全 文 ：作物学报 ACTA AGRONOMICA SINICA 2012, 38(1): 43−49 http://www.chinacrops.org/zwxb/
ISSN 0496-3490; CODEN TSHPA9 E-mail: xbzw@chinajournal.net.cn

本研究由山东省优秀中青年科学家科研奖励基金项目(BS2009NY017)和国家重点基础研究计划(973计划)项目(2007CB1090)资助。
* 通讯作者(Corresponding author): 马朝芝, E-mail: yuanbeauty@hzau.edu.cn
第一作者联系方式: E-mail: yylilove@126.com, Tel: 0536-8785288
Received(收稿日期): 2011-05-27; Accepted(接受日期): 2011-09-13; Published online(网络出版日期): 2011-11-07.
URL: http://www.cnki.net/kcms/detail/11.1809.S.20111107.1046.006.html
DOI: 10.3724/SP.J.1006.2012.00043
利用 SSCP技术分析甘蓝型油菜 10个功能基因序列差异
李媛媛 1,2 陈庆芳 2 傅廷栋 2 马朝芝 2,*
1 潍坊学院生物工程学院, 山东潍坊 261061; 2 华中农业大学/作物遗传改良国家重点实验室, 湖北武汉 430070
摘 要: 以甘蓝型油菜 SI-1300和 Eagle为材料, 利用 DNA单链构象多态性(single-strand conformation polymorphism,
SSCP)技术, 对 10对功能基因特异性引物进行多态性分析, 每对引物均检测到 1个多态性位点。随后随机挑选 10个
多态性片段进行测序, 并利用 bl2seq 软件比较测序序列与基因原始序列。结果显示测序序列与所对应的基因原始序
列之间相似程度平均高达 98%, 差异碱基数平均仅为 2.3个。进一步选取 5对引物比较分析两个材料间的差异扩增片
段序列, 发现差异扩增片段在 2个材料中高度保守, 平均相似度达 97%; 在所测序的 5对引物扩增序列中, 共存在 39
个单核苷酸多态性(single-nucleotide polymorphisms, SNPs)和 5个插入/缺失突变(insertion-deletions, INDELs), SNP和
INDEL的发生频率分别为 1 SNP/30 bp和 1 INDEL /233 bp。结果表明, SSCP标记能够真实代表原始功能基因, 甘蓝
型油菜功能基因序列在不同材料间高度保守, 其遗传变异类型主要来源于 SNP。
关键词: 甘蓝型油菜; 功能基因; SSCP; 序列分析
Polymorphism Analysis of Ten Functional Genes in Brassica napus Using SSCP
Method
LI Yuan-Yuan1,2, CHEN Qing-Fang2, FU Ting-Dong2, and MA Chao-Zhi2,*
1 Department of Bioengineering, Weifang University, Weifang 261061, China; 2 National Key Laboratory of Crop Genetic Improvement, Huazhong
Agricultural University, Wuhan 430070, China
Abstract: A sensitive technology is very necessary to detect the polymorphisms of functional genes in different cultivars, for the
coding sequences of functional genes tend to be conserved even between species. Single-strand conformational polymorphism
(SSCP) is a desirable method for DNA polymorphism analysis because of its high sensitivity and cost effectiveness. In previous
publications, we developed 177 functional markers corresponding to 111 differentially expressed genes between the parents of a
Brassica napus hybrid. And, 45 functional markers involved in 39 genes or expressed sequence tags (ESTs) were linked to the
QTLs of 12 yield-related traits in the F2 population from SI-1300×Eagle using SSCP analysis. In the present research, we
sequenced some polymorphic bands detected by SSCP analysis to confirm the high sensitivity of SSCP analysis. Firstly, a total of
ten primer pairs, which were designed according to ten B. napus functional genes or ESTs, were used to survey polymorphisms
between SI-1300 and Eagle. All primers showed polymorphisms, resulting ten polymorphic loci. Subsequently, ten polymorphic
bands were randomly selected, sequenced and aligned with the gene sequences for primers designed using the bl2seq software.
The results indicated that the average identity was 98%, and the average number of different bases was only 2.3 between the
sequenced fragments and their functional genes. Furthermore, the sequence comparison of polymorphic fragments amplified by
five primer pairs was performed between SI-1300 and Eagle. The polymorphic fragments were highly conserved between SI-1300
and Eagle, and there were 39 single-nucleotide polymorphisms (SNPs) and five insertion-deletions (INDELs) in the DNA
fragments amplified by the five primer pairs. The average frequency of sequence polymorphism was estimated to be one SNP
every 30 bp and one INDEL every 233 bp. In conclusion, the sequences of functional genes, which could be really amplified by
specific primers, are highly conversed among different cultivars in B. napus, and SNP is the most basic genetic variation for
functional genes. This study will provide a foundation for investigating the molecular basis of important traits in rapeseed using
comparative genomics.
44 作 物 学 报 第 38卷

Keywords: Brassica napus; Functional genes; SSCP; Sequencing
PCR 产物经热或化学变性后形成单链, 在不含
变性剂的中性聚丙烯酰胺凝胶中电泳时, DNA 单链
的迁移率除与 DNA 链的长短有关外 , 还取决于
DNA单链构象。这种由于碱基序列差异表现出的多
态现象称作 DNA 单链构象多态性 (single-strand
conformation polymorphism, SSCP)。目前, SSCP技
术已成为生命科学研究的一种常用方法, 在植物研
究中也得到了较多应用。Dumolin等[1]利用 SSCP技
术对橡树线粒体 DNA 进行分析 , 检测到线粒体
DNA的稀有多态性。在水稻中, Sato和 Nishio[2]通过
SSCP技术成功检测到 Wx基因的点突变; Shirasawa
等[3]对水稻 1036个基因进行 SSCP分析, 发现有 134
个基因在 17个日本品种中表现出多态性。在油菜中,
我们利用 SSCP 技术将代表 111 个不同 EST 或者基
因的 DNA序列发展为可靠的 177个 SSCP标记, 并
整合到甘蓝型油菜标准图谱中 [4]; 在此基础上 , 我
们对甘蓝型油菜重要农艺性状 QTL定位发现, 共有
涉及 39个不同 EST或基因的 45个 SSCP标记和油
菜产量及其相关性状有关 [5]。本研究中, 我们选取
10 个位于 QTL 区间内的功能分子标记在非变性胶
上的扩增产物进行测序, 并对其中 5 对引物在双亲
间的扩增差异片段测序比较分析, 以期确定 SSCP
标记对原基因扩增的真实性和双亲间核苷酸序列的
差异来源, 为进一步利用已定位的功能基因, 开展
油菜和其他植物(如拟南芥、水稻等)的比较、精细
定位甚至克隆油菜产量相关性状 QTL 等研究奠定
基础。
1 材料与方法
1.1 试验材料
用于 PCR扩增的材料为中国半冬性油菜 SI-1300
和欧洲春油菜 Eagle。
1.2 DNA提取
选取油菜苗期鲜嫩叶片, 参照李佳等 [6]的方法
提取 SI-1300和 Eagle的叶片总 DNA。用 0.8% (W/V)
的琼脂糖凝胶电泳检测DNA质量, 并用紫外分光光
度计测其浓度。
1.3 引物设计
用软件 OLIGO ver. 6.0 (national bioscience) 设计
引物。除遵循一般引物设计的规则(如引物长度在 20
bp 左右; 上下游引物的解链温度相差不超过 4 ; ℃ 引
物内部及引物之间最好不要有发夹结构; 3′末端不要
有连续 3个 G的配对等)外, 还按以下原则: (a)为了能
批量筛选引物, 优先选用退火温度在 55℃左右的引物
对; (b)引物之间扩增的长度控制在 150~800 bp, 这最
适于 SSCP分析[7]。引物信息详见表 1。

表 1 用于 SSCP分析的引物序列信息
Table 1 Primers and their sequences used for SSCP analysis in this study
油菜登录号
B. napus
accession
No.
功能基因
引物
Primer of
functional
gene
引物序列
Primer sequence (5–3)
油菜登录号
B. napus
accession
No.
功能基因引物
Primer of
functional
gene
引物序列
Primer sequence (5–3)
CD836192 AdoH-U CTTCAAAGGCGCTAGGATCAC CD833259 TRSDN-U GAAGAGACCGAAGATGACGTTA
AdoH-L CTTCAAAGGCGCTAGGATCAC TRSDN-L CTCCCAAGCAGCTTCTCC
CD844304 ATSP-U CCATTGCCTAAACCGAAGA CD826243 GTL-U GGATACAACAGAAACGCAAAGA
ATSP-L AAGAGTAACGCCTGGAAACTTG GTL-L AAGCTGACCCGACGGTAA
CD814698 ODDO-U AAATCACCGAAGTCCCACGTAT CD814341 BHLH-U CAGAGGTCATGGGCGTTTC
ODDO-L CTTGTTGAAATCACGCGAGAA BHLH-L ACTCATCTGTCAAGGCGGTGTA
CD823530 PLR-U GACGGGTTACTTAGGGAAGAGA CD820594 FERR-U ACACAAACAATATGCCGATGA
PLR-L CGGCTGATACGAGGCTTT FERR-L AGGCGTACATTGAATGGTACAC
AY190281 SUC-U GACGTGACGGTGACGATCAG CD830343 KRCP-U AAGTTTGGGTCTTGTTTGGTTT
SUC-L AGAGACACAGTCGCCAGAAG KRCP-L CATTCACCACCGCAACAG

1.4 PCR反应体系和程序
PCR 体系含 1×扩增缓冲液[含有(NH4)2SO4]、2
mmol L–1 MgCl2、0.1 mmol L–1 dNTP、左右引物各
0.2 μmol L–1、0.5 U Taq酶(测序序列的 PCR反应, 选
用 pfu酶)、50 ng的模板 DNA, 加 ddH2O至 20 μL。
PCR程序为: 94℃ 2 min, 1个循环; 94℃ 1 min, 55
第 1期 李媛媛等: 利用 SSCP技术分析甘蓝型油菜 10个功能基因序列差异 45


℃ 30 s, 72℃ 45 s, 35个循环; 72℃ 5 min, 1个循环,
最后在 10℃保存。
1.5 SSCP检测
PCR产物最先在 1.5% (W/V)的琼脂糖凝胶上检
测, 如果扩增带型明显, 没有拖尾, 并且比较明亮,
就被用于 SSCP分析。电泳时, 温度控制在 4℃左右,
电压恒定在 500 V。电泳完成后, 参照陆光远等[8]
的方法银染和显色。
1.6 片段的回收及再扩增
在非变性聚丙烯酰胺凝胶胶板尚未干燥之前 ,
将待测序的片段用刀片轻轻挖下, 并转入 0.5 mL离
心管, 加 20 μL ddH2O, 用一次性无菌枪头捣碎, 于
95℃保温 10 min, 置 4℃备用, 用前稍加离心。取 2
μL上清液做模板, 再扩增的引物及反应条件与原始
引物完全相同, 配制 50 μL反应体系(Taq酶选用 pfu
酶)。PCR完成之后, 将产物置 72℃保温 30 min, 取
5 μL在 1.0% (W/V)的琼脂糖凝胶上检测, 如果扩增
产物大小与原来一致且无杂带, 则剩余产物可直接
用于连接反应, 若有明显主带但混有其他非目标带
型 , 则用回收试剂盒 (上海生物工程有限公司 ,
#SK1131), 参照其说明回收主带。
1.7 克隆片段的测序及其序列分析
采用 pGEM-T Vector试剂盒(Promega)进行目标
片段的克隆。挑选阳性单克隆菌样, 送华大公司测
序 , 每个克隆 3 次重复。对返回的克隆序列利用
Seqman软件进行去载体序列分析。利用 NCBI网站
的 Blast软件分析序列相似性。
2 结果与分析
2.1 PCR产物琼脂糖电泳检测
利用 10 对功能基因引物, 分别以甘蓝型油菜
Eagle和 SI-1300的基因组总DNA为模板, 进行 PCR
扩增, 用 1.5% (W/V)的琼脂糖凝胶电泳检测扩增产
物。结果显示, 10 对功能基因引物的扩增产物均为
清晰的单一条带 , 无非特异性扩增 , 同一引物在
Eagle和 SI-1300间的扩增产物无多态性(图 1)。
2.2 PCR产物 SSCP分析
采用 6% (W/V)的非变性聚丙稀酰胺凝胶电泳,
对上述 10 对引物的变性 PCR 扩增产物进行 SSCP
分析, 每对引物 PCR产物所形成的单链在甘蓝型油
菜 SI-1300和 Eagle间均检测到 1个清晰的多态性位
点(图 2)。

图 1 PCR产物在 1.5%琼脂糖凝胶上的电泳结果
Fig. 1 Profile of PCR products detected on 1.5% agarose gel
1: Eagle; 2: SI-1300; M: 分子量标准。M: molecular weight ladder.


图 2 PCR产物的 SSCP分析
Fig. 2 SSCP analysis of PCR products
箭头所示为差异片段。The arrows indicate the differential fragments. 1: SI-1300; 2: Eagle.
46 作 物 学 报 第 38卷

2.3 差异片段与原序列的比较分析
随机挑选 10 个功能分子标记在非变性胶上的
差异扩增产物, 进行回收、克隆、测序, 并利用 NCBI
网站提供的 bl2seq 软件, 对目标片段与原始设计引
物的序列进行比较(表 2)。目标序列和原始序列之间
相似程度极高, 平均相似度(Identities)达到了 98%,
最小的相似度也高达 96%, 并且仅有 2 个序列与原
序列间存在 1 个空位(Gap), 而对应序列的差异碱基
数在 1~5个之间, 平均为 2.3个碱基。说明扩增引物
确实对原始序列进行了扩增, 扩增产物能够真实反
映原始序列情况。
2.4 双亲间差异序列的比较分析
挑选 5 对引物在 2 个材料间的扩增差异片段进
行回收克隆测序, 并对测序结果比较分析(图 3)。结
果表明, 2 个材料中的差异扩增片段序列相似度为
95%~99%, 平均相似度为 97%。引物 PLR 和 SUC
的扩增序列长度在两个材料之间不存在差异, 也不
存 在 碱 基 插 入 / 缺 失 突 变 (insertion-deletions,
INDELs), 仅仅分别存在 2个(A-T, A-G)和 1个(G-T)
单核苷酸多态性 (single-nucleotide polymorphisms,
SNPs)。引物 AdoH 和 ODDO 扩增产物在 2 个材料
间都存在 1 个碱基的 INDEL, 并且分别存在 7 个和
11个 SNPs。引物 TRSDN的扩增序列在 2个材料间
差异最大, 长度相差 5 bp, 并且存在 3个 INDELs (涉
及 9个核苷酸)和 18个 SNPs。在所测序的 5对引物扩
增序列中, 平均每 30 bp 就存在一个 SNP, 每 233 bp
存在一个 INDEL。在 SNPs中, 颠换突变相对较多, 为
54% (21/39), 转换突变仅占 46% (18/39)。

表 2 目标序列和原始序列相似程度比较
Table 2 Comparison between the target sequences and the original sequences
序列名
Name of
sequence
新扩增长度/来源
Length of the amplified
product in this study (bp)
/ source
原始序列长度
Length of the
sequence for primers
designed (bp)
相似度
Identities
(%)
E值
E-value
空位
Gap
相应序列
差异碱基数
Number of different
bases (bp)
AdoH 157 (SI-1300) 802 96 5.00E−69 0/157(0%) 3
ODDO 298 (SI-1300) 788 98 2.00E−155 0/298(0%) 2
PLR 185 (Eagle) 747 99 8.00E−94 0/185(0%) 1
SUC 236 (Eagle) 606 99 3.00E−123 0/236(0%) 1
TRSDN 291 (SI-1300) 518 98 1.00E−104 0/213(0%) 4
KRCP 332 (Eagle) 730 99 1.00E−174 1/333(0%) 2
GTL 280 (Eagle) 747 99 1.00E−148 0/280(0%) 1
BHLH 316 (SI-1300) 642 98 9.00E−55 0/121(0%) 2
FERR 150 (Eagle) 700 98 1.00E−69 1/151(0%) 2
ATSP 441 (SI-1300) 633 98 2.00E−141 0/280(0%) 5
平均 Average 269(-) 691 98 - - (0%) 2.3
-: 无对应数据。-: no corresponding data.

3 讨论
功能基因的编码序列在不同物种之间高度保守,
如拟南芥和甘蓝型油菜的基因编码区域相似程度高
达 87%[9]。功能基因在同种作物的不同品种间则更
保守, Westermeier等[10]对 121个基因序列在 6个甘
蓝型油菜品种间扩增的 181 个片段的多态性进行检
测, 结果仅 18个片段有多态性。本研究通过对 2个
材料差异片段的测序分析也发现, 功能基因在甘蓝
型油菜种内的序列差异很小 , 相似度平均 97%以
上。双亲间 DNA 序列的多态性是发展分子标记的
基础, 通过 2 个材料间的扩增差异片段测序结果表
明, 2个材料中的序列差异主要有 SNP和 INDEL两
种形式, 其中 SNP的发生频率远远高于 INDEL的发
生频率, 这与在玉米[11] 、水稻[12]以及向日葵[13]等植
物中的研究结果一致, 即 SNP 是最主要的遗传变异
类型。此外, 本研究发现在所测序的 5 对引物扩增
序列中, 平均每 30 bp 就存在 1 个 SNP, 每 233 bp
存在一个 INDEL, 而 Westermeier 等[10]估计甘蓝型
油菜 SNP的发生频率为 1 SNP/247 bp, INDEL的发
生频率为 1INDEL /3 583 bp, 远远低于本研究结果。
这种差异的原因可能与本研究选用的基因序列有
关。另外, 选用的油菜品种类型、基因片段长度差
异以及基因数目多少等都可能造成研究结果的明显
差异。
植物中这些自然发生的等位变异是表型变异的
第 1期 李媛媛等: 利用 SSCP技术分析甘蓝型油菜 10个功能基因序列差异 47



图 3 5对引物在 SI-1300和 Eagle间扩增差异产物的核酸序列比对
Fig. 3 Sequence comparison of polymorphic bands amplified by five primers between SI-1300 and Eagle
-1: 扩增序列来自于 SI-1300; -2: 扩增序列来自于 Eagle; *: 相同的核苷酸; □: 不同的核苷酸; -: 缺失的核苷酸。
-1: sequence amplified from the total genomic DNA of SI-1300; -2: sequence amplified from the total genomic DNA of Eagle; *: identical
nucleotide; □: different nucleotides; -: absence of nucleotide.
48 作 物 学 报 第 38卷

重要遗传组分[14]。这种自然变异可以调节基因表达,
可能是数量性状变异的根本机制[15]。检测这些功能
基因多态性并将其定位在遗传连锁图谱上, 是利用
QTL 方法分析功能基因与数量性状变异关系的基
础。SSCP技术是一种检测序列多态性的有效方法。
与一般检测方法相比(如琼脂糖凝胶检测和变性聚
丙烯酰胺电泳检测), SSCP 技术对多态性的检出率
大大提高。Inoue 和 Nishio[16]对 SCAR、CAPS 和
PCR-RF-SSCP 技术在检测多态性效率方面的系统
研究表明, 9%的序列经 SCAR检测有多态性, 32%的
序列经 CAPS 检测有多态性, 而在经 CAPS 分析没
发现多态性的序列中, 又有 52%的序列经 SSCP 检
测表现多态性, 充分证明 SSCP检测技术的高效性。
在本研究中, 即使双亲扩增序列间仅存在一个碱基
转换的差异扩增片段(SUC), 我们也通过 SSCP技术
成功检测到多态性, 进一步证实了 SSCP 技术是检
测甘蓝型油菜基因多态性甚至 SNP 的一种有效方
法。
对未测序植物的部分功能基因进行图谱定位 ,
并基于不同作物之间的共线性关系, 开展与已测序
植物的比较基因组研究, 是精细定位甚至克隆基因
的一种有效方法。Yan 等[17]利用水稻、玉米和一粒
小麦在春化基因 VRN1 定位区域的序列信息, 在小
麦中开发新标记, 实现了小麦 VRN1 基因的精细定
位和图位克隆。Brown 等[18]利用萝卜和拟南芥基因
组之间的共线性关系, 成功克隆了萝卜的 Rfo基因。
基于油菜和拟南芥的共线性关系, 利用拟南芥相应
区域的基因, Mayerhofer等[19]对油菜 N7染色体上的
黑胫病抗性基因区域进行了精细定位。最近 , Qin
等[20]利用位于水稻、二穗短柄草与小麦的共线性关
系, 围绕小麦白粉病抗性基因 Pm6 区域开发了 29
个新的功能标记, 实现了对小麦 Pm6 基因的精细定
位。本研究显示, SSCP标记序列是对原始基因序列
的真实、可靠扩增。因此, 充分借鉴本研究和前人
的研究结果, 在油菜今后的深入研究中, 利用定位
在油菜图谱上的功能标记, 特别是位于 QTL区间内
的功能标记, 开展油菜与其他作物的比较研究, 发
展新的标记, 精细定位甚至克隆油菜基因是完全可
行的。
4 结论
利用 SSCP技术对 10对功能基因引物在甘蓝型
油菜 SI-1300和 Eagle中的多态性进行检测, 每对引
物均检测到 1 个多态性位点。测序序列与所对应的
基因原始序列之间相似程度平均高达 98%, 差异碱
基数平均仅为 2.3个, 即 SSCP标记对功能基因进行
了真实扩增。多态性片段在两个材料间的序列相似
度平均达到了 97%以上, 即甘蓝型油菜功能基因序
列在品种间高度保守。在所测序的 5 对引物扩增序
列中, 共发现 39个 SNPs和 5个 INDELs, 发生频率
分别为 1 SNP/30 bp和 1 INDEL /233 bp, 即甘蓝型
油菜功能基因序列差异主要来源于 SNP。该研究为
利用比较基因组学解析油菜相关性状分子生物学机
理奠定了基础。
References
[1] Dumolin L S, Bodénès C, Petit R J. Detection of rare
polymorphism in mitochondrial DNA of oaks with PCR-RFLP
combined to SSCP analysis. For Genet, 1996, 3: 227−230
[2] Sato Y, Nishio T. Mutation detection in rice waxy mutants by
PCR-RF-SSCP. Theor Appl Genet, 2003, 107: 560−567
[3] Shirasawa K, Maeda H, Monna L, Kishitani S, Nishio T. The
number of genes having different alleles between rice cultivars
estimated by SNP analysis. Theor Appl Genet, 2007, 115:
1067−1074
[4] Li Y, Ma C, Fu T, Yang G, Tu J, Chen Q, Wang T, Zhang X, Li
C. Construction of a molecular functional map of rapeseed
(Brassica napus L.) using differentially expressed genes between
hybrid and its parents. Euphytica, 2006, 152: 25−39
[5] Li Y, Shen J, Wang T, Chen Q, Zhang X, Fu T, Meng J, Tu J, Ma
C. QTL analysis of yield-related traits and their association with
functional markers in Brassica napus L. Aust J Agric Res, 2007,
58: 759−766
[6] Li J(李佳), Shen B-Z(沈斌章), Han J-X(韩继祥), Gan L(甘莉).
An effective procedure for extracting total DNA in rape, J
Huazhong Agric Univ (华中农业大学学报), 1994, 13: 521−523
(in Chinese with English abstract)
[7] Slabaugh M B, Huestis G M, Leonard J, Holloway J L, Rosato C,
Hongtrakul V, Martini N, Toepfer R, Voetz M, Schell J, Knapp S
J. Sequence-based genetic markers for genes and gene families:
single-strand conformational polymorphisms for the fatty acid
synthesis genes of Cuphea. Theor Appl Genet, 1997, 94: 400−408
[8] Lu G-Y(陆光远), Yang G-S(杨光圣), Fu T-D(傅廷栋). An
effective SSR detection system in rapeseed. Chin J Oil Crop Sci
(中国油料作物学报), 2003, 25: 79−81 (in Chinese with English
abstract)
[9] Cavell A C, Lydiate D J, Parkin I A P, Dean C, Trick M. Collin-
第 1期 李媛媛等: 利用 SSCP技术分析甘蓝型油菜 10个功能基因序列差异 49


earity between a 30-centimorgan segment of Arabidopsis
thaliana chromosome 4 and duplicated regions within the Bras-
sica napus genome. Genome, 1998, 41: 62−69
[10] Westermeier P, Wenzel G, Mohler V. Development and
evaluation of single-nucleotide polymorphism markers in
allotetraploid rapeseed (Brassica napus L.). Theor Appl Genet,
2009, 119: 1301−1311
[11] Tenaillon M I, Sawkins M C, Long A D, Gaut R L, Doebly J F,
Gaut B S. Patterns of DNA sequence polymorphism along
chromosome 1 of maize (Zea mays ssp. mays L.). Proc Natl Acad
Sci USA, 2001, 98: 9161−9166
[12] Monna L, Ohta R, Masuda H, Koike A, Minobe Y.
Genome-wide searching of single-nucleotide polymorphisms
among eight distantly and closely related rice cultivars (Oryza
sativa L.) and a wild accession (Oryza rufipogon Griff.). DNA
Res, 2006, 13: 43−51
[13] Fusari C M, Lia V V, Hopp H E, Heinz R A, Paniego N B.
Identification of single nucleotide polymorphisms and analysis of
linkage disequilibrium in sunflower elite inbred lines using the
candidate gene approach. BMC Plant Biol, 2008, 8: 7
[14] Buckler E S, Thornsberry J M. Plant molecular diversity and ap-
plications to genomics. Curr Opin Plant Biol, 2002, 5: 107−111
[15] Mackay T F C. Quantitative trait loci in drosophila. Nat Rev
Genet, 2001, 2: 11−20
[16] Inoue H, Nishio T. Efficiency of PCR-RF-SSCP marker
production in Brassica oleracea using Brassica EST sequences.
Euphytica, 2004, 137: 233−242
[17] Yan L, Loukoianov A, Tranquilli G, Helguera M, Fahima T,
Dubcovsky J. Positional cloning of the wheat vernalization gene
VRN1. Proc Natl Acad Sci USA, 2003, 100: 6263−6268
[18] Brown G G, Formanová N, Jin H, Wargachuk R, Dendy C, Patil
P, Laforest M, Zhang J, Cheung W Y, Landry B S. The radish
Rfo restorer gene of Ogura cytoplasmic male sterility encodes a
protein with multiple pentatricopeptide repeats. Plant J, 2003, 35:
262−272
[19] Mayerhofer R, Wilde K, Mayerhofer M, Lydiate D, Bansal V K,
Good A G, Parkin I A. Complexities of chromosome landing in a
highly duplicated genome: toward map-based cloning of a gene
controlling blackleg resistance in Brassica napus. Genetics, 2005,
171: 1977−1988
[20] Qin B, Cao A, Wang H, Chen T, You F M, Liu Y, Ji J, Liu D,
Chen P, Wang X E. Collinearity-based marker mining for the
fine mapping of Pm6, a powdery mildew resistance gene in
wheat. Theor Appl Genet, 2011, 123: 207−218