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矮牵牛组培苗3种RNA提取方法的比较



全 文 :基金项目:安徽科技学院引进人才专项(ZRC2007147) ;安徽科技学院引进人才专项(ZRC2007135)。
作者简介:赵岩(1978 -) ,女,吉林四平人,硕士,助教,研究方向:生物工程。 收稿日期:2010 - 07 - 11
矮牵牛组培苗 3 种 RNA提取方法的比较
赵 岩1 邓 盾1 孙玉军1 崔广荣2
(1 安徽科技学院生命科学学院,安徽凤阳 233100;2 安徽科技学院植物科学学院,安徽凤阳 233100)
摘 要:为了提取高质量的矮牵牛 RNA,采用改良的异硫氰酸胍方法和 CTAB 法、SDS 法分别提取矮牵牛组培苗
RNA。结果表明:与传统的 CTAB和 SDS方法相比,改进的异硫氰酸胍方法提取的总 RNA电泳条带完整、纯度较高,
是较为理想的提取矮牵牛总 RNA的方法。
关键词:矮牵牛;RNA提取;CTAB法;SDS法;异硫氰酸胍法
中图分类号 Q781 文献标识码 A 文章编号 1007 - 7731(2010)15 - 24 - 02
Comparing of Three Methods for Total RNA Extraction from Petunie hybrida Tissue Culture Plantlet
Zhao Yan1 et al.
(1 College of Life Science,Anhui Science and Technology University,Fengyang 233100,China;2 College of Botany,Anhui
Science and Technology University,Fengyang 233100,China)
Abstract:In this experiment,three extraction methods had been applied to obtain high level RNA from petunie hybrida,in-
cluding CTAB method,SDS method and Guanidinium isothiocyanate method. The results indicated that the Guanidinium iso-
thiocyanate method was perfect for the highest RNA band’s integrity and RNA purity.
Key words:Petunie hybrida Tissue;RNA extration;CTAB method;SDS method;Guanidinium isothiocyanate method
矮牵牛(Petunia hybrida) ,别名杂种撞羽朝颜、碧冬
茄,为茄科矮牵牛属多年生草本植物。矮牵牛花多而色彩
丰富,花期长,适应性强,是园林中应用较多的花卉,适于
花坛及自然式布置[1],矮牵牛花型奇特,花色丰富,花期长
达数月之久,又在干热少花的夏季开放,适应性强,因此深
受人们的喜爱,被喻为“世界花坛花卉之王”[2]。RNA 是
植物分子生物学研究的重要对象之一。高质量的 RNA是
后续 RT - PCR、Northern杂交、cDNA文库构建等分子生物
学研究的基础。因此,选择适合某种植物的 RNA 提取方
法有着重要的理论和科研价值[3]。RNA 的提取方法很
多,比如 Trizol 法、异硫氰酸胍法、CTAB 法、尿素法、SDS
法、热硼酸盐法等,这些方法各有优缺点,不同的方法适用
于不同类型的材料,根据材料自身的物理化学特性而
定[4]。本试验对 CTAB 法、SDS 法、异硫氰酸胍法提取矮
牵牛组培苗叶片 RNA 效果进行比较,力图筛选出适合矮
牵牛组培苗 RNA提取的方法。
1 材料与方法
1. 1 材料 矮牵牛组培苗由安徽科技学院生物技术中心
提供。
1. 2 主要化学试剂 碳酸二乙脂、异硫氰酸胍、柠檬酸
钠、十二烷基肌氨酸钠、Tris、酚、氯仿、异戊醇、异丙醇、琼
脂糖等均为国产分析纯。
研钵用氯仿润洗消毒后,与枪头、离心管等用具于高
压灭菌锅中灭菌 2h以上,烘干,存于冰箱中冷冻备用。实
验中所用的提取液及各种液态试剂都加 1‰的 DEPC 于
37℃放置过夜以抑制其中 RNA酶活性。
1. 3 总 RNA提取方法
1. 3. 1 异硫氰酸改良法 (1)取 0. 1g 叶片,加液氮研磨
成粉末。(2)迅速将细粉转移至含有 1mL 抽提缓冲溶液
(4mol /L异硫氰酸胍,25mmol /L 柠檬酸钠 pH7. 0)的离心
管中。(3)冰浴 30min,并不时轻摇。(4)4℃下 5000r /min
离心 20min 。(5)上清液转移入另一离心管中,依次加入
0. 2mL 2mol /L NaAc(pH4. 0)、2mL酚∶氯仿∶异戊醇(25∶
24∶ 1)、0. 5mL 无水乙醇。(6)混匀,冰浴 15min。(7)4℃
下 5000r /min离心 20min。(8)上清液转移入另一离心管
中,加入等体积的 2mol / l KAc(pH4. 8)。(9)冰浴 30min。
(10)4℃下 5000r /min离心 20min 。(11)上清液转移入另
一离心管中,迅速加入等体积的异丙醇。(12)- 20℃放置
45min。(13)4℃下 5000r /min 离心 20min。(14)弃上清;
用 1mL70 % 乙醇洗涤 2 次。(15)干燥后加入 400μL
DEPC水溶解沉淀,转入 2mL离心管中,加入 100μL10mol /
L LiCl,混匀。(16)4℃放置过夜。(17)4℃下 12000r /min
离心 20min。(18)弃上清,沉淀用 70%乙醇洗涤 2 次,干
燥后加入 100μL 的 DEPC 水溶解,置于 - 20℃ 保存
42 安徽农学通报,Anhui Agri. Sci. Bull. 2010,16(15)
DOI:10.16377/j.cnki.issn1007-7731.2010.15.080
备用[9]。
1. 3. 2 CTAB法 参照 Fort F等人的方法进行[5]。
1. 3. 3 SDS法 参照 Ikegami H等人的方法进行[6]。
1. 3. 4 RNA 纯度及其完整性检测 取 RNA 样品,用
DEPC 水稀释 30 倍,混匀后用 756 型分光光度计测定
260nm 和 280nm 波长下的吸收值,计算 OD260nm /
OD280nm以检测样品的纯度和浓度。用 1. 0%琼脂糖凝
胶在 0. 5 × TBE 缓冲系统下电泳,电泳后用 Alphalmager
TMIS2200凝胶成像仪成像分析。
2 结果与分析
2. 1 琼脂糖凝胶电泳结果分析 琼脂糖凝胶电泳是提取
总 RNA质量检测的重要方法,结果如图 1所示。
图 1 三种提取方法所得矮牵牛组培苗总 RNA电泳图
注:1 为 CTAB,2 为异硫氰酸胍,3 为 SDS。
从图 1中可以看出 CTAB法和 SDS法提取的 RNA亮度
较低,仅为异硫氰酸胍法提取 RNA条带亮度的 1 /3左右,且
CTAB法提取的 RNA 28S和 18S两条带型模糊不清,没有 5S
条带。SDS法提取的 RNA有拖尾现象,说明 RNA样品有降
解;异硫氰酸胍法所得 RNA 电泳条带尤为清晰,有明亮的
28S、18S的 rRNA条带,而且 28S条带的亮度约是 18S条带亮
度的 2倍,同时还有模糊不清的 5SrRNA的条带,说明提取的
RNA完整性较好,降解少。从图 1还可以看到用异硫氰酸胍
法提取 RNA时,有明亮清晰的 DNA条带,说明此方法适用于
矮牵牛总 DNA的提取。
表 1 不同提取法所得矮牵牛总 RNA的质量比较
提取方法 OD260 OD280 OD260 / OD280
SDS法
CTAB法
异硫氰酸胍法
0. 214
0. 281
0. 431
0. 110
0. 171
0. 230
2. 00
1. 65
1. 87
2. 2 紫外分光光度检测结果分析 用 3 种不同方法提取
的矮牵牛组培苗总 RNA 经紫外分光光度计检测,计算
RNA的纯度,结果见表 1。
从表 1 的结果可以看出,SDS 法提取的总 RNA 的
OD260 /OD280 值为 2. 00,说明 RNA 的纯度不是很高,存
在一定的污染。CTAB法提取的 RNA的 OD260 /OD280值
为 1. 65,说明有蛋白质、酚等污染。异硫氰酸胍法提取的
RNA的 OD260 /OD280 值为 1. 87,说明提取的 RNA 纯度
相对较高,因此异硫氰酸胍法提取的 RNA 可用于矮牵牛
组培苗常规下游分子生物学实验。
3 讨论
CTAB法、SDS法、异硫氰酸胍法是从真核细胞中提取
总 RNA常用的方法,在许多植物中均可得到高质量的
RNA。CTAB法成本低廉,且能够有效地去除样品中的蛋
白质、多糖、多酚等物质,一般提取的 RNA完整性好、纯度
高,但是不适用矮牵牛 RNA的提取。在 RNA 提取的过程
中,糖类物质由于其结构性质与 RNA 类似,易于与 RNA
结合在一起,在实验过程中很难除净,含有高浓度糖的
RNA不易溶于水,很难用于分子生物学实验,根据赵双宜
对 RNA提取方法的研究,在氯仿异丙醇除糖的过程中联
合使用了醋酸钠,高浓度钠离子的存在可以提高酚氯仿除
糖的效率,因此,本实验酚氯仿异戊醇抽提步骤中加入了
醋酸钠[7],并且有文献报道低浓度的乙醇有很好的除糖效
果,在此步骤中又加入了 1 /10体积的无水乙醇,保证糖类
物质的去除;用氯化锂也可以沉淀 RNA,使糖类物质留在
上清液中,因此在后续步骤中,又加入了氯化锂过夜沉淀
除糖的步骤。结果表明使用改良的异硫氰酸胍法提取的
RNA完整性较好,降解很少,28SrRNA和 18SrRNA条带清
晰可见,OD260 /OD280值相对较高,可为以后的下游实验使
用。本实验的异硫氰酸胍提取法采用小样本提取,在各个
步骤中所需试剂及总体积均较小,使实验便于操作。
分离完整的总 RNA是对矮牵牛进行分子生物学研究
的基础和前提,本研究提取的 RNA,可以用于从分子生物
学的角度分析和研究矮牵牛的一些特性,对矮牵牛的分子
生物学研究打下良好的基础。
参考文献
[1]黄善武 . 中国农业百科全书·观赏园艺卷[M]. 北京:农业出版
社,1996:1 - 2.
[2]闫明旭,夏珣,郭余龙,等 . 矮牵牛育种发展及品种应用[J]. 南
方农业,2009 (3) :93 - 97.
[3]张雅琼,郭华春 . 魔芋叶片中 4 种总 RNA提取方法的比较[J].
分子植物育种,2010 (1) :196 - 200.
[4]赖菡,余迪求 . 4 种榕树总 RNA 提取方法的比较[J]. 云南大学
学报(自然科学版) ,2008 (6) :636 - 640.
[5]Fort F,Hayoun L,Valls J,et al. A new and simple method for rap-
id extraction and isolation of high - quality RNA from grape (Vitis
vinifera)berries[J]. JOURNAL OF THE SCIENCE OF. FOOD AND
AGRICULTURE,2008,88(2) :179 - 184.
[6]Ikegami H,Koshita Y,Yakushiji H,et al. Simple and efficient RNA
extraction and gene analysis in vegetative organs of Japanese persim-
mon[J]. PLANT BIOTECHNOLOGY,2009,26(4) :427 - 429.
[7]赵双宜,吴耀荣,夏光敏 . 介绍一种简单高效的植物总 RNA提取
方法[J]. 遗传,2002,(3) :337 - 338. (责编:张琪琪)
5216 卷 15 期 赵岩等 矮牵牛组培苗 3 种 RNA提取方法的比较