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Analysis of Genomic Structure and Introns of SoNIN1 Gene from Sugarcane

甘蔗SoNIN1基因结构及其内含子信息分析



全 文 :·研究报告·
生物技术通报
BIOTECHNOLOGY BULLETIN 2014年第12期
中 性 / 碱 性 转 化 酶(Alkaline/Neutral Invertase)
是转化酶家族成员之一,在调节植物的生长发育过
程中起作用。它是一种胞质酶,最适 pH 值在 7.0-8.0
左右,以蔗糖为底物,能不可逆地把蔗糖分解为葡
萄糖和果糖,用于细胞能量代谢[1]。而在酸性转化
收稿日期 :2014-05-26
基金项目 :国家“863”计划课题(2013AA102604),广西自然科学基金项目(2011GXNSFF018002,2013NXNSFAA019073),国家国际合
作项目(2009DFA30820,2013DFA31600),广西八桂学者和特聘专家专项经费
作者简介 :牛俊奇,男,博士研究生,研究方向 :甘蔗生理和分子生物学 ;E-mail :niujunqi3218@163.com
通讯作者 :杨丽涛,女,博士,教授,研究方向 :甘蔗生理生化和病虫害 ;E-mail :liyr@gxu.edu.cn
李杨瑞,男,博士,教授,研究方向 :甘蔗育种和生物固氮 ;E-mail :liyr@gxaas.net
甘蔗 SoNIN1 基因结构及其内含子信息分析
牛俊奇1  吴朝兴1  杨丽涛1,2  李杨瑞1,2
(1. 广西大学农学院 亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室,南宁 530005 ;2. 中国农业科学院甘蔗研究中心 广西农业科学院甘
蔗研究所 农业部广西甘蔗生物技术与遗传改良重点实验室 广西甘蔗遗传改良重点实验室
广西作物遗传改良生物技术重点开放实验室,南宁 530007)
摘 要 : 根据前期克隆得到的 SoNIN1 基因的全长 cDNA 和部分启动子序列设计引物,应用 PCR 技术从甘蔗叶片 gDNA 中
克隆 SoNIN1 基因,并利用生物信息学方法分析基因的结构。结果表明,SoNIN1 基因的 DNA 序列长 4 938 bp,包含 6 个外显子和
5 个内含子,GenBank 登录号 KF563902。在该基因 5 非翻译区存在一个 268 bp 内含子序列,同时 5 个内含子序列中含有与低温、
干旱和激素等胁迫响应相关的作用元件,这些可能对 SoNIN1 基因转录表达起调控作用。依据 SoNIN1 蛋白聚类和外显子-内含子
基因结构可以将植物 NINs 分为两类。
关键词 : 甘蔗 中性 / 碱性转化酶 外显子 内含子 信息分析
DOI :10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2014.12.024
Analysis of Genomic Structure and Introns of SoNIN1 Gene from
Sugarcane
Niu Junqi1 Wu Chaoxing1 Yang Litao1,2 Li Yangrui1,2
(1. Agricultural College,Guangxi University / State Key Laoratory of Conservation and Utilization of Subtropical Agro-bioresources,Nanning
530005 ;2. Sugarcane Research Center,Chinese Academy of Agricultural Sciences / Sugarcane Research Center,Guangxi Academy of
Agricltural Sciences / Key Laboratory of Sugarcane Biotechnology and Genetic Improvement(Guangxi),Ministry of Agriculture / Guangxi Key
Laboratory of Sugarcane Genetic Improvement / Guangxi Crop Genetic Improvement and Biotechnology Lab,Nanning 530007)
Abstract: According to the full length cDNA and part of the promoter sequences of the SoNIN1 gene we designed primers,amplified the
SoNIN1 gene form gDNA of sugarcane leaves by PCR, and analyzed the gene structure of SoNIN1 by using bioinformatics methods. The results
showed that the DNA sequence of the SoNIN1 gene is 4 938 bp, containing six exons and five introns, GenBank accession number KF563902.
5’UTRs of the SoNIN1 gene contain 268 bp introns, and five introns contain low temperature, drought, and hormonal stress response related cis-
acting elements, which may play a role in transcription and expression regulation of SoNIN1 gene. According to phylogenetic analysis and exon-
intron gene structure, the NIN proteins can be classified into 2 classes’ type I and type II.
Key words: Sugarcane Alkaline/neutral invertase Exon Intron Information analysis
酶和蔗糖合成酶(分解方向)活性较低的植物组织
中,中性 / 碱性转化酶能分解蔗糖,为三羧酸循环
提供底物,因此被视为“维持酶”[2]。其酶活性极
不稳定,在提取过程中容易丧失活力,导致纯化该
类酶存在很大难度。已经纯化出来的中性或碱性转
生物技术通报 Biotechnology Bulletin 2014年第12期148
化酶主要以八聚体和四聚体两种形式存在[3]。
内含子是真核生物基因的重要组成部分,它在
基因剪接过程中可以区分外显子起标点符号作用,
而外显子-内含子连接区高度保守性和特异性的碱基
序列是真核生物基因断裂的重要特征 。通过选择剪
接,一个基因可以产生不同的成熟 mRNA,再翻译
成功能各异的蛋白质。这种调控机制可使某些基因
在不同细胞组织中或是在发育的不同阶段产生特定
的蛋白质,以满足生物体代谢的需求[4-6]。近年来,
内含子对真核生物基因和植物基因表达影响越来越
受到人们的重视[7,8]。因此,本研究在前期克隆得
到 SoNIN1 基因的全长 cDNA 和部分启动子序列,并
分析了该基因在不同组织和环境胁迫下基因表达情
况的基础上,利用 PCR 克隆获得 SoNIN1 基因的全
长 DNA 序列,通过生物信息学分析该基因结构和内
含子序列,旨在为进一步阐述甘蔗 SoNIN1 基因参与
植物生长发育和对逆境胁迫下的响应机制提供参考。
1 材料与方法
1.1 材料
新型植物基因组 DNA 提取试剂盒(康为试剂
Nuclean PlantGen DNA Kit);λ-Hind III digest DNA
Marker、LA Taq 酶、pMD18-T vector 和 T4 DNA 连接
酶购自 TaKaRa 宝生物工程(大连)公司有限公司。
引物由上海生工生物工程技术服务有限公司合成。
1.2 方法
1.2.1 RNA 和 DNA 提取 以甘蔗品种 GT28 叶片为
材料提取总 RNA,RNA 提取采用天根 Trizol-A+ 提取
液,提取过程参照 TRIzol 试剂盒说明书。甘蔗基因
组 DNA 提取过程参照 DNA 提取试剂盒说明书进行。
利用琼脂糖凝胶电泳检测总 RNA 和 DNA 完整性,
利 用 Thermo Scientific NaNoDrop 2000c 检 测 总 RNA
浓度及纯度。反转录按照 ReverAid First Strand cDNA
Synthesis Kit 试剂盒说明书反转录成 cDNA 第一链。
1.2.2 甘 蔗 SoNIN1 编 码 区 DNA 序 列 克 隆 参 照
SoNIN1 的 cDNA 序列(GenBank 登录号 :JX109944)
和启动子序列(GenBank 登录号 :KC854419)[9]在
基因编码区序列两侧分别设计两条上游引物 NIF71 :
5-ACTCCGGTTTTGCCCTCCATTG-3、NIF81 :5-
TTCTTGCTGGGTTGCTCTGATTAG-3。以及两条下游
引物 NIR71 :5-TTGATGGAACTTGCTGCGAGAAC-3
和 NIR81 :5-CCATAATAACAGCATCCCACAGCA-3。
以 甘 蔗 基 因 组 DNA 为 模 板, 扩 增 体 系 为 25 μL :
LA Taq 酶 0.25 μL、10×LA Taq Buffer II 2.5 μL、10
mmol/L dNTPs 1.5 μL、10 mmol/L 上 下 游 引 物 各 1
μL,模板 DNA 1 μL、ddH2O 17.75 μL。PCR 反应程
序 为 :94℃ 预 变 性 1 min ;98℃ 变 性 10 s,68℃ 退
火 5 min,30 个循环 ;最后 72℃延伸 10 min。PCR
产物经胶回收纯化后,经 T4 DNA 连接酶连接到
pMD18-T 上,转入感受态细胞 E. coli DH5α,经 M13
通用引物 PCR 菌液检测和质粒检测后,把含有目的
片段的菌液送深圳华大基因研究院测序。SoNIN1 基
因编码区引物设计和扩增体系参照牛俊奇等[9]方法。
1.2.3 序列分析 利用 MEGA6 构建 NIN 蛋白的系
统进化树 ;利用 Gene Structure Draw(www.compgen.
uni-muenster.de/tools/strdraw)分析外显子-内含子基
因结构 ;利用 Alignment Exon Intron Structure(www.
compgen.uni-muenster.de/tools/alignexin) 分 析 基 因
外 显 子 进 化 关 系 ;利 用 http ://hits.isb-sib.ch/cgi-
bin/motif_scan 分 析 SoNIN1 蛋 白 的 活 性 位 点 ;利
用 PlantCARE(http ://bioinformatics.psb.ugent.be/
webtools/plantcare/html) 和 PLACE(http ://www.dna.
affrc.go.jp/PLACE/signalup.html)分析 SoNIN1 基因内
含子顺式作用元件。
2 结果
2.1 DNA和RNA琼脂糖凝胶电泳检测
利 用 DNA 试 剂 盒 提 取 的 甘 蔗 基 因 组 DNA 经
0.8% 琼脂糖凝胶电泳检测,结果(图 1-A)显示
电泳条带单一,平直,清晰,点样孔干净。经紫外
分光光度计检测其 OD260/OD230 为 1.92,浓度为 900
ng/μL,说明所提取的 DNA 质量和浓度均符合试验
的要求。利用试剂盒提取的 RNA 经 1% 琼脂糖凝胶
电泳检测图,产生 3 条清晰的条带 :28S、18S 和 5S
RNA,无 DNA 污染,OD260/OD230 为 1.92,说明所提
取的 RNA 完整性好、纯度高、完全可满足 cDNA 逆
转录的要求(图 1-B)。
2.2 SoNIN1基因 DNA序列克隆与序列分析
对设计的 6 条引物(两条上、下游引物和一对
编码区引物)随机组合,分别进行 PCR 扩增,结果(图
2014年第12期 149牛俊奇等:甘蔗 SoNIN1基因结构及其内含子信息分析
基因的全长 cDNA 进行比对,并利用 Gene Structure
Draw 程序构建内含子-外显子基因结构图(图 3)。
结果显示在起始密码子 ATG 之前 49 bp 之前有一个
268 bp 的非转录区,该区域含有干旱胁迫响应元件
(MBS)、赤霉素响应元件(P-box)、胚乳特异性响
应元件(Skn-1_motif)以及 2 个 CAAT-box,该序列
可能在增强基因转录方面起作用。
2.3 内含子作用元件预测
用 PlantCARE 和 PLACE 在 线 预 测 SoNIN1 基
因内含子顺式作用元件,结果显示基因内含子 1 具
有 ABA 响应元件(ABRE)、厌氧响应元件(ARE)、
ABA 和 VP1 响 应 元 件(CE3)、 茉 莉 酸 响 应 元 件
(CGTCA-motif),低温诱导响应元件(LTR)、干旱
胁迫响应元件(MBS)、4 个分生组织特异性响应元
件、胁迫防御响应元件(TC-rich repeats)、光诱导根
特异性表达响应元件和光响应元件。此外还具有 14
个 CAAT-box 和 27 个 TATA-box。同时,在内含子
1 中有一段 233 bp(位于 868-1 101 bp 之间)的核
苷酸序列,该序列与玉米、高粱、薏米和甘蔗叶绿
体基因组中的细胞色素 B(petB)基因的反向互补
序列同源性达 98%,而该序列能否抑制 petB 基因的
表达,还有待于进一步的研究。内含子 3 具有 4 个
CAAT-box、ABA 响应元件、厌氧诱导响应元件、分
生组织特异性响应元件和光响应元件。内含子 5 具
有厌氧响应元件、干旱诱导的 MBY 结合位点,胚乳
特异表达响应元件,胁迫防御响应元件。而内含子
2 和 4 都具有 TATA-box 和 CAAT-box。
2.4 构建植物NIN蛋白系统进化树
根据在基因数据库中搜索到的拟南芥(3 个)、
水 稻(8 个 ) 和 玉 米(6 个 )NIN 基 因 相 应 DNA、
cDNA 和氨基酸序列,利用 MEGA6.0 软件构建 NIN
蛋白的系统进化树,并利用 Gene Structure Draw 分
析基因外显子-内含子结构。结果(图 4)表明,植
物 NIN 蛋白可以分为两类 :I 类和 II 类。其中,I 类
中基因结构主要有 4 个外显子和 3 个内含子组成,
只有拟南芥(AT4G09510)有 5 个外显子和 4 个内
含子组成,甘蔗 SoNIIN2[10]属于 I 类。II 类中基因
结构都有 6 个外显子和 5 个内含子组成。SoNIN1 蛋
白首先与玉米(GRMZM2G040843)聚类,其次与黑
23130
bp bp
M 1 M 2
2000
1000
750
500
250
100
5S
18S
28S
9416
6557
4361
2322
2027
A B
M :DNA Marker ;1 :DNA 产物 ;2 :RNA 产物
图 1 DNA(A)和 RNA(B)琼脂糖凝胶电泳检测结果
2-A)显示只有引物对 NIF71 和 NIR71 PCR 扩增产
物在 5 000 bp 左右处有单一、清晰的电泳条带。以
cDNA 为模板,用编码区引物扩增结果如图 2-B 所
示。测序结果显示扩增出来 DNA 序列长 4 938 bp,
编码 603 aa,与 SoNIN1 编码区 cDNA 推导氨基酸序
列同源性为 100%,说明克隆的序列是 SoNIN1 基因
的 DNA 序列。该基因已在 DDBJ/EMBL/GenBank 基
因数据库注册,注册号为 KF563902。
10000
bp bp
M 1 M 2
2000
1000
750
500
250
100
2000
7000
4000
1000
500
250
A B
M :DNA Marker ;1 :SoMM 基因 DNA 产物 ;2 :编码区 cDNA 产物
图 2 SoNIN1 基因的 DNA 序列(A)和编码区 cDNA(B)
扩增结果
将 SoNIN1 基因 DNA 序列与其 cDNA(编码区)
序列进行比对分析,结果显示该基因含有 6 个外
显子和 5 个内含子,外显子大小分别为 582、164、
212、494、49 和 256 bp,内含子大小分别为 1 374、
89、1 146、90 和 214 bp,外显子与内含子的交界
符 合 GT-AG 法 则( 即 内 含 子 具 有 5-GT...AG-3 特
征)。基因 5UTR(Untranslated Regions)有 192 bp,
3 UTR 有 23 bp,序列中 A+T 含量 58.46%,G+C 含
量为占 41.54%。利用 Vector NTI 11.0 里的 conting 软
件将 SoNIN1 基因 DNA 序列与其启动子(KC854419)
序列进行拼接,拼接结果长 5 920 bp。该拼接结果与
生物技术通报 Biotechnology Bulletin 2014年第12期150
麦草(CAM32308)和水稻(Os02g32730)聚类,再
次与拟南芥(AT5G22510 和 AT1G56560)聚类,最
后与水稻(Os01g22900)聚类。虽然甘蔗 SoNIN1 蛋
白与玉米(GRMZM2G040843)NIN 亲缘关系很近,
但二者内含子序列大小相差很大,尤其是第 3 个内
含子,甘蔗的为 1 146 bp,而玉米的达 6 235 bp。
Exon 1 Exon 2 Exon 3 Exon 4 Exon 5 Exon 6໎ᕪᆀ੟ࣘᆀ
图 3 SoNIN1 基因结构图
Sb004G172700
GRMZM2G118737
GRMZM2G170842
Os02g34560
Os04g35280
GRMZM2G136139
AT4G09510
Os11g07440
GRMZM2G007277
Os02g03320
SoNIIN2
Os01g22900
GRMZM2G084694
Os03g20020
AT1G56560
AT5G22510
Os04g33490 0.08
Os02g32730
Lp CAM32308
GRMZM2G040843
0.01
0.04 ƹSoNIN1 AFV94466 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.05 0.06
0.00
0.13
0.10
0.14
0.01
0.00
0.04
0.02
0.04
0.05
0.06
0.11
0.10
0.15
0.06
0.01
0.14
0.01
0.05
0.00
0.04
0.03
0.09
0.05
0.02
0.02
0.03
0.07
0.10
0.12
I
II
Os :水稻 ;So :甘蔗 ;GRMZM :玉米 ;Sb :高粱 ;Lp :黑麦草 ;AT :拟南芥
图 4 SoNIN1 蛋白质与其他 20 个不同来源的中性 / 碱性转化酶的进化关系分析
2.5 II类NIN基因内含子-外显子结构分析
甘 蔗 NIN1 蛋 白 与 玉 米(GRMZM2G040843)、
水 稻(Os02g32730)、 黑 麦 草(AM489692)、 水
稻(Os04g33490)、 拟 南 芥(AT5G22510) 和 拟 南
芥(AT1G56560)氨基酸序列的同源性分别为 96%、
90%、86%、79%、67% 和 62%。利用 Alignment Ex-
on Intron Structure 分析植物 II 类 NIN 基因内含子-外
显子结构,结果(图 5)表明进化距离较近的基因
之间外显子-内含子结构差异小,内含子插入位置仅
在外显子末端个别氨基酸序列处不同。而在进化距
离相对较远的 NIN 基因结构中,内含子插入位置变
化较大,如水稻的 Os02g32730 和 Os04g33490。
3 讨论
本研究采用 98℃变性 10 s,68℃退火-延伸 5
min,30 个循环进行 PCR 扩增,即二温式 PCR 技术。
该方法优点是退火温度比常规 PCR 高,扩增产物的
特异性强,目的条带清晰。同时扩增程序简单,耗
时短[11]。缺点是对引物要求高,不但要求 G+C 含
量在 40%-60% 之间,而且引物退火温度要在 65-
70℃之间,而利用 Taq 酶最佳温度为 68℃。从甘蔗
2014年第12期 151牛俊奇等:甘蔗 SoNIN1基因结构及其内含子信息分析
中克隆到的 SoNIN1 DNA 序列,外显子和内含子之
间的交界完全符合的 GT-AG 法则,且在 SoNINI 蛋
白与其他来原的进化关系中所示植物的 NIN 基因内
含子都符合这一特征。甘蔗 SoNIN1 基因结构含有 6
个外显子,5 个内含子,第 2 个为 164 bp,而植物
酸性转化酶基因第 2 个内含子大部分都是 9 bp,编
码 DPN 3 个氨基酸,它是呋喃果糖酶基序(NDPNG/A)
的 一 部 分[12], 而 SoNIN1 推 导 的 这 3 个 多 肽 位 于
第 1 个 内 含 子 内。 而 在 小 麦(CAL26914)、 木 薯
(AFH77958)和水稻(BAG89564)的 NINI 基因中
已经不含 DPN 序列,因此推测 DPN 并不是某些植
物中性 / 碱性转化酶必需酶活性位点。
启动子是基因表达所必需的重要的 DNA 信号
序列,是细胞内控制基因转录与表达的时空特异性
的重要因子,是基因转录调控的中心[13]。基因表达
不仅需要 5 侧翼启动子序列,而且也需要内含子的
参与[14,15]。基因中不同的内含子在启动基因转录
中发挥的作用不同,通常第一个内含子对基因启动
表达贡献最大[16]。内含子能诱导启动子启动活性和
启动内含子含有的响应作用元件[17]。内含子中存在
一些类似增强子或其他顺式作用调控元件,能提高
基因表达,但内含子在基因表达中具有位置效应和
方向依赖性[18]。有研究表明内含子中部序列在基因
表达调控中起重要作用[19]。高转录基因内含子中存
在一些潜在的正调控位点,这些内含子非常靠近基
因上游区,甚至位于 5-UTR 区,其中内含子可能参
与转录调控,并可能与上游转录调控有协同调节作
用[20,21]。在甘蔗 SoNIN1 基因 5-UTR 含有一个的
内含子,而有研究表明基因 5-UTR 中存在的内含子
能诱导基因的表达模式[22]。而有些内含子序列对基
因表达起负调控作用,如内含子中的 NRSE 序列参
与介导了其对 CART 基因的转录负调控作用[23]。剪
切后的内含子与相应编码序列也存在相互作用,在
mRNA 输出和基因表达调控过程中也起到非常重要
的作用[24]。
从 NIN 蛋白系统进化树和外显子-内含子基因
结构上,本研究将植物中性 / 碱性转化酶分为两个
亚类群,在同一亚群内部不同物种间内含子序列的
长度存在极大差异。内含子序列中的各类可移动单
元,可以加速蛋白质结构的进化及加大蛋白质的
变异性,内含子已经成为提高转基因生物基因表
达的重要元件[25]。本研究从甘蔗中克隆到 SoNIN1
基因的全长 DNA 序列,并利用生物学方法分析了
SoNIN1 基因的系统进化、外显子-内含子基因结构,
这不仅有利于从分子层面了解 NIN 基因的进化和基
因结构,而且为今后分离、纯化甘蔗 NIN 蛋白和进
行功能研究提供理论基础。
4 结论
克 隆 获 得 SoNIN1 基 因 的 DNA 序 列, 全 长
4 938 bp,由 6 个外显子和 5 个内含子组成。在翻译
起始密码子 ATG 前 49 bp 存在一个 268 bp 的内含子
Lolium
Os02g32730
Os04g33490
AT5G22510
AT1G56560
Os03g20020
Os01g22900
ZM2G084694
ZM2G040843
Sugarcane
黑色实心框表示外显子 ;两个黑色框之间的实线表示内含子 ;灰色阴影表示同源序列
图 5 NINs 基因内含子-外显子结构图
生物技术通报 Biotechnology Bulletin 2014年第12期152
序列,内含子 1 和内含子 3 含有多个顺式作用元件,
可能在启动或诱导 SoNIN1 基因表达中起作用。植物
中性 / 碱性转化酶可以分为两个亚类,I 类基因结构
主要是 4 个外显子和 3 个内含子组成,少数为 5 个
外显子和 4 个内含子组成,而 II 类是 6 个外显子和
5 个内含子组成。
参 考 文 献
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(责任编辑 马鑫)