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Genetic Diversity of Cultivated Pears from Fujian Province Revealed by cpDNA Haplotypes and Nuclear Microsatellites

福建省梨地方品种的遗传多样性研究



全 文 :园艺学报,2015,42 (1):119–130.
Acta Horticulturae Sinica
doi:10.16420/j.issn.0513-353x.2014-0583;http://www. ahs. ac. cn 119
福建省梨地方品种的遗传多样性研究
岳晓燕 1,黄新忠 2,宗 宇 1,滕元文 1,*
(1 浙江大学园艺系,农业部园艺植物生长发育与品质调控重点开放实验室,杭州 310058;2福建省农业科学院果树
研究所,福州 350013)
摘 要:利用叶绿体 DNA 非编码区序列 accD-psaI 和 17 对 SSR 引物对原产于福建省的 49 个梨地
方品种的遗传多样性进行分析,旨在为育种利用提供参考。获得 49 份福建地方品种的 accD-psaI 序列,
并检测到 4 个多态性位点,包含 5 个叶绿体单倍型(Hap1 ~ Hap5),其中核苷酸多态性(Pi)为 0.00139,
单倍型多样性(Hd)为 0.660。TCS 网络图显示 Hap5 是最古老的单倍型,其仅在两个样品中检测到。
17 个 SSR 位点共检测到 211 个等位基因位点,有效等位基因数(A)为 5 ~ 23 个,平均值为 12.41;观
察杂合度(Ho)和期望杂合度(He)的平均值分别为 0.5802 和 0.7549;17 个 SSR 位点的 Shannon’s 信
息指数(I)值为 0.5830 ~ 2.7683,平均值为 1.8661,表现出较高的遗传多样性。基于 Nei 和 Li 的遗传
距离的邻接法(Neighbor-Joining,NJ)将 49 份样品聚为 9 个组,其中大部分聚类结果与单倍型类型表
现的亲缘关系较为一致。叶绿体单倍型和 SSR 多态性位点信息证实福建地方品种具有较为丰富的遗传
多样性。
关键词:梨;地方品种;SSR;cpDNA;遗传多样性;亲缘关系
中图分类号:S 661.2 文献标志码:A 文章编号:0513-353X(2015)01-0119-12

Genetic Diversity of Cultivated Pears from Fujian Province Revealed by
cpDNA Haplotypes and Nuclear Microsatellites
YUE Xiao-yan1,HUANG Xin-zhong2,ZONG Yu1,and TENG Yuan-wen1,*
(1Department of Horticulture,the State Agricultural Ministry’s Key Laboratory of Horticultural Plant Growth,Development
& Quality Improvement,Zhejiang University,Hangzhou 310058,China;2Fruit Research Institute,Fujiang Academy of
Agricultural Sciences,Fuzhou 350013,China)
Abstract:A non-coding chloroplast region,accD-psaI and 17 microsatellite markers were used to
assay genetic diversity of 49 pear accessions from Fujian Province. A total of 49 sequences were collected
and five haplotypes(Hap1–Hap5)were recognized containing four variation sites. Nucleotide diversity
(Pi)and haplotype diversity were 0.00139 and 0.660. The TCS Network indicated that Hap5 was the
ancestral haplotype,only detected in two individuals. Two hundred and eleven different alleles were
detected among seventeen SSR loci,ranged from 5 to 23 with an average of 12.41 alleles per locus. The
mean observed and expected heterozygosity values were 0.5802 and 0.7549,respectively. The Shannon’s
information index for each locus was from 0.5830 to 2.7683 with a mean value of 1.8661. The Neighbor-

收稿日期:2014–09–12;修回日期:2014–12–04
基金项目:高等学校博士学科点专项科研基金项目(20110101110091)
* 通信作者 Author for correspondence(E-mail:ywteng@zju.edu.cn;Tel:0571-88982803)
Yue Xiao-yan,Huang Xin-zhong,Zong Yu,Teng Yuan-wen.
Genetic diversity of cultivated pears from Fujian Province revealed by cpDNA haplotypes and nuclear microsatellites.
120 Acta Horticulturae Sinica,2015,42 (1):119–130.
Joining(NJ)tree grouped 49 pear accessions to nine major groups,which are generally congruent to
haplotype diversity. Chloroplast haplotypes and microsatellite locus polymorphism information
demonstrated a high level of genetic diversity of pear landraces from Fujian,China.
Key words:pear;landraces;SSR;cpDNA;genetic diversity;genetic relationship

中国是东方梨的最重要的起源地,有记载的栽培品种达 3 000 多个(蒲富慎和王宇霖,1963)。
根据起源地、特性和地理分布,一般将中国的栽培梨分为四大系统:秋子梨,白梨,砂梨和新疆
梨。其中砂梨系统主要分布于长江流域及其以南地区,是栽培梨系统中分布最广,栽培品种最多
的一种。福建是中国的最南端的梨产区之一,具有丰富的砂梨资源。其梨树栽培面积不大,分布
也很零散,但其中不乏品质优良的地方品种,如政和大雪梨、建瓯哀家梨、古田花皮梨和寿宁大
雪梨等(蒲富慎和王宇霖,1963)。但由于长期依赖引种来推动产业发展(黄新忠 等,2009),大
量地方品种已消失或无法找到,而这些优良的地方品种是获得高生态适应性的优质梨品种的重要
来源。了解这些地方品种的遗传多样性和亲缘关系,对福建砂梨资源的搜集、保护及利用都具有
重要的指导意义。
以 DNA 为基础的分子标记已在植物的遗传多样性研究中广泛应用,其中 SSR 标记在梨属植
物研究中大量应用(Kimura et al.,2003;Bao et al.,2007;张东 等,2007;Bassil & Postman,
2010;Yao et al.,2010;Cao et al.,2012;Tian et al.,2012;Song et al.,2014);另一方面,以基
因序列多样性为基础的亲缘关系研究中,叶绿体 DNA(cpDNA)因其单拷贝、结构简单且重复序
列和重排事件较少,尤其是叶绿体基因的非编码区因其所受的功能约束少,核苷酸替代、插入/缺
失事件较多,进化速率较快(Clegg et al.,1994;Small et al.,1998;Shaw et al.,2007),而广泛
用于梨属低分类阶元(种间、种内)的研究(Kimura et al.,2003;Katayama et al.,2007;胡春云
等,2011)。
本研究中应用 1 个叶绿体 DNA 超级变异片段非编码区 accD-psaI 序列(Katayama et al., 2012)
和 17 对多态性丰富的 SSR 标记,分别从母系遗传的叶绿体基因序列和双亲遗传的核基因标记等
两个角度对福建省梨地方品种的亲缘关系和遗传多样性进行较为全面的分析,旨在为福建梨种质
资源收集保存、合理利用及优良品种的选育提供理论依据。
1 材料与方法
1.1 材料
以 2008 年 6 月至 2013 年 6 月搜集到的福建省各地区的 49 个地方梨品种为试材,并以两个源
自日本的砂梨(Pyrus pyrifolia Nakai)品种为对照,以苹果属丽江山荆子(Malus rockii Schneid)
和‘国光’苹果(M.× domestica Borkh‘Ralls’)为外类群(表 1)。
1.2 基因组DNA的提取
采用改良 CTAB 法(Doyle & Doyle,1987)提取上述各材料幼嫩叶片的基因组 DNA,应用
1%的琼脂糖电泳检测所得 DNA 的浓度及质量,结合紫外分光光度计检测所得的 DNA 浓度,根据
所得浓度用双蒸水将各样品 DNA 稀释浓度到 10 ~ 30 ng · μL-1,样品存放于–20 ℃冰箱用于后续
研究。
岳晓燕,黄新忠,宗 宇,滕元文.
福建省梨地方品种的遗传多样性研究.
园艺学报,2015,42 (1):119–130. 121
表 1 福建梨样品叶绿体单倍型多样性
Table 1 Chloroplast DNA haplotype diversity in Fujian pears
种类
Species
编号
Code
种质名称
Accession name
来源地
Origin
单倍型
Haplotype
砂梨 1 哀家梨 Aijiali 福建省建阳市 Jianyang,Fujian Hap2
P. pyrifolia 2 八月雪 Bayuexue 福建省平和县 Pinghe,Fujian Hap2
3 白瓠梨 Baihuli 福建省明溪县 Mingxi,Fujian Hap3
4 半男女梨 Bannannüli 福建省屏南县 Pingnan,Fujian Hap1
5 扁沟梨 Biangouli 福建省建阳市 Jianyang,Fujian Hap1
6 饼子梨 Bingzili 福建省建阳市 Jianyang,Fujian Hap1
7 秤花梨 Chenghuali 福建省建瓯市 Jian’ou,Fujian Hap2
8 赤梨 Chili 福建省古田县 Gutian,Fujian Hap2
9 赤皮梨 Chipili 福建省晋江市 Jinjiang,Fujian Hap2
10 赤皮钟梨 Chipi Zhongli 福建省建阳市 Jianyang,Fujian Hap5
11 粗花梨 Cuhuali 福建省清流县 Qingliu,Fujian Hap2
12 大葫芦梨 Dahululi 福建省屏南县 Pingnan,Fujian Hap1
13 大麻梨 Damali 福建省明溪县 Mingxi,Fujian Hap2
14 大洋木梨 Dayang Muli 福建省莆田市涵江区 Hanjiang,Putian,Fujian Hap2
15 德化豆梨 Dehua Douli 福建省德化县 Dehua,Fujian Hap1
16 德化青皮梨 Dehua Qingpili 福建省德化县 Dehua,Fujian Hap3
17 冬麻梨 Dongmali 福建省古田县 Gutian,Fujian Hap2
18 福安大雪梨 Fuan Daxueli 福建省福安市 Fu’an,Fujian Hap2
19 高地梨 Gaodili 福建省清流县 Qingliu,Fujian Hap2
20 寒梨 Hanli 福建省清流县 Qingliu,Fujian Hap4
21 花菇梨 Huaguli 福建省政和县 Zhenghe,Fujian Hap2
22 花皮梨 Huapili 福建省古田县 Gutian,Fujian Hap1
23 黄瓠梨 Huanghuli 福建省明溪县 Mingxi,Fujian Hap3
24 黄皮钟梨 Huangpi Zhongli 福建省建阳市 Jianyang,Fujian Hap1
25 黄皮煮梨 Huangpi Zhuli 福建省德化县 Dehua,Fujian Hap2
26 黄消 Huangxiao 福建省平和县 Pinghe,Fujian Hap2
27 连江青皮梨 Lianjiang Qingpili 福建省连江县 Lianjiang,Fujian Hap2
28 六月黄棕梨 Liuyuehuang Zongli 福建省顺昌县 Shuncang,Fujian Hap2
29 六月消 Liuyuexiao 福建省平和县 Pinghe,Fujian Hap3
30 龙潭梨 Longtanli 福建省屏南县 Pingnan,Fujian Hap1
31 满顶雪梨 Manding Xueli 福建省浦城县 Pucheng,Fujian Hap1
32 毛楂梨 Maozhali 福建省建宁县 Jianning,Fujian Hap1
33 木梨 Muli 福建省建瓯市 Jian’ou,Fujian Hap2
34 平和雪梨 Pinghe Xueli 福建省平和县 Pinghe,Fujian Hap1
35 七月黄 Qiyuehuang 福建省建瓯市 Jian’ou,Fujian Hap2
36 青皮钟梨 Qingpi Zhongli 福建省建瓯市 Jian’ou,Fujian Hap5
37 秋白沙 Qiubaisha 福建省霞浦县 Xiapu,Fujian Hap1
38 仁寿亭梨 Renshou Tingli 福建省清流县 Qingliu,Fujian Hap2
39 山东梨 Shandongli 福建省清流县 Qingliu,Fujian Hap2
40 山楂梨 Shanzhali 福建省建宁县 Jianning,Fujian Hap2
41 酥梨 Suli 福建省屏南县 Pingnan,Fujian Hap2
42 兔梨 Tuli 福建省莆田市涵江区 Hanjiang,Putian,Fujian Hap4
43 细花平头梨 Xihua Pingtouli 福建省顺昌县 Shunchang,Fujian Hap1
44 细花雪梨 Xihua Xueli 福建省屏南县 Pingnan,Fujian Hap1
45 线吊梨 Xiandiaoli 福建省建宁县 Jianning,Fujian Hap4
46 小葫芦梨 Xiaohululi 福建省屏南县 Pingnan,Fujian Hap1
47 早熟梨 Zaoshuli 福建省屏南县 Pingnan,Fujian Hap1
48 政和大雪梨 Zhenghe Daxueli 福建省政和县 Zhenghe,Fujian Hap1
49 棕包梨 Zongbaoli 福建省建宁县 Jianning,Fujian Hap2
日本梨(对照) 50 长十郎 Choujurou 日本 Japan Hap1
Japanese pear(Control) 51 二十世纪 Nijisseki 日本 Japan Hap1
外类群 52 国光苹果 M.× domestica‘Ralls’ 美国 USA Hap7
Out group 53 丽江山荆子 M. rockii 云南 Yunnan Hap6
注:丽江山荆子采自云南省园艺科学研究所,‘国光’苹果采自甘肃果树研究所。
Note:M. rockii collected from Horticultural Research Institute,Yunnan Academy of Agricultural Science(HRIYN),M. × domestica‘Ralls’
collected from Gansu Pomology Institute(GPI).


Yue Xiao-yan,Huang Xin-zhong,Zong Yu,Teng Yuan-wen.
Genetic diversity of cultivated pears from Fujian Province revealed by cpDNA haplotypes and nuclear microsatellites.
122 Acta Horticulturae Sinica,2015,42 (1):119–130.
1.3 叶绿体DNA非编码区序列的扩增、测定及分析
参考胡春云等(2011)设计的引物进行 accD-psaI 基因间区的扩增。PCR 扩增反应的总体积为
50 μL,包含 1 × Buffer(TaKaRa Biotechnology Company Co.,Ltd,Japan),20 ~ 50 ng 的基因组 DNA
模板,0.2 mmol · L-1 的 dNTP,0.4 μmol · L-1 的上下游引物,和 2 U 的 TaqDNA 聚合酶(TaKaRa)。
PCR 反应程序为 94 ℃预变性 5 min,94 ℃变性 50 s,58 ℃复性 1 min,72 ℃延伸 1 min,35 个循
环;最后 72 ℃延伸 6 min。PCR 产物经纯化后直接利用上下游引物对其进行测序,纯化和测序反应
均在上海生工生物技术服务有限公司进行。对在初步序列分析中存在单一突变的样品进行重复 PCR
扩增和测序,降低因错配得到错误的核苷酸变异的可能性。应用 Clustal X 1.81(Thompson et al.,
1997)进行 accD-psaI 基因间区序列的排列和校正。应用 BioEdit V 5.0.6(Hall,1999)计算序列的
长度、GC 含量和序列分化度。所有的长度突变与点突变被认为具有相同的可能性(Chen et al.,2008),
因此,在本研究中将所有的长度突变处理为一次点突变事件,并标记为 A 或者 T。利用 DnaSP V5
(Librado & Rozas,2009)计算单倍型数量(H),单倍型多样性(Hd)及核苷酸多态性(Pi)。应用
TCS1.2(Clement et al.,2000)构建基于 Parsimony 算法单倍型网络图。利用 MEGA 5(Tamura et al.,
2011)采取无穷式搜索(heuristic search)法(TBR,Multreess,Maxtrees = 100)寻找最优树,构建
基于最大简约法(MP:Maximum parsimony)的单倍型系统树,并进行 1 000 次自展重复来检验进
化枝的支持率。
1.4 SSR测定及数据分析
供试 17 对 SSR 引物中 BGT23b、KA14、KA4b、KU10、NB109a、NH019b 和 NH026a 等为梨
属基因组 SSR 引物(Yamamoto et al.,2002a,2002b);CH01F02,28f4 和 02b1 等为苹果属基因组
SSR 引物(Guilford et al.,1997;Gianfranceschi et al.,1998),MES122、MES108、MES138、MES2、
MES17、MES7、MES96 等为苹果属 EST-SSR 引物(Yao et al.,2010)。
所有引物由上海英骏生物技术有限公司合成,在上游引物的 5′端加上荧光染料(FAM 或 HEX),
下游引物为普通非荧光引物。PCR 反应总体积为 25 μL,包括 10 ~ 20 ng 的基因组 DNA 模板,10 ×
PCR buffer(TaKaRa),0.2 mmol · L-1 的 dNTP,0.5 μmol · L-1 的上下游引物和 1 U 的 Taq DNA 聚合
酶(TaKaRa)。KA14 和 KU10 的反应程序为 94 ℃预变性 5 min,然后 94 ℃变性 1 min,60 ℃复
性 1 min,72 ℃延伸 2 min,10 个循环(每个循环复性温度降低 0.5 ℃);接着,94 ℃变性 1 min,
55 ℃复性 1 min,72 ℃延伸 2 min,35 个循环;最后 72 ℃延伸 7 min。其他引物的反应程序为 94 ℃
预变性 5 min;然后 94 ℃变性 40 s,55 ℃复性 30 s,72 ℃延伸 50 s,35 个循环;最后 72 ℃延伸
5 min。PCR 产物经 3%的琼脂糖电泳检测后,将不同浓度的产物稀释 100 ~ 300 倍后,以 Marker
ET550-R 为标准,利用 MegaBACE1000DNA 测序仪测定各产物的序列长度,并由 GeneMapper version
4.0(Applied Biosystems,Foster City,CA,USA)完成数据读取,分子量大小以 Marker500 为标准。
所有的 SSR 产物的测序在浙江大学分析测试中心进行。
利用 MICROCHECKER 2.2.3 软件(van Oosterhout et al.,2004)对 SSR 基因分型数据中的无
效等位基因进行删除或校正。每个位点的等位基因数(A),观察杂合度(Ho),期望杂合度(He)
和 Shannon’s 信息指数(I)由 GenAIEx 6.4(Peakall & Smouse,2006)计算获得。哈德温伯格平衡
及位点频率(卡平方测验)和多态性信息含量(PIC)的计算由软件 PowerMarker version 3.25(Liu &
Muse,2005)完成。基于 Nei 和 Li(1979)的遗传相似矩阵并采用邻接法(Neighbor-joining,NJ)
分析所有样品的亲缘关系,并使用软件 Treecon(van de Peer & de Wachter,1993)构建聚类树。
岳晓燕,黄新忠,宗 宇,滕元文.
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2 结果与分析
2.1 cpDNA单倍型多样性
共获得 49 份材料的 accD-psaI 序列,长度为 492 ~ 742 bp(base pairs),GC 含量为 22.22% ~
24.03%。将得到所有栽培品种的序列同外类群序列一起排列后长为 768 bp,包含 13 个多态性位点
(表 2)。如表 2 所示,所有多态性位点中 1 ~ 5,8 ~ 11 属于外类群的独特变异;6、7、12 和 13 属
于福建梨地方品种,其中 6 为 1 bp 的插入,7 为 229 bp 的缺失,12 为 22 bp 的插入,13 为 C–G 替
换。其中福建梨地方品种的 49 条 accD-psaI 序列共检测到 4 个多态性位点,占整个序列的 3.29 %,
包括 1 个单碱基突变和 3 个 INDELs(inserts and deletes),这些不同的多态性位点构成了 5 个特异的
叶绿体单倍型:单倍型 1(Hap1)~ 单倍型 5(Hap5)。所有 49 份福建梨地方品种的 accD-psaI 序
列中包含有 17 个 Hap1、23 个 Hap2、4 个 Hap3、3 个 Hap4、2 个 Hap5,其中核苷酸多态性(Pi)
为 0.00139,单倍型多样性(Hd)为 0.660。Hap6 和 Hap7 分别为外类群丽江山荆子和‘国光’苹果
的单倍型。

表 2 福建梨资源样品及外类群样品的 accD-psaI 序列特征
Table 2 Characteristics of accD-psaI in Fujian pear accessions and outgroup samples
变异位点
Variation
单倍型 1
Hap1
单倍型 2
Hap2
单倍型 3
Hap3
单倍型 4
Hap4
单倍型 5
Hap5
单倍型 6
Hap6
单倍型 7
Hap7
1 T T T T T 0/A 0/A
2 G G G G G T T
3 A A A A A 1/T 1/T
4 T T T T T T C
5 T T T T T C C
6 1/T A A A A A A
7 0/A 0/A T T T T T
8 T T T T T A A
9 T T T T T C C
10 T T T T T A A
11 A A A A A T T
12 A A 1/T 1/T A A A
13 C C G C C C C
注:0 和 1 分别表示 INDEL 的缺失和插入事件,并处理为“/”之后的单碱基突变。
Note:0 and 1 in the alignment indicate deletion and insertion for certain indels,respectively,and encoded as single mutant.

应用 TCS 构建基于 Parsimony 算法的单倍型网络图(图 1)。网络图中显示 Hap5 是最中心的单
倍型,并分别通过 229 bp 和 22 bp 的插入缺失事件产生了 Hap2 和 Hap4;然后基于 Hap4 在 723 bp
处的 1 个 C–G 替换产生了 Hap3;Hap2 通过在 263 bp 处的 1 个碱基的缺失产生了 Hap1。Hap5 经
过 9 次不同的变异连接着 Hap5 和 Hap6 苹果属外类群丽江山荆子和‘国光’。根据溯祖理论,TCS
将位于星状分布中心的单倍型定义为祖先单倍型,位于拓扑结外侧的后裔单倍型可通过祖先单倍型
经过若干变异而来(Golding,1987)。所以 Hap5 被认定为最古老的单倍型,而 Hap1,Hap3 等位于
拓扑结构的最外端,被认为是较为进化的单倍型。最大简约法构建的系统进化树(图 2)将 Hap1
和 Hap2,Hap3 和 Hap4 分别以 70%和 67%的支持率聚在了一支,与 TCS 网络图基本相符。


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图 1 基于 accD-psaI 的 7 种单倍型(Hap1 ~ Hap7)的 TCS Network
各单倍型所在圆圈的大小与其相应的样本多少一致,枝上数字和字母表示两两单倍型间的变异位点编号及变异信息。
以“-”连接的两个碱基表示单碱基替换变异;0 和 1 分别表示 INDEL 的缺失和插入变异,“/”之后的数字表示插入或缺失变异的长度。
Fig. 1 TCS Network based on seven haplotypes
The size of the circles of each haplotypes corresponds to the number of individuals. Variation codes and information between two haplotypes are
shown on the lines with numbers and alphabets. Two bases connected by“-”represent single-base substitutions;0 and 1 in the alignment
indicate deletion and insertion for certain indels,respectively,the number after“/”represent the length of indels.


图 2 基于 accD-psaI 的 7 种单倍型(Hap1 ~ Hap7)的 MP 系统进化树
各节点上的数字表示重复计算 1 000 次时各分支的支持率。
Fig. 2 MP phylogenic tree based on seven haplotypes
Numbers at nodes represent bootstrap values in percentage based on 1 000 replications.

2.2 福建省不同地区地方品种cpDNA单倍型多样性比较
将 49 份福建地方品种按照其起源地划分为不同的组,每组由同一来源的梨地方品种组成。将
其同日本梨进行单倍型的数量和多样性比较(表 3)。从表 3 可以看出福建不同地区具有不同的单倍
型组成,其中 Hap1 和 Hap2 为福建省栽培梨的主要单倍型,广泛分布于福建省各个地区,其样本占
有率分别为 33.33%和 47.91%;Hap3 和 Hap4 为稀有单倍型,仅在南部几个地区的少量样品中检测
到。Hap5 作为最古老的单倍型,仅在福建省中部两个相邻的地理分布区的样品中检测到,分别为‘赤
皮钟梨’和‘青皮钟梨’。除此之外,大部分地理分布区域都拥有 2 ~ 3 种单倍型。有些地区因样品
数量较少,仅检测到 1 种单倍型,如浦城、霞浦、连江和晋江等地。福建省北部沿海区域与其余地
区的单倍型组成呈现显著差异,北部沿海地区的单倍型组成相对单一,如霞浦、福安和连江等地,
主要为 Hap1 和 Hap2,其中 Hap1 占主导地位;而其余地区,包括南部的莆田、德化和平和,以及
西北部的建宁、明溪和清流等,则检测到所有稀有单倍型,其单倍型组成较特异。两个日本梨样品
均为较为进化的 Hap1,与福建北部沿海地区的优势单倍型一致。
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福建省梨地方品种的遗传多样性研究.
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表 3 梨 5 种单倍型在福建各地区的分布
Table 3 Distribution of five pear cpDNA haplotypes among different areas of Fujian
单倍型类型 Haplotype 编号
Code
来源地
Origin
样品数量
Size Hap1 Hap2 Hap3 Hap4 Hap5
1 德化 Dehua 3 1 1 1
2 福安 Fu’an 1 1
3 古田 Gutian 3 1 2
4 晋江 Jinjiang 1 1
5 建宁 Jianning 4 1 2 1
6 建瓯 Jian’ou 4 3 1
7 建阳 Jiangyang 5 3 1 1
8 连江 Lianjiang 1 1
9 明溪 Mingxi 3 1 2
10 平和 Pinghe 4 1 2 1
11 屏南 Pingnan 7 6 1
12 浦城 Pucheng 1 1
13 莆田 Putian 2 1 1
14 清流 Qingliu 5 4 1
15 顺昌 Shunchang 2 1 1
16 霞浦 Xiapu 1 1
17 政和 Zhenghe 2 1 1
18 日本 Japan 2 2

2.3 SSR位点的遗传多样性分析
本研究共选用了 17 对 SSR 引物对福建的 49 个梨样品的遗传多样性进行分析(表 4)。17 个 SSR
位点的片段长度从 92 ~ 320 bp,共检测到 211 个等位基因,每对引物从最小的 5 个(KA4b 引物)
到最多的 23 个(BGT23 引物)不等,平均为 12.41 个。17 对引物的观察杂合度(Ho)水平最低为 0.1373
(KA4b),最高为 0.8824(MES2);多态性水平(PIC)从最低的 0.24(KA4b)到最高的 0.92(NB109a),

表 4 基于 17 对 SSR 标记的福建梨地方品种的遗传多样性分析
Table 4 Genetic diversity statistics of Fujian pear accessions inferred from 17 microsatellite loci
引物
Locus
片段长度/bp
Fragment length
A Ho He PIC PHW I
BGT23b 166 ~ 228 23 0.8200 0.9204 0.92 0 2.7683
KA4b 93 ~ 107 5 0.1373 0.2505 0.24 0.000045 0.5830
KA14 180 ~ 202 11 0.1800 0.4438 0.43 0 1.1351
KU10 221 ~ 277 16 0.3333 0.7966 0.78 0 2.0386
NB109a 146 ~ 182 14 0.3725 0.8258 0.81 0 2.0920
NH019b 171 ~ 203 14 0.6667 0.8485 0.83 0 2.1967
NH026a 121 ~ 155 14 0.6863 0.8524 0.84 0 2.1874
CH01F02 151 ~ 187 15 0.8627 0.8850 0.87 0.038142 2.3777
28f4 92 ~ 114 10 0.7800 0.7548 0.72 0.002610 1.6612
02b1 250 ~ 272 10 0.4706 0.8110 0.79 0 1.8580
MES138 179 ~ 211 10 0.8039 0.8087 0.78 0.002276 1.7980
MES2 174 ~ 212 17 0.8824 0.8987 0.89 0 2.4787
MES17 187 ~ 199 6 0.2745 0.6184 0.55 0 1.1587
MES122 96 ~ 130 14 0.8235 0.8649 0.85 0.000104 2.2310
MES108 192 ~ 226 11 0.6667 0.7674 0.74 0.000108 1.7939
MES7 119 ~ 153 13 0.8431 0.8335 0.81 0 2.0244
MES96 278 ~ 320 8 0.2600 0.6528 0.60 0 1.3401
平均 Mean 12.41 0.5802 0.7549 0.73 1.8661
注:A 为等位(有效等位)基因数;Ho 为观察杂合度;He 为期望杂合度;PIC 为多态信息位点;PHW 为哈德温伯格平衡—卡平方测验;
I 为 Shannon’s 信息指数。
Note:A:Number of alleles detected;Ho:Observed heterozygosity;He:Expected heterozygosity;PIC:Ppolymorphism information content;
PHW:Chi-square test for Hardy-weinberg equilibrium;I:Shannon’s information index.

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126 Acta Horticulturae Sinica,2015,42 (1):119–130.
Shannon’s 信息指数(I)从 0.5830(KA4b)到 2.7683(BGT23b),平均值为 1.8661,显示不同 SSR
位点的遗传多样性差异较大。
NJ 聚类中以丽江山荆子作为外类群,将 49 份福建梨样品和两个日本梨经过 A ~ F 等 6 次次分
支聚在 9 个不同的组(A1、A2、A3、A4、B1、C1、D1、E1 和 F1)(图 3),聚类树分支置信度计
算中 bootstrap 值设置为 1 000,上图仅标注大于 50%的部分。其中第 A 次分支形成了 A1 ~ A4 等 4
个组;第 B 次分支将 A 次分支内各组和 B1 组分开;第 C 次分支将 B 次分支内各组与 C1 组分开;
第 D 次分支将 C 次分支内各组与 D1 组分开;第 E 次分支将 D 次分支内各组与 E1 组分开;第 F 次

图 3 基于 17 对 SSR 位点数据构建的 49 份福建栽培梨和两个日本梨的 NJ 聚类图
A ~ F 分别代表 NJ 树的 6 次分支。A1 ~ A4、 B1 ~ F1 分别代表 6 次分支后形成的 9 个组。
Fig. 3 NJ dendrogram of 49 Fujian cultivars and two Japanese pears based on 17 SSR loci
A–F represent six independent divisions. A1–A4,B1–F1 represent nine clusters. The numbers are
bootstrap values based on 1 000 iterations;Only values larger than 50 are included.
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福建省梨地方品种的遗传多样性研究.
园艺学报,2015,42 (1):119–130. 127
分支将 E 次分支内的各组与 F1 组分开。A1 ~ F1 等不同组中包含来自福建不同地区的梨地方品种,
其中大多数相邻地区的地方品种聚在同一支内。A1 组中主要包括清流、建瓯、德化、建宁、莆田、
古田和晋江等福建省中部和南部地区的地方品种。A2 组包括来自明溪、屏南和霞浦等东部沿海地区
的地方品种和日本梨,其中‘二十世纪’和‘长十郎’分别与‘半男女梨’和‘秋白沙’以 81%、
59%的支持率聚在同一组中,表现出相似的遗传背景。A3 组主要包括屏南、政和、福安、建阳和顺
昌等相近地区的栽培品种。A4 组中的地方品种的地域跨度最大,覆盖了福建最北部的浦城,最南部
的平和,西部的清流和东部的莆田等地。B1 组中包括来自建阳和顺昌等两个相邻地区的两个地方品
种,与 A1 ~ A4 组在同一次分支中分开,表现出较特异的遗传背景。C1 组和 D1 组分别包含来自建
宁的‘线吊梨’和‘毛楂梨’两个品种,E1 组在 E 次分支中与其他地方品种分开,主要包含来自不
同地区的‘山楂梨’、‘黄消’、‘黄皮煮梨’和‘赤梨’等 4 个品种,表现出独特的遗传关系。在所
有的分组关系中,‘大葫芦梨’和‘小葫芦梨’、‘黄皮钟梨’和‘饼子梨’、‘白葫芦梨’和‘白瓠梨’、
‘青皮钟梨’和‘赤皮钟梨’等分别以 98%、100%、99%和 100%的支持率聚在了同一小组,表现
出很近的遗传关系。除此之外,扁沟梨与大多数栽培品种分开,单独聚在 F1 组,表现出最为独特
的遗传背景。
2.4 cpDNA单倍型与SSR分析结果比较
表 5 不同类群中 cpDNA 单倍型组成
Table 5 Composition of cpDNA haplotypes among nine clusters
组Cluster Hap1 Hap2 Hap3 Hap4 Hap5
A1 1 13
A2 5 3
A3 6 2
A4 1 3 1 2 2
B1 1 1
C1 1
D1 1
E1 4
F1 1

如前所述,5 种单倍型的福建地方品种样
本经 SSR 数据的遗传结构分析可以被归纳入 9
个组中(A1 ~ F1),各组的单倍型类型及其数
量如表 5 所示。其中 A1、A2、A3 和 E1 组的
SSR 聚类结果中 cpDNA 单倍型类型组成简单,
各组中同一单倍型样品聚在一起,这些样品可
能在母系遗传和双亲遗传上都具有较近的遗传
关系。A1 组的单倍型几乎全部都为 Hap2,仅
有‘德化豆梨’为 Hap1;而 A2 组中包括 3 个
Hap3 和 5 个 Hap1 样品。A3 组包括 6 个 Hap1
和 2 个 Hap2,其中两个 Hap2 样品‘福安大雪
梨’和‘六月黄棕梨’在 SSR 聚类中表现出独特的遗传背景而被单独分开。A4 组中样品的单倍型
类型最为丰富,覆盖了所有 5 种单倍型类型。B1 组中仅包含两个品种,具有不同的单倍型,分别为
Hap1 和 Hap2,在母系遗传的 cpDNA 中表现出差异性。C1 和 D1 组都只有一个样品,单倍型分别
为 Hap4 和 Hap1,且两个样品都来自建宁地区。F1 组中仅有独特的扁沟梨,其 cpDNA 单倍型类型
为 Hap1。
3 讨论
本研究所用的 accD-psaI 基因间区序列自在锦葵科棉属(Small et al.,1998)中应用以来已用于
多种植物的系统发育关系研究。在梨属植物中,accD-psaI 基因间区序列也被证实可以提供相当的系
统信息,适于梨属内种间、种内的亲缘关系研究(Kimura et al.,2003;Katayama et al.,2007;胡
春云 等,2011),其变异速度比碱基平均替换速度高 10 ~ 26 倍(Katayama et al.,2012)。从获得的
49 份 accD-psaI 序列中检测到 1 个单碱基突变和 3 个 INDELs(inserts and deletes),并参考胡春云等

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(2011)将 3 个 INDELs 分别处理为一次单碱基替换事件(Caicedo & Schaal,2004;Wang et al.,
2010),相比以往的研究更为合理。这些不同类型的变异组成了 5 种不同类型的单倍型,其中单倍型
多样性(Hd)为 0.660,低于浙江省野生豆梨群体的 0.719(Liu et al.,2012),主要原因可能是后者
为野生群体而表现出更高的遗传多样性。在 5 种单倍型中,Hap5 作为最古老的单倍型仅在 2 个样品
中发现,但是该单倍型序列是豆梨中最常见的单倍型(Liu et al.,2012);Hap4 也仅在两个栽培品
种中检测到,却是川梨的主要单倍型(Liu et al.,2013),这些品种可能在母系遗传上起源于携带该
单倍型的野生祖先。除此之外,Hap2 和 Hap1 是在 Hap5 的基础上变异形成的单倍型,也是所占比
例最大的两类单倍型,在川梨和豆梨等野生种中均有发现,说明这两个单倍型在种分化前就已经形
成,在其传播过程中通过人工选择不断积累。另外,Hap3 作为另一进化方向的谱系仅在极少量的样
品中检测到,而且没有在其他野生梨属种(Liu et al.,2012,2013;Zong et al.,2014)中找到,是
栽培梨特有的单倍型。
用于福建梨地方品种的遗传多样性分析的 17 对 SSR 标记来源丰富,显示出较高的多态性,共
检测到5 ~ 23个等位基因。其中15个SSR位点的PIC值在0.5以上,表现出高度的多态性信息(Bostein
et al.,1980)。所有 49 个福建地方样品的 He 平均值为 0.755,高于 134 对梨基因组 SSR 标记分析中
国砂梨核心种质的 0.64(Song et al.,2014),表现出更为丰富的遗传多样性信息。在以丽江山荆子
为外类群的 NJ 聚类分析结果中,福建所有地方品种主要被划分为 9 个组,其中大部分品种在叶绿
体单倍型类型和 SSR 标记的 NJ 聚类中均表现出较近的亲缘关系,表明这些品种可能为福建本地发
展起来的地方品种。还有一些地方品种在叶绿体单倍型多样性和 SSR 标记的 NJ 聚类中表现出一定
的差异性,说明它们可能经历了不同的演化传播路径。如 A4 组中的地方品种的地域分布最广,其
单倍型类型也最为丰富,覆盖了所有 5 种单倍型类型,说明较双亲遗传的 SSR 标记,cpDNA 更能
反映物种的地理起源关系,也有可能由引种等人为传播方式造成。A2 组中以 99%的支持率聚在一
支的采自明溪县的‘白瓠梨’和‘黄瓠梨’的 cpDNA 也都为 Hap3,A3 组内以 98%的支持率聚在
一支采自屏南县‘大葫芦梨’和‘小葫芦梨’,以 100%的支持率聚在一支的采自建阳县的‘黄皮钟
梨’和‘饼子梨’的 cpDNA 单倍型类型都为 Hap1;而 A4 组中以 100%支持率聚在一支的‘青皮钟
梨’和‘赤皮钟梨’,分别来自相邻的建瓯和建阳,二者的单倍型都为 Hap5,他们以极高的支持率
聚在一支,同时又具有相同的单倍型,表现出非常近的亲缘关系。
母系遗传的 cpDNA 单倍型的进化反应了母系进化历史,双亲遗传的 SSR 标记多样性则反应了
新种质的形成、驯化过程中的方式及遗传分化水平。结合两组数据所揭示的信息,可以发现福建地
方品种 cpDNA 的单倍型多样性表现出有特点的地理分布,南部和北部单倍型组成具有一定的特异
性。SSR 标记的 NJ 聚类中福建不同地区地方品种相互交织在一起,显示出较为复杂的遗传关系;
而作为参考的两个日本梨品种分别和来自福建东北部的品种聚在一支,表现出较近的遗传关系,暗
示了福建砂梨和日本梨较近的亲缘关系,这与之前基于 RAPD 标记的对东亚栽培梨的亲缘关系的研
究结果(Teng et al.,2002)一致。本研究中将双亲遗传的 SSR 标记结合母系遗传的 cpDNA 对福建
地方品种的遗传多样性进行较系统的分析,能够相对全面的揭示福建各地方品种间的亲缘关系,有
助于福建地方梨种质的有效保护和合理利用。

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