蓉2, 骆文华2, 韦 霄1,2, 陈宗游2, 熊忠臣2
( 1.中国科学院广西植物研究所,广西植物功能物质研究与利用重点实验室, 广西 桂林 541006;
2.广西壮族自治区中国科学院广西植物研究所, 广西 桂林 541006)
摘要:以小花异裂菊的叶片为材料,采用正交和单因素试验研究 Mg2 +、dNTP、TaqDNA 聚合酶、引物、模板 DNA 浓度对
ISSR-PCR扩增效果的影响。建立了适宜于小花异裂菊的 ISSR-PCR 反应体系,即 25 μL 的体系中含 Mg2 + 1. 5 mmol /L,
dNTP 0. 20 mmol /L,TaqDNA聚合酶 1. 5 U,引物 0. 8 μmol /L,模板 DNA 50 ng,10 × Buffer 2. 5 μL。该体系稳定、可靠,为利
用 ISSR分析小花异裂菊遗传多样性等工作奠定了良好的基础。
关键词: 小花异裂菊; ISSR; 优化
中图分类号: S 682. 1 + 1 文献标志码: A 文章编号: 1001 - 4705( 2012) 09-0034-04
Establishment and Optimization of the ISSR Reaction System for
Heteroplexis sericophylla Y. L. Chen.
SHI Yan-cai1,2,ZOU Rong2,LUO Wen-hua2,WEI Xiao1,2,CHEN Zong-you2,XIONG Zhong-chen2
( 1. Guangxi Key Laboratory of Functional Phytochemicals Research and Utilization,Guangxi Institute of Botany,
Guangxi Zhuang Autonomous Region and Chinese Academy of Sciences,Guilin 541006,China;
2. Guangxi Institute of Botany,the Chinese Academy of Sciences,Guilin 541006,China)
Abstract: Through orthogonal design and single factor test,to establish ISSR-PCR program for Heteroplexis
sericophylla. Five factors were tested by orthogonal design and single factor test,including Mg2 + concentration,
dNTP concentration,Taq DNA polymerase concentration,primer concentration and template DNA concentra-
tion. ISSR-PCR reaction system of Heteroplexis sericophylla contained 1. 5 mmol /L Mg2 +,0. 20 mmol /L dNTP,
1. 5 U Taq DNA polymerase,0. 8 μmol /L primer,50 ng template DNA. The optimized reaction system was
suitable for the study of genetic diversity.
Key words: Heteroplexis sericophylla Y. L. Chen. ; ISSR; optimization
菊科异裂菊属是广西的特有属,1937 年张肇謇教
授作为一个单种属发表[1],现仅有 5 种[2]。小花异裂
菊( Heteroplexis sericophylla Y. L. Chen. ) 是其中的一
种,分布于广西阳朔、融安县的石灰岩石山灌丛或向阳
处[3],分布区域狭窄,种群个体数量很少,已被列为国
家二级保护植物。民间常用其治疗消化不良、浮肿和
小便不利[2]。目前,关于小花异裂菊的研究较少,仅
有关于其核型[4]、萜类成分及其活性[2]、迁地保护适
应性[5]方面的研究。
ISSR是 Zietkiewicz 等[6]于 1994 年提出的一种分
子标记技术。ISSR集 RAPD、SSR技术的优点于一身,
已广泛应用于作物遗传多样性分析、种群亲缘关系分
析等方面,尚未见 ISSR技术应用于小花异裂菊的相关
研究报道。ISSR-PCR 扩增反应的最适条件需要一定
时间的摸索[7]。本试验对影响小花异裂菊 ISSR-PCR
扩增效果的主要因素 Mg2 +、dNTP 、TaqDNA 聚合酶、
引物、模板 DNA浓度进行了研究,建立最佳反应体系,
为小花异裂菊的种质资源和分子生物学研究奠定
基础。
1 材料与方法
1. 1 材 料
试验材料于 2012 年 2 月采自广西植物研究所种
质资源圃,采集幼嫩叶片,置于冰盒中带回实验室后即
提取植物总 DNA。
引物 ( 引物 848 序列为 CACACACACACACA-
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CARg) 、Mg2 +、dNTP、10 × PCR buffer、Taq DNA 聚合酶
( 上海生工生物工程技术服务有限公司) ; Markers( 华
美生物工程公司) 。
TU-1901 型双光束紫外可见分光光度计( 北京普
析通用仪器有限责任公司) ; PCR 仪 ( 美国 BIO-RAD
伯乐公司) ; DYCP-34 型电泳槽( 北京市六一仪器厂) ;
离心机( 珠海黑马医学仪器有限公司) ; CDYY-6C 型电
泳仪( 北京市六一仪器厂) ; UVP凝胶成像系统。
1. 2 方 法
1. 2. 1 植物总 DNA提取
采用改良后的 CTAB 法提取小花异裂菊总 DNA。
用 1%琼脂糖凝胶电泳法检验 DNA 质量,紫外分光光
度计检测 DNA浓度,- 20 ℃冰箱中保存。
1. 2. 2 PCR预扩增程序
94 ℃预变性 5 min; 94 ℃变性 40 s; 53 ℃退火 45 s;
72 ℃延伸 1. 5 min; 40 个循环; 72 ℃延伸 7 min,4 ℃保
存。扩增产物用 1. 5%的琼脂糖凝胶电泳 1 h 左右,
EB液( 0. 5 μg /mL) 染色 20 min,然后置于 UVP凝胶成
像系统中拍照。
1. 2. 3 ISSR-PCR反应体系正交试验
采用 L9 ( 3
4 ) 正交试验设计,4 因素为: Mg2 +、
dNTP、TaqDNA聚合酶、引物,每因素设置 3 水平,见表
1。除表中变化因素外,每个体系还含有 2. 5 μL 的
10 × PCR buffe,30 ng模板 DNA,超纯水补至 25 μL,重
复 2 次。引物为 848。
表 1 ISSR-PCR正交试验 L9 ( 3
4 )
序号
因素
Mg2 +
( mmol /L)
dNTP
( mmol /L)
引物
( μmol /L)
TaqDNA
聚合酶( U)
1 0. 5 0. 1 0. 6 0. 5
2 0. 5 0. 2 1. 0 1. 0
3 0. 5 0. 3 1. 4 1. 5
4 1. 0 0. 1 1. 0 1. 5
5 1. 0 0. 2 1. 4 0. 5
6 1. 0 0. 3 0. 6 1. 0
7 2. 0 0. 1 1. 4 1. 0
8 2. 0 0. 2 0. 6 1. 5
9 2. 0 0. 3 1. 0 0. 5
1. 2. 4 ISSR-PCR单因素试验
根据正交试验结果选择扩增效果较好的组合进行
单因素试验,其他因素不变,变化单一因素,每个条件
确定后作为后续研究的一个条件。每因素设置 6 个水
平,Mg2 +为 0. 25、0. 5、1. 0、1. 5、2. 0、2. 5 mmol /L,dNTP
为 0. 05、0. 10、0. 15、0. 20、0. 25、0. 30 mmol /L,TaqDNA
聚合酶为 0. 25、0. 5、1. 0、1. 5、2. 0、2. 5 U,引物为 0. 3、
0. 6、0. 8、1. 0、1. 2、1. 4 μmol /L,模板 DNA为 5、10、30、
50、70、90 ng。
2 结果与讨论
2. 1 正交试验结果
正交试验结果如图 1 所示。各组合间扩增效果有
明显的差异。组合 1、2、3、6 扩增效果最差,基本无扩
增产物。组合 4、5 有较多扩增产物,但条带强度过弱、
弥散难辨。组合 7、8、9 的效果相对较好,其中组合 8
的条带多,分离度好,较易辨认,效果最好。综上所述,
初步选用组合 8,即在 2. 5 μL 体系中含: Mg2 + 2. 0
mmol /L ,dNTP 0. 2 mmol /L,Taq DNA聚合酶 1. 5 U,引
物 0. 6 μmol /L,模板 DNA 30 ng,10 × Buffer 2. 5 μL。
图 1 ISSR-PCR正交试验结果
2. 2 Mg2 +浓度对 ISSR-PCR的影响
Taq DNA 聚合酶是 Mg2 +依赖性酶,dNTP 分子中
的磷酸基团能定量地与 Mg2 +结合,对 Mg2 +产生拮抗
作用,使实际反应中的 Mg2 +浓度下降。因此,反应体
系中的Mg2 +浓度十分重要[8]。如图 2 所示,ISSR-PCR
对 Mg2 +较为敏感。低浓度 Mg2 + ( 0. 25 ~ 0. 5 mmol /L)
时无条带扩出。随着 Mg2 +浓度升高,扩增效果逐渐改
善,条带数目增加且更加清晰易辨。当浓度为 1. 5
mmol /L时,扩增效果最好。继续提高 Mg2 +浓度,扩增
效果变化不大。故确定 Mg2 +浓度为 1. 5 mmol /L。
图 2 Mg2 +浓度对 ISSR-PCR的影响
2. 3 dNTP浓度对 ISSR-PCR的影响
dNTP作为 PCR 反应的原料之一,合适的浓度对
扩增结果非常重要。dNTP浓度的变化主要影响 ISSR
带的数量和强弱[9]。由图 3 可知,低浓度的 dNTP
( 0. 05 ~ 0. 15 mmol /L) 间扩增效果差异不大,扩增条
带较少。dNTP浓度为 0. 2 ~ 0. 3 mmol /L时,条带强度
渐强、清晰度提高。选择 0. 20 mmol /L为 dNTP的最佳
浓度。
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研究报告 史艳财 等: 广西特有植物小花异裂菊 ISSR - PCR反应体系的建立
图 3 dNTP浓度对 ISSR-PCR的影响
2. 4 Taq DNA聚合酶浓度对 ISSR-PCR的影响
Taq DNA聚合酶浓度太高,会相应增加非特异性
扩增产物,电泳图谱弥散。浓度太低,则无扩增产物或
产物不稳定[8]。如图 4 所示,低浓度的 Taq DNA 聚合
酶( 0. 25 ~ 1. 0 U) 扩增产物较少。随着 Taq DNA聚合
酶浓度的升高,扩增条带的清晰度逐渐增强且趋于稳
定,1. 5 ~ 2. 5 U扩增效果基本一致,考虑实验成本,确
定选用 TaqDNA聚合酶的浓度为 1. 5 U。
图 4 Taq DNA聚合酶浓度对 ISSR-PCR的影响
2. 5 引物浓度对 ISSR-PCR的影响
反应体系中引物浓度过高,易引起碱基错配和产
生非特异性扩增,还易形成引物二聚体。引物浓度过
低,与模板结合位点少,扩增产量下降[10]。如图 5 所
示,除 0. 3 μmol /L外,其余浓度( 0. 6 ~ 1. 4 μmol /L) 的
引物均可扩增出相同数目的条带,且各条带的清晰度
基本一致,选择 0. 8 μmol /L为引物的最佳浓度。
图 5 引物浓度对 ISSR-PCR的影响
2. 6 模板 DNA对 ISSR-PCR的影响
ISSR反应对模板 DNA 适宜浓度有较大范围。其
对扩增产物的影响与模板 DNA 类似[11]。如图 6 所
示,ISSR-PCR反应对模板 DNA含量的许可范围较大,
模板浓度为 10 ~ 90 ng 时均扩增出基本相同的带型。
50 ng扩增出的条带强度较高,故选择 50 ng 为最佳模
板浓度。
图 6 模板 DNA对 ISSR-PCR的影响
3 结 论
本研究建立小花异裂菊 ISSR-PCR 反应体系,即
25 μL 的体系中含 Mg2 + 1. 5 mmol /L,dNTP 0. 20
mmol /L,TaqDNA聚合酶 1. 5 U,引物 0. 8 μmol /L,模板
DNA 50 ng,10 × Buffer 2. 5 μL。
ISSR是基于 PCR 反应的分子标记技术[12],扩增
效果受到诸多因素的影响。影响 PCR 扩增的各个因
素,如模板 DNA、Mg2 +、dNTP、引物以及 Taq DNA 聚合
酶浓度等因素亦会影响到 ISSR-PCR 的扩增结果。因
此,将该技术应用于一个新的植物材料时,首先建立一
个合适的 ISSR-PCR 反应体系,才能在后续研究中获
得可靠的结果[13]。正交试验可有效分析不同因素间
的相互作用,但所获得的只能是试验所用水平的某种
组合,优选结果不会超越所取水平的范围,也不能给进
一步试验提供明确的指向性。单因素试验可对各个主
要因子进行系统的研究,但无法探讨不同因素间的相
互作用[12]。本试验先通过正交试验对 PCR 反应体系
进行初步筛选,再采用单因素试验进一步优化,可快速
建立小花异裂菊 ISSR-PCR反应体系。
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收稿日期: 2012 - 05 - 17
基金项目:国家自科学基金( 编号: 81274016) ; 江苏省中医药管理局资助项目( 编号: LZ 11193) ; 江苏高校优势学科建设工程资助项目( 编号:
ysxk-2010) ; 江苏省常州市科技支撑计划( 编号: CE 20112019) ; 江苏省高等学校“中药资源化学研究”优秀科技创新团队( 2011) 。
作者简介:韩 怡( 1988 - ) ,女,江苏张家港人;硕士研究生,研究方向: 中药资源与品质评价。
通讯作者:巢建国,男,教授; E-mail: jgchao1016@ yahoo. com. cn
太子参花粉活力和柱头可授性研究
韩 怡, 巢建国, 谷 巍, 张 莹, 孙亚昕
( 南京中医药大学, 江苏 南京 210046)
摘要:目的:研究太子参的花粉活力、柱头可授性及花粉贮藏。方法:采用离体萌发法、染色法测定花粉活力,用联苯胺-
过氧化氢法测定柱头可授性,并检测不同贮藏条件下花粉的活力。结果:离体萌发法适用于太子参花粉活力测定,最适
培养基为 0. 04%硼酸 + 15%蔗糖 + 11%聚乙二醇,萌发率达 92. 44% ;太子参花药开裂期柱头可授性较强; 花粉的短期
保存以 4 ℃效果较好,长期保存以 - 80 ℃效果最佳。结论:在进行杂交授粉时,应选花药开裂期的花粉,对开花第 2 天的
柱头进行人工授粉,本研究为太子参的良种选育及种质资源保护提供了科学依据。
关键词: 太子参; 花粉活力; 柱头可授性; 贮藏
中图分类号: S 567. 2 文献标志码: A 文章编号: 1001 - 4705( 2012) 09-0037-04
Pollen Viability and Stigma Receptivity of Pseudostellaria heterophylla
HAN Yi,CHAO Jian-guo,GU Wei,ZHANG Ying,SUN Ya-xin
( Nanjing University of Chinese Medicine,Nanjing Jiangsu 210046,China)
Abstract: Objective: To study the pollen viability,the stigma receptivity and storage character of Pseudostellar-
ia heterophylla.Methods: The pollen viability was evaluated by the methods of in vitro pollen germination and
pollen staining,the stigma receptivity was estimated by benzidine-H2O2 method,and the pollen viability in dif-
ferent storage conditions were detected. Results: In vitro pollen germination method was suitable for the deter-
mination of pollen germination of Pseudostellaria heterophylla,the optimal medium was 0. 04% H3BO3 + 15%
sucrose + 11% PEG 4000,in which the pollen germination capacity reached to 92. 44% ; The stigma receptivity
of Pseudostellaria heterophylla was higher when the pollen anther opening; The results showed that short-term
pollen storage at - 4 ℃was the most suitable while the long-term pollen storage was at - 80 ℃ . Conclusion:
The optimum cross pollination times of Pseudostellaria heterophylla was 2 days after blooming and choose the
pollen in anther opening. This study provides a foundation for the breeding and germplasm resources protection
of Pseudostellaria heterophylla.
Key words: Pseudostellaria heterophylla; pollen viability; stigma receptivity; storage
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研究报告 韩 怡 等:太子参花粉活力和柱头可授性研究