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Recent advances in the research of mechanism of the Phenylalanine ammonia-lyase (PAL,EC 4.3.1.5) reaction

苯丙氨酸解氨酶(PAL,EC4.3.1.5)反应机理研究新进展



全 文 :苯丙氨酸解氨酶(!"#,$%! "# "$ "%)反应机理研究新进展
杨顺楷,杨亚力,杨维力!
(中国科学院 成都生物研究所,成都 &’(()’)
摘 要:根据有关文献阐述了苯丙氨酸解氨酶(!"#,$%)*+*’*,)反应机理研究新进展,主要内容包括两种反应机理
的提出:其一,米切尔加成反应(-./0123 "44.5.67 821/5.67);其二,傅氏反应(9:.2423;%:1<5= 821/5.67)。通常认为该两种
反应机理较好地解释了 #;!02的氨消除模式,!"#含有的去氢丙氨酸(>?")单位是反应活性的关键。随着化学和
分子生物学实验证据的提出,主要基于 !"#和 ?"#(组氨酸解氨酶,$%)*+*’*+)具有高度同源性(’@A B C@A序列分
析),及其对“姐妹”酶 ?"#的 D;射线结构分析,发现催化性的亲电试剂并非 >?",而是 +,,;二氢;,;次甲基;)?;咪唑;
);酮(-EF)。由此,提出一对非芳香 #;!02异构体作探针,以支持这一机理的实验研究。此外,还列出红酵母 !"#逆
向催化合成非天然芳族氨基酸的相关实验结果。
关键词:酶反应机理;苯丙氨酸解氨酶;组氨酸解氨酶;去氢丙氨酸;+,,;二氢;,;次甲基;)?;咪唑;);酮(-EF)
中图分类号:GH’) 文献标识码:" 文章编号:’&IC J +&IH(C(())() J (((’ J (,
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! 收稿日期:C(();(@;’)
基金项目:江苏常茂生物化学工程股份有限公司部分资助本课题
作者简介:杨顺楷(’@)+;),四川什邡市,研究员,现是加拿大西安大略大学生物系博士研究生,主要研究方向为生物转化及酶法加工。
第 C卷第 )期
C(()年 ’’月
生 物 加 工 过 程
%0.72=2 ^6O:713 6< S.6W:6/2== $7R.722:.7R
L6V_ C(()
· ’ ·
万方数据
!"# $%&’(:!"#$%&’() *!&)’(+" %!),&"(-%;.,!"$/&/&"("! &%%+"(&0/$&-!(123,45678797:);,(-’(;("! &%%+0
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苯丙氨酸解氨酶(123,45678797:)是仅存在于
植物和部分微生物体内的酶类,它是催化 30苯丙氨
酸(301,!)经由非氧化脱氨反应,生成反式0肉桂酸
(’052)和氨的关键酶,是苯丙烷代谢的首步反应。
由此进入苯丙烷代谢途径,可以生成香豆酸、阿魏
酸、芥子酸等中间产物;这些化合物进一步可转化为
香豆素、绿原酸,也可以形成苯丙烷酸 5+2酯,再进
一步代谢转化为一系列苯丙素类化合物,如黄酮体、
木质素、生物碱等。总之,’052 是这类苯丙素的前
体物质,在代谢途径上,近年已重新将这一莽草酸代
谢途径更名为 ’052代谢途径,以限定生物合成途径
上仅由 ’052而来的苯丙素类化合物。因而 123是
联系初级代谢和次级代谢的关键酶,它能将芳香化
合物中的碳转向苯丙烷代谢物的合成(图 9)。这类
物质按功能分类为染料、AB0吸收色素或化学信号
传递体。
图 9 植物 123的定位
C(D79 3+)&’(+" +E 123 (" ./&"’-
近年,植物细胞内信号转导因子能有效诱导次
生代谢物合成,因而 123与信号转导因子的关系成
为了人们研究的热点[9]。另外,由于 123在植物苯
丙烷代谢中与植物抗性应激反应密切相关,例如当
植物在逆境胁迫条件下,激活苯丙烷代谢,123活性
迅速上升,它已作为植株抗逆能力的一个重要生理
指标。123受多种环境因素的诱导,如创伤、紫外
线、诱导子等[F]。此外,过去 FG年来,国内外对微生
物(如红酵母,!"#$#%#&’())123 逆向生物催化 ’052
和氨生产 301,!的生物技术途径的研究与开发,主
要用于满足低能甜味剂阿斯巴甜的生产原料的需
求,以及 123应用于临床医学苯丙酮尿症(1HA)的
治疗需求等[8 I :],所有这些,都给生命化学在 123
的理论研究上提出了新课题,这就促进了 123反应
机理研究的进展。本文将就 123 反应机理研究新
进展报告如下[J,K,99]。
) 早期的 123生物催化机理研究及其发展
9LJ9年 H+MN+/和 5+""在高等植物,9LJJ年 @0
· F · 生物加工过程 第 F卷第 6期
万方数据
!"#"在微生物首次发现 $%&以来,该酶引起了人们
极大的兴趣。$%&酶学知识告诉人们,它是由 ’ 个
亚基组成的酸性蛋白,多数有均一亚基,()为 ** +
,,-."范围;$%&是诱导酶,稳定性差,很娇嫩等。
/0/ 米切尔加成反应((123"45 %661#178)
/9:;年 <"8=78和 <">1)提出去氢丙氨酸(.<%)
是 $%&的活性中心,它经由化学和突变研究证据所
支持(图 ?)。现在已经把一个丝氨酸(@4))残基鉴定
为前体物质,即转译后转换为 .<%。他们也提出了
$%&反应机理方案,关键步骤是 &A$34 的氨基经由
米切尔((123"45)加成到 .<%的!A位。可以推断,这
增强了氨基的离去能力,/,B C氢位移和由酶碱基脱
除一个苄基质子,然后导致生成 #AD%[E]。
图 ? <"8=78和 <">1)提出的 $%&反应机理
F1!G? (423"81=H 7I #34 $%& J4"2#178 "227)618! #7 <"8=78 "86 <">1)
/0? 傅氏反应(F)14646AD)"I#= J4"2#178)
@23K=#4)和 J4#4L借助在 $%&失活条件下,观察
转化 ’ C硝基 C & C $34提供的实验证据,反驳了前
述机理。失活经由硼氢化钠还原 .<%辅基或由点
突变(@4) ?;? #7 %5" ?;?)进行[9]。他们得出结论:对
位的硝基可以取代亲电性的辅基。由此,@23K=#4)和
J4#4L观察到了 .<%残基在活化 &A$34的!C位质
子,经由酶催化碱基方式有助于除去质子方面的作
用,从而稳定造成的负碳离子。
基于这种考虑,提出了第二种 $%& 的反应机
理,即辅基 .<%以傅氏(F)14646AD)"I#=)反应方式,攻
击 &A$34芳环邻位,造成碳正离子,使!A位质子被酸
化,从而有助于由酶催化碱基的去除作用。在氨的
前A@A质子消除作用去除后,该环再度芳构化,并重
新产生辅基(图 B)。可见,此处的 .<%是一种活化
了的烯烃。据此可以推断在原生酶反应中,间位A酪
氨酸的反应活性高于 $34。但是在 $%&酶法合成反
应体系中,对A氟A&A$34 能被制备,或者说它是一个
良好底物,没有氟的丢失。结合对若干邻位A和间位
A苯环取代基肉桂酸衍生物作为底物的耐受性考察,
结果提示傅氏反应机理是不可操作的。对位取代底
物在利用 $%& 突变体情况下,在取代集团较小,例
如氟、氯代情况下是可耐受的。部分这些研究工作
正致力于增高这种耐受性,虽然这被认为是底物的
空间结构问题。的确,当底物存在芳香基团,且三碳
侧链上有羧基结构,底物化学结构电子影响也是重
要的[E,/?]。
/0B 我们的实验研究证据
近年我们实验室也开展了经由红酵母 $%& 酶
法合成制备 &A$34结构类似物的研究,部分实验结
果如下(表 /)。
?;;’年 //月 杨顺楷等:苯丙氨酸解氨酶($%&,MD’0B0/0*)反应机理研究新进展 · B ·
万方数据
图 ! "#$%&’()和 *+’(,提出的 -./作用机理
0123! 4(#$561&7 89 5#’186 89 -./ 5& :)8:8&(; <, "#$%&’() 56; *+’(,
表 = 部分经由红酵母 -./酶法合成制备 />-$(类似物实验
结果
?5<@( = -5)’ 89 ’$( (A:()17(6’5@ )(&%@’& 89 <18#86B()&186 89 5),@5>
#,@1# 5#1; ’8 %665’%)5@ />-$(6,@5@5616( ;()1B5’1B(& B15 ’$(
(6C,7( -./ 89 !"#$#%#&’()
底物 产物 产率 D E
邻>氯肉桂酸
8>F$@8)8#166571# 5#1;
邻>氯 />-$(
8>F@>/>-$(
GH
间>氯肉桂酸
7>F$@8)8#166571# 5#1;
间>氯 />-$(
7>F@>/>-$(
IJ
对>氯肉桂酸
:>F$@8)8#166571# 5#1;
对>氯 />-$(
:>F@>/>-$(
JK
邻>硝基>肉桂酸
8>L1’)8#166571# 5#1;
邻>硝基>/>-$(
8>L1’)8>/>-$(
JM
间>硝基>肉桂酸
7>L1’)8#166571# 5#1;
间>硝基>/>-$(
7>L1’)8>/>-$(
=K
对>硝基>肉桂酸
:>L1’)8#166571# 5#1;
对>硝基>/>-$(
:>L1’)8>/>-$(
=K
邻>羟基>肉桂酸
8>N,;)8A,#166571# 5#1;
邻>羟基>/>-$(
8>N,;)8A,>/>-$(
MO
间>羟基>肉桂酸
7>N,;)8A,#166571# 5#1;
间>羟基>/>-$(
7>N,;)8A,>/>-$(
J=
对>羟基>肉桂酸
:>N,;)8A,#166571# 5#1;
对>羟基>/>-$(
:>N,;)8A,>/>-$(
J=
可以看出,底物 ’>F.的邻位>、间位>和对位>在
以氯代、硝基取代、羟基取代时,均能合成制备 />-$(
相应的结构类似物,其中以邻位取代物的产率最高,
间位>和对位>取代次之,例如邻>氯>/>-$(可达 GHE,
邻>羟基>/>-$( 为 MOE,邻>硝基>/>-$( 为 JME。这
些实验数据资料显然对 -./反应机理理论研究和
建立 -./酶法手性合成非天然 />-$(结构类似物技
术体系具有重要学术和应用价值[=J P =O]。
! -./和 N./(组氨酸酶 QF "#$#$#%)的生
物化学[$&]和分子生物学研究推动该酶反应
机理研究的新进展
-./和 N./具有高度同源性(=RE P JKE部分
序列测定),但以前仅知,从动物发现的 N./,同 -./
一样仍存在有罕见 SN.。迄今为止,仅了解到 SN.
存在于这两种酶中。这样可以得出结论:两种酶的
活性中心的核心部分具有相同的结构。通过 -./
的“姐妹”酶 N./的 T>射线结构分析,发现催化性的
亲电试剂并非 SN.,而是 !,O>二氢>O>次甲基>IN>咪
唑>I>酮(4UV),它是经由内三肽 .@5>"()>W@, 借助环
化作用和消除两分子水而生成的(图 I)[H,R]。这种
修饰作用可解释为借助阻止氮的孤电子对离域作用
进入 J,!>不饱和羰基体系,从而增高辅基的亲电性。
图 I N./中去氢丙氨酸的修饰作用:!,O>二氢>O>次甲基>
IN>咪唑>I>酮(4UV)
012X I 48;191#5’186 89 ;($,;)85@5616( 16 N./:!,O>;1$,;)8>O>
7(’$,@1;(6(>IN>171;5C8@>I>86(
· I · 生物加工过程 第 J卷第 I期
万方数据
为了进一步提供支持这一机理的证据,设计了两
个不同的非芳香 !"#$%相关衍生物作为有用的探针。
其一,&,’"二氢"!"#$%[("(),*"环己二烯酰)"!"丙氨酸];
另一个则是 ),*"二氢"!"#$%[("(&,’"环己二烯酰)"!"丙
氨酸]。拟将这种 &,’"二氢异构体作为底物,亲电攻击
则产生一个靠近侧链的碳正离子;这样,!"位质子比较
易于变成酸性,可由酶促碱基除去(图 ’)[+]。
图 ’ &,’"二氢"!"苯丙氨酸的 #,!反应过程
-./0’ 12345% 26 7$% #,! 4%897.2: ;.7$ &,’"<.$=<42"!">$%:=?8?8"
:.:%
如果在 ),*"二氢异构体情况下,也可能发生一
种亲电攻击。但是产生的正电荷并不靠近侧链定
位,!"位质子仍保持非酸性;那么则不触发裂合酶反
应(图 @)[+]。如果这种预测结果是正确的,将会对
新近提出的机理提供进一步的证据。
图 @ ),*"二氢"!"苯丙氨酸的 #,!反应过程
-./0@ 12345% 26 7$% #,! 4%897.2: ;.7$ ),*"<.$=<42"!">$%:=?8?8"
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参考文献:
[)] 赵心清,白风武,张晓慧,等 A水杨酸信号转导因子对高山红景
天悬浮细胞苯丙氨酸解氨酶及红景天甙生产的影响[B]0 精细
与专用化学品,&CC&,(增刊):+*"++0
[&] 侯丕勇,郭顺星 0 真菌对铁皮石斛原球茎酶活性和胞外 >D的
影响[B]A微生物学通报,&CC*,()(&):&@"&E0
[(] 赵健身,杨顺楷 0 苯丙氨酸解氨酶[B]A天然产物研究与开发,
)EE(,’(*):*+"’@0
[*] 杨 敏,杨顺楷 0 微生物苯丙氨酸解氨酶(#,!)F肉桂酸途径
生物转化制 !"苯丙氨酸酶源菌种选育[B]0 应用与环境生物学
报,)EEE,’(@):@*("@’C0
[’] 杨顺楷 0 !"苯丙氨酸酶法生产新工艺[B]0 精细与专用化学品,
&CC),&:)G")E0
[@] H8I.< B,,-247$%4.:/$8J !K,?.3 LK,%7 8?0!84/%"598?% 3::87348?
8J.:2 89.< 5=:7$%5.5[B]0 M>%9.8?.7= 1$%J.98?5,)EEE,N%>4.:7%<0
[+] MO2?837 ,,N%7%= B0 ("(&,’"9=9?2$%P8<.%:=?)"!"8?8:.:%"(),*"H.$=<42"
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529"* F &CC’* F .:742<397.2:0$7J?,&CC("*"&(0
[G] M9$;%<% V-,N%7%= B,M9$3?W KS0 14=578? 57439734% 26 D.57.<.:% 8J"
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[B]0 -SRM !%77,)EE*,(*E:&’&"&’*0
[)C]K.I27 Q!,MJ.7$ V,,,U%?%5 ND0M73<.%5 2: 7$% J%9$8:.5J 26 897.2: 8:<
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[)&]M Y Z8:/,1 Z 1$%:/,L ! Z8:/,%7 8?0 R.292:I%45.2: 26 84=?894=?.9
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734% 8:8?2/3%5[,]0 #429%%<.:/5 26 7$% 5%I%:7$ 1$.:%5% #%>7.<% M=J>2"
5.3J[[],M$8:/$8. M9.%:7.6.9\V%9$:.98? #3U?.5$%45,&CC*0
[)(]赵健身,杨顺楷 0 微生物转化芳基丙烯酸类物质不对称合成 !"
""氨基酸的新方法[B]0 化学学报,)EE+,’’:)E@"&C)0
[)*]B M ]$82,M Y Z8:/A N%< =%857 9878?=W%< 8J.:87.2: 26 2?%6.:.9 U2:<5
8:< 5=:7$%5.5 26 2>7.98??= >34% M"8J.:2 89.<5[B]0 1$.:%5% B 1$%J,
)EE’,)((():&*)"&*’0
[)’]赵健身,朱 立,杨顺楷 A化学"酶法立体控制合成光学纯 ("(&"
吡啶基)丙氨酸的新方法[B]0 药学学报,)EE*,&E(+):’’G"’@C0
&CC*年 ))月 杨顺楷等:苯丙氨酸解氨酶(#,!,S1*0(0)0’)反应机理研究新进展 · ’ ·
万方数据