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牡丹不定根形成相关基因PsARRO-1的克隆及表达分析



全 文 :植物生理学报 Plant Physiology Journal 2014, 50 (8): 1151~1158  doi: 10.13592/j.cnki.ppj.2014.0182 1151
收稿 2014-04-22  修定 2014-06-27
资助 国家自然科学基金(31272189)、国家科技成果转化项目
(2012D0001018)和郑州市创新团队项目(10CXTD147)。
* 通讯作者(E-mail: hsl213@163.com; Tel: 0373-6355-
8809)。
牡丹不定根形成相关基因PsARRO-1的克隆及表达分析
贺丹1, 李睿1, 纪思羽2, 吴静1, 王政1, 刘艺平1, 何松林1,*
1河南农业大学林学院, 郑州450002; 2郑州市园林局经纬广场, 郑州450002
摘要: 不定根发生相关加氧酶基因(adventitious rooting related oxygenase, ARRO-1)被认为是木本植物不定根形成的分子标
记之一, 属不定根发生起始阶段的特异表达基因。本实验以牡丹‘乌龙捧盛’为材料, 运用RT-PCR和RACE相结合的方法克
隆得到一个ARRO-1的全长cDNA序列, 命名为PsARRO-1 (GenBank登录号KJ620008)。PsARRO-1 cDNA序列的开放阅读框
长度为900 bp, 编码299个氨基酸。氨基酸序列同源性分析结果显示与拟南芥、毛果杨、苹果、梅花等植物有较高的相似
性。利用实时荧光定量PCR对该基因在牡丹‘凤丹白’试管苗及实生苗的表达情况分析表明, PsARRO-1在试管苗及实生苗
的根、茎、叶、花中均有不同程度的表达, 根中的平均表达量大于其他部位, 且实生苗中的整体表达量一般高于试管苗中
的表达量。试管苗中, PsARRO-1在根中的表达量变化趋势明显, 生根诱导初期表达量平稳且微弱, 第10天开始上调表达,
第15天和第40天分别出现两次峰值; 实生苗中, PsARRO-1在根中的表达量在取样初期就开始快速上升, 第10天达到峰值,
之后迅速回落。这与牡丹不定根的发生过程基本一致, 说明PsARRO-1与牡丹不定根的形成密切相关。
关键词: 牡丹; 不定根; PsARRO-1; 基因克隆; 表达分析
Cloning and Expression Analysis of Adventitious Rooting Related Gene PsARRO-1
of Tree Peony
HE Dan1, LI Rui1, JI Si-Yu2, WU Jing1, WANG Zheng1, LIU Yi-Ping1, HE Song-Lin1,*
1College of Forestry, Henan Agricultural University, Zhengzhou 450002, China; 2Jing Wei Square, Zhengzhou Bureau of Parks,
Zhengzhou 450002, China
Abstract: A cDNA clone encoding a novel 2-oxoacid-dependent dioxygenase (adventitious rooting related oxy-
genase, ARRO-1) may prove a reliable molecular marker for adventitious root formation in woody plants.
ARRO-1 is a specifically expressed gene of adventitious root in the starting stage. In this study, the full-length
cDNA of ARRO-1 gene was cloned by RT-PCR and RACE from Paeonia suffruticosa ‘Wu long peng sheng’,
and named as PsARRO-1 (GenBank accession number KJ620008). The cDNA sequence of PsARRO-1 con-
tained a 900-bp open reading frame, and encoding 299 amino acids. The results of amino acid sequence homol-
ogy analysis showed that the sequence had high homology with other plant 2-oxoacid-dependent dioxygenase
gene. Quantitative real-time PCR analysis of the gene’s expression in P. suffruticosa ‘Feng dan bai’ in vitro
plantlets and seedlings showed that it had different gene expression level in their roots, stems, leaves and flow-
ers. The average expression of root was higher than other parts and it had higher expression in seedlings than in
in vitro plantlets. In in vitro plantlets, the expression of PsARRO-1 in root had an obvious variation trend. At the
beginning of root induction, the expression was smooth and slender. Then it was up-regulated at the 10th day
and appeared two significant peaks at the 15th and 40th day. In seedlings, the expression of PsARRO-1 in root
increased rapidly at the beginning of the sampling and peaked at the 10th day, then fell back quickly. These re-
sults are corresponding with the way of adventitious roots forming. It suggests that PsARRO-1 is closely related
to the peony adventitious root formation.
Key words: Paeonia suffruticosa; adventitious rooting; PsARRO-1; gene cloning; expression analysis
研究报告 Original Papers
不定根发生相关加氧酶基因(adventitious
rooting related oxygenase, ARRO-1)被认为是木本
植物不定根形成的分子标记之一, 属不定根发生
起始阶段的特异表达基因, 在不定根诱导阶段上
植物生理学报1152
调表达(De Klerk等1995; Smolka等2009); Northern
杂交分析表明其在引起不定根形成的细胞分裂前
就开始诱导表达(Butler和Gallagher 1999)。且
ARRO-1具有独特的表达环境, 在IAA、IBA诱导的
根中上调表达, 而在2,4-D诱导的根中不表达, 但它
的表达并不依赖于生长素的诱导而存在, 与植物
组织中天然的生长素水平有关; Southern杂交表明,
ARRO-1存在于梨、梅等蔷薇科植物中, 但不存在
于白桦等更进化的物种中(Butler和Gallagher
2000)。通过转基因技术提高苹果对生长素的敏感
性以促进不定根的发生, 发现ARRO-1在转基因植
株中的表达量明显增多, 而且在未经生长素诱导
的转基因植株中也能检测到ARRO-1的表达(Sedira
等2005)。通过RNA干扰技术使ARRO-1在苹果中
的表达量下降后苹果不定根发生量减少, 且转基
因植株对内源激素的敏感性高于非转基因植株
(Smolka等2009)。
牡丹(Paeonia suffruticosa)为芍药科芍药属宿
根木本花卉, 是我国传统名花, 其花色艳丽、气味
芬芳, 具有较高的观赏价值。目前, 牡丹离体培养
的研究已取得一定进展, 但至今还没有应用于生
产实践。究其原因, 一方面是试管苗生根率不高,
另一方面是生根质量欠佳, 很大程度上影响了试
管苗的移栽成活率。而关于牡丹不定根的发生也
仅是从培养基和植物生长调节物质 (张桂花等
2001; 刘会超和贾文庆2010)、生理生化(王永伟
2008; 徐盼盼等2011; 陈静2012)及解剖学方面(成
仿云和王龙平1993; 贺丹等2011; 贾文庆等2013)进
行初步研究 , 分子调控机制方面的研究尚属空
白。本实验以生长健壮的牡丹品种‘乌龙捧盛’为
材料, 运用RT-PCR和RACE相结合的方法克隆获
得牡丹不定根形成相关基因PsARRO-1的cDNA全
长序列, 利用生物信息学方法进行分析, 同时通过
实时荧光定量PCR对其在牡丹‘凤丹白’试管苗及
实生苗的表达情况进行分析, 为牡丹组培苗生根
的分子机制研究提供了基础。
材料与方法
1 材料与试剂
材料为牡丹(Paeonia suffruticosa Andr.)品种
‘乌龙捧盛’和‘凤丹白’, 由洛阳土桥花木种苗有限
责任公司牡丹苗木基地提供。于2月份取其鳞芽
诱导形成无菌试管苗, 并诱导生根。
大肠杆菌(E. coli)菌株DH5α购于天根生化科
技(北京)有限公司, 克隆载体pUCM-T购自上海生
物工程有限公司。DL2000 DNA marker、DL1000
DNA marker、Ex Taq DNA聚合酶、dNTP、DNase
I (RNase Free)、5′-Full RACE Kit等购于宝生物工
程(大连)有限公司 ; RNasin、6×RNA loading
buffer、普通琼脂糖胶回收试剂盒等购于天根生
化科技(北京)有限公司; CTAB、EDTA、Tris、
Licl、Amp、IpTG、X-gal等购于上海生物工程有
限公司; BioTeke super RT Kit和Power 2×SYBR
real-time PCR premixture购于北京百泰克生物技
术有限公司。其余常规药品均为进口或国产分析
纯级。
2 试验方法
2.1 PsARRO-1 cDNA全长序列克隆
取牡丹品种‘乌龙捧盛’无菌试管苗的叶片及
幼根置于液氮中冷冻后, 于–70 ℃保存。RNA的提
取参见孟丽等(2006)的方法, 其中CTAB提取缓冲
液中采用高浓度NaCl (2.0 mol·L-1)取代低浓度
NaCl (0.1 mol·L-1), 并加入1 g·L-1的亚精氨。按说
明书进行反转录反应并作为基因克隆的模板。根
据苹果、葡萄、杨树等植物的氨基酸同源序列设
计同源引物TMW-1和TMW-2扩增保守区片段 ,
PCR组分浓度与试剂盒推荐浓度一致。测序后, 根
据得到的保守区片段设计特异引物TMW-3和锚定
引物B26, 进行3′-RACE PCR。然后根据已知序列
设计特异引物TMW-4、TMW-5, 按照宝生物工程
(大连)有限公司的5′-Full RACE Kit说明书合成5′-
RACE模板cDNA, 先用5′-RACE Outer primer和
TMW-4进行PCR扩增, 再用5′-RACE Inner primer
和TMW-5进行巢式扩增。根据已克隆得到中间、
3′端及5′端序列, 利用DNAMAN 6.0进行全长的电
子拼接, 然后进行氨基酸推测, 根据推测的氨基酸
设计特异引物PS-1和PS-2进行PCR, 扩增目的基因
的全长序列。目的片段回收、连接、克隆参照相
应说明书的方法进行, 阳性克隆交由生工生物工
程(上海)有限公司测序确认。所有PCR扩增用引
物的具体序列以及退火条件见表1。
2.2 生物信息学分析
使用DNAMAN 6.0软件进行氨基酸序列推测
和比对; 应用NCBI网站(http://www..ncbi.nlm.nih.
贺丹等: 牡丹不定根形成相关基因PsARRO-1的克隆及表达分析 1153
gov/)中的BLAST在线工具进行氨基酸序列的同源
性分析, ORF Finder进行最大开放阅读框分析,
BLASTP进行蛋白预测, Specialized BLAST (CDD
search)完成保守区域分析; 蛋白质理化性质使用在
线ProtParam软件(http://web.expasy.org/protparam/)
进行分析; 用TMpred (http://www.ch.embnet.org/
software/TMPRED_form.html)和HMMTOP在线工
具(http://www.enzim.hu/hmmtop/html/adv_submit.
html)分析蛋白的跨膜区和跨膜方向; 利用SignalP
(http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/)进行信号
肽预测, 用PSORT (http://psort.hgc.jp/form.html)进
行亚细胞定位预测。
2.3 PsARRO-1的表达分析
通过实时荧光定量PCR对PsARRO-1在牡丹
‘凤丹白’试管苗和实生苗不同部位及生长发育不
同时期的表达情况进行分析。分别取试管苗和实
生苗不同生长时期的根、茎、叶、花 , 提取总
RNA并反转录成单链cDNA, 作为实时荧光定量
PCR的模板。每个模板分别同时扩增PsARRO-1和
β-tubulin基因, 每个样品均进行3次重复试验。试
管苗从进行生根培养当天开始取样, 每隔5 d取一
次, 其中在根未长出时取茎基部作为根部材料; 实
生苗从3月20日开始取样, 每隔5 d取一次。
根据获得的ORF序列设计实时荧光定量PCR
引物, 引物序列为A1-F: 5′-AGTCTGGCACATTC-
GTAGC-3′, A1-R: 5′-TCTTTGCACATCACTCG-
GT-3′; 内参基因引物序列为β-tubulin-F: 5′-TGAG-
CACCAAAGAAGTGGACGAAC-3′; β-tubulin-R:
5′-CACACGCCTGAACATCTCCTGAA-3′。基因
的相对表达量按Livak和Schmittgen (2001)的2-∆∆CT
法进行数据分析, 通过Excel 2003软件进行绘图。
实验结果
1 PsARRO-1的克隆和序列分析
根据苹果、葡萄、杨树等植物的氨基酸同源
序列, 通过RT-PCR和RACE相结合的方法, 分别从
牡丹组织中克隆得到300 bp的保守区片段、327 bp
的3′-RACE片段、672 bp的5′-RACE片段以及926
bp的全长cDNA片段(图1)。用DNAMAN6.0拼接
测序结果并预测其氨基酸序列, 扩增所获得片段
为ARRO-1同源基因, 命名为PsARRO-1, GenBank
登录号为KJ620008。PsARRO-1 cDNA序列的开放
阅读框长度为900 bp, 编码299个氨基酸。应用
NCBI网站中的BLAST工具分析氨基酸序列的同
源性, 发现其与可可树(XP_007049001.1)、毛果杨
(XP_002317640.2)、梅花(BAE48659.1)等植物的
2-ODD基因的氨基酸序列相似度较高 , 分别为
71%、70%、67% (图2)。把推导出来的氨基酸序
列递交NCBI中的蛋白质保守序列数据库寻找保守
结构域, 结果发现与已报道2-oxoacid-dependent di-
oxygenase存在多种相似的结构域(图3): 2OG-FeII_
Oxy [pfam03171]、DIOX_N [pfam14226]及
PLN02365 [PLN02365]。用MEGA 5.0构建进化树
(图4)分析PsARRO-1与其他物种之间进化的亲缘
关系, 结果表明PsARRO-1与木本植物可可树、毛
果杨、梅花、苹果等的亲缘进化关系较近, 与草
本植物马铃薯、大豆、拟南芥、短花药野生稻等
的亲缘关系较远。
表1 PsARRO-1克隆用引物及退火条件
Table 1 Primers for PsARRO-1 cloning and annealing conditions
引物 寡核苷酸序列(5′→3′) 退火温度及时间
保守区引物 TMW-1 CTGCCAGTTCAGGATAAA 52 ℃ 40 s
TMW-2 GGTCCCAAGAGGAATGTAG
3′RACE引物 TMW-3 CTACATTCCTCTTGGGACC 48 ℃ 40 s
B26 GACTCGAGTCGACATCGATTTTTTTTTTTTTTTTT
5′RACE引物 TMW-4 ATGGGATCGACGGCTACG 50 ℃ 40 s
5′-RACE Outer primer CATGGCTACATGCTGACAGCCTA
TMW-5 CAGACTTCTCCACCTCCAAACCAC
5′-RACE Inner primer CGCGGATCCACAGCCTACTGATGATCAGTCGATG
cDNA全长引物 PS-1 GCTGTGATTCTTTCTCGTTCTGC 55 ℃ 40 s
PS-2 CCAAATCCAACCCTCCAATACT
植物生理学报1154
2 PsARRO-1编码蛋白质的生物信息学分析
通过ProtParam工具预测PsARRO-1编码蛋白
的理化性质, 其蛋白编码299个氨基酸, 相对分子量
为33 064.0, 分子式为C1485H2330N394O432S14, 其等电
点(pI)为5.53, 该蛋白的不稳定系数为42.06, 具有
不稳定性, 其脂肪系数为94.88, 平均亲水系数为
0.027。此蛋白由20种氨基酸组成, 其中含量最丰
富的为Ala (8.0%), 带负电氨基酸(Asp+Glu)总和为
37个, 带正电氨基酸(Arg+Lys)总和为29个。利用
TMpred和HMMTOP在线工具预测蛋白的跨膜区
域和方向, 该蛋白分别有2个由内向外的螺旋区和
2个由外向内的螺旋区, 其中由内向外螺旋的位置
在129~147和202~222区域, 由外向内螺旋的位置
在129~147和193~214区域, 无跨膜螺旋区, 推测不
是跨膜蛋白。SignalP 4.1分析结果表明该蛋白无
明显的信号肽, 推测可能为不分泌型蛋白。利用
PSORT进行可能的亚细胞定位分析, 结果也显示
PsARRO-1无N端信号肽, 首先可能定位于细胞质
中, 可能性为45%, 其次位于微体(过氧化物酶体)
中的可能性为20%, 而位于线粒体基质和溶酶体中
的可能性均为10%。
3 PsARRO-1的表达特性分析
根据获得的ORF序列设计的4对实时荧光定
量PCR引物, 只有A1能与不同cDNA模板相结合得
到扩增产物, 且产物与预期PCR产物大小相当, 并
且不存在引物二聚体条带, 因此确定A1为最适宜
的引物(图5)。
为了解PsARRO-1在牡丹试管苗和实生苗不
同部位及生长发育不同时期的表达情况, 用实时
荧光定量PCR技术分析牡丹‘凤丹白’试管苗和实
生苗不同生长时期的根、茎、叶、花中PsARRO-1
的相对表达量, 结果显示, PsARRO-1在牡丹试管苗
及实生苗的根、茎、叶、花中均有不同程度的表
达, 但是根中的平均表达量大于其他部位, 且实生
苗中的整体表达量一般高于试管苗中的表达量
(图6)。
整体而言, PsARRO-1在试管苗中茎的表达量
最低, 而且较平稳; 叶只有在诱导培养的前10 d大
量表达; 根的表达量最高, 且升降明显, 出现2次峰
值。在实生苗中, 根和茎的PsARRO-1表达量较大,
且起伏变化趋势明显, 在叶中表达量适中, 在花中
微弱表达(图7)。不同生长时期根中PsARRO-1的
相对表达量分析结果表明, 在试管苗中, 生根诱导
初期, PsARRO-1在根中表达稳定微弱, 从第10天开
始上调表达, 直到第15天达到最大表达量, 推测该
时期为根原基形成期; 之后下调表达, 于第25天再
次上调表达, 直到第40天达到峰值, 然后该基因
表达量随着不定根的停止生长而下降(图7-A)。
在实生苗中, 第1次取样时气温刚刚回暖, PsAR-
RO-1在半休眠的根中几乎不表达; 随着温度的升
高, 地下根部恢复活力, PsARRO-1的表达量也快速
上升, 在取样的第10天达到峰值, 之后迅速下降;
第20天时的表达量达到最低; 随后再次开始上调
表达至取样的第30天; 然后再次下降, 第35天处再
次上升, 第40天至第45天, 表达量有微弱的下降(图
7-B)。
图1 PsARRO-1 cDNA扩增片段
Fig.1 cDNA amplification of PsARRO-1
1: 保守区片段; 2: 3′-RACE片段; 3: 5′-RACE片段; 4: 全长cDNA片段; M: DL1000 DNA marker。
贺丹等: 牡丹不定根形成相关基因PsARRO-1的克隆及表达分析 1155
图2 PsARRO-1氨基酸序列与其他植物同源性比对
Fig.2 An alignment comparison of PsARRO-1 amino acid sequence homologous with other plants
牡丹(Paeonia suffruticosa): KJ620008; 可可树(Theobroma cacao): XP_007049001.1; 毛果杨(Populus trichocarpa): XP_002317640.2; 梅
花(Prunus mume): BAE48659.1; 苹果(Malus domestica): CAA12386.1; 马铃薯(Solanum tuberosum): XP_006365007.1; 拟南芥(Arabidopsis
thaliana): NP_172865.1。
图3 PsARRO-1蛋白CDD搜索结果
Fig.3 Search results of PsARRO-1 on CDD
植物生理学报1156
图4 PsARRO-1与其他植物同源蛋白系统发育进化树分析
Fig.4 Phylogenetic tree of PsARRO-1 and their homologus in other plants
图5 特异性引物PCR扩增片段
Fig.5 PCR amplification of specific primers
M: DL1000 DNA marker; A1-F: 5′-AGTCTGGCACATTCGTAGC-3′, A1-R: 5′-TCTTTGCACATCACTCGGT-3′; A2-F: 5′-TCTTTCTTT-
GACCTCCCTCTTG-3′, A2-R: 5′-TTGCTTTAGCATACGTCTCCAC-3′; A3-F: 5′-GCGAAAAGTATGGGAGTTG-3′, A3-R: 5′-ATCGACGGC-
TACGAATGT-3′; A4-F: 5′-AGTCTGGCACATTCGTAGC-3′, A4-R: 5′-TCTTTGCACATCACTCGGT-3′; 1、2: 叶2次重复, 3、4: 茎2次重复,
5、6: 根2次重复。
图6 牡丹试管苗和实生苗不同部位中PsARRO-1的平均相对表达量
Fig.6 Average relative expression level of PsARRO-1 in different organs of P. suffruticosa in vitro and seedling
各柱形上不同小写字母表示不同材料部位间差异显著(P<0.05, SSR测验)。
贺丹等: 牡丹不定根形成相关基因PsARRO-1的克隆及表达分析 1157
讨  论
ARRO-1被认为是木本植物不定根形成的分
子标记之一, 属不定根发生起始阶段的特异表达
基因。苹果中ARRO-1的研究表明, ARRO-1与不定
根的发生密切相关 (Sedira等2005; Smolka等
2009)。ARRO-1属于2-ODD家族, 依赖于含氧酸的
双加氧酶(2-oxoacid-dependent dioxygenase), 是一
种可溶性酶类, 可催化氧分子中2个氧原子全部与
有机底物相结合(Prescott和John 1996)。本实验以
牡丹品种‘乌龙捧盛’为材料, 成功克隆得到一个新
的ARRO-1基因PsARRO-1, 其编码的氨基酸序列与
其他植物同源性很高。序列分析显示, PsARRO-1
氨基酸序列中包含典型的2OG-FeII_Oxy和DIOX_
N结构域, 属于2OG-Fe(II)加氧酶家族基因。该家
族的成员包含α-酮戊二酸(2OG)和依赖于Fe(II)的
加氧酶家族; 其包括脯氨酸羟化酶α亚基的C-末端,
该酶具有活性EC: 1.14.11.2催化反应: 胶原脯氨酸+
α-酮戊二酸+O2⇋胶原跨4-羟-L-脯氨酸+琥珀酸+
CO2, 全酶由一个α2β2络合物构成, 其带有具有最大
活性位点的α亚基。家族还包括赖氨酸水解酶、
异青霉素合成酶和烷基化修复蛋白B (Helaakoski
等1995; Aravind和Koonin 2001)。PsARRO-1与已
报道的其他2-ODD基因存在相似的结构域, 结构
特征上的保守性可以推测功能上的相似性。
ARRO-1在不定根形成过程中的诱导期(24~96
h)上调表达(De Klerk等1995)。Butler和Gallagher
(2000)也曾报道, ARRO-1在苹果砧木‘Jork 9’不定
根发生的早期阶段起正调节作用。研究发现 ,
PsARRO-1在牡丹试管苗生根诱导的第10天到第15
天之间表达量持续上升, 在实生苗中根部从半休
眠状态到恢复活力的过程中表达量也持续上升,
均为上调表达, 这与De Klerk等(1995)、Butler和
Gallagher (2000)的结论相一致: PsARRO-1的表达
为生根特异性, 可能作为一种生长素触发生根特
异性的基因联合体发挥作用。MiARF2是从芒果不
定根中克隆出的生长素反应因子ARF2类基因, 已
经证实它与芒果不定根的形成有关, 为上调表达
或诱导表达基因(陈启助2008)。实时荧光定量
图7 PsARRO-1在牡丹试管苗(A)和实生苗(B)不同部位和时间的相对表达量
Fig.7 PsARRO-1 relative expression level of different time in different organs of P. suffruticosa in vitro (A) and seedling (B)
植物生理学报1158
PCR结果显示, 不定根诱导7 d后(不定根的发端阶
段), MiARF2表达量开始增加; 诱导10 d时(发育阶
段)表达量达到顶峰; 诱导13 d (不定根突破表皮)
时, MiARF2的表达量回落到本底水平。贺丹等
(2011)通过对牡丹茎基部的组织切片研究发现, 第
3天开始, 根原基诱导发生, 在维管束处开始出现;
第5天根原基的诱导基本形成; 第15天根原基基本
形成, 试管苗根逐渐突破表皮; 之后进入根伸长期,
为开始生根培养后的4到7周。本试验中, PsAR-
RO-1在牡丹试管苗生根诱导的第10天开始上调表
达, 在第15天, 即根原基基本形成时达到峰值, 之
后回落。这与MiARF2在芒果中的表达趋势相一
致, 也与ARRO-1基因在苹果中的表达趋势相一致
(Li等2012), 因此推断PsARRO-1主要作用于牡丹不
定根根原基的发端及发育阶段。
本实验从牡丹中克隆得到了一个ARRO-1同
源基因PsARRO-1, 并且证实了其在牡丹不定根发
生过程中的时空特异性表达, 初步分析了其表达
模式。但是PsARRO-1具体如何调控牡丹不定根的
发生还不清楚, 有待于通过遗传转化技术和芯片
技术对该基因进行进一步的功能分析, 这些研究
将为提高牡丹试管苗不定根发生能力及建立牡丹
高效植株再生体系提供分子生物学方面的理论和
技术支撑。
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