LEAFY COTYLEDON 2(LEC2)为具有B3结构域的DNA结合蛋白家族的成员,是调控胚胎形成、种子储藏蛋白代谢和脂肪酸代谢的重要转录因子。本文对四倍体甘蓝型油菜BnLEC2基因进行了克隆,并分析了白菜BrLEC2、甘蓝BoLEC2和甘蓝型油菜BnLEC2同源基因的进化及其表达模式。结果表明,油菜、白菜和甘蓝LEC2同源基因在进化上较为保守;但部分白菜和甘蓝LEC2同源基因的表达发生沉默。BnLEC2同源基因表达模式与其对应的白菜和甘蓝LEC2发生明显改变,前者主要在种子发育的中期高水平表达,这与油菜种子油脂等储藏物质的积累期重叠。表明BnLEC2同源基因通过改变其表达模式影响油菜种子储存物质的积累。这些结果初步揭示了多拷贝BnLEC2对油菜种子储存物质调控的协同表达模式。
全 文 : 核 农 学 报 2014,28(12):2175 ~ 2183
Journal of Nuclear Agricultural Sciences
收稿日期:2014⁃06⁃24 接受日期:2014⁃09⁃20
基金项目:江苏省自然基金(BK2012767),中央高校基本科研业务费专项资金(KYZ201301)
作者简介:谭河林,男,讲师,主要从事油脂生物合成的调控机制研究。 E⁃mail:hltan@ njau. edu. cn
通讯作者:同第一作者。
文章编号:1000⁃8551(2014)12⁃2175⁃09
油菜 LEAFY COTYLEDON 2 (BnLEC2)
基因的克隆及表达分析
谭河林1 王莉欢1 李 云1 兰 杰1 唐倩莹1 叶文雪1 向小娥2
( 1 南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室,江苏 南京 210095;
2南京农业大学动物科学类国家教学示范中心,江苏 南京 210095)
摘 要:LEAFY COTYLEDON 2(LEC2)为具有 B3 结构域的 DNA 结合蛋白家族的成员,是调控胚胎形
成、种子储藏蛋白代谢和脂肪酸代谢的重要转录因子。 本文对四倍体甘蓝型油菜 BnLEC2 基因进行了
克隆,并分析了白菜 BrLEC2、甘蓝 BoLEC2 和甘蓝型油菜 BnLEC2 同源基因的进化及其表达模式。 结果
表明,油菜、白菜和甘蓝 LEC2 同源基因在进化上较为保守;但部分白菜和甘蓝 LEC2 同源基因的表达发
生沉默。 BnLEC2 同源基因表达模式与其对应的白菜和甘蓝 LEC2 发生明显改变,前者主要在种子发育
的中期高水平表达,这与油菜种子油脂等储藏物质的积累期重叠。 表明 BnLEC2 同源基因通过改变其
表达模式影响油菜种子储存物质的积累。 这些结果初步揭示了多拷贝 BnLEC2 对油菜种子储存物质调
控的协同表达模式。
关键词:甘蓝型油菜;BnLEC2 基因;基因克隆;进化分析;转录分析
DOI:10 11869 / j. issn. 100⁃8551 2014 12. 2175
我国是油料生产大国,更是油料消费大国。 目前,
我国自产油料作物仅提供植物油消费总量的 40%左
右,随着我国生活水平的不断提高导致我国油料供给
问题日益突显[1]。 油菜(Brassica napus)是我国第一
大油料作物,近年来,尽管我国油菜新品种不断推广使
得油菜籽单位面积产量得到一定提高,然而进一步提
升空间有限。 在我国耕地面积逐年下降的趋势下,已
不能通过增加种植面积方式来增加油菜籽产量。 现今
我国油菜品种平均油脂含量约 40% ,明显低于含油量
达 42% ~47%的外国油菜品种[2 - 3]。 因此,在种植面
积难以增加的情形下,提高油菜籽含油量是解决当前
问题最根本的途径[1, 4]。
油菜籽油脂主要是脂肪酸和甘油化合而成的三脂
酰甘油 ( triacylglycerol, TAG) [5 - 6],脂肪酸是在种子
质体中通过从头合成途径合成的。 在油菜种子细胞
中,脂肪酸的合成是在质体内中以乙酰 CoA( acetyl⁃
CoA)为前体,经启动、装载、缩合、还原、脱水、释放等
七步酶促反应循环完成的[7 - 8]。 尽管现已对脂肪酸代
谢途径中部分关键酶的分子生物学、酶学特性,以及生
化过程较为清楚,但是脂肪酸代谢是受复杂调控网络
控制的,目前对于种子油脂合成过程中的调控机制却
知之甚少[9]。
目前,已从模式植物拟南芥中发现参与植物油脂
代谢调控的转录因子有 WRINKLED1 ( WRI1 )、
FUSCA3 ( FUS3)、 LEAFY COTYLEDON2 ( LEC2)和
LEAFY COTYLEDON1 ( LEC1 ) 等[10 - 13]。 其 中,
AtLEC2 是含有 B3 结构域的转录因子[11],在胚胎起始
过程中决定胚胎发生以及早期胚胎形态的建立,
AtLEC2 功能缺失则会影响胚胎细胞命运的维持和子
叶的特化。 过量表达 AtLEC2 能促进体细胞胚胎的形
成,使体细胞具有胚性细胞的特性[12, 14]。 在种子成熟
阶段,AtLEC2 能促进储藏物质的积累以及种子抗脱水
性能的获得。 拟南芥 Atlec2 突变体种子储藏物质明显
减少,种子不耐干燥[15]。
5712
核 农 学 报 28 卷
拟南芥中诱导表达 AtLEC2 芯片数据表明,AtLEC2
能影响下游大量基因的表达水平,其中包括种子贮藏
蛋白基因、油体蛋白基因、2S 蛋白类似基因等,这些基
因是合成种子储存蛋白和油体的重要基因[15]。 此外,
脂肪酸合成途径的基因也明显上调,说明 AtLEC2 不仅
能调控储存蛋白的合成,也能调控油脂的合成。 芯片
数据中 AtWRI1 的表达水平明显上调,现已明确
AtWRI1 通过调节糖酵解途径基因的表达控制种子含
油量,说明 AtLEC2 基因可能通过调控下游 AtWRI1 基
因表达水平,从而提高种子的含油量[15 - 18]。
油菜(Brassica napus, AACC)是由白菜(Brassica
rapa, AA)和甘蓝(Brassica oleracea, CC)自然杂交进
化形成的异源四倍体油料作物[19]。 白菜和甘蓝基因
组测序表明,LEC2 基因在白菜和甘蓝基因组中均有两
个同源基因[20 - 21]。 鉴于油菜测序工作尚未完成,理论
上在油菜基因组中具有 4 个 BnLEC2 同源基因,这些
BnLEC2 同源基因在油菜基因组形成和进化过程中,
通过何种模式协同表达控制油菜种子的发育和调控油
菜中油脂、储存蛋白合成,目前尚未明确。 本研究克隆
了油菜基因组中 BnLEC2 同源基因,分析其与白菜、甘
蓝 LEC2 同源基因的进化关系;通过分析 BrLEC2、
BoLEC2 和 BnLEC2 基因的表达模式, 从而了解
BnLEC2 对油菜种子油脂和存储蛋白合成的协同调控
模式。
1 材料与方法
1 1 材料
甘蓝型油菜(Brassica napus)中双 11、白菜型油菜
(Brassica rapa) TN004 和羽衣甘蓝(Brassica oleracea)
在 9 月底分别种植在试验田中,每个材料种植 10 行,
每行种植 20 穴,每穴 1 株,株行株距为 20 cm × 40
cm。
1 2 白菜和甘蓝 LEC2 基因的获取
利用拟南芥 AtLEC2 ( Arabidopsis thaliana LEC2,
AtLEC2,At1g28300)蛋白序列在白菜数据库 BRAD
(The Brassica database, BRAD,http: / / brassicadb. org /
brad / )进行 BLASTp 和基因注释搜索,获得白菜和甘
蓝 LEC2 基因 CDS和蛋白序列。
1 3 油菜 BnLEC2 基因克隆
将获得的白菜和甘蓝 LEC2 CDS 序列,通过
MEGA软件比对,发现白菜和甘蓝 LEC2 CDS 的近 5′⁃
前端序列较为保守,近 3′⁃端差异较大,根据序列的差
异,分别设计 1 条正向引物(F: ATGGATAACTTCTTGC
CCTTTTCCT)和 2 条反向引物(R1: 5′⁃TCACCATAAGA
AATCGTTCGAGCTC⁃3′和 R2: 5′⁃TCACCATACGAAGT
CGTTAAAGCTC⁃3′),用于克隆油菜 BnLEC2 基因。 利
用甘蓝型油菜中双 11 幼嫩种子 cDNA为模板,扩增油
菜 BnLEC2 基因 CDS 序列。 扩增所得的 DNA 片段连
接到测序载体 pUC - 19,转化到大肠杆菌并筛选阳性
克隆,测序阳性克隆。 最终获得 BnLEC2 CDS 序列。
1 4 植物组织材料的收集与总 RNA的提取
油菜中双 11、白菜型油菜 TN004 和羽衣甘蓝植物
将抽薹开花时,采集幼嫩叶片;植株开花时,标记开花
时间,收集开花后 7、14 和 21 d的角果(下简称 DAF),
每个植株剪取 1 ~ 2 个角果,10 株角果混在一起;同时
每株采取 1 ~ 2 个花蕾,十株花蕾混在一起,每个样品
采集 3 个生物重复。 样品采集后立即使用液氮速冻,
然后放入 - 70 ℃冰箱保存待用。
组织总 RNA 提取,利用 Plant RNA Mini Kit
(Watson Biotechnologies) RNA 提取试剂盒,购于上海
赛默飞世尔科技术公司,按照试剂盒的操作说明进行。
RNA浓度采用 OD260测定:取 4 μL RNA,加入 96 μL
DEPC⁃H2O,振荡混匀,用紫外分光光度计测定其 260
nm波长的 OD值,其数值即为 RNA溶液的浓度。
1 5 cDNA合成
取 1 ~ 2 g总 RNA,加 DEPC水至 10 μL;加入1 μL
Oligo (dT) 15和 1 μL 10 mM dNTP,混匀。 然后放入
PCR仪中,65 ℃ 5 min,取出然后放在冰上 2 min,快速
加入:5 × 缓冲液 4 μL,RNase 抑制剂 1 μL,0 1 M
DTT 2 μL,5 U·L - 1反转录酶 H 0 5 μL;放入 PCR 仪
中,使用如下程序进行 cDNA 的合成:42 ℃ 50 min;
45 ℃ 10 min;50 ℃ 10 min;70 ℃ 15 min。 反应结束后
加入 1 μL 10 mg·mL - 1 RNase,37 ℃放置 30 ~ 60 min。
分装产物 - 80 ℃保存待用。
1 6 LEC2 表达模式分析
为了区别每个油菜、白菜和甘蓝 LEC2 同源基因
的表达差异,根据同源基因的 CDS 序列设计每个基因
的特异引物(表 1);分别用 BnACTIN (F: ACGTTGGTG
ATGAAGCTCAG;R: CACGGAGCTCGTTGTAGAAA)、
BrACTIN (F: GTTGCTATCCAGGCTGTTCT; R: AGCG
TGAGGAAGAGCATAAC)和 BoACTIN (F: ATCGAGCA
CGGTATTGTAAGC; R: CCCACTAGCGTAAAGAGAAA
G)为内参,BnLEC2 基因的定量 PCR引物序列见表 1。
实时定量 PCR 分析使用 Promega qRT⁃PCR mix 试剂,
反应体积 20 μL,反应体系为: qPCR SYBR Green
Master Mix 10 μL,上下游引物引物各加 0 5 μL,合成
的 cDNA经 10 倍稀释后加 8 5 μL 为模板,荧光定量
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12 期 油菜 LEAFY COTYLEDON 2 (BnLEC2)基因的克隆及表达分析
PCR反应条件为:95 ℃ 5 min,95 ℃ 10 s,58 ℃ 30 s,
65 ℃ 10 s,40 个循环。 每个反应 3 个重复。
表 1 基因表达分析所用引物及其序列
Table 1 The sequences of primers used for qRT⁃PCR
基因名
Gene name
引物名
Primer name
引物序列(5′⁃3′)
Primer sequence (5′⁃3′)
BnLEC2⁃1 qRTF1 GTGACTGAAAAAAGAGTTGA
qRTR1 GTAATCCGCAGGTGGCAATG
BnLEC2⁃2 qRTF1 GTGACTGAAAAAAGAGTTGA
qRTR2 TAATCCACAGGTGGCAACGA
BnLEC2⁃3 qRTF3 GTATTAGAGATGAGAGATGTT
qRTR3 TGCAATGGAATCGTCTTCAT
BnLEC2⁃4 qRTF4 TAAAGAAGGAATGGTATTAC
qRTR4 TGCAATGGAATCGTCTTCAC
注:用白菜和甘蓝 LEC2 序列设计扩增 BnLEC2 的引物,以油菜中双 11 种子 cDNA 为模板扩增油菜 BnLEC2,1 ~ 4 泳道相应为油菜
BnLEC2⁃1 ~ 4,箭头指示为目的条带,第 5 泳道为 DL2000 DNA marker,右边数值标注为 DAN相应条带分子量。
Note:Used primers, designed on the bases of LEC2sequences of Brassica rapa and Brassica oleracea, to amplify BnLEC2 genes from the Brassica
napus cDNA. The lanes 1 ~ 4 on the gel from left to right are BnLEC2⁃1 ~ 4 and the arrows indicate the target bands;The last lane is the DL2000
DNA marker, of which the molecular weight of each DNA band is showed at the right of the gel.
图 1 扩增油菜 BnLEC2 基因
Fig. 1 Amplified the BnLEC2 from Brassica napus genomic DNA
2 结果与分析
2 1 BnLEC2 基因全长 cDNA的克隆
利用拟南芥 AtLEC2蛋白序列在白菜数据库 BRAD
(The Brassica database, BRAD,http: / / brassicadb. org /
brad / )进 行 BLASTp, 获 得 两 个 白 菜 LEC2 基 因
( Bra032890, Bra030087 ) 和 两 个 甘 蓝 LEC2 基 因
(Bol015728, Bol041825)。 进一步在白菜和甘蓝数据库
中通过基因注释方式检索 LEC2 基因,分别检索到两个
LEC2基因,与利用拟南芥蛋白 BLASTp 比对的结果相
一致。 将获得的 BrLEC2 基因命名为:BrLEC2⁃1 和
BrLEC2⁃2; BoLEC2 基因命名为:BoLEC2⁃1 和 BoLEC2⁃
2。
油菜源自白菜和甘蓝杂交形成的异源四倍体。 目
前,油菜全基因组测序尚未完成,根据白菜和甘蓝
LEC2 基因序列设计油菜 BnLEC2 同源克隆引物。 以
油菜中双 11 发育种子 cDNA 为模板,进行 PCR 扩增
(图 1)。 扩增片段经克隆测序,最终获得 4 个全长
BnLEC2 基因 CDS(coding sequence, CDS),序列长度
分别为 1 035、1 035、1 080 和 1 065 bp。 把所获得的油
菜 BnLEC2 基因分别命名为 BnLEC2⁃1、 BnLEC2⁃2、
BnLEC2⁃3 和 BnLEC2⁃4。
2 2 BnLEC2 和 BrLEC2、BoLEC2 蛋白相似性分析
为了解所克隆的 BnLEC2 是否源自白菜和甘蓝基
因组的 LEC2 基因,将克隆获得的 BnLEC2 基因序列通
过 MEGA软件翻译获得相应 BnLEC2 基因的蛋白序
列。 将 4 个 BnLEC2 蛋白序列与 Genbank 中白菜和甘
蓝的 LEC2 蛋白序列进行比对。
序列比对分析发现,克隆所得的 BnLEC2 蛋白序
列与白菜和甘蓝 LEC2 蛋白具有较高的同源性。 其
中,BnLEC2⁃2 与 BoLEC2⁃1 氨基酸序列相似性达到
93 15% ; BnLEC2⁃1 与 BrLEC2⁃1 氨基酸序列相似性
达到 99 54% ; BnLEC2⁃3 与 BrLEC2⁃2 氨基酸相似性
达到 97 85% ; BnLEC2⁃4 与 BoLEC2⁃2 氨基酸序列相
似性达到 99 57% 。 上述结果表明克隆获得的油菜
CDS序列为 BnLEC2 基因。
蛋白序列比对结果表明白菜、甘蓝和油菜 8 个
7712
核 农 学 报 28 卷
注:油菜 BnLEC2 蛋白序列通过 MEGA软件翻译克隆获得的 CDS序列,白菜和甘蓝 LEC2 序列从 BRAD网站下载,比对软件为 MEGA,方法
为 cluster w。 相同氨基酸用红色底标出,差异氨基酸用白底标出,黑线标注下方为 B3 结构域,右边数字为氨基酸在每个蛋白的实际位置。
Note:Amino acid sequences correspond to the LEC2 proteins. Bo, B. oleracea; Br, B. raoa; Bn, B. napus. Numbers to the right correspond to the
amount of each amino acid presented here. The red background represents the consensus amino acid sequence, and white background represents the
divergent amino acid sequence. Below the black line is the B3 domain.
图 2 油菜、白菜和甘蓝 LEC2 蛋白比对
Fig. 2 LEC2 protein alignments of B. rapa, B. oleracea and B. napus
LEC2 蛋白可明显分成两类,每一类型均包括 4 个蛋
白:1 个白菜和 1 个甘蓝,以及 2 个 BnLEC2 蛋白。 这
两类蛋白主要差异在于蛋白序列中发生 3 处短片段的
缺失,并且 4 个蛋白缺失位点均在相同位置。 说明
LEC2 基因在白菜、甘蓝和油菜的进化中是较为保守
的。 鉴于 LEC2 为 B3 domain 的转录因子[15],其 DNA
结合域,除甘蓝 BoLEC2⁃1 外,较为保守(图 2,图中黑
线标注下方氨基酸序列)。 甘蓝 BoLEC2⁃1 DNA 结合
结构域中较 BoLEC2⁃2 以及白菜、油菜 LEC2 DNA 结
合结构域多了 5 个氨基酸(SFKYK),这表明 BoEC2⁃1
的 DNA结合结构域三维结构可能发生改变,从而影响
BoEC2⁃1 下游被调控基因的转录。 基于油菜是白菜和
甘蓝杂交加倍形成的,BoEC2⁃1 较白菜、油菜 LEC2 发
生改变,说明甘蓝 BoEC2⁃1 的 DNA结合结构域变异发
生在油菜物种形成后。
2 3 BrLEC2、BoLEC2 和 BnLEC2 进化分析
为了解所克隆的 BnLEC2 基因与白菜和甘蓝
LEC2 基因的进化关系,进一步利用油菜、白菜、甘蓝和
拟南芥的蛋白序列采用 MEGA6 06 软件构建蛋白质
序列进化树。 分析结果表明白菜、甘蓝和油菜蛋白与
8712
12 期 油菜 LEAFY COTYLEDON 2 (BnLEC2)基因的克隆及表达分析
拟南芥蛋白进化树整体分为 3 支(图 3),白菜、甘蓝和
油菜的蛋白聚为两支,而拟南芥独为一支,说明拟南芥
与白菜和甘蓝的 LEC2 基因变异较大、分化早;白菜、
甘蓝和油菜 LEC2 两簇主要是以 2 个直系同源基因形
式分开的,每簇均包含一个白菜、甘蓝和 2 个油菜基
因。 说明油菜的 4 个 BnLEC2 同源基因分别来自白菜
和甘蓝的 2 个 LEC2 基因,这 2 个 LEC2 基因已经存在
于古老白菜和甘蓝祖先种植物基因组中,并且在后续
的进化过程中这 2 个直系同源基因是独自进化的[20]。
油菜 BnLEC2 蛋白聚簇结果表明,每个油菜
BnLEC2 蛋白均能找到与之相对应的白菜 BrLEC2 和
甘蓝 BoLEC2 蛋白,形成一对一相似配对关系:
BoLEC2⁃1 与 BnLEC2⁃2 相似;BrLEC2⁃1 与 BnLEC2⁃4
相似; BoLEC2⁃2 与 BnLEC2⁃1 相似; BrLEC2⁃2 与
BnLEC2⁃3 相似,配对结果与蛋白序列比对结果相同。
油菜与白菜和甘蓝相对应的分枝节点置信度均超过
80。 上述结果表明克隆获得的 BnLEC2 基因为油菜真
实 LEC2 基因,也表明油菜基因组进化上是由白菜和
甘蓝基因组杂交而来[19]。
进化树表明,尽管 LEC2 基因在进化上较为保守,
但是拟南芥 AtLEC2 和芸薹的 2 个 LEC2 同源基因在
分化后均发生变异。 从油菜同源蛋白同其亲本白菜和
甘蓝一对一的同源配对关系可以看出,油菜 BnLEC2
同源蛋白与白菜和甘蓝的 LEC2 蛋白之间变异较小。
可以推断白菜和甘蓝从古老十字花科祖先种植物分化
后的进化历程较油菜形成演变时间长,该结论与近期
通过基因组比较分析研究的结果相似。
2 4 LEC2 器官表达差异性分析
为了解 LEC2 基因的表达模式,本研究采用实时
定量 PCR(qRT⁃PCR)检测了白菜 2 个 BrLEC2 同源基
因在白菜叶片、花蕾和 7、14 和 21d角果等器官中的表
达水平。 发现在这些器官中,2 个 BrLEC2 同源基因的
相对表达水平差异较大(图 4)。 BrLEC2⁃1 在叶片、花
蕾和 21d角果中均能表达,而在 7d和 14d角果中基本
不表达。 其中叶片中的表达水平最高,其次是 21d 角
果,然后是花蕾中。 而 BrLEC2⁃2 仅在叶片和 21d 角果
中低水平表达。 说明白菜基因组多倍化后,为了维持
一定水平的基因剂量,部分同源基因被沉默或低水平
表达。
甘蓝 BoLEC2 同源基因各器官表达分析发现,2 个
甘蓝 BoLEC2 同源基因在叶片、花蕾、7d和 14d角果等
3 个器官中表达水平差异明显,主要在角果中表达(图
5)。 2 个甘蓝 BoLEC2 同源基因中,仅 BoLEC2⁃2 基因
在角果发育 7d和 14d 时高水平表达,而 BoLEC2⁃1 表
注:白菜、甘蓝、油菜和拟南芥 LEC2 蛋白进化树使用 MEGA 6 06 软
件利用 NJ (neighbor⁃joining method) 建树法构建。
Note:The phylogenetic tree were constructed using the protein sequences
by the the neighbor⁃joining method ( NJ ) implemented by MEGA
software, version 6 06. The numbers at each branch point represent the
bootstrap scores (1,000 replicates) . A branch with a bootstrap score
below 50 was usually considered unreliable.
图 3 白菜、甘蓝、油菜和拟南芥 LEC2 蛋白进化树
Fig. 3 Phylogenetic trees of BnLEC2, BrLEC2,
BoLEC2 and AtLEC2 based on the protein sequence
注:利用 qRT⁃PCR检测白菜 LEC2 同源基因植物发育不同组织中的
表达水平,图中数值为三个技术重复的平均值和标准差,内参为白菜
BrACTIN。
Note: Each sample was analyzed by real⁃time PCR assays in triplicate.
Data presented are mean values of three experiments. Error bars in the
graph represent standard deviations. The internal controls was BrACTIN.
图 4 白菜 BrLEC2 表达谱
Fig. 4 Relative expression levels of BrLEC2 in diverse
organs at different developmental stages of B. rapa.
达水平较低。 在甘蓝 3 个器官中,2 个 BoLEC2 同源基
因在叶片和花蕾中表达水平均较低。 而白菜 BrLEC2
直系同源基因表达模式不完全相同,叶片中白菜
BoLEC2⁃1 基因在叶片中高水平表达,而甘蓝 2 个
BoLEC2 同源基因均表达水平较低。 花蕾中白菜和甘
蓝 LEC2 同源基因均低水平表达。 甘蓝 BoLEC2 同源
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核 农 学 报 28 卷
基因在角果发育 7d时就已开始表达,到 14d时表达开
始降低,而白菜仅在 21d 才开始表达。 说明进化上尽
管白菜和甘蓝具有相同的祖先,但白菜与甘蓝 LEC2
同源基因表达模式有差异,这种差异可能由白菜和甘
蓝物种形成后人工驯化所导致。
注:利用 qRT⁃PCR检测甘蓝 BoLEC2 同源基因植物发育不同器
官中的表达水平,图中数值为三个技术重复的平均值和标准
差,内参为甘蓝 BoACTIN。
Note: Each sample was analyzed by real⁃time PCR assays in
triplicate. Data presented are mean values of three experiments.
Error bars in the graph represent standard deviations. The internal
control was BoACTIN.
图 5 甘蓝 BoLEC2 表达谱
Fig. 5 Relative expression levels of BoLEC2 in diverse
organs at different developmental stages of B. oleracea
qRT⁃PCR检测分析结果发现油菜 4 个 BnLEC2 的
表达水平在不同器官部位表达模式与白菜和甘蓝不同
(图 6)。 在所检测的油菜 3 个器官 5 个生长时期中,
油菜 4 个 BnLEC2 仅在 21d 角果期呈高水平表达,而
在叶片、花蕾、7d角果、14d 角果和 21d 角果均不表达
或表达水平较低。 尽管 4 个 BnLEC2 同源基因在 21d
角果中均表达,但是各自的表达水平差异明显。 其中
表达水平最高的是 BnLEC2⁃4, BnLEC2⁃3 表达最低。
在蛋白进化分析结果中,BnLEC2⁃3 源于白菜 BrLEC2⁃
2,在所检测分析的白菜器官中 BrLEC2⁃2 表达水平较
低,说明 BrLEC2⁃2 基因融入油菜基因组后,其表达模
式基本没有发生明显改变。 油菜 BnLEC2⁃2 源自甘蓝
BoLEC2⁃1 基因,BoLEC2⁃1 基因在甘蓝各器官的表达
水平均较低。 然而,在油菜中 21d 的角果中表达水平
却较高。
上述结果表明,油菜、白菜和甘蓝 LEC2 同源基因
均能在种子发育时期表达,但是 LEC2 同源基因在这
三种芸薹属植物种子中的表达模式不同。 作为蔬菜作
物甘蓝,种子发育早期 BoLEC2 同源基因就开始高水
平表达,然后逐渐降低;而作为油料作物白菜和油菜
LEC2 同源基因在种子发育的早期基本不表达或低水
平表达,当种子发育到中期(角果发育到 21 天)迅速
高水平表达,该时期为油菜种子开始合成储存物质阶
段[22]。 因此, LEC2 基因表达模式的改变可能与
BnLEC2 调控油菜种子中油脂和蛋白质合成密切相
关。
注:利用 qRT⁃PCR检测油菜 BnLEC2 同源基因植物发育不同组
织中的表达水平,图中数值为三个技术重复的平均值和标准
差,内参为油菜 BnACTIN。
Note: Each sample was analyzed by real⁃time PCR assays in
triplicate. Data presented are mean values of three experiments.
Error bars in the graph represent standard deviations. The internal
control was BnACTIN.
图 6 油菜 BnLEC2 表达谱
Fig. 6 Relative expression levels of BnLEC2 in diverse
organs at different developmental stages of B. napus.
3 讨论
本研究克隆了油菜基因组中 4 个 BnLEC2 同源基
因,利用生物信息软件对 4 个 BnLEC2 基因及其双亲
LEC2 基因的进化关系,以及这些同源基因的时空表达
模式进化了分析。 发现进化保守的 LEC2 基因尽管在
进化中基因较为保守,但是在不同的物种中其表达模
式已随着物种的进化与驯化发生改变。
油菜与拟南芥是十字花科植物,由白菜和甘蓝基
因组融合加倍而成的油料作物。 白菜、甘蓝、油菜和拟
南芥由共同的十字花科祖先分化演变而成[19 - 20]。 鉴
于 LEC2 基因对胚胎发育起重要作用,尽管在十字花
科物种演变进化和驯化的过程中发生不同的变异,但
是整体上 LEC2 基因是相对保守的。 作为油菜的双亲
白菜和甘蓝 LEC2 基因与油菜中 BnLEC2 基因差异较
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12 期 油菜 LEAFY COTYLEDON 2 (BnLEC2)基因的克隆及表达分析
小,最低相似度达 97 85% (图 2)。 因此,在进化上
LEC2 较为保守,在功能上也相对保守。
在拟南芥中 AtLEC2 是调控种子胚胎发育和储存
物合成以及植物生长发育的关键转录因子。 AtLEC2
编码含有 B3 结构域的转录因子,能够与含有 RY⁃motif
的 DNA序列结合,具有 RY⁃motif的基因主要是种子特
异表达相关的基因[15]。 拟南芥 Atlec2 突变体种子储
藏物质含量降低,特别是种子中的油脂含量急剧降
低[15]。 本研究克隆的油菜 4 个 BnLEC2 同源基因也
存在 B3 结构域,尽管在 4 个 BnLEC2 蛋白 B3 结构域
存在个别氨基酸的改变,然而整体上未改变 B3 结构
域构件。 因而,理论上 4 个 BnLEC2 蛋白也能够与油
菜基因组中均含有 RY⁃motif的 DNA序列结合,能调控
种子特异相关基因的表达。 也可能鉴于不同 BnLEC2
蛋白 B3 结构域氨基酸的差异,导致特异结合的下游
基因启动子 RY⁃motif 的 DNA 序列有差别,使得
BnLEC2 基因调控具有差异性。
在模式植物拟南芥研究中,过表达 AtLEC2 使转基
因植物致死或种子畸形,种子含油量降低[20]。 基于油
菜为白菜和甘蓝杂交形成的四倍体作物,在拟南芥基
因组中 AtLEC2 仅有 1 个拷贝(AT1G28300)。 白菜和
甘蓝基因组中有 2 个 LEC2 基因,而油菜有 4 个
BnLEC2 基因。 如果油菜 4 个 BnLEC2 基因如拟南芥
一样均同时高水平表达,那么油菜各组织中 BnLEC2
基因剂量是拟南芥的 4 倍,是白菜和甘蓝的两倍。 如
此高剂量的 BnLEC2 可能会影响油菜种子的生长发
育。 如果研究表明,多倍体植物通过调控部分同源基
表达水平的方式,从而控制组织中基因剂量[23 - 25]。 本
研究利用荧光定量 PCR检测结果也发现,白菜和甘蓝
两个 LEC2 基因,在植物各器官中仅有一个同源基因
高水平表达,其余基因低水平表达或不表达。 4 个油
菜 BnLEC2 同源基因有 3 个同源基因在油菜角果发育
21d时能高水平表达,而另外一个则低水平表达。 说
明芸薹属植物基因组多倍化后的进化过程中,通过改
变 LEC2 同源基因的表达模式来维持 LEC2 在种子中
的基因剂量水平,从而保证油菜种子的正常生长发育。
除了改变表达模式控制种子中 LEC2 基因剂量
外,芸薹属植物在驯化的过程中,由于驯化的目的不一
样[26 - 27],在不同的物种中 LEC2 的时空模式是不一样
的。 甘蓝主要驯化为蔬菜作物,其 BoLEC2 的表达模
式明显与驯化作为油料作物的白菜和油菜 LEC2 的表
达模式不一致。 在白菜和油菜种子发育过程中,LEC2
的表达时期主要在种子发育的中期高水平表达,在早
期表达水平较低;而甘蓝主要在种子发育的早期,然后
逐渐降低。 白菜和油菜 LEC2 的表达模式与种子油脂
合成的模式相一致[22],这个结果与模式植物拟南芥研
究的结果相似[15]。
4 结论
LEC2 作为种子发育的重要调控子控制种子储存
物质的合成,在进化上 LEC2 基因较为保守,芸薹植物
在进化和驯化的过程中,LEC2 的表达模式随着驯化发
生改变,在油料作物白菜型油菜和甘蓝型油菜中 LEC2
主要在种子发育的中期开始表达,这些结果为进一步
研究 BnLEC2 调控油菜种子含油量奠定基础。
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Journal of Nuclear Agricultural Sciences
2014,28(12):2175 ~ 2183
Cloning and Expression Analysis of LEAFY COTYLEDON 2
(BnLEC2) in Brassica napus
TAN He⁃lin1 WANG Li⁃huan1 LI Yun1 LAN Jie1 TANG Qian⁃ying1 YE WEN⁃xue1 XIANG Xiao⁃e2
( 1State Key Laboratory of Crop Genetics and Germplasm Enhancement, Nanjing Agricultural University,
Nanjing, Jiangsu 210095;2 Animal Sciences National Teaching Demonstration Center,
Nanjing Agricultural University, Nanjing, Jiangsu 210095)
Abstract:LEAFY COTYLEDON 2, encoding a B3 domain binding protein, is an important transcription factor for
regulating embryogenesis, seed storage protein and fatty acid metabolism. As allotetraploid oilseed plant, Brassica napus
(AACC, 2n = 38) originated the natural hybridization between Brassica rapa (AA, 2n = 20) and Brassica oleracea
(CC, 2n = 18 ) containing duplicate genes. Here, we isolated and characterized four BnLEC2s, which are the
homologous genes to the Arabidopsis AtLEC2. Results showed that these BnLEC2s were highly conserved compared with
its orthologos of BrLEC2 and BoLEC2, and only limited divergences occurred in BnLEC2, BrLEC2 and BoLEC2.
Moreover, we found the divergences among BnLEC2s were derived from its progenitor gene of Brassica rapa or Brassica
oleracea. Furthermore, transcription analysis indicated that partial BnLEC2 homologs were silence, and the expression
patterns of activated BnLEC2 were altered in contrast to its BoLEC2 orthologs in Brassica oleracea and BrLEC2 orthologs
in Brassica rapa, and which mainly expressed during the synthesis of oil and storage protein in seeds of B. napus. Taken
all these together, we speculated that duplicate BnLEC2 controlled the metabolisms of oil and protein in Brassica napus
seeds via the alternation of gene activation and the temporal and spatial expression pattern of BnLEC2 homologs. Our
results uncovered the expression pattern of duplicate BnLEC2 regulating the synthesis of oil and storage protein in seeds
of Brassica. napus.
Key words:Brassica napus; BnLEC2; Gene clone; Evolution analysis; Expression analysis
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