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Studies on enzymatic hydrolysis of the heat-denatured DNA by nuclease P1

核酸酶P1催化水解热变性DNA的研究



全 文 :第 ! 卷第 " 期
"##$ 年 $ 月
生 物 加 工 过 程
%&’()*) +,-.(/0 ,1 2’,3.,4)** 5(6’()).’(6
7/8 "##$
· $!9 ·
核酸酶 :! 催化水解热变性 ;<=的研究
吴永宏,肖明芳,吕9 浩,应汉杰!
(南京工业大学 制药与生命科学学院,南京 ">###?)
摘9 要:用桔青霉菌株 @7#"(!"#$%$&&$’( %$)*$#’( @7#")发酵制得的核酸酶 :> 催化水解热变性 ;<=,在研究温度、
底物浓度、3A、酶加入量等因素对水解结果的影响的实验基础上,通过正交实验获得最佳的工艺条件:温度 $B C,
3A DE $,;<=质量浓度 FE # 6 G H,酶加入量 FI,脱氧核苷酸的得率 ?"I。在此基础上推导出其催化米氏常数 +( J
$E B>B K ># L" 6 G H。
关键词:核酸酶 :>;水解;热变性 ;<=;优化;米氏常数
中图分类号:MB>FN ?9 9 9 9 文献标识码:=9 9 9 9 文章编号:>DO" L !DOB("##$)#" L ##$! L #$
"#$%&’( )* ’*+,-.#&/ 0,%1)2,(&( )3 #0’ 0’.#4%’*.#$1’% 567 8, *$/2’.(’ 9>
PQ R,(6S&,(6,T@=U 7’(6S1/(6,HQ A/,,R@(%,00)6) ,1 H’1) X4’)(4) /(Y :&/.Z/48,###?,%&’(/)
78(#1./#:<-40)/*) :> ,^\/’()Y \&.,-6& 1).Z)(\/\’,( ^8 !"#$%$&&$’( %$)*$#’( _/* -*)Y 1,. \&) )(‘8Z/\’4
&8Y.,08*’* ,1 \&) &)/\SY)(/\-.)Y ;<=,^/*)Y ,( \&) ’([)*\’6/\’,( ,1 \&) Z/’( )11)4\ 1/4\,.*,*-4& /* \)ZS
3)./\-.),3A,\&) ’(’\’/0 *-^*\./\) 4,(4)(\./\’,( /(Y \&) Z/** 4,(4)(\./\’,( ,1 )(‘8Z),\&) ,3\’Z-Z &8Y.,S
08\’4 4,(Y’\’,( _/* ,^\/’()Y \&.,-6& ,.\&,6,(/0 \)*\,\&/\ _/* \)Z3)./\-.) $B C,3A DE $,\&) Z/** 4,(S
4)(\./\’,( ,1 ;<= FE # 6 G H,\&) 4,(4)(\./\’,( ,1 )(‘8Z) FI N ]&) 8’)0Y ./\) ,1 ;<= _/* ?"I N 2/*)Y ,(
\&) 4/04-0/\’,( ,1 )a3).’Z)(\/0 Y/\),7’4&/)0’* 4,(*\/(\ _/* ,^\/’()Y /* +( J $N B>B K >#
L" 6 G HN
:’, ;)1%(:(-40)/*) :>;&8Y.,08*’*;&)/\SY)(/\-.)Y ;<=;,3\’Z’‘/\’,(;7’4&/)0’* 4,(*\/(9 9 核酸酶 :>(5%!E >E !#E >)是一种含锌金属酶,
由桔青霉(!"#$%$&&$’( %$)*$#’()发酵制得,可以水解
b<=和热变性 ;<=的磷酸二酯键而得到 $cS核苷酸
和 $cS脱氧核苷酸[>S!]。脱氧尿嘧啶核苷酸和脱氧胞
嘧啶核苷酸的衍生物具有良好的抗病毒效果[F],脱
氧核苷酸在临床上主要用于医治白血球细胞减少
症,对再生障碍性贫血、血小板减少、肝炎等病症也
有较好的疗效[$]。用核酸酶 :> 催化水解热变性
;<=制取脱氧核苷酸是制备这类药物的有效方法
之一。目前国内对脱氧核苷酸还没有规模化制备,
而且对热变性 ;<= 的水解或脱氧核苷酸的应用基
础研究也鲜见报道。本文对核酸酶 :> 催化水解热
变性 ;<=的反应条件做了深入研究,为工业开发应
用提供了可靠的参考数据。
!< 材料与方法
>E >9 主要药品及仪器
脱氧核糖核酸(;<=),中国医药(集团)上海化
学试剂公司;脱氧胸腺嘧啶核苷酸(]7:),脱氧胞
嘧啶核苷酸(Y%7:),脱氧鸟嘌呤核苷酸(YV7:),
! 收稿日期:"##$S#FS#>
基金项目:教育部跨世纪优秀人才培养基金,江苏省教育厅“!!!”工程基金项目
作者简介:吴永宏(>?O>S),硕士研究生,研究方向:生物工程。
联系人:应汉杰,5SZ/’0:8’(6&/(W’)>!Fd >D!N 4,Z万方数据
! · "#! · 生物加工过程 第 $ 卷第 % 期
脱氧腺嘌呤核苷酸(&’()),*+,-.公司。
/0102* 3"44 型紫外可见分光光度计,上海天
美科学仪器有限责任公司;5671!. 回转式恒温调
速摇瓶柜,上海欣蕊自动化设备有限公司;89:;-.<
高效液相色谱仪,89:;-.<公司。
=> %! 分析方法
核酸酶 )=的活力测定法(紫外法)。
将 => ? -@的底物溶液(含有质量分数为 =A左
右的 BC’,4> % -DE F @ G5 "> % 的醋酸缓冲液)于 H4
I恒温水浴 =4 -+< 后,加入 4> = -@ 经适当稀释的
酶液,H4 I保温 =" -+< 后加入 %> 4 -@ 核酸沉淀剂
(4> %"A钼酸铵1%> "A过氯酸),冰水浴 %4 -+< 后离
心、取上清夜用蒸馏水稀释一定倍数,测定其于 %J4
<-处的吸光值为 !%J4。以先加沉淀剂者作为对照,
其它操作同前。在上述条件下,每 -+< 所生成的核
苷酸量在 %J4 <- 处的吸光值的差值为 => 4 时定义
为 = 个酶活力单位 K。其计算公式如下:
酶活力(K)L
#!%J4 " # " $
4M = N =" L %> JH#$#!%J4
OC’浓度的检测:用定磷法[J]检测。
水解产物中 # 种脱氧核苷酸的检测方法:用高
效液相色谱仪检测,色谱条件如下:色谱柱:江苏淮
阴汉邦科技有限公司制 @+:PQDRGP9Q S=3 柱 " #> J
-- N %"4 --," #-;流动相:’:%4 --DE F @ 的
(C5#)%5)T#溶液(用重蒸水配制);8:甲醇,梯度洗
脱。流速:= -@ F -+<;检测波长:%"# <-;进样量:%4
#@。
=> $! 实验方法
=> $> =! 菌! 株
本实验室保存的经过离子注入的桔青霉诱变菌
株 2(4%。
=> $> %! 核酸酶 )= 的发酵制备
=> $> %> =! 培养基!
斜面培养基:麦芽汁培养基。
液体种子培养基(, F @):葡萄糖 "4,蛋白胨 ",
U5%)T#4> ",U%5)T#·$5%T 4> ",(,*T# 4> #,S.SE%
4> #,G5 J> "。
初始发酵培养基( , F @):液体种子培养基 V
W<*T#·H5%T 4> #,G5 J> "。
=> $> %> %! 液体种子液培养
%"4 -@三角瓶装 "4 -@液体种子培养基,接入
= :-%大小的桔青霉菌块,于 %"4 Q F -+<、%? X $4 I条
件下培养 %# P。
=> $> %> $! 酶源制备
%"4 -@三角瓶装 "4 -@ 初始发酵培养基培养
基,按 =4A(体积分数)的接种量接种,于 %3 I、%"4
Q F -+<条件下发酵培养 %# P。
=> $> %> #! 核酸酶 )= 的分离纯化
收集“=> $> %> $”的发酵液,抽滤除去固形物,滤
液用截留分子量 =4 444 的中空纤维膜超滤至原滤
液体积的 = F =4,测酶活,放入冰箱 # I冷藏待用。
=> $> $! 热变性 OC’的制备
称取一定量的 OC’溶解于一定体积的水中,搅
拌溶解完全后,加热至沸腾,保持 =" -+< 后取出,迅
速冷却至室温。
=> $> #! 核酸酶 )= 催化水解热变性 OC’
取一定体积的“=> $> $”法得到的热变性 OC’,
调节其 G5,用定磷法[J]检测其浓度,放置水浴,在某
一温度下预热 $4 -+<,加入一定量的核酸酶 )=(本
文所用核酸酶 )= 的酶活都为 = "44 K),混匀。反应
一段时间后取出,放入冰浴,吸取 = -@水解液,稀释
一定的倍数,用高效液相色谱仪检测。
!" 结果与讨论
%> =! 核酸酶 )=催化热变性 OC’的水解过程曲线
# , F @ 热变性 OC’,G5 为 "> 4,加入酶活为 =
"44 K的 =4A的核酸酶 )= 液(体积分数),水解温度
为 H4 I,其水解过程曲线见图 =。反应 = P 后产生

—)—&S();—%—Y();—*—&7();—$—&’();—(—ZDZ.E
图 =! 水解过程曲线(4 X =34 -+<)
[+,> =! Y+-9 :DKQR9 D\ &9D]^&7()、&’() 浓度的降低可能与发酵制备的核酸酶
)= 提取液中含有少量的磷酸单酯酶有关。在一定
条件下,磷酸单酯酶能够切除脱氧核苷酸中的磷酸
生成脱氧核苷,这导致了 &7()、&’()浓度的降低。万方数据
! "##$ 年 $ 月 吴永宏等:核酸酶 %& 催化水解热变性 ’()的研究 · $$! ·
在四种脱氧核苷酸当中,*+,% 的初始生成速度最
快,在 -# ./0 后基本已经进入稳定期,其次为
*),%,*1,%的生成速度最慢。当水解 &## ./0 后,
四种脱氧核苷酸的生成总量全都趋于稳定。
"2 "! 酶促水解条件的研究
"2 "2 &! 底物质量浓度对水解的影响
不同质量浓度的热变性 ’(),34 为 $2 #,加入
酶活为 & $## 6的核酸酶 %& 液(体积分数),水
解温度为 7# 8,其水解产物9时间曲线见图 "。
—(—&$: $ ; < =;—&—>: ? ; < =;—*—-: - ; < =;—$—@: "$ ; < =
图 "! 不同底物浓度水解产物9时间曲线
A/;2 "! BCD DEEDFG HE /0/G/IJ K6LKGMIGD FH0FD0GMIG/H0 H0 GCD CN*MHJNK/K
由图 " 可以发现在实验范围内,不同质量浓度
的底物 ’() 在水解 &## ./0 时酶解得率基本在
?#5,其得率随底物质量浓度变化相差不大。这一
现象说明在实验浓度范围内反应体系中不存在底物
抑制现象。
"2 "2 "! 酶浓度对酶解结果的影响
当底物质量浓度为 "2 ? ; < =,34 为 >2 #,温度为
7# 8,核酸酶 %&(体积分数)液加入量分别为 "5、
-5、>5、?5、时水解9时间曲线见图 @。
—%—"5;—*—-5;—#—>5;—(—?5;—&—
图 @! 不同初始酶浓度的水解曲线
A/;2 @! BCD DEEDFG HE GCD FH0FD0GMIG/H0 HE D0ON.D H0 GCD CN*MHJNK/K
由图 @ 可见酶的浓度由 "5增至 -5,水解率有
明显提高。当酶浓度大于 -5时,水解率并不随着
酶浓度的增加而明显提高。因此,水解过程只需要
加入 -5的酶液量足以保证所需要的水解。
"2 "2 @! 34对水解结果的影响
底物质量浓度为 -2 7" ; < =,酶活为 & $## 6的核
酸酶 %& 加入量 -5(体积分数),温度为 7# 8,底物
溶液初始 34 分别为 $2 #、$2 $、>2 $、72 $ 时,其水解9
时间曲线见图 -。
—)—34 $: #;—%—34 $: $;—+—34 >: $;—$—34 7: $
图 -! 34对核酸酶 %&催化 ’()水解的影响
A/;2 -! BCD DEEDFG HE 34 H0 GCD CN*MHJNK/K
由图 - 可知,在 &-? ./0 时,初始 34 72 $ 的水
解结果最低,初始 34 $2 # P >2 $ 之间的水解的结果
很接近。说明较高的初始 34 降低了核酸酶 %& 的
酶活,34 $2 # P >2 $ 的水解环境对保持核酸酶 %& 的
酶活较适宜。
"2 "2 -! 温度对于水解结果的影响
底物质量浓度为 "2 $" ; < =,34 为 >2 #,酶加入
量 -5(体积分数),实验温度分别为 $#、$?、7# 和 77
8,水解反应 &## ./0时结果见图 $。
图 $! 温度对水解脱氧核酸的影响
A/;2 $! BCD DEEDFG HE GD.3DMIG6MD H0 3MH*6FG/H0 HE *DHQN06FJDHG/*DK万方数据
! · "#! · 生物加工过程 第 $ 卷第 % 期
由图 " 可知,水解反应的最佳温度为 "& ’,此
时 "()脱氧核苷酸的产率最高。在 ** ’时,水解的
得率最低,这可能与较高温度下酶蛋白的失活(导
致酶的催化活性降低)有关。
%+ $! 正交实验确定核酸酶 ,- 催化热变性 ./0 水
解的优化条件
根据上述单因素实验的结果,选取 12(!)、温
度(’)(")、热变性 ./0质量浓度(3 4 5)(#)、酶加
入量(体积分数)($)做 %6($
7)正交实验。实验结
果及分析如下。
表 -! 正交实验安排、结果及分析
89:;< -! =<>?;@ AB AC@DA3AE9; 实验
列号
!
温度
"
12
#
./0
质量浓度
$
酶加入量
酶解
得率
酶解得
率减去 *I
- "& "+ " 7+ I % &7+ & -7+ &
% "& #+ " -I+ I 7 &# -#
$ "& *+ " -&+ $ -I *&+ 7 &+ 7
7 "I "+ " -I+ I -I &I -I
" "I #+ " -&+ $ % *#+ " #+ "
# "I *+ " 7+ I 7 ** *
* #" "+ " -&+ $ 7 &- --
& #" #+ " 7+ I -I &7+ " -7+ "
6 #" *+ " -I+ I % &I -I
&- $6+ % $"+ & $#+ $ $-+ $
&% %$+ " $* $# $7
&$ $"+ " %"+ 7 %"+ 6 $%+ 6
’- -$+ I# --+ 6$ -%+ - -I+ 7$
’% *+ &$ -%+ $$ -% --+ $$
’$ --+ &$ &+ 7# &+ #$ -I+ 6#
极差 "+ %$ $+ 7* $+ 7* I+ 6
优方案 !- "% #- $%
由表 - 可知,温度对水解的结果影响最大,12
和 ./0浓度对水解的结果影响程度相当,酶加入量
的影响最低。最好的水解条件为 !-"%#-$%。按照
这个条件实验,最终的水解收率达到 6%J。
%+ 7! 核酸酶 ,- 催化热变性 ./0水解的酶学性质
取不同浓度的热变性 ./0,12为 #+ ",加入 7J
的核酸酶 ,- 液(体积分数),水解温度为 "& ’,其
水解反应开始阶段结果见图 #。
由图 #,* 可知,在实验的浓度范围内,随着底物
初始质量浓度的增加,指数反应期反应速度也随之
增加,在底物初始质量浓度为 I K $I 3 4 5 时,随底物
质量浓度的增加,反应速率呈线性增加。表明核酸
酶 ,- 催化热变性 ./0的水解遵循一级反应规律,
底物浓度与酶促反应速度的关系符合米氏(LGMD9<)
;G>)L*H9F[+]
&H N[+]

述核酸酶 ,- 催化热变性 ./0 的水解反应。其中 (
为初速度,*H9F为最大反应速度,[+]为底物质量浓
度,&H为米氏常数。对反应速率与底物质量浓度用
O808PO8PQ数学软件中的最小二乘法进行非线性拟
合,其拟合的 , R I+ 66&,可以得到 *H9F R -+ 7** S
-I T-3 4(5·HGE),&H R "+ &-& S -I
T% 3 4 5。
—)—%6U " 3 4 5;—&—%I 3 4 5;—*—--U & 3 4 5;
—#—&U &" 3 4 5;—(—"U 6 3 4 5
图 #! 不同浓度初始底物酶解时间曲线
VG3+ #! 8D< ?:>@C9@< MAEM?M@> XG<;W
图 *! 不同初始质量浓度底物的水解速率图
VG3+ *! 8D< M?CY< AB DXWCA;X>G> Y<;AMG@X
!" 结" 论
用桔青霉 PLI%(-./01022034 10560/34)发酵制得
的核酸酶 ,-(分离纯化后酶活为 - "II ?)催化水解
热变性 ./0,通过正交实验获得了最佳的水解条
件:温度 "& ’,12 #+ ",./0 质量浓度 7+ I 3 4 5,酶
加入量为 7J时,脱氧核苷酸的得率为 6%J。动力万方数据
! "##$ 年 $ 月 吴永宏等:核酸酶 %& 催化水解热变性 ’()的研究 · $*! ·
学研究结果表明核酸酶 %& 催化米氏常数 !+ ,
$- .&. / &# 0" 1 2 3。
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(上接第 TT 页)
!" 结" 论
本文尝试了不同功能基团的聚苯乙烯树脂进行
’O海因酶的固定化,结果表明氨基树脂功能基为伯
氨基和仲氨基效果较好。从酶活回收率,固定化酶
的使用寿命,聚苯乙烯树脂价格等方面综合考虑,认
为采用聚苯乙烯树脂 ’S" 所制备的固定化酶具有
应用价值。采用该树脂制备固定化酶的最优条件
是:酶质量浓度 X +1 2 +3、温度 "$ ]、时间 &" A。所
得固定化酶的最适作用温度 T$ ],最适作用 IB 为
.- $,且作用温度及适宜作用 IB 较广,!+为游离酶
的 &- . 倍,且储存稳定性、操作稳定性较好。T$ ]
下进行连续反应,其半衰期为 && E。
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