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Genetic diversity of 20 ryegrass accessions by SRAP markers

20个黑麦草品系的SRAP遗传多样性分析



全 文 :书20个黑麦草品系的犛犚犃犘遗传多样性分析
李杰勤1,王丽华1,詹秋文1,朱奎1,刘井良2,李万祥2
(1.安徽科技学院植物科学学院,安徽 凤阳233100;2.安徽金沱湖蟹业有限责任公司,安徽 五河233300)
摘要:利用SRAP分子标记技术对20个黑麦草品系的遗传多样性进行了分析。结果发现,53个引物组合共扩增出
765条带,其中多态性带共597条,多态性比率为78.95%。平均每对引物扩增出的带数和多态性条带数分别为
14.4和11.2条。各黑麦草品系间的遗传相似系数在0.485~0.727,平均为0.627。从 UPGMA聚类分析的结果
来看,以阈值0.63可将这20个品系分为4类。2个多花黑麦草品系并不聚在一类,而是分散在18个多年生黑麦
草品系中。另外,UPGMA聚类结果与这些品系的来源基本一致,这说明SRAP标记适用于黑麦草品系间的遗传
多样性研究。
关键词:黑麦草;SRAP;遗传多样性;UPGMA
中图分类号:S543+.603.4;Q943  文献标识码:A  文章编号:10045759(2013)02015807
  黑麦草是禾本科黑麦草属(犔狅犾犻狌犿)植物,只有8个二倍体种 (2n=14),其中最具有商业价值的2个种为多
年生黑麦草(犔狅犾犻狌犿狆犲狉犲狀狀犲)和多花黑麦草(犔狅犾犻狌犿犿狌犾狋犻犳犾狅狉狌犿)[1,2]。黑麦草原产地为地中海沿岸,分布于欧
洲南部、非洲北部及亚洲西南部。自20世纪30年代引入我国后,在我国的江苏、浙江、江西、湖北、湖南、四川、贵
州、安徽等省均有较大面积的栽培[3,4]。目前,黑麦草在我国的栽种面积较大,但自主培育的品种还较少[5]。种
质资源是品种选育的基础,而对种质资源遗传背景的研究则是品种选育的关键。
SRAP(sequencerelatedamplifiedpolymorphism)即序列相关扩增多态性,又称基于序列扩增的多态性,是
美国加州大学蔬菜作物系Li和Quiros[6]提出的一种新型的基于PCR的标记系统。SRAP标记检测的对象是基
因的阅读框区域(openreadingframes,ORFs),具有简便、中等产量、高共显性、重复性、易于分离条带及测序等
优点。SRAP引物设计是基于外显子富含GC,而启动子和内含子富含AT的特点,上游引物长17bp,对外显子
进行特异扩增,下游引物长18bp,特异扩增的是内含子及启动子区域,由于个体不同以及物种之间的内含子、启
动子、启动子之间间隔长度不同而产生多态性[7]。近年来,SRAP标记在植物遗传多样性分析、遗传连锁图的构
建与基因定位中都得到了广泛应用[810]。
本研究利用SRAP标记对从美国国家种质中心引进的18个黑麦草品系与2个国内广泛种植的黑麦草品种
进行了遗传多样性分析,在分子水平上确定这些引进种质间的亲缘关系,为黑麦草育种中的亲本选配和利用提供
理论基础。
1 材料与方法
1.1 材料
本实验材料为黑麦草,其中18个黑麦草种质来源于美国国家种质资源中心,它们的名称和原产国见表1。
这18个黑麦草品系是由49个黑麦草品系经过2年种植后筛选获得。另外2个品种是在我国推广较多的蓝天堂
黑麦草与长江2号。试验材料2010年种植在安徽科技学院种植科技园,株距10cm,行距20cm,常规田间管理。
1.2 DNA的提取、电泳和扩增检测
2011年4月选取黑麦草新鲜幼嫩的叶片进行总DNA提取(每个品系选取10株混合)。提取方法为SDS
158-164
2013年4月
   草 业 学 报   
   ACTAPRATACULTURAESINICA   
第22卷 第2期
Vol.22,No.2
收稿日期:20121102;改回日期:20121203
基金项目:安徽高等学校省级自然科学研究项目(No:KJ2011Z075),安徽科技学院青年基金(ZRC2011280),国家自然科学基金(No:
31071470),安徽省“115”产业创新团队(皖人才办[2009]2号)和科技部“十二五”农村领域国家科技计划课题(No:2011BAD17B03)
资助。
作者简介:李杰勤(1980),男,四川宜宾人,讲师,硕士。Email:wlhljq@163.com
通讯作者。
(sodiumdodecylsulfate,十二烷基硫酸钠)法[11],稍做更改。具体方法如下:取嫩叶2g加石英砂磨成粉末,转入
2mLEP管中,再加入500μL提取液(65℃)摇匀,65℃温浴30min(中间出现蛋白质带);加入200μL5mol/L
KAc,冰浴30min(禁止摇动);加入400μL氯仿/异戊醇(24∶1)摇匀6min,10000r/min离心10min;取上清
液于另一1.5mLEP管中,加入预冷的2倍体积的无水乙醇沉淀DNA;用70%乙醇冲洗3次,加入无水乙醇脱
水,吹干;加入200μLddH2O溶解。
PCR反应体系为25μL:10×buffer2μL,2.5μLMgCl2,25mmol/LdNTP2μL,TaqDNA聚合酶1.5U,
引物2μL,总DNA100ng和ddH2O13.6μL。扩增反应程序:94℃ 预变性5min;94℃变性1min,36℃退火1
min,72℃ 延伸1min,5个循环;94℃变性1min,50℃退火1min,72℃延伸1min,34个循环;最后再延伸7min,
4℃保存。扩增产物在0.5×TBE(氨基丁三醇硼酸)缓冲液系统中,用6%的聚丙烯酰胺凝胶电泳分离,同时以
1000bpDNALadderMarker作为分子量标记,稳压200V,时间50~60min,采用银染法染色,再用BIORAD
公司成像系统观察并拍照。
表1 20份黑麦草的名称和来源
犜犪犫犾犲1 犜犺犲狀犪犿犲犪狀犱狉犲狊狅狌狉犮犲狊狅犳20狉狔犲犵狉犪狊狊犾犻狀犲狊
编号No. 材料名称Name 原产地Origin 种 类Subfamily
1 BH(蓝天堂BlueHeaven) 美国 UnitedStates 多花黑麦草犔.犿狌犾狋犻犳犾狅狉狌犿
2 A3 丹麦 Denmark 多年生黑麦草犔.狆犲狉犲狀狀犲
3 A6 荷兰 Dutch 多年生黑麦草犔.狆犲狉犲狀狀犲
4 A9 伊朗Iran 多年生黑麦草犔.狆犲狉犲狀狀犲
5 A12 利比亚Libya 多年生黑麦草犔.狆犲狉犲狀狀犲
6 A14 阿尔及利亚 Algeria 多年生黑麦草犔.狆犲狉犲狀狀犲
7 A16 阿尔及利亚 Algeria 多年生黑麦草犔.狆犲狉犲狀狀犲
8 A20 前南斯拉夫FormerSerbiaandMontenegro 多年生黑麦草犔.狆犲狉犲狀狀犲
9 A21 伊拉克Iraq 多年生黑麦草犔.狆犲狉犲狀狀犲
10 A22 智利Chile 多年生黑麦草犔.狆犲狉犲狀狀犲
11 A24 波兰Poland 多年生黑麦草犔.狆犲狉犲狀狀犲
12 A25 塞普路斯Cyprus 多年生黑麦草犔.狆犲狉犲狀狀犲
13 A26 土耳其 Turkey 多年生黑麦草犔.狆犲狉犲狀狀犲
14 A29 匈牙利 Hungary 多年生黑麦草犔.狆犲狉犲狀狀犲
15 A31 罗马尼亚 Romania 多年生黑麦草犔.狆犲狉犲狀狀犲
16 A36 意大利Italy 多年生黑麦草犔.狆犲狉犲狀狀犲
17 A38 法国France 多年生黑麦草犔.狆犲狉犲狀狀犲
18 A43 摩洛哥 Morocco 多年生黑麦草犔.狆犲狉犲狀狀犲
19 A49 保加利亚Bulgaria 多年生黑麦草犔.狆犲狉犲狀狀犲
20 CJ2(长江2号ChangjiangNo.2) 中国China 多花黑麦草犔.犿狌犾狋犻犳犾狅狉狌犿
1.3 DNA引物
引物采用Li和Quiros[6]发表的引物,引物序列如表2所示。正向引物9条,反向引物17条,共有153对引
物,采用 MeEm的组合表示方式。
1.4 数据处理
将带型编成二进制数据:0代表无带,1代表有带,9表示缺失。采用 NTSYPC软件[12]对有关数据进行
处理。
951第22卷第2期 草业学报2013年
表2 犛犚犃犘引物序列表
犜犪犫犾犲2 犛犚犃犘狆狉犻犿犲狉狊狊犲狇狌犲狀犮犲
正向引物Forwardprimer 反向引物Reverseprimer
Me1:5′TGAGTCCAAACCGGATA3′ Em1:5′GACTGCGTACGAATTAAT3′
Me2:5′TGAGTCCAAACCGGAGC3′ Em2:5′GACTGCGTACGAATTTGC3′
Me3:5′TGAGTCCAAACCGGAAT3′ Em3:5′GACTGCGTACGAATTGAC3′
Me4:5′TGAGTCCAAACCGGACC3′ Em4:5′GACTGCGTACGAATTTGA3′
Me5:5′TGAGTCCAAACCGGAAG3′ Em5:5′GACTGCGTACGAATTAAC3′
Me6:5′TGAGTCCAAACCGGTAA3′ Em6:5′GACTGCGTACGAATTGCA3′
Me7:5′TGAGTCCAAACCGGTCC3′ Em7:5′GACTGCGTACGAATTCAA3′
Me8:5′TGAGTCCAAACCGGTGC3′ Em8:5′GACTGCGTACGAATTCTG3′
Me9:5′TGAGTCCAAACCGGTCA3′ Em9:5′GACTGCGTACGAATTCGA3′
Em10:5′GACTGCGTACGAATTCAG3′
Em11:5′GACTGCGTACGAATTCCA3′
Em12:5′GACTGCGTACGAATTATT3′
Em13:5′GACTGCGTACGAATTACG3′
Em14:5′GACTGCGTACGAATTATG3′
Em15:5′GACTGCGTACGAATTCGG3′
Em16:5′GACTGCGTACGAATTGAT3′
Em17:5′GACTGCGTACGAATCCAT3′
2 结果与分析
2.1 SRAP标记在20个黑麦草品系间的多态性分析
为了提高试验效率,选用了A32、蓝天堂和长江2号对153对引物进行初步筛选,结果表明共有53对SRAP
引物能较好地扩增出条带。在此基础上,利用筛选出的53对SRAP引物对这20个黑麦草品系进行了多态性分
析。这53对引物在这20个黑麦草品系间共扩增出765条带,片断大小在100~1000bp(图1)。其中多态性带
共597条,多态性比率为78.03%。这53对引物扩增的条带数从6~19条不等,平均每对引物扩增出14.4条带,
平均多态性条带11.2,综合看来,SRAP标记的多态性较好(表3)。
2.2 20个黑麦草品系间的遗传多样性分析
将53对SRAP引物扩增出的765条电泳带建立了相似系数矩阵,这20个黑麦草品系间的相似系数最大为
0.727,最小为0.485,平均大小为0.627(表4)。由此可见虽然这20个黑麦草品系来源于不同的国家,但是相似
系数之间相差并不大。来自中国的长江2号与其他19个材料间的相似系数都较小,其中最小的为0.513,最大
为0.678,平均大小为0.589。长江2号的平均相似系数小于这20个材料之间的平均相似系数。由于长江2号
是我国自主选育品种,与其他国外品种之间有地域隔绝,因而与引进的种质资源的亲缘关系较远。
2.3 UPGMA聚类分析
UPGMA(unweightedpairgroupmethodwitharithmeticmeans,非加权组平均法)聚类分析的结果表明
(图2),以阈值0.63可将这20个品种聚为4类。其中,蓝天堂、A24、A3和A9是第一类,这一类的品系主要来
源于北欧和北美;A6、A21、A43、A25、A31、A20、A26、A29、A36和A38是第二类,这一类主要来源于地中海沿岸
国家;A12、A16、A22和A14是第三类,这一类主要来源于非洲和南美;A49和CJ2是第四类,这类只有中国的
CJ2(长江2号)和保加利亚的A49。2个多花黑麦草品系蓝天堂和长江2号并未聚在一类,而是分散在其他的18
个多年生黑麦草品系中。因此,SRAP标记不能将多花黑麦草与多年生黑麦草区分开。从总体上来看,利用
SRAP标记获得的结果与利用地理分类的结果基本一致,这说明SRAP标记能比较准确地反映出各黑麦品系间
的亲缘关系。
061 ACTAPRATACULTURAESINICA(2013) Vol.22,No.2
表3 犛犚犃犘引物组合和扩增结果
犜犪犫犾犲3 犛犚犃犘狆狉犻犿犲狉犮狅犿犫犻狀犪狋犻狅狀狊犪狀犱犪犿狆犾犻犳犻犲犱狉犲狊狌犾狋狊
引物组合
Primer
combination
总带数
Numberof
totalbands
多态性带数
Numberof
polymorphic
bands
多态位点百分率
Percentageof
polymorphic
bands(%)
引物组合
Primer
combination
总带数
Numberof
totalbands
多态性带数
Numberof
polymorphic
bands
多态位点百分率
Percentageof
polymorphic
bands(%)
EM1-ME1 19 18 94.73 EM5-ME8 17 13 76.47
EM1-ME2 15 10 66.67 EM5-ME9 17 14 82.35
EM1-ME5 18 14 77.78 EM5-ME10 16 14 87.50
EM1-ME7 16 16 100.00 EM5-ME13 14 13 92.85
EM1-ME11 9 9 100.00 EM5-ME14 13 9 69.23
EM1-ME12 11 11 100.00 EM6-ME1 16 11 68.75
EM1-ME17 7 7 100.00 EM6-ME5 19 14 73.68
EM2-ME1 14 6 42.86 EM6-ME8 20 15 75.00
EM2-ME3 10 9 90.00 EM6-ME11 12 7 58.33
EM2-ME4 6 6 100.00 EM6-ME12 19 14 73.68
EM2-ME5 11 10 90.91 EM7-ME2 12 10 83.33
EM2-ME6 16 16 100.00 EM7-ME4 19 15 78.94
EM2-ME7 11 6 54.55 EM7-ME8 18 8 44.45
EM2-ME8 15 13 86.67 EM7-ME16 19 9 47.37
EM3-ME5 14 13 92.86 EM8-ME6 14 12 85.71
EM3-ME6 9 8 88.89 EM8-ME10 18 16 88.89
EM3-ME7 10 7 70.00 EM8-ME12 16 13 81.25
EM3-ME8 20 16 80.00 EM8-ME14 16 14 87.50
EM3-ME13 15 11 73.33 EM8-ME16 15 11 73.33
EM3-ME15 9 9 100.00 EM9-ME2 18 13 72.22
EM3-ME16 10 8 80.00 EM9-ME6 15 14 93.33
EM4-ME1 13 4 30.77 EM9-ME7 6 5 83.32
EM4-ME3 17 15 88.23 EM9-ME9 15 12 80.00
EM4-ME3 18 13 72.22 EM9-ME10 13 9 69.23
EM4-ME5
EM4-ME8
  18
  14
   9
  11
   50.00
   78.57
EM9-ME16
总计Total
  18
  765
  18
  597
  100.00
 
EM5-ME4   10    7    70.00 平均Average   14.4   11.2    78.03
EM5-ME5   15   12    80.00
3 讨论
3.1 SRAP在黑麦草种质资源研究中的应用价值
了解种质资源遗传背景信息,才能有目的地进行杂交组合的配制及对其杂交后代的选择。因此,对种质资源
遗传信息的研究一直是育种研究的一个重要组成部分。随着分子标记的快速发展,分子标记已经成为种质资源
遗传信息研究的重要手段。SRAP标记最大的特点是针对基因的阅读框区域(ORFS)进行扩增,因此有效地提高
了扩增结果与表型之间的相关性。Ferriol等[13]对葫芦科(Cucurbitaceae)种质资源的遗传多样性进行SRAP分
析,结果发现SRAP比AFLP(amplifiedfragmentlengthpolymorphism,扩增片段长度多态性)更能表现表型的
多样性及进化历史。刘月光等[14]利用SRAP对17个莲藕(犖犲犾狌犿犫狅狀狌犮犻犳犲狉犪)品种进行了多态性分析,认为
161第22卷第2期 草业学报2013年
图1 引物组合犈犕9-犕犈16扩增电泳图
犉犻犵.1 犜犺犲犛犚犃犘犪犿狆犾犻犳犻犲犱狆狉狅犳犻犾犲狅犳狆狉犻犿犲狉犮狅犿犫犻狀犪狋犻狅狀犈犕9-犕犈16
M为marker。样品编号与表1编号相同。Mismarker.AndthecodeofsamplesisconsistentwithTable1.
表4 犑犪犮犮犪狉犱相似系数表
犜犪犫犾犲4 犑犪犮犮犪狉犱狊犻犿犻犾犪狉犻狋狔犮狅犲犳犳犻犮犲狀狋狊
项目
Item
BH A3 A6 A9 A12 A14 A16 A20 A21 A22 A24 A25 A26 A29 A31 A36 A38 A43 A49 CJ2
BH 1.000
A3 0.6771.000
A6 0.5810.5971.000
A9 0.6060.7000.6581.000
A12 0.5940.6170.5960.5001.000
A14 0.6010.5690.5690.6400.6141.000
A16 0.5520.6860.6340.6570.7270.7011.000
A20 0.6350.6540.6870.6610.6330.6430.6811.000
A21 0.5990.6810.7250.7060.6470.6360.7160.6681.000
A22 0.6140.6390.6470.6930.6790.6160.6780.6600.6821.000
A24 0.6450.6230.6170.6630.5580.5610.6170.6230.6790.5781.000
A25 0.6270.6340.6400.6390.5750.5140.6180.6820.6770.5980.6551.000
A26 0.5960.5800.6320.6010.5790.5800.5800.6860.7090.5670.6340.6771.000
A29 0.6800.6460.6080.6670.6040.6930.6480.6730.7160.5650.6500.6740.7021.000
A31 0.5570.6140.6820.6360.6710.4850.6080.6030.7000.6900.5920.7270.6490.6251.000
A36 0.6080.5900.6310.6150.6990.5990.5860.6330.6160.6000.5890.6430.6370.6950.6601.000
A38 0.5950.5880.6220.6210.5530.5640.5360.5820.6370.6320.5910.5860.6120.6580.6550.6801.000
A43 0.5860.6080.6900.6830.5850.6420.6460.6620.7200.6710.5600.6590.6400.6140.6810.6490.6731.000
A49 0.5580.5930.6290.6260.5450.6020.6380.6060.6770.5750.5830.6230.5900.6220.6010.6230.6310.6821.000
CJ2 0.5580.6360.5630.6210.5170.5190.5130.6180.6210.5520.6150.6440.5210.5850.5680.5560.6640.6780.6471.000
261 ACTAPRATACULTURAESINICA(2013) Vol.22,No.2
SRAP标记多态性丰富,相对于其他随机引物标记具有更高频率的共显性位点,是分子图谱构建的理想标记。本
试验首次利用SRAP标记对20个黑麦草品系进行了SRAP分析,结果表明SRAP标记在这20个黑麦草品系间
表现出了较高的多态性和稳定性。相比于本实验室前期利用RAPD(randomamplifiedpolymorphicDNA,随机
扩增多态性DNA标记)对黑麦草的分析来看,SRAP扩增结果的可重复性大大增加,不会随着实验条件的改变
产生较大改变。相比于SSR(simplesequencerepeats,简单重复序列)标记来看,SRAP标记的多态性较高[15,16],
而且SRAP标记具有同时扩增多个等位位点,一个标记所获得的遗传信息更多。因此,SRAP标记是黑麦草种质
资源研究的理想标记。
图2 20个黑麦草品系犛犚犃犘聚类图
犉犻犵.2 犇犲狀犱狉狅犵狉犪犿狅犳犝犘犌犕犃犮犾狌狊狋犲狉犪狀犪犾狔狊犻狊狅狀犛犚犃犘狅犳20狉狔犲犵狉犪狊狊犪犮犮犲狊狊犻狅狀狊
3.2 供试黑麦草品系间的遗传多样性
黑麦草饲用中主要是多花黑麦草和多年生黑麦草2个种,有学者认为这两者起源不一致[2]。本研究的20个
黑麦草品系中蓝天堂和长江2号都属于多花黑麦草,而引进的18个品系则属于多年生黑麦草,但UPGMA聚类
时并没有将2个多花黑麦草聚成一类,而是分散在不同的类群中。董晓宁等[17]和宁婷婷等[18]利用RAPD对多
年生黑麦草与多花黑麦草进行聚类,结果表明多花黑麦草也没有单独聚在一起,而是混杂在多年生黑麦草品种之
间。Rolandruiz等[19]用分子标记和形态学特征分别对16个黑麦草品系进行聚类,发现分子标记与形态学聚类
结果差别较大。这可能是因为表型的一致与否不一定能完全反映遗传关系。
另一方面,本研究的聚类结果有较高的可信度。试验中所有来源于地中海沿岸国家的黑麦草品系都聚在第
二类,而来源于阿尔及利亚的2个黑麦草品系都聚在第三类里。尤其是长江2号品种是我国自主选育的品种,它
与其他品种间存在着地域差异,因此与其他品系间的相似系数较低。
综合以上结果可以看出,多年生黑麦草与多花黑麦草有可能是同一个起源。当然由于本研究所使用的多花
黑麦草和多年生黑麦草的品系较少,因而对于这一问题还需要进一步研究。
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犌犲狀犲狋犻犮犱犻狏犲狉狊犻狋狔狅犳20狉狔犲犵狉犪狊狊犪犮犮犲狊狊犻狅狀狊犫狔犛犚犃犘犿犪狉犽犲狉狊
LIJieqin1,WANGLihua1,ZHANQiuwen1,ZHUKui1,LIUJingliang2,LIWanxiang2
(1.ColegeofPlantScienceandTechnology,AnhuiScienceandTechnologyUniversity,
Fengyang233100,China;2.AnhuiGoldenTuoLakeCrabLimited
Company,Wuhe233300,China)
犃犫狊狋狉犪犮狋:Sequencerelatedamplifiedpolymorphism(SRAP)markerswereusedtoanalyzethegeneticdiversity
among20ryegrass(犔狅犾犻狌犿)lines.Theresultsshowedthat765fragmentswereamplifiedby53primers.Poly
morphicbandswere597whichaccountedfor78.95%inthetotalamplifiedfragments.Thenumberofampli
fiedandpolymorphicfragmentswas14.43and11.26perprimer,respectively.Thegeneticsimilaritycoeffi
cientsrangedfrom0.485to0.727amongtheseryegrasslinesandtheaveragewas0.627.Usingunweighted
pairgroupmethodwitharithmeticmeans(UPGMA)clusteranalysisontheSRAPmarkers,theseryegrass
linescouldbedividedintofourgroupsbythethresholdof0.63.Two犔狅犾犻狌犿犿狌犾狋犻犳犾狅狉狌犿linescouldnotbe
clusteredintoagroupbutspreadin18犔狅犾犻狌犿狆犲狉犲狀狀犲lines.Inaddition,clusterresultswereconsistentwith
theresourcesoftheseryegrasslines.AlresultssuggestedthatSRAPmarkersweresuitablefortheresearchof
thegeneticdiversityonryegrass.
犓犲狔狑狅狉犱狊:ryegrasslines;SRAP;geneticdiversity;UPGMA
461 ACTAPRATACULTURAESINICA(2013) Vol.22,No.2