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Tetrahymena thermophila: a valuable model for the study of functional genomics

嗜热四膜虫——具有发展潜力的功能基因组学研究模型



全 文 :生命科学
Chinese Bulletin of Life Sciences
第 18卷 第 5期
2006年 10月
Vol. 18, No. 5
Oct., 2006
嗜热四膜虫——具有发展潜力的功能基因组学
研究模型
杨秋峰,刘永杰*
(南京农业大学动物疫病与免疫重点开放实验室,南京 210095)
摘 要:在真核生物的分子生物学和遗传学研究方面,纤毛类原生动物嗜热四膜虫(T e t r a h y m e n a
thermophila)已经被证明是一种有价值的生物学模型。通过对它的研究,人们发现并且掌握了核酶的分
子机制、RNA的自我拼接、端粒的结构和功能、DNA 序列重组等机理。这种原生动物的基因组功能
分别由两个细胞核执行,即二倍体的小核与生殖过程有关,而多倍体的大核决定细胞的基因转录,并
为转化基因的表达提供了强有力的手段。
关键词:嗜热四膜虫;功能基因组学;表达体系
中图分类号:Q959.117; Q95-33  文献标识码:A
Tetrahymena thermophila: a valuable model for the study of
functional genomics
YANG Qiu-Feng, LIU Yong-Jie*
(College of Veterinary Medicine, Nanjing Agricultural University, Nanjing 210095, China)
Abstract: Tetrahymena thermophila has been proven to be a valuable biological model for molecular and genetic
studies of eukaryotic cells. Some investigations on the ciliated protozoan have provided the insights into the
mechanism of ribozymes, self-splicing RNA, telomere structure and function, DNA sequence reorganization
and so on. Compartmentalization of the genome into two functionally distinct nuclei, the silent micronucleus
and the transcriptionally active macronucleus, provides a powerful means for controlling the expression of
transgenes.
Key words: Tetrahymena thermophila; functional genomics; expression systems
文章编号 :1004-0374(2006)05-0447-05
收稿日期:2006-02-04;修回日期:2006-03-10
基金项目:国家自然科学基金(304 0033 2);江苏省自然科学基金创新人才项目(BK200 341 7)
作者简介:杨秋峰( 1 9 7 9 —),男,硕士研究生;刘永杰( 1 9 7 2 —),女,博士,副教授,* 通讯作者。
四膜虫(Tetrahymena)是一种纤毛类原生动物,
躯体呈现前窄后宽的形态。口的周围有一个波动
膜,内部有三个小膜,因此人们将其命名为四膜
虫。四膜虫广泛存在于淡水环境中,易于繁殖,每
2h~3h繁殖一代。现在研究较多的主要有嗜热四膜
虫(T. thermophila)和梨形四膜虫(T. pyriformis)。嗜
热四膜虫主要用于分子生物学和遗传学的研究;而
梨形四膜虫主要应用在环境毒理学方面。
1 四膜虫的分子结构
四膜虫与其他纤毛类原生动物一样,含有两个
结构和功能不同的细胞核,即具有核的二形性:一
个是体细胞大核,另一个是决定其品系的小核[1]。
大核是多倍体的,与体细胞基因表达有关;小核却
是二倍体的,在生长发育阶段处于静默状态。大核
执行转录功能;而小核执行有丝分裂相关的功能。
因此,四膜虫为转录活性和有丝分裂的研究提供了
·评述与综述 ·
448 生命科学 第18卷
丰富的资源。四膜虫的细胞核里含有一种编码rRNA
的DNA(rRNA-encoding DNA, rDNA)。 rDNA游离
存在于染色体的外部,每一个嗜热四膜虫大核中大
约含有 10 000个相同拷贝的 rDNA分子,它是在大
核形成过程中由单一拷贝的小核 rDNA复制而成
的,位于大核染色体外的回文二聚体[2]。因此,rDNA
分子的同源性很高,没有外源基因的插入,从而使
它可以作为基因工程的良好材料。rDNA位于核内自
主复制的DNA上,长度大约是 21kb[3]。新的大核
和小核是由处于接合期二倍体小核发育而来。大核
的发育包括片断化、重组、部分消除以及合子基因
组的内源复制[2]。在生长发育的细胞里,大部分转
录活动发生在大核里。rDNA不同的遗传等位基因
表现出不同的复制特点。当不同的 rDNA等位基因
进行比较时,序列的差异会显示出来。这些重复的
保守序列主要位于 5-非转录区(5-NTS)的复制原点[4]。
因此,这些序列被推测是复制的阳性调控因子。
纤毛类原生动物嗜热四膜虫在真核生物的分子
生物学和遗传学方面,已经被证明是一种值得研究
的生物学体系。通过对嗜热四膜虫的研究,科学家
们已经阐明了核酶的分子机制、RNA的自我拼接、
端粒的结构和功能、DNA的重组以及组蛋白的功能
与进化。在细胞的基本生物过程方面,已经研究了
胞吐、胞吞、细胞形状和大小、表面抗原的温控
表达以及纤毛的生物起源等。
2 核酶及RNA自我拼接的发现
2.1 核酶的发现 1981年,Cech 在研究嗜热四膜
虫 rRNA前体拼接时,发现了 26S rRNA的自我拼
接现象。接下来发现被自我剪切下来的内含子,能
够像DNA内切酶一样,将其他 RNA分子的序列切
割下来,Cech将这种具有催化功能的 RNA命名为
ribozyme(核酶)。核酶的发现是生物学领域里一个
重大突破,打破了人们固有的观念“酶都是由蛋白
质组成的”。在四膜虫 rRNA 前体自我拼接之后,
被切下来的内含子RNA经历了一系列RNA介导的环
化和位点专一的水解反应。最后的产物L-19内含子
RNA是一个线性分子,并且失去了原内含子的前19
个核苷酸[5]。L-19没有进一步反应说明其分子上所
有潜在反应位点都能够到达其作用部位。Cech等人
将寡聚核苷酸作为L-19的底物进行反应,发现每一个
内含子都能够使许多寡聚核苷酸连接起来。因此,L-
19内含子 RNA是一个真正的酶。研究发现 L-19不
但能够作用于较大的RNA分子,而且还能够作用于
简单的寡聚核苷酸,例如 p C 5 (五个串联的胞苷
酸 ) 。
2.2 RNA自我拼接的作用机制 RNA的自我拼接主
要包括 I群自我拼接(group I self-splicing)、II群自
我拼接(group II self-splicing)、核mRNA的拼接体
参与的拼接(nuclear mRNA spliceosomal splicing)、核
tRNA的酶促拼接(nuclear tRNA enzymatic splicing)。
嗜热四膜虫的自我拼接属于 I群自我拼接,其
大核中的rDNA分子是由小核单一拷贝的rDNA扩增
而来,因而大核中 rDNA是高度同源的。它的转录
产物是相同的,均为 rRNA前体 35S rRNA。35S
rRNA由 6 400个核苷酸组成,经过自我拼接生成
17S、5.8S以及 26S rRNA。嗜热四膜虫的26S rRNA
基因中含有一个内含子,其长度为 413 bp,这个
26S rRNA需要自我拼接来切掉这个内含子。在这一
过程中不需要蛋白酶的催化,也不需要能量,在 1
价、2价阳离子和鸟苷的参与下,26S rRNA就可
以利用这个内含子进行自我拼接。在RNA自我拼接
时,RNA分子折叠的结构介导了专一的剪切 -连接
反应。自我拼接证明了分子内催化的各种反应参数
高于基础化学反应参数。自我拼接反应是高度专一
的,主要表现在四膜虫 rRNA前体及其他含有Ⅰ群
内含子的RNA进行自我拼接时,只选择自由的鸟苷
酸作为底物[8],而且切割 -连接反应介导了一系列的
拼接、环化、反向环化反应,意味着活性位点在
每个反应中是保守的。
I群内含子具有一个保守核心区,其中含有拼接
的活性位点。核心区的序列被组织成两个螺旋状的
结构域,包含成对的区域:P4-P5-P6,P3-P7-P9。
Ohuchi等[6~7]发现P3-P9结构域单独的具有部分催化
活性。Adams等[8]阐明了细菌 I群拼接复合物的初级
结构,在其中的活性位点包含有两个金属离子,在
拼接的第二步之前这种复合物处于模仿构象的状态,
而且四个脱氧核糖替代物邻近于拼接位点。5外显
子产物复合物带有一个 3核糖的结构提供给内含子
三级结构一些附加元件,其中包括外周结构域的初
级环状结构[9]。稳定的突变使人们获得了更优良的
四膜虫核酶模型,即 I群内含子。新的结构揭示了
鸟苷结合位点和内部结构域的相互作用[10]。Adams
等[11]通过研究内含子的结构模型阐明了一些RNA四
级结构特点:首先,碱基同轴的排列成螺旋,形
成螺旋接合部和鸟苷结合位点;其次,小沟与未成
对的腺苷接触形成螺旋——螺旋堆集;再次,未配
对的接头通过碱基三倍体与螺旋接合部结合到一
起。I群内含子的分级组装机制对于 RNA自我组装
449第5期 杨秋峰,等:嗜热四膜虫——具有发展潜力的功能基因组学研究模型
原则和生物技术的应用都是很重要的,寡聚核酸和
小分子阻断了 I群内含子的折叠,从而抑制了它的
生长,为生物制药提供了广阔的前景[12~ 14]。
3 四膜虫体内端粒和端粒酶的首次发现
美国加州大学的 Elizebeth H. Blackburn教授在
20世纪 70年代末对四膜虫进行研究时,首次用化
学方法测定了四膜虫的端粒序列。Blackburn在端粒
的结构和功能、端粒酶的作用机制方面作了一系列
研究,并取得了巨大成就。嗜热四膜虫作为一种实
验材料在这一过程中有着不可替代的作用。
3.1 端粒的结构和功能 端粒的发现解释了真核生
物线性染色体在复制后,怎样解决 5 端的缺失问
题。原核生物的染色体是环状的,其 5 最末端冈
崎片断的 RNA引物被切除后,可由另一半的DNA
链延长而获得补充。然而真核生物的染色体是线性
的,无法像原核生物那样补充 5 末端的空缺。真
核生物利用其特有的端粒来解决这一问题。端粒在
端粒酶的作用下外加重复单位到 5末端,从而使 5
末端保持长度不变。端粒DNA序列和结构在不同种
类的真核生物中是相似的。端粒DNA是由单一重复
序列组成。四膜虫的重复序列是GGGGTT/CCCCAA,
GGGGTT简称G链,互补序列CCCCAA简称C链;
脊椎动物的重复序列是AGGGTT;疟原虫的重复单
位是AGGGTT(C/T)[15]。这一简单的序列DNA构成
了终端区域。在四膜虫和酵母中,这个区域由几百
个碱基组成;在脊椎动物里由数千个碱基组成。它
们对于维持稳定的端粒结构已经足够了。
四膜虫的端粒具有较长的重复序列,一般大于
300bp。端粒双螺旋组装为非核小体,但四膜虫的
端粒DNA中也有 3%~10%包装成空间窄小的核小
体,这与酵母中端粒相关序列相似。在端粒很短的
人类细胞,也有类似的情况。然而,对于具有长
端粒的细胞,如小鼠、大鼠和人的一些细胞,其
端粒重复序列包装成传统的核小体形式。人们从中
等长度或较长端粒的生物细胞内鉴定出端粒末端结
合蛋白质的存在,表明一种特殊的加帽结构(与下
毛亚目相似的端体)是端粒染色质保守的特征[16]。
如果除去蛋白质,天然的端粒在特定的离子浓度下
可以结合在一起,这说明端粒重复序列具有形成特
殊结构的能力。经过试验证明G链悬突形成的特殊
结构介导了这一过程[17]。端粒序列形成的G链四螺
旋有多种形式,组成了一个相关结构家族,包括单
体四连体、发卡二聚体和平行四连体。四膜虫端粒
序列 C链寡聚核苷酸能够形成分子内和分子间 i-基
序(i:insert)DNA结构,这种双螺旋结构以 C•C+(C+
是胞嘧啶结合H+所形成的质子型,胞嘧啶与胞嘧啶
质子型通过三个氢键结合,从而形成了插入DNA-i
基序)碱基配对,而形成了稳定的结构,该结构的
形成要求有略带酸性的环境。
3.2 端粒酶的作用机制 端粒中富含G的肽链是由
端粒酶合成的。通过对四膜虫和人类游离细胞的研
究,阐明了端粒酶的作用机制。四膜虫的端粒酶
RNA序列包含一个 5-CAACCCCAA-3的序列,这
一序列与端粒的重复单位是互补的[18]。体外试验证
明这一互补的RNA序列可以作为端粒的富含G的一
条链合成时的模板。研究人员通过对四膜虫基因组
的定点突变,证明了5-CAACCCCAA-3是端粒的模
板。突变的端粒酶RNA基因被转化到嗜热四膜虫大
核内,表达出来的端粒与突变的模板是相互对应
的。端粒酶因此被定义为一种非同寻常的核糖蛋白
反转录酶,它的RNA模板是其酶本身的一个内在部
分。通过对四膜虫端粒酶RNA体内突变证明了端粒
酶对于四膜虫保持长期的活力和稳定的长度是必不
可少的。人们应用突变的四膜虫端粒酶基因来监测
端粒酶的体内活动。在嗜热四膜虫中表达一个特定
的端粒酶RNA突变基因,足以导致大量阴性表型的
出现,其特点就是端粒的长度缩短。因此,这一
结论间接地揭示了四膜虫端粒酶的作用机制,也为
其他真核生物的端粒酶能够修复损伤的端粒提供了
前期证明,其机制是相似的,就是将端粒直接添加
到损伤的末端。
典型的四膜虫端粒酶反应需要细胞提取物、端
粒引物、缓冲液(含镁离子)、d TTP 和 d GTP。d GTP
通常用 P32标记以观察产物,也可以标记 d TTP,但
由于 d GTP的 Km远低于 d TTP,所以用[P32] d GTP
可以获得更高的特异活性。四膜虫端粒酶所合成的
碱基序列有几百个核苷酸组成,测序凝胶上可见六
碱基重复图形,此图形是六碱基重复序列在某一特
定位点的暂停或链终止产生的结果。用RNA酶和微
球菌核酸酶预处理提取物都使端粒酶活性丧失,说
明端粒酶含有必须的RNA组分,端粒酶与染色体末
端结合,d(TTGGGG)与 RNA模板区形成碱基对,
然后端粒通过在 3端添加TTG而延伸,随后经过一
个移位步骤把端粒DNA重新置于RNA模板的适当位
置,使得 TTG又形成碱基对,进行新的一轮延伸。
端粒酶的RNA组分基因的突变分析巧妙地证明了端
粒酶在体内负责端粒的合成。在端粒酶RNA基因的
CAACCCCAA区域进行了几种单个核苷酸的改变,
450 生命科学 第18卷
然后重新导入四膜虫细胞中。端粒酶RNA模板突变
体除了导致端粒序列的变化外,还产生许多有趣的
表型。在含有突变基因的细胞中端粒长度的调节也
发生了改变。除了在染色体末端添加序列之外,端
粒酶在体内还能通过在断裂的片断末端加上端粒序
列而使染色体长度不变。在体内,端粒与特异的端
粒结合蛋白相互作用,并且端粒延伸可能与其他端
粒加工过程竞争。所有这些过程都影响染色体末端
的突变型和野生型端粒重复序列的最终组合方式。
4 嗜热四膜虫作为表达体系的应用
异种体系表达蛋白已经成为一个重要的分子生
物学研究工具。它能够提供丰富的产物,并且表达
蛋白与原始蛋白具有相似的生物学特性。目前应用
的表达宿主主要包括大肠杆菌、酵母、培养的昆虫
以及动物细胞系等。以上表达体系均存在不同程度
的缺陷。大肠杆菌提供了较高水平的蛋白产量,但
是表达的蛋白一般不会形成正确的二硫键,并且缺
少翻译后的修饰[19]; 酵母提供了一些翻译后的修饰,
但是异种蛋白经常是高度糖基化的,并且普遍发生
迅速降解的现象;人工培养的动物细胞尽管能够产
生出具有生物学活性的蛋白,但是较长的生长周
期、较低的产量以及昂贵的培养基限制了它的应
用。嗜热四膜虫能弥补上述缺点,其独特的生物学
特性,使其能够作为理想的表达体系。四膜虫的大
核中大约含有 10 000个 rDNA,它们是由小核中单
一拷贝的 rDNA复制而来,因此这些分子的同源性
很高,为基因的转化提供了理想材料。相对而言,其
他大部分生物的 rDNA分子是多拷贝的,并且整合
在染色体上,其间隔序列也是异质性的,很难进行
基因工程研究。现有的四膜虫体细胞大核转化方法
主要有显微注射法、电穿孔法以及粒子枪传递法。
1986年,Tondravi 和Yao[20]首次应用微注射法
将核糖体RNA基因转化到嗜热四膜虫中去,开创了
应用四膜虫作为表达体系的新时代。嗜热四膜虫大
核中的 rDNA含有复制原点和端粒。rDNA的突变导
致了嗜热四膜虫对巴龙霉素的抗性,将这一具有突
变的 rDNA微注射到一个敏感株的大核内,获得了
1%~ 3%的具有抗性的细胞。转化的细胞拥有一个
与原来不同的并且稳定的表型,而且转化株的
rDNA含有突变的 rDNA序列。Gaertig等[21]对嗜热
四膜虫结合株应用电穿孔法,获得了高频率的转
化。他们让相反交配型的细胞进行接合,然后将含
有巴龙霉素抗性基因的 rDNA应用电穿孔法转化到
接合株中,通过巴龙霉素的筛选,抗性细胞在 2~3d
后出现,最高产出率达到 9 0 0 个转化子 / m g。
Peterson等[19]利用嗜热四膜虫作为表达宿主,稳定
地表达了恶性疟原虫环子孢子蛋白,并且使这一蛋
白定位于四膜虫的表面,为疟疾疫苗的研制奠定了
基础。Bisharyan等[22]利用嗜热四膜虫作为一个重组
疫苗的传递体系,来抵御多子小瓜虫对鱼类的侵
害。他们利用嗜热四膜虫表达了多子小瓜虫的基
因,这一段基因是由镉离子诱导的金属硫蛋白
(metallothioneins, MTTS)启动子控制的。幼鱼在注
射了带有重组基因的嗜热四膜虫转化株后,获得了
强大的保护力,从而能够抵御多子小瓜虫的攻击。
四膜虫能够被转化进高拷贝的自主复制的rDNA
载体以及基因打靶载体。通过改变 DNA转化的周
期,DNA分子能够被定位到三个不同时期的细胞核
内,包括决定细胞系的小核、接合细胞发育中的大
核、细胞分裂期的成熟大核。这三种不同的条件可
以产生不同的产物,从而应用于不同目的。从实践
的观点来看,不同的转化方法能够被结合起来进行
结构和功能的研究,例如细胞系转化可以产生纯合的
缺失突变株,接下来就可以在其发育期进行转化,
来研究某种基因的突变株形式。高拷贝的 rDNA载
体被应用于基因的过量表达和基因的抑制。rDNA
载体已经被创造性地应用于反义核糖体(antisense
ribosomes)的构造,它是一种抑制个体基因表达的
新方法。这种方法有赖于四膜虫核糖体 26S亚基的
发现,这个亚基是修饰核糖体的附加的袢,但并不
影响核糖体的功能。如果这个新袢含有一个基因专
一的反义序列,那么一个重组的反义核糖体就被构
建出来,它能够专一地可依赖地抑制靶向基因的表
达[23]。反义序列必须与靶向基因的 5非编码区(5-
untranslated region,UTR)互补。反义核糖体策略
近来已经被用来在四膜虫体内克隆突变的表型基
因,就是所谓的正向遗传学。尽管有很多的突变株
在过去三十年里被分离和研究,但也没有能够从表
型开始克隆相关基因。反义核糖体的应用使这种想
法变成可能,首先在转化细胞中筛选出完全缺陷或
部分缺陷的表型,从而筛选目的表型,然后以正向
遗传学的方法分离出目的基因。
应用抗生素增加选择压力,可以提高转化的效
率。人们在这方面针对四膜虫的特点也做了很多尝
试。Tondravi等[20]将带有突变的 17S rRNA的载体
转化到嗜热四膜虫中,获得了针对巴龙霉素的抗
性。Kahn等[3]应用新霉素基因片断来转化嗜热四膜
虫,同样获得了巴龙霉素的抗性。Yao和Yao[24]应
451第5期 杨秋峰,等:嗜热四膜虫——具有发展潜力的功能基因组学研究模型
用带有核糖体蛋白 rpL29基因的载体转化嗜热四膜
虫,获得了放线菌酮的抗性。
人们应用基因敲除技术,将一株四膜虫小核的
同源基因敲除,而在另外一株野生型的四膜虫的大
核中具有这种同源基因,这样的两株进行正常交
配,并不能够产生有繁殖力的后代,然而如果将一
种编码有野生株基因或任何关于它的功能突变基因
的质粒转化到这种接合株中,却能够产生有繁殖力
的后代。这种基因“knock-in”策略对于结构功能分
析,又添加了一种重要工具。它提供了一种快速而
又系统的方法去分析相关基因的突变。此外,四膜
虫已经被实验生物学家广泛应用于物理和遗传学图
谱研究以及表达序列 tag文库的大规模测序[25]。
5 结语
在短短的十几年里,研究人员已经使嗜热四膜
虫变成一种重要的功能基因组学研究模型。一系列
针对四膜虫的DNA转化方法已经处于这个领域的领
先地位。这些方法被应用于发现和分析普遍存在的
真核生物规律,例如核酶的分子机制、RNA的自
我拼接、端粒的结构和功能等很多方面。四膜虫的
生物学特点为外源基因的表达提供了强有力的手
段。正向和反向遗传学方法在四膜虫中的应用,必
将为真核生物基因组研究提供一个广阔的未来。
[参 考 文 献]
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