免费文献传递   相关文献

Cloning and Expression Pattern Analysis of the ApNAP Gene in Asarina procumbens

金鱼藤中ApNAP基因的克隆和表达模式分析



全 文 :植物科学学报  2014ꎬ 32(3): 251~258
Plant Science Journal
    DOI:10􀆰 3724 / SP􀆰 J􀆰 1142􀆰 2014􀆰 30251
金鱼藤中 ApNAP基因的克隆和表达模式分析
樊金萍∗ꎬ 赵 然
(东北农业大学园艺学院ꎬ 哈尔滨 150030)
摘  要: 金鱼藤(Asarina procumbens)是玄参科金鱼藤属多年生藤本植物ꎬ 在园林中常用于垂直绿化ꎬ 是良好
的观赏植物ꎬ 但金鱼藤叶片衰老后很快干枯并脱落ꎬ 仅留光秃的茎蔓ꎬ 使其观赏价值大大降低ꎮ AtNAP 是拟南
芥 NAC基因家族中与衰老相关的转录因子ꎬ 在调控叶片衰老过程中有重要的作用ꎮ 本研究以金鱼藤衰老叶片为
材料ꎬ 运用 RT ̄PCR和 RACE 技术克隆金鱼藤中 ApNAP 基因 cDNA 序列ꎮ 结果显示ꎬ 该基因位于细胞核中ꎬ
cDNA全长为 1341 bpꎬ 开放阅读框为 936 bpꎬ 编码 311个氨基酸ꎬ 相对分子量为 35􀆰 21 kDꎬ 等电点为 9􀆰 13ꎻ
ApNAP基因组全长 1526 bpꎬ 含有 2个内含子和 3个外显子ꎮ 多重序列比对表明ꎬ ApNAP 属于 NAC 转录因子
家族ꎮ 系统进化树分析显示ꎬ ApNAP 属于 NAP 亚组ꎬ 与 AtNAM的同源关系最近ꎮ 实时荧光定量 PCR 结果表
明ꎬ 受自然状态下衰老和黑暗处理的诱导ꎬ ApNAP基因表达量增加ꎬ 这进一步说明 ApNAP 基因参与调控金鱼
藤叶片衰老的过程ꎮ 该基因的分离对利用转基因技术延缓金鱼藤叶片衰老ꎬ 提高金鱼藤在园林绿化中的观赏价
值具有实际意义ꎮ
关键词: 金鱼藤ꎻ 基因克隆ꎻ ApNAPꎻ 荧光定量 PCR
中图分类号: Q943          文献标识码: A          文章编号: 2095 ̄0837(2014)03 ̄0251 ̄08
      收稿日期: 2013 ̄12 ̄12ꎬ 修回日期: 2014 ̄03 ̄12ꎮ
  基金项目: 黑龙江省研究生创新科研资金项目(YJSCX2012 ̄032HLJ)ꎮ
  作者简介: 樊金萍 (1972 -)ꎬ 女ꎬ 博士ꎬ 硕士生导师ꎬ 研究方向为园林植物遗传育种与生物技术 ( E ̄mail: fan _ xuer2000@
aliyun􀆰 com)ꎮ
  ∗通讯作者(Author for correspondence)ꎮ
Cloning and Expression Pattern Analysis of the
ApNAP Gene in Asarina procumbens
FAN Jin ̄Ping∗ꎬ ZHAO Ran
(College Horticultureꎬ Northeast Agricultural Universityꎬ Harbin 150030ꎬ China)
Abstract: Asarina procumbensꎬ Scrophulariaceaeꎬ is a perennial vine and good ornamental
plant for vertical greening in the garden. Howeverꎬ when the leaves of A􀆰 procumbens become
dry and abscised after senescingꎬ the bare tendrils greatly reduce its ornamental value. AtNAP
is a NAC family transcription factor gene that plays a key role in regulating leaf senescence in
Arabidopsis. In this studyꎬ ApNAPꎬ a homologous gene of AtNAPꎬ was cloned from
A􀆰 procumbens senescent leaves by RT ̄PCR and RACE. Results showed that the ApNAP gene
was located in the nucleus and had a total length of 1341 bp with an open reading frame of
936 bpꎬ encoding 311 amino acidsꎬ of which the relative molecular weight was 35􀆰 21 kD and
the isoelectric point was 9􀆰 13. The length of the genome was 1526 bp with two introns and
three exons. Multiple sequence alignment indicated that the ApNAP gene was a NAC
transcription factor. Phylogenetic analysis indicated that the ApNAP gene belonged to the NAP
subfamily and shared highest similarity with AtNAM in Arabidopsis. The results of real ̄time
qPCR showed that the expression level of ApNAP was increased under treatments induced by
natural and dark ̄induced senescenceꎬ indicating that it was involved in the regulation of the
leaf senescent process of A􀆰 procumbens. The isolation and cloning of ApNAP had an
important value in delaying leaf senescence and improving the greening value of
A􀆰 procumbens.
Key words: Asarina procumbensꎻ Gene cloningꎻ ApNAPꎻ Real ̄time qPCR
    金鱼藤(Asarina procumbens)叶绿繁茂ꎬ 花
色素雅ꎬ 在园林中既可做墙体的垂直绿化、 又可做
垂吊植物栽培ꎬ 是良好的观赏植物ꎬ 但其叶片衰老
后ꎬ 会很快干枯脱落ꎬ 仅留下光秃的金鱼藤茎蔓ꎬ
大大降低了其观赏价值ꎮ 目前ꎬ 国内外对金鱼藤的
研究鲜有报道ꎮ 2011 年张美恒等[1]以金鱼藤叶柄
为外植体建立了金鱼藤快速繁殖体系ꎮ
叶片衰老是植物发育的有机组成部分ꎬ 是一个
主动的调控过程[2]ꎮ 叶片衰老包含了叶绿体结构
的破坏ꎬ 叶绿体、 蛋白质、 脂类、 核酸等大分子物
质的降解ꎬ 营养元素的转运和再利用以及最终叶片
的凋亡ꎮ 叶片衰老过程中伴随着细胞结构、 生理代
谢和基因表达方面的一系列复杂有序的变化[3]ꎮ
其中 AtNAP是拟南芥 NAC基因家族中与衰老相关
的转录因子ꎬ 在调控叶片衰老过程中有重要的作
用[4]ꎮ
NAC转录因子只存在于植物中ꎬ 且数量众多ꎬ
广泛分布于陆生植物中ꎬ 构成了最大的转录因子家
族之一[5ꎬ6]ꎮ 1996年 Souer 等[7]在矮牵牛(Petunia
hybrid Vilm)中克隆得到第一个 NAC转录因子ꎬ 随
后ꎬ 在拟南芥(Arabidopsis thaliana)、 水稻(Ory ̄
za sativa)约 20 种植物中发现了 NAC 基因[8]ꎮ
NAC结构域不包含任何已知的蛋白结构域ꎬ 而是
以几个螺旋元件包围着一个扭曲的 β ̄折叠片结构
代替了典型的螺旋-转角-螺旋结构[9]ꎮ NAC 蛋白
的 N ̄端高度保守ꎬ 由大约 160个氨基酸残基组成ꎬ
分为 A、 B、 C、 D、 E 5 个亚结构域[6]ꎬ 其中亚域
C可能与结合 DNA有关ꎬ 亚域 E 可能参与发育时
期调控和(或)组织特异性ꎬ 并协同亚域 D 与 DNA
发生相互作用[9ꎬ10]ꎮ 研究表明ꎬ NAC 转录因子在
植物的生长发育、 器官形成、 激素调节和防御抵抗
多种生物和非生物胁迫等方面都发挥着重要作用ꎮ
如侧根的形成[11]ꎬ 植物的衰老[12-14]ꎬ 次生细胞壁
的形成[15-17]ꎬ 对寒冷、 干旱以及盐胁迫的响
应[18ꎬ19]等ꎮ
NAP (NAC ̄likeꎬ Activated by AP3 / PI) 是
NAC基因家族的一个成员ꎬ 具有典型的包含 A、
B、 C、 D和 E 5个亚结构域的 NAC结构域ꎬ 在转
录激活区域没有与其它 NAC 家族成员同源的保守
结构域[6]ꎮ 1998 年ꎬ Sablowski 等[20] 通过激活
AP3 / PI功能并抑制下游蛋白翻译的方法ꎬ 检测下
游基因的 mRNA水平ꎬ 克隆了 AtNAP 基因并发现
其能调控花器官的发育ꎮ 2006 年 Gan 等[14]在拟
南芥中发现 AtNAP在叶片衰老中也起着重要作用ꎬ
AtNAP在叶片未衰老时几乎没有表达ꎬ 而叶片衰
老时表达显著上调ꎬ AtNAP 的 T ̄DNA 插入突变体
nap表现出明显的叶片滞绿表型ꎬ 叶片衰老比拟南
芥野生型晚大约 10 d 左右[14]ꎮ 而后ꎬ 研究人员分
别在柑橘(Citrus sinensis)、 番红花(Crocus sati ̄
vus)、 水稻、 高羊茅(Festuca arundinacea Schreb.)
和金丝慈竹(Bambusa emeiensis ‘Viridiflavus’)
中克隆了与 AtNAP 同源性很高的 NAC 基因(Cit ̄
NAC、 CsatNAP、 OsNAP、 FaNAP、 BeNAC1) 并
进行了功能分析ꎬ 发现克隆得到的基因在调控叶片
衰老进程中起着重要的作用[21-25]ꎮ 本研究通过分
离克隆金鱼藤叶片中与衰老相关的转录因子 At ̄
NAP同源基因 ApNAPꎬ 分析该基因的功能ꎬ 可以
为金鱼藤叶片衰老机制的研究提供线索ꎬ 同时对延
缓金鱼藤叶片衰老ꎬ 提高金鱼藤的绿化价值有着重
要的作用ꎮ
1  材料与方法
1􀆰 1  植物材料
金鱼藤(Asarina procumbens)由东北农业大
学园艺站提供ꎮ 取自然生长状态下完全衰老的叶片
作为 ApNAP基因克隆材料ꎻ 此外ꎬ 取幼嫩、 开始
衰老(叶尖开始黄化)和完全衰老(明显的黄化现
象)的叶片作为实时荧光定量 PCR 材料ꎬ 叶片经
液氮速冻后ꎬ 置-80℃保存备用ꎮ
1􀆰 2  总 RNA提取和 cDNA合成
采用 Trizol 试剂提取金鱼藤衰老叶片的总
RNAꎮ 采用 TaKaRa公司的 M ̄MLV 反转录酶合成
252 植 物 科 学 学 报 第 32卷 
cDNA第一链用于 RT ̄PCRꎻ 按照 TaKaRa公司 3′ ̄
Full RACE Core Set Ver􀆰 2􀆰 0 和 5′ ̄Full RACE Core
Set Ver􀆰 1􀆰 0 说明书进行 cDNA 合成ꎬ 用于 3′ ̄
RACE和 5′ ̄RACE扩增ꎮ
1􀆰 3  RACE法克隆 ApNAP基因
以 cDNA为模板ꎬ 在 NCBI(http: / / www􀆰 ncbi.
com)中搜索拟南芥等其它物种对应的氨基酸和核
苷酸序列并进行比对ꎬ 用 Primer Premier 5􀆰 0软件
设计简并引物 NAP ̄F1 和 NAP ̄R1(见表 1)ꎬ 进行
降落 PCRꎬ 得到的 PCR 产物用 1􀆰 2%琼脂糖凝胶
电泳检测ꎬ 回收的目的片段与 pEasy ̄T1载体连接并
转化大肠杆菌 DH5α 感受态细胞ꎬ 蓝白斑筛选后
送北京华大基因公司测序ꎮ 降落 PCR 反应程序:
94℃变性 5 minꎻ 94℃变性 30 sꎬ 60℃退火 30 sꎬ
72℃延伸 1 minꎬ 3个循环ꎻ 94℃变性 30 sꎬ 57℃
退火 30 sꎬ 72℃延伸 1 minꎬ 3个循环ꎻ 94℃变性
30 sꎬ 54℃退火 30 sꎬ 72℃延伸 1 minꎬ 25 个循
环ꎻ 72℃延伸 10 minꎬ 4℃保存ꎮ
根据已获得的保守序列ꎬ 设计 3′ ̄RACE 和 5′ ̄
RACE特异性引物 3′ race ̄Outer、 3′ race ̄Inner、 5′
race ̄Outer和 5′ race ̄Inner(表 1)ꎬ 进行巢式 PCRꎬ
扩增 3′和 5′端序列ꎮ 将获得的保守序列、 3′端序列
和 5′端序列进行序列拼接ꎬ 得到 ApNAP 基因的全
长序列ꎮ 设计全长引物 GSP ̄F1和 GSP ̄R1(表 1)ꎬ
表 1  用于 ApNAP基因克隆与表达分析的引物
Table 1  Primers used in cloning and expression
analysis of the ApNAP gene
引物
Primer
引物序列(5′-3′)
Primer sequence(5′-3′)
用途
Function
NAP ̄F1 GGSTTYMGRTTYCAYCCNACBGA
NAP ̄R1 TCNGTRCCNGTNGCYTTCCARTA
RT ̄PCR
3′ race ̄Outer TGCGGGGCACTGTTTTCCT
3′race ̄Inner TCAGTCCAAGAGACAGAAAATACCC
3′ RACE
5′ race ̄Outer GAAGCTCCCACGGGTCAAAT
5′race ̄Inner CCCATTCGGGTATTTTCTGTCTC
5′ RACE
GSP ̄F1 AGTAGGCTGTGGATCCGCGA
GSP ̄R1 CAACTAGTGGGAAGGAATTC
cDNA
GSP ̄F2 CCACAGCCTACTGATGATCT
GSP ̄R2 GCCAGATGTTAGCCCAAA
Genome
克隆
Actin ̄F ATYCTHCGTCTYGAYCTTGCWGG
Actin ̄R ACYTTRATCTTCATGCTRCT
Actin克隆
NAP ̄F2 GGCTTTAGGTTTCACCCTACGGA
NAP ̄R2 TCCGTGCCAGTAGCCAACCAGTA
qPCR
Actin ̄F1 ATTGAGACTGCCAAGAGC
Actin ̄R1 CAGAAGATTCCATTCCGATA
qPCR
扩增全长 cDNAꎮ
1􀆰 4  ApNAP全长基因组的克隆
采用 CTAB法ꎬ 提取金鱼藤叶片中的总 DNAꎬ
设计基因组全长引物 GSP ̄F2 和 GSP ̄R2 (见表
1)ꎬ 扩增 ApNAP全长基因组ꎮ
1􀆰 5  RT ̄PCR法克隆 Actin片段
以 cDNA为模板ꎬ 在 NCBI(http: / / www􀆰 ncbi.
com)中搜索拟南芥等其它物种 Actin 基因的核苷
酸序列并进行比对ꎬ 用 Primer Premier 5􀆰 0软件设
计简并引物 Actin ̄F 和 Actin ̄R(见表 1)进行 PCR
反应ꎮ PCR反应程序: 94℃变性 5 minꎻ 94℃变性
30 sꎬ 56℃退火 30 sꎬ 72℃延伸 1 minꎬ 30 个循
环ꎻ 72℃延伸 10 minꎬ 4℃保存ꎮ
1􀆰 6  生物信息学分析
用 NCBI中 ORF(http: / / www􀆰 ncbi􀆰 nlm􀆰 nih.
gov / gorf / gorf􀆰 html)分析 ApNAP 基因的开放阅读
框ꎻ 用 ProtParam(http: / / web􀆰 expasy􀆰 org / cgi ̄
bin / protparam)分析蛋白质的理化参数ꎻ 用 Chlo ̄
roP ( http: / / www􀆰 cbs􀆰 dtu􀆰 dk / services / ChloroP / )
在线对氨基酸进行亚细胞定位ꎻ 用 DNAMAN 软件
对 ApNAP基因与其它物种的同源基因进行多重序
列比对ꎬ 用 MEGA 4􀆰 0软件构建系统发育树ꎮ
1􀆰 7  ApNAP基因表达模式分析
1􀆰 7􀆰 1  黑暗处理后 ApNAP基因的表达模式分析
将叶龄相同的金鱼藤叶片用铝箔包好ꎬ 20℃
黑暗离体培养 0、 6、 12、 18、 24、 30 d 后ꎬ 分别
提取不同叶片的总 RNAꎮ
1􀆰 7􀆰 2  实时荧光定量 PCR检测
根据 ApNAP 和 Actin 基因序列ꎬ 设计特异荧
光定量 PCR 引物 NAP ̄F2、 NAP ̄R2 和 Actin ̄F1、
Actin ̄R1(见表 1)ꎮ 以自然状态和黑暗处理后不同
叶片 cDNA 为模板ꎬ 进行实时荧光定量 PCR 反
应ꎬ 以金鱼藤 Actin 基因为内参ꎬ 检测 ApNAP 基
因的表达量ꎮ 反应条件为: 94℃变性 5 minꎻ 94℃
变性 30 sꎬ 57℃退火 30 sꎬ 72℃延伸 1 minꎬ 35
个循环ꎻ 4℃保存ꎮ 实时荧光定量 PCR在 iQTM5荧
光定量 PCR 仪上进行ꎮ 采用 2-ΔΔCt法对数据进行
单因素方差分析ꎬ 统计分析采用 one ̄way ANOVA
法(n=3)ꎮ
同时ꎬ 采用高俊凤的分光光度计法[26]对叶片
352  第 3期                      樊金萍等: 金鱼藤中 ApNAP基因的克隆和表达模式分析
叶绿素含量进行测定ꎬ 进一步确认不同叶片的衰老
程度ꎮ
2  结果与分析
2􀆰 1  叶片总 RNA提取
从图 1可见ꎬ 用 Trizol法提取金鱼藤衰老叶片
的总 RNA凝胶电泳有 28 s、 18 s和 5 s 3条条带ꎬ
其中 28 s最亮ꎬ 亮度约是 18 s的 2倍ꎬ 说明提取
的总 RNA完整ꎬ 可以进行下一步试验ꎮ
2000
bp
1000
750
500
250
100 5
18
28
s
M RNA
图 1  金鱼藤衰老叶片的总 RNA
Fig􀆰 1  Total RNA of senescent leaves
2􀆰 2  ApNAP基因序列的获得
经测序ꎬ 用 RT ̄PCR法得到的中间保守片段大
小为 254 bp (图 2: a)ꎮ RACE 法克隆得到的 3′
端和 5′端序列大小为 1107 bp 和 341 bp 的片段
(图 2: bꎬ c)ꎮ 将三者进行序列拼接ꎬ 最终得到
ApNAP 基因的 cDNA全长序列ꎬ 大小为 1341 bpꎮ
2􀆰 3  ApNAP基因组全长的获得
以金鱼藤叶片 DNA 为模板ꎬ 进行 PCR 反应ꎬ
测序结果发现ꎬ 金鱼藤中 ApNAP 的基因组全长序
列为 1526 bpꎬ 其中包含 2 个内含子和 3 个外显
子ꎮ 内含子的长度分别为 89 bp和 106 bp(图 3)ꎮ
2􀆰 4  ApNAP基因序列分析
通过生物信息学分析发现ꎬ ApNAP 基因包含
936 bp的开放阅读框ꎬ 编码 311 个氨基酸序列ꎻ
该基因编码蛋白质的相对分子量为 35􀆰 21 kDꎬ 等
电点(pI)9􀆰 13ꎬ 为碱性蛋白ꎮ 亚细胞定位发现该
基因位于细胞核中ꎮ
利用 DNAMAN软件对 ApNAP 基因编码氨基
酸序列与其它植物的氨基酸序列进行同源性多重序
列比对ꎮ 结果显示ꎬ ApNAP 基因具有 NAC 家族
A、 B、 C、 D和 E 5 个亚结构域ꎬ 且亚域 E 高度
保守ꎬ 说明 ApNAP 基因属于 NAC 转录因子家族
之一(图 4)ꎮ
用软件 MEGA 4􀆰 0 对含目的基因在内的 20个
NAC转录因子构建系统进化树ꎬ 并采用邻接法
(neighbor ̄joining)进行分析ꎬ 结果显示 ApNAP属
于 NAP亚家族ꎬ 可能是 AtNAP的同源基因ꎬ 具有
与其相似的功能(图 5)ꎮ
2􀆰 5  ApNAP基因的表达分析
2􀆰 5􀆰 1  Actin基因序列的获得
运用 RT ̄PCR 法克隆得到金鱼藤中内参基因
Actin的序列片段ꎬ Actin基因序列大小为 464 bpꎬ
共编码 152个氨基酸(图 6)ꎮ
为进行实时荧光定量 PCRꎬ 根据已获得的 Ap ̄
NAP基因和 Actin基因序列ꎬ 重新设计引物ꎬ 进行
PCR反应ꎬ 分别得到一段 254 bp ApNAP 基因序
列和 139 bp Actin基因序列ꎮ
2000
2000
2000
bp bp bp
1000
1000
500
500
500
250
250 250100
100 100
254 bp
1107 bp
341 bp
M M M1 3’-RACE 5’-RACE
a b c
a: RT ̄PCR电泳结果ꎻ b: 3′ ̄RACE电泳结果ꎻ c: 5′ ̄RACE电泳结果ꎻ M: DL ̄2000 markerꎮ
a: RT ̄PCR product of ApNAPꎻ b: PCR product of 3′ ̄RACEꎻ c: PCR product of 5′ ̄RACE. M: DL ̄2000 marker.
图 2  ApNAP基因的 RT ̄PCR及 RACE电泳图
Fig􀆰 2  Agarose gel electrophoresis of PCR products of ApNAP
452 植 物 科 学 学 报 第 32卷 
TCGCGGATCCACAGCCTACTGATGATCAGTCGATGGAAAAAATAGCCGCCGGATCTCTGATT
TCAAAGAAGAAATAGTTCTCTGAATTTTAGTGAAGGGAATAAAGAAGAAGGAATTTCCTCTC
TGTTTAAGAGCGATCAAAGGCTGAAATTTGGAATAAATATGGGCATCCGAGAAACCGACCC
GCTTTCACAACTGAGTTTGCCTCCCGGGTTCCAGTTCTACCCGACGGATGAGGAGCTTTTGGT
GCAGTACCTCTGCAGAAAAGTTGCGGGGCACTGTTTTCCTTTGCAAATAATTGGAGATGTTG
ATTTGTACAAATTTGACCCGTGGGAGCTTCCAAGCAAAaactagaattctttcatactgtgagcttaatctt
ttttggtttggttttatgattctaaatgttgtgtttgttgtgtgtattcttgaagGCTACATTTGGAGAGAAAGAAT
GGTATTTCTTCAGTCCAAGAGACAGAAAATACCCGAATGGGTCGCGGCCAAATCGAGTAGCC
GGATCCGGGTACTGGAAAGCCACCGGAACTGATAAAATCATTACAACAGAGGGAAGAAAA
GTTGGTATAAAGAAAGCCCTTGTTTTTTACGTTGGGAAAGCGCCTAAAGGAACCAAAACTAA
TTGGATTATGCATGAATATCGACTTTCCGAGCCTTCAAGAAAAAATGGCAGCTCCAAGgtaag
aaaatttataacaattcctttttcttttctttttt taatttatattttggttttcaagtttttaatggatcggattaataattttatttg
gttatgtttagTTGGACGATTGGGTGCTGTGCCGAATCTACAAGAAGAATTCAAGCGGTCAGAAA
CCCGCCATTTCTGCTGTGCAGAGCAAAGAGTACAGCCACGGTTCTTCGTCGTCTTCATCTCAA
TACGACGACGTGTTGGAGTCCTTACCGGAAATCGACGACCGTTTCTTCTCTTTGCCAAGGATG
AATTCCCTCAAGAATCTTCAGCAATTGGGCTCGGGGAATTTTGATTGGGCCACTTTAGCCGG
GCTCAAACCTCTGCCTGAACTCGTACAAGCCCAACAACAAGCCAATATCAACCATAACATGA
GCGGGCAAAATGACATGTATGCCCCCAGCTTCACCCAAAATGTTATGGACGACGAAGTACA
GAGCGGGCTCAAAACTCAACGACTGGAAAACTTTCCACAGAACGCGTTCGCTCAGGGTTATA
CCAACTCGGTCGACCCGTTTGGGATCCGATACCCGAACGGGTTGGGATTCAGACAGTGAAAT
ATACATGAATGCGGGCGATTGTGTAAATAAATGGAATTCTTTGGGCTAACATCTGGCTTTATT
CGTTAATACAGATTGAGAAAGGAAGAGCTCCAAAGGTGTAGTATTCTGAATTTTAGGGGGTC
GTTTGTGAAAATTCAGAAACCATGGTGCCCCCATAGATTTTGTACACGTTTAGGTACATGCAT
ACATCTTCTTTTGCAGATAAATTTAAGGTGCAATCTACCAAAAAAAAAAAAA
!"#$%&()*+,-.
Gray shaded small letters stand for intron sequence
图 3  ApNAP基因组全长序列
Fig􀆰 3  Full ̄length sequence of the ApNAP genome
ApNAP Asarina procumbens
AtNAP Arabidopsis thaliana
BeNAC1 Bambusa emeiensis
CsatNAP Crocus sativus
MmNAP Mikania micrantha
ApNAP Asarina procumbens
AtNAP Arabidopsis thaliana
BeNAC1 Bambusa emeiensis
CsatNAP Crocus sativus
MmNAP Mikania micrantha
ApNAP Asarina procumbens
AtNAP Arabidopsis thaliana
BeNAC1 Bambusa emeiensis
CsatNAP Crocus sativus
MmNAP Mikania micrantha
图中 A、 B、 C、 D和 E 代表 NAC家族的 5个亚结构ꎻ 黑色表示完全保守ꎬ 灰色表示部分保守ꎮ
Aꎬ Bꎬ Cꎬ D and E stand for the five substructuresꎻ Black is fully ̄conservedꎻ Gray is partially ̄conserved.
图 4  ApNAP基因编码的氨基酸与其它植物同源性的多重比对
Fig􀆰 4  Homology multiple alignment of encoding amino sequence of ApNAP between Asarina
procumbens and other plants
552  第 3期                      樊金萍等: 金鱼藤中 ApNAP基因的克隆和表达模式分析
AtNAC2 ( BAB20600)Arabidopsis thaliana,
AtNAP ( CAA10955)A. thaliana,
FveNAC ( XP_004297288 )Fragaria vesca,
CitNAC ( ABM67699)Citrus sinensis,
MmNAP ( ABZ89747)Mikania micrantha,
PvNAC2 ( AAK84884)Phaseolus vulgaris,
CsatNAP ( ABU40774)Crocus sativus,
BeNAC1 ( ADP69101)Bambusa emeiensis,
OsNAP ( NP_912423)Oryza sativa,
ApNAP ( )Asarina procumbens
AtNAM ( AAD17314)A. thaliana,
OsNAC5 ( BAA89799)O. sativa,
PxNAM ( AAM34773)Petunia × hybrid,
GmNAC ( AAY46121)Glycine max,
AtNAC072 ( NP_567773)A. thaliana,
AtNAC019 ( AAT02360)A. thaliana,
ATAF1 ( NP_171677)A. thaliana,
AtNAC3 ( BAB20599)A. thaliana,
AtCUC1 ( BAB20598)A. thaliana,
OsNAC1 ( , BAC53810)O. sativa
NAP
AtNAC3
NAM
44
75
62
72
100
100
100
83
100
100
100
100
0.05
89
71
48
54
50
图 5  ApNAP基因与其他植物 NAC的进化树分析
Fig􀆰 5  Phylogenetic analysis of the ApNAP gene and NAC transcription factors of other plants
2000
bp
1000
500
250
100
464 bp
M Actin
图 6  Actin基因的 RT ̄PCR电泳图
Fig􀆰 6  Agarose gel electrophoresis of
RT ̄PCR products of Actin
2􀆰 5􀆰 2  自然状态下 ApNAP 基因在叶片中的表达
分析
由图 7可知ꎬ 随着叶绿素含量的降低ꎬ 叶片衰
老程度的增加ꎬ ApNAP 基因的表达量显著上调ꎬ
这是金鱼藤叶片衰老的一个正调控因子ꎮ
2􀆰 5􀆰 3  黑暗诱导后 ApNAP 基因在叶片中的表达
分析
由图 8可知ꎬ 随着黑暗处理天数的增加ꎬ 叶绿
素的含量缓慢下降ꎬ 叶片出现早衰现象ꎬ 同时在黑
暗处理 10 d 以后ꎬ ApNAP基因的表达量大幅度增
1.8
1.6
1.4
1.2
1.0
0.8
0.6
0.4
0.2
0.0 1
1
2
2
3
3
3.0
2.5
2.0
1.5
1.0
0.5
0
Leaves
Leaves
C
on
te
nt
o
f c
hl
or
op
hy
ll
R
el
at
iv
e
ex
pr
es
si
on
o
f A
pN
AP
!"
!"
!
#
$
%
&

(
/
)
m
g
g
Ap
N
AP
%
(
)
*
+

A
B
1: 幼嫩叶片ꎻ 2: 开始衰老的叶片ꎻ 3: 完全衰老叶片
1: Young leafꎻ 2: Beginning senescent leafꎻ 3: Senescent leaf
图 7  自然状态下不同衰老程度的叶片叶绿素含量(A)
和 ApNAP基因的相对表达量测定(B)
Fig􀆰 7  Chlorophyll content (A) and relative expression of
the ApNAP gene (B) in different aged leaves in nature
652 植 物 科 学 学 报 第 32卷 
1.6
1.4
1.2
1.0
0.8
0.6
0.4
0.2
0 0
0
5
5
10
10
15
15
20
20
25
25
30
30
3 5.
3.0
2.5
2.0
1.5
1.0
0.5
0
Days of dark treatment
Days of dark treatment
C
on
te
nt
o
f c
hl
or
op
hy
ll
R
el
at
iv
e
ex
pr
es
si
on
o
f A
pN
AP
!"#$%& d( )
!"#$%& ( )d

(
)
*
+
,
(
/
)
m
g
g
Ap
N
AP
*
-
.
/
0
,
A
B
图 8  不同黑暗处理下金鱼藤叶片叶绿素含量(A)
和 ApNAP基因的相对表达量测定(B)
Fig􀆰 8  Chlorophyll content (A) and relative expression
of the ApNAP gene (B) in different aged leaves
with different dark treatment
加ꎬ 说明该基因能够响应黑暗诱导ꎬ 是金鱼藤叶片
衰老的一个调控基因ꎮ
3  讨论
NAP基因是花瓣和雄蕊形成的靶基因ꎬ 在花
器官形成过程中基因表达上调[14]ꎮ 番红花中 Csat ̄
AP3基因能够诱导 CsatNAP 基因在第一轮花瓣中
表达[27]ꎮ NAP基因能响应黑暗诱导ꎬ 使基因表达
上调ꎮ 如在拟南芥叶片衰老过程中ꎬ ABA ̄AtNAP ̄
SAG113调控链能够调控气孔关闭和叶片失水ꎮ 其
中 SAG113是 AtNAP 的一个靶基因ꎬ 叶片衰老和
受 ABA 诱导时ꎬ 该基因表达会上调ꎬ 同时
SAG113是 ABA的一个负调控因子ꎬ 能够阻止叶
片气孔的关闭ꎬ 使叶片失水ꎬ 而引起叶片衰老[28]ꎮ
Zhou等[29]研究发现 OsNAP 通过参与 JA 信号传
导途径来调控叶片衰老ꎬ 是叶片衰老的一个正调控
因子ꎬ 反之ꎬ 过表达 OsNAP 会增强水稻中内源
JA的产生ꎮ 然而ꎬ NAP 基因调控叶片衰老和花器
官形成内在的作用机制仍需进一步探究ꎮ
本研究从金鱼藤衰老叶片中分离克隆得到 Ap ̄
NAP基因ꎬ 序列比对和系统树分析表明ꎬ 该基因
属于 NAP 亚家族ꎬ 含有 NAC 家族典型的 A、 B、
C、 D、 E 5个亚结构域ꎬ 且亚域 E 高度保守ꎬ 这与
Ooka等[6]的结论一致ꎮ 黑暗处理被认为是一种最
有效最简便的诱导衰老的信号ꎬ 被广泛用来研究叶
片的衰老ꎮ 通过 qRT ̄PCR 发现ꎬ ApNAP 基因在
金鱼藤衰老叶片中有较高水平的表达ꎬ 在幼叶中表
达水平较低ꎻ 同时黑暗处理 15 d后叶片中 ApNAP
基因表达量开始增大ꎬ 可见该基因能响应黑暗信号
的诱导ꎬ 这与 Guo等[14]的研究结果一致ꎬ 也进一
步证明了 ApNAP 具有和 AtNAP 基因相似的表达
模式ꎬ 在调控叶片衰老过程中起着重要的作用ꎮ
参考文献:
[ 1 ]   张美恒ꎬ 胡翠平ꎬ 樊金萍. 金鱼藤的组织培养和快速
繁殖体系的建立[J] . 作物杂志ꎬ 2012(2): 59-62.
[ 2 ]   Lim POꎬ Kim HJꎬ Nam HG. Leaf senescence[J] .
Annu Rev Plant Biolꎬ 2007ꎬ 58: 115-136.
[ 3 ]   梁秋霞ꎬ 曹刚强ꎬ 苏明杰ꎬ 秦广雍. 植物叶片衰老研
究进展[ J] . 中国农学通报ꎬ 2006ꎬ 22(8): 282-
285.
[ 4 ]   Gan Sꎬ Amasino RM. Making sense of senescence
(molecular genetic regulation and manipulation of
leaf senescence) [ J] . Plant Physiꎬ 1997ꎬ 113
(2): 313-319.
[ 5 ]   Duval Mꎬ Hseieh ANꎬ Skriver K. Molecular charac ̄
terization of AtNAM: a member of the Arabidopsis
NAC domain super family [ J] . Plant Mol Biolꎬ
2002ꎬ 50: 237-248.
[ 6 ]   Ooka Hꎬ Satoh Kꎬ Doi K. Comprehensive analysis
of NAC family genes in Oryza sativa and Arabidop ̄
sis thaliana [ J] . DNA Resꎬ 2003ꎬ 10 (6): 239 -
247.
[ 7 ]   Souer Eꎬ Houwelingen Aꎬ Kloos Dꎬ Mol Jꎬ Koes
R. The no apical meristem gene of Petunia is re ̄
quired for pattern formation in embryos and flowers
and is expressed at meristem and primordia
boundaries[J] . Cellꎬ 1996ꎬ 85: 159-170.
[ 8 ]   李伟ꎬ 韩蕾ꎬ 钱永强ꎬ 孙振元. 植物 NAC 转录因子
的种类、 特征及分类[ J] . 应用与环境生物学报ꎬ
2011ꎬ 17(4): 596-606.
[ 9 ]   Ernst HAꎬ Olsen ANꎬ Skriver Kꎬ Larsen Sꎬ Leggio
LL. Structure of the conserved domain of ANACꎬ a
member of the NAC family of transcription factors
[J] . EMBO Repꎬ 2004ꎬ 5 (3): 297-303.
[10]   Jensen MKꎬ Rung JHꎬ Gregersen PLꎬ Gjetting Tꎬ
752  第 3期                      樊金萍等: 金鱼藤中 ApNAP基因的克隆和表达模式分析
Fuglsang ATꎬ Hansen Mꎬ Joehnk Nꎬ Lyngkjaer
MFꎬ Collinge DB. The HvNAC6 transcription fac ̄
tor: A positive regulator of penetration resistance
in barley and Arabidopsis [ J ] . Plant Mol Biolꎬ
2007ꎬ 65 (1-2): 137-150.
[11]   He XJꎬ Mu RLꎬ Cao WHꎬ Zhang ZGꎬ Zhang JSꎬ
Chen SY. AtNAC2ꎬ a transcription factor down ̄
stream of ethylene and auxin signaling pathwaysꎬ
is involved in salt stress response and lateral root
development[J] . Plant Jꎬ 2005ꎬ 44: 903-916.
[12]   Uauy Cꎬ Distelfeld Aꎬ Fahima Tꎬ Blechl Aꎬ Dub ̄
covsky J. A NAC gene regulating senescence im ̄
proves grain proteinꎬ zincꎬ and iron content in
wheat[J] . Scienceꎬ 2006ꎬ 314: 1298-1301.
[13]   Balazadeh Sꎬ Kwasniewski Mꎬ Caldana C. ORSIꎬ
an H2O2  ̄responsive NAC transcription factorꎬ con ̄
trols senescence in Arabidopsis thaliana[ J] . Mol
Plantꎬ 2011ꎬ 4(2): 346-360.
[14]   Guo YFꎬ Gan S. AtNAPꎬ a NAC family transcrip ̄
tion factor has an important role in leaf senescence
[J] . Plant Jꎬ 2006ꎬ 46(4): 601-612.
[15]   Mitsuda Nꎬ Iwase Aꎬ Yamamoto Hꎬ Yoshida Mꎬ
Seki Mꎬ Shinozaki Kꎬ Ohme TM. The NAC tran ̄
scription factorsꎬ NST1 and NST3ꎬ are key regula ̄
tors of the formation of secondary walls in woody
tissues of Arabidopsis[ J] . Plant Cellꎬ 2007ꎬ 19:
270-280.
[16]   Mitsuda Nꎬ Seki Mꎬ Shinozaki Kꎬ Ohme TM. The
NAC transcription factors NST1 and NST2 of Arabi ̄
dopsis regulates secondary wall thickening and
are required for another dehiscence [ J ] . Plant
Cellꎬ 2005ꎬ 17: 2993-3006.
[17]   Zhong Rꎬ Demura Tꎬ Ye ZH. SND1ꎬ a NAC do ̄
main transcription factorꎬ is a key regulator of sec ̄
ondary wall synthesis in fibers of Arabidopsis[J] .
Plant Cellꎬ 2006ꎬ 18: 3158-3170.
[18]   Yoo SYꎬ Kim Yꎬ Kim SYꎬ Lee JSꎬ Ahn JH. Control
of flowering time and cold response by a NAC ̄
domain protein in Arabidopsis [ J ] . PLoS Oneꎬ
2007ꎬ 2(7): 637-642.
[19]   Nakashima Kꎬ Tran LPꎬ Nguyen DVꎬ Fujita Mꎬ
Maruyama Kꎬ Todaka Dꎬ Ito Yꎬ Hayashi Nꎬ Shi ̄
nozaki Kꎬ Yamaguchi ̄Shinozaki K. Functional anal ̄
ysis of a NAC ̄type transcription factor OsNAC6 in ̄
volved in abiotic and biotic stress responsive gene
expression in rice [ J] . Plant Jꎬ 2007ꎬ 51: 617 -
630.
[20]   Sablowski RWꎬ Meyerowitz EM. A homolog of NO
APICAL MERISTEM is an immediate target of the
floral homeotic genes APETALA3 / PISTILLATA[J] .
Cellꎬ 1998ꎬ 92(1): 93-103.
[21]   Liu YZꎬ Baig RMNꎬ Fan Rꎬ Ye JY. Identification
and expression pattern of a novel NAMꎬ ATAFꎬ
and CUC ̄Like gene from Citrus sinensis Osbeck
[J] . Plant Mol Biol Repꎬ 2009ꎬ 27(3): 292-297.
[22]   Kalivas Aꎬ Pasentsis Kꎬ Arglriou Aꎬ Darentas Nꎬ
Tsaftaris AS. FamRCA ̄RACE: a rolling circle am ̄
plification race for isolating a family of homologous
cDNAs in one reaction and its application to obtain
NAC genes transcription factors from crocus (Cro ̄
cus sativus) flower[J] . Prep Bioehem Biotechnolꎬ
2010ꎬ 40(3): 177-187.
[23]   唐雪蓉ꎬ 张如奎ꎬ 陈旭ꎬ 吴秀菊ꎬ 明凤. 水稻 OsNAP
基因的功能分析及其在育种价值方面的研究[J]. 复
旦大学学报: 自然科学版ꎬ 2012ꎬ 51(4): 506-514.
[24]   郭玉娟ꎬ 魏强ꎬ 蒯本科. 高羊茅中衰老相关转录因子
AtNAP同源基因的分离及功能分析[J] . 复旦大学
学报: 自然科学版ꎬ 2010ꎬ 49(5): 544-553.
[25]   陈云霞. 竹子中叶片衰老相关基因的分离与功能分
析[D] . 南京: 南京林业大学ꎬ 2011.
[26]   高俊凤. 植物生理学实验指导[M] . 北京: 高等教育
出版社ꎬ 2006: 5-6.
[27]   Kalivas Aꎬ Pasentsis Kꎬ Arglriou Aꎬ Darentas Nꎬ
Tsaftaris AS. Isolationꎬ characterization and ex ̄
pression analysis of an NAP ̄like cDNA from Cro ̄
cus (Crocus sativus L.) [J] . Plant Mol Biol Repꎬ
2010ꎬ 28: 654-663.
[28]   Zhou Yꎬ Huang WFꎬ Liu Lꎬ Lin YJ. Identification
and functional characterization of a rice NAC gene
involved in the regulation of leaf senescence[ J] .
BMC Plant Biolꎬ 2013ꎬ 13: 132-144.
[29]   Zhang KWꎬ Gan SS. An abscisic acid ̄AtNAP tran ̄
scription factor ̄SAG113 protein phosphatase 2C
regulatory chain for controlling dehydration in se ̄
nescing Arabidopsis leaves [ J ] . Plant Physiolꎬ
2012ꎬ 158: 961-969.
(责任编辑: 张 平)
852 植 物 科 学 学 报 第 32卷