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Research progress in ethanol fermentation by Saccharomyces cerevisiae using L-arabinose

酿酒酵母L-阿拉伯糖转化乙醇代谢工程的研究进展



全 文 :第 12卷第 1期
2014年 1月
生  物  加  工  过  程
Chinese Journal of Bioprocess Engineering
Vol􀆰 12 No􀆰 1
Jan􀆰 2014
doi:10􀆰 3969 / j􀆰 issn􀆰 1672-3678􀆰 2014􀆰 01􀆰 013
收稿日期:2013-11-27
基金项目:国家重点基础研究发展计划(973计划)(2011CB707405);国家自然科学基金(30970091,31070096,31270151)
作者简介:汪城墙( 1986—),男,黑龙江鹤岗人,博士研究生,研究方向:木糖和阿拉伯糖转运蛋白功能分析与酿酒酵母代谢工程;鲍晓明(联系
人),教授,E⁃mail:bxm@ sdu􀆰 edu􀆰 cn
酿酒酵母 L 阿拉伯糖转化乙醇代谢工程的研究进展
汪城墙,沈  煜,张艳艳,索  凡,侯  进,鲍晓明
(山东大学 微生物技术国家重点实验室,济南 250100)
摘  要:L 阿拉伯糖是木质纤维素原料中一种重要的五碳糖组分,但传统的乙醇生产菌株酿酒酵母(Saccharomyces
cerevisiae)不能利用 L 阿拉伯糖。 通过代谢途径工程手段,在酿酒酵母中引入 L 阿拉伯糖初始代谢途径可以获得
能利用 L 阿拉伯糖乙醇发酵的重组菌株。 并且,通过代谢途径的疏通以及吸收系统的优化可以强化重组菌株代
谢 L 阿拉伯糖的能力。 笔者从以上角度综述了近年来酿酒酵母转化 L 阿拉伯糖生产乙醇的研究进展。
关键词:木质纤维素;L 阿拉伯糖;乙醇;酵母;代谢工程
中图分类号:TS261􀆰 11        文献标志码:A        文章编号:1672-3678(2014)01-0086-08
Research progress in ethanol fermentation by Saccharomyces cerevisiae
using L⁃arabinose
WANG Chengqiang,SHEN Yu,ZHANG Yanyan,SUO Fan,HOU Jin,BAO Xiaoming
(State Key Laboratory of Microbial Technology,Shandong University,Jinan 250100,China)
Abstract: L⁃arabinose is an important component for the total sugars fermentation of
lignocellulose􀆰 Traditional strain of Saccharomyces cerevisiae can not utilize L⁃arabinose. Metabolic
strategies are used to introduce L⁃arabinose utilizing pathway to S􀆰 cerevisiae to get L⁃arabinose fermenting
strains􀆰 To optimize the metabolic pathway and the transportation of the recombinant strains can enhance
the metabolism of L⁃arabinose􀆰 The research progress of ethanol fermentation by S􀆰 cerevisiae using
L⁃arabinose is reviewed􀆰
Key words:lignocellulose;L⁃arabinose;ethanol;yeast;metabolic engineering
    燃料乙醇是公认的最有发展前景的新型生物能
源[1]。 第一代燃料乙醇的生产主要是以粮食为原料。
2011年,全世界的生物乙醇产量为 1􀆰 06亿 L,2012年
产量可以达到 1􀆰 13亿 L[2]。 由于第一代燃料乙醇的
生产存在与人争粮的问题,因而提出以木质纤维素材
料为原料的第二代燃料乙醇生产策略,以推进燃料乙
醇的规模化应用。 木质纤维素材料是地球上最丰富
的可再生资源之一,是燃料乙醇生产的廉价原
料[3-5]。 我国是农业大国,有十分丰富的农作物秸
秆、林木枝条为主的富含大量木质纤维素成分的农林
业废弃物资源。 自 20世纪 70年代以来,有关生物质
的全糖利用问题已成为木质纤维素原料再生性能源
开发的重要课题。 开发生产工艺将木质纤维素原料
充分转化成单糖组分,并将得到的所有单糖组分转化
成乙醇,是木质纤维素发酵生产乙醇的必要条件,这
一观点已达成普遍共识[6-7]。 构建可以发酵全糖组
分的微生物工程菌株是纤维素乙醇规模化生产与应
用的前提条件之一[8]。
木质纤维素包含纤维素、半纤维素和木质素三
部分,其中纤维素、半纤维素包含多种己糖及戊糖
组分,表 1中列出了常见的几种木质纤维素原料中
的主要单糖含量。 从表 1 可以看出,虽然不同种类
木质纤维素原料中 L 阿拉伯糖的含量差别较
大[9],但其含量在木质纤维素糖组分中位于第三
位[10]。 同时它和木糖一样,是比较容易通过预处理
过程从木质纤维素原料中释放出来的糖分,是木质
纤维素全糖乙醇发酵的重要底物成分[11]。 木质纤
维素原料中的大部分单糖都是 D 型,但 L 阿拉伯
糖却主要以 L型呋喃糖的形式存在[10]。
酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)是广泛应用
于食品及化工工业生产的微生物,人们对酿酒酵母
的利用已有上千年的历史。 作为传统的乙醇发酵
菌株,其具有乙醇产量高、厌氧生长,抗逆性强等诸
多优良生产性状,因而成为第二代燃料乙醇产业化
进程中备受关注的重要微生物[2]。 虽然野生型的
酿酒酵母可以通过非特异性的醛糖还原酶转化 L
阿拉伯糖生成阿拉伯糖醇,但很难完成后续代谢步
骤[12]。 通过表达缺乏的 L 阿拉伯糖代谢最初几步
所需的酶基因,可以赋予其代谢 L 阿拉伯糖的能
力。 酿酒酵母 L 阿拉伯糖代谢工程的研究,起步远
晚于木糖代谢工程的研究,近几年来取得了阶段性
进展,有效地拓展了酿酒酵母的底物利用范
围[11,13],提高了木质纤维素原料的利用效率,推进
了第二代燃料乙醇生产过程的成本节约和经济可
行的进程。
本文中笔者综述近年来有关遗传改造的酿酒
酵母在代谢 L 阿拉伯糖方面的研究,分析其研究进
展,为其在工业领域的应用提供参考。
表 1  不同木质纤维素原料中部分单糖的含量
Table 1  Sugar composition of various lignocellulosic raw materials

原料 m(葡萄糖) m(木糖) m(L 阿拉伯糖) m(半乳糖) m(甘露糖) 文献
玉米皮 35􀆰 3 30􀆰 62 12􀆰 84 — — [14]
玉米秸秆 36􀆰 8 22􀆰 2 5􀆰 5 2􀆰 9 0􀆰 3 [15]
大麦秸秆 36􀆰 8 17􀆰 2 5􀆰 3 2􀆰 2 — [16]
水稻秸秆 41􀆰 0 14􀆰 8 4􀆰 5 0􀆰 4 1􀆰 8 [17]
棉花废弃物 20􀆰 0 4􀆰 6 2􀆰 3 0􀆰 1 2􀆰 1 [17]
柳枝稷 34􀆰 2 23􀆰 3 2􀆰 0 1􀆰 5 0􀆰 5 [18]
蔗渣 43􀆰 3 24􀆰 3 2􀆰 0 — — [19]
高粱秸秆 27􀆰 5 10􀆰 3 1􀆰 8 0􀆰 3 — [20]
                  注:以 100克干物质计算各种糖的质量。
1  L 阿拉伯糖代谢途径
自然界中,主要有 2条 L 阿拉伯糖的初始代谢
途径(图 1) [11],分别存在于细菌和真菌中。 其中,
细菌 L 阿拉伯糖代谢途径(图 1,①)较为简单[21]:
L 阿拉伯糖经转运蛋白进入细胞后,在 L 阿拉伯
糖异构酶(L⁃arabinose isomerase,AI)作用下转化为
其异构体 L 核酮糖,L 核酮糖由 L 核酮糖激酶
(L⁃ribulokinase,RK)磷酸化后生成 L 核酮糖 5
磷酸,进一步经 L 核酮糖 5 磷酸 4 差向异构酶
(L⁃ribulose⁃5⁃P⁃4⁃epimerase,RPE)作用产生细胞可
代谢的 5 磷酸木酮糖;真菌 L 阿拉伯糖代谢途径
(图 1,②)相对复杂[22],涉及 5 个酶,由 4 个交替的
氧化还原反应组成。 在这条代谢途径中,L 阿拉伯
糖首先被 L 阿拉伯糖还原酶( arabinose reductase,
AR)还原成 L 阿拉伯糖醇,再被 L 阿拉伯糖醇
4 脱氢酶( L⁃arabinitol 4⁃dehydrogenase,LAD)转化
成 L 木酮糖, L 木酮糖经 L 木酮糖还原酶
(L⁃xylulose reductase,LXR)还原成木糖醇,木糖醇
在木糖醇脱氢酶(D⁃xylitol dehydrogenase,XDH)和
木酮糖激酶(xylulokinase,XK)作用下生成 5 磷酸
木酮糖。 以上两条初始代谢途径中,L 阿拉伯糖均
78  第 1期 汪城墙等:酿酒酵母 L 阿拉伯糖转化乙醇代谢工程的研究进展
被转化生成 5 磷酸木酮糖,进入细胞内的磷酸戊
糖途径(pentose phosphate pathway,PPP)进一步被
代谢,由中间产物 6 磷酸果糖和 3 磷酸甘油醛的
形式进入糖酵解途径(EMP)或 Entner Doudoroff
途径(ED),在限氧或厌氧条件下生成乙醇,完成
整个发酵过程[12] 。 比较这 2 种途径,真菌途径涉
及基因较多,代谢过程中的氧化还原反应存在辅
酶不平衡问题,较为复杂;而细菌途径只涉及 3 个
酶,是酿酒酵母 L 阿拉伯糖代谢工程改造的便利
途径。
AR—L 阿拉伯糖还原酶;LAD—L 阿拉伯糖醇 4 脱氢酶;LXR—L 木酮糖还原酶;XDH—D 木糖醇脱氢酶;
XK—木酮糖激酶;AI—L 阿拉伯糖异构酶;RK—L 核酮糖激酶;RPE—L 核酮糖 5 磷酸 4 差向异构酶;PPP—磷酸戊糖途径
图 1  微生物细胞的 L 阿拉伯糖初始代谢途径
Fig􀆰 1  Initial metabolic pathway of L⁃arabinose in micro⁃organisms
2  酿酒酵母的 L 阿拉伯糖代谢工程
研究
    根据代谢工程理念,用基因工程手段,将 L 阿
拉伯糖初始代谢途径引入酿酒酵母中,可以构建能
代谢 L 阿拉伯糖产生乙醇的工程菌株[23]。 细菌和
真菌 L 阿拉伯糖代谢途径均有研究者尝试在酿酒
酵母中建立。
2􀆰 1  酿酒酵母中细菌 L 阿拉伯糖代谢途径的
构建
    细菌 L 阿拉伯糖初始代谢途径,通过分别由
araA、araB和 araD编码的 3种酶:L 阿拉伯糖异构
酶、L 核酮糖激酶和 RPE,可将 L 阿拉伯糖转化为
D 木酮糖 5 P(图 1,①),此过程不涉及辅酶参
与的氧化还原反应。 通过对细菌 L 阿拉伯糖代谢
途径中不同来源基因的分析与优化,并结合进化工
程选育和转运系统强化,可以提高重组酿酒酵母 L
阿拉伯糖的代谢能力。
2􀆰 1􀆰 1  L 阿拉伯糖异构酶的表达活性是主要限速
步骤
目前 为 止, 来 源 于 大 肠 杆 菌 ( Escherichia
coli) [24-25]、植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum) [11]、
枯草芽胞杆菌(Bacillus subtilis) [25]、 地衣芽胞杆菌
(Bacillus licheniformis) [26]、戊糖片球菌(Pediococcus
pentosaceus) [26]、 肠 系 膜 明 串 珠 菌 ( Leuconostoc
mesenteroides) [26] 和 丙 酮 丁 醇 梭 菌 ( Clostridium
acetobutylicum) [26]等细菌的 L 阿拉伯糖初始代谢途
径相关基因已在酿酒酵母中成功表达。 Sedlak 等[24]
于 2001年首次报道在酿酒酵母中异源表达了大肠杆
菌(E􀆰 coli)的 L 阿拉伯糖初始代谢途径,但重组菌
株不能利用 L 阿拉伯糖生长,也没有检测到乙醇的
生成,而重组菌株在非特异性醛糖还原酶作用下产
生并积累了大量的副产物阿拉伯糖醇。 这表明,大
肠杆菌 L 阿拉伯糖异构酶在酿酒酵母细胞内没有
功能 性 表 达。 Becker 等[25] 用 枯 草 芽 胞 杆 菌
(B􀆰 subtilis)来源的 araA 基因代替大肠杆菌的 araA
基因,研究发现重组酿酒酵母的 L 阿拉伯糖异构酶
的活性较高,且能够利用 L 阿拉伯糖生长,在限氧
条件下,菌株代谢 L 阿拉伯糖生成乙醇的速率为
0􀆰 06~0􀆰 08 g / (h·g)(以细胞干质量计)。 在此基础
上,Wiedemann 等[26]通过密码子优化策略提高了
araA(B􀆰 subtilis)、araB 和 araD 3 个基因的表达水
平,使 L 阿拉伯糖的利用速率从 0􀆰 08 g / ( h·g)提
高到 0􀆰 11 g / ( h·g),乙醇得率从 0􀆰 24 g / g 提高到
0􀆰 39 g / g(以 1 g L 阿拉伯糖计)。 笔者所在课题组
的 Wang 等[27]将经过密码子优化的植物乳杆菌
(L􀆰 plantarum)L 阿拉伯糖初始代谢途径的 3 个基
因整合表达在酿酒酵母染色体中,但重组菌株在 L
阿拉伯糖培养基上依然不能生长;进一步通过强启
动子 TEF1以附加体 2μ质粒形式提高 L 阿拉伯糖
88 生  物  加  工  过  程    第 12卷 
异构酶的表达量后,经过 150 h 的孵育之后,获得了
在 L 阿拉伯糖培养基上能生长的重组菌株。 以上
实验结果表明,细菌 L 阿拉伯糖代谢途径的 3个酶
基因中,第一个酶基因 araA在酿酒酵母中的高表达
活性是使途径得以畅通的重要前提。
2􀆰 1􀆰 2  PPP 途径强化提高 L 阿拉伯糖的代谢能力
L 阿拉伯糖转化生成的 5 磷酸木酮糖,需通
过 PPP 途径进一步被代谢(图 1)。 Wisselink 等[11]
将 PPP 途径非氧化阶段的 4 个重要基因转醛醇酶
基因 ( TAL1)、转酮醇酶基因 ( TKL1)、RPE 基因
(RPE1)和 5 磷酸核糖酮醇异构酶基因 (RKI1),过
表达在带有植物乳杆菌 L 阿拉伯糖代谢途径的酿
酒酵母中,并结合进化工程手段育种后得到了目前
最佳的 L 阿拉伯糖单糖代谢重组菌株。 其 L 阿拉
伯糖的单糖利用速率提高到 0􀆰 7 g / ( h·g),乙醇生
成速率增加到 0􀆰 29 g / ( h·g),乙醇产率达到 0􀆰 43
g / g(以 1 g L 阿拉伯糖计)。 Wisselink 等[28]对乙
醇产量提高的进化后菌株的转录组结果分析表明,
基因 TKL2 和 YGR043c(分别为 PPP 途径中的转酮
醇酶和转醛醇酶的同功酶)的表达水平分别提高了
2􀆰 9倍和 6􀆰 1倍,敲除 2个基因则导致 L 阿拉伯糖
的比消耗速率降低了 21%。 对 L 阿拉伯糖厌氧发
酵条件下的代谢流量分析发现,其通过胞内 PPP 途
径的代谢流量是葡萄糖发酵条件下的 30 倍以上。
这证明 PPP 途径相关下游途径基因的高水平表达
是强化 L 阿拉伯糖发酵能力的重要原因。 Wang
等[27]将 PPP 途径相关基因超表达在了含有密码子
优化后的植物乳杆菌源的 araA、araB和 araD 3个基
因的重组菌株中,也增强了菌株代谢 L 阿拉伯糖的
能力,再进一步结合适应性进化策略育种之后,得
到了 1株在厌氧条件下 L 阿拉伯糖比利用速率超
过 0􀆰 49 g / (h·g)的菌株,乙醇产率可达到 0􀆰 42 g / g
(以 1 g L 阿拉伯糖计)。 分析主要原因是由于下
游途径基因的高水平表达促使了 L 阿拉伯糖代谢
流量向生成乙醇的方向集中,最终增加了乙醇产
量。 下游途径的强化是进一步提高 L 阿拉伯糖的
代谢速率和乙醇生成速率的有效措施。
2􀆰 1􀆰 3  适应性进化显著提高重组菌株代谢 L 阿拉
伯糖的能力
在酿酒酵母中表达细菌初始 L 阿拉伯糖代谢
途径后,所得重组菌株不能立即获得在 L 阿拉伯
糖上的生长能力,但菌株进一步用适应性进化手
段在以 L 阿拉伯糖为唯一 C 源的培养基上驯化
之后,很多菌株获得了 L 阿拉伯糖的显著代谢能
力。 Becker等[25]将枯草芽胞杆菌(B􀆰 subtilis)来源
的 araA基因和大肠杆菌的 araB 和 araD 基因异源
表达在酿酒酵母中,Wisselink 等[11]将植物乳杆菌
来源的 L 阿拉伯糖代谢途径异源表达在酿酒酵
母中,但所得到的 2 种重组菌株并不能在 L 阿拉
伯糖培养基上生长,经过进一步在 L 阿拉伯糖培
养基上的一系列转接之后,重组菌株获得了在 L
阿拉伯糖培养基上的快速生长能力。 Wang 等[27]
得到的第 1 株在L 阿拉伯糖上生长的菌株,也是
在 L 阿拉伯糖培养基上经过 150 h的孵育之后才
出现了明显生长。
2􀆰 2  酿酒酵母中真菌 L 阿拉伯糖代谢途径的
构建
    真菌 L 阿拉伯糖初始代谢途径通过 5 种酶:
L 阿拉伯糖还原酶、L 阿拉伯糖醇 4 脱氢酶、L
木酮糖还原酶、木糖醇脱氢酶和木酮糖激酶作用生
成 D 木酮糖 5 P(图 1,②),此过程由 4 个交替
的氧化还原反应组成。 陆续克隆得到上述 5种酶之
后,重组酿酒酵母获得了 L 阿拉伯糖的代谢能力。
通过改变 4个氧化还原酶的辅酶偏好性,可以提高
重组酿酒酵母 L 阿拉伯糖的代谢能力。
2􀆰 2􀆰 1  完整真菌 L 阿拉伯糖代谢途径在酿酒酵母
中的建立
在细菌 L 阿拉伯糖代谢途径研究的同时,真菌
中涉及此途径的 5 个酶基因陆续被发现,并在酿酒
酵母中功能表达:酿酒酵母和毕赤酵母中存在 L 阿
拉伯糖还原酶和木酮糖激酶,多种真菌中含有木糖
醇脱氢酶[29];直到瑞氏木霉中的 L 阿拉伯糖醇脱
氢酶和 L 木酮糖还原酶被发现并在酿酒酵母中表
达,完整的真菌 L 阿拉伯糖代谢途径从而得以在酿
酒酵母中构建[29-31]。 Richard 等[29-31]报道,在酿酒
酵母中构建上述真菌 L 阿拉伯糖代谢途径,得到的
重组菌株可在 L 阿拉伯糖上生长,并在厌氧条件下
生成乙醇。
2􀆰 2􀆰 2  辅酶不平衡是限制此途径代谢能力的重要
因素
真菌 L 阿拉伯糖代谢途径的 4 步交替的氧化
还原反应中,2个还原酶对辅酶 NADPH的亲和性高
于对辅酶 NADH 的亲和性,而 2 个脱氢酶严格以
NAD+为辅酶,从而造成 NADH 的积累,造成胞内辅
酶的不平衡,限制 L 阿拉伯糖的代谢能力[31]。
Richard等[29]构建的含有真菌 L 阿拉伯糖代谢途
98  第 1期 汪城墙等:酿酒酵母 L 阿拉伯糖转化乙醇代谢工程的研究进展
径的菌株的 L 阿拉伯糖利用速率明显低于细菌途
径,其主要原因是代谢过程中辅酶不平衡造成的。
Bengtsson等[32]将 1个对 NADH 亲和力提高的阿拉
伯糖还原酶(AR) (K270R)和 1 个 NADH 依赖的
L 木酮糖还原酶(ALK) [33]代替 Richard 等[29]研究
中相应的酶组分,在酿酒酵母中构建了辅酶偏好性
优化后的 L 阿拉伯糖真菌代谢途径,辅酶不平衡问
题得到一定程度的缓解,得到的菌株在 L 阿拉伯糖
和葡萄糖混合发酵下,副产物阿拉伯糖醇转化率明
显下降,乙醇产率达到 0􀆰 42 g / g (以 1 g 总糖
计) [34]。 Ghosh等[35]对 L 阿拉伯糖真菌代谢途径
和木糖的 XR XDH途径辅酶不平衡问题进行研究
后发现,酿酒酵母中辅酶平衡的代谢途径比不平衡
途径可以提高 24􀆰 7%的乙醇产量。 可见,辅酶不平
衡问题是制约真菌途径代谢能力提高的重要限制
因素,此途径的后续研究重点应集中在进一步优化
辅酶偏好性以提高酶分子功能等方面。
3  葡萄糖、木糖和 L 阿拉伯糖共糖
代谢微生物工程菌株的构建
    充分利用木质纤维素原料,需要在酿酒酵母中
整合葡萄糖、木糖和 L 阿拉伯糖的代谢。 L 阿拉
伯糖代谢研究中,一项重要的工作是在酿酒酵母中
同时整合木糖发酵途径,以构建葡萄糖、木糖和 L
阿拉伯糖的共糖发酵菌株,以期得到发酵全糖组分
的微生物工程菌株。 目前已经有一些工作报道了
共糖发酵工程菌株的研究。
3􀆰 1  L 阿拉伯糖的细菌代谢途径和木糖 XR
XDH途径的共表达
    Karhumaa 等[36]将细菌 L 阿拉伯糖代谢途径
引入酿酒酵母实验室菌株和工业菌株中,同时共表
达木糖的 XR XDH代谢途径,构建了共代谢 L 阿
拉伯糖和木糖的酿酒酵母实验室菌株和工业菌株,
在过表达了枯草芽胞杆菌来源的阿拉伯糖异构酶
后,明显提高了菌株的 L 阿拉伯糖利用能力。 这证
明了 2条戊糖代谢途径共表达的可操作性,不过此
共表达策略会增加副产物 L 阿拉伯糖醇的产生。
Sanchez等[37]将细菌 L 阿拉伯糖途径和 XR XDH
途径整合表达在工业酿酒酵母后,采用进化策略改
造菌株,在好氧或厌氧条件下,L 阿拉伯糖和木糖
的利用率都得到加强,但 L 阿拉伯糖基本全部转化
为副产物阿拉伯糖醇。 这说明 XR XDH 途径中的
XR减少了 L 阿拉伯糖细菌途径向乙醇代谢的流
向,增加了向副产物 L 阿拉伯糖醇的代谢流向。
3􀆰 2  L 阿拉伯糖的细菌代谢途径和木糖异构酶
(XI)途径的共表达
    为了缓解细菌 L 阿拉伯糖代谢途径受 XR
XDH途径的影响,与不含醛糖还原酶的 XI 途径的
共表达是较佳选择。 Wisselink等[13]将细菌 L 阿拉
伯糖代谢途径和 XI代谢途径共表达,得到了共利用
葡萄糖、木糖和 L 阿拉伯糖的重组菌株[11,13]。 共
糖发酵结果显示,乙醇产率达到 0􀆰 43 g / g(以 1 g 总
糖计),并且没有副产物木糖醇和阿拉伯糖醇的积
累。 此共表达策略构建的重组菌株的进化潜力较
大,在进一步用三糖培养基(葡萄糖、木糖和 L 阿
拉伯糖)、双糖培养基(木糖和 L 阿拉伯糖)和 L
阿拉伯糖单糖培养基依次重复选育之后,重组菌株
的三糖(30 g / L葡萄糖、15 g / L木糖和 15 g / L L 阿
拉伯糖)发酵的总时间从 60 h 降为 35 h,这是目前
实验室菌株在三糖共发酵情况下的最佳结果。 以
上结果说明,L 阿拉伯糖的细菌代谢途径和木糖的
XI途径的共表达是理想策略。
3􀆰 3  L 阿拉伯糖的真菌代谢途径可同时代谢木糖
XR XDH 代谢途径中的醛糖还原酶、木糖醇
脱氢酶和木酮糖激酶亦是阿拉伯糖真菌途径中的 3
个酶,表达有 L 阿拉伯糖的真菌代谢途径的菌株亦
具有代谢木糖的能力。 Bettiga 等[34] 构建的含有
L 阿拉伯糖真菌代谢途径的菌株实现了葡萄糖、木
糖和L 阿拉伯糖的混糖发酵。 在葡萄糖消耗后,菌
株木糖和 L 阿拉伯糖的消耗速率分别达到 0􀆰 08
g / (h·g)和 0􀆰 02 g / (h·g),乙醇得率达到 0􀆰 35 g / g
(以 1 g 戊糖计)。 Bera 等[38]在含有 XR XDH 代
谢途径的菌株中额外表达了阿拉伯糖醇脱氢酶
(LAD)和 L 木酮糖还原酶(ALK),也得到了同时
代谢 L 阿拉伯糖的菌株,乙醇得率超过 40%。
4  酿酒酵母的 L 阿拉伯糖转运蛋白
研究
    L 阿拉伯糖需通过转运蛋白的协助才可以进
入酿酒酵母细胞,并且这一转运过程受到葡萄糖的
强烈抑制。 Subtil等[39]证明了葡萄糖对 L 阿拉伯
糖的抑制效应主要发生在转运环节,L 阿拉伯糖转
运速率是 L 阿拉伯糖利用的限速步骤之一。
Richard等[29]对 L 阿拉伯糖代谢菌株的分子机制
分析发现,L 阿拉伯糖转运能力的提高是菌株对
L 阿拉伯糖利用能力增强的原因。 在酿酒酵母菌
09 生  物  加  工  过  程    第 12卷 
株中表达可缓解葡萄糖抑制的 L 阿拉伯糖高效转
运蛋白能提高菌株的 L 阿拉伯糖代谢能力。
4􀆰 1  酿酒酵母内源 L 阿拉伯糖转运蛋白的功能
研究
    野生型酿酒酵母不能发酵 L 阿拉伯糖,但是可
以通过对 L 阿拉伯糖亲和性较低的內源己糖运输
蛋白 Gal2p[40]、Hxt9p 和 Hxt10p 来摄取 L 阿拉伯
糖[41],其中,Gal2p 的 L 阿拉伯糖转运能力最强。
Becker等[25]通过超表达 GAL2 基因,促进了酿酒酵
母对 L 阿拉伯糖的吸收。 Richard 等[30] 在菌株
IMS0002中,通过敲除 GAL2 基因,证明了 Gal2p 是
酿酒酵母利用 L 阿拉伯糖为唯一 C 源生长的必要
前提。 Wang 等[27]在驯化后的 L 阿拉伯糖代谢菌
株中进一步超表达 GAL2 基因后,菌株的 L 阿拉伯
糖代谢能力进一步提高,其中,L 阿拉伯糖比利用
速率提高了 24%,达到 0􀆰 61 g / (h·g),乙醇产率提
高到 0􀆰 43 g / g(以 1 g总糖计)。
4􀆰 2  异源 L 阿拉伯糖转运蛋白促进 L 阿拉伯糖
的利用
    异源表达不受葡萄糖抑制的或葡萄糖抑制程
度较低的 L 阿拉伯糖转运蛋白可以进一步提高酿
酒酵母的 L 阿拉伯糖利用能力。 Verho 等[42]从酵
母 Ambrosiozyma monospora中扩增得到了 2 个 L 阿
拉伯糖特异性转运蛋白,2 个蛋白的表达提高了酿
酒酵母转运 L 阿拉伯糖的能力。 Subtil 等[41]利用
内源 18个己糖转运蛋白全部缺失的酿酒酵母突变
株研究不同来源的转运蛋白,发现毕赤酵母
( Scheffersomyces stipitis ) 的 AraTp 和 拟 南 芥
(Arabidopsis thaliana)中的 Stp2p转运蛋白在酿酒酵
母中得到了功能性表达并且具有 L 阿拉伯糖转运
功能,尤其在低浓度 L 阿拉伯糖条件下具有很强的
L 阿拉伯糖转运能力,并且几乎不转运葡萄糖。 此
研究对 L 阿拉伯糖转运蛋白的研究起了巨大的推
进作用。 笔者所在课题组近期从皮状丝孢酵母
(Trichosporon cutaneum)中扩增得到了 2 条在酿酒
酵母中具有 L 阿拉伯糖转运功能的转运蛋白,其中
1条为 L 阿拉伯糖专一性转运蛋白,转运速率为
Gal2p的 22%(数据尚未发表)。 目前为止,人们已
在可以代谢 L 阿拉伯糖的真菌和细菌中发现了多
种 L 阿拉伯糖转运蛋白,但在酿酒酵母中高效表达
L 阿拉伯糖专一性转运蛋白,提高菌株代谢 L 阿
拉伯糖能力的研究尚不足[43],这也将是 L 阿拉伯
糖工程菌研究的重要课题之一。
5  结论与展望
通过基因工程策略,结合适应性进化和育种等
手段,细菌和真菌的 L 阿拉伯糖代谢途径均在酿酒
酵母菌株中成功建立和表达,并能在厌氧或限氧条
件下生成乙醇,有效扩展了酿酒酵母的底物利用范
围。 高效的全糖发酵菌株的获得是燃料乙醇生产
可行的关键。 经济可行的利用木质纤维素原料生
产燃料乙醇,需要充分利用木质纤维素水解液中的
葡萄糖、木糖和 L 阿拉伯糖。 酿酒酵母的木糖转化
乙醇代谢工程菌株的研究已经取得了较大进展,纯
糖的乙醇转化率已接近理论值的 90%,但纤维素原
料水解混合糖液的木糖发酵效果逊色于纯糖发酵。
酿酒酵母的 L 阿拉伯糖乙醇转化工程菌株的研究
相对滞后,纤维素原料水解混合糖液的 L 阿拉伯糖
发酵测试结果尚无相关文献报道。 目前,所研究的
全糖发酵工艺大多处于实验室研究阶段,还没有得
到稳定的、经济上可行的、能进入产业化阶段的优
良重组菌株,尚需进一步将研究成果从实验室研究
有效转接到工业应用中来。 未来的 L 阿拉伯糖代
谢研究将集中在己糖和戊糖全糖高效共利用角度,
尤其是对存在抑制物的原料水解液糖组分的共利
用,以缩短发酵时间,提高乙醇生成速率和产量。
寻找可以在酿酒酵母中高效表达并且不影响菌株
生长能力的异源 L 阿拉伯糖专一性转运蛋白,缓解
葡萄糖抑制效应,也是提高 L 阿拉伯糖以及全糖共
利用效率的重要策略之一。
参考文献:
[ 1 ]   Hahn⁃Hägerdal B, Galbe M, Gorwa⁃Grauslund M F, et al􀆰 Bio⁃
ethanol: the fuel of tomorrow from the residues of today [ J] .
Trends Biotechnol,2006,24(12):549⁃556􀆰
[ 2 ]   den Haan R, Kroukamp H, Mert M, et al􀆰 Engineering
Saccharomyces cerevisiae for next generation ethanol production
[J] .J Chem Technol Biotechnol,2013,88(6):983⁃991􀆰
[ 3 ]   Farrell A E,Plevin R J,Turner B T,et al􀆰 Ethanol can contribute
to energy and environmental goals [ J ] . Science, 2006, 311:
506⁃508􀆰
19  第 1期 汪城墙等:酿酒酵母 L 阿拉伯糖转化乙醇代谢工程的研究进展
[ 4 ]  Ragauskas A J, Williams C K, Davison B H, et al􀆰 The path
forward for biofuels and biomaterials [ J] . Science, 2006, 311:
484⁃489􀆰
[ 5 ]   Mabee W E􀆰 Policy options to support biofuel production[J] .Adv
Biochem Eng Biotechnol,2007,108:329⁃357􀆰
[ 6 ]   Galbe M,Zacchi G􀆰 A review of the production of ethanol from
softwood[J] .Appl Microbiold Biotechnol,2002,59(6):618⁃628􀆰
[ 7 ]   Suriyachai N, Weerasaia K, Laosiripojana N, et al􀆰 Optimized
simultaneous saccharification and co⁃fermentation of rice straw for
ethanol production by Saccharomyces cerevisiae and
Scheffersomyces stipitis co⁃culture using design of experiments[J] .
Bioresour Technol,2013,142:171⁃178􀆰
[ 8 ]   Kim S R,Ha S J,Wei N,et al􀆰 Simultaneous co⁃fermentation of
mixed sugars:a promising strategy for producing cellulosic ethanol
[J] .Trends Biotechnol,2012,30(5):274⁃282􀆰
[ 9 ]   Almeida J R M, Runquist D, Sànchez Nogué V, et al􀆰 Stress⁃
related challenges in pentose fermentation to ethanol by the yeast
Saccharomyces cerevisiae[J] .Biotechnol J,2011,6(3):286⁃299􀆰
[10]   Seiboth B,Metz B􀆰 Fungal arabinan and L⁃arabinose metabolism
[J] .Appl Microbiol Biotechnol,2011,89(6):1665⁃1673􀆰
[11]   Wisselink H W,Toirkens M J,Berriel M R F,et al􀆰 Engineering of
Saccharomyces cerevisiae for efficient anaerobic alcoholic
fermentation of L⁃arabinose[ J] .Appl Eenviron Microbiol,2007,
73(15):4881⁃4891􀆰
[12]   Fonseca C,Romão R,Rodrigues de Sousa H, et al􀆰 L⁃arabinose
transport and catabolism in yeast[ J] . FEBS J,2007,274( 14):
3589⁃3600􀆰
[13]   Wisselink H W,Toirkens M J,Wu Q,et al􀆰 Novel evolutionary
engineering approach for accelerated utilization of glucose,xylose,
and arabinose mixtures by engineered Saccharomyces cerevisiae
strains[J] .Appl Environ Microbiol,2009,75(4):907⁃914􀆰
[14]   Buhner J,Agblevor F􀆰 Effect of detoxification of dilute⁃acid corn
fiber hydrolysate on xylitol production [ J ] . Appl Biochem
Biotechnol,2004,119(1):13⁃30􀆰
[15]   Öhgren K,Bura R,Saddler J, et al􀆰 Effect of hemicellulose and
lignin removal on enzymatic hydrolysis of steam pretreated corn
stover[J] .Bioresour Technol,2007,98(13):2503⁃2510􀆰
[16]   Linde M,Galbe M,Zacchi G􀆰 Simultaneous saccharification and
fermentation of steam⁃pretreated barley straw at low enzyme
loadings and low yeast concentration [ J ] . Enzyme Microbial
Technol,2007,40(5):1100⁃1107􀆰
[17]   Lee J􀆰 Biological conversion of lignocellulosic biomass to ethanol
[J] .J Biotechnol,1997,56(1):1⁃24􀆰
[18]   Faga B A,Wilkins M R,Banat I M􀆰 Ethanol production through
simultaneous saccharification and fermentation of switchgrass
using Saccharomyces cerevisiae D5A and thermotolerant
Kluyveromyces marxianus IMB strains [ J] . Bioresour Technol,
2010,101(7):2273⁃2279􀆰
[19]   Carrasco C,Baudel H M,Sendelius J,et al􀆰 SO2 ⁃catalyzed steam
pretreatment and fermentation of enzymatically hydrolyzed
sugarcane bagasse[J] .Enzyme Microbial Technol,2010,46(2):
64⁃73􀆰
[20]   Sathesh⁃Prabu C,Murugesan A G􀆰 Potential utilization of sorghum
field waste for fuel ethanol production employing Pachysolen
tannophilus and Saccharomyces cerevisiae[ J] .Bioresour Technol,
2011,102(3):2788⁃2792􀆰
[21]   Schleif R􀆰 Regulation of the L⁃arabinose operon of Escherichia coli
[J] .Trends Genetics,2000,16(12):559⁃565􀆰
[22]   Hahn⁃Hägerdal B, Karhumaa K, Jeppsson M, et al􀆰 Metabolic
engineering for pentose utilization in Saccharomyces cerevisiae[J] .
Adv Biochem Eng Biotechnol,2007,108:147⁃177􀆰
[23]   van Maris A J A, Abbott D A, Bellissimi E, et al􀆰 Alcoholic
fermentation of carbon sources in biomass hydrolysates by
Saccharomyces cerevisiae: current status [ J ] . Antonie Van
Leeuwenhoek,2006,90(4):391⁃418􀆰
[24]   Sedlak M, Ho N W Y􀆰 Expression of E􀆰 coli araBAD operon
encoding enzymes for metabolizing L⁃arabinose in Saccharomyces
cerevisiae[J] .Enzyme Microbial Technol,2001,28(1):16⁃24􀆰
[25]   Becker J,Boles E􀆰 A Modified Saccharomyces cerevisiae Strain that
consumes L⁃arabinose and produces ethanol [ J] . Appl Environ
Microbiol,2003,69(7):4144⁃4150􀆰
[26]   Wiedemann B,Boles E􀆰 Codon⁃optimized bacterial genes improve
L⁃arabinose fermentation in recombinant Saccharomyces cerevisiae
[J] .Appl Environ Microbiol,2008,74(7):2043⁃2050􀆰
[27]   Wang C, Shen Y, Zhang Y, et al􀆰 Improvement of L⁃arabinose
fermentation by modifying the metabolic pathway and transport in
Saccharomyces cerevisiae [ J ] . BioMed Res Int, 2013, doi:
10􀆰 1155 / 2013 / 461204􀆰
[28]   Wisselink H W, Cipollina C, Oud B, et al􀆰 Metabolome,
transcriptome and metabolic flux analysis of arabinose
fermentation by engineered Saccharomyces cerevisiae [ J] . Metab
Eng,2010,12(6):537⁃551􀆰
[29]   Richard P, Verho R, Putkonen M, et al􀆰 Production of ethanol
from L⁃arabinose by Saccharomyces cerevisiae containing a fungal
L⁃arabinose pathway[J] .FEMS Yeast Res,2003,3(2):185⁃189􀆰
[30]   Richard P, Londesborough J, Putkonen M, et al􀆰 Cloning and
expression of a fungal L⁃arabinitol 4⁃dehydrogenase gene [ J] . J
Biol Chem,2001,276(44):40631⁃40637􀆰
[31]   Richard P,Putkonen M,Vaananen R,et al􀆰 The missing link in
the fungal L⁃arabinose catabolic pathway,identification of the L⁃
xylulose reductase gene[J] .Biochem,2002,41(20):6432⁃6437􀆰
[32]   Bengtsson O, Hahn⁃Hägerdal B, Gorwa⁃Grauslund M F􀆰 Xylose
reductase from Pichia stipitis with altered coenzyme preference
improves ethanolic xylose fermentation by recombinant
29 生  物  加  工  过  程    第 12卷 
Saccharomyces cerevisiae[J] .Biotechnol Biofuels,2009,2:9􀆰 doi:
10.1186 / 1754⁃6834⁃2⁃9.
[33]   Verho R,Putkonen M,Londesborough J, et al􀆰 A novel NADH⁃
linked L⁃xylulose reductase in the L⁃arabinose catabolic pathway
of yeast[J] .J Biol Chem,2004,279(15):14746⁃14751􀆰
[34]   Bettiga M,Bengtsson O,Hahn⁃Hagerdal B,et al􀆰 Arabinose and
xylose fermentation by recombinant Saccharomyces cerevisiae
expressing a fungal pentose utilization pathway[ J] .Microb Cell
Fact,2009,8:40􀆰 doi:10.1186 / 1475⁃2859⁃8⁃40.
[35]   Ghosh A, Zhao H, Price N D􀆰 Genome⁃scale consequences of
cofactor balancing in engineered pentose utilization pathways in
Saccharomyces cerevisiae[J] .PLoS One,2011,6(11):e27316􀆰
[36]   Karhumaa K, Wiedemann B, Hahn⁃Hägerdal B, et al􀆰 Co⁃
utilization of L⁃arabinose and D⁃xylose by laboratory and
industrial Saccharomyces cerevisiae strains[ J] .Microb Cell Fact,
2006,5(1):18􀆰 doi:10.1186 / 1475⁃2859⁃5⁃18.
[37]   Sanchez R G,Karhumaa K,Fonseca C,et al􀆰 Improved xylose and
arabinose utilization by an industrial recombinant Saccharomyces
cerevisiae strain using evolutionary engineering [ J] . Biotechnol
Biofuels,2010,3:13􀆰 doi:10.1186 / 1754⁃6834⁃3⁃13.
[38]   Bera A K,Sedlak M,Khan A,et al􀆰 Establishment of L⁃arabinose
fermentation in glucose / xylose co⁃fermenting recombinant
Saccharomyces cerevisiae 424A(LNH⁃ST) by genetic engineering
[J] .Appl Microbiol Biotechnol,2010,87(5):1803⁃1811􀆰
[39]   Subtil T, Boles E􀆰 Competition between pentoses and glucose
during uptake and catabolism in recombinant Saccharomyces
cerevisiae [ J] . Biotechnol Biofuels, 2012, 5: 14􀆰 doi: 10. 1186 /
1754⁃6834⁃5⁃14.
[40]   Kou S C, Christensen M S, Cirillo V P􀆰 Galactose transport in
Saccharomyces cerevisiae: II􀆰 characteristics of galactose uptake
and exchange in galactokinaseless cells[J] .J Bacteriol,1970,103
(3):671⁃678􀆰
[41]   Subtil T, Boles E􀆰 Improving L⁃arabinose utilization of pentose
fermenting Saccharomyces cerevisiae cells by heterologous
expression of L⁃arabinose transporting sugar transporters [ J ] .
Biotechnol Biofuels,2011,4:38􀆰 doi:10.1186 / 1754⁃6834⁃4⁃38.
[42]   Verho R,Penttila M,Richard P􀆰 Cloning of two genes (LAT1,2)
encoding specific L⁃arabinose transporters of the L⁃arabinose
fermenting yeast Ambrosiozyma monospora [ J ] . Appl Biochem
Biotechnol,2011,164(5):604⁃611􀆰
[43]   Leandro M J, Fonseca C, Goncalves P􀆰 Hexose and pentose
transport in ascomycetous yeasts: an overview [ J] . FEMS Yeast
Res,2009,9(4):511⁃525􀆰
(责任编辑  荀志金)
39  第 1期 汪城墙等:酿酒酵母 L 阿拉伯糖转化乙醇代谢工程的研究进展