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VIGS技术在禾本科植物中的应用研究进展



全 文 :麦类作物学报 2013,33(2):401-406
Journal of Triticeae Crops
网络出版时间:2013-3-5
网络出版地址:http://www.cnki.net/kcms/detail/61.1359.S.20130305.1149.026.html
VIGS技术在禾本科植物中的应用研究进展
*?
李淼淼,南富波,刘 伟,李卫华
(石河子大学农学院/新疆兵团绿洲生态农业重点实验室,新疆石河子832003)
摘 要:病毒诱导基因沉默(Virus-induced gene silencing,VIGS)是一种转录后基因沉默现象。近年来在
植物基因功能研究中,VIGS技术作为一种快速、高效、高通量的反向遗传学新技术发挥了重要作用。尤其在
禾本科植物基因功能研究中VIGS技术得到了广泛的应用。本文阐述了VIGS技术的发现及作用机制,并重
点介绍了在禾本科植物中应用的VIGS载体及功能基因组学研究的应用实例,最后探讨了VIGS技术在禾本
科植物中影响沉默效率的因素、局限性及应用前景。
关键词:禾本科植物;VIGS;功能基因组
中图分类号:S512.1;S330    文献标识码:A    文章编号:1009-1041(2013)02-0401-06
Progress of VIGS Technology in the Studies of Gramineae Plants
LI Miao-miao,NAN Fu-bo,LIU Wei,LI Wei-hua
(Shihezi University/The Key Laboratory of Oasis Eco-agriculture of Xinjiang Bingtuan,Shihezi,Xinjiang 832003,China)
Abstract:Virus-induced gene silencing is a post-transcriptional gene silencing(PGTS)phenomenon.
In recent years,VIGS technology as a fast,effective,high-throughput reverse genetics technology has
played an important role in the function study of plant genes.And especialy in the gene function stud-
y of gramineae plants,which is most closely related with the human,VIGS technology has been wide-
ly used.This paper described the discovery and mechanism of VIGS technology,and focused on the
VIGS vectors and its application examples in functional genomics research in gramineae plants.Final-
ly,the factors of influencing silencing efficiency,limitations and application prospect of VIGS tech-
nology in gramineae plants were discussed.
Key words:Gramineae;VIGS;Functional genomics
  研究植物基因功能的传统方法有化学诱变、
农杆菌介导的T-DNA转座子、RNAi技术等,但
这些研究方法均存在一定的局限,比如研究周期
长、需要遗传转化且转化效率低[1-4],从而限制了
这些方法快速高效的应用于植物基因功能的研
究。近年来发展起来的病毒诱导基因沉默(Vi-
rus-induced gene silencing,VIGS)技术,由于具
有快速、有效、高通量等明显优点,使得其很快成
为植物功能基因组学研究的首选技术手段[1]。到
目前为止,VIGS技术在禾本科植物中的应用已
经有十年多的时间,但总结性论述尚未见报道。
因此,笔者对VIGS技术在禾本科植物中应用的
研究进展进行了综述,以期为相关研究提供参考。
1 VIGS的发现及作用机制
VIGS是指携带目标基因片段的病毒侵染植
物后,可诱导植物内源基因沉默,引起其表型变化
的一种现象。VIGS是近年来发现的一种转录后
基因沉默现象,已作为一种高效、强有力的反向遗
传学新技术应用于植物基因功能研究中[5]。1995
* 收稿日期:2012-11-13   修回日期:2013-01-11
基金项目:国家自然科学基金项目(31160279)。
作者简介:李淼淼(1988-),男,在读硕士,主要从事小麦品质遗传改良研究。E-mail:nongxuemiaomiao@sina.com
通讯作者:李卫华(1968-),女,博士,教授,主要从事小麦品质改良和分子机理研究。E-mail:lwh_agr@shzu.edu.cn
年 Kumagai等[6]首次利用重组烟草花叶病毒
(Tobacco mosaic virus,TMV)在本氏烟中成功
沉默了植物内源八氢番茄红素脱氢酶(Phytoene
desaturase,PDS)基因。此后,VIGS技术广泛应
用于植物基因功能的研究。
目前对VIGS分子作用机制比较一致的认识
是:携带有目的基因的重组病毒载体侵染植物后
进行大量复制,并在RNA介导的RNA聚合酶作
用下产生大量目的基因的双链 RNA(dsRNA)。
dsRNA被类似 RNAaseⅢ家族的特异性核酸内
切酶 Dicer切割成21~24nt的小干扰 RNA
(siRNA)。随后siRNA和RNA诱导的沉默复合
体(RNA-induced silencing comple,RISC)结合。
RISC引导siRNA和内源基因的 mRNA结合并
对mRNA进行切割,被切断的 mRNA片段随机
降解,从而引起目的基因在 RNA 水平的沉
默[1,5,7]。
2 VIGS载体在禾本科植物中的应用
目前在禾本科植物中成功应用的VIGS载体
有三个,即大麦条纹花叶病毒(Barley stripe mo-
saic virus,BSMV)、雀麦草花叶病毒(Brome mo-
saic virus,BMV)和水稻东格鲁杆状病毒(Rice
tungro baciliform virus,RTBV)。其中前两个是
RNA病毒,最后一个是DNA病毒。BSMV载体
主要应用在小麦、大麦、燕麦、野生二粒小麦、簇毛
麦、二穗短柄草等禾本科植物中[8-13]。BMV载体
主要应用于水稻、玉米、大麦等禾本科植物
中[14-16],而RTBV载体主要在水稻上应用[17]。
BSMV是大麦病毒家族的一个成员,它是包
含有α、β、γ三个部分基因组的RNA病毒
[18]。目
前BSMV载体主要是利用修饰过的β、γ分子作
为重组的载体。其中最常用的是γ分子作为重组
的载体。Holzberg[19]首次通过在γb的 ORF终
止子下游插入PacⅠ和 NotⅠ克隆位点,使得
BSMV-VIGS系统第一次在禾本科植物大麦中得
到应用。另外一种策略是在γb编码序列的上游
引入克隆位点[13,20]。最近BSMV的β分子也被
修 饰 用 于 VIGS 系 统 中。Kawalek 等[21]将
BSMVβc的ORF和多聚 A之间插入BamHI克
隆位点对BSMVβ分子进行修饰。此外,Cheng
等[13]将BSMV的γb基因编码区改造为一个不
依赖于连接反应的克隆位点(Ligation-independ-
ent cloning,LIC),使其满足高通量克隆的要求。
此外,Campbel等[22]还利用BSMV的β、γ分子
分别携带两个目的基因的重组载体侵染大麦,实
现了两个基因的同时沉默。
BMV是属于雀麦草花叶病毒属的一个RNA
病毒,相对于BSMV 在 VIGS体系中应用的较
少。BMV和BSMV一样都是由三部分基因组构
成的,分别是 RNA1、RNA2、RNA3[23]。目前将
BMV载体进行改造的一个策略是利用具有更方
便的限制性克隆位点的R-BMV的RNA3分子替
换F-BMV的RNA3分子。2006年Ding等[14]首
次将分离得到的F-BMV进行改造作为VIGS系
统的载体,在水稻、玉米、大麦上成功进行了
VIGS实验。另一个将BMV载体进行的改造是
在RNA3分子的3'UTR区引入一段核苷酸和两
个克隆位点,成功在大麦中实现了PDS基因的沉
默[16]。最近在另一个实验中,Benavente等[15]利
用BMV-VIGS技术在玉米中成功实现了基因
沉默。
RTBV是一个属于格鲁病毒属的具有双链
DNA的拟逆转录病毒[24]。RTBV的基因组大约
8kb,包括四个开放阅读框ORFs I-IV,其中ORF
I、II和IV编码的蛋白功能仍然不清楚。ORF
III编码一个包括衣壳蛋白、天冬氨酸蛋白酶和反
转录核糖核酸酶 H等的多蛋白体[25]。通过引入
多克隆位点改造RTBV载体,首次通过农杆菌接
种的方法利用DNA病毒载体在水稻中成功实现
了基因沉默[17]。
3 VIGS在禾本科植物功能基因组学中的
应用
VIGS在禾本科植物中的应用只有短短十年
的时间,但其研究的基因涉及了包括植物生长发
育、抗病虫、抗干旱、品质改良等过程。
3.1 生长发育过程中相关基因的功能分析
八氢番茄红素脱氢酶(PDS)是在光合作用过
程中类胡萝卜素合成的关键酶,该基因沉默会引
起沉默区域失绿,因此在 VIGS实验中常用作指
示基因。Holzberg等[19]利用重组的BSMV载体
在大麦上实现了PDS基因沉默,这也是VIGS技
术第一次在禾本科植物中成功应用。此后VIGS
技术在禾本科植物中的小麦[8,13]、大麦[9]、水
稻[17]、燕麦[10]、二穗短柄草[10,13]、簇毛麦[12]、野生
二粒小麦[11]等中都成功实现了PDS基因沉默。
另外,最近Bennypaul等[8]等还通过构建PDS基
因的BSMV重组载体研究VIGS的遗传性。
植物中的磷脂酶D(Phospholipase D,PLD)
·204· 麦 类 作 物 学 报                  第33卷
在多种信号转导过程中起关键作用,包括细胞凋
亡、衰老、生物和环境胁迫反应等[26]。Kawalek
等[21]利用BSMV-VIGS技术在小麦上将PLD基
因进行沉默,发现该基因沉默后导致叶片龟裂,埃
文斯蓝染色表明濒临接种处的细胞死亡,表明该
基因和细胞凋亡有关。肌动蛋白(Actin)是细胞
的一种重要骨架蛋白。它在细胞分泌、吞噬、移
动、胞质流动和胞质分离等过程中起重要作
用[14]。Ding等[14]利用BMV-VIGS技术在水稻
中成功实现了 Actin 基因的沉默,也为利用
BMV-VIGS技术在水稻中更多的应用奠定基础。
Bennypaul等[8]利用BSMV-VIGS技术在小
麦中通过反义构建COI1基因的沉默载体,在根
中实现了该基因的沉默,其转录本下降85%,同
时根长降低了26%。Pacak等[10]发现 BSMV-
VIGS技术也可以应用到大麦根的生长发育过程
中基因功能的研究。
此外,Oikawa等[27]利用BSMV-VIGS技术
在大麦中研究P23K 基因的功能,发现P23K 基
因与大麦叶片中细胞壁多糖合成和次生壁的形成
有关系。
3.2 抗病虫研究中相关基因的功能分析
目前在禾本科植物中利用VIGS技术研究与
抗病虫相关的基因功能也取得了很多的成果,研
究所涉及的基因包括与抗条锈病、抗叶锈病、抗白
粉病、抗大麦黄矮病及抗蚜虫等病虫害有关的
基因。
3.2.1 抗条锈病相关基因
研究发现,利用BSMV-VIGS技术在禾本科
植物中尤其是小麦中研究与抗条锈病有关的基因
功能是一个很有效的工具。刘迪[28]将TaHL-
RG、PTaRtL 和TaSBL3个基因进行了基因沉
默实验,张宁宁[29]将TaSTK 基因进行了基因沉
默实验,结果发现TaHLRG 参与了小麦条锈菌
诱导的植物与病原物的反应过程,PTaRtL、TaS-
BL和TaSTK 可能在小麦条锈病抗性的负反馈
调节中起作用。
3.2.2 抗叶锈病相关基因
在抗叶锈病研究方面,Scofield等[30]利用
BSMV-VIGS系统在小麦上研究了由Lr21介导的
抗叶锈病基因的功能,发现Lr21、RAR1、SGT1和
HSP90四个基因在Lr21介导的抗性中起关键作
用。张立荣[31]在小麦中通过构建TaRAR1基因
的BSMV重组载体,发现该基因是和Lr24介导的
小麦抗叶锈病有关。
3.2.3 抗白粉病相关基因
在抗白粉病研究方面,Hein等[32]在大麦中
利用BSMV-VIGS系统研究Rar1、Sgt1 和Hsp90
基因发现三个基因参与了 Mla-13介导的抗白粉
病途径。Delventha等[33]利用携带一段Mlo基因
的BSMV重组载体在大麦上使得Mlo基因沉默,
发现对小麦白粉病产生高抗,并提高对米曲霉的
抗性。Váralyay等[34]也通过BSMV-VIGS技术
研究Mlo基因的功能,并且构建了BSMV∶PDS
∶Mlo两个基因的重组载体,在小麦上同时实现
了两个基因的沉默,这也使得利用 VIGS技术观
察沉默表型以及鉴定沉默植株变得更加方便。此
外 Wang等[12]还在簇毛麦上利用BSMV-VIGS
技术研究了和抗白粉病有关的Hv-LRR 基因,这
也是第一次在小麦的野生相关物种上使用
BSMV-VIGS技术。
3.2.4 抗大麦黄矮病相关基因
在抗大麦黄矮病的研究中,赵丹等[35]在小麦
中利用BSMV-VIGS技术将TNBL1 基因沉默后
发现Yw642植株对大麦黄矮病毒敏感、显现感病
症状,其体内BYDV 含量较未发生基因沉默的
Yw642植株中的明显增加,表明TNBL1 基因是
正向调控小麦抗BYDV反应的一个重要基因。
3.2.5 VIGS技术在抗虫研究中的应用
Van等[36]利用BSMV-VIGS技术在小麦中
沉默了WRKY53 基因的转录因子和苯丙氨酸脱
氨酶基因,发现两者和在小麦中抗蚜虫有关。这
也是第一次报道利用 VIGS研究涉及小麦-昆虫
互作的基因功能。
3.3 抗旱研究中相关基因的功能分析
在研究与抗干旱胁迫相关的基因功能时,也
可以通过 VIGS技术进行研究。李昌澎[37]采用
BSMV-VIGS技术在小麦上对S-腺苷甲硫氨酸合
成酶基因(SAMS)、S-腺苷甲硫氨酸脱羧酶基因
(SAMDC)和γ-谷氨酰半胱氨酸合成酶基因(γ-
ECS)三个基因进行沉默,发现沉默植株经干旱胁
迫后较正常植株在形态上有明显的变化,其叶片
的卷曲萎蔫程度较为突出,说明SAMS、SAMDC
和ECS基因在小麦抗干旱胁迫中具有重要功能。
Kuzuoglu-Ozturk等[11]首次在野生二粒小麦中克
隆到自噬相关的Atg8 基因,并利用BSMV-VIGS
技术将Atg8 基因进行沉默,发现植株表现对干
旱胁迫更加敏感,表明该基因在干旱胁迫中起着
·304·第2期         李淼淼等:VIGS技术在禾本科植物中的应用研究进展
正向调控的作用。
3.4 品质改良相关基因的功能分析
在禾本科植物品质改良方面,利用 VIGS技
术研究了与蛋白质及淀粉合成有关的基因功能。
Ma等[38]在小麦中利用BSMV-VIGS技术研究发
现 HMW-GS 1Bx14和小麦籽粒中麦谷蛋白聚合
体合成有关。这也是首次报道BSMV-VIGS技
术应用于小麦穗子和籽粒相关的基因功能,同时
这个体系的建立将会对研究与籽粒品质和在小麦
渐成的籽粒中有关基因的功能起到很大帮助作
用。Bennypaul等[8]也利用BSMV-VIGS技术在
小麦渐成的籽粒中展示了基因沉默。通过构建携
带有GBSS基因片段的反义结构(pγ.wWxa)和
发夹结构(pγ.wWxhp)在小麦籽粒中实现了GB-
SS基因的沉默,发现反义结构使得直链淀粉含量
降低了32.2%~40.6%,发夹结构使得直链淀粉
含量降低了35.8%~39.1%,表明GBSS基因参
与了直链淀粉的合成过程。
4 VIGS在禾本科植物中应用效率的影响
因素
4.1 载体的选择
作为载体的病毒都有一定的寄主范围限制,
所以要想在禾本科中的某个植物上有效的实现基
因沉默,需要选择一个合适的载体。目前在禾本
科植物中利用的载体有 BSMV、BMV、RTBV。
其中BSMV在禾本科植物中应用最多,主要有小
麦、大麦、燕麦、野生二粒小麦、簇毛麦、西藏青稞、
二穗短柄草等。BMV载体主要应用在水稻、玉
米、大麦等。而RTBV主要应用在水稻上。因此
对于不同的寄主植物需要选择不同的病毒载体,
才能实现有效的基因沉默。
4.2 培养温度
温度对利用VIGS技术实现有效的基因沉默
是至关重要的因素。合适的温度会使病毒有效侵
染寄主植物,实现高效的基因沉默。而温度过高
会使病毒发作强烈导致寄主植物严重感病,有时
使得病毒症状掩盖了基因沉默的表型,甚至引起
寄主植物死亡,使得实验失败。但温度过低会使
病毒侵染量减少,从而使基因沉默效率比较低。
Bennypaul等[8]利用BSMV-VIGS技术在小麦沉
默PDS基因,发现白天22℃、晚上18℃是最优的
温度设置,白天24℃或者更高会使得病毒的症状
掩盖光漂白的现象,而白天20℃的温度相比较
22℃的光漂白现象不明显。张立荣等[39]研究也
得出了类似的结论。因此在实验过程中,根据禾
本科作物种类的不同,选择合适的培养温度,以确
保VIGS技术能有效在禾本科植物中得到利用。
4.3 接种技术
接种技术中的接种方法、接种时间和接种部
位以及接种量的不同也会影响VIGS的效率。在
禾本科植物中目前常用的接种方法有摩擦法、无
针头注射器压滤法等。Bennypaul等[8]研究发
现,在小麦孕穗期植株用手摩擦法接种PDS基因
的BSMV重组载体后,在小麦穗子上没有光漂白
现象,而用无针头注射器在旗叶中脉处接种,接种
后12~13d在穗子上发现比较明显的光漂白。
此外,接种时间和接种部位的不同也会影响基因
沉默效率。如 Ma等[40]研究了在小麦孕穗期、抽
穗期、开花期沉默PDS基因,发现在三个时期的
小麦穗子上接种的小偃6号都出现了光漂白。但
是如果在小麦旗叶接种,仅仅是在抽穗期接种的
小麦穗子上出现了光漂白。开花后10d接种小
麦穗子,没有出现任何光漂白。另外接种量也会
影响沉默效率,因为接种量过多会使得病毒繁殖
过快,引起病毒症状掩盖沉默表型,并且有可能引
起植物死亡,而接种量过少有可能引起有效的基
因沉默导致沉默效果不明显,甚至没有效果。因
此合适的接种量也是有效基因沉默的关键因素。
5 VIGS在禾本科植物中应用的局限性及
应用前景
5.1 VIGS在禾本科植物中应用的局限性及改进
策略
近些年,VIGS技术在禾本科植物中得到了
很好的应用,成为研究基因功能的一个很有效的
工具,但是随着研究的深入,VIGS技术也表现出
了一些局限和不足。
首先,病毒诱导的基因沉默的沉默时间短及
沉默效果不稳定。VIGS技术沉默持续的时间较
短,一般一个月左右,那么对于生长周期较长的植
物应用VIGS技术就会受到局限。并且VIGS沉
默基因的效果在各个植株上表现不稳定[8],可以
通过选择对寄主植物特异的病毒载体或通过改造
载体来增强病毒的活性,延长 VIGS在寄主上的
作用时间和增强目标基因的沉默效果,并且摸索
特定载体接种的条件可能会避免沉默持续时间短
及效果不稳定的问题。
其次,在禾本科植物中利用 VIGS沉默某个
特定基因后,表现出的沉默症状不明显或不易被
·404· 麦 类 作 物 学 报                  第33卷
检测到,就会使得该技术在研究此类基因时受到
限制。目前有些研究在尝试用沉默后可以产生光
漂白的PDS基因作为指示基因和要研究的基因
一起构建串联载体,可以很好的指示及明确检测
沉默的区域[30]。
最后,VIGS的沉默表型不能稳定遗传。在
禾本科植物中的粮食作物育种研究中常常需要涉
及与籽粒的产量和品质有关的基因,并且需要能
够多代观察基因沉默的表型。VIGS技术由于自
身作用机制的限制,沉默时间比较短,使得其研究
这些基因的功能成为局限。但是可以将VIGS技
术与传统的研究基因功能的技术相结合,发挥
VIGS的快速、高通量等优点,使其为粮食作物育
种研究工作提供理论指导。
5.2 VIGS在禾本科植物中的应用前景
自从2002年Holzberg等[20]首次将VIGS技
术应用在禾本科植物中以来,VIGS技术在大麦、
小麦、水稻、玉米、燕麦、簇毛麦、野生二粒小麦等
禾本科植物的基因功能研究方面取得了很大的成
果。VIGS技术在禾本科植物中研究的基因涉及
到植物生长发育、抗病虫、抗干旱、品质改良等过
程,并 且 开 发 了 效 果 稳 定 的 基 因 沉 默 载 体
(BSMV、BMV、RTBV),能有效应用于禾本科植
物的基因功能研究中,而且更多的更有效的载体
仍在研究开发中。VIGS技术在禾本科植物中也
实现了从沉默单一基因到同时沉默两个基因的跨
越。此外,VIGS技术在禾本科植物中的接种技
术不断的优化,使得VIGS技术的应用更加高效、
稳定。
VIGS作为一个高效的研究基因功能的手
段,在研究禾本科植物基因功能方面展示了强有
力的作用。未来,VIGS技术在禾本科植物中的
应用可能有几个需要努力的方向。第一,目前在
禾本科植物中可供选择的载体还比较少,未来需
要开发更多、更加有效的载体应用到禾本科植物
中。其次,一些研究技术比如不依赖于连接反应
克隆技术(Ligation-independent cloning,LIC)和
VIGS技术的结合,可以使得 VIGS技术能实现
高通量的基因功能研究。第二,发展更加经济有
效的侵染方式,取代现在较高的体外转录费用,也
将是VIGS能更好应用的重要问题。第三,VIGS
技术在禾本科植物中的应用,尤其是重要粮食作
物育种研究工作中的应用,未来可能会更多的涉
及到与产量和品质相关的基因。总之,VIGS技
术由于其在研究禾本科植物基因功能中展现的强
大作用,未来还将会在禾本科植物的基因功能研
究中发挥更大的作用,尤其是在粮食作物中将为
粮食增产和品质改良提供理论基础。
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·604· 麦 类 作 物 学 报                  第33卷