免费文献传递   相关文献

Genetic diversity of Miscanthus floridulus revealed by morphological characters and SSR markers

五节芒表型性状和SSR标记遗传多样性分析



全 文 :书五节芒表型性状和犛犛犚标记遗传多样性分析
薛德,肖亮,艾辛,邓念丹,蒋建雄,覃静萍,陈智勇,刘树玲,易自力
(湖南农业大学生物科学与技术学院,湖南 长沙410128)
摘要:本研究利用25个表型性状和33对SSR标记,对53份五节芒种质资源的遗传多样性进行了评价。表型性状
分析结果表明,25个表型性状在不同五节芒种质间表现出较大差异,变异系数的变化范围为6.53%~69.82%,其
中整株干重、三级花序数、二级花序数等性状变异较大,是造成表型差异的主要因素。表型聚类将53份供试材料
划分为3个类群,大部分材料聚在第Ⅲ类群内,但仍有部分材料独立成群。SSR标记分析结果表明,26对SSR引
物在53份五节芒中表现出多态性,这些多态性引物共产生81条DNA带,其中多态性条带为74条,占91.36%。
多态性信息含量(PIC)为0.086~0.374,平均为0.245。53份五节芒遗传相似性系数在0.6932~0.9659,平均遗
传多样性指数(H)为0.2587,Shannon信息指数(I)为0.4004。基于SSR分子标记的聚类分析表明,种质资源与
其地理分布并不存在明显的相关性。表型性状和SSR分子标记结果均表明五节芒种质具有丰富的遗传多样性。
关键词:五节芒;表型性状;SSR标记;遗传多样性
中图分类号:Q943  文献标识码:A  文章编号:10045759(2012)05009611
  五节芒(犕犻狊犮犪狀狋犺狌狊犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊)系禾本科(Poaceae)芒属(犕犻狊犮犪狀狋犺狌狊)的一个主要种,主要分布于亚洲东南
部太平洋诸岛至波利尼西亚等地区,在中国大陆主要分布于安徽、湖北、贵州、福建、江苏、广东、广西、江西、湖南、
海南等省[1]。早期关于五节芒的研究,主要集中在形态学分类、生物学和生态学特性、细胞学特征及生产应
用[112]等方面,近年来,由于五节芒具有生物质产量高、燃烧充分、灰分低等特性被认为极具开发潜力的能源植物
而引起全世界广泛的关注[2]。作为能源植物资源,五节芒遗传多样性研究是其开发和利用的基础。近期已有一
些关于五节芒遗传多样性方面的研究结果发表,但仅限于利用分子标记对局部地区五节芒进行遗传多样性分
析[13,14]。五节芒在自然界分布广、易杂交,造成其遗传背景复杂,利用不同标记对全国范围内的五节芒进行遗传
多样性评价,有利于更准确地揭示其遗传变异情况。因此,本研究利用表型性状结合SSR分子标记对采自中国
各地的53份五节芒种质资源的遗传多样性进行评价,以揭示五节芒种群中的遗传变异度,为五节芒种质资源的
合理保护和利用提供理论依据。
1 材料与方法
1.1 供试材料
本项目组曾对中国的五节芒野生种质资源的分布状况进行了系统的调查,并从不同地区收集了202份五节
芒种质资源,保存在湖南农业大学芒属植物种质资源圃内,并于2008年至2010年进行了3个年份的表型性状测
量。本研究从中选取53份材料进行表型性状和SSR标记遗传多样性研究。在SSR标记分析中加入2份南荻
(犕.犾狌狋犪狉犻狅狉犻狆犪狉犻狌狊)和2份芒(犕.狊犻狀犲狀狊犻狊)等近缘种作为外类群,供试材料见表1。
1.2 表型性状调查与分析
表型性状调查和数据采集方法参考《牧草种质资源描述规范和数据标准》[15]进行,每份材料随机取5个单株
进行测量,共测量25个表型性状。包括株高(plantheight)、旗叶长(flagleaflength)、旗叶宽(flagleafwidth)、
最大叶长(largestleaflength)、最大叶宽(largestleafwidth)、叶片数(leafnumberpertiler)、节数(nodenumber
pertiler)、第1节宽边直径(firstnodelongaxis)、第1节窄边直径(firstnodeshortaxis)、单茎干重(dryweight
96-106
2012年10月
   草 业 学 报   
   ACTAPRATACULTURAESINICA   
第21卷 第5期
Vol.21,No.5
收稿日期:20120104;改回日期:20120308
基金项目:国家自然科学基金项目(30971832)和美国孟德尔生物技术公司合作项目(SR0373)资助。
作者简介:薛德(1984),男,山东济宁人,在读硕士。Email:handle0000@163.com
通讯作者。Email:yizili889@163.com
pertiler)、含水量(moisturecontent)、花序长(paniclelength)、主轴长(paniclemainaxislength)、一级花序数
(firstclassbranchnumberofpanicle)、二级花序数(secondclassbranchnumberofpanicle)、三级花序数(third
classbranchnumberofpanicle)、芒长(awnlength)、基盘毛长(calushairlength)、颖长(grainlength)、颖宽
(grainwidth)、分蘖数(stemnumberperplant)、整株干重(dryweightperplant)、基部周长(basalcircumfer
ence)、出苗-始花天数(daysto10%flowering)、出苗-种子成熟天数(daystoseedmaturity)。
表1 供试材料
犜犪犫犾犲1 犘犾犪狀狋犿犪狋犲狉犻犪犾狊犳狅狉狋犺犻狊狊狋狌犱狔
序号
Sequencenumber
采集号
Accessionnumber
种名
Speciesname
采集地
Provincecity/county
经度
Latitude(°,E)
纬度
Longitude(°,N)
海拔
Altitude(m)
1 06023 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 广西贺州Guangxi,Hezhou 111.54 24.23 121
2 06028 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 广西贺州Guangxi,Hezhou 111.56 24.59 445
3 06052 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 广西桂林Guangxi,Guilin 109.86 22.56 887
4 02218 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 湖南古丈 Hunan,Guzhang 109.89 28.47 507
5 02201 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 贵州雷山Guizhou,Leishan 111.04 28.53 900
6 02220 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 湖南永顺 Hunan,Yongshun 109.98 28.85 514
7 02203 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 贵州雷山Guizhou,Leishan 108.17 26.35 740
8 02200 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 贵州雷山Guizhou,Leishan 110.00 28.57 717
9 05003 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 江西修水Jiangxi,Xiushui 114.22 28.99 146
10 04022 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 湖南浏阳 Hunan,Liuyang 113.57 28.18 330
11 02117 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 湖南郴州 Hunan,Chenzhou 113.20 25.88 152
12 02126 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 湖南宁远 Hunan,Ningyuan 112.03 25.55 250
13 00020 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 江西梅岭Jiangxi,Meiling 115.57 26.95 1650
14 02136 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 湖南蓝山 Hunan,Lanshan 112.15 25.50 339
15 04134 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 江苏大丰Jiangsu,Dafeng 120.45 33.18 2
16 04136 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 江苏连云港Jiangsu,Lianyungang 119.23 34.55 2
17 04132 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 江苏大丰Jiangsu,Dafeng 120.67 33.05 2
18 04127 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 江苏泰州Jiangsu,Taizhou 119.92 32.46 3
19 02131 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 湖南宁远 Hunan,Ningyuan 111.97 25.35 450
20 02112 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 湖南郴州 Hunan,Chenzhou 109.48 24.16 162
21 02120 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 湖南宁远 Hunan,Ningyuan 112.06 25.56 240
22 05027 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 江西景德镇Jiangxi,Jingdezhen 117.16 29.31 36
23 04036 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 陕西勉县Shanxi,Mianxian 106.63 33.16 630
24 06047 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 广西玉林Guangxi,Yulin 109.86 22.57 481
25 04068 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 湖南浏阳 Hunan,Liuyang 113.57 28.18 330
26 05028 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 江西婺源Jiangxi,Wuyuan 118.07 29.37 131
27 02029 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 广西金秀Guangxi,Jinxiu 110.01 24.08 718
28 02030 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 广西金秀Guangx,Jinxiu 110.02 24.10 755
29 02005 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 广西龙胜Guangxi,Longsheng 109.97 25.80 245
30 05081 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 湖北黄石 Hubei,Huangshi 115.04 30.21 60
31 04316 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 江西吉安Jiangxi,Ji’an 114.78 26.95 79
32 00075 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 湖南绥宁 Hunan,Suining 110.27 26.57 360
33 04336 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 江西南昌Jiangxi,Nanchang 116.62 27.53 94
79第21卷第5期 草业学报2012年
 续表1 Continued
序号
Sequencenumber
采集号
Accessionnumber
种名
Speciesname
采集地
Provincecity/county
经度
Latitude(°,E)
纬度
Longitude(°,N)
海拔
Altitude(m)
34 03160 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 广东连州Guangdong,Lianzhou 112.35 24.78 62
35 04425 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 湖北罗田 Hubei,Luotian 115.63 31.03 190
36 03117 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 广东梅县Guangdong,Meixian 116.22 24.32 29
37 03125 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 广东汕头Guangdong,Shantou 116.76 23.32 0
38 03067 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 福建三明Fujian,Sanming 117.54 26.17 152
39 05049 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 安徽繁昌Anhui,Fanchang 118.17 31.11 37
40 03123 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 广东汕头Guangdong,Shantou 116.70 23.33 -8
41 03121 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 广东梅县Guangdong,Meixian 116.39 24.40 400
42 04409 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 安徽金寨Anhui,Jinzhai 115.96 31.73 88
43 04414 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 安徽金寨Anhui,Jinzhai 115.72 31.20 490
44 04416 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 安徽金寨Anhui,Jinzhai 115.77 31.19 560
45 04419 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 湖北罗田 Hubei,Luotian 115.71 31.18 810
46 03020 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 福建宁德Fujian,Ningde 119.28 26.71 718
47 03016 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 福建宁德Fujian,Ningde 119.35 26.69 390
48 04423 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 湖北罗田 Hubei,Luotian 115.68 31.13 340
49 03034 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 福建福安Fujian,Fu’an 119.48 27.06 56
50 03030 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 福建福鼎Fujian,Fuding 120.19 27.10 413
51 03046 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 福建建欧Fujian,Jianou 118.55 27.12 155
52 03007 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 福建福清Fujian,Fuqing 119.53 25.62 1
53 04342 五节芒 犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 浙江金溪Zhejiang,Jinxi 121.72 29.94 91
54 04081 南荻犕.犾狌狋犪狉犻狅狉犻狆犪狉犻狌狊 湖南长沙 Hunan,Changsha 112.89 28.23 54
55 02110 南荻犕.犾狌狋犪狉犻狅狉犻狆犪狉犻狌狊 湖南华容 Hunan,Huarong 112.60 29.55 37
56 00067 芒犕.狊犻狀犲狀狊犻狊 四川达州Sichuan,Dazhou 107.51 31.23 515
57 00057 芒犕.狊犻狀犲狀狊犻狊 四川自贡Sichuan,Zigong 104.76 29.34 438
1.3 SSR分子标记分析
1.3.1 总DNA提取 提取基因组总DNA所取材料均为刚长出的幼叶,采用改良CTAB法制备模板DNA,琼
脂糖凝胶电泳检测其质量和浓度,并稀释到20ng/μL,冷藏备用。
1.3.2 PCR扩增 本研究中选用了33对玉米(犣犲犪犿犪狔狊)SSR引物和甘蔗(犛犪犮犮犺犪狉狌犿狅犳犳犻犮犻狀犪狉狌犿)EST-
SSR引物,其中玉米SSR引物为SigmaAldrich产品(St.Louis,MOUSA),而甘蔗EST-SSR引物序列由美
国Ilinois大学ErikSacks博士提供,由北京奥科生物技术有限公司合成(表2)。PCR扩增在BiometraTgradi
entPCR仪上进行。SSR-PCR反应体系为15μL,含有10×PCRbuffer1.5μL、25mmol/LMgCl21.5μL、
Primer1.2μL、10mmol/LdNTPs0.3μL、20ng/μL模板 DNA2μL、5U/μLTaq酶0.1μL。以上试剂均购
自广州东盛生物技术有限公司。PCR反应条件为:94℃预变性5min;94℃变性1min,52~62℃退火30s,72℃
延伸1min,35个循环;72℃延伸7min。PCR产物经12%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,银染显色后拍照。
1.4 数据处理
采用SPSS18.0软件进行表型性状数据的方差分析、主成分分析(PCA)和聚类分析(UPGMA)。将SSR标
记清晰可辨的电泳条带用于统计分析,在相同迁移率上,有扩增带的赋值为1,无扩增带的赋值为0。统计SSR
扩增的条带总数和多态性条带数,计算多态性位点百分率(PPB,percentageofpolymorphicbands),其中,PPB=
NPB/TNB,式中,NPB指多态性条带数(NPB,numberofpolymorphicbands),TNB指扩增总条带数 (TNB,
89 ACTAPRATACULTURAESINICA(2012) Vol.21,No.5
totalnumberofbands)。采用POPGENEversion1.31软件计算Shannon指数(I,Shannon’sinformationin
dex,Lewontin[1972])、基因多样性指数(H,Nei’s[1973]genediversity)、有效等位基因数(Ne,effectivenum
berofaleles),并计算引物多态性信息含量(PIC,polymorphisminformationcontent)。利用NTSYSpc2.1软
件计算SSR的遗传相似系数,并利用UPGMA法进行聚类分析,绘制树状聚类图。
表2 犛犛犚引物名称与序列
犜犪犫犾犲2 犛犛犚狆狉犻犿犲狉狊犲狇狌犲狀犮犲狊
引物编号Primers 正向序列(5′3′)/反向序列(5′3′)Sequenceofforwardprimer(5′to3′)/Sequenceofreverseprimer(5′to3′)
HAU2F/R ATCTCGTCTACCTAACCCACCCTC/CAGGTGAAGAATCTGGTGAGGTC
HAU3F/R GAAGTGGGGAACATGGTTAATGTC/TCACGGTTCAGACAGATACAGCTC
HAU10F/R TGCTGTGCAGTTCTTGCTTCTTAC/AGCTTCACGCTCTTCTAGACCAAA
HAU12F/R CACCAACGCCAATTAGCATCC/GTGGGCGTGTTCTCCTACTACTCA
HAU17F/R TGCCACTCAAGCCTTCTTTT/TTCTGATTGCAGTGCAGACC
HAU18F/R TTTTTCTTCTCACCATCACCTTCA/TGGCTTCAAAGAAGAGGAAACATC
HAU20F/R GTGAGGTGAAAATGAAGCTGGAAC/ACCATACCTCTCTGAACATGAGCC
HAU32F/R AGAACCTCCCGCTTGACGAC/ACCTCAACCTCGACCTCTGCAT
HAU45F/R GTGGTCACGACGAAATCCTT/TTGCAATCACACAGGTGGTT
HAU47F/R TCTCTGACTATTCCACGAGCTCAA/CTGGTGCGTGCTACAACTGTG
HAU52F/R TTATGAACGTGGTCGTGACTATGG/ATATCTGTCCCTCTCCCACCATC
HAU58F/R TAAAGCTATGATGGCACTTGCAGA/CATATTTGCCTTTGCCCTTTTGTA
HAU60F/R GCCTAGTCGCCTACCCTACCAAT/GTGTTCTTGATTGGGTGAGACAT
HAU101F/R ACCCCCTGATTCTCTCTTACGTTT/CTGGATGAGGAGGAAGAATACGAG
HAU130F/R GGACAGCTTGGCTTCGAGTG/ACGTTGGCCGTTAGTTCTTATCCT
HAU139F/R GAACTGCGAGACGGTGACCT/GAAGAGATCGGCTGAACAAGAGG
HAU170F/R ACAGAAACCAATGCATGTGATGAG/TGCATGGTTGCTTCAGCAGT
HAU182F/R TACAAGGAGGAGGCCGCTGT/ATCCAGTCTCCGGACTTCCAAC
HAU187F/R CCAGACATTCCCCAAACCCTA/CGTCGGTGTCGTACTGGTTG
HAU193F/R ATATTGTACAGGAGCAGCTGGGAC/GGAGGTCATGCGTGTAAATAGGTC
HAU196F/R TCAATCAAGCCTCTCGTAAGGAAC/CTCTTGATCTCAACCGAAATCCTG
HAU205F/R ACCGTCTCAGCAAAATGGTC/CCGCCTTCACTATGGTCAAT
HAU252F/R TTCCCTATCAACTTCCATCCTGAA/ATCTGAAGCCAACTGTGTTCATTG
HAU310F/R ATTATTGGTCACAGGCCCTACCTT/TTAGGCCCTCGTCTTGTAGACTTG
HAU348F/R TAGTCTAGCGTCGACGAAAAATGC/CAGGCGACGAAGATGAATTGAA
HAU351F/R GTCACTCGTCCGCATCGTCT/CCTAACTCTGCAAAGACTGCATGA
HAU372F/R GTAGAGATCGATTCGCTAACCTGC/AGTTGTTCCGTTCCGTCCTTATC
HAU379F/R AGCAGACGGAGGAAACAAGA/TCTCCCTCTCCCTCTTGACA
HAU383F/R CCACTTTGAGGCAAGTCAACA/CTTTCTTCATCTCGAGGCTCC
HAU384F/R ACAGGACTGCAGTGTCAGGAT/GGGTTTCTCAAACTCCTTTGG
HAU414F/R AACTAATTTGCATGGCAGCAT/GCGGACAAGCAAGTAGATGTG
HAU452F/R GGTGAACTCCAACAGAGATCG/TGGAGTGCAGTTTGCTTCTTT
HAU456F/R AAGCTGCGAGAGCAAGAGAC/CAGGTCGCCGTAGGTGTAGT
 注:HAU2~HAU379为玉米SSR引物;HAU383~HAU456为甘蔗SSR引物。
 Note:HAU2toHAU379aremaizeSSRprimers;HAU383toHAU456aresugarcaneSSRprimers.
99第21卷第5期 草业学报2012年
2 结果与分析
2.1 表型性状分析
2.1.1 表型性状变异分析 对五节芒种质资源的25个表型性状进行统计分析结果表明(表3),性状间变异系
数的平均值为32.61±18.11,变化范围为6.53(苗-种子成熟)~69.82(整株干重)。其中,变异幅度较大且变异
系数在60%以上的性状有3个:整株干重(69.82%)、三级花序数(65.78%)、二级花序数(64.76%)。25个表型
性状中整株干重变异最大,说明五节芒在生物质产量上存在较大变异。三级花序数和二级花序数变化次之,说明
五节芒花序分枝数适合作为一项分类依据来区分种内不同种质。25个表型性状中变异系数最小的3个为:含水
量(10.46%)、出苗至开花天数(6.98%)和出苗至种子成熟天数(6.53%)。五节芒含水量平均值达到54.59%,
且种群内变化幅度较小,印证了五节芒是宿根型常绿草本的生物特性。不同采集地纬度差别较大的五节芒野生
种质被移栽到同一地点后,通过观察发现它们的生育期基本保持一致,集中在每年6、7月份开花。这一现象说明
五节芒不易受光温等环境因素的影响,为人工杂交育种提供了便利。除此之外,与产量密切相关的性状如分蘖数
(55.01%)、单茎干重(46.67%)和基盘周长(46.61%)也是变化较大的性状,这些性状的变化幅度大说明五节芒
的产量及其产量构成因子的可塑性强,通过杂交育种和合理的栽培管理措施能达到理想的选择效果。
表3 五节芒种质资源表型特征及变异
犜犪犫犾犲3 犕狅狉狆犺狅犾狅犵犻犮犪犾犮犺犪狉犪犮狋犲狉犻狊狋犻犮狊犪狀犱狏犪狉犻犪狋犻狅狀狊犻狀犪犮犮犲狊狊犻狅狀狅犳犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊
表型性状Character 最大值 Maximum 最小值 Minimum 平均值 Mean 标准差S.D. 变异系数CV(%)
株高Plantheight(cm) 473.47 158.16 308.72 60.21 19.50
旗叶长Flagleaflength(cm) 41.50 6.30 25.24 9.27 36.73
旗叶宽Flagleafwidth(mm) 22.33 2.35 9.74 4.93 50.62
最大叶长Largestleaflength(cm) 125.33 51.00 96.56 17.23 17.84
最大叶宽Largestleafwidth(mm) 50.00 7.00 27.66 8.57 30.98
叶片数Leafnumberpertiler(No.) 33.95 6.37 13.75 5.18 37.67
节数Nodenumberpertiler(No.) 30.09 5.10 12.71 4.57 35.96
第1节宽边直径Firstnodelongaxis(mm) 12.97 3.19 8.38 2.03 24.22
第1节窄边直径Firstnodeshortaxis(mm) 12.56 2.34 7.41 2.03 27.40
单茎干重Dryweightpertiler(g) 97.57 7.53 45.15 21.07 46.67
含水量 Moisturecontent(%) 70.82 39.88 54.59 5.71 10.46
分蘖数Stemnumberperplant(No.) 454.00 26.00 176.32 96.99 55.01
整株干重Dryweightperplant(kg) 68.69 2.03 20.31 14.18 69.82
基部周长Basalcircumference(cm) 570.00 60.00 238.23 111.05 46.61
花序长Paniclelength(cm) 65.02 4.00 44.93 11.23 24.99
主轴长Paniclemainaxislength(cm) 56.90 9.64 36.21 8.50 23.47
一级花序数Firstclassbranchnumberofpanicle(No.) 110.16 31.62 69.97 15.85 22.65
二级花序数Secondclassbranchnumberofpanicle(No.) 274.38 0.00 77.27 50.04 64.76
三级花序数Thirdclassbranchnumberofpanicle(No.) 279.87 0.01 78.14 51.40 65.78
芒长Awnlength(mm) 7.73 0.02 5.22 1.50 28.74
基盘毛长Calushairlength(mm) 6.24 1.93 4.37 0.91 20.82
颖长Grainlength(mm) 5.34 2.34 3.41 0.49 14.37
颖宽Grainwidth(mm) 1.75 0.41 0.75 0.20 26.67
出苗-始花天数Daysto10%flowering(d) 117.00 85.00 94.02 6.56 6.98
出苗-种子成熟天数Daystoseedmaturity(d) 143.00 99.00 110.38 7.21 6.53
平均 Mean - - - - 32.61
001 ACTAPRATACULTURAESINICA(2012) Vol.21,No.5
2.1.2 基于表型性状的主成分分析与聚类分析 主成分分析表明(表4)特征值大于1的前7个主成分的累计
贡献率为74.908%。其中,第1主成分独立贡献率为13.909%,因子载荷最大的性状是第1节宽边直径(0.890)
和第1节窄边直径(0.885);第2主成分独立贡献为12.710%,因子载荷最大的性状是单株干重(0.872)、分蘖数
(0.845)和基部周长(0.775)。第3主成分独立贡献率12.538%,因子载荷最大的性状为三级花序数(0.829)、二
级花序数(0.816)和一级花序数(0.759);第4主成分独立贡献率10.881%,因子载荷最大的性状为花序长
(0.846)和主轴长(0.788);第5主成分独立贡献率为9.244%,因子载荷最大的性状是旗叶长(0.864)和旗叶宽
(0.717);第6主成分独立贡献率为9.083%,因子载荷最大的性状是基盘毛长(0.792)、芒长(0.761)、颖长
(0.609)和颖宽(0.555);第7主成分独立贡献率为6.544%,因子载荷最大性状仅含水量(-0.825)。这7个主
成分中,第1主成分由茎粗性状解释,第2主成分由产量及其构成因子解释,第3主成分由花序性状解释,第4主
成分由生育期性状解释,第5主成分由旗叶性状解释,第6主成分由小穗性状解释,第7主成分由含水量解释。
前3主成分解释力最高,包括产量构成因素及花序形态两类性状,与性状变异系数所反映的情况基本吻合。
表4 五节芒表型性状前7个主成分的特征量和贡献率
犜犪犫犾犲4 犜犺犲犮狅犿狆狅狀犲狀狋狊犮狅狉犲狊犮狅犲犳犳犻犮犻犲狀狋犿犪狋狉犻狓,犲犻犵犲狀狏犪犾狌犲犪狀犱犮狅狀狋狉犻犫狌狋犻狏犲狆犲狉犮犲狀狋犪犵犲狅犳狆狉犻狀犮犻狆犪犾狅犳犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊
表型性状
Character
第一主成分
P1
第二主成分
P2
第三主成分
P3
第四主成分
P4
第五主成分
P5
第六主成分
P6
第七主成分
P7
株高Plantheight(cm) 0.188 0.528 0.126 0.394 0.156 0.086 0.384
旗叶长Flagleaflength(cm) 0.044 0.001 -0.050 0.277 0.864 -0.081 0.022
旗叶宽Flagleafwidth(mm) 0.004 0.264 -0.158 0.102 0.717 -0.083 0.102
最大叶长Largestleaflength(cm) 0.512 0.279 -0.275 0.102 0.103 0.020 0.401
最大叶宽Largestleafwidth(mm) 0.515 0.492 -0.127 0.319 0.069 -0.004 0.065
叶片数Leafnumberpertiler(No.) 0.551 0.172 -0.019 -0.491 -0.358 -0.303 0.250
节数Nodenumberpertiler(No.) 0.580 0.213 -0.060 -0.440 -0.343 -0.323 0.229
第1节宽边直径Firstnodelongaxis(mm) 0.890 0.121 -0.060 0.180 0.114 0.130 0.055
第1节窄边直径Firstnodeshortaxis(mm) 0.885 0.233 -0.068 0.122 0.109 0.163 0.012
单茎干重Dryweightpertiler(g) 0.278 0.417 -0.007 0.184 0.187 0.025 0.374
整株干重Dryweightperplant(kg) 0.229 0.161 -0.010 -0.002 -0.030 -0.229 -0.825
含水量 Moisturecontent(%) 0.065 0.845 -0.088 -0.014 0.191 0.057 -0.009
分蘖数Stemnumberperplant(No.) 0.270 0.872 -0.062 0.108 0.160 0.001 -0.149
基部周长Basalcircumference(cm) 0.066 0.775 0.131 0.021 -0.168 0.012 0.240
花序长Paniclelength(cm) 0.013 0.087 -0.006 0.846 0.222 0.055 0.118
主轴长Paniclemainaxislength(cm) 0.159 0.153 -0.309 0.788 0.206 -0.090 0.082
一级花序数Firstclassbranchnumberofpanicle(No.)-0.165 0.015 0.759 -0.158 0.112 0.038 -0.065
二级花序数Secondclassbranchnumberofpanicle(No.)-0.083 0.004 0.816 -0.049 -0.407 -0.015 -0.029
三级花序数Thirdclassbranchnumberofpanicle(No.) -0.075 0.007 0.829 -0.058 -0.387 -0.036 -0.030
芒长Awnlength(mm) 0.195 -0.064 -0.054 -0.078 0.008 0.761 0.171
基盘毛长Calushairlength(mm) 0.172 0.163 -0.005 0.218 -0.128 0.792 0.290
颖长Grainlength(mm) -0.113 -0.065 0.580 -0.047 0.085 0.609 0.047
颖宽Grainwidth(mm) -0.224 0.150 0.036 0.026 -0.409 0.555 -0.205
出苗-始花天数Daysto10%flowering(d) 0.456 -0.046 0.523 0.432 -0.025 0.156 0.193
出苗-种子成熟天数Daystoseedmaturity(d) 0.288 0.000 0.564 0.477 0.048 0.177 0.271
特征值Eigenvalue 3.477 3.178 3.135 2.720 2.311 2.271 1.636
独立贡献率Individualpercent(%) 13.909 12.710 12.538 10.881 9.244 9.083 6.544
累计百分率 Accumulatedpercent(%) 13.909 26.619 39.157 50.038 59.281 68.364 74.908
101第21卷第5期 草业学报2012年
图1 53份五节芒表型性状的聚类分析
犉犻犵.1 犇犲狀犱狉狅犵狉犪犿狅犳53犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊犱犲狉犻狏犲犱犫狔犝犘犌犕犃犳狉狅犿狋犺犲狆犺犲狀狅狋狔狆犲犱犪狋犪
  基于表型性状的聚类结果(图1)表明,53份五节芒可划分为3大类群:第Ⅰ聚类组只有1份材料,出苗-开
花天数为117d,属于迟花类型,无2级以上花序,花序持久小穗部分易脱落;第Ⅱ聚类组包括6份材料,出苗-开
花天数在91~100d,属于中花类型,2级以上花序数少,花序能持久但小穗易脱落;第Ⅲ聚类组包括46份材料,
其出苗-开花的天数为85~90d,属于早花类型,花序形态为2级以上花序数多,花序易断小穗易脱落。
2.2 SSR标记分析
2.2.1 SSR标记的多态性分析 33对SSR引物对53份五节芒进行PCR扩增,部分材料的扩增图谱如图2所
示,其中26对引物具有多态性。26对SSR引物扩增结果见表5。26对SSR引物共扩增出81条DNA带,平均
每对引物扩增3.12条DNA带,各引物扩增出的条带数在1~8。多态性条带74条,平均每对引物2.85条,引物
的平均多态性比率(PPB)为91.36%。不同的引物所揭示的供试材料的多态性信息含量(PIC)范围为0.086~
0.374,平均为0.245。结果表明SSR分子标记在五节芒中具有良好的多态性,可以用于五节芒种质间遗传多样
性分析。各引物所解释的遗传多样性存在一定的差异,53份五节芒遗传多样性指数在0.0611~0.4912,平均为
0.2587,有效等位基因数在1.0648~1.9654,平均为1.4172,Shannon信息指数为0.1266~0.6843,平均为
0.4004,表明53份五节芒间遗传分化丰富(表5)。
201 ACTAPRATACULTURAESINICA(2012) Vol.21,No.5
表5 犛犛犚引物的多态性
犜犪犫犾犲5 犜犺犲狆狅犾狔犿狅狉狆犺犻狊犿狅犳犛犛犚狆狉犻犿犲狉狊
引物编号
Primers
扩增总条带数
TNB
多态性条带
NPB
多态性比率
PPB(%)
多态性信息含量
PIC
有效等位基因数
Ne
基因多样性指数

Shannon’s信息
指数I
HAU456 1 1 100 0.362 1.9053 0.4751 0.6681
HAU452 1 1 100 0.208 1.3106 0.2370 0.4001
HAU414 3 2 66.67 0.086 1.0684 0.0611 0.1266
HAU384 5 5 100 0.273 1.6048 0.3457 0.5117
HAU383 2 2 100 0.306 1.6363 0.3813 0.5671
HAU379 5 5 100 0.225 1.4748 0.2797 0.4266
HAU372 3 3 100 0.206 1.4053 0.2525 0.3876
HAU351 1 1 100 0.370 1.9654 0.4912 0.6843
HAU205 3 2 66.67 0.290 1.4093 0.2407 0.3612
HAU196 2 1 50.00 0.374 1.4999 0.2500 0.3466
HAU193 8 7 87.50 0.200 1.2756 0.2017 0.3376
HAU187 2 2 100 0.296 1.5689 0.3626 0.5487
HAU170 5 5 100 0.159 1.2988 0.1918 0.3076
HAU130 3 3 100 0.228 1.4775 0.2821 0.4384
HAU101 4 3 75.00 0.294 1.4654 0.2756 0.4118
HAU60 2 2 100 0.148 1.2060 0.1645 0.2969
HAU58 4 3 75.00 0.218 1.2930 0.1951 0.3116
HAU52 3 3 100 0.149 1.3593 0.1915 0.2923
HAU47 3 3 100 0.235 1.4255 0.2816 0.4455
HAU45 4 4 100 0.300 1.6001 0.3712 0.5571
HAU20 3 3 100 0.205 1.3141 0.2346 0.3946
HAU18 3 3 100 0.187 1.2954 0.2155 0.3612
HAU17 5 4 80.00 0.232 1.3617 0.2278 0.3471
HAU12 3 3 100 0.195 1.3276 0.2292 0.3739
HAU10 2 2 100 0.346 1.8272 0.4482 0.6395
HAU2 1 1 100 0.296 1.5689 0.3626 0.5487
总计Total 81 74 - 6.378 - - -
平均 Mean - - 91.36 0.245 1.4172 0.2587 0.4004
2.2.2 基于SSR标记的遗传相似性和聚类分析 对扩增结果,计算其相似性系数和遗传距离。结果表明,53
份五节芒遗传相似性系数为0.6932~0.9659,变幅为0.2727,其遗传距离为0.0301~0.3039,变幅为
0.2738。其中,采自贵州雷山(7、8)2份材料之间的遗传相似性系数最大(0.9659),其遗传距离最近(0.0301),
表明这2份材料亲缘关系很近;采自江西南昌(33)与采自安徽金寨(43),相似性系数最小(0.6932),其遗传距离
最远(0.3039),表明这2份材料之间亲缘关系较远。分析结果表明,供试53份五节芒之间差异明显,具有相对
较远的亲缘关系。
2.2.3 基于SSR标记的聚类分析 基于遗传相似性系数,利用UPGMA法(非加权类平均法)构建了53份五节
芒材料间的聚类图(图3)。在相似性系数为0.79的水平上,可将供试材料分为8个聚类组。其中,第Ⅰ、Ⅱ聚类
组分别为2份南荻和2份芒,为外类群。第Ⅲ聚类组有2份材料,分别采自江西修水(9)和安徽金寨(43)。第Ⅳ
聚类组中包括2份材料,分别采自福建宁德(47)和安徽繁昌(39)。第Ⅴ聚类组中包括3份材料,分别采自浙江洞
头(6)、福建福安(49)和浙江金溪(53)。第Ⅵ聚类组中只有1份材料,采自安徽金寨(42)。第Ⅶ聚类组中包括2
301第21卷第5期 草业学报2012年
图2 犎犃犝12扩增产物部分电泳图
犉犻犵.2 犃狀犪犿狆犾犻犳犻犮犪狋犻狅狀狆狉狅犳犻犾犲狌狊犻狀犵犛犛犚狆狉犻犿犲狉狆犪犻狉犎犃犝12
图3 53份五节芒犛犛犚标记的犝犘犌犕犃聚类分析
犉犻犵.3 犇犲狀犱狉狅犵狉犪犿狅犳53犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊犱犲狉犻狏犲犱犫狔犝犘犌犕犃犳狉狅犿犛犛犚犿犪狉犽犲狉
401 ACTAPRATACULTURAESINICA(2012) Vol.21,No.5
份材料,分别采自广西贺州(2)和湖南郴州(20)。其余的43份材料聚为第Ⅷ聚类组。对第Ⅷ聚类组的43份材料
进行分析,在相似性系数为0.84的水平上,43份材料可分为6个亚组。A亚组中共有5份材料,其中3份采自
湖南(11、19、32),1份采自广西(1),1份采自江苏(19)。B亚组中包括15份材料,其中3份采自贵州(5、7、8),3
份采自广西(24、29、27),2份采自广东(41、40),2份采自福建(46、51),2份采自湖北(45、48),2份采自江西(31、
33),1份采自浙江(4)。C亚组中包括10份材料,其中5份采自湖南(10、25、21、12、14),3份采自江苏(15、16、
17),1份采自福建(52),1份采自安徽(44)。D亚组中只有1份材料,采自湖北黄石(30)。E亚组包括8份材料,
其中2份采自广西(3、28),2份采自福建(38、50),3份采自广东(34、37、36),1份采自湖北(35)。F亚组包括4
份材料,其中3份采自江西(13、22、26),1份采自陕西(23)。聚类结果显示,不同地区的材料具有一定的相似性,
聚为一组。相同地理来源的材料遗传变异较大,供试材料与其最初的地理来源及地理分布并不存在明显的相关性。
3 讨论
本研究利用表型性状和SSR标记研究了53份五节芒的遗传多样性。结果表明,这53份五节芒在表型性状
水平和DNA分子水平上均具有丰富的遗传多样性。表型性状是基因和环境共同作用的结果,本研究将不同地
理来源的五节芒种植于同一地点(湖南农业大学芒属植物种质资源圃),使其生长在相同生境下,消除环境饰变的
影响,以了解由基因决定的表型性状的变异情况。但基于表型性状数据的聚类结果与SSR标记聚类结果并不完
全一致。造成这一结果的原因可能是:1)表型性状的检测水平有限,特别是一些数量性状呈连续变化,很难将不
同的材料分类。2)表型性状包括形态性状、生理性状、生殖性状等方面,范围十分广泛,本研究所选取的25个表
型性状,只能在一定程度上揭示其表型多样性。3)本研究所选SSR引物并不能揭示整个基因组的变异情况,且
有些发生在DNA水平的变异不一定造成表型性状的改变,比如内含子的变异。53份五节芒遗传相似性系数在
0.6932~0.9659,遗传多样性指数H=0.2587,Shannon信息指数I=0.4004。结果表明,SSR分子标记可用
于五节芒遗传多样性分析,53份五节芒在DNA水平上具有丰富的遗传多样性。
SSR分子标记因其具有大量的等位差异,多态性十分丰富,目前已广泛应用于多种植物的遗传多样性研究
中[1622]。而且SSR标记具有一定的通用性,Peakal等[23]研究了31对大豆(犌犾狔犮犻狀犲犿犪狓)SSR引物在属内和属
间的通用性,结果表明SSR引物通用性仅限于属内种间和亲缘关系较近的属间。本研究中所选33对玉米和甘
蔗SSR引物中有26对在五节芒中有多态性。26对多态性引物共扩增81条DNA带,平均每对引物扩增3.12
条DNA带,其中多态性条带74条,多态性比率为91.36%,多态性信息含量(PIC)范围为0.086~0.374,平均为
0.245。表明玉米和甘蔗SSR引物在五节芒中有较高的通用性。
刁英等[13]曾对ISSR和SRAP两种分子标记在五节芒中的分析效率进行了研究,两种标记的遗传多样性指
数、Shannon信息指数、多态条带比率分别是0.2974、0.4525、95.15%和0.1866、0.3018、84.97%。吴安迪
等[14],刁英等[13]均利用ISSR分子标记分别对五节芒进行分析,获得的五节芒遗传相似性系数分别为0.4673~
0.8318和0.67~0.95。以上结果表明,如果供试材料不同或者所用遗传标记不同,所获得的五节芒遗传多样性
的结论会存在一定的差异。因此,为更准确地了解五节芒的遗传变异情况,应用不同的遗传标记对五节芒进行分
析是有必要的。
参考文献:
[1] ChenSL,RenvoizeSA.MiscanthusAndersson.FloraofChina(Vol.22)[M].Beijing:SciencePress,andSt.Louis:Mis
souriBotanicalGardenPress,2006:581583.
[2] 宁祖林,陈慧娟,王珠娜,等.几种禾本热值和灰分动态变化研究[J].草业学报,2010,19(2):241247.
[3] 陈慧娟,张卓文,宁祖林,等.施肥对五节芒热值和表型性状的影响[J].草业科学,2009,26(8):6367.
[4] 陈少风,何俊,周朴华,等.芒和五节芒的核型研究[J].江西农业大学学报,2008,30(1):123126.
[5] 秦建桥,夏北成,赵鹏.五节芒不同种群对Cd污染胁迫的光合生理响应[J].生态学报,2010,30(2):288299.
[6] 迟光宇,刘新会,刘素红,等.大坞河流域重金属污染与五节芒光谱效应关系研究[J].生态环境,2005,14(4):549554.
[7] 王江,张崇邦,常杰等.五节芒对重金属污染土壤微生物生物量和呼吸的影响[J].应用生态学报,2008,19(8):18351840.
[8] 张崇邦,王江,王美丽.尾矿砂堆积地五节芒自然定居对土壤微生物生物量、呼吸速率及酶活性的影响[J].植物营养与肥料
学报,2009,15(2):386394.
501第21卷第5期 草业学报2012年
[9] 张崇邦,王江,柯世省,等.五节芒定居对尾矿砂重金属形态、微生物群落功能及多样性的影响[J].植物生态学报,2009,
33(4):629637.
[10] 萧运峰,高洁.五节芒的分化类型及生产性状的比较研究[J].四川草原,1998,(1):2123.
[11] 丁明辉.五节芒栽培茶薪菇试验[J].食用菌,2009,(1):24.
[12] 刘叶高.五节芒栽培杏鲍菇等三种珍稀食用菌试验研究[J].现代园艺,2006,(7):45.
[13] 刁英,胡小虎,郑兴飞,等.利用SRAP和ISSR标记分析五节芒(犕犻狊犮犪狀狋犺狌狊犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊)的遗传多样性[J].武汉大学学报,
2010,56(5):578583.
[14] 吴安迪,黄小龙,黄东益.利用ISSR标记分析海南岛五节芒的遗传多样性[J].中国农学通报,2011,27(24):9397.
[15] 李志勇,王宗礼,师文贵,等.牧草种质资源描述规范和数据标准[M].北京:中国农业出版社,2005:938.
[16] 徐雁鸿,关建平,宗绪晓.豇豆种植资源SSR标记遗传多样性分析[J].作物学报,2007,33(7):12061209.
[17] DikshitHK,JiangT,SinghNK,犲狋犪犾.Geneticdifferantiationof犞犻犵狀犪speciesbyRAPD,URPandSSRmakers[J].Bio
logiaPlantarum,2007,51(3):451457.
[18] RenFG,LuBR,LiSQ,犲狋犪犾.AcomparativestudyofgeneticrelationshipsamongtheAAgenome犗狉狔狕犪speciesusing
RAPDandSSRmakers[J].TheoreticalandAppliedGenetics,2003,108:113120.
[19] HuangKH,ChiangTY,ChiuCT,犲狋犪犾.Isolationandcharacterizationofmicrosatelitelocifromapotentialbiofuelplant
犕犻狊犮犪狀狋犺狌狊狊犻狀犲狀狊犻狊(Poaceae)[J].ConservationGenetics,2009,10:13771380.
[20] MaKH,KimNS,LeeGA,犲狋犪犾.DevelopmentofSSRmarkersforstudiesofdiversityinthegenusFagopyrum[J].Theo
reticalandAppliedGenetics,2009,119:12471254.
[21] 鄢家俊,白史且,张新全,等.青藏高原东南缘老芒麦自然居群遗传多样性的SRAP和SSR分析[J].草业学报,2010,
19(4):122134.
[22] 陈永霞,张新全,谢文刚,等.利用ESTSSR标记分析西南扁穗牛鞭草种质的遗传多样性[J].草业学报,2011,20(6):
245253.
[23] PeakalR,GilmoreS,KeysW,犲狋犪犾.Crossspeciesamplicationofsoybean(犌犾狔犮犻狀犲犿犪狓)simplesequencerepeats(SSRs)
withinthegenusandotherlegumegeneraimplicationsforthetransferabilityofSSRsinplants[J].MolecularBiologyandEvo
lution,1998,15(10):12751287.
犌犲狀犲狋犻犮犱犻狏犲狉狊犻狋狔狅犳犕犻狊犮犪狀狋犺狌狊犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊狉犲狏犲犪犾犲犱犫狔犿狅狉狆犺狅犾狅犵犻犮犪犾犮犺犪狉犪犮狋犲狉狊犪狀犱犛犛犚犿犪狉犽犲狉狊
XUEDe,XIAOLiang,AIXin,DENGNiandan,JIANGJianxiong,QINJingping,
CHENZhiyong,LIUShuling,YIZili
(ColegeofBioscience&Biotechnology,HunanAgriculturalUniversity,Changsha410128,China)
犃犫狊狋狉犪犮狋:Inthisstudy,atotalof25morphologicalcharactersand33SSRmarkerswereusedtorevealthege
neticdiversityin53accessionsof犕犻狊犮犪狀狋犺狌狊犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊germplasmsfromChina.Alof25morphologicalchar
actersdisplayedsignificantdifferenceinthese犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊germplasms,withacoefficientofvariationranging
from6.53%to69.82%,inwhichthedryweightperplant,thethirdclassbranchnumberofpanicleandthe
secondclassbranchnumberofpaniclewerewiththehighestCVvaluesandwerethemajorfactorsresponsible
formorphologicalvariation.Clusteringanalysisbasedonmorphologicaldatashowedthat53犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊
germplasmsweredividedintothreegroups,andmostofwhichwereclusteredintothethirdgroup.SSRanaly
sisshowedthat26of33primerpairswerepolymorphicwhichgeneratedatotalof81DNAfragments,with74
ofwhichbeingpolymorphic.Thepolymorphicinformationcontent(PIC)foreachSSRprimerrangedfrom
0.086to0.374withanaverageof0.245,thegeneticsimilaritycoefficientsfrom0.6932to0.9659,thegene
diversityofNei’s(H)0.2587,andtheaverageinformationindexofShannon(I)0.4004.SSRmarkercluste
ringanalysisbasedonSSRdataindicatedthattherewasnodirectcorrelationbetweenthegeneticdistanceand
thegeographicdistancefor犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊germplasms.BothSSRandmorphologicalanalysessuggestedahigh
ergeneticdiversityexistinginthe犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊germplasms.
犓犲狔狑狅狉犱狊:犕犻狊犮犪狀狋犺狌狊犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊;morphologicalcharacters;SSRmakers;geneticdiversity
601 ACTAPRATACULTURAESINICA(2012) Vol.21,No.5