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木菠萝ISSR反应体系的建立和优化



全 文 :果树种质福州龙眼圃 3年来的鉴定评价结果表明 ,
在目前国内外有商品价值的晚熟龙眼品种中 , 晚`
香 是果实成熟期表现最晚的龙眼新品种 。
图 1 晚香与立冬本龙眼果实成熟过程中可溶
性固形物含量的变化 (2007-2008, 福州)
2.3  投产早 , 较丰产 、 稳产
高接树接后 1 ~ 2年就能开花结果 , 接后 3年
株产可达 10 kg以上。丰产性能较好 。如在 2008
年福州地区龙眼 “小年 ”、绝大多数龙眼品种不结
果或结果很少的情况下 , 晚香龙眼新品种高接幼
树均开花结果 , 且表现出较好的结果性能 。抽穗
期不易发生 “冲梢” , 抽穗率高 , 大小年和隔年结
果现象不明显 。
2.4  抗逆性强
8年来 , 该品种在福州尚未发现鬼帚病的病梢
和病穗;果蝇 、 霜疫霉病的为害程度比其他品种
轻 , 可能和它的成熟期较晚和果皮较粗糙有关。
收稿日期:2008-09-28
基金项目:国家自然科学基金 (30771484)、 广东省自然科学基金 (07010103)和广东省科技攻关计划 (2007A020200006)
作者简介:王耀辉 (1982-), 男 , 在读硕士生, 从事园艺作物遗传育种研究
*为通讯作者
木菠萝 ISSR反应体系的建立和优化
王耀辉  叶春海* 李映志  丰 锋
(广东海洋大学农学院 , 广东湛江  524008)
摘 要 以木菠萝为材料 , 研究了模板 DNA、 TaqDNA聚合酶 、 引物 、 Mg2+及 dNTPs浓度对 ISSR-PCR扩增
结果的影响 , 得出木菠萝 ISSR的较佳反应体系为:在 20μl反应体系中 DNA模板 1.6 ng· μl-1 , TaqDNA聚
合酶 1.25 U· (20μl)-1 , 引物 0.24μmol· L-1 , dNTPs0.2mmol· L-1 , Mg2+ 2 mmol· L-1 , 10×PCR缓冲液
2.0μl。
关键词 木菠萝;ISSR;优化
EstablishmentandOptimizationofanISSRReactionSysteminJackfruit
WANGYao-hui  YEChun-hai* LIYing-zhi FENGFeng
(ColegeofAgriculture, GuangdongOceanUniversity, Zhanjiang524088, GuangdongChina)
Abstract JackfruitwasusedtostudytheeffectsofsomeinfluencingfactorsonISSR-PCRanalysis, suchastemplate
DNA, Taqpolymerase, primer, dNTPsandMg2+.TheoptimalISSR-PCRreactionsystemforJackfruitwasdetermined
asfolows:1.6ng· μl-1 templateDNA, 1.25 U· (20μl)-1 Taqpolymerase, 0.24μmol· L-1 primer, 0.2 mmol
· L-1 dNTPs, 2 mmol· L-1 Mg2+and2.0 μl10×buferin20 μlPCRreactionsystem.
Keywords Jackfruit;ISSR;Optimization
  木菠萝 (ArtocarpusheterophylusLam.)为桑 科木菠萝属 , 英文名 Jackfruit, 又称菠萝蜜 、 树菠
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福建果树·总第 147期                              FujianFruits.4·试验研究
萝等 , 是世界著名的热带水果 , 原产于印度和东
南亚[ 1] 。木菠萝果大 , 果肉肥厚柔软 、 清甜可口 、
香气浓郁 , 被誉为热带水果皇后 [ 2] 。木菠萝引入
我国已有近千年的历史 , 现主要栽培在华南的海
南 、云南 、 台湾 、广东等地[ 3-4] 。但由于品种间树
体形态差异较小 , 用常规方法难以鉴别 , 特别是在
苗期对不同品种的鉴定尤为困难 。现主要根据其
果实性状进行分类 , 我国将木菠萝分为干苞和湿
苞 2种类型 。国外的分类方法与我国类似 , 基本
上也分为 2类:软肉型 (Softflesh, softjackfruits)
和脆肉型 (Firmflesh, hardjackfruits)[ 5] 。叶春海
等根据果肉水分含量的不同 , 将中国湛江地区的
木菠萝优株类型分为湿脆型 、 少胶型 、 高糖型 、
平滑型 [ 6] 。分子标记技术具有遗传稳定 、 多态性
高 、不受环境条件影响等优点 , 已成为植物分类
与鉴定的重要手段 。利用分子标记对木菠萝种质
资源进行分析 , 国内外已有相关报道[ 7-11] , 但主
要是运用 AFLP和 RAPD标记 , 而利用 ISSR标记
的研究尚未见报道。
ISSR(简单重复序列区间扩增多态 DNA)是
建立在 PCR反应基础上的一种分子标记技术 , 由
Zietkiewicz[ 12]等于 1994年发明 。它结合了 SSR和
RAPD的优点 , 具有 RAPD的操作简单 、 所需
DNA量少 、 无需预知研究对象的基因组序列等优
点 , 并具有 SSR的稳定性 。但 ISSR-PCR扩增反
应的最适条件需经摸索才能达到较好效果 [ 13] 。本
试验对木菠萝 ISSR-PCR反应体系进行优化 , 希
望为今后利用 ISSR分子标记技术开展木菠萝遗传
多样性分析和构建遗传图谱等研究奠定基础。
1 材料与方法
1.1 材料
试材为分布于雷州半岛的 22份木菠萝单株 ,
编号为 1 ~ 22, 取其叶片低温保存。试剂 Mg2+、
dNTPs、 TaqDNA聚合酶等购自北京鼎国生物技术
有限责任公司 。ISSR引物序列来自加拿大的 Uni-
versityofBritishColumbia[ 13] , 由上海生工生物工程
技术服务有限公司合成。
1.2 基因组 DNA的提取和质量检测
参照叶春海等 [ 14]的改良 CTAB法提取木菠萝
基因组 DNA。DNA质量的检测:①取 15 μlDNA
提取液稀释至 3ml, 在紫外可见分光光度计 (UV
-2802, 上海美达仪器有限公司 )上测定 A260 、
A280和 A230值;②取 DNA提取液 4 μl在 1×TBE、
质量分数 1.0%的琼脂糖凝胶上以电压 2 V· cm-1
进行电泳检测。根据 A260值把 DNA提取液稀释为
25ng· μl-1 , 然后用稀释好的基因组 DNA进行优
化试验。
1.3  引物筛选
参照其他果树 ISSR反应的条件 [ 15-19] , 以 22
号材料的 DNA为模板 , 利用下面的体系和程序进
行引物的初选:ISSR-PCR反应体积为 20μl, 10
×PCR缓冲液 2.0μl, 模板 DNA15ng, Mg2+ 2.5
mmol· L-1 , TaqDNA聚合酶 1.0U· (20μl)-1 ,
引物 0.2 μmol· L-1 , dNTPs0.2 mmol· L-1 , 不
足体积用无菌超纯水补足。 PCR扩增反应程序是:
94℃预变性 4 min;94℃变性 1 min, 52℃退火
50s, 72℃延伸 1 min, 35个循环;72℃延伸 10
min。 PCR扩增产物用 5%非变性聚丙烯酰胺凝胶
电泳检测 , 2%硝酸银染色[ 20]拍照分析。
1.4   ISSR反应体系的优化
利用初步筛选出的引物 (AC)8 YG, 逐一变化
ISSR反应体系中的主要组分浓度进行 PCR扩增。
试验采用单因素设计 , 分 5步进行 , 组分浓度先
确定前面再确定下一组分。每步确定一个组分的
浓度 , 先后顺序如下。
DNA模板浓度的确定 模板 DNA浓度的变化
值见表 1, Mg2 + 2.5mmol·L-1 , TaqDNA聚合酶
1.0 U· (20μl)-1 , 引物 0.2 μmol· L-1 , dNTPs
0.2 mmol·L-1 , 10×PCR缓冲液 2.0μl。
TaqDNA聚合酶浓度的确定   TaqDNA聚合
酶的变化值见表 1 , 模板 DNA浓度为前面确定的
值 , Mg2+ 2.5 mmol· L-1 , 引物 0.2 μmol· L-1 ,
dNTPs0.2mmol·L-1 , 10×PCR缓冲液 2.0 μl。
引物浓度的确定 引物浓度的变化值见表 1 ,
模板 DNA和 TaqDNA聚合酶浓度为前面确定的
值 , Mg2+ 2.5 mmol· L-1 , dNTPs0.2 mmol· L-1 ,
10×PCR缓冲液 2.0 μl。
dNTPs浓度的确定  dNTPs浓度的变化值见
表 1 , 模板 DNA、 TaqDNA聚合酶和引物浓度为
前面确定的值 , Mg2+ 2.5mmol·L-1 , 10×PCR缓
冲液 2.0μl。
Mg2+浓度的确定   Mg2 +浓度的变化值见表 1
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, 模板 DNA、 TaqDNA聚合酶 、 引物和 dNTPs浓
度为前面确定的值 , 10×PCR缓冲液 2.0 μl。
各处理体系体积均为 20 μl。各优化处理重复
扩增 2次。扩增程序和检测分析方法同引物筛选。
表 1  优化木菠萝 ISSR反应体系时各组分的浓度
组分 浓度
DNA模板 (ng· μL-1) 0.4 0.8 1.2 1.6 2.0 2.4 2.8
TaqDNA聚合酶 (U· (20 μl)-1) 0.75 1.00 1.25 1.50 1.75
引物 (μmol· L-1) 0.12 0.16 0.20 0.24 0.28
dNTPs(mmol· L-1) 0.10 0.15 0.20 0.25 0.30
Mg2+ (mmol· L-1) 1.00 1.25 1.50 1.75 2.00 2.25 2.50
1.5 最适反应体系的稳定性检测
以初选出的引物 (AC)8 YG进行体系的稳定
性检测 。首先在确定的最优反应体系中 , 以 22号
木菠萝单株的 DNA模板确定引物的退火温度 , 根
据引物的 Tm值设计 6个退火温度:50℃、 52℃、
54℃、 56℃、 58℃、 60℃;再在合适的退火温度下
以所收集的 22份木菠萝 DNA模板检测最适反应
体系的稳定性。
2 结果与分析
2.1  DNA模板浓度对 ISSR反应的影响
DNA模板浓度对 ISSR反应的影响见图 1 。在
0.4 ~ 2.8 ng· μl-1范围内均可扩增出条带 , 但各
浓度下的扩增条带数和亮度不一样 。从图 1可见 ,
DNA模板浓度为 1.6 ng· μl-1时扩增效果较好 ,
条带较多 , 扩增稳定 , 可分辨条带数为 15条 , 且
比较清晰。
图 1 模板 DNA浓度对扩增结果的影响
注:M为 Marker; 1~ 7为模板 DNA浓度 (ng· μl-1), 分别
是 0.4、 0.8、 1.2、 1.6、 2.0、 2.4、 2.8。图中两个相同数字表示
两次重复 (以下同)。
2.2  TaqDNA聚合酶浓度对 ISSR反应的影响
TaqDNA聚合酶浓度对 ISSR反应的影响见图
2 。在 0.75 ~ 1.25 U· (20 μl)-1范围内 , 随着
TaqDNA聚合酶浓度的增加 , 扩增条带数明显增
加 , 且更清晰 , 而 TaqDNA聚合酶浓度为 1.25 ~
1.75 U· (20 μl)-1时 , 扩增的结果变化不大。
考虑到经济上的原因 , 认为 TaqDNA聚合酶 1.25
U· (20μl)-1效果较好。
图 2 TaqDNA聚合酶浓度对扩增结果的影响
注:M为 Marker;1~ 5为TaqDNA聚合酶浓度 , 分别是 0.75、
1、 1.25、 1.5、 1.75U· (20μl)-1。
2.3  引物浓度对 ISSR反应的影响
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引物浓度对 ISSR反应的影响见图 3 。在 0.12 ~
0.24μmol· L-1范围内 , 随着引物浓度的增加 , 扩
增条带数明显增加 , 且更清晰 , 当引物浓度达到
0.28μmol· L-1时 , 扩增的效果变差 。因此认为引
物 0.24μmol· L-1效果较好。
图 3  引物浓度对扩增结果的影响
  注:M为 Marker;1 ~ 5为引物浓度 (μmol· L-1), 分别是
0.12、 0.16、 0.20、 0.24、 0.28。
2.4 dNTPs浓度对 ISSR反应的影响
图 4  dNTPs浓度对扩增结果的影响
注:M为 Marker;1 ~ 5为 dNTPs浓度 (mmol· L-1), 分别是
0.10、 0.15、 0.20、 0.25、 0.30。
dNTPs浓度对 ISSR反应的影响见图 4 。在
0.10 ~ 0.30 mmol· L-1范围内 , 随着 dNTPs浓度
的增加 , 扩增条带数量和亮度出现明显差异 , 在
400 ~ 600bp范围内 , 条带数随着 dNTPs浓度的增
加而减少 , 且在前面和后面的条带逐渐变得不清
晰 , 在 300 ~ 400bp范围内 , 前面 3个浓度的效果
变化不大 , 而浓度为 0.25 mmol· L-1时中间的条
带较弱 , 0.30 mmol· L-1时中间的条带扩增不出
来。在 200 ~ 300 bp范围内 , 0.20 mmol· L-1和
0.25 mmol· L-1的扩增效果最好 。综合考虑认为
dNTPs0.20 mmol·L-1效果较好。
2.5  Mg2+浓度对 ISSR反应的影响
Mg2+浓度对 ISSR反应的影响见图 5 。在 2.0
~ 2.5 mmol· L-1范围内 , 随着 Mg2+浓度的增加 ,
扩增条带数出现从少到多再到少的变化 , 部分条
带亮度表现出从暗到亮再到暗的变化。因此认为
Mg2+ 2.0 mmol· L-1效果较好 。
图 5  Mg2+浓度对扩增结果的影响
注:M为 Marker;1~ 7为 Mg2+浓度 (mmol· L-1), 分别是
1.00、 1.25、 1.50、 1.75、 2.00、 2.25、 2.50
2.6 最适反应体系的稳定性
2.6.1 引物 (AC)8YG退火温度的确定
在 DNA模板 1.6ng· μL-1 , TaqDNA聚合酶
1.25 U· (20 μl)-1、 引物 0.24 μmol· L-1 ,
dNTPs0.2mmol· L-1 , Mg2 + 2.0 mmol· L-1 , 10
×PCR缓冲液 2.0μl, 总体积为 20μl的反应体系
中 , 引物 (AC)8YG退火温度确定的结果见图 6。
6
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从图 6可见 , 在退火温度为 58℃时的扩增较果较
好 。
图 6  退火温度对扩增结果的影响
注:1 ~ 6为退火温度 (℃), 分别是 50、 52、 54、 56、 58、 60
2.6.2 最适反应体系的稳定性检测
以引物 (AC)8YG在 58℃退火温度下 , 在较
优反应体系 (DNA模板 1.6 ng· μL-1 , TaqDNA
聚合酶 1.25U· (20 μl)-1 , 引物浓度 0.24 μmol
· L-1 , dNTPs浓度 0.2 mmol· L-1 , Mg2 + 2 mmol
· L-1 , 10×PCR缓冲液 2.0μl, 总体积 20μl)中
对 22份木菠萝种质进行 ISSR扩增 , 结果见图 7 。
从图 7可见 , 引物在 22份木菠萝种质上均能扩增
出清晰和多态性高的片段 , 表明优化确定的反应
体系适于木菠萝 ISSR反应 , 可应用于木菠萝亲缘
关系分析等研究 。
图 7  引物 (AC)8YG对 22份木菠萝种质进行 ISSR扩增
的结果
3 小结与讨论
PCR扩增易受诸多因素的影响。模板 DNA浓
度是制约扩增产物得率及特异性的一个重要因子 ,
浓度过低 , 分子碰撞的几率低 , 偶然性大 , 扩增
产物无或不稳定;浓度过高 , 又会相应增加非特
异性产物的扩增 , 导致电泳背景加深 , 不利于读
带[ 15] 。酶的浓度过高不仅增加试验成本 , 而且容
易产生非特异性扩增产物;浓度过低则会使酶过
早消耗完 , 产物合成效率低[ 16] 。引物浓度过高会
导致引物二聚体的形成 , 且易引起碱基错配和产
生非特异性扩增;引物浓度过低 , 其与 DNA模板
结合位点少 , 扩增产量下降 , 并有可能出现弥散
现象 [ 2, 13] 。dNTPs是 PCR合成 DNA的底物 , 常用
浓度为 0.1 ~ 0.2 mmol· L-1 , 浓度过低会导致扩
增带产率低 , 而过高又会产生错误掺入 [ 17] 。Mg2+
浓度是制约 PCR结果的重要因素之一 , TaqDNA
聚合酶需 Mg2+激活 , 对其浓度非常敏感;而引物
与模板的双链杂交体的解链与退火温度受二价阳
离子的影响[ 21] 。
通过对各因子的研究 , 本试验最终确定的较
优反应体系为:20μl反应体系中 DNA模板 1.6ng
·μl-1 , TaqDNA聚合酶 1.25 U· (20μl)-1 , 引
物 0.24 μmol·L-1 , dNTPs0.2 mmol· L-1 , Mg2+
2mmol·L-1 , 10×PCR缓冲液 2.0 μl。利用本反
应体系对 22份木菠萝种质进行 ISSR分析 , 可检
测到较大的遗传多样性 , 因此将是木菠萝种质资
源评价的一个重要手段。
参考文献
[ 1] 章宁 , 林清洪.百果之王—木菠萝 [ J] .厦门科技 , 2003
(2):59
[ 2] 高爱平 , 陈业渊 , 李建国.全身都是宝的 “热带水果皇
后 ” —木菠萝 [ J] .中国果菜 , 2003 (4): 33
[ 3] 谭乐和 , 郑维全.木菠萝蜜的研制和效益评估 [ J].广西热
带农业 , 2001(2): 27-28
[ 4] 毛琪 , 叶春海 , 李映志 , 等.木菠萝研究进展 [ J] .中国农
学通报 , 2007, 23 (3): 439-443
[ 5] 李映志 , 刘胜辉.国外主要木菠萝品种简介 [ J] .热带农业
科学 , 2004, 23 (6):29-33
[ 6] 李映志 , 叶春海 , 丰锋 , 等.雷州半岛木菠萝种质资源研究
7
福建果树·总第 147期                              FujianFruits.4·试验研究
[ J].湖南农业大学学报:自然科学版 , 2007, 33 (2): 183
-186
[ 7] 叶春海 , 吴钿 , 丰锋 , 等.木菠萝种质资源调查及果实性状
的相关分析 [ J] .热带作物学报 , 2006, 27 (1): 28-32
[ 8] 叶春海 , 李映志, 丰锋.雷州半岛木菠萝种质遗传多样性的
RAPD分析 [ J] .园艺学报 , 2005, 32 (6): 1088-1091
[ 9] 朱剑云 , 叶耀雄 , 叶永昌 , 等. 8份树菠萝种质资源的 RAPD
分析 [ J] .广东农业科学 , 2005 (6):11-13
[ 10] SchnelRJ, OlanoCT, CampbelRJ, etal.AFLPanalysisofge-
neticdiversitywithinajackfruitgermplasmcolection[ J] .Scientia
Horticulture, 2001, 91:261-274
[ 11] ShinyaKanzaki.Phylogeneticrelationshipsbetweenthejackfruit,
thebreadfruitandnineotherArtocarpusspp.fromRFLPanalysis
ofanamplifiedregionofcpDNA[ J].ScientiaHorticulture, 1997
(1):57-66
[ 12] ZietkiewiczE, RafslskiA, LabudaD.Genomefingerprintingby
simplesequencerepeat(SSR)-anchoredpolymerasechainre-
actionamplification[J] .Genomics, 1994, 20:176-183
[ 13] 周延清.DNA分子标记技术在植物研究中的应用 [ M] .北
京:化学工业出版社 , 2005
[ 14] 叶春海, 李映志 , 丰锋.一种利用木菠萝叶片提取高质量
DNA的方法 [ J] .热带作物学报 , 2005, 26 (4): 64-66
[ 15] 朱文碧 , 张连峰 , 何桥 , 等.金柑属 ISSR反应体系的建立
及优化 [ J] .西南大学学报:自然科学版 , 2005, 29 (9):
95-100
[ 16] 罗海燕 , 陈业渊.海南野生荔枝 ISSR反应体系优化及应用
[ J] .热带农业科学 , 2007, 27 (1):19-24
[ 17] 周俊亚 , 宾晓芸 , 彭云滔 , 等.罗汉果 ISSR-PCR反应体
系的建立 [ J].广西师范大学学报:自然科学版 , 2007, 22
(3): 81-84
[ 18] 王家保 , 王令霞 , 杜中军 , 等.部分杧果品种亲缘关系的
ISSR分析 [ J] .园艺学报 , 2007, 34 (1): 87-92
[ 19] 曾黎辉 , 洪自同 , 许家辉 , 等.龙眼 ISSR反应体系的建立
和优化 [ J].中国农学通报 , 2007, 23 (9):111-114
[ 20] 黄文霞 , 何觉民 , 朱宏波.蓖麻种质资源遗传多样性的 ISSR
分析 [ J].西北农业学报 , 2008, 17 (1):182-184, 187
[ 21] 邹喻苹 , 葛颂 , 王晓东.系统与进化植物学中的分子标记
[ M] .北京:科学出版社 , 2001
冬枣维 C含量丰富 , 能防治心血管病
  冬枣不仅味道可口 、 皮脆 、 肉质细嫩 、 汁多
无渣 、 甘甜清香 , 而且营养极丰富。冬枣含糖
20% ~ 36%;含有天门冬氨酸 、 苏氨酸 、 丝氨酸
等 19种人体所需的氨基酸 , 总含量为 0.985mg/
100g。冬枣含蛋白质 1.65%, 膳食纤维 2.3%, 总
黄酮 0.26%, 烟 酸 0.87mg/100g, 胡 萝 卜 素
1.1mg/kg, 维 生 素 B10.1mg/kg, 维 生 素 B
22.2mg/kg。
冬枣的最大特点是维生素 C含量极高 , 每 100
克果肉维生素 C含量高达 380 ~ 600毫克 (维生素
C补充剂所能提供的维生素 C一般为 60毫克),
是苹果的 70倍 , 柑橘的 16倍 , 连以往被认为富含
维生素 C的山楂也甘拜下风。
冬枣是目前 261个鲜食枣品中被公认品质最
佳的 , 它还具有良好的药用 、 保健价值。
解毒保肝 冬枣中含有丰富的糖类和维生素 C
以及环磷酸腺苷等 , 能减轻各种化学药物对肝脏
的损害 , 并能促进肝脏合成蛋白 , 增加血清白蛋
白含量 , 调整白蛋白与球蛋白比例 , 降低血清谷
丙转氨酶水平等作用。在临床上 , 大枣可用于慢
性肝炎和早期肝硬化的辅助治疗。
防治心血管病  冬枣中含有丰富的维生素 C
和维生素 P, 含有较多的维生素 A、 维生素 E以及
钾 、 钠 、 铁 、 铜等多种微量元素 , 对于健全毛细
血管 , 维持血管壁弹性 , 抗动脉粥样硬化很有益。
冬枣中还含有芦丁成分 , 芦丁是治疗高血压病的
有效药物 。故冬枣对冠心病 、 高血压 、 动脉粥样
硬化病等的防治有很大帮助。
调节免疫 冬枣中富含的环磷酸腺苷是一种
重要的生理活性物质 , 参与人体内多种生理活动 ,
可以调节免疫系统 , 具有增强心肌收缩力 、 保护
冠状动脉 、降低胆固醇 、 抑制癌细胞增殖的作用 。
(信息来源:第一食品网)
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