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植物功能基因组研究中的基因敲除技术



全 文 :植物生理学通讯 第 40 卷 第 1期,2004 年 2 月 121
收稿 2003-04-28 修定  2003-07-21
资助  国家重点基础研究专项经费项目(G1999011700)。
* 同为第一作者。
* * 通讯作者(E-mail:xcwang@public.bta.net.cn, Tel:010-
62892706)。
植物功能基因组研究中的基因敲除技术
陈其军1 肖玉梅2,* 王学臣2,** 周海梦1
1清华大学生物科学与技术系, 北京 100084; 2中国农业大学生物学院植物生理生化国家重点实验室, 北京 100094
Gene Knockout in Plant Functional Genomics
CHEN Qi-Jun1, XIAO Yu-Mei2,*, WANG Xue-Chen2,**, ZHOU Hai-Meng1
1Department of Biological Science and Biotechnology, Tsinghua University, Beijing 100084; 2The National Key Laboratory of
Plant Physiology and Biochemistry, College of Biological Sciences, China Agricultural University, Beijing 100094
提要 综述了 T-DNA 插入突变和转座子插入突变等基因敲除技术的原理及其在植物功能基因组研究中的应用,并简要
介绍了向国际有关机构索要或购买拟南芥插入突变体的方法。
关键词 基因敲除; 功能基因组; T-DNA 插入突变体; 转座子插入突变体
随着拟南芥等模式植物和水稻等作物的基因组
序列测定工作相继完成,大量新基因(n o v e l
g e n e s ,与已知基因同源)和功能未知基因
(unknown genes,与已知基因没有同源性)的功
能有待鉴定。例如,拟南芥是第一个完成基因组
测序的开花植物,但其中90%以上基因的功能仍
未研究[1]。采用反向遗传学鉴定基因功能是基因组
计划由结构基因组学过渡到功能基因组学的必然要
求[2]。研究手段包括基因的互补实验、超表达、
反义抑制、基因敲除、基因诱捕、基因激活等手
段。其中基因敲除技术(又称为无义突变,null
mutations)可为基因产物的功能提供直接证据,
其它研究基因功能的方法如基因芯片等多数只是相
关性,不能证明基因序列和基因功能之间的因果
关系。目前基因功能的直接证据仍是来自对缺失
相应基因的突变体进行的功能分析。基因敲除包
括定点敲除,T-DN A 或转座子随机插入突变。
定点敲除(即定点突变的方法使目的基因完
全失活)是最直接的研究基因功能的方法,但是
对开花植物而言,现在还没有高效、实用的定点
突变技术。目前较为有效的方法是大规模的随机
插入突变,它为在基因组范围内敲除掉拟南芥任
何一个基因提供了可能。这项技术具有效率高、
基因失活完全、容易分离鉴定被插入引起失活的
目的基因等优点[2]。随机插入突变可分为 T-DNA
插入突变和转座子插入突变。
1 T-DNA插入突变
农杆菌(Agrobacterium tumefaciens)介导
的 T-D N A 转化可用于不同的植株中进行插入突
变。使用 T-DN A 插入突变的优点有:(1) 能
直接在基因组 DNA 中产生稳定的插入突变,不需
要额外的步骤来稳定 T-DNA 插入序列;(2)尽
管最近的研究表明,T-DNA 标签在拟南芥基因组
中的分布并非完全是随机的,而是偏好插入基因
密度高的染色体区以及基因的5’和3’调控区[3],
但这种偏好性并不影响用 T-DNA 插入突变位点来
饱和基因组。另一方面,T - D N A 插入突变也有
不利的因素:它只适用于那些容易被 T-DNA 转化
的植物;T-DNA 整合还会出现一些复杂的模式,
如T-DNA 边界的质粒序列随 T-DNA 一起整合到基
因组 DNA 中,同一植物常常会有多个拷贝的插入
序列等复杂情况的出现,使得用 PCR 方法进行的
反向遗传学分析变得困难;此外,它常常会出现
由T-DNA 整合引起的各种染色体重排现象,以致
突变体表型与 T-DNA 插入无关,而难以对插入位
点进行遗传学分析[2]。尽管如此,但近年来发展
了农杆菌介导的 T-DNA 转化拟南芥的高效方法,
可以快速获得成千上万的拟南芥T-DNA 插入突变
体[4],因此 T-DNA 插入突变在拟南芥中得到广泛
利用。
植物生理学通讯 第 40 卷 第 1期,2004 年 2 月122
2 转座子插入突变
使用转座子进行插入突变的优点有:(1 )
转座子能够在转座酶的存在下从插入位点剪切下
来,造成突变体反转。采用这种方法可进一步确
证突变体表型是否由转座子插入突变引起。(2)
大多数转座的位点偏好于连锁位点,所以如果有
一个可转座的元件靠近目的基因,那么可转座的
元件即会高效地移动并插入目的基因。因此,即
使在突变体库中没有发现期望的插入位点,仍可
以采用转座子在连锁位点上的转座获得目的基因被
插入失活的品系。(3)当一个基因家族的多个
成员沿染色体串连排列时,可采用复制型的转座
系统(供体位点的转座子元件被复制而不是被剪
切,由复制形成的转座子元件转座到新的位点)
创建该基因家族全部成员均被敲除的突变体。如
果目标是用转座子随机插入的方法获得插入位点在
基因组达到饱和的突变体库,转座位点的偏好性
则是一个明显的缺点。为了解决这个问题,人们
发展了双组分的转座系统,如激活 / 解离
(Activator /Dissociation,Ac/Ds)转座系统和增
强子/抑制子-突变子(Enhancer/Suppressor-
mutator,En/Spm)转座系统。在双组分的转座
系统中,可以用负选(反选)的方法去掉紧密
连锁的转座位点;同时,还可以用负选的方法去
掉转座酶,获得稳定的插入品系。对于一些自身
没有适合的转座系统可用的物种来说,可以采用
来自其它物种的异源转座系统。目前,已将两套
来自玉米的可转座元件Ac/Ds和En/Spm 改造修饰
后用在烟草、番茄和拟南芥等植物中[2]。
2.1 Ac/Ds转座系统 Ac/Ds系统由自主性元件
(A c )和非自主性元件(D s )构成。A c 元件
编码的转座酶与Ac和Ds元件的末端倒转重复序列
结合,催化Ac和 Ds元件转座到基因组的新位点,
Ds元件能够在转座酶的作用下移动。去除Ac元件
的末端倒转重复序列可使其自身不能转座,但可
以产生转座酶。采用这种改造过的两组分系统可
以产生稳定的插入。这时,通过遗传杂交引入自
主性元件,转座子插入序列可以重新移动。因
此,Ac/Ds 转座子插入系统只需要少量的转基因
品系(启动品系)作为转座源即可。
用可转座元件插入突变时,应当仔细考虑重
新获得新的插入位点的策略。最常用的两个策略
是正选策略和反选策略。如图 1-a 所示,正选策
略是根据转座子元件是否从抗性基因内部剪切掉,
从而使抗性基因恢复抗性来筛选。正选策略存在
两个问题:首先,尽管大多数情况下可转座的元
件(D s 元件)的转座作用(即剪切事件)发生
在减数分裂之前,但有时转座子的转座也能在减
数分裂后发生。由于Ac和 Ds元件均是杂合状态,
经减数分裂后含Ac元件和含Ds元件的染色体可能
随机分配到同一个大孢子或小孢子,也可能随机
分配到不同的大孢子或小孢子中。前者由于有Ac
元件的存在, 因此Ds元件仍然可以发生转座; 而后
者由于不存在 Ac 元件,所以 Ds 元件不会发生转
座,造成一些精、卵细胞含有没有转座的 Ds 元
件,从而形成假阳性 F 2 代植株。其次,由于大
于50%以上的转座发生在连锁位点,采用这种策
略获得的许多转座子元件与供体位点是连锁的。
这样,为了使转座子插入位点覆盖整个基因组范
围,需要进行大量的筛选工作。不过,如果我
们的目标是把与供体位点连锁的基因作为插入突变
的靶基因时,这种策略尤其有效。因此,这种
策略可以作为一种定点敲除基因的方法。人们正
在系统地构建各种转座子插入突变体中转座子位点
的遗传图谱,将来可以用这些转座子插入突变体
品系在基因组范围内定点敲除目的基因,即采用
转座子距离目的基因最近的插入突变体品系,根
据转座子在连锁位点的转座频率较高的特性,定
点敲除目的基因。
反选策略是根据转座子元件是否与反选标记
基因分离筛选的(图 1-b)。反选标记基因是通
过将无毒的复合物转化为对植物细胞有毒的物质而
起作用。因此,当反选标记基因表达时,植物
对相应的复合物敏感;当植株对相应的复合物显
示出抗性时,表明植株已不带有反选标记基因。
在反选策略中,连锁的位点在反选时得以去除,
非连锁位点得到富集。因此,这个策略允许在基
因组范围内高效地获得转座插入位点。反选策略
存在的一个问题是:当转座子元件从供体位点插
入到反选标记基因(如iaaH)的内部时会造成反
选标记基因的失活,导致假阳性植株的产生。事
实上,在双抗幼苗中,这种假阳性植株占
植物生理学通讯 第 40 卷 第 1期,2004 年 2 月 123
5%~15%。要解决这个问题,可以在 T-DNA 上引
入两个拷贝的反选标记基因。但需要注意的是,
2 个拷贝的标记基因可能会因为共抑制现象,造
成反选标记基因的失活。反选策略中另一个值得
注意的问题是,尽管Ds元件的转座没有明显的位
点特异性,但研究发现,采用反选策略筛选的非
连锁的转座位点在整个基因组中并非是随机分布
的,而是存在明显的“热点”(hotspot)部位。
例如,在拟南芥2号和4号染色体的核仁组织中心
插入位点较密集,插入位点偏向于基因的 5’端
等[6]。
2.2 En/Spm转座系统 Tissier等[7]对上述Ac/Ds
转座系统进行了改进,设计成 En/Spm 转座系统。
其中一个改进是可以直接对土壤中生长的植物进行
抗性筛选,而不需要在平板上培养和筛选,这就
大大降低了工作量。另一个改进是En/Spm系统的
可转座元件dSpm 和 Spm 转座酶构建到同一T-DNA
上,反选位点只有一个,因此可以降低筛选后代
的数目。图 2 是 En/Spm 转座系统,其中 dSpm 元
件携带膦丝菌素(phosphinothricin,PPr)抗性
基因BAR,可采用该基因检测对 PPT 有抗性的 T-
DNA有否整合到拟南芥中和dSpm 元件有否插入新
位点。BAR 基因的方向与 dSpm 元件的方向相反,
在BAR基因的3’端构建有nos基因的终止区,这
样,当 dSpm 元件插入基因的内含子中时,无论
dSpm元件的插入方向如何,均可保证被插入基因
图1 可转座元件的标记策略[5]
a.正选策略。在同一T-DNA 上,带有一个抗生素抗性基因(35S::HYG)的供体 Ds 元件插入到第二个抗生素抗性基因35S::SPT
的前导序列中。在 Ac 元件存在时,Ds 被剪切,35S: : S P T 基因的抗性得以恢复,导致对链霉素产生抗性。对链霉素和潮霉素
(hygromycin)都具有抗性的 F2 代植株含有从 T-DNA 上的原始位点剪切下来的 Ds 元件。Ds 元件转座到连锁位点(第 1 类)和非
连锁位点(第 2 类)的植株被选择。第 3 类植株是可能会被筛选的假阳性植株。当 Ds 元件在卵细胞中被剪切而在精细胞中没有被
剪切(或者相反)时,会导致这种假阳性植株的出现。
b.反选策略。在同一 T-DNA 上,带有一个抗生素抗性基因(1’::Kan)的供体 Ds 元件与反选标记基因 2’::iaaH 毗邻。反选
标记基因iaaH编码的产物可将无毒的萘已酰胺(NAM)转化为对植物细胞有毒的物质,因此当植株中存在并表达反选标记基因iaaH
时植株对 NA M 复合物敏感。在 Ac 元件存在时,Ds 被剪切。对卡那霉素(Ka n)和 NA M 都具有抗性的 F 2 代植株含有 Ds 元件,
而不含有 iaaH 基因,因而 Ds 元件转座到非连锁位点的植株(第 1 类)被选择。转座到连锁位点的 F2 代植株(第 3 类)因含有
iaaH 基因而不被筛选。第 2 类植株为可能会被筛选的假阳性植株。当 Ds 转座的连锁位点处于 iaaH 基因的内部时,会导致iaaH 基
因的失活,使植株对 N A M 产生抗性,从而导致这种假阳性植株的出现。
图2 En/Spm转座系统[7]
含 Spm 转座酶和 dSpm 可转座元件的 T-DNA 结构。LB和 RB:
T-DNA 的左右边界;P:驱动转座酶表达的启动子(Spm,35S
或 AtDMC1 启动子);BAR:膦丝菌素抗性基因;Spec:奇霉素抗
性基因用于载体构建过程中筛选阳性菌;SU1:反选标记基因。
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的完全失活。反选标记基因 SU1 基因编码的产物
细胞色素 P450 对磺酰基脲前体除草剂 R7402 敏
感。GUS 基因可用于检测 dSpm 元件的转座活性。
筛选新的插入突变体的流程大体上是:将每
一株杂合的 T-D N A 转化植物经自交产生的种子
(F2 代或 F3 代)播种到土中,发芽几天后用 PPT
和 R7402 喷洒幼苗,筛选对 PPT 和 R7402 均产生
抗性的植株即双抗植物。双抗植株就是转座子稳
定插入的新的突变植株。其原理是:如果 dSp m
元件在减数分裂之前或减数分裂过程中转座到同一
染色体或不同染色体的非连锁位点,T - D N A 和
dSpm 元件在后代中分离,那些携带有 dSpm 元件
而缺乏 T-DNA 的植物对 PPT 和 R7402 均产生抗
性。当 dSpm 元件转座到与 T-DNA 连锁的位点时,
多数情况下产生单抗植株,但如果在减数分裂过
程中含dSpm元件和T-DNA连锁位点的染色体与同
源染色体发生连锁互换,那么dSpm 元件和 T-DNA
可能会分配到不同的大孢子或小孢子中,最终可
能形成双抗植株。尽管大部分的双抗植株是dSpm
转座子元件插入到新位点的突变体,但也有少数
双抗植株是由于 SU1 基因本身的失活而产生。例
如当dSpm元件插入SU1基因的内部时或当SU1基
因发生沉默时就会导致 SU1 基因失活而产生假阳
性的双抗植株。但这类假阳性的双抗植株可以通
过检测 G U S 活性来排除掉。
在En/Spm转座系统中,由于dSpm元件与Spm
转座酶共存于同一 T-DNA 上,所以 dSpm 会不断
地转座。维持和使用几个启动转基因品系作为转
座源是不可能的,因此需要产生大量独立的杂合
转基因品系(F 1)作为转座源,在 F 3 代自交后
代中筛选双抗个体。
2.3 增强子-抑制子(enhancer-inhibitor)转座
子突变系统 enhancer-inhibitor转座子系统[8]用含
多个Inhibitor I(dSpm)元件的植物作为奠基品
系(founder lines)。这套系统的优点是可以使
用较少的品系饱和基因组。每个奠基品系含7~10
个 I(dSpm)元件。7 个奠基品系用作启动品系,
在 En(Spm)转座酶的作用下 I(dSpm)元件
发生转座,繁殖数代后,得到 2 592 个含多转座
子的品系。每品系含 20~25 个 I 元件,相当于共
有50 000~65 000 插入位点。由于拟南芥的基因
密度较高,因此每个品系种有 20~25 个插入位点
就很可能造成多个基因的失活,从而导致突变体
出现复杂的表型。然而,由于基因功能的冗余现
象在拟南芥基因组中广泛存在,enhancer-inhibi-
tor转座子系统可以有效地用于研究那些被敲除后
而没有查明其确切功能的基因。当产生的多转座
子品系的数量足够大时,就会提高几个独立的元
件插入同一基因的概率,采用这些品系就可以确
证突变体的表型。对enhancer-inhibitor转座子系
统来说,同样可采用三维建库的反向遗传学策略
筛选目的基因被敲除的品系。
3 反向遗传学筛选插入突变体的策略
可以用建库策略和测序策略筛选T-DNA 或转
座子插入突变体品系。建库策略是:将已获得的
各种插入突变体品系依据一定的规则组成由小到大
的突变体库,并制备各类突变体库的 DNA 库;以
各类 DNA 库为模板,根据目的基因的 5’和 3’
端以及 T-DNA 或转座子左右边界序列设计引物进
行 PCR 扩增,按由大到小的顺序分别以上述各类
突变体库的混合 DNA 为模板进行 PCR 扩增和鉴
定,最终筛选到目的基因被 T-DNA 插入突变的品
系。建库策略适用于尚未完成基因组测序的植物
或尚未展开大规模系统测序的随机插入突变体库。
建库策略可以大大降低 DNA 制备和 PCR 扩增的工
作量,一个库一旦经 PCR 鉴定为阳性就可以在其
中鉴定目的基因被插入失活的突变体品系。建库
策略可分为二维建库、三维建库和基于IDI技术建
库 。
二维建库一般是将每20~100个插入品系组成
一个库(pool),从这些库里提取 DNA 用作 PCR
筛选目的基因的模板。为了进一步降低 DNA 制备
和 PCR 扩增的工作量,可以将若干个库组成超级
库(superpool),PCR 筛选可分级进行:即按
筛选阳性超级库→筛选阳性库→筛选阳性亚库→筛
选阳性个体的顺序进行。具体策略可参照Wiscon-
sin大学生物技术中心植物基因敲除的研究机构对
60 480个拟南芥T-DNA插入突变品系进行建库和
筛选的策略[9]。这一研究机构隶属于拟南芥功能
基因组协会(Arabidopsis Functional Genomics
Consortium,AFGC), 拥有超过 6万多个拟南芥
T-DN A 插入突变品系。
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插入突变体也可以按三维网格的方式建库。
例如,1 000 插入品系可按 10 行(rows)、10
列(columns)、10 组(blocks)的方式组成三
维网格,每行、每列或每组制备一个 DNA 样品,
这样只需制备 30 个 DNA 样品,根据 PCR 鉴定为
阳性的 DNA 样品的行、列、组号即可定位 1 000
个插入品系中目的基因被 T-DNA 插入的突变体品
系。
此外,也可以采用插入序列反向显示
(inverse display of insertion,IDI)技术筛选插
入突变体。IDI 技术筛选插入突变体的原理是:
以各种 DNA 库为模板,PCR 扩增各个插入位点的
各种旁侧序列,各个 DNA 库的 PC R 扩增产物按
一定的阵列固定到杂交膜上,以要筛选的目的序
列为探针进行杂交,根据杂交信号的分布筛选相
应的阳性突变体库,最后筛选得到阳性突变体。
用这种建库策略进行筛选具有快速、省力、省时
的优点。
随机插入突变的最终目标是获得所有基因的
敲除突变体,因此对插入突变体库的所有敲除突
变体的旁侧序列进行系统地测序是基因组水平上
大规模产生随机插入突变体的要求。可利用质粒
营救(plasmid rescue)、反向 PCR、热不对称
交错 P C R 等技术鉴定所有敲除突变体的旁侧序
列。但测序策略的工作量较大,需要较长的时间
才能完成。一旦每个插入品系的 T-DNA 或转座子
元件的旁侧序列得到鉴定,就可以建立数据库,
研究者们只需根据目的基因的序列检索数据库就
可以找到并进而索取目的基因被敲除的突变体品
系。目前,已经可以登录到 Salk 研究所的基因
组实验室(The Salk Institute Genomic Analysis
Laboratory,SIGnAL)的网站检索敲除目的基因
的 T-DNA 插入突变体。如果相关的突变体已经发
布,就可以向有关机构(美国的 A B R C 或英国
的 NASC)索要或购买。也可以从日本 Shinozaki
实验小组索要拟南芥敲除突变体[10]。最近,我们
实验室已从英国的 NASC 索要到几个拟南芥基因
突变体。
分离、鉴定敲除突变体是获知基因功能的第
一步。在分离一个突变体品系之后,需要得到纯
合突变体并将纯合突变体进行异型杂交,以确认
只有一个 T-DN A 或转座子元件插入,以后,确
定突变体的表型与突变基因的关系。Wisconsin大
学生物技术中心植物基因敲除机构计划将来用包含
转座子的 T-DNA 产生突变体品系。这样的突变体
品系(T-DNA 插入突变)由于转座子(位于 T-
DNA 内)的转座可以使邻近的基因发生转座子插
入突变从而可以创建双突变体。
然而,基因敲除也有其无法克服的缺点,敲除
掉某个基因并不一定就能获知该基因的功能,其
原因是:(1)许多基因在功能上是冗余的,敲
除掉一个在功能上冗余的基因,并不能造成容易
识别的表型,因为基因家族的其它成员可以提供
同样的功能;(2)拟南芥有 1 000~2 000 个必
需基因,它们在细胞生长和分裂中发挥作用。敲
除这些基因会造成配子体或早期胚的致死性,因
而无法获得必需基因的纯合突变体,也就谈不上
对必需基因的纯合突变体的表型进行评估[5]。基
因诱捕技术[5]和基因激活技术[11]则可以弥补基因敲
除技术的不足。
4 结语
植物基因组研究的最终目标是鉴定所有的基
因(结构基因组学)并解析所有基因的功能(功
能基因组学)。随着拟南芥等植物基因组测序的
完成,结构基因组的研究目标已经达到,而基因
功能的研究是目前摆在人们面前的首要任务。在
此背景下,基因敲除等反向遗传学方法得到迅速
发展,它和基于基因芯片的基因表达谱分析方法
构成了当前功能基因组学研究的两个主要方法。
这两个方法在功能基因组研究中的应用使得植物功
能基因组的研究进入工业化大生产时代:对基因
功能的研究正在快速地从对个别基因功能的研究转
向对整个基因组所有基因功能的研究[12]。随着水
稻(Oryza sativa)[13]和玉米(Zea mays)[14]等
作物基因组测序的开展及相继完成,人们已开始
采用基因敲除等反向遗传学方法对作物的功能基因
组展开研究。
展望将来,进入工业化大生产时代的植物功
能基因组学研究必将为人们提供新的机遇和挑
战。例如,随着基于基因芯片技术的大规模基因
表达谱分析的展开及相应数据库的建立,人们将
可以根据基因的表达信息选择感兴趣的基因进行
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功能研究,而大规模随机插入突变体库及相应的
数据库的建立,可以帮助人们轻易地获得敲除目
的基因的突变体材料,进而对目的基因的功能开
展反向遗传学研究。相信通过世界各个研究室的
共同努力,拟南芥等模式植物整个基因组中基因
的功能将会全部得到阐明,到那时,采用生物技术
对植物进行高效而安全的遗传改良将成为可能[15]。
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