全 文 :第 13卷第 3期
2015年 5月
生 物 加 工 过 程
Chinese Journal of Bioprocess Engineering
Vol 13 No 3
May 2015
doi:10 3969 / j issn 1672-3678 2015 03 008
收稿日期:2014-02-16
基金项目:国家自然科学基金(31070711)
作者简介:张 君(1989—),女,湖南益阳人,硕士研究生,研究方向:酶工程;周哲敏(联系人),教授,E⁃mail:zhmzhou@ jiangnan.edu cn
恶臭假单胞菌腈水合酶 βAla97影响催化
己二腈的区域选择性
张 君,崔文璟,刘 义,崔幼恬,周哲敏
(江南大学 生物工程学院 工业生物技术教育部重点实验室,江苏 无锡 214122)
摘 要:对恶臭假单胞菌(Pseudomonas putida)腈水合酶(PpNHase)催化己二腈进行研究,发现 PpNHase 只能催化
己二腈中 1个氰基生成单酰胺产物 5 氰基戊酰胺,具有区域选择性;睾丸酮丛毛单胞菌(Comamonas testosteroni)腈
水合酶(CtNHase)能催化己二腈直接生成己二酰二胺,不具有催化区域选择性。 为了阐明这一区域选择性差异的
机制,对 CtNHase和 PpNHase β亚基的氨基酸序列进行比对,结果显示同源性为 94 1%,CtNHase 存在 βAla97 缺
失。 基于此分析,构建了 PpNHase β97位 Ala的缺失突变体(ΔAla97)。 利用高效液相色谱检测 ΔAla97催化己二腈
的产物,发现 ΔAla97能将底物完全催化为己二酰二胺,表明 βAla97是影响催化己二腈由 5 氰基戊酰胺向己二酰
二胺转化的关键氨基酸。
关键词:腈水合酶;己二腈;生物催化;区域选择性
中图分类号:Q814;Q78 文献标志码:A 文章编号:1672-3678(2015)03-0041-06
βAla97 of nitrile hydratase from Pseudomonas putida affects
regioselectivity towards adiponitrile
ZHANG Jun,CUI Wenjing,LIU Yi,CUI Youtian,ZHOU Zhemin
(Key Laboratory of Industrial Biotechnology of the Ministry of Education,School of Biotechnology,
Jiangnan University,Wuxi 214122,China)
Abstract:Nitrile hydratase (NHase) from Pseudomonas putida (PpNHase) to catalyzes adiponitrile (a
kind of dinitriles) only to 5⁃cyanopentanamide (monoamide),indicating that only one of the cyano group
was catalyzed to amide whereas the others not This finding demonstrates that PpNHase exhibits catalyzing
regioselectivity On the other hand,NHase derived from Comamonas testosterone (CtNHase) catalyzes
adiponitrile directely to adipamide (diamide),without catalyzing regioselectivity towards adiponitrile In
order to illustrate the mechanism of regioselectivity of PpNHase towards adiponitrile,alignment of protein
sequence of β subunit between PpNHase and CtNHase was compared Though they shows high homology
( 94 1%), the β subunit of PpNHase has an additional 97 alanine compared to that of the
CtNHase Therefore, a mutant PpNHase with deletion of Ala97 ( ΔAla97 ) was constructed High⁃
performance liquid chromatography ( HPLC ) analysis showed that the mutant ΔAla97 converted
adiponitrile to adipamide completely,indicating that Ala97 locating at the β⁃subunit is the pivotal amino⁃
acid influencing conversion of 5⁃cyanopentanamide to adipamide Those results will be helpful to elucidate
the regioselective mechanism
Keywords:nitrile hydratase;adiponitrile:biocatalysis;regioselectivity
腈 水 合 酶 ( EC 4 2 1 84, nitrile hydratase,
NHase),是一种用来催化腈类物质生成酰胺类物质
的金属酶[1],在自然界中分布广泛,大多产腈水合酶
的微生物为革兰氏阳性菌属,如诺卡氏菌属
(Nocardia)、红球菌属(Rhodococcus)、假棒状杆菌属
(Corynebacterium)、假诺卡氏菌属(Pseudonocardia)、
短杆菌属(Brevibacterium)、产碱杆菌属(Alcaligenes)、
假单 胞 菌 属 ( Pseudomonas ) 和 丛 毛 单 胞 菌 属
(Comamonas)等。 腈水合酶根据活性中心所需辅因
子的不同,一般可以分为钴型腈水合酶[2] (Co
NHase)和铁型腈水合酶[3](Fe NHase)。 恶臭假单
胞菌(Pseudomonas putida)来源的 NHase 为钴型腈水
合酶,成熟酶由 2个 α亚基和 2个 β 亚基构成[4],一
般以 α2β2四聚体形式存在,α亚基和 β亚基的相对分
子质量分别为 2 3×104和 2 41×104 [5],其活性中心
Co2+的摄取依赖编码 β、α 亚基基因(ba)下游 p 基因
的翻译产物 P 亚基,通过自身交换机制来完成[2]。
腈水合酶在工业上主要用来生产烟酰胺[6]及丙烯酰
胺[7],与化学催化相比,利用腈水合酶进行生物转化
有高选择性、无副产物、反应条件温和、反应速度快及
环境污染较小等诸多优势[8-12]。
腈水合酶根据催化底物类型的不同,还可以分
为芳香型腈水合酶(包括杂环型)和脂肪型腈水合
酶两类[4]。 现有研究仅发现腈水合酶能催化己二
腈以及多聚物如聚丙烯腈[13-16],而对其催化过程和
机制尚不明确。 Moreau 等[17]研究发现腈水合酶催
化己二腈可生成中间产物 5 氰基戊酰胺和终产物
己二酰二胺,具有催化的区域选择性。 与此不同,
Comamonas testosteroni腈水合酶能将底物己二腈全
部转化为己二酰二胺,不生成中间产物 5 氰基戊酰
胺。 5 氰基戊酰胺是一种农药中间体,可以用来生
产三唑啉酮类除草剂[18],也可以作生产己内酰胺和
碱性红 29的前体。 终产物己二酰二胺,是重要的精
细化工原料、医药中间体,价格较昂贵。 因此,阐明腈
水合酶催化己二腈的区域选择性机制对利用酶法制
备 5 氰基戊酰胺和己二酰二胺具有重要意义。
本研究中,笔者在 P putida 来源的 NHase 催化
己二腈具有区域选择性的基础上,通过序列比对、
缺失突变鉴定影响 P putida 腈水合酶催化己二腈
区域选择性的热点氨基酸。 此研究结果将对进一
步阐明腈水合酶对己二腈的区域选择性机制、提高
底物转化率及利用腈水合酶催化制备己二酰二胺
具有重要的指导意义。
1 材料与方法
1 1 材料
1 1 1 菌种、质粒和培养基
含有 Pseudomonas putida NRRL 18668 来源的
NHase(PpNHase)的重组质粒 pET24a bap、Escherichia
coli JM109和 BL21 (DE3)保藏于笔者所在实验室。
2YT固体培养基(g / L):胰蛋白胨 16,酵母提取
物 10,NaCl 5,琼脂粉 20;pH 7 0。
1 1 2 试剂与仪器
Primer STARTM HS DNA Polymerase、 Dpn Ⅰ,
TaKaRa公司;己二腈、己二酰二胺,Sigma 公司;5
氰基戊酰胺,天津科技大学王敏教授惠赠。 引物合
成委托生工生物工程(上海)股份有限公司完成。
质粒 DNA小提试剂盒、DNA 纯化回收试剂盒,天根
生化科技(北京)有限公司。
高效液相色谱仪,Hitachi 公司;ÄKTA Avant 蛋白
纯化仪,GE 公司;Bio⁃Rad PCR 仪、凝胶成像仪,Bio⁃
Rad公司;HiTrap Q HP 1 mL 阴离子层析柱、Superdex
200 10/ 300 GL凝胶层析柱、GE Heathcare、高效液相色
谱柱 Diamonsil (5 μm,250 mm×4 6 mm) C18,北京迪
马科技有限公司。
1 2 方法
1 2 1 NHase的表达和纯化
将编码 P putida腈水合酶(PpNHase)及 P 亚基
基因的重组质粒 pET24a bap 转化至大肠杆菌
BL21(DE3),37 ℃过夜培养。 挑取单菌落,接种至
含有 50 μg / mL(终质量浓度)卡那霉素的 10 mL
2YT培养基中,200 r / min、37 ℃过夜培养。 再将活
化的重组菌 BL21(DE3)按 1 ∶ 100 的体积比接种到
100 mL 新鲜的 2YT 培养基中,按上述条件培养至
600 nm吸光度值(OD600) 0 6 ~ 0 8,加入终浓度为
0 6 mmol / L 的异丙基 β D 硫代半乳糖苷
(IPTG)以及终质量浓度为 0 1 mg / L 的 Co2+,200
r / min、28 ℃下诱导 16 h。
1)酶分离、纯化过程 收集菌体,用 20 mmol / L
Tris HCl缓冲液洗清洗 3 次,超声破碎后收集上清
24 生 物 加 工 过 程 第 13卷
液,进行(NH4) 2 SO4分级沉淀,范围为 40% ~ 75%,
将最终得到的蛋白液在 4 ℃透析 12 h。
2)离子交换层析 使用 Hitrap Q HP 阴离子柱于
ÄKTA Avant 层析系统中进行分离。 A 液(20 mmol / L
Tris HCl,pH 7 4,0 5 mmol / L 二硫苏糖醇(DTT))平
衡柱子;B 液(0 5 mol / L NaCl,pH 7 4,0 5 mmol / L
DTT)洗脱,SDS PAGE 检测纯化结果,收集有活性的
部分。 经超滤浓缩后,用少量 pH为 7 4的 Tris HCl
缓冲液溶解。
3)凝胶过滤层析 将浓缩后的酶蛋白液注入
预先用缓冲液(20 mmol / L Tris HCl pH 7 4)平衡
的 Superdex 200 10 / 300GL 层析柱中,用分离缓冲液
(20 mmol / L Tris HCl, pH 7 4,含 0 15 mol / L
NaCl)进行洗脱,并收集目的蛋白,即为纯化得到的
纯酶,SDS PAGE检测纯化结果。 纯化的蛋白置于
-20 ℃保存,用于测定酶的区域选择性。
1 2 2 催化产物的检测
反应体系:将 20 μL 300 μg / mL 纯酶加入到 430
μL 20 mmol / L Tris HCl缓冲液中,再加入 50 μL 200
mmol / L底物己二腈,30 ℃反应 10 min,加入 500 μL
甲醇终止反应。 产物测量参考 Moreau 等[17]报道的
测量方法,并稍作改进。 使用 Diamonsil 5 μm×250
mm×4 6 mm C18色谱柱分离 5 氰基戊酰胺和己二
酰二胺。 流动相采用 25 mmol / L H3PO4和色谱纯甲
醇(体积比 89 01 ∶ 10 09,pH 2 5),柱温为 30 ℃,流速
1 0 mL / min,紫外检测波长为 200 nm。
1 2 3 突变株的构建
以 pET24a bap 为模板,将 β 链 97 位 Ala 进行
缺失,构建出缺失突变体ΔAla97,用 PrimeSTAR HS
DNA Polymerase试剂盒进行全质粒扩增(PCR),扩增
引物见表 1。 PCR条件:95 ℃ 5 min,98 ℃ 20 s,57 ℃
30 s,68 ℃ 6 5 min,18个循环;68 ℃ 5 min终止程序。
扩增产物经 1%琼脂糖凝胶电泳验证,再用 DNA纯化
试剂盒切胶回收 7 kb 左右的pET24a bap 及突变后
的重组质粒,经过 DpnⅠ酶37 ℃将模板消化 1 h 后,转
化 JM109,挑取单菌落过夜培养后提取质粒,验证后
转化大肠杆菌 BL21(DE3)进行表达。
表 1 本研究中所用引物
Table 1 Primers used in this study
引物 序列(5′-3′) 大小 / bp
ΔAla97 up GCGACCGGCAAGGCTTCTGG 20
ΔAla97 down CGCCGTCTTGCCAGAAGCCTTGC 23
2 结果与讨论
2 1 腈水合酶表达、纯化
收集过夜诱导的重组菌 BL21(DE3) / pET24a
bap,经过破碎,离心、(NH4) 2 SO4沉淀、离子层析凝
胶过滤等进行分离得到较纯的腈水合酶,结果如图
1所示。 由图 1可见:在 2 4×104处有较纯的目的蛋
白条带(α亚基相对分子质量 2 34×104,β 亚基相对
分子质量 2 4×104),表明经过此分离纯化方法得到
了较纯的 NHase,通过测定纯化前后酶的比活力,得
出纯化倍数为 11 6倍。
M—标准蛋白;1—细胞破碎上清液;2—经过(NH4) 2SO4
沉淀后的蛋白;3—经过离子柱及凝胶过滤层析后的纯酶
图 1 NHase纯化过程的 SDS PAGE分析
Fig 1 SDS⁃PAGE analysis of purified NHase
2 2 野生型 NHase催化底物区域选择性的检测
首先利用高效液相色谱(HPLC)分别检测 10
mmol / L的己二酰二胺和 5 氰基戊酰标准样品,然
后检测用纯化的恶臭假单胞菌 NHase(PpNHase)催
化己二腈生成的产物,结果如图 2所示。 由图 2(a)
和图 2(b)可知:己二酰二胺标准样品保留时间为
3 32 min,5 氰基戊酰胺标准样品保留时间为 5 27
min。 由图 2(c)可知:反应时间分别为 10 和 30 min
时,产物为 5 氰基戊酰胺,没有己二酰二胺生成;反
应时间为 80 min 时,产物中没有明显的己二酰二胺
生成,绝大部分为中间产物 5 氰基戊酰胺;继续延
长反应时间,不能增加己二酰二胺的生成量。 本结
果说明 PpNHase对己二腈具有催化的区域选择性,
仅能催化己二腈生成 5 氰基戊酰,不能继续催化
5 氰基戊酰生成二酰二胺。
2 3 基因序列比对结果
C testosteroni5 MGAM 4D来源的 NHase能催
化己二腈生成己二酰二胺,具有区域选择性[19]。 而
34 第 3期 张 君等:恶臭假单胞菌腈水合酶 βAla97影响催化己二腈的区域选择性
NHase的 β亚基与底物的选择、结合有密切的关系。
将 C testosteroni 来源的 NHase(CtNHase,GenBank:
AY743666)和 PpNHase(GenBank:U89363 1)蛋白
质一级序列进行 BLAST比对,结果如图 3 所示。 由
图 3 可知:CtNHase 与 PpNHase 氨基酸序列的相似
度为 94 1%。 一个明显的区别是,相对于 PpNHase,
CtNHase缺失了 βAla97,有缺失突变。 βAla97 可能
与己二腈催化的区域选择性有关。
图 2 样品的 HPLC图谱
Fig 2 HPLC spectra of samples
注:矩形边框部分即为 β97的氨基酸
图 3 恶臭假单胞菌和睾丸酮丛毛单胞菌来源的腈水合酶 β 链氨基酸序列比对
Fig 3 Amino acid sequence alignment of the β chain of NHase from P putida and C testosteroni
2 4 缺失突变体的构建及表达
基于以上分析,笔者构建了 βAla97 缺失的
PpNHase和 ΔAla97。 以含有 PpNHase(基因结构为
bap)的重组质粒 pET24a bap作为模板,按“1 2 3”
方法进行全质粒 PCR,构建突变体,基因测序表明
成功构建了突变体。
将重组质粒 pET24a bap / ΔAla97 转化 E coli
BL21 (DE3),挑取单菌落,诱导表达 ΔAla97。 按
“1 2 1”方法纯化,获取突变体纯酶 ΔAla97。 SDS
PAGE分析纯化结果如图 4 所示。 由图 4 可见:
PpNHase的 β亚基缺失 97位 Ala后,其 NHase的 α、
β亚基相对分子质量都为 2 3×104左右,可以看到
NHase实现了表达,并且得到了较纯的蛋白。
2 5 PpNHase中 Ala97缺失突变体区域选择性变化
利用 HPLC 检测突变体 ΔAla97 催化己二腈区
域选择性的变化,结果如图 5所示。 由图 5可知:突
变体 ΔAla97 纯酶与己二腈分别反应 10、60 和 80
min时,催化产物中均有明显的己二酰二胺生成,并
且己二酰二胺的生成量随反应时间延长而增加。
反应 80 min 时,底物己二腈完全被催化为己二酰二
胺,无 5 氰基戊酰胺保留,说明 βAla97 缺失显著改
变了 PpNHase催化己二腈的区域选择性,βAla97 是
44 生 物 加 工 过 程 第 13卷
影响 NHase催化己二腈区域选择性的热点氨基酸。
M—标准蛋白;1—ΔAla97的纯化后蛋白
图 4 突变体的纯化蛋白 SDS PAGE
Fig 4 SDS⁃PAGE analysis of the purified mutant NHase
图 5 突变体的 NHase催化己二腈不同时间下
产物的 HPLC图谱
Fig 5 HPLC spectra of the product of mutant
PpNHase catalyzing adiponitrile at different
reaction time
腈水合酶的区域选择性与酶分子自身和底物
均有关。 李建军等[20]分析了 Rhodococcus sp AJ270
腈水合酶催化二腈的反应,发现该催化的区域选择
性会受底物结构的影响。 首先,底物二腈分子的柔
顺性和 2个氰基的空间伸展方向,能决定该底物分
子能否被酶所水解,当分子结构具有刚性的顺式共
平面时,对酶催化有抑制作用。 其次,底物分子中 2
个氰基的距离和构型影响酶催化的区域选择性,刚
性的顺式共平面不利于选择性地水解二腈分子中
的单个氰基。 本研究中选用的己二腈,在空间结构
上不是上述刚性平面结构,而是具有较好的柔顺
性,适宜用来作为研究不同来源的腈水合酶对二腈
催化的区域选择性的底物。 目前有报道的 NHase催
化己二腈区域选择性的 3种菌株,分别是 Rhodococcus
ruber CGMCC3090[21]、 P chlororaphis B23[6] 和
C testosteroni 5 MGAM 4D[19],其中前 2 种菌株的
NHase能够区域选择地催化己二腈,主要生成 5 氰
基戊酰胺。 与本研究所用的 P putida NRRL 18668
NHase催化性质相似,而 C testosteroni NHase 与己
二腈反应生成的终产物全部为己二酰二胺。 通过
比对 4个不同区域选择性的腈合酶氨基酸序列,α
链的相似性为 31 3%,β 链的相似性为 58 43%,其
中 P putida NRRL 18668 NHase 与 C testosteroni
NHase 相似度极高,却有着不同的区域选择性。
P putida NRRL 18668 NHase β 链的 97 位丙氨酸
残基位于 β链上的不规则区域,在具有相同区域选
择性菌株中没有一定的规律。
3 结论
通过缺失 β链的 97位丙氨酸,改变了腈水合酶
催化己二腈的区域选择性,原始酶仅能将己二腈转
化为 5 氰基戊酰胺,而变异体可以将己二腈转化为
己二酰二胺。 变异体在反应过程中有 5 氰基戊酰
胺积累,随着时间的推移,5 氰基戊酰胺逐步减少,
说明此过程是分两步进行的,己二腈分子的 1 个氰
基首先被催化,之后另外 1 个氰基被催化。 推测此
氨基酸残基的缺失可以使中间产物 5 氰基戊酰胺
易于结合活性中心,最终促进其转化为己二酰二胺。
综上,笔者利用基因序列比对,采用定点突变
的方法,发现了决定腈水合酶催化己二腈反应生成
己二酰二胺为终产物的区域选择性的关键氨基酸
位点,为 β 链上 97 位的 Ala。 本研究初步阐明了
P putida来源的腈水合酶对己二腈的区域选择性机
制,提高了底物转化率,对利用腈水合酶催化制备
己二酰二胺具有重要的指导意义。
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(责任编辑 管 珺)
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