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Cloning of a novel chitinase gene TlChi46 from Trichoderma longibrachiatum parasitizing on Meloidogyne incognita eggs

寄生于南方根结线虫卵的长梗木霉几丁质酶基因 TlChi46的克隆



全 文 :植物病理学报
ACTA PHYTOPATHOLOGICA SINICA  46(1): 72 ̄83(2016)
收稿日期: 2014 ̄10 ̄18ꎻ 修回日期: 2015 ̄11 ̄02
基金项目: 中国烟草总公司资助项目(110200902065 ̄4)ꎻ 山东烟草专卖局资助项目(201001)ꎻ 农业部科研项目(2130108)ꎻ 山东省“泰山
学者”建设工程专项
通讯作者: 武 侠ꎬ教授ꎬ主要从事植物病原线虫生物防治研究ꎻTel:13884956250ꎬ E ̄mail:wuxia3897@163.com
第一作者: 朱先婷ꎬ女ꎬ山东枣庄人ꎬ硕士研究生ꎬ主要从事植物线虫学研究ꎻTel:13255424997ꎬ E ̄mail:zhuxianting1219@126.comꎮ
doi:10.13926 / j.cnki.apps.2016.01.009
寄生于南方根结线虫卵的
长梗木霉几丁质酶基因 TlChi46的克隆
朱先婷1ꎬ 赵 洋1ꎬ 王 凯1ꎬ 王凤龙2ꎬ 陈德鑫2ꎬ 梁文星1ꎬ 武 侠1∗
( 1青岛农业大学 农学与植物保护学院ꎬ山东省植物病虫害综合防控重点实验室ꎬ青岛 266109ꎻ 2中国农业科学院烟草研究所ꎬ青岛 266101)
摘要:为进一步筛选高效寄生线虫真菌和阐明其寄生线虫卵的机理ꎬ本研究从湖北省烟草南方根结线虫雌虫分离到 1株具
高效生防潜力的菌株 HBF1ꎮ 形态学、rDNA ̄ITS 和翻译延长因子 tef1 ̄α 序列分析鉴定该菌为长梗木霉菌 Trichoderma
longibrachiatumꎬ其对南方根结线虫卵第 10 d寄生率为 80.45%ꎮ 通过简并引物设计和 RACE技术克隆其几丁质酶基因ꎬ分
析该基因序列及与其他几丁质酶的同源性ꎮ 该菌是 1株可以产生几丁质酶的南方根结线虫卵寄生真菌ꎬ第 10 d 几丁质酶
的活性达到高峰ꎬ为 24.88 μmol / h / mLꎮ 本研究首次从长梗木霉 HBF1 菌株中克隆到 1 个几丁质酶基因 TlChi46ꎬ该基因
DNA全长 1 793 bpꎬ含 3个内含子和 1个 1 272 bp的开放阅读框ꎬ编码 423个氨基酸ꎬ理论分子量 45.9 kDaꎬ等电点 5.23ꎮ
同源性比对表明和昆虫寄生菌几丁质酶的亲缘关系较远ꎮ 从长梗木霉 HBF1中克隆得到的几丁质酶基因编码的几丁质酶
的功能域可供进一步研究ꎬ高效产几丁质酶并有效寄生南方根结线虫卵的长梗木霉对南方根结线虫具有良好的生防潜力ꎮ
关键词:克隆ꎻ 长梗木霉ꎻ 南方根结线虫卵ꎻ 寄生ꎻ 几丁质酶基因
Cloning of a novel chitinase gene TlChi46 from Trichoderma longibrachiatum para ̄
sitizing on Meloidogyne incognita eggs  ZHU Xian ̄ting1ꎬ ZHAO Yang1ꎬ WANG Kai1ꎬ WANG
Feng ̄long2ꎬ CHEN De ̄xin2ꎬ LIANG Wen ̄xing1ꎬ WU Xia1   ( 1College of Agronomy and Plant ProtectionꎬQingdao
Agricultural Universityꎬ Key Lab of Integrated Crop Pest Management of Shandong ProvinceꎬQingdao 266109ꎬChinaꎻ 2Tobacco
Research Instituteꎬ CAASꎬ Qingdao 266101ꎬ China)
Abstract: A fungus named HBF1 was isolated from female of M. incognita on tobacco in Hubei provinceꎬ
China and was identified as Trichoderma longibrachiatum based on morphological characteristics and molecular
analysis of rDNA ̄ITS coupled with translation elongation factor 1 ̄alpha. To identify virulent factors and elucidate
the parasitic mechanism on M. incognita eggsꎬ the egg parasitism of M. incognita eggs by T. longibrachiatum
HBF1 was investigated in vitro. The percentage of parasitized eggs was 80.45% at the 10 th day after inoculation.
From this isolateꎬ the novel genomic and cDNA clones encoding chitinase have been cloned using the degenerate
PCR primers and RACE techniques. The analysis of the gene and the deduced amino acid sequence along with its
phylogeny analysis was by biology software. Results showed that HBF1 was able to penetrate nematode egg and
produce chitinaseꎬ maximum activity of chitinase was 24.88 μmol / h / mL recorded at the tenth day after inocu ̄
lation. We have cloned a novel chitinase gene TlChi46 from T. longibrachiatum HBF1 for the first time. The
gene is 1 793 bp in length and contains three putative introns. The ORF of TlChi46 is 1 272 bp in size with enco ̄
ding protein of 423 aa ꎬ molecular mass of 45.9 kDa and pI of 5.23. Phylogeny analysis reveals that this chitinase
and other reported Trichoderma spp. chitinases are clustered together and are phylogenetically distant from other

 
  1期 朱先婷ꎬ等:寄生于南方根结线虫卵的长梗木霉几丁质酶基因 TlChi46的克隆
entomopathogenic fungi. These results demonstrated that the amino acid sequence coded by chitinase gene
TlChi46 from T. longibrachiatum HBF1 possesses promising functional domains for the further researchꎬ
T. longibrachiatum HBF1 with the the strong chitinolytic and egg ̄parasitic activity has a great biocontrol
potential against M. incognita.
Key words: cloningꎻ Trichoderma longibrachiatumꎻ Meloidogyne incognita eggsꎻ parasitismꎻ chitinase gene
中图分类号: S432.1          文献标识码: A          文章编号: 0412 ̄0914(2016)01 ̄0072 ̄12
    根结线虫 (Meloidogyne spp.) 病是世界范围
内发生且寄主范围广泛的重要植物线虫病害[1]ꎮ
化学杀线剂对环境造成严重污染ꎬ并且化学药剂的
大量使用使植物寄生性线虫抗药性随之增强ꎬ防治
效果降低ꎮ 因此ꎬ开发具有生防作用的真菌和有潜
力的生防因子备受关注ꎮ 几丁质是由 β ̄1ꎬ4 ̄糖苷
键相连的 N ̄乙酰葡聚糖胺线性聚合物ꎬ是自然界
中第二大丰富的多糖ꎬ存在于真菌细胞壁、海藻、昆
虫和甲壳类动物的外骨骼以及软体动物中ꎬ同时也
是线虫卵壳的重要结构成分(40%w / w) [2]ꎮ 几丁
质酶可催化几丁质的 β ̄1ꎬ4 ̄糖苷键水解生成 N ̄乙
酰葡聚糖胺ꎮ 几丁质酶在营养、寄生、防御机制和
形态建成不同的生理过程中发挥重要作用[3]ꎮ 真
菌分泌的几丁质酶一方面可以帮助其穿透寄主ꎬ另
一方面可间接的对寄主进行酶解ꎮ
线虫卵是线虫生活史中最具抗性的阶段ꎬ但同
样易受到卵寄生真菌的定殖和破坏ꎮ 线虫卵壳结
构中包括包埋几丁质微纤维的蛋白胶质组成的几
丁质层[4]ꎮ 几丁质层是线虫卵壳最厚的一层ꎬ也
是线虫抵御土壤微生物侵染的主要屏障ꎬ微生物必
须穿透这层屏障才能在线虫卵内成功定殖[2]ꎮ 线
虫卵寄生真菌分泌的几丁质酶对降解含几丁质的
线虫卵壳起到重要作用[5]ꎮ 诸如厚垣普奇尼亚菌
Pochonia chlamydosporiaꎬ这种卵寄生真菌在寄生
线虫卵时必须要穿透线虫卵壳[6]ꎮ
据报道ꎬ从线虫卵寄生真菌厚垣轮枝菌 Verti ̄
cillium chlamydosporium[7]、 萨 克 拉 轮 枝 菌 V.
suchlasporium[7]、淡紫拟青霉 Paecilomyces lilaci ̄
nus[8] 和 刀 孢 蜡 蚧 菌 Lecanicillium psallio ̄
tae[9]中纯化的几丁质酶和蛋白酶单独或一起使用
都可以对马铃薯白线虫 Globbodera pallida[7]、爪哇
根结线虫M. javanica[8]和南方根结线虫 M. incog ̄
nita[9]的卵造成破坏ꎬ并已从线虫卵寄生真菌刀孢
蜡蚧菌[9]和淡紫拟青霉[10]中克隆到几丁质酶基
因ꎬ为几丁质酶在植物病原线虫生防机制研究提供
了新的理论依据ꎮ
木霉菌(Trichoderma spp.)在根、土壤环境中
是非常活跃的腐生性真菌ꎬ已广泛应用于拮抗植物
病原线虫[11]ꎮ 木霉生防机制包括抗菌代谢物的产
生、对空间和营养的竞争、重寄生、促进植物生长和
诱导 植 物 的 防 御 反 应[12]ꎮ 哈 茨 木 霉 T.
harzianum[13]和绿色木霉 T. virens[14]的培养滤液
可以抑制南方根结线虫卵孵化ꎬ哈茨木霉[13]培养
滤液中蛋白水解酶和几丁质酶对降解南方根结线
虫卵壳进而阻止胚胎发育发挥重要作用ꎮ 温室盆
栽试验中哈茨木霉能明显减少爪哇根结线虫的二
龄幼虫侵染番茄幼苗ꎬ该菌株可定殖其游离卵[15]ꎮ
深绿木霉 T. atroviride和棘孢木霉 T. asperellum的
分生孢子ꎬ可吸附爪哇根结线虫的卵块并萌发出大
量的菌丝穿透卵块寄生其中的卵和二龄幼虫ꎬ并且
棘孢木霉的分生孢子和菌丝可吸附在游离卵的表
面ꎬ菌丝穿透卵的过程中观察到附着胞状结构的形
成和卵内容物外泄[16]ꎮ 深绿木霉、哈茨木霉、绿色
木霉都可以寄生秀丽隐杆线虫 Caenorhabditis
elegans卵[17]ꎮ 有关长梗木霉寄生线虫卵尚未见
报道ꎮ
大多数木霉菌采用重寄生过程寄生其他真菌和
线虫ꎬ因此以重寄生为基础的分子机制是高度保守
的ꎮ Viterbo 等[18](2001)已克隆出和重寄生过程有
关的哈茨木霉内切几丁质酶 基 因 Chi18 ̄15
(Chit36)ꎬChit36 转化株的培养滤液可完全抑制病
原菌孢子萌发和菌丝生长ꎮ Seidl 等[19](2005)从深
绿木霉中克隆出 5个几丁质酶基因 chi18 ̄2、 chi18 ̄
3、chi18 ̄4、chi18 ̄10 和 chi18 ̄13ꎬ病原菌细胞壁可激
发几丁质酶基因的转录ꎬ并且 chi18 ̄13和 chi18 ̄3在
深绿木霉生长过程中存在拼接和非拼接的 mRNAꎬ
表明这 2种几丁质酶基因存在转录后的调节机制ꎮ
木霉菌可以产生几丁质降解酶ꎬ这一重要特性使其
可有效寄生含几丁质的线虫卵ꎮ 编码哈茨木霉几丁
质酶的基因 Chi18 ̄12的转录丰度明显高于 Chi18 ̄5
37

 
植物病理学报 46卷
的转录丰度ꎬ并且 2种内切几丁质酶基因以协同作
用的方式在寄生秀丽隐杆线虫卵过程中发挥重要作
用[17]ꎮ Kovacs等[20](2004)从长梗木霉固体发酵培
养基中纯化出 43.5 和 30 kDa 2 种几丁质酶ꎮ 长梗
木霉几丁质酶基因的克隆尚未见报道ꎮ
本研究采用可以高效寄生南方根结线虫卵的
长梗木霉 HBF1克隆其几丁质酶基因ꎬ明确该几丁
质酶基因编码蛋白的氨基酸序列ꎬ阐明该菌株的几
丁质酶和其他生防菌几丁质酶的同源性ꎬ可为农业
线虫病害的生物防治提供新的资源和理论依据ꎮ
1  材料与方法
1.1  试验材料
    长梗木霉 T. longibrachiatum 菌株分离自湖北
省咸丰县甲马池乡石板村烟草南方根结线虫雌虫ꎬ
菌株编号 HBF1ꎮ 菌株于 4℃、PDA 培养基上保存
于青岛农业大学线虫学研究室ꎮ
1.2  试验方法
1.2.1  菌株的形态学观察  将已活化的菌株接于
直径 9 cm的 PDA培养基上ꎬ27℃暗箱培养ꎮ 从第
2 d 开始记录菌落颜色、形态和菌落生长状况ꎬ直
至菌落长满平板ꎮ 采用玻片培养法ꎬ将 PDA 培养
基分成 5 mm×5 mm 的小薄片ꎬ挑于载玻片上ꎬ再
将已活化的菌丝挑至培养基上ꎮ 27℃暗箱保湿培
养ꎬ在显微镜下连续观察该菌的分生孢子、分生孢
子梗的形成情况ꎬ测量并照相ꎮ
1.2.2  菌株的分子生物学鉴定  采用 DNA提取试
剂盒(TaKaRa DV811A)提取基因组 DNAꎮ 分别采
用通用引物 ITS1 ̄F、ITS4 ̄R、EF ̄728M、EF ̄2(表 1)
在 PCR仪(PTC200ꎬBio ̄RadꎬUSA)中扩增 HBF1菌
株 rDNA ̄ITS和翻译延长因子 tef1 ̄α片段ꎮ PCR反
应体系(50 μL)包括:25 μL mix(Sangon Co.Ltdꎬ
ShanghaiꎬChina)ꎬ2.5 μL 模板、5 μmol / L 上下游引
物各 2.5 μL、17.5 μL 无核酸酶的水(Sangon Co.
Ltdꎬ Shanghaiꎬ China)ꎮ 反应程序:94℃预变性 5
minꎻ94℃变性 30 sꎬ54℃(rDNA ̄ITS) / 55℃( tef1 ̄α)
退火 30 sꎬ72℃延伸 1 minꎬ34个循环ꎻ72℃最终延伸
10 minꎮ 1%琼脂糖凝胶电泳检测 PCR产物ꎬ并由生
工生物工程股份有限公司测序ꎮ HBF1 菌株的
rDNA ̄ITS 和 tef1 ̄α 基因的核苷酸序列与 GenBank
数据 库 比 对 ( http: / / www. ncbi. nlm. nih. gov /
BLAST)ꎬ并基于 tef1 ̄α基因序列使用 TrichoBLAST
(http: / / www.isth.info)再次比对ꎮ 挑选和 HBF1相
似性最高的序列用于矩形集群ꎮ 采用 MEGA4.0.2
软件构建系统发育树ꎬ评估 HBF1 菌株和 NCBI 数
据库中其他序列的进化距离ꎮ
1.2.3  粗酶液的制备  1%胶体几丁质作为唯一碳
源的液体培养基培养 HBF1 菌株诱导几丁质酶产
生ꎮ 250 mL三角瓶中装有 100 mL 上述液体培养
基无菌条件下接种 10 块 5 mm 直径大小的菌块ꎬ
27℃、180 rpm振荡培养 16 dꎮ 从第 2 d开始每隔 2
d取 2 mL 培养滤液ꎬ直到第 16 dꎮ 培养滤液于
4℃、11 000 rpm 离心 15 minꎬ上清于-20℃保存ꎬ
供几丁质酶活性测定ꎮ
1.2.4  几丁质酶活性分析  依据 Schales[21]方法测
定粗酶液产生还原糖的量ꎬ评估几丁质酶的活性ꎮ
反应体系包括 200 μL 粗酶液ꎬ400 μL 0.2 mol / L
(pH 4.6)的醋酸钠缓冲液、500 μL 胶体几丁质ꎬ对
照再加入 200 μL 1 mol / L 的 NaOHꎬ反应液于 37℃
振荡培养 2 h后立即加入 200 μL 1 mol / L 的 NaOH
终止反应ꎮ 反应液于 11 000 rpm常温离心 10 minꎮ
取 0.5 mL 上清加入 1 mL Schale’液 95℃加热 5
minꎮ 冷却到室温后采用紫外分光光度计(UVmini ̄
1240ꎬShimadzu)测量 420 nm 处的吸光值ꎮ 3 次重
复ꎮ N ̄乙酰 ̄D ̄葡萄糖胺(NAGA)作为标准制作的
标准曲线用于测量还原糖的浓度ꎮ 酶活性单位定义
为每小时产生 1 μmol还原糖所需要的酶量ꎮ
1.2.5  南方根结线虫卵的制备  根结线虫样本来
源于青岛即墨国家农业高新技术区番茄大棚内ꎮ
从番茄根结上挑取新鲜的卵块ꎬ1%的次氯酸钠对
卵块进行解离和表面消毒ꎬ收集游离卵ꎬ制成 3 000
个 / mL卵的悬浮液即刻用于分析ꎮ
1.2.6  离体条件下 HBF1对南方根结线虫卵寄生作
用的直接观察  HBF1在 PDA培养基上预培养 3 dꎮ
挑取 5 mm直径大小的菌落块转移至含 2%水琼脂
直径 9 mm的培养皿中ꎮ 在培养皿四周埋 4个盖玻
片ꎬ待菌丝长至盖玻片边缘时在无菌条件下吸取
30 μL约含 100个卵的悬浮液于相应的盖玻片上ꎬ置
27℃暗箱中密封培养ꎮ 设无 HBF1菌的线虫卵为对
照ꎮ 从第 2 d开始每天随机取出一皿的 4个盖玻片
经 0.1%的苯胺蓝染色后镜检ꎬ并对 HBF1寄生的卵
计数ꎮ 一皿的 4个盖玻片作为 4次重复ꎮ 卵寄生指
数定义为: HBF1对卵的寄生率ꎬ减去对照的寄生率
47

 
  1期 朱先婷ꎬ等:寄生于南方根结线虫卵的长梗木霉几丁质酶基因 TlChi46的克隆
的差值ꎬ除以 HBF1对卵的寄生率ꎮ
1.2.7  总 RNA提取  长梗木霉 HBF1菌株在 PDA
培养基上预培养 3 dꎬ无菌条件下挑取 10 块直径 5
mm大小的菌落块ꎬ接到 1%胶体几丁质作为唯一碳
源的液体培养基中ꎬ培养 HBF1菌株诱导几丁质酶的
产生ꎬ27℃、180 rpm振荡培养 8 dꎬ用于提取总 RNAꎮ
液氮研磨后的 HBF1 菌丝粉末用 Trizol 试剂
(TIANGEN RP120420)提取总 RNAꎬ并用 DNaseI
处理ꎬ其中菌丝粉末与 Trizol 的比例为 1 / 10
(w / v)ꎮ 1%琼脂糖凝胶电泳检测 RNA 质量ꎮ
RNA用于下一步试验ꎮ
1.2.8  引物设计  通过GenBank搜索高度同源的相
关真菌几丁质酶基因编码的氨基酸序列ꎬ采用 DNA ̄
MAN v.6.0比对确定保守区 DGxDxDWEYP和 GLG ̄
GxMFWExSꎬ根据保守区设计简并引物 TlJ1、TlJ2ꎮ 根
据简并引物扩增出的核苷酸序列ꎬ设计 3′RACE特异
性引物 TlGSP1和 5′RACE 特异性引物 TlGSP2ꎮ 根据
RACE拼接结果设计 ORF 引物 TlORF 1 和 TlORF 2ꎬ
ORF引物的 5’端加上限制酶切位点(下划线)ꎮ 引物
(表 1)由生工生物工程股份有限公司合成ꎮ
1.2. 9   RT ̄PCR   采用 Revert AidTM First Strand
cDNA Synthesis Kit (Thermo scientific)ꎬ按照试剂盒
操作流程以总 RNA 为模板反转成第一链 cDNAꎮ
cDNA模板结合简并引物(TlJ1、TlJ2)PCR扩增几丁
质酶基因的保守区ꎮ 反应体系同 1.2.2ꎬ反应程序同
1.2.2ꎬ退火温度改为 51℃ꎮ 1%琼脂糖凝胶电泳检测
PCR产物ꎬ由生工生物工程股份有限公司克隆测序ꎮ
1.2. 10   RACE   采用 SMARTerTM RACE cDNA
Amplification Kit (PT4096 ̄1ꎬClontechꎬTaKaRa Bio
Company) 试剂盒ꎬ按照操作流程将总 RNA 反转
成 3′ / 5′ ̄RACE ̄Ready cDNAꎮ RACE PCR 反应体
系的终体积 25 μLꎬ包含 1. 25 μL 20x 稀释的
cDNA模板ꎬ 5 μmol / L 的 TlGSP1 、TlGSP2、UPM 各
1.25 μLꎬ其他同 1.2.2ꎮ PCR 反应程序同 1.2.2ꎬ退
火温度改为 67℃ ( 3′ RACE) / 56℃ ( 5′ RACE)ꎮ
PCR反应 3次重复ꎬ包含一个无模板的对照ꎮ PCR
产物采用 1%琼脂糖凝胶电泳检测ꎬ送生工生物工
程股份有限公司克隆测序ꎮ
1.2. 11   序列分析   通过 ORF Finder ( http: / /
www.ncbi.nlm.nih.gov / gorf / gorf.html)查找 HBF1
几丁质酶基因的 ORFꎮ HBF1 菌株几丁质酶翻译
后的氨基酸序列和 GenBank 中的氨基酸序列进行
BLAST ( http: / / blast. st ̄va. ncbi. nlm. nih. gov /
Blast.cgi)比对ꎮ ExPasy ̄Compute pI / Mw (http: / /
expasy.org / tools / pi_tool. html)用于推测几丁质酶
的等电点和分子量ꎮ Signal P 3. 0 ( http: / / www.
cbs.dtu. dk / services / SignalP / )预测信号肽和信号
肽酶裂解位点ꎮ InterProScan(http: / / www. ebi. ac.
uk / interpro / search / sequence ̄search)推测几丁质酶
功能区域的氨基酸序列ꎮ
从 GenBank 中查找到相似蛋白的氨基酸序
列ꎬClustalW2 (http: / / www. ebi. ac. uk / Tools / msa /
clustalw2 / )中默认的设置进行序列比对ꎮ 采用
MEGA 4.0.2 中的邻接法完成系统发育分析ꎬ样品
1 000次比对分析后的统计数据支持系统发育的结
果ꎮ 根据 Carbohy ̄drate ̄Active enZymes (CAZy)
数据库的命名法命名几丁质酶的功能域[22]ꎮ
Table 1  PCR primers used in this study
Primer name Sequence(5′ ̄3′) Orientation Use
ITS1 ̄F CTTGGTCATTTAGAGGAAGT Forward ITS ̄PCR
ITS4 ̄R CCTCCGCTTATTGATATGC Reverse ITS ̄PCR
EF ̄728 M CATYGAGAAGTTCGAGAAGG Forward tef1 ̄PCR
EF ̄2 GGARGTACCAGTSATCATGTT Reverse tef1 ̄PCR
TlJ1 GATGGYATYGAYRTYGAYTGGGA Forward RT ̄PCR
TlJ2 GCRGADGCCTCCCARAACAT Reverse RT ̄PCR
TlGSP1 TATGCCAACCCGCAGAACCCCAACG Forward 3′RACE ̄PCR
TlGSP2 GCCTTGTAATCCCAGACACCGTTC Reverse 5′RACE ̄PCR
TlORF1 CCggAATTCGAGCAACACATTTTCCTTCGCATTA Forward PCR
TlORF2 CCCAAgCTTTGGCTTGTCCCAATCAGCGAGTCAG Reverse PCR
UPM CTAATACGACTCACTATAGGGCAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGT
  The location of restriction endonuclease sites are underlined.
57

 
植物病理学报 46卷
2  结果与分析
2.1  长梗木霉的形态学描述及分子生物学鉴定
2.1.1  长梗木霉菌的培养性状和形态特征  PDA
培养基上观察到 HBF1 菌株生长快速ꎬ菌落初为白
色后转为浅绿色ꎬ分生孢子梗以众多小丛束分布于
菌落表面(图 1 ̄D)ꎬ菌落背面浅绿色ꎮ 镜下观察到
分生孢子梗长而直ꎬ次级分枝直角伸出或朝主枝弯
曲生长ꎮ 瓶梗基部略收缩或不收缩ꎬ略呈弯曲状(图
1 ̄A)ꎮ 瓶梗单生或下部轮生亦或不规则着生于分
生孢子梗上(图 1 ̄B)ꎬ产生大量(3.70 μm×2.24 μm)
Fig. 1   The morphology and culture charac ̄
teristics of Trichoderma longibrachia ̄
tum HBF1
A: Conidiophoresꎻ B: Phialidesꎻ C: Oval or ellipsoidal
conidiaꎻ D:Colony face view.
呈倒卵形或椭圆形分生孢子(图 1 ̄C)ꎮ 基于形态
学特征ꎬHBF1菌株被归为木霉属ꎮ
2.1.2  长梗木霉菌 rDNA ̄ITS 和 tef1 ̄α 序列分子
鉴定  将 HBF1 菌株的 rDNA ̄ITS 和 tef1 ̄α 核苷
酸序列在 NCBI 数据库中进行 BLAST 比对ꎬ
HBF1 菌株 rDNA ̄ITS 序列和 T. longibrachiatum
(GenBank: KC576695.1、DQ297054.1) 相似度达
96%ꎬtef1 ̄α 序列和 T. longibrachiatum(GenBank:
JN688268.1、JN688266.1)相似度达 99%ꎮ 分别将
rDNA ̄ITS和 tef1 ̄α 序列提交 GenBankꎬ获得登录
号分别为 KJ149803. 1 和 KP208650ꎮ 从 GenBank
中选取不同来源的 rDNA ̄ITS 和 tef1 ̄α 序列ꎬ通过
邻接法构建系统发育树ꎮ 基于 rDNA ̄ITS 序列构
建的系统发育树(图 2)表明ꎬ该菌与 T. longibra ̄
chiatum 属于同一类群ꎻ基于 tef1 ̄α 序列构建的系
统发育树 (图 3 ) 清晰表明ꎬ HBF1 以 97% 的
Bootstrap值和 T. longibrachiatum 聚到一支ꎮ 通过
TrichoMARK 鉴定含有 tef1 第 4 和第 5 内含子ꎬ
TrichoBLAST比对结果表明 HBF1 菌株与 T. lon ̄
gibrachiatum CBS816. 68 的相似度达 100% (120 /
120)ꎮ 因此ꎬ将 HBF1 菌株命名为 Trichoderma
longibrachiatum HBF1ꎮ
2.2  几丁质酶活性分析
    以胶体几丁质作为唯一碳源的诱导培养基培
养 HBF1ꎬ第 10 d达到酶活性高峰ꎬ为 24.88 μmol /
h / mLꎬ至第 16 d仍保持高峰活性水平(图 4)ꎮ
Fig. 2  Neighbor ̄joining tree constructed with sequences of rDNA ̄ITS genes from
Trichoderma longibrachiatum HBF1 and the other fungi deposited in GenBank
The sequence of rDNA ̄ITS gene from Trichoderma longibrachiatum HBF1 is underlined.
67

 
  1期 朱先婷ꎬ等:寄生于南方根结线虫卵的长梗木霉几丁质酶基因 TlChi46的克隆
Fig. 3  Neighbor ̄joining tree constructed with tef1 ̄α sequences of genes from
Trichoderma longibrachiatum HBF1 and the other fungi deposited in GenBank
The tef1 ̄α sequence of gene from Trichoderma longibrachiatum HBF1 is underlined.
Fig. 4  The relationship between chitinase ac ̄
tivity from Trichoderma longibrachia ̄
tum HBF1 and its parasitism against
eggs of M. incognita
Chitinase activity in culture filtrate of Trichoderma longibrachiatum
HBF1 growing in liquid medium induced by colloidal chitin( ̄△ ̄)
and parasitism rate of the strain on eggs of M. incognita( ̄○ ̄).
2.3  离体条件下 HBF1菌株对南方根结线虫卵的
寄生
    被寄生卵ꎬ初期菌丝接触卵壳表面形成侵染钉
(图 5 ̄A)ꎻ随后菌丝穿透卵壳表面ꎬ使卵内容物凝集
(图 5 ̄B)ꎻ大量菌丝穿透卵壳ꎬ菌丝生长旺盛(图 5 ̄
C)ꎻ最后菌丝破坏卵ꎬ卵内容物外渗(图 5 ̄D)ꎮ 在
寄生过程中还可观察到定殖卵的真菌产生大量分生
孢子(图 5 ̄E)ꎻ有的 HBF1 菌株可寄生含有线虫的
卵ꎬ幼虫发育畸形(图 5 ̄F)ꎮ 未接菌的卵ꎬ卵壳表面
光滑ꎬ3 d后可见胚胎发育明显(图 5 ̄G)ꎬ5 d后大部
分可孵化出幼虫ꎮ 该菌对南方根结线虫卵的寄生率
在第 10 d达到寄生高峰ꎬ寄生率为 80.45%ꎬ并以接
近 80%的寄生率一直平稳持续到第 16 d(图 4)ꎮ 长
梗木霉 HBF1菌株分泌的胞外几丁质酶活性与该菌
株对南方根结线虫卵的寄生率正相关ꎬ表明几丁质
酶在该菌穿透线虫卵壳中发挥了重要作用ꎮ
Fig. 5  Parasitism of Trichoderma longibrachiatum HBF1 on eggs of M. incognita
A:Hyphal attachment to egg surface and penetration site colonized by the fungusꎻB:Hyphal penetration to egg surface and egg
contents agglutinationꎻC:Prolific hyphae grown upon eggꎻ D: Egg colonized by the fungiꎻ E:Conidia by fungus
colonizing eggꎻF:Egg contained the juvenile stage was infestedꎻG:The control.The fungus was stained with aniline blue.
77

 
植物病理学报 46卷
Fig. 6  Agarose gel electrophoresis of PCR products amplified from chitinase
gene of Trichoderma longibrachiatum HBF1
A:Total RNA productꎻ B:Product of RT ̄PCRꎻ C:3′RACE ̄PCR amplification productꎻ D: 5′RACE ̄PCR amplification productꎻ
E:PCR product of ORF. Lane1:Product of cDNAꎬ Lane2:Product of DNA. All marker are DL2000 DNA molecular marker.
2.4  HBF1几丁质酶基因的克隆
    HBF1 菌丝经液氮研磨后采用 Trizol 提取总
RNAꎬ1%琼脂糖凝胶电泳显示存在 28S、18S rRNA
2 条带ꎬ无 5S rRNAꎬ28S rRNA 的亮度接近 18S
rRNA亮度的 2倍(图 6 ̄A)ꎬ说明 RNA降解很少ꎮ
采用简并引物(TlJ1、TlJ2)以 cDNA 为模板ꎬ
通过 RT ̄PCR扩增出 773 bp 基因片段(图 6 ̄B)ꎮ
使用 RACE技术将总 RNA 反转成 cDNA 第一链ꎬ
结合 TlGSP1、TlGSP2、UPM 分别扩增得到 781 bp 的
3′端基因片段(图 6 ̄C)和 1 131 bp 的 5′端基因片
段(图 6 ̄D )ꎬ3′端具有明显的 polyA 序列ꎮ 使用
SeqMan拼接保守序列ꎬ3′端和 5′端基因片段得到
全长的 cDNA 1 597 bpꎮ 以上序列全部经 BLAST
比对ꎬ结果与其它木霉属几丁质酶基因的同源性很
高ꎮ 通过 ORF Finder查找到 1 272 bp的开放阅读
框ꎮ 跨越 ORF设计引物 TlORF1 和 TlORF2ꎬ分别以
5′ ̄RACE ̄Ready cDNA 和 DNA 为模板扩增 ORF
(图 6 ̄E)ꎮ 通过 Megalign 比较 cDNA 和 DNA 的
序列ꎬ得出该基因含 3 个内含子ꎬ分别为 59、65 和
69 bpꎬ每条内含子的 5′端都存在 GT 以及 3′端都
存在 AGꎮ 几丁质酶基因的 DNA 全长为 1 793 bp
(图 7)ꎮ 将几丁质酶基因的 cDNA和 DNA序列提
交 GenBankꎬ 获 得 登 录 号 分 别 为
KJ787131、KJ787130ꎮ
2.5  氨基酸序列分析
    T. longibrachiatum HBF1 几丁质酶基因的
ORF编码 423个氨基酸残基ꎮ 推测氨基酸的等电
点和分子量分别为 5.23和 45.9 kDaꎮ
InterProScan分析表明该蛋白有一个模式化结
构ꎬ即 N端由 22 个残基组成的信号肽、一个催化
区域(CatD:残基 41—384)和一个碳端延伸区域
(残基 385—424)ꎮ 信号肽的出现ꎬ表明该蛋白作
为前体蛋白合成并且可能由 HBF1 菌株分泌ꎮ
GH18几丁质酶催化区域的存在表明该蛋白是
GH18家族的新成员ꎬ分类归为几丁质酶 classⅡꎮ
该蛋白在此定义为 TlChi46(由于 HBF1 菌株分泌
的前体几丁质酶的分子量为 45.9 kDa)ꎮ
    TlChi46的催化区域 CatD T lChi46包含 2 / 3 的编
码蛋白ꎬGH18 几丁质酶催化区域激活位点的信号
识 别 码 ( 共 有 序 列: [ LIVMFY ]  ̄[ DN ]  ̄G ̄
[LIVMF]  ̄[DN]  ̄[LIVMF]  ̄[DN]  ̄x ̄EꎻPROSITE
登 录 号: PS01095 ) 和 164FDGIDIDWE172 一 致ꎮ
GH18家族几丁质酶催化区域中保守的 4 段共有
序列在 CatDT lChi46中同样存在(图 8)ꎬ分别是 2 个
催化水解区 ( 88 SIGGW92、124 FDGIDIDWE132 )和 2
个几丁质酶结合区域 ( 274 GSWENGVWDY283、
32GLGGSMFWEAS342)ꎮ124 FDGIDIDWE132 这段序
列符合 GH18几丁质酶的活性位点特征ꎮ 数字分
别表示 CatDT lChi46氨基酸残基的位置ꎮ
    GH18 几丁质酶的催化区域通常采用(β / α) 8
磷酸丙糖异构酶(TIM)桶状折叠和通用的酸 /碱ꎬ
底物协助 ̄双重替换的水解机制ꎬ从而导致异头碳
构型的保留[23]ꎮ 区段 FDGIDIDWE 形成了 ( β /
α) 8桶状的 β4 链和催化的核心区域ꎬ而谷氨酸残
基(Glu172在 TlChi46一级结构中)是催化的关键质
子给予体[23]ꎮ 起关键催化作用的谷氨酸残基之前
的 2 个天冬氨酸残基(Asp168和 Asp170在 TlChi46
87

 
  1期 朱先婷ꎬ等:寄生于南方根结线虫卵的长梗木霉几丁质酶基因 TlChi46的克隆
一级结构中)在催化底物水解中同样发挥了重要
作用ꎮ 最靠近 Glu172的 Asp170被称为稳定剂ꎬ它的
侧链具有以下作用:(1)将 GlcNAc 的 N ̄乙酰官能
团定位于 ̄1 亚位点ꎬ有利于和异头物中心的羧基
氧发生亲核反应ꎻ(2)稳定离子中间物ꎻ(3)降低谷
氨酸盐酸 /碱的 pKa 值ꎮ 被命名为稳定剂助剂的
第 2个天冬氨酸残基 Asp168可提高稳定剂残基的
pKa值[23]ꎮ TlChi46 的催化区域与其他真菌几丁
质酶 GH18 催化区域序列一致性很高(83. 63%)
(图 8)ꎮ TlChi46几丁质酶序列分析表明 T. longi ̄
brachiatum HBF1的 ORF 能够编码具有结合与催
化几丁质水解功能的 GH18几丁质酶ꎮ
    GH18几丁质酶划分以 CatD 内几丁质酶插入
区(CID)有无为标准ꎮ 约有 70-90个残基的 CID区
域插入到 CatD (β / α)8TIM桶状结构的 β7链和 α7
螺旋间ꎮ(α+β)折叠插入区位于(β / α)8TIM桶状
Fig. 7  The nucleotide sequence and deduced amino acid sequence
of TIChi46 from Trichoderma longibrachiatum HBF1
The deduced amino acid sequence is shown in one ̄letterꎬthe introns are underlined with continuous linesꎬ
the sequence of the chitin insertion domain (CID) is underlined with a dashed line.
97

 
植物病理学报 46卷
结构的顶端ꎬ形成隧道状底物结合裂解区ꎮ 而
没有插入区的几丁质酶有一个底物结合凹槽ꎮ
底物结合凹槽构造不同导致有 CID 几丁质酶外
切活性和无 CID 几丁质酶内切活性的形成 [24] ꎮ
由于CatDT lChi46有几丁质酶插入区(图 7) ꎬ该酶
可能是外切型几丁质酶ꎮ 这一假设还需进一步
验证ꎮ
Signal P在线预测 ORF HBF1 编码蛋白 N 端
的信号肽序列ꎮ TlChi46 信号肽由 22 个氨基酸残
基组成ꎬN、H、C区域分别包含 3、12、7 个氨基酸残
基ꎮ 信号肽酶裂解位点位于 Ala22 ̄Ser23(C ̄score =
0.367ꎬ基于 SignalP ̄noTM算法的神经网络模式)ꎮ
TlChi46的信号肽具有产生几丁质结合和水解活
性的成熟胞外酶的作用ꎮ
Fig. 8  Multiple sequence alignment of TlChi46 and other fungi
Trichoderma longibrachiatum (ACZ63268.1)ꎬ T. ghanense (ADF57309.1)ꎬ T. pseudokoningii (BAB40594.1)ꎬ
T. citrinoviride(ADF57310.1)ꎬ T. saturnisporum(ADB89220.1)ꎬ T. viride (BAB40593.1)ꎬT. hamatum(AAC60385.1)ꎬ
Metarhizium anisopliae(CAJ57429.1)ꎬ Cordyceps confragosa(AFR13052.1) . Structural motifs involved in substrate binding
and catalysis are indicated by red bars. Areas shaded in black are high degree homology (100%) ꎬareas shaded in red
are homology more than 75%ꎬ in green are homology more than 50%ꎬand unshaded areas are regions
of variability between the chitinases.
08

 
  1期 朱先婷ꎬ等:寄生于南方根结线虫卵的长梗木霉几丁质酶基因 TlChi46的克隆
Fig. 9  Phylogenetic tree showing the relationship between TlChi46 from Trichoderma
longibrachiatum HBF1 and other chitinases
The sequence of TlChi46 from Trichoderma longibrachiatum HBF1 is underlined.
2.6  不同来源的几丁质酶系统进化分析
    从 GenBank 中筛选 16 条不同来源的几丁质
酶序列ꎬ经 MEGA4.0.2 软件 Clustal W 比对ꎬ用邻
接法构建系统发育树ꎬ分析 1 000 次比对后的
Bootstrap值确定不同来源几丁质酶的进化距离ꎮ
Streptomyces avermitilis (GenBank: NP_826813.1)
作为系统发育树的外群ꎮ
图 9表明ꎬ不同来源的几丁质酶聚到 2个大的
分支上ꎮ I分支主要是由菌寄生菌组成ꎬ木霉属真
菌既可防治植物病原菌ꎬ又可防治线虫ꎮ II 分支主
要是由绿僵菌和虫生真菌组成昆虫寄生菌ꎮ
T. longibrachiatum HBF1 几 丁 质 酶 TlChi46 和
T. longibrachiatum(GenBank:ACZ63268.1)聚到同
一分支ꎬ说明两者的亲缘关系很近ꎮ 同种几丁质酶
基因的丰余性反映发生进化的几丁质酶功能的多
样性[25]ꎮ
3  讨论
木霉菌在根、土壤环境中是非常活跃的腐生性
真菌ꎬ已成功用于防治真菌、无脊椎动物和细菌为
主的土传植物病害[26]ꎬ并可抑制根结线虫属的种
群数量[13]ꎬ其开发利用可为农业病虫害的生物防
治开辟广阔的应用前景ꎮ 复杂且多层结构的线虫
卵壳在抵御杀线剂和生防制剂中发挥重要作用[2]ꎬ
但是线虫卵壳也可以成为具有强大酶解能力的微
生物的侵染位点ꎮ 食线虫真菌和木霉菌中已克隆
出多种几丁质酶基因[9ꎬ10ꎬ 18ꎬ19]ꎬ与重寄生过程有关
的哈茨木霉几丁质酶基因的调节作用已被
明确[17]ꎮ
本研究通过培养性状、形态学和 rDNA ̄ITS、
tef1 ̄α序列分析鉴定的长梗木霉 HBF1 菌株ꎬ既可
以产生几丁质酶又可以寄生南方根结线虫卵ꎬ是一
株具有良好生防潜力的真菌ꎮ 卵和真菌相互作用
的显微观察表明ꎬHBF1 菌寄生线虫卵的特征包括
卵被菌丝包裹、附着胞状结构的形成、卵内菌丝的
营养生长和卵内容物外泄ꎬ与棘孢木霉寄生爪哇根
结线虫卵的特征一致[16]ꎮ 该菌对南方根结线虫卵
的寄生率为 80.45%ꎬ与 Lin 等[27]报道的高效菌株
Acremonium implicatum对南方根结线虫卵的寄生
率为 82.11%基本相符ꎮ 本研究中ꎬ长梗木霉 HBF1
菌株在第 6 d表现出较高的几丁质酶活性ꎬ直到第
16 d 仍处于较高的活性水平ꎬ说明该酶具有较强
的耐蛋白酶解特性ꎮ 胞外几丁质酶的活性与卵寄
生率正相关ꎬ说明 HBF1菌株产生的几丁质酶在侵
染线虫卵中发挥重要作用ꎮ 在重寄生关系中
Chi18 ̄5几丁质酶可以由几丁质降解产物诱导[19]ꎮ
18

 
植物病理学报 46卷
Chi18 ̄5可以降解外源的几丁质来满足营养需求而
不仅仅直接参与重寄生过程[28]ꎮ 这个功能和本研
究结果并不矛盾ꎬHBF1 几丁质酶可以降解南方根
结线虫卵壳的几丁质层来供给营养ꎬ有利于 HBF1
菌株穿透线虫卵壳在卵内定殖ꎬ从而寄生线虫卵阻
碍线虫卵的孵化ꎮ
本研究通过简并引物设计和 RACE 技术ꎬ从
HBF1菌株中克隆得到几丁质酶基因ꎮ 序列分析
表明 TlChi46 有 GH18 家族几丁质酶的典型特征ꎮ
22个氨基酸残基信号肽的存在表明 TlChi46 是一
种胞外酶ꎬ与真菌分泌的大多数几丁质酶的共有特
征一致ꎮ 多序列比对表明 2 个催化水解区域
( 88SIGGW92、124 FDGIDIDWE132 )在 GH18 家族几
丁质酶的氨基酸序列中高度保守(图 8)ꎬ说明这 2
个区域在几丁质酶的结构和活性中发挥重要作用ꎮ
定点诱变试验[23] 和晶体学数据[29] 表明ꎬ FDGI ̄
DIDWE序列中保守的谷氨基酸残基(E)很有可能
作为质子给予体参与了催化机制ꎮ 在 PROSITE 数
据库中ꎬ真菌 GH18家族几丁质酶活性共有序列特
征是[L / I / V / M / F / Y] -[D / N] -G-[L / I / V / M /
F]-[D / N]-[L / I / V / M / F]-[D / N]-x-E(PROS ̄
ITEꎬ PS01095)ꎬ而残基 E 是活性位点残基ꎮ 活性
位点残基 D和 E 高度保守ꎬ对于几丁质酶活性是
必须的ꎮ
编码几丁质酶的基因家族庞大ꎬ来自同种或不
同种家族的几丁质酶基因已发生变异ꎮ TlChi46
和其他真菌几丁质酶的序列一致性 67% ~ 99%ꎬ但
它们都有共同的底物结合与催化区域(图 8)ꎮ 系
统发育树(图 9)表明 TlChi46 和菌寄生菌聚到一
支ꎬ而和虫寄生菌的亲缘关系较远ꎬ说明该菌产生
的几丁质酶在侵染植物病原线虫方面和重寄生菌
的功能相似ꎮ 具有深度催化裂解的高度保守的几
丁质酶可以和几丁质紧密结合ꎬ木霉属不同种之间
几丁质酶基因的微小改变与酶的持续合成能力有
关ꎬ与底物专一性没有关系[30]ꎮ
本研究首次从寄生于南方根结线虫卵的长梗
木霉 Trichoderma longibrachiatum HBF1 菌株中克
隆到几丁质酶 TlChi46 基因ꎬ并阐明 TlChi46 的氨
基酸序列以及和其他 18 家族几丁质酶的亲缘关
系ꎮ 长梗木霉的几丁质酶 TlChi46 具有供进一步
研究的功能域ꎬTlChi46 可以作为新的生防分子抵
御南方根结线虫ꎮ
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