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Isolation and Genetic Polymorphism Analysis of Pear SFBB Genes

梨4个 SFBB 基因的分离及遗传多态性分析


By using PCRbased molecular method,four new pear SFBB genes were isolated from 8 pear cultivars known as Sgenotypes. Length of PCR products from eight pear cultivars was around 1 200 bp. Sequencing the specific PCR fragments revealed four new SFBB genes that were respectively named as SFBB16-γ(EU422956), SFBB-17-γ(EU422957), SFBB28(EU422960)and SFBB35-γ(EU422958). As for different SFBB genes, variation in amino acid was higher in Fbox region and variable region 1, and lower in variable region 2 to 4 Phylogenetic analysis showed that there was a high level of difference between Japanese pear(Pyrus pyrifoliaSFBB genes and Xinjiang pear(P. sinkiangensis/i>) SFBB genes, as well as Japanese pear SFBB genes and Chinese white pear(P. bretschneideriSFBBγ genes. The results might reflect their genetic relationships among the species.


全 文 :第 !" 卷 第 # 期
$ % # % 年 # 月
林 业 科 学
&’()*+(, &(-.,) &(*(’,)
./01 !",*/1 #
2345,$ % # %
梨 ! 个 !"##$!基因的分离及遗传多态性分析
乌云塔娜#,$ 6 李洪果# 6 李振国7 6 包梅荣# 6 谭晓风#,$
(#5中南林业科技大学经济林育种与栽培国家林业局重点实验室 6 长沙 !#%%%!;
$1 中南林业科技大学林学院 6 长沙 !#%%%!;71 内蒙古克什克腾旗林业局黄冈梁林场 6 克什克腾旗 %$878%)
关键词:6 梨属;自交不亲和性;!"## 9 !基因
中图分类号:&:#;5 !";<=!75 $6 6 6 文献标识码:,6 6 6 文章编号:#%%# 9 :!;;($%#%)%# 9 %#!: 9 %8
收稿日期:$%%; 9 #% 9 %"。
基金项目:湖南省科学研究项目(#%# 9 !8;");湖南省科技计划项目(8%#!);教育部科学技术研究重点项目;国家公益性行业科研专项
($%%=%!%!=)。
!"#$%&’#( %() *+(+&’, -#$./#012’"/ 3(%$."’" #4 -+%0 !"##$! *+(+"
>?@?4 +343#,$ 6 -A B/4CC?/# 6 -A DEF4C?/7 6 G3/ HFAI/4C# 6 +34 JA3/KF4C#,$
(#1 $%& ’()*+(,*+& *- .*/01**2 "*+%3, 4+*256, *- !,(,% "*+%3,+& 7289/93,+(,9*/,:%/,+(; !*5,< =/9>%+39,&
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35"&0%,&:6 G@ ?LA4C M’NOP3LFQ R/0FS?03I RFTE/Q,K/?I 4FU VF3I !"##0! CF4FL UFIF AL/03TFQ KI/R ; VF3I S?0TAW3IL X4/U4
3L &OCF4/T@VFL5 -F4CTE /K M’N VI/Q?STL KI/R FACET VF3I S?0TAW3IL U3L 3I/?4Q # $%% PV5 &FY?F4SA4C TEF LVFSAKAS M’N
KI3CRF4TL IFWF30FQ K/?I 4FU !"##0! CF4FL TE3T UFIF IFLVFSTAWF0@ 43RFQ 3L !"###" 0!()Z!$$=8"),!"###:O!()Z!$$=8:),
!"##$; 0!()Z!$$="%)34Q !"##78 0!()Z!$$=8;)5 ,L K/I QAKKFIF4T !"##0! CF4FL,W3IA3TA/4 A4 3RA4/ 3SAQ U3L EACEFI A4 [O
P/\ IFCA/4 34Q W3IA3P0F IFCA/4 #,34Q 0/UFI A4 W3IA3P0F IFCA/4 $ T/ !1 ME@0/CF4FTAS 3430@LAL LE/UFQ TE3T TEFIF U3L 3 EACE
0FWF0 /K QAKKFIF4SF PFTUFF4 23V34FLF VF3I( 4&+53 F&+9-*;9()!"##0! CF4FL 34Q JA4]A34C VF3I( 4A 39/C9(/@%/393)!"##0!
CF4FL,3L UF00 3L 23V34FLF VF3I !"##0! CF4FL 34Q ’EA4FLF UEATF VF3I(4A )+%,36IFK0FST TEFAI CF4FTAS IF03TA/4LEAVL 3R/4C TEF LVFSAFL5
6+. 7#0)":6 4&+53 ;LF0KOA4S/RV3TAPA0AT@;!"##0!CF4F
6 6 茄科( &/0343SF3F)、芸苔属( #+(3396()、蔷薇科
(N/L3SF3F)植物多数属于配子体自交不亲和型,即
雌蕊和花粉自交不亲和基因的产物相互作用而控制
自交亲和性的发生。$% 世纪 =% 年代分离鉴定了雌
蕊自交不亲和基因及编码产物( +3/ %, (;5,#==:;
ZLEA]AR3 %, (;5,#==;),而近几年才分离鉴定花粉自
交不亲和基因,配子体自交不亲和植物的花粉自交
不亲和基因具有 [OP/\ 基因的特点。如茄科植物中
&-[(& 0/S?L [OP/\ CF4F)基因控制花粉自交不亲和
特异性状(HS’0?IF %, (;5,$%%");蔷薇科核果类自
交不亲和基因和自交亲和基因的研究中提出了核果
类花粉自交不亲和基因为 &[G( & E3V0/T@VFLVFSAKAS
[OP/\ CF4F )基 因 ( &/44FWF0Q %, (;5, $%%8;
&?TEFI034Q %, (;5,$%%;);仁果类果树苹果(E(;53 ^
2*8%3,96()和日本沙梨(4&+53 F&+9-*;9()中也已分离
鉴定了控制花粉的自交不亲和基因———& 0/S?L [O
P/\ PI/TEFIL(!"##)(&3LL3 %, (;5,$%%:;BAI/@?XA %,
(;5,$%%:; &?IP34/WLXA %, (;5,$%%:)。日本沙梨
!"## 基因的克隆过程中发现,在 & 位点上 [OP/\ 基
因存在很高的遗传多态性,在 # 个 & 位点上存在 7
个基因 3,P,!,且连锁在 &ON*3LF 的两侧( &3LL3 %,
(;5,$%%:;BAI/@?XA %, (;5,$%%:)。但目前尚未清楚
哪些是假基因,哪些真正决定梨自交不亲和性的发
生。这为梨 !"## 基因的功能研究和梨自交不亲和
机制研究带来了很大的困难。我国梨资源丰富,但
中国梨属(4&+53)植物的花粉自交不亲和基因分离
鉴定少见报道。本文通过特异性 M’N 扩增、目的片
段的克隆测序及生物信息学分析方法分离克隆中国
沙梨(4A F&+9-*;9()和新疆梨(4A 39/C9(/@%/393)的花
粉自交不亲和基因,并进行遗传多态性分析,为梨花
粉 !"## 基因的功能研究、中国梨自交不亲和机制
研究以及遗传改良提供基础。
林 业 科 学 !" 卷 #
!" 材料与方法
$% $# 试验材料 # $)植物材料 # 中国沙梨品种‘黄
冠’、‘壁山二号’、‘新雅’、‘雅青’、‘早美酥’、‘中
梨一号’和新疆梨品种‘早熟句句’、‘魁克句句’采
集于中国农业科学院郑州果树研究所。每个品种采
集叶片 & ’ 左右,保存于 ( )* +备用。
&),-. 引物 # 利用梨 !"## 基因的保守区
/01 序列,设计合成较特异的 !"## 基因扩增引物
(引物的位置见图 $),引物由上海生工生物技术有
限 公 司 合 成。 ,$:2345656561166-16565-16
55473;,&:23465511-5666---6-11-6-473。
图 $# 梨的 !"## 基因一级结构及引物位置
89’: $# 6;< =>?@A>@?< BCD E?9F9GC GH EI$ ( I!:可变区 IB?9BJK< ?<’9GC;,$,,&:引物 ,?9F7)药品试剂 # 总 /01 提取试剂盒购自北京三
博远志生物技术有限责任公司;! ( 巯基乙醇、6?9=
购自上海生工生物技术公司;$** JE /01 LBDDEM/$)46 载体购自大连宝生物工程公司;,-.
MB=> 和 5 购自北京天根生
物技术有限责任公司。/Q" 大肠杆菌( $%&’()*&’*+
&,-*)由中南林业科技大学国家林业局经济林育种与
栽培重点实验室保存。其他生化试剂和常规试剂均
为超纯或分析纯。
$% &# 试验方法 # $)梨叶片 /01 的提取、纯度浓度
测定 # 叶片 /01 的提取参照北京三博远志生物技
术有限责任公司总 /01 提取试剂盒的说明书进行;
纯度浓度测定采用 /R S "!* 核酸蛋白分析仪。
&),-. 扩增反应体系和循环条件 # 参考 ,-.
MB=> 的说明书,稍做改动(反应体系中 M9N
为说明书推荐的 $ T &)。
7)回收克隆 # 目的片段的回收和克隆分别依
5 和 EM/$)46 载体的说明书进行。
!)/01 序列测定 # 由于 ,-. 产物中存在 & 个
等位基因的扩增片段,故回收克隆后随机挑选 $* 个
单菌落进行 /01 双向测序,委托上海生工生物技术
有限责任公司完成。
2)/01 序列分析 # 用 /01U>B? 软件将双向测
序 /01 序列拼接后,与 5序列进行比较分析,用 -K@=>BK X 软件对相应的氨基
酸序列进行分析,用 M<’B& 软件的 R,5M1 法构建
系统进化树。
#" 结果与分析
&% $# !"##.!基因特异性引物 ,-. 分离 # 用 !"##.!
基因的特异性引物对‘黄冠’等 ) 个梨品种的基因
组 /01 进行 ,-. 扩增,均扩增出 $ 条 $ &2* JE 左
右的条带(图 &)。
图 &# !"##.!基因的 ,-. 扩增
89’: &# ,-. GH >;< !"##.!
$ ( ":沙梨 /0 12)*3,-*+0 $:‘黄冠’‘Q@BC’’@BC’;&:‘壁山二
号’‘V9=;BC‘早美酥’‘\BGF<9=@’;":‘中梨一号’‘ \;GC’K9[9;BG’: ],): 新
疆梨 /0 %*45*+46(4%*%0 ]:‘早熟句句’‘\BG=;@^@^@’;):‘魁克句
句’‘O@9W<^@^@’:
&% &# 梨新 !"##.!基因的分离 # ‘黄冠’和‘壁山二
号’的 U 基因型均为 U! U$"(乌云塔娜等,&**])。对
‘黄冠’和‘壁山二号’的 !"## 基因进行克隆后分
别挑选了 $* 个单克隆进行测序。结果表明,‘黄
冠’的 $ 个 !"## 基因序列和‘壁山二号’的 $ 个
!"## 基因序列相似性达 $**_,且与 !"##! .!基因
(1V&]*]‘‘)在 /01 序列上具有 $& JE 的差异,在
推导氨基酸序列上具有 7 个氨 基 酸 的 差 异。
5因与 !"##$&B.!基因(aR*)$)‘*)的相似性最高,但在
/01 序列上具有 ] 个碱基的差异,推导氨基酸序列
上具有 ! 个氨基酸的差异。因此,将该基因命名为
!"##$" .!基因(aR!&&‘2")。
‘新雅’和‘雅青’的 U 基因型均为 U! U$](乌云
塔娜等,&**])。克隆片段的测序结果表明,‘新雅’
的 2 个单克隆和‘雅青’的 7 个单克隆的 /01 序列
完全一致,属于同一个基因片段,而且这些基因的
/01 片段与 !"##! .!基因(1V&]*]‘‘)有 $& 个碱基
和 7 个氨基酸的差异。进一步比对分析表明,该基
因与 5似性最高,但在 /01 序列上具有 ) 个碱基的差异,
推导氨基酸序列上具有 & 个氨基酸的差异。因此,
将该基因命名为 !"##$]4!基因(aR!&&‘2])。
新疆梨品种‘早熟句句’和‘魁克句句’的 U 基
因型均为 U&& U&)(待发表)。分别挑选 $* 个单克隆
进行测序,结果表明,‘早熟句句’的 $ 个单克隆和
‘魁克句句’的 & 个单克隆的 /01 序列完全一致,
属于同一个基因片段,而且该基因的 /01 序列与
)!$
! 第 " 期 乌云塔娜等:梨 # 个 !"##$!基因的分离及遗传多态性分析
!"##$$%!基因(&’()"))*)在 +,- 序列和推导氨基
酸序列上分别有 .( /0 和 "" 个氨基酸的差异。与
其他 !"## 基 因 的 比 对 分 析 表 明,该 基 因 与
1234536 中的 !"##".%!基因(&’()")78)的相似性最
高,但在 +,- 序列上具有 "* 碱基的差异,推导氨基
酸序列上具有 ) 个氨基酸的差异。故将该基因命名
为 !"##$)%!基因(&’#$$79()。
‘早美酥’和‘中梨一号’的 : 基因型分别为
! ! !
图 .! 梨的 :;44 基因的氨基酸序列的比对
;<=> .! -?<=3@23A BC 0DA5A直线 422?<32:;%4BI;双线 JK2E2?:L">
沙梨 %* +&’,-./,0! !"##":-4$7*7..;!"##$:-4$7*7.#;!"##.:-4$7*7.8;!"###:-4$*(*77;!"##8:-4$*()($;
!"##9:-4$7*7.9;!"##*:-4$7*7.*;!"##):-4$7*7.);!"##7:-4$7*7.7> 白梨 %* 1’23)4562,72’,! !"##"$5:&’()")7(;
!"##".:&’()")78;!"##"8:&’()")7.;!"##"9:&’#$$789;!"##"*:&’#$$78*;!"##"):&’()")79;
!"##.8:&’#$$78)> 新疆梨 %* ),68,06926),)! !"##$$:&’()"))*;!"##$):&’#$$78)>
下同。MN2 H5@2 /2?BO>
7#"
林 业 科 学 !" 卷 #
$% $%&和 $! $%&(乌云塔娜,’(())。‘早美酥’的 *( 个
单克隆的测序结果表明,其中 ! 个克隆的 +,- 序列
与 !"##%.!基因有差异,在 +,- 和推导氨基酸上分
别相差 *) /0 和 1 个氨基酸;‘中梨一号’的 *( 个
克隆的测序结果表明,其中 " 个克隆与 !"##!.!基因
有差异,在 +,- 和氨基酸序列上分别有 ’& /0 和 2
个氨基酸的差异;而‘早美酥’和‘中梨一号’中与
!"##%.!基因和 !"##!.!基因有差异的片段的序列相
似性达 *((3,属于同一个基因。进一步分析表明,
该基因与 4567869 中的 !"##*%8.!基因(:;(2*21&)
的相似性最高,但在 +,- 序列上具有 " 个碱基的差
异,推导氨基酸序列上具有 ’ 个氨基酸的差异。因
此,将它命名为 !"##%&.!基因(:;!’’1&2)。
’< %# 梨 !"## .!基因的推导氨基酸序列分析 # 梨
!"## .!基因推导氨基酸序列比对见图 %。!"## .!基
因由 * 个 =.7>? 区域、! 个可变区(@*,@’,@%,@!)
组成($8AA8 $% &’(,’(())。=.7>? 区域在 B * C B *&(
/0 间,氨 基 酸 序 列 是 从“ D$E@ F DG F H:”到
“=@-IJK”。在这个区域中,不同 !"## 基因的变
异较多,具有 ) 个氨基酸序列产生突变。其中新分
离的 !"##*".!基因和 !"##*).!基因中‘ $’(第 ) 个)
被‘4’替换;第 *( 个氨基酸,!"##*".!基因为‘L’而
!"##*).!基因为‘K’;!"##’2.!基因中‘@’(第 ! 个)
被‘D’替换、‘D’(第 *! 个)被‘I’替换;!"##%&.!
基因中‘$’(第 ) 个)被‘ M’替换。
可变区 @*(图 % 的双线部分)中 !"##*".!基因和
!"##*).!基因未发生突变,而 !"##’2.!基因和 !"##%&.!基
因发生氨基酸的替换,即‘M’(第 *(")被‘,’替换,‘4’
(第 **%)被‘+’或‘,’替换。可变区 @’、可变区 @%、可
变区 @! 中 !"##*".!、!"##*).!、!"##’2.!和 !"##%&.!基因
均未发生氨基酸的替换(图省略)。
’< !# 梨花粉 !"## 基因的聚类分析 # 梨 !"## .!基
因在推导氨基酸序列上的差异见表 *。可看出,不
同的 !"## .!基因间差异不大,只有 * C *’ 个氨基酸
的区别,其中 !"##’’.!基因和 !"##%&.!基因间的差异
最大,具有 *’ 个氨基酸的差异。新分离的 !"##*".!
基因和 !"##*).!基因与其他 !"## 基因之间具有
* C 2个氨基酸的差异,差异相对较小,而 !"##’2.!基
因与其他 !"## 基因之间具有 & C ** 个氨基酸的差
异,!"##%&.!基因与其他 !"## 基因之间具有 ) C *’
个氨基酸的差异。日本沙梨中分离鉴定的 !"## 基
因(!"##* N !"##2)间差异较少,只有 * C " 个氨基
酸的差异。而日本沙梨 !"## 基因(如 !"##* N
!"##2)($8AA8 $% &’O,’(();@P5PQ8 $% &’O,’((2)和新
疆梨(如 !"##’2)或白梨( )( *+$%,-./$01$+0)(如
!"##*% N !"##’2)基因 !"## 差异更大,具有 2 C **
个氨基酸的差异。
通过 HRSAT8R? 和 D5U8’ 软件对梨 !"## .!基因聚
类分析结果见图 !。从图中可以看出,根据 !"## 基
因的序列可以划分出 % 类:新疆梨(如‘早熟句句’、
‘魁克句句’)基因 !"##’2.!基因为一类;第 ’ 类为
中国白梨(如‘早美酥’、‘鹅梨’)基因,!"##%&.!和
!"##*%.!;其他基因聚到一起,包括日本沙梨(如‘丰
水’、‘幸水’、‘二十世纪’)和中国沙梨(‘苍溪雪
梨’、‘桂冠’、‘黄花’、‘宝珠’)!"## 基因。这和物
种分类规律基本相符。
表 !" 梨 !"##$!基因的推导氨基酸序列差异!
#$%& !" #’( )*++(,(-.( /+ -01%(, /+ $1*-/ $.*) $1/-2 3’( !"##$! 2(-(4
!’ !% !! !& !" !) !2 !1 !*’8 !*% !*& !*"! !*)! !*2 !’’! !’2 !%&! !2
!* ’ ’ ’ ’ % * ’ % ’ 2 ’ % * * ! 2 2 ’
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!*) ’ & 1 2 %
!*2 & 1 1 %
!’’ *( *’ !
!’2 2 *(
!%& *(
" ! V !"##;!9:-7’1)1!(< !:新分离的基因 ,5WRX PA>R8T5Y U565O
(&*
! 第 " 期 乌云塔娜等:梨 # 个 !"##$!基因的分离及遗传多态性分析
图 #! 梨的 !"## 基因的聚类图
$%&’ #! ()*+,-.%/& 012., 34 %&’() !"## &-/-+
!" 讨论
配子体型自交不亲和植物的花粉自交不亲和基
因如茄科植物的 !*"、蔷薇科核果类果树的 !"# 基
因已经被确定( 53//-6-)7 +, -.’,899:;5*.;2/36+<%
+, -.’,899=;5*,1-.)2/7 +, -.’,899>;?%-%.2 +, -.’,
899>)。仁果类果树梨和苹果中也已经确定 !"##
基因是控制花粉自交不亲和基因,但分离克隆过程
中发现 !"## 基因以高度的遗传多态性的形式存
在,如梨的 !"## 基因包括 2、;、! 等。对于这些基
因哪个是真正的梨花粉自交不亲和基因目前尚不清
楚,目前日本千叶大学和神户大学的学者正在开展
梨 !"## 基因的功能鉴定研究。因此,梨 !"## 基
因的分离克隆及遗传多态性分析为梨花粉 !"## 基
因的准确确定提供了理论依据。梨 !"## @!基因一
级结构包括 " 个 $@A3B 区域和 # 个可变区(?",?8,
?C,?#)( 52++2 +, -.’,899=)。本试验克隆的 !"##
基因的 $@A3B 区域氨基酸的变异较多,可达 = 处,#
个可变区中 ?",?C,?# 中具有氨基酸的变异,而 ?8
中均未发现氨基酸变异。这和日本梨 !"##" D
!"##E 基因的序列规律基本一致。
!"## 基因序列变异因梨种不同有明显的差
异。如日本沙梨中分离鉴定的 !"## 基因( !"##"
D !"##>)间差异较少( 52++2 +, -.’,899=;?%-%.2 +,
-.’,899>),只有 " F G 个氨基酸的差异。而日本沙
梨 !"## 基因(如 !"##" D !"##>)和新疆梨(如
! ! !
!"##8>)或白梨 !"##(如 !"##"C D !"##8>)基因差
异更大,具有 > F "" 个氨基酸的差异。这可能与日
本沙梨与新疆梨或白梨之间的遗传差异较大,亲缘
关系相对远有关。梨 !"## 基因是花粉自交不亲和
基因,控制花粉的自交不亲和性。该基因存在很大
的多态性,随着不同梨品种不同 !"## 基因的遗传
多态性的更深入的研究,为梨自交不亲和机理及遗
传改良提供良好的理论基础。
参 考 文 献
乌云塔娜,谭晓风,李秀根,等 ’ 899=H "C 个‘新世纪’梨后代品种 !
基因型的鉴定 ’ 林业科学,#C(E):""G D "88H
I%.3J*<% K,L2<-+1% L,L2<2,3 K’ 899=H M3)JN3.O1%+N 34 !"## D ! 2/7
%,+ *+- 43. 5 &-/3,JO%/& %/ P2O2/-+- O-2.( %&’() /&’012.0-)’ M)2/,
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(责任编辑 ! 徐 ! 红)
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