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Cloning and over-expression of protease gene from Bacillus cereus WQ9-2 in Bacillus subtilis

蜡样芽胞杆菌蛋白酶的克隆及在枯草芽胞杆菌系统中的高效表达



全 文 :第 13卷第 3期
2015年 5月
生  物  加  工  过  程
Chinese Journal of Bioprocess Engineering
Vol􀆰 13 No􀆰 3
May 2015
doi:10􀆰 3969 / j􀆰 issn􀆰 1672-3678􀆰 2015􀆰 03􀆰 004
收稿日期:2014-05-06
基金项目:国家高技术研究发展计划(863计划)重大项目(2012AA022205);国家重点基础研究发展计划(973计划)(2011CB710800)
作者简介:承龙飞(1988—),男,江苏宜兴人,硕士研究生,研究方向:生物化工;何冰芳(联系人),教授,博士生导师,E⁃mail:bingfanghe@ njtech.edu.cn
蜡样芽胞杆菌蛋白酶的克隆及在枯草芽胞杆菌
系统中的高效表达
承龙飞,朱富成,刘可可,何冰芳
(南京工业大学 生物与制药工程学院, 江苏 南京 211800)
摘  要:基于来源于 Bacillus cereus WQ9 2 的耐有机溶剂蛋白酶 WQ 的液相色谱 双质谱(LC MS MS)分析结
果,设计引物,克隆耐有机溶剂蛋白酶WQ的基因,测序分析表明该蛋白酶的开放阅读框(ORF)大小为 1 701 bp,编
码 566个氨基酸,其中含有信号肽(28个氨基酸)、前肽(220 个氨基酸)及成熟肽序列(含 954 bp 编码 318 个氨基
酸),相对分子质量约为 3􀆰 7×104。 将不带自身信号肽的蛋白酶基因 aprWQ插入穿梭质粒 pMA5中,构建了表达载
体 pMA5 / aprWQ。 该表达载体导入枯草芽胞杆菌 WB600中获得阳性重组子 WB600 pMA5 / aprWQ,通过优化培养
基成分以及培养条件,重组子发酵产蛋白酶体积酶活达到 17 400 U / mL,约为高产野生菌产酶量的 5倍。 重组蛋白
酶在多种有机溶剂(体积分数为 50%)中表现出了良好的耐受性,验证了重组菌表达的蛋白酶与来源于 B􀆰 cereus
WQ9 2的耐有机溶剂蛋白酶性质一致,该耐有机溶剂蛋白酶的高效表达为进一步发挥其高效生物催化作用等实
际应用奠定了基础。
关键词:耐有机溶剂蛋白酶;枯草芽胞杆菌;高表达;发酵优化
中图分类号:Q786        文献标志码:A        文章编号:1672-3678(2015)03-0020-06
Cloning and over⁃expression of protease gene from Bacillus cereus
WQ9⁃2 in Bacillus subtilis
CHENG Longfei,ZHU Fucheng,LIU Keke,HE Bingfang
(College of Biotechnology and Pharmaceutical Engineering,Nanjing Tech University,Nanjing 211800,China)
Abstract:Based on the liquid chromatography⁃mass⁃mass spectrometry (LC⁃MS⁃MS) analysis of trypsin⁃
digested protein fragments of the solvent⁃stable protease WQ from a solvent⁃stable strain Bacillus cereus
WQ9⁃2,solvent⁃stable protease gene was successfully cloned. The gene contains an open reading frame of
1 701 bp,encoding a pre⁃pro⁃protein enzyme of 566 amino acids(28⁃aa pre⁃signal peptide,220⁃aa pro⁃
peptide and 318⁃aa mature protein with the molecular mass of 3􀆰 7×104). The expression plasmid pMA5 /
aprWQ was constructed by inserting the aprWQ gene into the vector pMA5 without native signal peptide
sequence. The maximum concentration of the recombinant protease was 17 400 U / mL,5 fold higher than
the natural production level.Molecular weight,tolerance in organic solvent of recombinant solvent⁃stable
protease was identical to the native protease. The findings provides the basis for further expansion of the
catalytic applications of organic solvent⁃stable protease.
Keywords:solvent⁃stable protease; Bacillus subtilis; over⁃expression; fermentation optimization
    蛋白酶广泛应用于食品、制药、纺织等领域,在世
界酶类销售市场中占有主要地位[1-2]。 蛋白酶为典
型的水解酶,通常在水相中催化肽链水解反应,而在
非水相中,往往其逆反应占主导地位,能够催化肽链
的合成[3-4]。 利用蛋白酶进行有机相催化反应有诸
多优势:使水解反应的热力学平衡转向合成反应,抑
制不良反应的进行,提高底物溶解度和改变底物特异
性等。 然而,大多数蛋白酶在高浓度亲水性有机溶剂
中易于失活、酶活力低、稳定性差,限制了蛋白酶在有
机相催化中的应用[5-6]。 耐有机溶剂蛋白酶能耐受
高浓度的亲水性有机溶剂,可应用于催化肽合成以及
手性药物拆分等反应[7]。
近年来,耐有机溶剂蛋白酶不断地被发现和开
发,多数耐有机溶剂蛋白酶来自于极端微生物,并
且以 Pseudomonas 属和 Bacillus 属细菌居多[8-13]。
然而大多数的极端微生物产酶能力弱,限制了这类
高性能的耐有机溶剂蛋白酶的使用。 为了进一步
开发并拓宽这类酶的应用,基因工程的方法是一种
有效的手段。 Ogino等[14]筛选到了 1 株耐有机溶剂
蛋白酶产生菌 Pseudomonas aeruginosa PST 01,并
在大肠杆菌宿主中对 PST 01 蛋白酶进行了克隆
表达,但表达的酶产量较低,限制了进一步应用。
笔者所在课题组在前期研究中筛选到 1株产耐
有机溶剂蛋白酶菌株 Bacillus cereus WQ9 2[15],该
菌所产耐有机溶剂蛋白酶对广泛 Log P 值的亲水性
以及疏水性有机溶剂具有很好的耐受性,该酶在有
机相中能有效催化内吗啡肽 1[16]、内吗啡肽 2[17]
以及水凝胶[18]等产物的合成。 尽管野生型菌株所
产蛋白酶产量已达到 3 500 U / mL,但仍然难以满足
后续开发应用的需求,因此,笔者进一步研究耐有
机溶剂蛋白酶 WQ的克隆及表达,以期通过优化提
高耐有机溶剂蛋白酶的产量,使其更有利于实际应
用与开发。
1  材料与方法
1􀆰 1  菌株与质粒
耐有机溶剂蛋白酶产生菌为 Bacillus cereus
WQ9 2,由笔者所在课题组分离筛选并寄存于中国
典型 菌 种 保 藏 中 心 (保 藏 登 记 号 为 CCTCC
No􀆰 M2010010)。 克隆宿主 Escherichi coli DH5α 保
存于笔者所在实验室,穿梭载体 pMA5 以及枯草芽
胞杆菌宿主 WB600 由江南大学周哲敏教授
惠赠[19]。
1􀆰 2  实验材料
1􀆰 2􀆰 1  培养基
LB 培养基[20] ( g / L):蛋白胨 10、酵母粉 5、
NaCl 10。
LB牛奶平板培养基:LB 培养基中添加质量分
数 1%的脱脂奶粉以及 1􀆰 5%的琼脂粉,脱脂奶粉混
悬液分开灭菌后,按照比例混合。
Superrich 改善培养基[21]( g / L):酵母粉 20、胰
蛋白胨 25、KH2 PO4 3、 MnSO4 0􀆰 1、酪蛋白水解物
10、葡萄糖 30。
培养基均在 121 ℃灭菌 20 min,1%脱脂奶粉溶
液在 115 ℃下灭菌 20 min。
1􀆰 2􀆰 2  试剂以及工具酶
有机溶剂购买于国药集团药业股份有限公司;
DNA Marker、pfu DNA聚合酶、限制性内切酶Sal Ⅰ、
BamH Ⅰ、T4 DNA连接酶、质粒提取试剂盒、胶回收
试剂盒购于宝生物工程有限公司(TaKaRa);PCR引
物由上海英骏生物技术有限公司合成;其余试剂和
药品均为进口或国产分析纯。
1􀆰 3  蛋白酶基因的克隆和表达载体 pMA5 /
aprWQ的构建
    Bacillus cereus WQ9 2 所产蛋白酶分离纯化
后,经 SDS PAGE 分析,切下所示蛋白条带送至
国家医学分析中心进行氨基酸测序,并进行液相
色谱 双质谱(LC MS MS)分析,通过序列比对,
参考相似度最高的蛋白酶的氨基酸序列设计扩增
引物,并经过测序确定了该蛋白酶的基因 aprWQ
的序列[22] 。
笔者采用载体 pMA5 自带信号肽序列,因此去
除蛋白酶基因自带信号肽,表达引物分别引入 SalI
和 BamHI酶切位点(下划线部分):F:5′ GGGGT⁃
CGACTCTAAAAATGTTCTCTCT 3′;R:5′ GGG⁃
GGGATCCTTAGTTTATACCAACA 3′。 克隆产物
aprWQ基因经两酶切割后插入相同酶切的载体
pMA5 中,经 T4 连接酶连接后得到表达载体
pMA5 / aprWQ。 最后,重组质粒 pMA5 / aprWQ经双
酶切验证阳性克隆。
1􀆰 4  重组菌WB600 pMA5 / aprWQ的构建
将重组质粒 pMA5 / aprWQ 导入枯草芽胞杆菌
WB600感受态中,涂布于含 50 μg / mL 的卡那霉素
LB牛奶平板培养基,挑取周边有显著透明圈的转化
子,提取质粒 pMA5 / aprWQ 送至公司进行测序
验证。
12  第 3期 承龙飞等:蜡样芽胞杆菌蛋白酶的克隆及在枯草芽胞杆菌系统中的高效表达
1􀆰 5  蛋白酶WQ在重组菌中的表达以及表达条件
的优化
    将重组菌与含空质粒 pMA5 的 WB600 菌株接
入含 50 μg / mL 的卡那霉素的 LB 培养基中,在 37
℃、180 r / min 条件下过夜培养。 以 2%的接种量接
入 50 mL含 50 μg / mL的卡那霉素的 Superrich改善
培养基中,于 37 ℃、180 r / min 条件下培养,每 24 h
取样 1 次测蛋白酶酶活以及菌体生物量(OD660)。
为了进一步提高重组菌的产酶能力,考察培养基的
不同初始 pH、培养温度以及培养基成分对表达酶活
的影响。
1)蛋白酶活力测定   参照文献[23]方法。 酶
活定义:在 40 ℃、pH8􀆰 0条件下,每分钟催化酪蛋白
底物水解产生 1 μg 酪氨酸所需要的酶量为 1 个酶
活单位,即 1 U。
2)相对酶活  在发酵优化过程中,以相同因素
下每次发酵最高的酶活力为 100%,其他发酵情况
下酶活与最高酶活的比例。
1􀆰 6  蛋白酶有机溶剂耐受性的检测
将酶液加入到等体积的有机溶剂中,亲水性有
机溶剂选取二甲基亚砜 (DMSO)、二甲基甲酰胺
(DMF)和乙醇等,疏水性有机溶剂选取环己烷、甲
苯等,对照组为无菌水,在 37 ℃、180 r / min 条件下
振荡 24 h后,检测蛋白酶的残余活力。
2  结果与讨论
2􀆰 1  目的蛋白酶基因的克隆
蛋白酶 WQ9 2 经水解后的多肽片段经 LC /
MS / MS分析获得部分氨基酸序列,通过序列比对,
发现蛋白酶 WQ9 2 与 Bacillus cereus 分泌的中性
蛋白酶(gi | 76364030)的氨基酸序列具有最高的相
似性,叠合片段为 SLNTTLSGSSYYLQDNTRGATIF⁃
TYDAK,NSINGAGAPLK,PDWEIGEDIYTPGK。
根据该中性蛋白酶基因序列进行扩增引物的
设计,以本研究自行筛选的蜡样芽胞杆菌 WQ9 2
的基因组为模板,对蛋白酶基因 aprWQ 进行扩增,
经测序表明扩增产物编码基因开放阅读框(ORF)
为 1 701 bp,包含信号肽、前肽序列及成熟肽 3 部
分,编码 566个氨基酸,其中含有信号肽(28 个氨基
酸)、前肽(220个氨基酸)及成熟肽序列(含 954 bp
编码 318 个氨基酸),相对分子质量约为 3􀆰 7×104,
将该序列提交 GenBank 进行 BLAST分析,发现其与
蜡样芽胞杆菌 Bacillus cereus ATCC14579 的芽胞菌
粘素基因同源性为 92%。
2􀆰 2  表达载体及重组菌 WB600 pMA5 / aprWQ
的构建结果
    去除蛋白酶 WQ 自带信号肽,设计分别带有
Sal I和 BamH I 酶切位点的引物,扩增产物经双酶
切后插入到载体 pMA5 中得到 pMA5 / aprWQ 重组
质粒,其构建图见图 1。 重组质粒导入枯草芽胞杆
菌 WB600中得到重组菌 WB600 pMA5 / aprWQ,重
组子培养 24 h后菌落周围有明显的透明圈,表明重
组子有较高的蛋白酶活力。
图 1  重组质粒 pMA5 / aprWQ的物理图谱
Fig􀆰 1  Physical map of recombinant plasmid
pMA5 / aprWQ
图 2  重组菌的生长与产酶曲线
Fig􀆰 2  Cell growth curves and protease production
of recombinant strain
2􀆰 3  蛋白酶WQ基因表达以及表达条件优化
重组菌WB600 pMA5 / aprWQ发酵上清液蛋白
酶活力以及菌体生长曲线见图 2。 由图 2可知:对照
组重组菌 WB600 pMA5 发酵后未检测到蛋白酶酶
活,重组菌WB600 pMA5 / aprWQ在发酵72 h时酶活
达到 3 772 U / mL,已经超过了野生型蜡样芽胞杆菌
WQ9 2的产酶水平(3 500 U / mL) [15]。 这表明该菌
在大量表达蛋白酶后菌体量迅速下降,推测有溶融现
22 生  物  加  工  过  程    第 13卷 
象,重组菌的菌体生物量较低,表明有较大的优化提
升空间。
2􀆰 3􀆰 1  发酵碳源对重组菌产酶的影响
在 Superrich改善培养基中,葡萄糖质量浓度为
30 g / L,占碳源比例较大,且葡萄糖代谢较易产酸。
因此,考察不同碳源(蔗糖、甘油、糊精、玉米粉)替
代葡萄糖对发酵产酶的影响,结果见图 3。 由图 3
可知:使用玉米粉作为碳源时显著促进菌体生长与
产酶,菌体生长旺盛,菌体生物量最高,此时菌体生
物量约为以葡萄糖(对照)为碳源条件下的 2􀆰 1 倍,
且酶活为对照的 3􀆰 5 倍。 因此,选择玉米粉作为碳
源进行后续优化。
图 3  碳源对重组菌产酶的影响
Fig􀆰 3  Effects of carbon sources on protease
production of recombinant strain
图 4  氮源对重组菌产酶的影响
Fig􀆰 4  Effects of nitrogen sources on protease
production of recombinant strain
2􀆰 3􀆰 2  发酵氮源对重组菌发酵产酶的影响
氮源是发酵产酶的关键因素,在 Superrich 改善
培养基中,氮源加入量为 10 g / L,其中氮源酪蛋白水
解物成本较高,考察不同氮源(棉酚蛋白、豆粕粉、
豆饼粉和尿素)替代酪蛋白水解物对发酵产酶的影
响,结果见图 4。 由图 4可知:添加酪蛋白水解物时
重组菌的产酶量最高,豆粕粉、豆饼粉和棉酚蛋白
均有促进菌体生长的作用,但发酵液中酶产量较
低。 尿素作为无机氮源替代氮源时,菌体生长较
差,但是产酶效果与酪蛋白水解物相近,考虑到生
产成本原因,选用无机氮源尿素替代酪蛋白水解物
进行发酵产酶。
进一步优化酵母粉和尿素 2种氮源质量比对发
酵产酶的影响,结果见图 5。 由图 5 可知:在两者比
例为 2 ∶ 1和 3 ∶ 1时,重组菌产酶量均较高,达到
17 000 U / mL左右。 考虑到成本问题,选择酵母和
尿素两者为 2 ∶ 1的氮源比例。
图 5  氮源比例对重组菌产酶的影响
Fig􀆰 5  Effects of the proportion of nitrogen sources on
protease production of recombinant strain
2􀆰 3􀆰 3  发酵温度及培养基初始 pH 对重组菌发酵
产酶的影响
图 6 为发酵温度对重组菌发酵产酶的影响结
果。 由图 6可知:重组菌在 30 ℃下利于菌体生长,
但酶活较低;而在发酵温度 37 ℃下,重组菌发酵后
产酶效果较好。 因此,选用 37 ℃作为培养条件进行
后续优化。
图 6  温度对重组菌产酶的影响
Fig􀆰 6  Effects of temperatures on protease
production of recombinant strain
图 7是培养基初始 pH 对重组菌发酵产酶的影
响结果。 由图 7可知:该重组菌在 pH 8􀆰 0时有利于
菌体生长,而在初始 pH 7􀆰 0、 7􀆰 5、8􀆰 0 及 8􀆰 5 条件
32  第 3期 承龙飞等:蜡样芽胞杆菌蛋白酶的克隆及在枯草芽胞杆菌系统中的高效表达
下对重组菌的发酵产酶均较适宜,该培养基初始 pH
为 7􀆰 4,因此可以采用不调节 pH 直接进行发酵
培养。
图 7  初始 pH对重组菌产酶的影响
Fig􀆰 7  Effects of medium initial pH on protease
production of recombinant strain
2􀆰 4  优化后重组菌的发酵产酶曲线
优化后重组菌 WB600 pMA5 / aprWQ 的产酶
曲线见图 8。 由图 8 可知:重组菌发酵 24 h 内开始
产酶,到 72 h时菌体快速生长且达到最高产酶量 17
400 U / mL,约为 Bacillus cereus WQ9 2 菌产酶量的
5倍。 与优化前比较,产酶量显著增加,为实现该酶
的扩大化应用生产奠定了基础。
图 8  重组菌在优化培养基中生长曲线
Fig􀆰 8  Growth curves and protease production of
recombinant strain in optimized medium
2􀆰 5  重组菌表达产物有机溶剂耐受性及 SDS
PAGE分析
2􀆰 5􀆰 1  表达蛋白酶的有机溶剂耐受性
重组蛋白酶在有机溶剂中(体积分数 50%)的
耐受性见表 1。 由表 1 可知:该重组蛋白酶在有机
溶剂中显示了很好的耐受性,亲水性有机溶剂
DMSO、甘油以及疏水性有机溶剂正辛烷、环己烷、
己烷、甲苯对该酶有促进作用,在上述有机溶剂中
放置 24 h后显示了一定程度的激活现象,而亲水性
有机溶剂 DMF和乙醇对该酶有一定的影响,重组菌
表达的蛋白酶与野生菌产生的蛋白酶的溶剂耐受
性基本一致,其微量差异可能是溶剂体系中蛋白酶
的含量差异所致。
表 1  表达蛋白酶WQ的有机溶剂耐受性
Table 1  Tolerance in organic solvent of recombinant
protease WQ
有机溶剂 Log P 重组蛋白酶相对酶活 / %
野生蛋白酶
相对酶活 / % [15]
对照 — 100 100
正辛烷 4􀆰 5 107 105
己烷 3􀆰 5 104 104
环己烷 3􀆰 2 105 104
甲苯 2􀆰 5 101 101
乙醇 -0􀆰 24 69 60
DMF -1 61 35
DMSO -1􀆰 35 133 103
甘油 -1􀆰 76 133 168
2􀆰 5􀆰 2  SDS PAGE分析
M—标准蛋白; 1—重组菌 WB600 pMA5 / aprWQ发酵上清液;
2—WB600 pMA5发酵上清液
图 9  发酵上清的 SDS PAGE电泳图谱
Fig􀆰 9  SDS⁃PAGE analysis of recombinant strain
取重组菌 WB600 pMA5 / aprWQ 以及含空质
粒的 WB600 pMA5 (对照)的发酵上清液进行
SDS PAGE蛋白电泳,结果见图 9。 由图 9 可知:重
组菌 WB600 pMA5 / aprWQ 发酵上清酶液在3􀆰 7×
104处有 1条明显的条带,发酵酶液的条带位置与前
期研究中 Bacillus cereus WQ9 2所分泌蛋白酶的相
对分子质量一致,说明重组酶与野生酶成熟肽的大
小一致,并且重组菌在表达过程中自行剪切前肽成
为成熟的蛋白酶WQ,而对照组在 3􀆰 7×104处没有相
42 生  物  加  工  过  程    第 13卷 
应条带。 以上分析进一步验证了重组菌高效表达
的蛋白酶,即为目标蛋白酶 WQ。
3  结论
克隆了 Bacillus cereus WQ9 2的耐有机溶剂蛋
白酶基因 aprWQ,构建了表达载体 pMA5 / aprWQ 并
在枯草芽胞杆菌 WB600中实现了分泌表达,通过对
重组菌 WB600 pMA5 / aprWQ 表达条件的优化调
整了 Superrich培养基中碳氮源及培养条件,在 37
℃下重组菌发酵产酶量最高可达 17 400 U / mL,约
为野生菌产酶的 5 倍,表明达到了高效分泌表达。
有机溶剂耐受性实验表明蛋白酶WQ在亲水性以及
疏水性有机溶剂中均有良好的耐受性,与本实验室
前期研究的野生型蛋白酶WQ耐受性基本一致。 该
耐有机溶剂蛋白酶的高效表达为进一步发挥其高
效生物催化作用等实际应用奠定了基础。
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(责任编辑  荀志金)
52  第 3期 承龙飞等:蜡样芽胞杆菌蛋白酶的克隆及在枯草芽胞杆菌系统中的高效表达