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Cloning and expression analysis of the promoter of Caragana korshinskii gene

柠条锦鸡儿CkNCED1基因启动子的克隆及表达分析



全 文 :书柠条锦鸡儿犆犽犖犆犈犇1基因启动子的
克隆及表达分析
任爱琴1,2,易津1,高洪文2,李俊2,王学敏2
(1.内蒙古农业大学农学院,内蒙古 呼和浩特010018;2.中国农业科学院北京畜牧兽医研究所,北京100193)
摘要:利用染色体步移(Genomewalking)技术,克隆柠条锦鸡儿犆犽犖犆犈犇1基因上游启动子序列。经顺式元件预
测分析,该序列除基本的启动元件之外,还含有2个脱落酸诱导响应元件 ABRE、此外还含有多个逆境相关的元
件。将犆犽犖犆犈犇1基因启动子区连接到pGWB533植物表达载体上,构建Promoter::GUS载体,GUS组织化学染
色结果表明,犆犽犖犆犈犇1基因在植物的叶、根、茎、花和角果的维管组织中均有表达,且在叶片中表达强度最高。以
上研究确定了柠条锦鸡儿犆犽犖犆犈犇1基因的表达部位和强度。进一步说明犆犽犖犆犈犇1基因在ABA合成调控中发
挥重要作用,为深入研究基因功能奠定基础。
关键词:柠条锦鸡儿;犆犽犖犆犈犇1基因启动子;GUS组织化学染色;ABA响应元件
中图分类号:S540.3;Q943.2  文献标识码:A  文章编号:10045759(2013)02016506
  脱落酸(abscisicacid,ABA)是植物的五大激素之一,不仅在植物生长发育中起着重要作用,而且在植物干
旱、高盐和低温胁迫反应中也具有广泛而重要的作用[1]。9顺式新黄质或9顺式紫黄质裂解形成黄质醛是ABA
的生物合成途径中的限速步骤,催化该裂解反应的9顺式环氧类胡萝卜素双加氧酶(9cisepoxycarotenoiddiox
ygenase,NCED)是调控高等植物ABA生物合成的关键酶[2,3]。
自从玉米(犣犲犪犿犪狔狊)突变体vp14[4]中克隆第1个犣犿犞犘14(犖犆犈犇)基因以来,已相继在拟南芥(犃狉犪犫犻
犱狅狆狊犻狊狋犺犪犾犻犪狀犪)[5]、番茄(犔狔犮狅狆犲狉狊犻犮狅狀犲狊犮狌犾犲狀狋狌犿)[6]、菜豆(犘犺犪狊犲狅犾狌狊狏狌犾犵犪狉犻狊)[7]、豇豆(犞犻犵狀犪狌狀犵狌犻犮狌犾犪
狋犪)[8]、柱花草(犛狋狔犾狅狊犪狀狋犺犲狊犵狌犻犪狀犲狀狊犻狊)[9]等植物中克隆了犖犆犈犇 基因。研究发现,在拟南芥、烟草(犖犻犮狅狋犻犪狀犪
狋犪犫犪犮狌犿)和番茄等植物中,过量表达犖犆犈犇基因可以造成ABA累积并促进ABA的代谢,从而可以提高植物的
抗旱能力[5,10,11]。Yang和Guo[9]将柱花草犖犆犈犇1基因转入烟草,犖犆犈犇1基因的过量表达提高了转基因烟草
的抗旱和耐盐性。
柠条锦鸡儿(犆犪狉犪犵犪狀犪犽狅狉狊犺犻狀狊犽犻犻)是一种优良的豆科牧草,具有极强的抗逆性,一直以来颇受关注[12]。本
实验室在前期研究工作中已经从柠条锦鸡儿的脱水叶片中分离到了一个犖犆犈犇 基因,犆犽犖犆犈犇1(GenBankac
cessionno.GQ395772),并发现该基因主要受干旱和盐胁迫诱导表达,且基因的诱导表达趋势和体内ABA含量
协同变化[13]。为进一步研究犆犽犖犆犈犇1基因表达的调控机制,研究分离犆犽犖犆犈犇1基因5′端上游启动子序列,
通过构建Promoter::GUS报告基因表达载体,分析犆犽犖犆犈犇1基因在转基因拟南芥中的表达特点,确定了
犆犽犖犆犈犇1基因在植物体内的表达部位和强度,为下一步分离启动子的逆境胁迫响应元件,进一步鉴定基因的功
能奠定基础。
1 材料与方法
1.1 材料
1.1.1 植物材料 2010年9月,柠条锦鸡儿种子氯气消毒24h后,播种于铺有滤纸的培养皿中,在光照培养箱
(温度24℃,14h光照/10h黑暗)中培养至种子发芽。将发芽后的种子移至营养土蛭石和珍珠岩比例为3∶3∶1
的花盆中继续生长30d。拟南芥Columbia生态型,由中国农业科学院北京畜牧兽医研究所牧草种质资源实验
第22卷 第2期
Vol.22,No.2
草 业 学 报
ACTAPRATACULTURAESINICA   
165-170
2013年4月
收稿日期:20120217;改回日期:20120319
基金项目:国家自然科学基金项目(31101755)资助。
作者简介:任爱琴(1984),女,内蒙古鄂尔多斯人,在读硕士。Email:renaiqin310@163.com
通讯作者。Email:wangxuemin@caas.cn
室保存。
1.1.2 菌株和载体 大肠杆菌菌株DH5a、根癌农杆菌菌株GV3101由本实验室保存。克隆载体pMD19T购
自宝生物(TaKaRa)工程有限公司,pGWB533植物表达载体由浙江省农科院病生所王栩鸣博士惠赠。
1.2 犆犽犖犆犈犇1启动子序列克隆及序列分析
1.2.1 犆犽犖犆犈犇1基因启动子序列克隆 利用植物基因组DNA提取试剂盒(TaKaRa)提取柠条锦鸡儿基因组
DNA。根据以PCR为基础的染色体步移原理,利用染色体步移试剂盒(UniversalGenomeWalkerTM DNA
Walkingkit,CLONTECH)进行启动子序列的扩增。分别用4个限制性内切酶:犈犮狅RV、犇狉犪I、犘狏狌II和犛狋狌I酶
解基因组DNA,酶解后的DNA经等体积苯酚、氯仿抽提后,用无水乙醇沉淀,最终得到纯化的基因组DNA片
段。然后在酶切所得到的平末端DNA片段上连接双链接头,构建成4个不同“DNA片段库”。根据犆犽犖犆犈犇1
基因的cDNA序列(GenBankaccessionno.GQ395772),设计非重叠的特异性引物:
GSP1:5′GGTTGTGGTTGTGGATTGGGGTTGGTA3′
GSP2:5′GTTCTCTATTTTTTGAAAGAGTGTGTG3′
利用特异性引物和试剂盒中所带的接头引物AP1、AP2,分别以4个“DNA片段库”为模板,进行primary
PCR(GSP1和AP1)和secondaryPCR(GSP2和AP2)2次PCR反应,扩增柠条锦鸡儿犆犽犖犆犈犇1基因5′端上游
的启动子序列,回收扩增产物,克隆到pMD19T载体上,送阳性克隆至上海英骏生物技术有限公司测序部,测序
结果经过拼接比对,最终得到犆犽犖犆犈犇1基因上游的启动子序列。
1.2.2 犆犽犖犆犈犇1基因启动子序列的生物信息学分析 利用(http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/
plantcare/html/)[14]植物顺式作用元件数据库中的信号扫描程序,对其进行生物信息学分析,寻找该启动子序列
中可能的响应外界环境刺激和发育信号的顺式作用元件。
1.3 启动子与GUS基因融合表达载体的构建
采用Gateway技术构建植物表达载体。首先构建入门载体,按照TOPO试剂盒(GatewaypENTRDirec
tionalTOPOCloningKits,Invitrogen)说明书的要求设计启动子全长引物,5′端引物加CACC确定克隆方向:
NP1:5′CACCCTATAATTGAGCCATTGTGGTAGC3′
NP2:5′AGGGACTGACCACCCGGGTTCTCTATTTTTTGAAAG3′
PCR扩增启动子全长序列,将目的片段与pENTRDirectionalTOPOVetor以摩尔比3∶1混合,室温下连
接5min,将连接产物热激转化大肠杆菌DH5a后涂布在含有50mg/Lkanamycin的LB平板上筛选,挑取单克
隆进行PCR鉴定并送英骏公司测序。
测序正确的阳性克隆经质粒制备试剂盒(Axygen)提取质粒后,进行LR反应,构建转化载体。参照LRClo
nase说明书(GatewayLRClonaseIIEnzymeMix,Invitrogen),在0.5mLEP管中,分别加入以上构建好的En
tryclone质粒(50~150ng)2μL,pGWB533质粒(150ng)1μL,TEbuffer(pH8.0)4μL,LRClonaseIIEn
zymeMix2μL,短暂混匀后25℃孵育1h,待反应完全后加入1μL蛋白酶K于37℃10min终止反应。在上述
LR方向反应中,attL1序列只能与attR1序列重组,attL2序列只能与attR2序列重组,生成新的位点attP和
attB。取1μL反应液热激转化大肠杆菌DH5a后涂布在含有100mg/L壮观霉素和30mg/L氯霉素的平板上
筛选,挑取单菌落进行PCR鉴定,阳性克隆提取质粒后测序正确的即为构建成功的表达载体pCkNCED1::
GUS。
1.4 拟南芥转化与GUS基因的表达检测
用冻融法将构建好的质粒pCkNCED1::GUS转化GV3101根癌农杆菌菌株。采用花序浸润法转化拟南
芥[15],获得T0代拟南芥种子。将种子播在含有20mg/L潮霉素(Roch公司)的 MS平板上筛选T1代阳性转基
因拟南芥,对成熟的转基因植株进行GUS(5溴4氯3吲哚βD葡萄糖苷酸酯,XG1u,Sigma)组织化学染色。
染色参照Jeffersony等[16]的方法染色过夜,脱色后,在体式镜(NikonDIGITALCAMERADxm1200F,Japan)
下观察拍照。
2 结果与分析
2.1 犆犽犖犆犈犇1基因启动子序列的生物信息学分析
利用染色体步移技术,从犈犮狅RV酶切的DNA库获得了2144bp的步移产物,该产物序列经BLAST比对,
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在GenBank中没有发现显著同源的序列。利用PLACE软件对犆犽犖犆犈犇1的启动子区进行犮犻狊element预测,发
现该序列除含有启动子基本的TATAbox和CAATbox外,还含有许多其他元件,包括2个ABA诱导响应元
件,2个茉莉酸甲酯响应元件CGTCAmotif,1个 MBS干旱胁迫响应元件,1个 HSE热应激响应元件,1个水杨
酸响应元件TCAelement,1个响应逆境胁迫的富含TC重复序列TCrichrepeats,2个5′UTRPyrichstretch
元件等(图1,表1)。这些顺式作用元件可能在犆犽犖犆犈犇1基因响应ABA、干旱胁迫、高温胁迫等各种环境刺激
时发挥着重要调控作用。
图1 犆犽犖犆犈犇1启动子区所含重要顺式作用元件
犉犻犵.1 犆犻狊犪犮狋犻狀犵狉犲犵狌犾犪狋狅狉狔犲犾犲犿犲狀狋狊狅犳犆犽犖犆犈犇1犵犲狀犲狆狉狅犿狅狋犲狉
 下划箭头ATG为犆犽犖犆犈犇1基因的起始密码子;方框序列表示推测的重要顺式作用元件;下划线代表TATA盒、CAAT盒。Thearrowindicates
thestartcodonof犆犽犖犆犈犇1gene;Theputativecisactingmotifsareintheenclosedboxes;TheelementTATAandCAATboxesareunderlined.
2.2 GUS基因的表达检测结果
对获得10株成熟的T1代转基因材料重复进行3次GUS组织化学染色的结果表明,犆犽犖犆犈犇1启动子在成
熟转基因植株的叶片、根、侧枝、叶、花和角果等器官中都有表达,特别是在植株叶片的维管组织、组织分支处,
GUS的活性最强。在根部,主要在侧根发生部位表达(图2A)。在叶片中,GUS在叶脉中表达较强 (图2B)。
在新生的分枝处,GUS的活性也很强(图2C)。在花器官中,GUS主要在花丝和花托中表达,但在花瓣、雌蕊、花
梗中见不到GUS染色(图2D)。在角果上由两心皮合生的假隔膜和果柄与角果的连接处也能观察到有GUS表
达(图2F)。从所有组织染色结果图中可以看到,犆犽犖犆犈犇1基因尤其在叶片的维管组织、组织与组织交接处表
达最强,并且在新生组织部位表达较为明显。
761第22卷第2期 草业学报2013年
表1 犆犽犖犆犈犇1启动子区所含顺式调控元件
犜犪犫犾犲1 犆犻狊犪犮狋犻狀犵狉犲犵狌犾犪狋狅狉狔犲犾犲犿犲狀狋狊狅犳犆犽犖犆犈犇1犵犲狀犲狆狉狅犿狅狋犲狉
元件名称The
nameofelement
位置
Position
核心序列
Coresequence(5′3′)
功能
Function
数量
Number
5′UTRPyrich
stretch
-545 TTTCTTCTCT 高转录水平的顺式作用元件Cisactingelementinvolvedinthehightranscriptionlevels 2
-540 TTTCTCTCTCTCTC
ABRE -257 CACGTG 脱落酸响应元件Cisactingelementinvolvedintheabscisicacidresponsiveness 2
-778 CACGTG
CGTCAmotif -1024 CGTCA 茉莉酸甲酯响应元件CisactingelementinvolvedintheMeJAresponsiveness 2
-2105 CGTCA
MBS -1608 TAACTG 干旱响应元件Cisactingelementinvolvedinthedehydrationresponsiveness 1
HSE -1280 AAAAAATTTC 热应激响应元件Cisactingelementinvolvedintheheatstressresponsiveness 1
TCrichrepeats -268 ATTTTCTTCA 逆境相关响应元件Cisactingelementinvolvedinthedefenseandstressresponsiveness 1
TCAelement -298 CCATCTTTTT 水杨酸响应元件Cisactingelementinvolvedinsalicylicacidresponsiveness 1
图2 犆犽犖犆犈犇1狆::犌犝犛转基因拟南芥犌犝犛染色结果
犉犻犵.2 犜犺犲狉犲狊狌犾狋狊狅犳犌犝犛狊狋犪犻狀犻狀犵犻狀犆犽犖犆犈犇1狆::犌犝犛狋狉犪狀狊犵犲狀犻犮犃狉犪犫犻犱狅狆狊犻狊狆犾犪狀狋狊
 A.根,箭头示侧根发生部位;B.叶片;C.分枝处;D.花器官,①花丝,②花托;E.角果,①假隔膜,②果柄;F.根茎连接处;G.侧枝。A.Root,arrow
showsthebaseoflateralroots;B.Leaf;C.Baseofbranch;D.Flower,①faliment;②receptacle;E.Silique,①pseudoseptum,②carpopodium;F.
Thepointofattachmentofroottostem;G.Lateralstem.
3 讨论
启动子是DNA链上一段能与RNA聚合酶结合并能起始 mRNA合成的序列,决定基因转录的起始和转录
起始特异性。启动子区含有一系列特异的蛋白质结合序列,统称为顺式作用元件,不同启动子的顺式作用元件决
定了基因具有不同的表达特性[17]。研究克隆了犆犽犖犆犈犇1启动子,该启动子除了含有基本的启动子元件外,还
含有2个与ABA调控有关的ABRE元件和大量与逆境相关的顺式元件。ABA在植物响应多种非生物胁迫中
发挥重要作用,而 ABRE元件是对 ABA 起响应的主要顺式作用元件,存在于许多胁迫诱导基因的启动子
区[18,19]。另外,CGTCAmotif和TCAelement是参与茉莉酸甲酯和水杨酸响应的顺式元件,这两种信号在植物
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抗逆机制调控中发挥着重要作用[20]。这些元件的出现可能说明,犆犽犖犆犈犇1基因受复杂调控机制的调节,并参
与了多种逆境胁迫响应。
pCkNCED1p::GUS在拟南芥的叶片、组织分支处以及花丝和花托中表达。表明犆犽犖犆犈犇1可能参与植物
的多种营养和生殖器官的发育调控,这与对ABA的大量研究结果是相符的,研究证明,ABA参与了植物的多种
生长和发育过程[1]。此外,GUS在侧根发生部位的染色很强,表明犆犽犖犆犈犇1基因可能影响了植物侧根生长发
育(图2A,侧根)。此前,有研究表明,外源施加ABA对拟南芥侧根发育有抑制作用[21]。
目前在多种植物中已经发现了NCED基因的成员,并对这些基因的表达进行了研究。来自于花生(peanut,
犃狉犪犮犺犻狊犺狔狆狅犵犪犲犪)的犃犺犖犆犈犇1基因,同属 NCED1类,主要在叶片和胚轴部位表达[22]。拟南芥中的犃狋
犖犆犈犇3基因主要在根部(根尖、中柱鞘和侧根发生部位),发育中的花药以及发育中的种子中表达[23]。这些表达
上的差异说明,犖犆犈犇1基因在不同的物种中在表达和功能上可能存在差异。
研究分离了柠条锦鸡儿的启动子序列,并且对启动子进行了顺式元件的预测和GUS表达分析,这些研究证
明犆犽犖犆犈犇1基因参与了ABA相关的抗逆性和植物发育方面的调控,在ABA合成调控中发挥重要作用,为进
一步鉴定逆境响应元件,深入研究犆犽犖犆犈犇1基因功能奠定基础。
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犆犾狅狀犻狀犵犪狀犱犲狓狆狉犲狊狊犻狅狀犪狀犪犾狔狊犻狊狅犳狋犺犲狆狉狅犿狅狋犲狉狅犳犆犪狉犪犵犪狀犪犽狅狉狊犺犻狀狊犽犻犵犲狀犲
RENAiqin1,2,YIJin1,GAOHongwen2,LIJun2,WANGXuemin2
(1.Colegeofagriculturalscience,InnerMongoliaagricultureuniversity,Hohhot010018,China;
2.InstituteofAnimalScience,CAAS,Beijing100193,China)
犃犫狊狋狉犪犮狋:Agenomicwalkingtechniquewasusedtoclonethepromotersequenceofthe犆犽犖犆犈犇1genefrom
犆犪狉犪犵犪狀犪犽狅狉狊犺犻狀狊犽犻犻.TheplantCARE犮犻狊elementanalysisrevealedthat,besidesthebasicelements,thepro
motersequenceincludedtwoABAresponsiveelements(ABRE)andmanyotherstressresponseelements.The
PGWB533expressionvectorcontainingthispromotersequencewasconstructedwiththeGUSreportergene.
HistochemicalstaininganalysisshowedthattheGUSreportergenewasexpressedinthetissuesofleaves,
root,stem,flowerandsilique,andwasespecialyhigherinleaves.Theseresultsidentifiedthelocalizationand
expressionofthe犆犽犖犆犈犇1gene犻狀狏犻狏狅,whichsuggestedthat犆犽犖犆犈犇1geneplaysanimportantroleinbio
synthesisregulationofABA.Thestudylayafoundationforfurtheranalysisofthegenefunction.
犓犲狔狑狅狉犱狊:犆犪狉犪犵犪狀犪犽狅狉狊犺犻狀狊犽犻犻;犆犽犖犆犈犇1promoter;GUShistochemicalstaining;ABAresponsiveelement
071 ACTAPRATACULTURAESINICA(2013) Vol.22,No.2