全 文 ：植物生理学通讯 第 4 4 卷 第 1 期 , 2 00 8 年 2 月
向日葵异戊烯焦磷酸异构酶基因(iPi) 的电子克隆和生物信息学分析
化文平 , 王结之 ’
陕西师范大学生命科 ‘、广学院 , 教育部药用植物资源与天然药物化学重点实验室 , 西安 71 0 0 6 2
提要 : 用电子克隆方法获得向 日葵异戊烯焦磷酸异构酶(IPI )基因 , 并用生物信息学方法对此基因编码产物从氛基酸组成 、
理化性质 、 二级和三级结构以及功能进行预测和分析的结果表明 , 向 日葵 IPI 为亲水性留p蛋白 , 含有IP P异构酶结构域 ,
其与其他植物的 IPI 在序列组成 、 结构及活性位点均有高度的相似性 。
关键词 : 异戊烯焦磷酸异构酶 ; 电子克隆 ; 向 日葵 ; 生物信息学
E le c tr o n ic Clo n in g a n d C h a r a c te r iz a tio n s o f iP i G e n e fr o m H 云lia n th u s a n n u s
L
.
U sin g B io in fo r m a tic s To o ls
HU A We
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,
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尤匀 La bo ra to ry of Me d ie in a l R e s o u rc e s a n d Na tu ra lPh a rm a e e u tie alCh em is try
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一少e rs i仅 Xi ’a n 7 100 6 2 , Ch in a
A b strac t : A n iso Pe
n te n yld iPho sPh ate iso m er a se (IPP) g e n e fr o m He li
a n th u s a n n u s w a s clo n e d by e le c tr o n ic
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e s in th e fo llo w in g a sPe c ts: th e e o m Po sitio n o f alni n o
ac id se q u e n ee s
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hyd r o Ph o bie ity o r hyd ro Philic ity
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stru etu re o f Pro tein an d fu n e tio n
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A n a lysis re su lts sho w e d tha t iPi g e
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b e lo n g in g to 留p Pr o te in ,
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一
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h ig hly sim ilar w ith o the r Plan t IPI
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K ey w o r d s: iso Pe n te n yld iPho sPha te iso m e ra se (IPI):
e le etr o n ic e lo n e : He li
a n th u s a n n u s ; bio in fo rm
a tic s
大多数砧类化合物(iso p ren o id 或 te印e n o id)是
由CS结构的异戊二烯结构聚合而成 , 其前体是CS
结构的异戊烯焦磷酸(is o p e n te n y l d ip h o s p h a te ,
I P P ) 和 其 同分 异 构体 二 甲基 丙 烯 焦磷 酸
(d im e th yla llyl d iPho sPha te
,
D M APP)
。 在植物体
内D MA PP是 IP P 的活化状态 , 它失去一个无活性
的磷酸基团后与IP P缩合成聚异戊烯链或其他次生
代谢产物(C a m pb e ll等 19 9 7 )。 异戊烯焦磷酸异构
酶(iso pe n te n yld ip ho sph a te iso me r ase , IP I)催化 Ip P
和 D M A PP 之间的可逆转化(R a m o s一 v a ld iv ia 等
1 9 9 7)
, 分为两类 : I型 IPI 发现较早 , 存在于大
多数物种中(Z h a n g 等 2 0 0 7) , 其蛋白单体是一紧
密的球形蛋白 , 在二价阳离子作用下发挥功能 ;
n 型 IPI 是近几年发现的 , 主要存在于一些革兰氏
阳性菌 、 蓝藻和古生菌中 , 为 T IM 桶状黄素蛋
白 , 不仅需要阳离子还需要 FM N 和 N A D (P) H 辅
助(sid d iq u i等 2 0 0 5 )。 K ajiw a r a 等(1 99 7 )认为 , 植
物体内的 IP I可能是一关键性的限速酶 , 他们将酵
母 尸ha rfi ar hos o zy m a 和雨生红球藻中分离的 IPI
c D N A 转入大肠杆菌菌株 JM 101 后番茄红素产量增
加 3 . 6一4. 5 倍 。 植物 iP i基 因在大肠杆菌中超量表
达后 , 类胡萝 卜素合成量增加 (G a lla g h e r 等
2 0 0 3 )
。 许多植物的 iPi 基因 己经克隆 , 如烟草
(N ie o tia n a ta b a c u m )
、 拟南芥(A r a b id o 夕5 15
tha lia n a )
、 伯惠绣衣(C la rk ia b : 。w e r i)、 Ta x u :
b r a s ilie n s is
、 龙胆草(G e n tia n a lu t‘ a ) 、 喜树
(c a m 尸ro th e e a a c u m in a te ) 、 茶树(对e la le u e a
a lrern 沙 lia )和玉米(ze a m 叮s)等 。 本文以 N e B I数
据库为基础 , 从向日葵中电子克隆得到编码 IP I基
因的 c D N A 序列 , 采用生物信息学方法对其推导
的氨基酸序列从氨基酸组成 、 理化性质 、 疏水
性 、 亚细胞定位及结构功能等进行了预测和分析 。
收稿 2 0 0 7 一 1 1 一 1 4 修定 2 0 0 7 一 1 2 一 2 7
资助 “ 十一五 ” 科技支撑计 tIJ (2 0 0 6 B A Io 6 ^ 1 2 ) 。
通讯作者(E 一m a il: z z w a n g @ sn n u . e d u e n : T e l : 0 2 9 -
8 5 3 1 0 2 6 0 )
。
植物生理学通讯 第 4 4 卷 第 1 期 , 2 008 年 2 月
材料与方法
数据资料来源于 N atio n al C e n ter fo r B io te c h -
n o lo g y In fo rm
a tio n (N CB I)核酸及蛋白质数据库中
已注册的 IPI 的核酸序列及其对应的氨基酸序列 。
向日葵 E ST 序列来自于 N CB I的U n iG e n e 数据库 ,
其序列号为 B U 03 O90 1 . l 、 AJ 4 37 87 3 、 A J54 14 1 8 。
用 CAP 3 程序(ht p :肠io w eb . pa ste u r . frl se q an aFin te r -
fa ee s/e a p 3
.
h tm l)对 E S T 序列进行拼接 。 依据该序
列采用 Prim e r Pre m ier 5 . 0 设计了 R T 一PCR 扩增弓l
物IP 一S (5 ’A CCA TCA C竹CCA C竹G CAA CA 3’) 和
P l
~
A (5
,
A AAAAA G CAA T ACCAAAA TCACACT 3
,
)
。
向日葵(He lia n th u s a n n u s L . e v . R HA Zso)材料采 自
西安植物园 。 总 R N A 提取试剂盒(B IOZ o L) 购自
于 B io Fl u x 公司 ; R ev ert A ld Fir st S tr an d e D N A Syn -
th es is 试剂盒购 自Fe 皿en ta s 公司 , R NA 提取和第
一链 。D N A 合成严格按照试剂盒说明书完成 。
PCR 反应程序 : 95 aC 5 m in ; 95 oC 3 0 5 , 5 5 oC
3 0 5
,
7 2 oC 9 0 5
,
4 0 个循环 ; 7 2 aC 8 m in 。
扩增片段经凝胶回收(试剂盒购 自安徽优晶生物
工程有限公司)插入 T 载体(购自Pr o m eg a 公司)后
转入大肠杆菌 D H 5a 后送上海捷瑞生物公司测序 。
依据D N A st ar 软件及 htP :/ w w w . nc bi. ul m. 咖 .
g o v /
、
h ttP: l w w w
.
e bi
.
ac
.
u kl
、
h ttP: /l w w w
.
e bs
.
d tu
.
dkl
、
http :l/ c n
·
e x p a sy
.
o rg / 等网站提供的各类生物
信息学软件进行在线分析 。 核酸及氨基酸序列的
组成成分分析 、 理化性质分析 、 开放阅读框(o pen
r e a d in g fr a m e
,
O R F)的查找和翻译利用 D N A star
软件及 p r o tp ar a m 、 pllMW 、 o R F Fin d e r 在线工
具进行 ; 核酸及氨基酸序列的同源性比对和多序
列比对用 B la st和 Clu stal W 在线工具完成 ; 蛋白
质亲水性 / 疏水性的分析用在线工具 Pr ot S。al e 完
成 ; 蛋白质二级及三级结构的预测用 SO PM A 和
SW IS S
一
M O D E L 在线工具完成 , 三维视图用
Sw e e tM o llyG r a e e 1
.
2 软件完成 。
结果与讨论
1 向日葵iPi基因cD NA 序列的电子克隆及 R T- PC R
验证
依据 L e to n d a l (20 0 1)的方法 , 电子克隆出一
条长 1 21 9 bp 的向日葵 iP i基因序列 , 该基因序列
包含一个 88 bp 的O RF 框 , 编码 295 个氨基酸(图
l)
。 以起始密码子 A T G 的 A 碱基为第一位(标记为
+ 1)
, 在 + 4 位核普酸为 G , 一 1 位核昔酸为 A , 符
合典型的 K o za k 序列规则 , 此外 , 在 3 ’ 一U T R 区
有典型的 p ol yA 尾 , 说明克隆序列符合一个真核
基因全长 。D N A 的基本特征(李桂源和钱骏 200 4) 。
提取向日葵总 m R N A 经 R T 一PCR 反应扩增出
一特异性条带(图 2) 。 经测序验证该片段 9 17 b p
包含该基因完整 O R F 框 , 与拼接序列完全吻合 。
2 向日葵 iP i基因序列相似性比对分析
用 B las in 程序对向日葵IP 的核酸序列进行同
源性比对(Al tsc hu l等 19 97 )的结果表明向日葵IP I的
核酸序列与其他植物 , 如茶树(A F03 10 80) 、 杜仲
(E u c o m m ia u lm o ide
s , A B 0 4 16 29 )
、 葛芭(La c ru e a
s a tiv a
,
A F 1 8 8 0 6 3 )
、 万寿菊(Ta g e re s e r e c ta ,
A F1880 64 )
、 杠柳(p e riP lo e a s印iu m , AB 09 1 677 )、
甘薯(IP o m o e a b a ta ta s , D Q 15 0 10 o . l )、 烟草
(A B 0 4 9 8 1 5
.
l)的一致性(id e n titie s)分别为 8 1% 、
8 1 %
、
8 0 %
、
8 0 %
、
8 0 %
、
8 0 %
、
8 0 %
。 其推
导氨基酸序列用 Bl as tP 程序进行同源比对(Al tsc hul
等 199 7) 的结果表明 , 向日葵 iP i所推导氨基酸序
列与其他植物的IP 具有很高的同源性 , 如龙胆草
(B A E 9 2 7 3 2 )
、 茶树(A A B 9 4 1 3 2 ) 、 烟草
(B A B 40 9 7 4
、
B A B 4 097 3 )
、 伯惠绣衣(CA A 57947 . 1)
等的同源性分别为 9 1 % 、 9 5 % 、 9 6 % 、 9 0 % 、
9 0 %
。 由此说明克隆到的基因为 i川 基因 , 并揭
示出不同物种中 iPi基因及其编码氨基酸序列间具
有高度的相似性 , 在初级结构上是保守的 。
3 向日葵iP i基因及其推导的氨基酸序列组成成分
和理化性质分析
采用 o a s te ig e r 等(2 0 0 5 )的方法 , 用 O R F
Fin d e r
、
p r o tp ar a m 和 p llMW 对向日葵 、 拟南芥 、
伯惠绣衣 、 烟草和大肠杆菌氨基酸序列进行分析
的结果(表 l) 表明 , 各植物 iP i基因编码氨基酸序
列长度变化较大 , 但等电点 、 酸碱性氨基酸比
例 、 极性氨基酸比例 、 疏水性氨基酸比例等基本
一致 ; 除向日葵 IPI 和拟南芥 IPI 属于不稳定蛋白
外 , 其他蛋白都属于稳定蛋白分子 。 说明向日葵
IPI与其他植物及大肠杆菌的 IPI 的基本性质是相
似 的 。
4 向日葵 IPI氨基酸序列的亲水性 /疏水性分析
疏水性是氨基酸固有的特性 , 疏水性氨基酸
在蛋白质内部 , 由于其疏水的相互作用 , 而在形
植物生理学通讯 第 44 卷第 1 期 , 2 0 0 8 年 2 月
图 1 向日葵 iPi基因 c D N A 序列及其推导的氨基酸序列
Fig
.
1 Th
e fu ll
一
le n g th eD NA s e qu e n e e an d de d u e e d anu
n o a e id o f iPifro m 拄 a n n u s
2 0 00 bP
0 0 0 bP
7 5 0 bP
5 0 0 bP
2 5 0 bP
图 2 向日葵 iPi基因 R T 一PC R 扩增
Fig
.
2 T h e R T
一
PC R am Plifi
e a tio n o f iPi fro m H.
a n n u s
M
: 分子量标准 : 1 和 2 : 扩增出的向日葵 iPi c D N A 条带 。
成和保持蛋白质的三级结构上起作用 。 疏水性 / 亲
水性的预测和分析对蛋白质次级结构的预测及功能
分析均可提供参考 。 采用 G a ste ig e r 等(2 0 0 3 )的方
法和 Pr ot sca le 程序对向日葵 IPI 亲水性 / 疏水性分
析的结果(图 3) 表明 , 第 20 2 位色氨酸(T rp )亲水性
最强 , 第 19 位丝氨酸(S e r) 疏水性最强 , N 端存
在一疏水区域 。 从总体上看 , 大部分氨基酸(分
值为负值)属于亲水性氨基酸 , 氨基酸序列属亲水
蛋白。 进一步比较拟南芥 、 伯惠绣衣和烟草中 IPI
的结果均显示亲水特性 。
5 向日葵 IPI的亚细胞定位
蛋白质在细胞中的定位与蛋白执行的功能密
切相关 。 植物中 iPi基因都是以基 因家族形式存在
(e u n n in g ha m 和 G a n tt 2 0 0 0 ) , iP i基因或酶不仅存
在 于 细 胞质 , 同时在 线粒 体 、 过氧 化 物体
(R a m o s
一
v a ldiv ia 等 19 9 7 )和质体(e u n n in g h a m 和
G an t 2 0 00) 都有发现 。 在模式植物拟南芥多种亚
细胞结构(线粒体 、 质体 、 细胞质和内质网)中均
发现有 Ip l(Ca m p be ll等 19 9 7 ; L a u le 等 2 0 0 3)。 采
用 Pso R T 程序对向日葵 iPi基因编码产物进行定位
的结果 (表 2) 显示 , 向日葵 iP i基因编码产物定位
8 4 植物生理学通讯 第科 卷 第 1 期 , 20 08 年 2 月
表 1 不同植物和大肠杆菌的 iPi基因推导的氨基酸序列的组成成分和理化性质分析
Tab le 1 A n an alys is o f e o mP
o sitio n an d Physie al an d eh e而eal ehar e ters o f d edu c ed
an
n o ac id seq u e n e e o fiPia m o n g th e difl七re n tPlan ts a n d E. co li
注册号 推导的氨基 分子量 / 理论 碱性与酸性 极性氨基 疏水性氨基
酸残基数 kD a 等电点 氨基酸比例 /% 酸比例 / % 酸比例 / % 蛋白质不稳定性指数
4 3
.
9 6 (属于不稳定类蛋白)
4 3
.
8 8 (属于不稳定类蛋白)
3
.
70 (属于稳定蛋白)
3 4. 6 3 (属于稳定蛋白)
2 6
.
8 0 (属于稳定蛋白)
3 7
.
4 0 (属于稳定类蛋白)
23
.
5 1 (属于稳定蛋白)
23
.
6 3 (属于稳定蛋白)
2 6
.
17 (属于稳定蛋白)
n6门、,一曰内j石‘且,.1、4气、00户,1, 才n石⋯奋.4‘U,了O, 16月1,、门jJ凡八乙U400气Jf‘J, 产, 少,一、4QU69gr.⋯、,‘且1O0只U,妇,‘勺一山‘l1 0
.
5 1/ 1 3
.
9 0
12
.
3 7八 5 . 1 2
13
.
0 3 / 14
.
4 4
12
,
4 1/ 1 4
.
1 4
1 1
.
0 6八 7 . 4 5
1 1
.
5 0 11 5
.
3 3
1 1
.
1 1/ 1 6
.
6 7
1 1
.
3 9 / 1 8
.
14
9
.
8 9 八 1 . 5 4
,‘q4LU一、气向日葵
拟南芥
J件了6Clj‘U4n,O两7009
.⋯‘.一、4气f烟草伯惠绣衣
橡胶
玉米
大肠杆菌
( l) A A B 6 7 7 4 1
.
l
(2 ) A A C 4 9 9 3 2
.
l
( l ) B A B 4 0 9 7 3
.
l
(2 ) B A B 4 0 9 7 4
.
l
C AA 5 7 9 4 7
A FI 1 1 8 4 3
.
1
A F33 0 0 3 4
.
l
A A D 2 6 8 1 2
.
l
2 9 5
2 9 1
2 8 4
2 9 0
2 3 5
2 8 7
2 3 4
2 3 7
1 8 2
3 3
.
4 6
3 3
.
2 1
3 2
.
6 1
3 3
.
2 0
2 7
.
1 8
3 2
.
9 5
2 6
.
7 5
2 7
.
2 3
2 0
.
5 1
6
.
10
2
.
0
口台n臼哎U⋯,立,几n甘
峨
划众书棍
一1
.
0
一 1
.
5
一2
.
0
一2
.
5
50 1 00 巧0
氮基酸位置
2 0 0 25 0 3 00
图 3 向日葵 iP i推导的氨基酸序列的疏水性 / 亲水性预测
Fi g
.
3 Pre d ic t e d hyd ro Ph o b ic i ty/h ydro Phili e ity o f th e se q u e n e e o f iP i de du e e d an
n o ac id fro m H.
a n n us
表 2 向日葵 IP 亚细胞定位预测
T ab le 2 Th e re su it o f Pre d le ti n g s u be e llu lar
lo e ati o n o f 1PI fr o m H. a n n u s
叶绿体
基质
叶绿体
类囊体膜
叶绿体
类囊体腔
线粒体
内膜间隙
可信度 0. 9 5 0
结论 叶绿体基质蛋白
0
.
8 0 0 0
.
8 0 0 0
.
4 6 7
于叶绿体基质 。
6 向日葵珍I 二级及三级结构的预测与分析
自然界中的功能蛋 白都具有一定的三维结
构 , 具有空间结构的蛋白质才是 生命的有效载
体 。 蛋白质的高级结构由其一级结构即氨基酸序
列所决定 。 利用 so pMA 程序(G e o u巧o n 和 D e l‘铭 e
1 99 5 ; C o m b e t 等 2 0 00 )对向日葵 IPI 氨基酸序列
的二维结构进行预测的结果显示 , 向日葵 IPI 由
4 1
.
0 2 % 的 a 一 螺旋 、 1 5 . 9 5 % 的 p一 折叠 、 3 5 . 2 5 %
的不规则卷曲和 4 . 7 5 % 的 p一 转角组成 。
采用 Swi S S 一M OD E L 在线同源建模方法对向
日葵 IPI 进行分析 , 并用 Sw e tM of ly G r a c e 软件视
图得到的结果 (图 4) 显示 : 向日葵 IPI 单体主要由
7 个螺旋 、 1 0 个不同大小的折叠和一些转角构
成 , 这与己研究清楚的人 、 大肠杆菌的 IPI 蛋白
的高级结构一致 , 都为紧密球形的 a / p 蛋 白
8 6 植物生理学通讯 第科 卷 第 1 期 , 20 08 年 2 月
氨基酸序列利用 Cl us ta 1W 进行多序列比对分析的
结果(图6) 显示 : 植物 IP I的N 端区域没有同源性 ,
在这个区域后是高度同源的区域 , 即IP I的功能区
段 , 可判定向日葵 IPI 同几种 IP I类似 , 为 I型
Ip l
。 参照 D u rb e c q 等(2 0 0 1)对大肠杆菌 Ip l活性
位点的研究发现向日葵 IPI 的活性位点为 : H l。3 、
H I一5 、 5 1 1 9 、 R 一3 4 、 K 1 3 s 、 C 一5 0 、 H lsZ 、 K 1 7 5 、 E 17 9 、
Y Z。。、 E 2 1。、 E Z 1 2 、 E 2 3 1和 W 2 6 2 , 其中 H lo 3 、 H , ts 、
H 1 5 2
、
E Z , 。、 E Z , 2 为几种 IPI蛋白金属离子结合位
点 。 其中只有 K 1 7 5 与大肠杆菌 IP I的Rs : 有所变化 ,
但与所比对的其他植物 IPI 完全一致 , 总体上看 ,
植物的 IPI 在功能位点上是非常保守的 。
综上可以得到以下结论 : 向日葵 勿i基因全长
1 2 1 9 b p
, 包含 5 55 b p 的 o R F , 编码 2 9 5 个氨
基酸 , 与拟南芥 IPI和伯惠绣衣等在编码氨基酸长
度上相似 , 但与其他的氨基酸序列在 N 端差别较
大 , 其他区域高度保守 , N 端差异可能与各 IPI
定位相关 。 向日葵 IP 与其他植物在核酸水平和氨
基酸水平上都有很高的同源性 , 切i基因相对比较
保守 , 可能与其重要功能相关 。 与其他植物的 IPI
相比较 , 向日葵 IPI 同其他植物一样 , 除 N 端存
在一疏水的区域外 , 整体表现为亲水蛋白 。 IP I
在各个亚细胞结构中都有发现 , 亚细胞定位预测
显示 , 向日葵 IPI定位于叶绿体基质中 , 属于质
体 IPI 。 进一步功能位点分析显示 , 向日葵 IPI 与
其他植物及大肠杆菌功能活性位点上是一致的 。
向日葵 IP I为紧密球型的留p蛋白 , 在高级结构上
与其他植物 IPI表现出一致性 。
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C la n tin B
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B o m Pard
一
G ille s C
,
T ri o o t C
,
C aile t J
,
S ta lo n V
,
D ro o gm a n s L
,
V ille re t V (2 0 0 1)
.
Cry sta l stru e tu re o f iso Pe n te n yl d iPho sPh a te : d im e thy la lly l
d iPho sPh ate iso m e ra se
.
EM B O J
,
2 0 : 1 5 3 0 一1 5 3 7
G a llag he r C E
,
C e rv a n tes
一
Ce rv a n te s M
,
W
u r tz e l E T (2 0 0 3)
.
S u r
-
ro g a te b io e he m istry : u se o f Es
c he rie hia e o li to id e n tify Pla
n t
e D N A s tha t im Pa e t m e ta b o lie e n g in e e rin g o f e a r o te n o id
ac c u m u la tio n
.
A PPI Mic r o bio l B io te eh n o l
,
6 0 : 7 13 ~ 7 1 9
G as te ig e r E
,
G attik er A
,
H o o g lan d C
,
Iv a n yi l
,
APPe lR D
,
B a iro c h
A (2 0 0 3 )
.
E x PA Sy : th e Pr o te o m ic s se r v e r fo r in
一
d e Pth Pr o
-
te in k n o w le d g e a n d a n a ly s is
.
N u e le ic A e id s R e s
,
3 } :
3 7 8 4 ~ 3 7 8 8
G a ste ig e r E
,
H o o g lan d C
,
G a ttike r A
,
D u v a u d S
,
W ilki
n s M R
,
A PPe l R D
,
B a ir o eh A (2 0 0 5 )
.
Pr o te in id e n tifie a tio n a n d
an a ly sis to o ls o n th e E x PA Sy se rv e r
.
In : W
a lk er JM (e d )
.
T he Pr o te o m ie s P r o to e o ls H a n d b o o k
.
T o to w a : H u m a n a
Pre s s
,
5 7 1~6 0 7
G e o u rj o
n C
,
D e l亡a g e G (19 9 5 ). S O PM A : sig n ifi e a n t im Pro v e m e n t
in Pr o te in s ee o n d a ry stru e tu r e Pr ed ie tio n by c o n s e n su s Pre
-
d ie tio n fr o m m u ltiPle a lig n m e n ts
.
C o m Pu t A PPI B io se i
,
1 1 :
6 8 1 ~ 6 8 4
K aj iw
a ra S
,
F r a se r PD
,
K o n d o K
,
M is a w a N (19 9 7 )
.
E x Pre ss io n
o f a n e x o g e n o u s iso Pe n te n yl d iPh o s Ph ate iso m e r a se g e n e
e n h a n e e s is o Pr e n o id b io s yn the sis in E s e h e r ie h ia e o li
.
B io e he m J
,
3 2 4 : 4 2 1~4 2 6
L a u le o
,
FOrh o lz A
,
C h a n g H S
,
Z h u T
,
W
a n g X
,
H e ife tz PB
,
G r u is sem W
,
L a n g e M (2 0 0 3 )
.
C r o ss ta lk be tw e e n e yto so lie
a n d Pla s tid ia l Pa th w a y s o f is o Pr e n o id b io sy n the s is in
A ra b id o Ps is th a lia n a
.
Pr o e N a tl A e a d S e i U S A
,
1 0 0 :
6 8 6 6 ~ 6 8 7 1
L e to nd a l C (2 0 0 1)
.
A w e b in terfa
c e g e n e ra to r fo r m o le eu la r bio l
-
o g y Pr o g r am s in U n ix
.
B io in fo rm
a tie s
,
1 7 : 7 3一8 2
M a re h le r
一
B a u e r A
,
B r ya n t S H (2 0 0 4 )
.
C D
一
S e a re h : Pr o te in d o
-
m a in an
o tati on
s o n the fl y
.
N u e le ie A e id s Re
s , 3 2 : 3 2 7 一3 3 1
R a m o s
一
V a ld iv ia A C
, v a n d e r H eij d e
n R
,
V e rPo o rte R (1 9 9 7)
.
Is o Pe n te n y l d iPho s Ph a te iso m e ra se : a e o re e n z ym e in 15 0
-
Pre n o id b io s yn the s is
.
A re v ie w o f its b io e h e m is try a n d
fu n e tio n
.
N a t Pr o d R eP
,
14 : 5 9 1~6 0 3
S id d iq u i MA
,
Y a m an a k a A
,
H iro o k a K
,
B a m a ba T
,
K o b a ya shi A
,
Im a n ak a T
,
Fu ku s ak i E
,
Fuj iw
ar a S (2 0 0 5)
.
E n z ym atie a n d
stru e tu ra l e ha ra e te riz atio n o f tyPe 11 is o Pe n te n y l d iPho s
-
Ph a te i so m e r a s e fr o m hyPe rth e rm o Ph ilie a r e h a e o n
Th
e r m o c o c c u s k o d a k a r a e n s is
.
B io e he m B io Ph y s R e s
C o m m u n
,
3 3 1 : 1 12 7 ~ 1 1 3 6
Z han g C
,
L iu L
,
X u H
,
W
e i Z
,
W
an g Y
,
L in Y
,
G o n g W (2 0 0 7 )
.
C ry s ta l stru e tu re s o f hu m a n IPP is o m e ra se : n e w in s ig h ts
in to th e c a ta ly tie m e e h a n ism
.
J M o l B io l
,
3 6 6 : 14 3 7 ~
14 4 6