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Cloning and Expression Analysis of ChWRKY2 from Corylus heterophylla under Low Temperature Stress

平榛ChWRKY2转录因子的克隆及在低温胁迫下的表达分析



全 文 :林业科学研究 2012,25(2):144 149
ForestResearch
  文章编号:10011498(2012)02014406
平榛 ChWRKY2转录因子的克隆及在低温
胁迫下的表达分析
赵天田,王贵禧,梁丽松,马庆华,陈 新
(林木遗传育种国家重点实验室,中国林业科学研究院林业研究所,北京 100091)
收稿日期:20111227
基金项目:国家“十一五”科技支撑计划“高产优质大枣、榛子新品种选育”(2006BAD01A1701);国家林业局“948”项目“榛子特异性状
育种材料及微繁技术引进”(2008204208)
作者简介:赵天田(1984—),男,博士,主要从事榛子抗逆基因方面的研究,Email:zhaotian1984@163.com
通讯作者: 王贵禧,研究员,Email:wanggx0114@126.com
摘要:根据平榛花芽转录本高通量测序的结果,采用RACEPCR技术克隆到一个全长675bp,编码179个氨基酸的
平榛WRKY基因,命名为ChWRKY2。ChWRKY2蛋白序列中只含有一个 WRKY结构域,锌指结构为 CX4CX23H
X1H,属于WRKY家族第Ⅱ类成员。对ChWRKY2基因进行实时荧光定量PCR表达分析,结果表明:平榛雌花芽中
ChWRKY2在12月份的表达量最高,随后表达量逐渐下降。4℃低温胁迫处理根蘖苗4h后,叶片中ChWRKY2的表
达量快速升高,并在8h达到最大表达量。此外,ChWRKY2在不同器官中的表达具有差异性,雄花序中表达量最高,
其次是雌花芽,树皮(韧皮部)中表达量最低。
关键词:平榛;WRKY基因;克隆;序列分析;实时荧光定量PCR
中国分类号:S718.46 文献标识码:A
CloningandExpressionAnalysisofChWRKY2fromCorylusheterophyla
underLowTemperatureStress
ZHAOTiantian,WANGGuixi,LIANGLisong,MAQinghua,CHENXin
(StateKeyLaboratoryofTreeGeneticsandBreeding,ResearchInstituteofForestry,ChineseAcademyofForestry,Beijing 100091,China)
Abstract:Accordingtothehighthroughputsequencingresultsofhazelnutbuds,a675bpfragment,ChWRKY2,
whichencodedapolypeptideof179aminoacidswasobtainedthroughRACEPCR.Thededucedproteinsequence
showsthatthisproteinbelongstothesecondgroupofWRKYfamilyandthezincfingerstructureisCX4CX23H
X1H.TheChWRKY2expressioninhazelnutbudswasanalyzedundernaturalconditionsandtheresultdisplayed
thattheexpressionlevelwasthehighestinDecemberandthendecreased.ChWRKY2inleaveswererapidlyand
highlyinducedwhensuckerswereexposedtolowtemperaturesof4℃,ChWRKY2wereactivatedat8hreachinga
peak.thespatialexpressionanalysisrevealedthatthetranscriptionlevelofChWRKY2wasrelativelyhigherinmale
inflorescencethanthatinbudandbarktissues.
Keywords:CorylusheterophylaFisch.;WRKYgene;cloning;sequenceanalysis;realtimePCR
  植物转录因子的研究已经成为现今植物基因功
能研究的一个重点,WRKY转录因子作为重要的一
个转录因子超家族,除了参与植物的生长发育及物
质代谢途径,在抗病毒、抗细菌等方面发挥重要的调
节作用外,还参与了应答环境信号刺激,如低温、高
盐、干旱等非生物胁迫逆境[1]。目前,在转录水平上
应用荧光定量PCR、基因芯片、转录谱及表达谱等方
法分析不同物种中 WRKY转录因子在不同胁迫下
第2期 赵天田等:平榛ChWRKY2转录因子的克隆及在低温胁迫下的表达分析
的表达模式与功能已经成为当今研究的热点。
WRKY的第1个转录因子是1994年在甘薯(Impoea
batatasL.)[2]上克隆得到的,随后在其它很多植物
中发现了 WRKY类转录因子。目前,WRKY基因
的研究主要集中在水稻、拟南芥、烟草等一些已经
完成测序的物种中[3],在木本植物中 WRKY的研
究较少。迄今为止,已报道的与非生物胁迫相关的
WRKY转录因子主要有 10个[4]。目前,平榛上
WRKY基因所介导的植物应答反应过程、逆境胁迫
下的反应凋控机制,尤其是低温胁迫下的调控机制
尚未见报道。
平榛为桦木科(Betulaceae)榛属(Corylus)植物,
是世界四大坚果(榛子、核桃、扁桃、腰果)之一,具
有极高的营养价值和经济价值,全世界约有16种,
我国作为重要的榛属植物资源国,原产8个种和2
个变种,其中平榛(CorylusheterophylaFisch.)是我
国特有的重要的榛属抗寒种质资源,可抗冬季 -48
℃的极端低温,而国外种植较广泛的欧榛(C.avel
lanaL.)以及我国东北、华北地区大面积发展的平
欧杂交榛(C.heterophylaFisch.×Corylusavelana
L.)的抗寒能力较差,低温以及霜冻等会造成花芽
枯死、雄花序抽干、枝条枯梢等现象[5-6],从而影响
坚果的产量造成经济损失。本研究选择平榛花芽为
实验材料,通过 RACE克隆技术克隆得到一个平榛
WRKY基因,通过对克隆得到的基因在自然条件下
(秋天冬天春天)的表达特性进行了分析,并在人
工可控温度的光照培养箱中模拟低温胁迫条件,研
究平榛WRKY基因响应低温信号的作用机制,以便
为今后采用基因工程手段以及分子标记辅助育种方
法培育榛子抗寒新品种提供参考。
1 材料与方法
1.1 实验材料及处理
在河北木兰围场国有林场(116°32′ 118°14′
E,41°35′ 42°40′N)成片的平榛林中,选择同一棵
母株上萌发的基因型一致的平榛为实验材料。
1.1.1 用于自然寒冷条件下 WRKY表达模式研究
的材料 分别于 2010年 11月 1日、12月 1日和
2011年1月1日、2月1日、3月1日取雌花芽,取材
后立即投入液氮冻干,随后保存于 -80℃冰箱。研
究自然条件下平榛WRKY基因的季节表达。在较为
寒冷的1月份分别取雌花芽、雄花序、树皮(韧皮
部),用于检测WRKY基因在平榛不同组织器官中的
表达情况。
1.1.2 用于人工控制的低温胁迫条件下 WRKY表
达模式研究的材料 参照 Rinne等[7]的方法,研究
在人工低温胁迫处理下 WRKY基因的表达情况,将
基因型一致的平榛根蘖苗培育苗龄3个月后,放入
光照培养箱中进行适应(光照强度 100μmol·
m-2·s-1,光照时间16h/8h,湿度80% 90%,昼
夜温度分别为25、21℃),随后进行4℃低温胁迫处
理,分别在处理0、2、4、8、24h时采集叶位相同的叶
片(完全展开的第4 5片叶)[8],用于研究 WRKY
基因在人工低温胁迫处理下的表达模式。
1.2 方法
1.2.1 ChWRKY2基因的克隆与序列分析 选择寒
冬(1月份)平榛的雌花芽为材料,提取 RNA,使用
SolexaSequencing测序技术对转录本进行测序。分
析测序结果,从中筛选得到几个类似 WRKY基因的
片段,通过NCBI上的Blast比对结果进行分析,选择
一条编号为Unigene9262的可能与响应低温有关的
基因片段进行研究。平榛总 RNA提取采用 CTAB
法[9],利用SMARTTMRACE试剂盒进行反转录得到
第一链,然后用于基因的 RACE克隆。根据筛选到
的基因片段用 Primer5设计扩增3’方向的引物 P1
和5’方向的引物P2(表1),根据RACE试剂盒中的
说明书采用 TouchdownPCR程序进行 cDNA扩增,
PCR产物采用天根的凝胶回收试剂盒回收,连接
pMD19TVector并转化感受态细胞,蓝白斑筛选阳
性克隆,经过菌落 PCR检测正确后,送北京华大生
物技术公司进行测序。
利用 DNAMAN(6.0DEMO)软件对 5’和 3’
RACE结果进行拼接,得到全长cDNA序列。测序结
果在GenBank网站上进行在线 Blast分析,用 NCBI
提供的 ORFFinder找到开放阅读框(openreading
frame,ORF)及其编码的氨基酸序列。克隆得到基
因编码的蛋白分子量、理论等电点及保守结构域等
预测通过软件 ProtParam(htp://www.expasy.org)
进行。采用DNAMAN软件进行多重序列比对,使用
Mega4软件进行系统进化树分析。亚细胞定位预测
分析使用在线软件 WolfPsort(htp://wolfpsort.
org/)进行。
1.2.2 荧光定量PCR表达分析 提取不同处理材
料的总 RNA,反转录合成 cDNA第一链作为实时荧
光定量PCR的模板。根据荧光定量 PCR引物设计
原则设计一对特异引物 WRKYQRF和 WRKYQRR
541
林 业 科 学 研 究 第25卷
(表1)。以本课题组前期比较筛选后低温胁迫下稳
定性较好的 Actin基因(GenBankaccessionnumber
HQ677569)为内参,设计其特异引物 ActinF和 Ac
tinR(表1),扩增片段为101bp,进行实时荧光定量
PCR表达分析。参考周琳等[10]的方法,并参照荧光
定量试剂盒 SYBRPrimeScriptTMRTPCRKit的说明
书,反应在ABI7500实时定量 PCR仪上进行。荧光
定量PCR扩增体系为:cDNA模板2μL,特异引物
(10μmol)和50×ROXReferenceDyeI各0.4μL,2
×SYBRPremixExTaqTM10μL,加 RNasefree至20
μL。试验结果利用 CFXManagerTM Software软件分
析实验数据。
表1 ChWRKY2克隆以及实时荧光定量表达分析引物
引物 所使用引物序列 引物作用
P1 5′GCTTTGTGGGGTCCGAAACTGATGC3′ 3′末端扩增
P2 5′TGCATCAGTTTCGGACCCCACAAAG3′ 5′末端扩增
WRKYQRF 5′ATGTCGGAGATGGATGCTCCTGTT3′ 荧光检测ChWRKY2的表达
WRKYQRR 5′TTTGCATCAGTTTCGGACCCCAC3′
ActinF 5′TGGTCAAGGCTGGGTTTGC3′ 扩增内标,101bp
ActinR 5′CTGACCCATCCCAACCATGA3′
2 结果与分析
2.1 平榛ChWRKY2全长克隆及序列分析
以平榛花芽的 cDNA为模板,根据平榛雌花芽
转录本高通量测序结果中筛选得到的 Unigene9262
片段设计3′端特异引物,通过 RACEPCR扩增、产
物回收后,得到长度为350bp的3′末端(图1a)。5′
RACE引物是根据3′RACE扩增得到的片段设计的,
得到的片段长度为451bp(图1b)。所扩增得到的
3′RACE和5′RACE片段与转录谱库中的所筛选的
响应低温胁迫相关的 Unigene片段有共同重叠的区
域,这表明克隆所得到的是筛选基因的3′端与5′端。
利用RTPCR,获得1条675bp的序列,通过 NCBI
上的 Blast对比发现,获得的序列与 WRKY基因同
源,暂命名为 ChWRKY2。利用 NCBI提供的 ORF
Finder和在线软件ProtParam进行分析发现,该序列
包含1个537bp的开放阅读框,编码179个氨基酸,
分子量为20.4kD,理论等电点(pI)为9.77。生物信
息学分析如图 2所示:克隆的 ChWRKY2含有 1个
WRKY区域(图中斜体部分),1个C2H2锌指结构域
(CX4CX23HX1H,用虚下划线表示部分),属于
WRKY家族的第Ⅱ类[15]。应用 WolfPsort软件对
ChWRKY2基因进行亚细胞定位分析,发现 ChWRKY2
定位于细胞核,预测的数据如下:kusedforkNNis:14
queryProteindetailsnucl:12.0,chlo:1.0
a为ChWRKY23′RACE扩增产物,b为ChWRKY25′RACE扩增产物,M是DNA标准分子量DL2000。
图1 平榛ChWRKY2基因的PCR扩增电泳图
641
第2期 赵天田等:平榛ChWRKY2转录因子的克隆及在低温胁迫下的表达分析
起始密码子和终止密码子用下划线表示,WRKY保守域用斜体表示,锌指结构用虚下划线标出,
锌指结构的半胱氨酸和组氨酸用方框标出。
图2 ChWRKY2编码的氨基酸序列分析
2.2 ChWRKY2氨基酸序列同源性及系统进化发
育分析
将 ChWRKY2基因的氨基酸序列同其他物种
WRKY基因的氨基酸序列进行同源性分析。利用
DNAMAN软件对ChWRKY2基因的氨基酸序列及在
NCBI上选出的同源性较高的具有代表性的9条氨
基酸序列进行多重比对。结果发现:平榛与杨树
(PopulustomentosaACV92020)氨基酸序列的相似性
最高为65%,亲缘关系最近,其次是蔷薇科的苹果
(MalusdomesticaADL36856)为 57%,与玉米(Zea
maysACN34879)的相似性最低,仅为33%;但是,如
图3所示:保守结构域以及特征序列同源性很高。
在多重比对的基础上,使用 Mega4软件构建
ChWRKY2及上述9条氨基酸序列的系统进化树,以
研究ChWRKY2与其它植物 WRKY之间的进化关
系。从图4可以看出:平榛和杨树的关系较近,并与
蔷薇科的苹果聚到了一起;1年生草本植物大麦、小
麦、水稻位于一个分支,拟南芥、大豆以及玉米位于
另一个分类簇中;平榛与玉米的亲缘关系最远。
PtWRKY:杨树(Populustomentosa,ACV92020);MdWRKY:苹果(Malusdomestica,ADL36856);StWRKY:马铃薯(Solanumtuberosum,BAC23031);
HvWRKY:大麦(Hordeumvulgare,ABI13378);OsWRKY:水稻(Oryzasativa,ABA93855);TaWRKY小麦(Triticumaestivum,ABN43184);
GmWRKY:大豆(Glycinemax,ABC26915);AtWRKY:拟南芥(Arabidopsisthaliana,AF426251);ZmWRKY:玉米(Zeamays,ACN34879);下同.
图3 ChWRKY2保守性区域和其它的WRKY蛋白的同源性分析(ChWRKY2保守性区域用黑色标出)
741
林 业 科 学 研 究 第25卷
图4 平榛ChWRKY2和其它植物WRKY蛋白的系统进化树分析
2.3 qRTPCR分析ChWRKY2基因的时空表达
以Actin为内参,对平榛 ChWRKY2基因自然越
冬条件下在雌花芽中的表达情况和在4℃低温胁迫
条件下(0、2、4、8、24h)叶片中的表达模式进行了初
步的研究。如图5所示:在自然条件下11月份雌花
芽中ChWRKY2基因已经高丰度表达,12月份、次年
1月份ChWRKY2的表达量维持在较高的水平,2月
份表达量开始出现下降,3月份 ChWRKY2的表达量
降低明显,这可能与气温的升高有关。4℃人工低
温胁迫处理4h后,叶片中ChWRKY2基因的表达量
迅速上升,处理8h后达到最大的表达量(图5)。说
明ChWRKY2能够在低温胁迫的早期响应这一生理
过程。
图5 ChWRKY2基因在自然条件(雌花芽)以及低温4℃胁迫处理(叶片)不同时间下的表达模式
ChActin作为qRTPCR的内参基因。
图6 ChWRKY2在平榛不同组织中的表达
  采用实时荧光定量PCR的方法,用平榛的Actin
基因为内参,对平榛不同组织器官中的ChWRKY2表
达情况进行分析,结果(图 6)表明:在雄花序中,
ChWRKY2的表达量最高,其次为雌花芽,树皮(韧皮
部)中最低。虽然在平榛的雌花芽、树皮(韧皮部)
以及雄花序中都有ChWRKY2的表达,但不同组织器
官中表达量的差异表明 ChWRKY2在平榛中具有组
织表达特异性。
3 结论与讨论
WRKY转录因子是通过接受外界逆境胁迫信
号、调控相关逆境基因表达,进而引起植物体内一系
列生理变化的一类转录因子,在植物逆境胁迫信号
传导过程中具有重要作用[2];但是目前在平榛上
WRKY转录因子参与非生物胁迫的研究还未见报
道,大大限制了该类基因在榛属植物抗逆遗传改良
上的应用。本实验室利用华大的高通量测序技术对
平榛雌花芽冬季(1月份)的转录本进行了测序,并
筛选得到一个类似WRKY基因的片段。通过RACE
PCR方法成功克隆得到 WRKY的同源 基因
ChWRKY2,其编码的蛋白质含有WRKY家族保守的
WRKYGQK区域,具有1个 C2H2锌指结构域,根据
Eulgem等[11]的分类标准,属于 WRKY家族的第Ⅱ
类,目前发现的 WRKY蛋白大多数属于此类,较为
841
第2期 赵天田等:平榛ChWRKY2转录因子的克隆及在低温胁迫下的表达分析
保守。对 ChWRKY2氨基酸序列与其它植物的
WRKY氨基酸序列的多重比对发现,WRKYGQK区
域保守性最强。构建的系统进化树中,平榛 WRKY
最先与杨树、苹果聚合,同源基因关系较近,与大豆、
拟南芥及玉米等草本植物同源基因关系较远。这表
明ChWRKY2的同源基因所编码的氨基酸序列在进
化过程中既具有较强的保守性,又存在着不同植物
间的差异[12]。
对平榛根蘖苗进行4℃低温胁迫处理,在其它
条件都一致的情况下,胁迫处理4h后 WRKY基因
的表达迅速上调,处理 8h后达到最大值,这表明
ChWRKY2是响应低温胁迫的转录因子,并且可能是
早期应答低温信号的分子。在自然条件下,温度较
低的11月份、12月份及次年1月份 ChWRKY2也具
有较高的表达量,但温度回升的2、3月份的表达量
逐渐降低。付乾堂等[13]发现,拟南芥 AtWRKY25与
AtWRKY26在低温胁迫(4℃)和高温胁迫(42℃)下
的反应是一致的;但 AtWRKY33在低温胁迫下的表
达水平是先增加后降低,在42℃高温胁迫下表达量
却随处理时间的延长而逐渐降低,说明 AtWRKY33
在高温和低温处理后的表达模式是完全不同的,即
受高温的抑制而受低温的诱导。本研究中,
ChWRKY2在4℃下的表达趋势是和AtWRKY33相一
致的,自然条件下2、3月份气温回升,ChWRKY2的
表达量下降,这也与 AtWRKY33受高温抑制后的表
达情况相符合,因此,推测平榛 ChWRKY2也是一个
受低温诱导而受高温抑制的转录因子。ChWRKY2
在检测的3个不同组织中,雄花序中的表达量最高,
其次为花芽,最低表达部位为树皮(韧皮部),表明
ChWRKY2的空间表达具有特异性。平榛的雄花序
很少发生冻害,这也可能与ChWRKY2在雄花序中具
有较高的表达量有关。
根据 Asai[14]和 Kim等[15]的研究认为,WRKY
类转录因子是受丝裂原激活蛋白激酶的调节
(MAPK),通过植物体内的 MAP激酶级联系统将外
界各种诱导因素的信号传递到细胞内并激活WRKY
转录因子的活性,WRKY再通过与功能基因或其它
转录因子启动子中的 Wbox元件结合调节其表
达[16]。目前,对于平榛中WRKY转录因子调控的下
游功能基因,以及WRKY类转录因子之间相互调控
方面的研究还没有报道,随着转录组学、酵母杂交、
烟草叶片双荧光等实验技术的的广泛应用,研究平
榛WRKY转录因子与相关功能基因的蛋白互作以
及揭示平榛中WRKY的调控机理将成为可能。
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