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Bioinformatics Resources for Tomato Research

番茄生物学研究的相关网络资源


番茄(Solanum lycopersicum)是一种重要的蔬菜作物, 也是研究茄科作物的模式植物。互联网上有丰富的与番茄相关的生物信息学资源, 对其生物学研究带来极大便利。该文介绍了目前网络上与番茄生物学研究相关的资源, 利用这些资源将会加快对番茄遗传学和基因组学及对茄科植物多样性的研究。

Tomato (Solanum lycopersicum) is a important vegetable and a model plant from the Solanaceae family. A significant amount of bioinformation resources have been accumulated for tomato research. Here, we give a brief introduction on the tomato genetic and genomic databases currently available.


全 文 :植物学报 Chinese Bulletin of Botany 2010, 45 (1): 95–101, www.chinbullbotany.com
doi: 10.3969/j.issn.1674-3466.2010.01.014

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收稿日期: 2009-03-18; 接受日期: 2009-06-29
基金项目: 863 计划(No.2006AA10A116 和 No.2007AA10Z178-4)
* 通讯作者。E-mail: lijf_2005@126.com
番茄生物学研究的相关网络资源
李宁1, 2, 许向阳2, 姜景彬2, 李景富2*
1东北农业大学生命科学学院, 哈尔滨 150030; 2东北农业大学园艺学院, 哈尔滨 150030
摘要 番茄(Solanum lycopersicum)是一种重要的蔬菜作物, 也是研究茄科作物的模式植物。互联网上有丰富的与番茄相
关的生物信息学资源, 对其生物学研究带来极大便利。该文介绍了目前网络上与番茄生物学研究相关的资源, 利用这些资
源将会加快对番茄遗传学和基因组学及对茄科植物多样性的研究。
关键词 生物学, 网络资源, 番茄
李宁, 许向阳, 姜景彬, 李景富 (2010). 番茄生物学研究的相关网络资源. 植物学报 45, 95–101.
随着拟南芥(Arabidopsis thaliana)和水稻(Oryza
sativa)等作物基因组测序的完成及计算机科学和互
联网技术的飞速发展, 各种生物学网络资源高度共
享, 已成为生物学研究的重要资源。当前, 利用网络
资源并结合生物信息学的方法, 可以实现引物的设
计、电子克隆、加速染色体步移、分子标记引物开发、
基因的结构和功能预测及代谢途径研究等工作。传统
实验生物学与生物信息学相结合已经成为生物学研
究的趋势。因此利用好这些网络生物信息资源, 对现
代生物学研究具有重要意义(王江, 2003)。番茄是一
种世界范围内广泛栽培和消费的重要蔬菜作物, 目前
其全基因组测序工作尚在进行中。番茄具有基因组小
(估计为950 Mb)(Arumuganathan and Earle, 1991;
Yano et al., 2007)和遗传资源丰富等特点, 已成为植
物遗传学及茄科作物研究中的模式植物, 具有丰富的
生物信息资源, 并得到科研工作者的极大关注。因此
如何从众多数据中快速寻找到所需的信息, 利用好生
物学网络资源就显得尤为重要。本研究通过收集信息
总结了目前网络上与番茄生物学研究相关的资源, 以
期为从事番茄相关研究的人员提供参考。
1 番茄种质及遗传网络资源
番茄的野生种质资源中蕴藏着许多有价值的基因, 如
抗病、抗虫、抗逆、高产和优质基因等, 是进行遗传
改良的基因库。因此对番茄的遗传资源进行研究与应
用对分子生物学研究中新基因的发现与克隆及育种
工作中种质创新具有重要的意义。
1.1 番茄遗传资源中心(TGRC)
番茄遗传资源中心 (Tomato Genetics Resource
Center, TGRC, http://tgrc.ucdavis.edu)受美国加州
大学戴维斯分校支持, 同时是美国国家植物种质系统
的一部分, 该中心网站提供最重要的番茄相关的遗传
资源信息。TGRC收集了番茄相关的野生亲缘种、单
基因突变型和各种混杂基因型的遗传资源。其中, 野
生亲缘种包括典型的9个番茄属(Lycopersicon)野生
种和茄属(Solanum)4个种; 单基因突变型包括自发
和诱导突变产生的一些与番茄发育和抗病等相关性
状的资源; 其它各种混杂的基因型包括连锁检测系、
三倍体、四倍体、野生种的外来染色体插入及一些地
方和改良品种等资源。
“Seed Catalogue”下的“TGRC Stock Lists”提供
上述野生种、单基因突变型和各种混杂基因型的遗传
资源的PDF文件列表下载, 通过列表可以获得或查询
种质资源的详细信息, 包括收集地、基因的位点和同
义名、栽培种及对应TGRC编号等。“Seed Catalogue”
下的“Database Queries”同时提供种质资源数据库的
搜索服务: 野生种的地理数据, 这是以excel表格文
件形式提供的, 包括收集地的详细地理信息和种质资
·技术方法·
96 植物学报 45(1) 2010
源的所属类别; 核心收集包括Lycopersicon chees-
manii、L. chilense、L. chmeilewskii、L. esculentum、
L. esculentum var. cerasiforme、L. hirsutum、L.
parviflorum 、 L. pennellii 、 L. peruvianum 和 L.
pimpinellifolium共10个种的所有种质资源, 并对其生
长习性、遗传信息和抗性特征等进行了详细描述; 基
因, 根据种质资源所包含的基因名称和特征实现搜
索; 图像, 根据基因名称、表型、编号或分类等限定
搜索条件来获得相关资源的图片信息。“New Re-
sources”可以实现当年最新收集资源的信息检索。
TGRC免费提供种质资源样品供研究者使用, 同时还
提供一些野生种的生长繁育信息、二倍体的辨别及人
工去雄、杂交授粉的方法等。
1.2 番茄遗传协会(TGC)
番茄遗传协会(Tomato Genetics Cooperative, TGC,
http://tgc.ifas.ufl.edu/index.htm)是由来自世界各地
的科学家组成的用于交换番茄相关信息的组织。TGC
鼓励会员提交关于番茄新特征或突变体分离、新栽培
种或种质资源的发现、品种特性的种间转移、研究基
因功能和调控及组织培养的相关报告。每年度的研究
报告将汇总并以PDF文件形式提供下载。非会员可以
免费下载当年之前的报告。TGC report一般分为两部
分——研究报告和TGRC的种质资源更新。其中的研
究报告对于番茄研究人员具有很高的参考价值。
2 番茄网络综合数据库
2.1 NCBI Taxonomy Browser (Solanum lycop-
ersicum)
NCBI是生物学综合研究最为全面的网站之一, 其关
于番茄的分类信息页面上Entrez的检索记录可以显
示出网络上生物学相关资源的概况(http://www.ncbi.
nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?mode
=Info&id=4081&lvl=3&lin=f&keep=1&srchmode=1&
unlock), 点击“Subtree links”和“Direct links”下相应
的数据可获得链接(表1)。
链接网页“Go to NCBI genomic BLAST page for
Solanum lycopersicum”, 可以对整个番茄基因组序
列进行比对(blast)分析。点击“Genome view”显示番
茄的12条染色体, 链接“Map Viewer”页面, 显示染色
体上连锁标记相关信息: 目前包括7张遗传连锁图谱,
分 别 是 “Genetic map, 1992”, 包 括 239 个 标 记
(Tanksley et al., 1992); “Solanum lycopersicum × S.
pennellii, 1986”, 包括112个标记 (Bernhatzky and
Tanksley, 1986); “Bonierbale, 1988”(Bonierbale et
al.,1988)和“Paterson, 1988” (Paterson and Lander,
1988); “S. lycopersicum × S. pennellii, 1992” (Ta-
nksley et al., 1992); “S. lycopersicum × S. hirsutum,
1997” (Bernacchi and Tanksley, 1997); “S. ly-
copersicum × S. pennellii, 2000” (Fulton et al.,
2002); “S. lycopersicum × S. pimpinellifolium,
2001”, 包 括 126 个 RFLP 标 记 (Doganlar et al.,
2002)。网站提供番茄遗传图谱的FTP下载, 网址为:
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/MapView/Solanum_
lycopersicum/, 通过图谱页面上侧的“Map and Op-
tions”按钮可以显示位点及探针等详细信息。


表1 NCBI番茄分类Entrez检索记录 (2008年11月 , NCBI
Taxonomy Browser)
Table 1 Tomato Entrez Record provided by NCBI (No-
vember 2008, NCBI Taxonomy Browser)
Database name Subtree links Direct links
Nucleotide 12 361 12 241
Nucleotide EST 259 990 258 830
Nucleotide GSS 319 461 319 461
Protein 3 392 3 293
Structure 17 17
Genome sequences 1 1
Genome projects 1 1
Popset 101 101
3D domains 65 65
GEO datasets 33 33
GEO profiles 43 810 43 810
UniGene 17 784 17 784
UniSTS 160 160
PubMed central 2 600 2 600
Gene 1 296 1 296
Taxonomy 2 1

2.2 SGN
SGN (SOL Genomics Network, http://www.sgn.
cornell.edu/)是茄科及相关科的基因组分支数据库
(Mueller et al., 2005), 提供茄科作物番茄、马铃薯
(Solanum tuberosum)、茄子(S. melongena)、烟草
(Nicotiana tabacum)、辣椒(Capsicum annuum)及茜
李宁等: 番茄生物学研究的相关网络资源 97
草科咖啡(Coffea arabica)等作物的基因组及遗传信
息资源, 发布番茄基因组序列计划及相关研究进展信
息, 包括BACs序列、各类相关图谱资源、表型信息、
ESTs等表达数据资源及整合信息, 是番茄生物学相
关研究最为重要的网站。
SGN的特色是提供BACs序列和遗传图谱资源,
主要有以下4个方面的内容 : (1)图谱和标记(maps
and markers); (2)序列信息(tomato sequencing); (3)
表型和突变体(phenotypes); (4)工具(tool)。
SGN网站提供Genes、Phenotypes、Unigenes、
Family、Markers、Genomic Clones、Annotations
ESTs、People和Images搜索功能。基因(genes)搜索
与图谱结合 , 可以获得基因在染色体上的位置及
TGRC中的基因信息和相关种质资源信息。在
“Phenotype search”中键入表型相关信息, 能够得到
TGRC上的搜索信息 , 包括种质资源信息。在
“Markers”中结合标记图谱可以搜索各种标记位于哪
条染色体上。提供标记的具体信息, 包括引物的序列、
退火温度和图谱的位置。

2.2.1 图谱及标记
在SGN网站的主页中Maps区域下提供各种番茄及相
关作物的图谱信息, 与番茄相关的图谱包括Genetic
Map(分子标记遗传连锁图谱)、Physical Map(BAC物
理图谱)、FPC Map(连续交叠群图)、IL Map(渗入基
因系图谱)、FISH Map(荧光原位杂交图谱)、AGP Map
和ITAG Map。Genetic Map包括: “Tomato-EXPIMP
2001”是由S. lycopersicum (cv. E6203) × S. pimpin-
ellifolium (LA1589)的BC1、BC2 和BCRILs群体构建
的, 共包括151个标记(Tanksley et al., 1996; Gran-
dillo and Tanksley, 1996; Doganlar et al., 2002);
“Tomato-EXHIR 1997”是由S. lycopersicum (TA209)
× S. habrochaites(LA1777)的BC1群体获得 , 包括
134个AFLP标记(Bernacchi and Tanksley, 1997);
“Tomato-EXPIMP 2008”由S. lycopersicum (TA492)
× S. pimpinellifolium(LA1589)获得, 包括36个CAPS
标记、68个RFLP标记和77个SSR标记。“Tomato-
EXPEN 1992” 即 NCBI 的 “S. lycopersicum × S.
pennellii, 1992”图谱, 包括DNA分子标记、同工酶标
记和形态学标记 , 其中含2个CAPS标记和919个
RFLP标记(Tanksley et al., 1992); “Tomato-EXPEN
2000”是基于S. lycopersicum (LA925)和L. pennellii
(LA716)杂交获得的80个F2代群体建立的 , 是包括
1 070个CAPS标记、1 342个RFLP标记、19个SNP
标记和155个SSR标记的遗传连锁图, 较好地覆盖了
番茄的12条染色体; 该图谱还包括基于番茄ESTs数
据库和拟南芥全基因组比较的COS标记, 较好地比
较了番茄与拟南芥基因组的同线性关系(Fulton et al.,
2002)。“Tomato-EXPEN 2000”是番茄遗传连锁图谱
中最重要的一张图谱, SGN的Physical Map、FPC
Map和IL Map都是基于与该图谱的标记杂交而构建
的。AGP Map包括了番茄基因组计划中所有已克隆
BACs在染色体上的位置及与其它BACs重叠的部分
等信息。ITAG Map是国际番茄注释组织对番茄相关
重叠克隆群和对应的BACs进行注释的图谱, 可以根
据序列名、基因名、遗传位点或其它标记进行查询。

2.2.2 序列信息
番茄基因组的测序工作始于2004年, 由包括中国在
内的10个国家共同参与, 由SGN网站发布相关的测
序工作信息。当前已获得的基因组序列信息是以
BACs的形式发布的, 染色体8的测序工作即将完成。
测序是以高密度遗传图谱“Tomato-EXPEN 2000”为
锚定物理图谱, 图谱上约1 500个分子标记与BACs
进行杂交 , 获得的阳性杂交片段即为候选 “种子 ”
BACs(Fulton et al., 2002)。挑选其中带目的区域标记
的克隆进行验证, 通过验证的BACs作为种子BACs
被测序, 测序后经属性统计、基因注释、电子定位等
分析, 结合BACs末端数据及FPC物理图谱向两端进
行以“BAC-by-BAC”为基础的延伸。可以通过“Geno-
me browser”以图形化方式浏览基因组序列、BACs。
除了BACs序列信息外, 可获得的信息还包括ESTs、
Unigenes和全长cDNA序列, 这些序列信息与NCBI
和TIGR(The Institute for Genome Research, 美国
基因组研究所)中的信息相同。

2.2.3 表型和突变体
SGN网站还能实现对番茄突变体的搜索, 并能够链
接到TGRC网站的表型和突变体页面, 与其功能相
似, 包括编号、形状描述和基因的相关参考等。

2.2.4 其它工具及附属网站
SGN网站的其它工具包括序列分析工具, 能够用于
比对分析、进化树分析和ESTs数据中内含子查找; 图
98 植物学报 45(1) 2010
谱工具, 包括用于比较图谱和上载标记的工具、CAPS
标记设计工具和种子BACs寻找工具; 分子生物学工
具, 用于引物设计的Primer3和信号肽寻找工具; 系统
生物学工具, 主要是生物化学代谢途径图谱; 数据库
资源, 包括Unigene和BAC信息、FTP下载和SGN编号
与TIGR编号转换的查询。SGN附属网站见表2。
2.3 EU-SOL
EU-SOL数据库(http://www.eu-sol.net/)是由多个欧
洲国家及以色列和阿根廷联合计划建成的, 其主要目
的是提高番茄和马铃薯的口感、营养品质及抗性等。
EU-SOL的部分成员同时也是SGN番茄基因组序列

表2 SGN附属网站
Table 2 Affiliated sites of SOL genomics network
Databases Content
SGN (http://www.sgn.cornell.edu/) Website involved in tomato genome sequencing
CGEP (http://bti.cornell.edu/CGEP/CGEP.html) Tomato TOM1 cDNA array and TOM2 oligo array
Tomato phenotypes in a common genetic background of the variety,
M82 (http://zamir.sgn.cornell.edu/)
Genes that make tomatoes and realtime QTL about
tomato M82
Genes That Make Tomatoes (http://zamir.sgn.cornell.edu/mutants/) A saturated mutation library of tomato
Realtime QTL (http://zamir.sgn.cornell.edu/Qtl/Html/home.htm) Genetic component of tomato quantitative trait loci,
based on the population of LA716×M82
Tomato Functional Genomics Database
(http://ted.bti.cornell.edu/ or http://tomet.bti.cornell.edu)
Small RNA database, metabolite data and microarray
expression database in tomato
SolCyc (http://solcyc.sgn.cornell.edu/) Describe the small molecular metabolism of tomato


表3 EU-SOL数据库资源站点
Table 3 Database sites of EU-SOL
Databases Content
Germplasm and Phenotype Database
EU-SOL Germplasm/Phenotype Database
(https://www.eu-sol.wur.nl/)

Tomato core collection in EU-SOL, composed of 7 000 domesti-
cated (Solanum lycoperiscum) lines and representative wild species
Sequence Databases
EU-SOL Tomato Genome Database
(http://mips.gsf.de/proj/plant/jsf/tomato/index.jsp)

Sequencing of UK’s tomato Chromosome 4, include ITAG annota-
tion and MIPS annotation
Isola (http://biosrv.cab.unina.it/isola/isola.html) Italian SOLAnaceae genomics resource, which is currently organ-
ized into genome and expression levels (Chiusano et al., 2008)
CAB GBrowser
(http://biosrv.cab.unina.it/GBrowse/)
S. lycopersicum BAC annotations available by CAB (Computer
Aided Biosciences Group)
TomatEST DB
(http://biosrv.cab.unina.it/tomatestdb/index.php)
A collection of tomato EST sequences downloaded from dbEST,
classified by different S. lycopersicum source status of the database
(DAgostino et al., 2007)
Transcription and Expression Database
EU-SOL Microarray Database
(http://base.thep.lu.se/)

EU-SOL microarray database, provide for member only
EU-SOL RT-PCR Transcription Factor Expression
(https://portal.wur.nl)
Expression data in 11 tissues on a set of transcription factors de-
rived by RT-PCR, provide for member only
Proteomics Database
EU-SOL Proteomics Database
(http://www.avignon.inra.fr) or SOLstIS
(http://w3.avignon.inra.fr/solstis/)

The tomato proteome database of INRA
Metabonomics Database
Golm Metabolome Database (http://csbdb.mpimp-
golm.mpg.de/csbdb/gmd/profile/gmd_smpq.html)

Metabolite Profiling Search provided by EU-SOL
Metware (http://metware.wiki.sourceforge.net/) Metabonomics database provided by EU-SOL
李宁等: 番茄生物学研究的相关网络资源 99
计划的成员。以下着重介绍EU-SOL Science页面下
的番茄相关数据库资源(表3)(http://www.eusol.net/
scie-nce/bioinformatics/data-and-databases)。
3 番茄表达数据库
3.1 MiBASE和KaFTom
MiBASE (Micro-Tom Database, http://www.kazusa.
or.jp/jsol/microtom/indexj.html)是日本建立的关于一
种常用于番茄遗传转化研究的小果矮生型番茄
Micro-Tom的数据库。该数据库是基于大量EST数据
及生物信息预测而建立的 (Last Modified 2007-
03-09), 主要内容包括EST序列及注释、全长cDNA
克隆、Unigenes、SNPs、SSRs、GO(gene ontology)、
代谢途径(pathway)、基因表达和序列相似性比对等
(Yano et al., 2006)。
当前MiBASE数据库包含26 363个Unigenes, 这
些Unigenes是通过Micro-Tom的ESTs数据和当前已
发表的番茄ESTs拼接而成的。这些ESTs来自番茄的
叶片、果实、根、花、花粉、心皮和种子等器官。可
以通过以下途径搜索Unigenes: (1) 输入注释关键词
Blast(在NCBI上进行Blast, 与拟南芥、水稻、大豆或
玉米(Zea mays)的TIGR Gene Index信息比对)并设
定e值 ; (2) 基于GO的拟南芥功能分析 ; (3) 以
UNIGENE或EST的命名搜索; (4) 表达方面, 以番茄
的组织、发育时期和品种来分类搜索; (5) 通过拼接的
ESTs的数目搜索。Unigene Search当前提供2个版本
(KTU1和KTU2)的服务 , 除上面介绍的KTU1外 ,
KTU2(2007, March)包含42 928个Unigenes, 它们是
由Micro-Tom的ESTs数据、KaFTom的cDNA数据及
SGN的ESTs应用CAPS3程序拼接而成。KTU2提供
输入注释关键词Blast服务, Blast的范围包括NCBI、
EBI的UniprotKB/swissprot、TAIR、RAP、SGN和
Gene Index中关于番茄的ESTs。KTU1和KTU2均提
供相关Unigenes和ESTs的本地下载。
EST的数据信息来自Micro-Tom的cDNA文库 ,
可以通过EST的名称和注释2种方式来搜索。搜索后
可获得来自DDBJ的序列信息和来自KTU的相关
Unigene信息, 搜索结果中还包括与此EST同源的来
自UniprotKB/swissprot、TAIR、RAP和SGN等的链
接信息。
GO search和Pathway search通过与拟南芥的
同源比对, 提供番茄基因功能分析和代谢相关途径的
搜索。
Marker search提供SNP标记、Indels(插入缺失
位点)和SSR标记的搜索。SNPs来源于Micro-Tom与
近缘番茄的EST序列计算分析, 目前包括2 160个候
选SNPs; 网站提供插入、缺失位点的列表及已经确
认的候选SNPs的序列信息。MiBASE目前包括409个
候选SSRs, 它是通过利用Perl程序, 以该数据库的
大量EST序列为分析对象, 对二核苷酸、三核苷酸和
四核苷酸等重复单元出现次数进行分析, 并利用这些
重复单元的相关序列开发出的SSR引物。
Macroarray Experiment Database有2个微阵列
数据搜索, 分别是果实成熟及颜色相关的数据库和叶
片与红果的数据库。
KaFTom(Kazusa Full-length Tomato cDNA
Database)是关于Micro-Tom全长cDNA序列的数据
库, cDNA文库分别是由不同发育阶段的果实、病原菌
或激素处理的叶片及处理过的根部建立的。KaFTom
提供注释搜索和Blast; Genome中还能够预测基因的
内含子及外显子。Download中提供全长cDNA序列的
下载, 可用于本地化的生物信息学分析。
3.2 TIGR Tomato Gene Index
大量的EST数据和已经获得的基因片段可作为证据
证明基因的存在并阐明它们的结构和功能 , TIGR
Tomato Gene Index (http://compbio.dfci.harvard.
edu/tgi/cgi-bin/tgi/gimain.pl?gudb=tomato)正是基于
这些数据, 对基因及其产物、代谢途径进行注释, 以
了解基因是如何表达的。它整合了国际上关于番茄基
因的相关研究数据, 主要提供下列服务: (1) 序列相
似性搜索; (2) 序列注释及文库搜索、下载; (3) 基因
功能注释分析、基因分类、代谢途径和低聚体预测。
4 其它网络资源
番茄图谱资源数据库(Tomato Mapping Resource
Database, http://www.tomatomap.net/), 主要提供
关于番茄果实形态的遗传学、分子生物学、生理学和
发育机制等信息。它以普通番茄(S. lycopersicum)和
野生番茄(S. pimpinellifolium)(LA1589)的杂交后代
为群体来比较研究果实的形态变化, 因而数据主要为
果实形态的变化, 特别是果形, 还包括能够收集利用
100 植物学报 45(1) 2010
的所有种质资源。从该数据库可获得的数据主要包括:
(1) Search Marker, 已定位到12条染色体上的SNP、
RFLP、SSR和INDEL标记信息; (2)Search Pheno-
type Data, 可以按市场、生长环境、起源地区和果形
等来搜索品种; (3) Polymorphic Marker Search, 选
择2个品种进行杂交, 可以预测杂交后的多态性标记;
(4)Molecular Map: 以LA1589 (S. pimpinellifolium)
和S. lycopersicum 的杂交后代构建的覆盖12条染色
体的分子标记图谱 (Suliman-Pollatschek et al.,
2002), 可查阅染色体上整合的相关引物信息。
番茄转录因子数据库 (Tomato Transcription
Factor Database, http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/
web/index.php?sp=le)是由北京大学建立的。该数据
库共收集了来自PlantGDB的998个转录因子, 每个
转录因子具有详细的基本信息、注释、蛋白序列特征、
同源信息、表达及序列信息等。
5 展望
生物信息学的发展及其与传统实验生物学研究的结
合极大地促进了生物学的发展, 为测序结果的分析、
各类遗传图谱和物理图谱的绘制、基因的克隆和功能
分析等提供了强大的技术支持。借助生物信息学数据
库中的种质特征信号, 可对杂交后代的重要经济性状
进行早期预选和鉴定, 缩短育种年限, 减少育种费
用 ; 利用DNA指纹图谱资源 , 如RAPD、AFLP和
RFLP数据库等, 可对选育品种或育种材料进行鉴定;
利用同源蛋白质家族数据库对相关育种材料进行亲
缘关系分析, 可为杂交亲本的选配提供依据(张长青
等, 2005)。随着国际茄科作物合作计划及番茄基因组
测序工作的不断推进, 与番茄相关的生物信息资源将
会更为丰富, 今后会出现越来越多的数据及数据库整
合。对于番茄科学研究工作者来讲, 充分了解番茄网
络资源及其发展动态将会很大程度地加快研究工作
的进展。
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Bioinformatics Resources for Tomato Research
Ning Li1, 2, Xiangyang Xu2, Jingbin Jiang2, Jingfu Li2*
1College of Life Sciences, Northeast Agricultural University, Harbin 150030, China
2College of Horticulture, Northeast Agricultural University, Harbin 150030, China
Abstract Tomato (Solanum lycopersicum) is a important vegetable and a model plant from the Solanaceae family. A
significant amount of bioinformation resources have been accumulated for tomato research. Here, we give a brief intro-
duction on the tomato genetic and genomic databases currently available.
Key words biology, internet information, tomato
Li N, Xu XY, Jiang JB, Li JF (2010). Bioinformatics resources for tomato research. Chin Bull Bot 45, 95–101.
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* Author for correspondence. E-mail: lijf_2005@126.com
(责任编辑: 白羽红)