免费文献传递   相关文献

葱属作物遗传多样性研究进展



全 文 :葱属作物遗传多样性研究进展
吴凤芝,金 雪
(东北农业大学园艺学院,哈尔滨 150030)
摘 要:遗传多样性作为生物多样性的重要组成部分,是生态系统多样性和物种多样性的基础。葱属作物具
有较高的营养价值,是重要的世界性蔬菜和调味品,研究其遗传多样性具有重要的理论和实践意义。文章分别从
表型、蛋白质及DNA水平综述葱属作物种质资源遗传多样性的研究进展,并对未来葱属作物遗传多样性的研究方
向进行展望,研究集中在葱属作物交配系统、自然选择、遗传漂变、基因流等各种进化力量对其群体的影响,从
多层次、多角度揭示其遗传多样性。
关键词:葱属;遗传多样性;同工酶;分子标记
中图分类号:S633 文献标志码:A 文章编号:1005-9369(2014)01-0118-05
吴凤芝,金雪.葱属作物遗传多样性研究进展[J].东北农业大学学报, 2014, 45(1): 118-122.
Wu Fengzhi, Jin Xue. Advance on genetic diversity researches of Allium L.[J]. Journal of Northeast Agricultural University,
2014, 45(1): 118-122. (in Chinese with English abstract)
Advance on genetic diversity researches of Allium L./WU Fengzhi, JIN Xue
(School of Horticulture, Northeast Agricultural University, Harbin 150030, China)
Abstract: As an important component of biological diversity, genetic diversity is basic of
ecosystem diversity and species diversity. Allium L, which has high nutritional value, is an important
worldwide vegetables and seasoning. Therefore, there is theoretical and practical significance to
understand the genetic diversity of Allium L. This review summarized the recent progresses in the
genetic diversity of Allium L. at three different levels, phenotype, protein and DNA levels. Future works
should be focused on evaluating the influence of mating system, nature selection, genetic drift and gene
flow of Allium L. on the population of Allium L, and revealing the genetic diversity of Allium L. from
multilevel and multiangular.
Key words: Allium L; genetic diversity; isozyme analysis; molecular marker
葱属作物(Allium)为百合科(Liliaceae)二年生草
本植物,其种质资源十分丰富,包含 700多个种,
分属6个亚属[1]。除少数几个种为栽培种外,其余均
为野生种,生长于高山、平原、草甸、草原、荒
漠、沙丘等环境条件下。其中较为重要的几大类为
大蒜(A. satevum L.)、葱(A. tulosum L.)、韭菜(A. Tu-
herosum Rottl.exSPr.)、洋葱(A. cepa L.)、韭葱(A. prr-
um L.)、细香葱(A. schoenprasum L.)、胡葱(A. asca-
lonicum L.)和薤(A. chinensis G. Don)等[2]。
葱属作物具有较高的营养价值,其中的大
蒜、大葱、韭菜和分蘖洋葱在我国栽培尤为普
遍,在蔬菜供应中起重要作用。另外,近年来,
葱属作物作为间作或套作作物来缓解设施内连作
障碍问题也日益受到关注 [3-7]。由于国内关于葱属
收稿日期:2012-04-01
基金项目:国家自然科学基金项目(30971998,31172002)
作者简介:吴凤芝(1963-),女,教授,博士,博士生导师,研究方向为设施园艺蔬菜生理生态。E-mail: fzwu2006@aliyun. com
Journal of Northeast Agricultural University
东 北 农 业 大 学 学 报第45卷 第1期 45(1): 118~122
2014年1月 Jan. 2014
网络出版时间 2014-1-10 6:25:25 [URL] http://www.cnki.net/kcms/detail/23.1391.S.20140110.0625.004.html
作物遗传多样性方面研究起步较晚,主要集中在
葱和蒜研究,对于其他葱属作物研究较少,与其他
蔬菜作物相比,生物技术应用研究相对较少,差距
较大,尤其是分子标记技术在遗传育种上的应用亟
待加强。为将形态学标记与分子标记结合应用于葱
属作物种质资源的考查、收集、研究和利用中,本
文将对葱属作物在形态学水平、细胞学水平、生化
水平及分子水平遗传多样性研究进展进行综述。
1 遗传多样性研究意义和方法
通常所说的遗传多样性是指种内不同种群之
间或一个种群内不同个体的遗传变异总和,遗传
多样性的本质是生物体在遗传物质(DNA或RNA)
组成和结构上的变异。遗传多样性的表现形式是多
层次的,在分子水平上表现为核酸、蛋白质、多糖
等生物大分子的多样性;在细胞水平上可体现在染
色体结构的多样性以及细胞结构与功能的多样性;
在个体水平上,可表现为生理代谢差异、形态发育
差异以及行为习性的差异。通过研究可以了解物种
的群体遗传结构和多态性水平,为研究物种起源、
品种分类、亲本选配、品种保护等提供依据,是研
究、保护和利用现有种质资源的重要基础[8]。随着生
物技术发展,遗传多样性检测也从形态学、生理结
构水平逐渐深入到分子水平,特别是随着PCR技术
的成熟和广泛应用,基于 PCR技术的随机扩增多
态 性 DNA 标 记(Randomly amplified polymorphic
DNA,RAPD)、简单重复序列标记(Simple sequ-
ence repeat,SSR)、简单重复序列间区标记(Inter-
simple sequence repeat,ISSR)、扩增片段长度多态
性 标 记(Amplified fragment length polymorphism,
AFLP)、单核苷酸多态性标记(Single nucleotide poly-
morphisms,SNP)等分子标记技术,目前已成为研
究种群遗传多样性的主要方法。
2 葱属作物遗传多样性研究进展
研究者已采用同工酶[9],RFLP分子标记技术[10],
rDNA原位杂交技术[11],或是形态学与分子生物学
相结合的方法[12]分别对大葱、大蒜、洋葱以及印度
短日照洋葱不同品种进行遗传多样性研究并取得
较大进展。
2.1 形态学水平的表型多样性研究
表型是各种形态特征的组合,是遗传变异的
重要线索。表型多样性主要研究群体在其分布区
内各种环境下的表型变异,是遗传多样性与环境
多样性的综合体现,可在一定程度上反映生物遗
传变异程度,是理解物种适应机制的重要方法,
利用表型性状研究物种的遗传多样性具有简便、
快捷和节省费用的特点[13]。
农艺性状是指农作物生长发育过程中肉眼可
见的,能在不同环境下表现的,并且具有高度遗
传性的特征特性,包括生长习性、生育周期、植
物学特征、农业生物学特征等[14]。蔬菜作物农艺性
状的研究,对选育出优良的蔬菜品系具有重大意
义。在分蘖洋葱方面,初文娇对 17份来自黑龙江
和吉林省的不同品系分蘖洋葱进行主要植物学性
状调查、生理指标测定和品质分析,聚类分析结
果将材料划分为4大类,认为Z-001植株高大,假
茎矮壮,产量较高,营养价值丰富,具有较高的
推广价值[15]。在洋葱方面,汪丹会等对6个红皮洋
葱新品种的分蘖率、抽薹率、单个均重、耐储性、
产量等 10个性状进行了比较试验和分析,结果表
明,早阳红珠熟期早、产量高、植株整齐一致,未
出现分蘖和抽薹现象,极耐贮藏,紫冠表现次之,
这两个品种均适宜在福泉地区推广种植[16]。梁艳荣
在对大葱种质资源材料的植物性特性和农艺性状进
行观测、鉴定的基础上,采用聚类分析方法,研究
大葱种质资源的亲缘关系,把44份材料分成5大组
群[17]。郑传刚等利用11个农艺性状对33个国内外的
洋葱品种进行比较分析[18]。结果表明,洋葱的生物
产量与洋葱鳞茎鲜重的回归关系呈显著相关;早熟
三号和 G2具有很高的栽培和育种价值,值得推
广。在鳞茎性状上表现优良的品种,在生物学性状
上与其他它表现一般的品种有较大区别。洋葱在育
种、选育、引种方面除应注重鳞茎大小、横径和
纵径长等重要指标外,还应注意其叶片数、株
高、茎粗、叶片和叶鞘重以及鳞茎的膨大期等生
物学特征。
2.2 生化水平同功酶多样性研究
同功酶分析是从蛋白质分子水平上研究生物
群体的遗传分化。根据大小、构象和带电荷数不
同的同功酶分子在电场中运动速度不同,形成不
同数目和迁移率的谱带,用于鉴定物种之间、同
一物种不同品种之间的遗传差异,在遗传多样性
研究、物种起源进化等领域有广泛应用[19]。
吴凤芝等:葱属作物遗传多样性研究进展第1期 · 119·
赵清岩等以韭菜、大葱、洋葱萌动的种子为材
料,分析葱属3个不同种蔬菜作物种子芽期过氧化
物酶同工酶的酶谱,研究发现种与种之间差异明
显,而同一个种内不同品种间无差异,结果表明利
用过氧化物酶同工酶分析技术,用来鉴定不同种的
种子较可靠,用来鉴定同一个种不同品种的种子差
异较困难[20]。张光花等通过对胡葱、洋葱和葱的功
能叶过氧化物酶同工酶电泳图谱分析发现,不同种
间的过氧化物酶同工酶谱带有显著差异,认为可以
从谱带及其活性明显区分开胡葱、洋葱和葱3个种
及葱的3个变种分葱、楼葱和大葱[21]。万海清等对
宽叶韭的3个代表居群内不同植株间的8种同工酶
系统以及可溶性蛋白进行分析,结果表明,各居群
均有其特征酶谱,且与可溶性蛋白双向电泳图谱一
致[22]。高述民等对中国大蒜3个生态型中18个典型
品种进行酯酶同工酶分析,初步证实大蒜生态型不
能完全等同于基因型,酯酶同工酶的变化可能更能
说明大蒜的亲缘进化关系[23]。梁艳荣通过对大葱种
质资源材料表达序列标签(Expressed sequence tag,
EST)的酶谱分析,把 57份材料分成 4大组群,与
RAPD划分结果大部分相似 [17]。杜武峰等对分韭、
山韭和韭的两个栽培品种的叶片和根尖酯酶同工酶
酶谱进行分析研究,结果表明,几种韭间酶谱类型
差异显著,而品种间酶谱类型差异较小[24]。
2.3 分子水平DNA多态性研究
常规的形态学鉴定方法具有明显的简单直观优
势;同功酶鉴定具有成本低、速度快、操作简单、
准确性高等优点。但这些方法也有一定缺陷,如形
态标记、酶标记检测的都是基因产物,其结果虽受
基因控制,但还受外界环境因素影响,可检测信息
量较少。对于一些亲缘关系较近的品种,该方法难
以发挥其作用。
近年发展的检测DNA水平变异的各种分子标
记,相对于常规的遗传标记,具有多态性水平高,
无组织、器官发育时期特异性、非等位基因间的独
立性和不受环境条件影响等特点,是检测种质资源
遗传多样性的有效方法。
2.3.1 ISSR标记
简单重复序列间区标记是由 Zietkiwicz等创建
的一种简单序列重复区间扩增多态性分子标记[25]。
其分子生物学基础是基因组中存在的简单重复序
列,具有同 SSR一样丰富的多态性。ISSR标记根
据植物中广泛存在SSR的特点,利用植物基因组中
常出现的SSR本身设计引物,无需克隆和测序,具
有操作简单、快速、高效、引物无需预知序列、专
一性更强、退火温度较高等特点,提高试验结果的
可重复性。ISSR标记技术在葱属作物分类、进化
和遗传多样性的应用成果很多。徐启江等利用该技
术对长日洋葱种质资源进行了分析,揭示了洋葱种
质资源间的遗传多样性与亲缘关系,为洋葱遗传育
种和杂交亲本选择提供科学依据 [26]。陈昕等利用
RAPD和 ISSR两种分子标记技术,对中国 10个不
同地区的大蒜品种进行种质资源遗传多样性研究,
得到与生物学分类基本一致的结果[27]。刘宏敏等以
96份有代表性的韭菜资源为材料,进行遗传多样
性和亲缘关系分析,结果表明,韭菜DNA的 ISSR
扩增多态性比率达94.7%,是韭菜种质资源研究的
一种有效分子标记[28]。
2.3.2 SSR标记
SSR标记具有均匀、随机、广泛地分布于植物
基因组的特点,比RFLP及RAPD分子标记具有更
丰富的多态性,SSR呈现共显遗传,符合孟德尔遗
传规律,已广泛用于遗传连锁图谱构建、遗传多样
性研究、系谱与进化关系探索、基因与 QTL分
析、品种鉴定等方面[29]。
在葱属作物种质资源遗传多样性的研究方面,
李慧芝等以20个葱栽培品种为材料,探讨SRAP和
SSR技术在遗传多样性和品种鉴定中的应用[30]。结
果表明,SSR分子标记可有效进行葱栽培品种的遗
传多样性研究。关绚丽等利用 SSR标记揭示 63份
洋葱种质资源遗传多样性 [31]。Fischer等利用 30个
STMs位点对 83个洋葱品种进行遗传多样性分析,
发现一些多态性位点可用来区分亲缘关系很近的品
种,认为SSR是进行品种基因型鉴定和分析种内关
系的有效工具[32]。周静等通过SSR分子标记技术将
40个不同的大蒜品种区分开,分析结果与品种间
的系谱关系一致,说明SSR标记可作为有效工具进
行大蒜品种的遗传关系分析[33]。
在遗传图谱的构建方面,Tsukazaki等首次利
用 SSR标记构建总图距为 2 069 cm的分葱遗传图
谱,比其分子标记覆盖更长的染色体片段[34]。
2.3.3 AFLP标记
AFLP是一种基于PCR技术选择性扩增基因组
DNA限制性片段的分子标记技术,又称专一性扩增
东 北 农 业 大 学 学 报·120· 第45卷
多态性(Specific amplified polymorphism,SAP)技术[35]。
AFLP将RFLP和 PCR的优点结合起来,所检
测的多态性是酶切位点的变化或酶切片段间DNA
序列的插入与缺失,本质上与RFLP一致,具有多
态性高、稳定性好、重复性强、准确性高等特点。
郭得平等利用大葱与野葱杂交获得的 F2分离群
体,通过AFLP分子标记的遗传分析,构建国内首
个包含10个连锁群、228个遗传标记的杂种葱较高
密度的连锁图谱[36]。王锦等采用AFLP分子标记技
术揭示了分布在滇中、滇西、滇西北的3个黑花韭
居群、3个二倍体多星韭居群和 6个四倍体多星韭
居群的遗传多样性与亲缘关系 [37]。Ohara等利用
AFLP标记,通过回交后代建立日本大葱的首张分
子遗传连锁图谱[38]。
3 展 望
分子标记检测结果的可靠程度,取决于所选用
的分子标记检测结果的稳定性和分子标记检测的多
态性所覆盖基因组的程度与均匀度。理想的分子标
记必须达到具有高多态性、共显性遗传、遍布整个
基因组、检测手段简单、快速、开发成本和使用成
本尽量低廉、重复性好等要求。但是,目前发现的
任何一种分子标记均不能满足以上所有要求。
AFLP具有最高的多态性检测效率,但多态信息量
不高;SSR标记具有多态性高,遗传信息量大等优
点,若AFLP位点能够定位 SSR连锁图谱上,将成
为非常有效的分子标记;ISSR方法多态性高,无需
活材料,操作简便,缺点是显性标记,不能区分纯
合与杂合基因型。目前对于葱属作物遗传多样性的
研究往往只利用一种分子标记方法,因此结果存在
很大差异。将多种分子标记方法结合,研究结果具
有较高的稳定性,可以达到理想的效果,在遗传多
样性研究中也取得了较好成果[39-42]。目前分子标记
技术日趋成熟,随着葱属作物遗传连锁图谱上
SSR、ISSR及AFLP等标记饱和度的提高,将多种
分子标记技术综合应用于葱属作物基因及QTL分
析、辅助育种、资源保护与利用、品种系谱分析等
领域,将具有更广阔的前景。
近年来,国内外学者从不同方面对葱属作物进
行研究,揭示葱属植物丰富的遗传多样性,促进了
葱属作物的遗传研究工作,但国内关于葱属作物遗
传多样性方面的研究起步较晚,主要集中于大葱和
蒜的研究,对于其他葱属作物的研究较少,与其他
蔬菜作物相比,生物技术应用研究还相对较少,差
距较大,尤其是分子标记技术在遗传育种上的应用
亟待加强。应采用常规方法与先进的分子生物学技
术相结合,将分子水平的遗传多样性与表型多样性
统一,揭示葱属作物外部形态的遗传变异与DNA水
平上的遗传多态性间存在内在联系,为研究基因与
环境相互作用提供依据。
[ 参 考 文 献 ]
[ 1 ] 李曙轩.中国农业百科全书·蔬菜卷[M].北京:农业出版社, 1990.
[ 2 ] Hanelt P, Hammer K, Knupffer H. The genus allium-taxonomic
problems and genetic resources[J]. Genetic Resources and Crop
Evolution, 1992, 39: 177-178.
[ 3 ] Zhou X, Yu G, Wu F. Effects of intercropping cucumber with
onion or garlic on soil enzyme activities, microbial communities
and cucumber yield[J]. European Journal of Soil Biology, 2011, 47
(5): 279-287.
[ 4 ] 庄岩, 吴凤芝, 杨阳, 等. 轮套作对黄瓜土壤微生物多样性及产
量的影响[J].中国农业科学, 2009, 42(1): 204-209.
[ 5 ] 李秋红, 吴凤芝, 景芳毅. 套作对黄瓜根际土壤细菌群落结构
的多样性影响[J].土壤通报, 2010(1): 47-52.
[ 6 ] 吴凤芝, 赵凤艳, 刘元英. 设施蔬菜连作障碍原因综合分析与
防治措施[J].东北农业大学学报, 2000, 31(3): 241-247.
[ 7 ] 杨阳, 吴凤芝. 套作不同化感潜力分蘖洋葱对黄瓜生长及土壤
微环境的影响[J].应用生态学报, 2011, 22(10): 2627-2634.
[ 8 ] Unruh N C, Rooney W L, Menz M A, et al. Genetic diversity of
public inbreds of sorghum determined by mapped AFLP and SSR
markers [J]. Crop Science, 2004, 44(4): 1236-1244.
[ 9 ] Rouamba A, Ricroch A, Sarr A. Collecting onions germplasm in
west Africa[J]. Plant Genetic Resources, 1993, 94: 5-17.
[10] Bradeen J M, Havey M J. Restriction fragment length polymorphi-
sms reveal considerable nuclear divergence within a well-support-
ed maternal clade in Allium section Cepa(Alliaceae) [J]. American
Journal of Botany, 1995: 1455-1462.
[11] Ricroch A, Peffley E, Baker R. Chromosomal location of rDNA in
Allium: in situ hybridization using biotin-and fluorescein-labell-
ed probe[J]. TAG Theoretical and Applied Genetics, 1992, 83(4):
413-418.
[12] Sangecta K M, Vecre G R, Anand L. Analysis of genetic diversity
among Indian short- day onion(Allium cepa L.) cultivars using
吴凤芝等:葱属作物遗传多样性研究进展第1期 · 121·
RAPD markers[J]. The Journal of Horticultural Science and
Biotechnology, 2006, 81: 774-778.
[13] 晏小霞. 白木香种质资源遗传多样性研究进展[J]. 中国农学通
报, 2010, 26(19): 383-386.
[14] 张宏荣. 南瓜农艺性状与产量及品质性状的比较研究[D]. 武
汉:华中农业大学, 2005.
[15] 初文娇. 不同品系分蘖洋葱农艺形状比较研究[J]. 北方园艺,
2010, 17: 9-13.
[16] 汪丹会, 王志发, 付纪勇. 6个红皮洋葱新品种的比较[J]. 农技
服务, 2008, 25(10): 39.
[17] 梁艳荣. 大葱种质资源鉴定与其生理特性研究[D]. 呼和浩特:
内蒙古农业大学, 2008.
[18] 郑传刚, 彭世逞, 李成佐, 等. 四川安宁河流域洋葱品种性状分
析[J].安徽农业科学, 2007, 35(33): 10657-10659.
[19] Jobin- Décor M, Graham G C, Henry R J, et al. RAPD and
isozyme analysis of genetic relationships between Carica papaya
and wild relatives[J]. Genetic Resources and Crop Evolution,
1997, 44(5): 471-477.
[20] 赵清岩, 王若曹, 吴艳春. 韭菜、大葱、洋葱种子芽期过氧化
物酶同工酶的研究[J].内蒙古农业大学学报, 1993, 14(3): 8-11.
[21] 张光花, 徐玉芳, 李春香, 等. 胡葱与洋葱、葱过氧化物酶同工
酶研究及聚类分析[J].植物遗传资源学报, 2003, 4(1): 47-50.
[22] 万海清, 梁明山, 许介眉. 宽叶韭种内分化的同工酶及可溶性
蛋白的研究[J].广西植物, 1999, 19(2): 161-175.
[23] 高述民, 李凤兰, 陆帼, 等. 中国大蒜(Allium sativum L.)18个品
种的酯酶同工酶多态性分析[J]. 植物学通报, 2003, 20(6):723-
729.
[24] 杜武峰, 熊金桥, 刘富中. 分韭、山韭和韭的醋酶同工酶研究
[J].作物品种资源, 1992(2): 22-23.
[25] Zietkiewicz E, Rafalske A, Labuda D. Genome fingerprinting by
simple sequence repeat(SSR) anchored polymerase chain reaction
amplification[J]. Genome, 1994, 20(): 178-183
[26] 徐启江, 崔成日, 贾铁金. 洋葱种质资源多样性的 ISSR分析[J].
中国农学通报, 2007(6): 126-130.
[27] 陈昕, 周涵韬, 杨志伟, 等. 大蒜种质资源遗传多样性的分子标
记研究[J].厦门大学学报:自然科学版, 2005, 44(9): 144-149.
[28] 刘宏敏,张明,李延龙,等.韭菜种质资源DNA指纹库构建与聚
类分析[J].河南农业科学, 2011, 40(8): 164-168.
[29] Garcia A A F, Benchimol L L, Barbosa A M M, et al. Comparison
of RAPD, RFLP, AFLP and SSR markers for diversity studies in
tropical maize inbred lines[J]. Genetics and Molecular Biology,
2004, 27: 579-588.
[30] 李慧芝, 尹燕枰, 张春庆, 等. SRAP在葱栽培品种遗传多样性
研究中的适用性分析[J].园艺学报, 2007, 34(4): 929-934.
[31] 关绚丽, 田保华, 梁毅, 等. 洋葱种质资源遗传多样性的SSR分
析[J].分子植物育种, 2011(9): 1418-1424.
[32] Fischer D, Bachmann K. Onion microsatellites for germplasm
analysis and their use in assessing intra- and interspecific
relatedness within the subgenus Rhizirideum[J]. TAG Theoretical
and Applied Genetics, 2000, 101(1): 153-164.
[33] 周静,陈书霞,程智慧,等.大蒜SSR体系的建立与优化[J].西北
农业学报, 2011, 20(11): 117-122.
[34] Tsukazaki H, Yamashita K, Yaguchi S. Construction of SSR-
based chromosome map in bunching onion (Allium wstulosum)[J].
Theoretical and Applied Genetics, 2008, 117: 1213-1223.
[35] Vos P, Hogers R, Bleeker M. AFLP: A new technique for DNA
fingerprinting[J]. Nuclieic Acids Res, 1995, 23(21): 4407-4414.
[36] 郭得平, 卢钢. 利用AFLP分子标记构建杂种葱的遗传图谱[J].
中国农业科学, 2004, 37(4): 584-587.
[37] 王锦, 何承中, 党承林, 等. 基于 AFLP 分子标记技术的黑花韭
与多星韭遗传多样性与亲缘关系分析[J]. 广西植物, 2011, 31
(3): 295-299.
[38] Ohara T, Song Y S, Tsukazaki H, et al. Genetic mapping of AFLP
markers in Japanese bunching onion (Allium fistulosum) [J]. Euphy-
tica, 2005, 144(3): 255-263.
[39] 李智媛, 屈淑平, 崔崇士. 美洲南瓜裸仁基因的AFLP和 SCAR
分子标记分析[J].东北农业大学学报, 2011, 42(7): 67-71.
[40] 袁力行, 傅骏葬, Warburton M, 等. 利用RFLP、SSR、AFLP和
RAPD分子标记分析玉米自交系遗传多样性的比较研究[J].遗
传学报, 2000, 27(8): 725-733.
[41] 逢巧巧. 采用 SSR和AFLP技术对龙须菜的遗传多样性分析
[D].青岛:中国海洋大学, 2009.
[42] 乔玉山.中国李RAPD、ISSR和SSR反应体系的建立及品种遗
传多样性分析[D].南京:南京农业大学, 2003.
东 北 农 业 大 学 学 报·122· 第45卷